Isolasi dan Identifikasi Jamur Endofit dari Daun Bawang Rambut (Allium chinense G. Don)

(1)

87

semnaskes.unipa.ac.id 14 Desember 2019

Isolasi dan Identifikasi Jamur Endofit dari Daun Bawang Rambut (Allium chinense G. Don)

Sylvia Rizky Prima^1*, Fetri Charya Munarsih², Ade Pratama³

1,2,3Fakultas Farmasi, Universitas 17 Agustus 1945 Jakarta, Jl. Sunter Permai Raya, Sunter Podomoro, DKI Jakarta Email [email protected]*

ABSTRAK

Salah satu keanekaragaman jenis tumbuhan Indoensia adalah tumbuhan bawang rambut (Allium chinense G. Don). Bawang rambut diketahui memiliki banyak kandungan kimia seperti aliin dan alyl alkohol yang beraktivitas sebagai antibakteri, antijamur, antiinflamasi, antikanker dan antihiperlispidemia. Saat ini, pencarian senyawa aktif tidak hanya dari bahan alam saja tetapi semakin berkembang ke arah mikroba endofit. Mikroba endofit dapat menghemat biaya dan penggunaan bahan alam namun menghasilkan potensi bioaktivitas yang tinggi. Pada penelitian ini dilakukan pemisahan atau pemurnian jamur endofit dari A. chinense G. Don. Jamur endofit yang telah berhasil dimurnikan kemudian diidentifikasi hingga diperoleh genus dan spesiesnya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hasil isolasi dan identifikasi molekuler dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR) dan analisa pohon filogenetik jamur endofit dari daun bawang rambut adalah spesies Byssochlamys spectabillis.

Kata kunci: Allium chinense; byssochlamys spectabillis; jamur endofit

Isolation and Identification of Endophytic Fungi From Bawang Rambut Leaves (Allium chinense G. Don)

ABSTRACT

The one of diversity of Indonesian plant spesies is Bawang rambut plant ( Allium chiense G. Don).

Bawang rambut are known to have many chemical contents such as aliin, alyl alcohol which is active as antimicrobial, anti-inflammatory,anticancer and antihyperlispidemia. Currently, the search for active compositions is not only from natural ingredients but is increasingly developing towards endophytic microbes. Endophytic microbes can save costs and use natural materials yet produce high bioactivity potential. In this study, an experiment or purification of endophytic fungi from A. chinense G. Don. Endophytic fungi that have been successfully purified and then successfully obtained the genus and species. The results showed that the results of isolation and molecular collection using polymerase chain reaction (PCR) and phylogenetic tree analysis of endophytic fungi from scallions were Byssochlamys spectabillis species.

Keywords: Allium chinense; byssochlamys spectabillis, endophytic fungus

(2)

88

PENDAHULUAN

Jamur endofit merupakan mikroba yang terdapat dalam sel tumbuhan inangnya tanpa menimbulkan pengaruh yang buruk untuk tumbuhan inangnya, berpotensi untuk menghasilkan senyawa bioaktif dan berpotensi memiliki bioaktivitas yang tinggi untuk kesehatan (Bacon & white, 2000). Senaywa metabolit sekunder yang dihasilkan dari jamur endofit yang memiliki aktivitas antibakteri yang masih digunakan hingga saat ini adalah penicilin, dari jamur Penicillium notatum (Hawksworth, 1991).

Penelitian tentang jamur endofit sedang berkembang akhir-akhir ini. Pada tahun 2002, Schulz mengisolasi 6500 spesies jamur endofit dari berbagai tanaman. 51% dari total tersebut menghasilkan sneyawa kimia baru atau belum pernah dilaporkan (Schulz, 2002).

Senyawa golongan dierpenoid berhasil diisolasi dari jamur Phapmosis sp yang memiliki aktivitas antiinflamasi (Xu et al, 2019. Oleh karena itu, dalam penelitian ini dilakukan isolasi dan identifikasi jamur endofit dari daun bawang rambut sebagai tahap pendahuluan dalam upaya pencarian senyawa aktif dari jamur endofit tanaman bawang rambut. Sebelumnya telah dilalakukan penelitian serupa namun dari umbi bawang rambut oleh Prima (2019) dan menghasilkan spesies jamur endofit Byssochlamys spectabillis.

