i
POLIMORFISME LOKUS MIKROSATELIT D10S1432
PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI SANGEH
SKRIPSI
Diajukan untuk Melengkapi Tugas – tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk Mencapai Gelar Sarjana Kedokteran Hewan
Oleh Fedri Rell NIM. 0809005058
FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN
UNIVERSITAS UDAYANA
DENPASAR
2012
ii
POLIMORFISME LOKUS MIKROSATELIT D10S1432
PADA POPULASI MONYET EKOR PANJANG DI SANGEH
SKRIPSI
Diajukan untuk Melengkapi Tugas – tugas dan Memenuhi Persyaratan untuk Mencapai Gelar Sarjana Kedokteran Hewan
Oleh Fedri Rell NIM. 0809005058 Menyetujui/Mengesahkan : Pembimbing I Pembimbing II
Dr. drh. I Nengah Wandia, Msi drh. Sri Kayati Widyastuti, M.Si
NIP. 19661001 199403 1 001 NIP. 19620809 199003 2 002
DEKAN FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN UNIVERSITAS UDAYANA
Prof. Dr. drh. I Made Damriyasa, MS NIP. 19621231 198803 1 017
iii
Setelah mempelajari dan menguji dengan sungguh – sungguh kami berpendapat bahwa tulisan ini baik ruang lingkup maupun kualitasnya dapat diajukan sebagai skripsi untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan.
Ditetapkan di ………tanggal ………
Panitia Penguji
Dr. drh. I Nengah Wandia, M.Si Ketua
drh. Sri Kayati Widyastuti, M.Si Dr. drh. I Gusti Agung Arta Putra, M.Si Sekretaris Anggota
Dr. drh. I Ketut Suatha, M.Si drh. Aida Louise Tenden Rompis Anggota Anggota
iv
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Wotu – Sulawesi Selatan pada tanggal 08 Februari 1990, merupakan anak kedua dari tiga bersaudara, putra dari pasangan Drs. Rell dan Marta Dewi.
Penulis mengawali pendidikan formal di Sekolah Dasar Negeri (SDN) 286 Pepuro pada tahun 1995 hingga tahun 2002. Pada tahun 2002 penulis melanjutkan pendidikan di Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama (SLTP) Negeri 1 Burau hingga tahun 2005. Tahun 2005 hingga 2008 penulis melanjutkan studi ke Sekolah Menengah Atas (SMA) Negeri 1 Wotu. Setelah menamatkan pendidikan Sekolah Menengah Atas, penulis mengikuti Seleksi Nasional Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SNMPTN) di Makassar - Sulsel, dan mendapat kesempatan melanjutkan pendidikan di tingkat universitas di Fakultas Kedoktaran Hewan Universitas Udayana.
v ABSTRAK
Polimorfisme genetik adalah variasi struktur genetik dalam satu populasi.
Pengungkapan polimorfisme genetik dapat memberikan gambaran apakah kehidupan suatu populasi tersebut dalam keadaan aman atau terancam. Faktor – faktor yang bersifat stokastik seperti perubahan alam, inbreeding dan penyakit memperngaruhi tingkat polimorfisme genetik suatu populasi.
Materi genetik berupa DNA dapat dipakai untuk mengungkap
polimorfisme genetik. Oleh karena marka mikrosatelit merupakan segmen
langsung dari genom (DNA) sehingga variasi genetik yang ditemukan mencerminkan variasi genetik yang sebenarnya. Penilitian ini, ditujukan untuk mengkaji polimorfisme lokus mikrosatelit populasi monyet ekor panjang di Sangeh, yang meliputi jumlah dan jenis alel, frekuensi alel, serta heterozigositas. Sejumlah 18 sampel darah dikoleksi dari populasi monyet ekor panjang di Sangeh sebagai sumber DNA. DNA total diekstrasi menggunakan QIAmp DNA Blood Mini Kit dari Qiagen. Lokus mikrosatelit D10S1432 diamplifikasi dengan teknik
polymerase chain reaction (PCR), sebanyak 30 siklus dengan suhu annealing
57oC. Selanjutnya, alel dipisahkan dengan elekroforesis pada gel poliakrilamid 7% selama 90 menit dan dimunculkan dengan pewarnaan perak.
