Se m ina r N a siona l Sa ins da n Te k nologi (SEN AST EK -2
K ARAK T ERI SASI GEN ET I K EN T
K ARAK T ERI SASI GEN ET I K EN T
PADA BABI
M.S. Anthara, K.K. Agust
Fakultas Kedokteran Hew Corresponding author: ka
PENDAHULUAN
Secara umum masyarakat pedesaan di Bali masih beternak babi
Corresponding author: ka
Secara umum masyarakat pedesaan di Bali masih beternak babi secara tradisional dengan melepaskan babinya dipekarangan rumah, berbaur dengan manusia. Dampak dari buruknya sistem peternakan babi yang dilakukan adalah munculnya permasalahan kesehatan pada berbaur dengan manusia. Dampak dari buruknya sistem peternakan babi yang dilakukan adalah munculnya permasalahan kesehatan pada babi itu sendiri. Salah satu agen penyakit yang penting pada peternakan babi adalah Entamoeba spp. Penyakit yang diakibatkan peternakan babi adalah Entamoeba spp. Penyakit yang diakibatkan oleh Entamoeba sangat merugikan, mereka menyerap sari-sari makanan sehingga menimbulkan kerugian ekonomi akibat pemborosan biaya produksi serta hambatan pertumbuhan hingga pemborosan biaya produksi serta hambatan pertumbuhan hingga kematian babi (Collins, 2002; Myer and Walker, 2003). Selain itu, salah satu spesies Entamoeba yang terdapat pada babi yaitu E. polecki merupakan agen zoonosis.
polecki merupakan agen zoonosis.
Metode diagnosis konvensional dengan pemeriksaan feses secara mikroskopis untuk menentukan spesies Entameba sangat sulit dilakukan dan sering tidak akurat. Deskripsi morfologi sering tidak dilakukan dan sering tidak akurat. Deskripsi morfologi sering tidak lengkap dan tidak jelas, yang menyebabkan keraguan untuk validasi dalam menentukan perbandingan masing-masing spesies sehingga hampir mustahil dilakukan dalam beberapa kasus. Secaa morfologis, hampir mustahil dilakukan dalam beberapa kasus. Secaa morfologis, tidak terdapat banyak variasi yang bisa membedakan diantara Spesies Entamoeba, hanya dengan ukuran kista, jumlah inti kista dan tampilan bar chromatoidal (array kristal ribosom) menjadi criteria utama dalam bar chromatoidal (array kristal ribosom) menjadi criteria utama dalam upaya identifikasi. Akibatnya, keragaman genetik yang signifikan telah ditemukan untuk membedakan organism yang hampir sama secara ditemukan untuk membedakan organism yang hampir sama secara morfologis dan mungkin juga bahwa variasi morfologi tertentu tidak menjamin perbedaan tingkat spesies (Clark and Diamond, 1997).
METODE PENELITIAN
METODE PENELITIAN
Sebanyak 20 sampel berupa produk PCR Entamoeba yang berasal dari feses babi setelah melalui proses amplifikasi menggunakan dari feses babi setelah melalui proses amplifikasi menggunakan primers Entam 1 (F) : (5’-GTT GAT CCT GCC AGT ATT ATA TG-3’) dan Entam 2 (R) : (5’-CAC TAT TGG AGC TGG AAT TAC-3’) (Sukprasert, et al. 2008). Sampel tersebut di Purifikasi selanjutnya (Sukprasert, et al. 2008). Sampel tersebut di Purifikasi selanjutnya dilakukan Sequencing DNA. Data sequens DNA dianalisa menggunakan Program Mega, selanjutnya dibandingkan dengan publikasi DNA GeneBank.
publikasi DNA GeneBank.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil elektroforesis produk PCR Entamoeba
Setelah dilakukan sequencing terhadap 20 sampel dengan Setelah dilakukan sequencing terhadap 20 sampel dengan kualitas band terbaik pada saat dilakukan elektrophoresis ditemukan bahwa sebanyak delapan sampel teridentifikasi sebagai Entamoeba suis dan empat sampel diidentifikasi sebagai Entamoeba polecki suis dan empat sampel diidentifikasi sebagai Entamoeba polecki sedangka delapan sampel lainnya tidak terbaca dan terjadi kontaminasi oleh agen lain.
kontaminasi oleh agen lain.