METODE Penyiapan Sampel

Sampel daun A.chinense G. Don dikumpulkan dari petani di Kabupaten Bulungan, Kalimantan Utara.

Isolasi Jamur Endofit dari Daun Bawang Rambut (A. chinense G. Don)

Sampel daun A. chinense G. Don dipotong-potong kecil dan tipis. Potongan sampel tersebut dimasukkan kedalam

media potato dextrose agar (PDA + Kloramfenikol) secara aseptis. Cawan petri di inkubasi selama 3 – 4 minggu pada suhu kamar. Koloni yang memiliki warna dan bentuk yang berbeda dipindahkan ke dalam media PDA yang baru hingga diperoleh isolat jamur endofit murni.

Identifikasi Molekuler

Ekstraksi DNA biomasa sel jamur ditambahkan 300 mL buffer lisis.

Campuran disentrifugasi pada 18000 rpm selama 15 menit. Filtrat dihilangkan, DNA yang mengandung pelet dilarutkan dengan 50 ml DNA Hydration Buffer atau ddH2O kemudian inkubasi pada 60ºC selama 10 menit.

Amplifikasi PCR dan Analisa Pohon Filogenetik. Amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan alat PCR. Amplifikasi PCR mengikuti protokol Mytaq Red Mix, MyTaq Red Mix PCR kit, dengan primer ITS 1 (F 5’- TCC GTA GGT GAA CCT GCG G-3’) dan primer ITS4 (R 5’- TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3’). Reaksi amplifikasi PCR adalah sebagai berikit:

Reaksi pre-denaturasi melibatkan satu siklus pada suhu 95 °C selama 3 menit, dilanjutkan oleh 35 siklus dengan tahapan denaturasi pada suhu 95 °C selama 10 detik, tahapan annealing pada suhu 52 °C selama 30 detik, dan tahapan extension pada suhu 72°C selama 45 detik dan tahapan terakhir melibatkan satu siklus pada suhu 4 °C (Ferrer et al., 2001).

Produk PCR kemudian dikirim ke 1st Base Malaysia untuk sekuensing. Hasil sikuens diolah dengan menggunakan program DNA MAN v7.0.. Selanjutnya, analisa pohon filogenetik dilakukan dengan program BLAST pada situs NCBI utnuk memperoleh kekerabatan genus dan spesies dari isolat jamur endofit yang diisolasi.

HASIL DAN PEMBAHASAN Berdasarkan hasil determinasi sampel tumbuhan yang dibawa ke

(3)

89

Universitas Mulawarman, benar bahwa tumbuhan tersebut Allium chinense G.

Don.. Pada penelitian ini bagian yang digunakan adalah bagian daun.

Hasil isolasi jamur endofit dari daun A.chinense G. Don hanya menghasilkan satu isolat murni.

Berdasarkan hasil pengamatan secara makroskopis, isolat jamur endofit berwarna kuning kecoklatan, berserabut dan berbentuk tidak beraturan. Sedangkan hasil pengamatan secara mikroskopis menunjukkan bahwa isolat jamur endofit yang diperoleh berupa misellium dan terdapat konidia dengan konidofor bersepta (Gambar 1).

Gambar 1. Hasil pengamatan Makroskopis dan Mikroskopis Isolat Jamur Endofit dari Daun Bawang Rambut ( A. chinense G.

Don)

Berdasarkan hasil identifikasi molekuler menggunakan ITS, diperoleh pita DNA sekitar 600 bp (Gambar 2). Hasil sekuensing dan analisa pohon filogenetik dengan menggunakan program BLAST di NCBI-GenBank menunjukkan bahwa isolat jamur endofit yang berhasil diisolasi dari daun bawang rambut (A.chinense G.

Don) memiliki kemiripan 99% dengan spesies Byssochlamys spectabillis (Gambar 3). Penelitian serupa telah dilakukan oleh Prima (2019) namun dari umbi bawang rambut dan menghasilkan spesies jamur endofit Byssochlamys spectabillis. Hasil jamur endofit yang diperoleh sama dengan

konsentrasi yang berbeda. Namun tidak jarang umbi dan daun dari tumbuhan yang sama menghasilkan jamur endofit yang berbeda.

