59
Lampiran 1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok
a. CTAB 5 %
Larutan dibuat dengan melarutkan : - NaCl : 2.0 g
- CTAB : 5.0 G - Aquades : 100 ml
b. Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah : - Tris : 12.114 g
- Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml - Larutan disterilisasi dengan autoclave
c. Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m)
Bahan yang digunakan adalah : - Tris : 6.057 g
- Aquades ditambahkan hingga volume larutan mendekati 50 ml
- Pengaturan Ph dilakukan dengan menambahkan NaOH 2.5 M hingga Ph 7.4 - Volume ditepatkan hingga 50 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave d. EDTA O.5 M pH 8.0 (100 ml)
60
Bahan yang digunakan adalah : - NaEDTA : 18.612 g - NaOH : 2.0 g - Aquades : 80 ml
- Larutan dibuat dengan mencampur bahan kimia dalam gelas beaker dan diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik
- Pengaturan pH dilakukan dengan menambahkan HCl hingga ph 8.0. - Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterilisasi dengan autoclave e. NaCl 5 M pH 7.7 (l00 ml)
Bahan yang digunakan adalah : - NaCl : 29.22 g
- Aquades ditambahkan hingga larutan mendekati 100 ml dan diaduk dengan menggunakan batang pengaduk magnetik hingga larut
- Pengaturan PH dilakukan dengan menambahkan NaOH hingga pH 7.7 - Volume ditepatkan dengan aquades hingga 100 ml
- Larutan disterililasasi dengan autoclave f. Buffer Ekstraksi/CTAB (100 ml)
61
g. Buffer TAE 50 X (100 ml)
Bahan yang digunakan adalah : - Tris : 24.2 ml
- Asam Asetat Glasial : 5.7 ml - EDTA 0.5 M PH 8.0 : 10 ml
- Aquades ditambahkan hingga olume larutan 100 ml h. Buffer TAE 1X (500 ml)
Bahan yang digunakan adalah : - Buffer TAE 50 X : 10 ml - Aquades : 490 ml
i. Buffer TE (50 ml)
Bahan yang digunakan adalah : - Tris HCl 1 M PH 8.0 : 0.5 ml - EDTA 0.5 M PH 8.0 : 0.1 ml - Aquades : 49..4 ml
- Dimasukkan ke dalam gelas beaker dan diaduk hingga merata j. Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml)
70
Lampiran 7. Hasil skoring 3 primer pada 30 sampel aksesi andaliman
71
72
73
Lampiran 8. Ukuran pola pita 3 primer (base pairs)
74
75
76
Lampiran 9. Faktorial Koordinat
Tabel 13. Faktorial analisis (PCoA)
Tabel 14. Nilai Factorial coordinates
Axis Eigenvalue Inertia%
1 0.05046 19.74
0.3362123519 -0.1305688590 4,39E+12 -8,68E+12 7,29E+12
2 0.1376503239 -0.2476267890 5,44E+12 0.11455087683 -8,15E+12
3 0.3094111475 3,68E+12 0.0499282621 4,84E+12 -0.2767422756
4 1,34E+12 -0.1624651948 7,65E+12 -0.1231940998 0.16071306514
5 0.2928508247 -0.1054665933 0.18412326308 3,52E+12 -6,83E+12
6 -0.390176303 -0.5144853177 -0.3109243722 0.26306133570 -8,42E+12
7 0.1729956058 1,39E+12 -1,83E+12 -0.1497824058 0.26011731622
8 0.3791159890 1,27E+12 -0.2162080816 -5,07E+12 -1,85E+12
9 -0.1745307504 -0.0412006091 4,39E+12 0.27672861312 0.1756200635
10 -8,51E+11 0.17499525077 0.0130353951 -0.1337375851 -0.2053155776
11 0.2274215139 -0.2602977069 -0.1112231568 -2,11E+12 -8,29E+11
12 -0.1881556113 -4,91E+12 0.20925998566 -2,60E+12 0.0530938622
13 0.2052205518 9,10E+12 0.26749800308 0.26062503593 -0.118867272
14 0.2124011668 5,99E+12 1,34E+12 7,24E+12 0.3043983650