UCAPAN TERIMAKASI
Terimakasih diucapkan kepada Universitas Udayana Terimakasih diucapkan kepada Universitas Udayana yang telah mendanai penelitian ini dengan kontrak
-2 0 1 5 ), Kut a , Ba li, I N DON ESI A, 2 9 – 3 0 Ok t obe r 2 0 1 5
GEN ET I K EN TAM OEBA
P-PN L-1 4 2
GEN ET I K EN TAM OEBA
ABI DI BALI
Agustina dan M.R.K. Dewi
ewan Universitas Udayana [email protected] [email protected]
E.suis England DQ286372 E. suis UK FR686456
E.suis Denmark FR686456
E. suis
E. histolytica KBT 170715
KBT 150715 KBT 160715 KBT 010713 KBT 040715 KBT 030715
KBT 020715
KBT 110715
E. gingivalis
E. coli
E. chattoni E. polecki KBT 100715
KBT 120715 KBT 010715 KBT 140715
E. polecki E. equi
E. hartmanni
E. terrapinae E. insolita
E. bovis
E. moshkovskii
E. ecuadoriensis E. dispar
E. dispar E. dispar
E. histolytica E. histolytica
E. histolytica E. histolytica
E. nuttalli 90
88 95
97 60
60 99 99
88 99
99
99
85 98
99 99
30 60
23 99
93
96 66
73
54
99 65
77
96
99
0.02
E.suis Denmark FR686456
E. suis
E. histolytica
E. histolytica AB282658
KBT 170715
KBT.17.07.15
KBT 150715
KBT.15.07.15
KBT 160715
KBT.16.07.15
KBT 010713
KBT.01.07.13
KBT 040715
KBT.04.07.15
KBT 030715
KBT 020715
KBT 110715
E. gingivalis
E. coli
E. chattoni E. polecki KBT 100715
KBT 120715 KBT 010715 KBT 140715
E. polecki E. equi
E. hartmanni
E. terrapinae E. insolita
E. bovis
E. moshkovskii
E. ecuadoriensis E. dispar
E. dispar E. dispar
E. histolytica E. histolytica
E. histolytica E. histolytica
E. nuttalli 90
88 95
97 60
60 99 99
88 99
99
99
85 98
99 99
30 60
23 99
93
96 66
73
54
99 65
77
96
99
0.02
E. suis
E. histolytica KBT 170715
KBT 150715 KBT 160715 KBT 010713 KBT 040715 KBT 030715
KBT.03.07.15
KBT 020715
KBT.02.07.15
KBT 110715
KBT.11.07.15 E.gingivalis Brazil KF250433
E. gingivalis Tokyo D28490 E.gingivalis strain H57
E. gingivalis
E.coli Denmark FR686404
E. coli
E. chattoni E. polecki KBT 100715
KBT 120715 KBT 010715 KBT 140715
E. polecki E. equi
E. hartmanni
E. terrapinae E. insolita
E. bovis
E. moshkovskii
E. ecuadoriensis E. dispar
E. dispar E. dispar
E. histolytica E. histolytica
E. histolytica E. histolytica
E. nuttalli 90
88 95
97 60
60 99 99
88 99
99
99
85 98
99 99
30 60
23 99
93
96 66
73
54
99 65
77
96
99
0.02
E. suis
E. histolytica KBT 170715
KBT 150715 KBT 160715 KBT 010713 KBT 040715 KBT 030715
KBT 020715
KBT 110715
E. gingivalis
E.coli Denmark FR686404
E. coli Rwanda FR686442 E. coli
E.chattoni USA AF149912
E. chattoni UK KJ149294 E. chattoni
E. polecki
E.polecki Denmark FR686398
KBT 100715
KBT.10.07.15
KBT 120715
KBT.12.07.15
KBT 010715 KBT 140715
E. polecki E. equi
E. hartmanni
E. terrapinae E. insolita
E. bovis
E. moshkovskii
E. ecuadoriensis E. dispar
E. dispar E. dispar
E. histolytica E. histolytica
E. histolytica E. histolytica
E. nuttalli 90
88 95
97 60
60 99 99
88 99
99
99
85 98
99 99
30 60
23 99
93
96 66