Genus byssochlamys memproduksi askospora yang tahan panas dan mampu bertahan pada suhu diatas 85^oC. Selain itu mampu bertahan pada suhu panas, genus ini juga mampu tumbuh pada daerah dengan tekanan oksigen sangat rendah dan dapat membentuk enzim pektinolitik.

Menurut Hoff (2004), Byssochlamys berpotensi digunakan sebagai genus pengontrol biologis. Jamur ini juga diketahui dapat menghambat pertumbuhan jamur patogen tanaman.

Penelitian aktivitas anti bakteri dari ekstrak etil asetat jamur endofit Byssochlamys spectabillis dari tumbuhan di Sudan (Euphorbia prostrata) sebelumnya telah dilakukan oleh Khiralla et al. (2016) yang menyatakan bahwa jamur Byssochlamys spectabilis memiliki daya hambat terhadap bakteri Staphylococcus aureus dengan (Minimum Inhibitory Concentration) MIC sebesar 0.5 mgmL^-1.

Gambar 2. Produk PCR dengan ITS Primer dari Isolat Jamur Endofit yang diisolasi dari Daun Bawang Rambut ( A. chinense G.

Don)

(4)

90

semnaskes.unipa.ac.id 14 Desember 2019 Gambar 3. Pohon Filogenetik Jamur Endofit dari Daun Bawang Rambut ( A.chinense G. Don)

SIMPULAN

Berdasarkan hasil karakterisasi molekuler diketahui bahwa jamur endofit yang berhasil diisolasi dari daun A.chinense adalah Byssochlamys spectabillis. Pengujian bioaktivitas dan isolasi senyawa metabolit sekunder sedang dilanjutkan

UCAPAN TERIMA KASIH Terimakasih kepada Kemen- ristekdikti yang telah mendanai penelitian ini pada tahun 2019 dalam skim penelitian dosen pemula.

DAFTAR PUSTAKA

Bacon, C.W., White, J.F. (2000).

Microbial endophytic. Marcel Dekker, New York and Basel, pp 1–487.

Ferrer, C., Colom, F., Frases, S., Mulet, E., Abad, J.L., Alió, J.L. (2001).

Detection and identification of fungal pathogens by PCR and by ITS2 and 5.8S ribosomal DNA typing in ocular infections. J Clin Microb, 39(8):2873–9.

Hawksworth, D.I. (1991). The fungal dimension of biodiversity:

magnitude, significance, and

conservation. Mycol Res, 95:641– 55.

Hoff, J. A., N. B. Klopfenstein., G. I.

McDonald., J. R. Tonn., M.-S.

Kim., P. J. Zambino., P. F.

Hessburg., J. D. Rogers., T. L.

Peever2 & L. M. Carris. (2004).

Fungal endophytes in woody roots of Douglas-fir (Pseudotsuga menziesii) and ponderosa pine (Pinus ponderosa). Journal of Forestry Sciences Laboratory, ISSN 1437–4781.

Khiralla, A. et al. (2016). Endophytic fungi associated with Sudanese medicinal plants show cytotoxic and antibiotic potential. FEMS Microbiology Letters, 363(11), pp.

1–8.

Prima, S.R., Munarsih, F.C., Nugroho, H.

(2019). Isolasi dan identifikasi secara molekuler jamur endofit dari umbi bawnag rambut. Jurnal Farmasi Galenika (Accepted).

Schulz, B., Boyle, C., draeger, S., Rommert, A., dan Krohn, K.

(2002). Review: Endophytic fungi: a source of novel biologically active secondary metabolites, Mycol. Res., 106(9), 996 – 1004.

(5)

91

Xu, K., Zhang, X., Chen, J. W., Chen, J.W., Shen, Y., Jiang, N., Tan, R.

X., Jiao, R.H., dan Ge, H.M.

(2019): Anti-inflammatory diterpenoids from an endophytic fungus Phomopsis sp. S12, Tetrahedron Letters, 60, 1-4.