Hasil penilitian ini menunjukkan bahwa ditemukan 3 jenis alel pada lokus D10S1432 dalam populasi monyet ekor panjang di Sangeh. Ukuran alel bervariasi mulai dari 170 bp sampai 186 bp. Frekuensi masing – masing alel adalah 0,28, 0,67, dan 0,05, berurutan untuk alel 170, alel 174, dan alel 186. Heterozigositas lokus D10S1432 monyet ekor panjang di Sangeh sebesar 0,48. Dari hasil penilitian ini dapat disimpulkan bahwa lokus D10S1432 bersifat polimorfik pada populasi moyet ekor panjang di Sangeh.
Kata kunci : polimorfisme genetik, mikrosatelit lokus D10S1432, monyet ekor panjang, populasi.
vi ABSTRACT
Genetic polymorphisms are variations in the genetic structure of populations. Disclosure of genetic polymorphisms can give an idea whether a population is living in a state of safe or threatened. Stochastic factors such as a changing of nature, inbreeding, and disease affect the level of genetic polymorphism in a population.
Genetic material in the form of DNA can be used to reveal the genetic polymorphisms. Since microsatellite markers is a direct segments of the genome (DNA), the genetic variations found will reflect the true genetic variation. This research, aimed to assess the polymorphism of microsatellite loci in the population of long-tailed macaques in Sangeh, which parameter includes the number and types of alleles, allele frequencies and heterozygosity. A total of 18 blood samples collected from long-tailed macaques population in Sangeh as a source of DNA. DNA was extracted using QIAmp DNA Blood Mini Kit from Qiagen. Microsatellite locus D10S1432 was amplified by polymerase chain reaction technique (PCR), with a total of 30 cycles, and a 57oC of annealing temperature. Furthermore, the alleles were separated by 7% polyacrylamide gel electrophoresis, run for 90 minutes, and emerged with silver staining.
The results showed that there were three types of alleles found at locus D10S1432 in the long-tailed macaques population in Sangeh. The alleles size varied from 170 bp to 186 bp. The allele frequencies were 0.28, 0.67, and 0.05 for allele 170, allele 174, and allele 186 consecutively. The heterozygosity of the locus was 0.48. It can be concluded that microsatellites locus D10S1432 is polymorphic in the long-tailed macaques population in Sangeh.
Key words: genetic polymorphisms, microsatellites locus D10S1432, long-tailed macaques population.
vii
UCAPAN TERIMA KASIH
Puji syukur penulis panjatkan kepada Tuhan Yesus Kristus atas kasih-Nya sehingga penulisan skripsi ini dapat diselesaikan. Skripsi yang berjudul “Polimorfisme Lokus Mikrosatelit D10S1432 pada Populasi Monyet Ekor Panjang di Sangeh”, disusun berdasarkan hasil penelitian sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Kedokteran Hewan di Fakulatas Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
Penulis menyadari bahwa dalam menyelesaikan skripsi ini tidak lepas bantuan berbagai pihak yang telah memberikan dukungan moril. Untuk itu pada kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih kepada:
1. Bapak Prof. Dr. Drh. I Made Damriyasa, MS, selaku Dekan Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana.
2. Bapak Dr. drh. I Nengah Wandia, M.Si, selaku pembimbing I, yang senantiasa meluangkan waktu untuk membimbing dan memberi masukan dalam menyelesaikan skripsi ini.
3. Ibu drh. Sri Kayati Widyastuti, M.Si, selaku pembimbing II atas kesediaannya membimbing dan memberikan arahan dalam menyelesaikan skripsi ini.
4. Segenap Pembahas Dr. drh. I Gusti Agung Arta Putra, M.Si, Dr. drh. I Ketut Suatha, M.Si drh. Aida Louise Tenden Rompis, yang telah menguji skripsi ini, memberikan masukan dan sumbangan ilmu.