15 -0.121951297 -5,95E+12 -0.2821977702 -0.1263379894 -0.008886190
16 0.2012546238 0.31405871883 -0.2833060605 0.22314092044 3,86E+12
17 0.2001142204 -0.1682954850 -0.24927636111 -1,37E+12 -4,42E+10
18 0.2506373298 0.15056332359 -8,02E+12 0.13171574945 -4,59E+12
19 -0.1715223531 -5,95E+12 0.10271401396 -0.1842159893 -0.2179552990
20 -0.2093617015 3,74E+12 0.18754125928 -0.0138428272 -4,75E+12
21 -0.2489936210 0.0121411141 -0.0822318730 -0.1751939599 -7,44E+12
22 -0.1694453088 -6,95E+12 0.13151633729 -6,62E+11 -1,60E+12
23 -4,52E+12 0.3354453626 -0.1380148540 -6,88E+12 0.11688422528
24 -7,31E+12 0.2385018962 0.10668303244 9,43E+12 -0.1851104724
25 2,52E+12 -4,53E+12 -3,09E+12 -0.4361263862 -4,60E+11
26 -2,60E+12 -1,67E+12 0.41735422710 -1,71E+12 0.1015126659
27 -0.2670617508 -3,48E+12 0.16419594473 7,70E+12 0.1989369700
28 -0.3831983699 0.2788171137 -0.2309758512 5,10E+12 2,57E+12
29 -0.2138660232 0.1131548140 -5,18E+12 -6,25E+12 1,42E+12
30 -0.2728099388 9,55E+12 1,98E+12 4,77E+12 -5,62E+12
77
Lampiran 10. Data .ARB
@DARwin 5.0 – ARB
30 30 57
1 34 0.135853159412245
2 32 0.04179416759316
3 37 0.18044076209408
4 41 0.103910907085965
5 32 0.069316943517951
6 39 0.487550446813494
7 41 0.181803378628321
8 36 0.147607581802304
9 39 0.179116219853173
10 37 0.183195601542284
11 34 0.127304735324597
12 33 0.041392997144877
13 35 0.137232188299194
14 43 0.160170985227662
15 58 0.208754401617218
16 38 0.240719889516776
17 36 0.14651006525652
18 45 0.234583121751093
19 53 0.184660209857784
20 52 0.10917441173434
21 47 0.119815903464756
22 40 0.076524907034596
23 38 0.175946777149891
24 46 0.294320423455378
25 47 0.308755525106673
26 35 0.162767811700806
27 33 0.078607002855123
28 31 0.155391879008313
29 31 0.029793306176872
30 54 0.15399429156064
31 54 0.101897964331616
32 44 0.121268548502836
33 40 0.049093822062394
34 42 0.059672492516435
35 49 0.104074017193083
36 42 0.046074411508333
37 49 0.087917324798259
38 46 0.048724689326577
39 55 0.081153839596115
40 52 0.030983132940927
78
41 48 0.062400409704204
42 43 0.028702979429972
43 44 0.010186148388343
44 45 0.014504466639912
45 48 0.02799877891438
46 51 0.060999676104283
47 53 0.042701673110506
48 50 0.033874308308847
49 50 0.01891178084266
50 51 0.024861844444029
51 57 0.051828643439484
52 55 0.055245978609983
53 57 0.033176890690831
54 56 0.028485431638959
55 56 1,07E+10
56 58 0.028135972582022
57 58 0.001328153921008
79
Tree construction: UnWeighted Neighbor-Joining
Tree constructed from: new_30andaliman_kodearea_H6_N3_C12.dis
80
30 selected units on 30 Bootstrap analysis: 1000
Average 'edge' distance between bootstrapped trees: 0.8057 5-percentile: 0.6667
95-percentile: 0.9259 ---
Dissimilarity calculated from data file:
new_30andaliman_kodearea_H6_N3_C12.var (type:'single') User selection Units: 30/30 and Variables: 32/32
Dissimilarity index: Presence / Absence - Dice Missing data options:
Integer code for missing data = 999
Pairwise variable deletion - Remove variables with missing data for the current unit pair (70 % of valid data required for each unit pair)
1000 bootstraps
--- Imported Single data...
