Penggunaan Software Kimia untuk Penggamb (1)

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK

Judul : Penggunaan Software Kimia untuk Penggambaran Struktur Molekul

TujuanPercobaan : Mempelajari dan mengaplikasikan keterampilan menggambar struktur molekul senyawa kimia menggunakan software Chemsketch.

Pendahuluan

Semakin hari semakin banyak perkembangan yang terjadi di dunia termasuk perkembangan dalam ilmu pengetahuan, di mana semua orang berlomba-lomba membuat alat yang dapat memudahkan melakukan sesuatu. Teknologi yang ada saat ini memungkinkan manusia tidak perlu lagi datang kehadapan dosen untuk mengumpulkan tugas, cukup dengan mengupload atau mengirim tugas melalui e-mail atau lainnya menggunakan koneksi internet. Kemajuan tersebut juga mengharuskan manusia untuk mengikuti perkembangannya, termasuk juga di kimia. Membuat struktur senyawa kini tidak harus dilakukan dengan cara menulis di kertas secara manual. Struktur kimia dapat dibuat menggunakan software yang menyediakan layanan untuk menggambar struktur sehingga kemudian dapat dikirim melalui internet. Salah satu software yang dapat diunduh secara gratis atau freeware adalah ACD / Chemsketch. ACD/Chemsketch adalah sebuah software yang digunakan untuk menggambar struktur kimia diantaranya kimia organic, organologam, polimer dan Struktur Markush. Software chemsketch dapat menggambarkan struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D. Software ini dapat digunakan untuk membuat struktur dan diagram yang baik untuk laporan. Software ini sangat mudah digunakan hanya dengan mengklik dan mendrag tool-tool yang tersedia untuk menggambar struktur yang diinginkan. Program ini juga menyediakan struktur asam amino, alkaloid, karbohidrat, asam nukleat, DNA/RNA, peralatan laboratorium yang berupa gelas, orbital, steroid, terpen dan lain-lain yang tersimpan dalam menu templates. Software ini juga menyediakan penggambaran kurva dan grafik. Chemsketch dikeluarkan oleh ACD/Labs.com yang dapat diunduh secara gratis

Fitur-fitur yang terdapat dalam Chemsketch diantaranya :

dapat dilihat dari berbagai sudut.

 Menggambar reaksi dan menghitung kuantitas reaktan.

 Menghasilkan struktur dari InChI

 Menghasilkan nama sistematik (IUPAC) untuk berbagai molekul hingga 50 atom dan 3 cincin (siklis)

 Memprediksi log P untuk struktur individu.

 Chemsketch menyediakan lebih dari 165 ribu struktur dengan nama sistematik dan trivial.

(Anonim, 2014).

Software ChemSketch dapat dijalankan seperti program-program lain pada komputer, sebelumnya pengguna software terlebih dahulu harus menginstall sofware ChemSketch. Cara memulai program ChemSketch yang telah terinstall yaitu dari menu windows klik start, lalu klik program, pilih ChemSketch maka jendela program ChemSketch akan terbuka. Menggambar bentuk molekul dalam bentuk 3D (misalkan molekul CH4) dapat dilakukan

rotasi untuk memberikan gambaran yang utuh dapat dilakukan dengan membuka aplikasi Chemsketch yang telah terinstall. Klik Atom C pada Mode Structure yang ada di tool kiri dan klik sekali pada area kerja hingga menghasilkan rumus molekul CH4. Add explicite hydrogen

dari menu Tools untuk membuat bentangan rumus struktur, seleksi rumus struktur, klik menu Tools dan pilih Strucutre Properties maka akan muncul menu pop up dan pada tab Common beri centang All Show Carbons. Optimisasi struktur 3D dengan cara klik menu Tools kemudian klik 3D structure optimization, jika ada pilihan (klik yes untuk menghilangkan atom H saat optimisasi 3D-nya), setelah itu buka 3D Viewer Acd Lab dari Start menu. Kembali ke Chemsketch 2D untuk mengkopi 2D ke 3D. Merotasi untuk dapat menunjukkan berbagai properties bentuk molekul seperti panjang ikatan dan sudut yang dibentuk oleh 3 buah atom dengan ChemSketch ini (Martoprawiro, 2008).

lainnya).

Software ACD / Labs dapat membantu dalam pengajaran konsep kimia untuk SMA, sarjana, dan mahasiswa pascasarjana kimia. Siswa ataupun mahasiswa juga mendapatkan manfaat menggunakan ACD/Chemsketch pada saat belajar, untuk dapat dijadikan pengalaman pada saat berada di dunia kerja.

Prinsip Kerja

Prinsip kerja dari praktikum ini adalah dengan menggunakan manual Chemsketch untuk membuat dan menggambar struktur molekul kimia dalam bentuk 2D atau 3D.

Alat

Laptop atau PC, dan aplikasi ACD Chemsketch. Prosedur Kerja

Prosedur pertama adalah menghidupkan laptop atau PC, membuka Software ACD Chemsketch. Kemudian menggambar struktur senyawa kimia.

Hasil

1. Menggambar Struktur Sederhana

a. C

H₃ CH₃

CH₃ 3

b.

F _F

F

C

H3 _menjadi

F F

(CH2)3Ph

c.

N

N N

N CH₂

C H₂

C H₃

CH₃

2. Menggambar Struktur yang lebih kompleks

O H

O

OH O

OH O

OH

O

OH

O O

H

O

3. Memberi muatan

NH₂+ C H3

CH₃

4. Stereodescriptor

CH3

CH₃ Cl

Z S

5. Membuat ikatan terkoordinasi

CH₃ O O

O CH3

Li

6. Ikatan dan muatan terdelokalisasi

C H₃

Br CH3 CH₃

7. Markush Bond CH₃

Br

8. Menggambar peptisida siklik : Tyr-Ala-Trp

O

NH O

H

O

N H C

H_{3 O}

NH

N H

Referensi

Anonim, 2015. ACD/Chemsketch for Academic and Personal Use : ACD/Labs.com. [Serial Online]. http://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/. Diakses tanggal tanggal 3 Maret 2015.

Martoprawiro, Muhamad. 2008. Chemsketch :Membuat Molekul di Windows. ( www.e-learning.unej.ac.id). Diakses pada 19 Februari 2014.

.

Nama Praktikan