5. Ayahanda, Ibunda tercinta yang telah banyak berjasa dalam memberikan dukungan doa, moril, materil, cinta, perhatian, dan nasehat hingga penulisan skripsi ini dapat selesai dengan tepat waktu. 6. Teman-teman seperjuangan: Mbak Ris, Sika, Basyofi, Mbak Ita serta
teman-teman yang tidak bisa saya sebutkan satu persatu atas motivasi dan dukungan doanya.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini jauh dari sempurna, untuk itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang membangun dari semua pihak. Penulis berharap agar skripsi ini bermanfaat bagi pihak-pihak yang membutuhkan dan
viii
dapat menambah ilmu pengetahuan serta digunakan dalam langkah konservasi genetik monyet ekor panjang dimasa akan datang.
Denpasar, 9 Mei 2012
ix DAFTAR ISI Halaman HALAMAN JUDUL………. i HALAMAN PENGESAHAN……….. ii RIWAYAT HIDUP………...…………... iv ABSTRAK….……… v ABSTRACT……….. vi
UCAPAN TERIMA KASIH……… vii
DAFTAR ISI ... ix
DAFTAR TABEL ... xi
DAFTAR GAMBAR ……...………. xii
BAB I PENDAHULUAN ... 1 1.1 Latar Belakang ... 1 1.2 Rumusan Masalah ... 2 1.3 Tujuan Penelitian ... 2 1.4 Manfaat Penelitian ... 3 1.5 Kerangka Konsep ... 4
BAB II TINJAUAN PUSTAKA ... 5
2.1 Taksonomi dan Deskripsi Monyet Ekor Panjang ... 5
2.2 Asam Deoksiribonukleat (DNA) ... 6
2.3 Polymerase Chain Reaction (PCR) ... 7
2.4 Mikrosatelit ... 8
2.5 Genetika Populasi ... 8
2.6 Demografi Sangeh ... 9
BAB III MATERI DAN METODE ... 10
3.1 Materi Penelitian ... 10 3.1.1 Objek Penelitian ... 10 3.1.2 Alat ... 10 3.1.3 Bahan ... 10 3.2 Metode Penelitian ... 10 3.2.1 Rancangan Penelitian ... 10 3.2.1.1 Jenis Penelitian ... 10 3.2.1.2 Kerangka Penelitian ... 11 3.2.2 Variabel Penelitian ... 12
x
3.2.3 Cara Pengumpulan Data ... 12
3.2.4 Prosedur Penelitian ... 12
3.2.4.1 Sampel ... 12
3.2.4.2 Cara Pengambilan Darah ... 12
3.2.4.3 Ekstraksi DNA Total ... ... 12
3.2.4.4 Amplifikasi lokus Mikrosatelit ... 13
3.2.4.5 Elektroforesis ... 14
3.2.4.6 Pewarnaan Perak ... 14
3.2.4.7 Identifikasi Varian Alel ... 15
3.2.5 Analisis Data ... 15
3.2.6 Lokasi dan Waktu Penelitian ... 16
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ... 17
4.1 Hasil Penilitian……… 17
4.1.1 Identifikasi Alel……… 17
4.1.2 Frekuensi Alel………….………. 18
4.1.3 Heterozigositas………..…………... 18
4.2 Pembahasan………. 19
BAB V SIMPULAN DAN SARAN………... 21
5. 1 Simpulan………. 21
5. 2 Saran………... 21
xi
DAFTAR TABEL
Nomor Teks Halaman
1. Genotipe Monyet Ekor Panjang di Sangeh dengan Lokus Mikrosatelit
D10S1432……….. 18 2. Frekuensi Lokus Mikrosatelit D10S1432 Alel Monyet Ekor Panjang di
xii
DAFTAR GAMBAR
Nomor Teks Halaman
1. Kerangka Konsep Penelitian ... 4 2. Kerangka Kerja Penelitian ... 11