73
54
99 65
77
96
99
0.02
E. suis
E. histolytica KBT 170715
KBT 150715 KBT 160715 KBT 010713 KBT 040715 KBT 030715
KBT 020715
KBT 110715
E. gingivalis
E. coli
E. chattoni E. polecki KBT 100715
KBT 120715
KBT.12.07.15
KBT 010715
KBT.01.07.15
KBT 140715
KBT.14.07.15
E.polecki USA AF149913
E.polecki England EF110872 E. polecki
E. equi
E.equi DQ286371 USA
E. hartmanni FR686375
E. hartmanni
E. terrapinae E. insolita
E. bovis
E. moshkovskii
E. ecuadoriensis E. dispar
E. dispar E. dispar
E. histolytica E. histolytica
E. histolytica E. histolytica
E. nuttalli 90
88 95
97 60
60 99 99
88 99
99
99
85 98
99 99
30 60
23 99
93
96 66
73
54
99 65
77
96
99
0.02
E. suis
E. histolytica KBT 170715
KBT 150715 KBT 160715 KBT 010713 KBT 040715 KBT 030715
KBT 020715
KBT 110715
E. gingivalis
E. coli
E. chattoni E. polecki KBT 100715
KBT 120715 KBT 010715 KBT 140715
E. polecki E. equi
E. hartmanni AF149907 E.hartmanni Denmark FR686378
E. hartmanni
E. terrapinae
E.terrapinae USA AF149910
E. insolita
E.insolita USA AF149909
E.bovis Denmark FN666252 E.bovis Sweden FN666248 E. bovis Sweden FN666251
E. bovis
E. moshkovskii
E. ecuadoriensis E. dispar
E. dispar E. dispar
E. histolytica E. histolytica
E. histolytica E. histolytica
E. nuttalli 90
88 95
97 60
60 99 99
88 99
99
99
85 98
99 99
30 60
23 99
93
96 66
73
54
99 65
77
96
99
0.02
E. suis
E. histolytica KBT 170715
KBT 150715 KBT 160715 KBT 010713 KBT 040715 KBT 030715
KBT 020715
KBT 110715
E. gingivalis
E. coli
E. chattoni E. polecki KBT 100715
KBT 120715 KBT 010715 KBT 140715
E. polecki E. equi
E. hartmanni
E. terrapinae E. insolita
E. bovis Sweden FN666251
E. bovis
E.moshkovskii USA AF1449906 E. moshkovskii Iraq KP722606
E.moshkovskii Cameroon KJ870231
E. moshkovskii
E. ecuadoriensis
E.ecuadoriensis London DQ286373
E. dispar
E.dispar Cameroon KJ870219
E. dispar
E.dispar KP722600
E. dispar
E. histolytica E. histolytica
E. histolytica E. histolytica
E. nuttalli 90
88 95
97 60
60 99 99
88 99
99
99
85 98
99 99
30 60
23 99
93
96 66
73
54
99 65
77
96
99
0.02
E. suis
E. histolytica KBT 170715
KBT 150715 KBT 160715 KBT 010713 KBT 040715 KBT 030715
KBT 020715
KBT 110715
E. gingivalis
E. coli
E. chattoni E. polecki KBT 100715
KBT 120715 KBT 010715 KBT 140715
E. polecki E. equi
E. hartmanni
E. terrapinae E. insolita
E. bovis
E. moshkovskii
E. ecuadoriensis E. dispar
E. dispar
E.dispar KP722600
E. dispar
E. dispar AB282661
E. histolytica
E. histolytica JApan AB426549
E. histolytica
E. histolytica Philipine GQ423748
E. histolytica
E.histolytica Burkina Faso AB608092
E. histolytica
E.histolytica X56991
E.nuttalli Cina AB749447
E. nuttalli 90
88 95
97 60
60 99 99
88 99
99
99
85 98
99 99
30 60
23 99
93
96 66
73
54
99 65
77
96
99
0.02
E. suis
E. histolytica KBT 170715
KBT 150715 KBT 160715 KBT 010713 KBT 040715 KBT 030715
KBT 020715
KBT 110715
E. gingivalis
E. coli
E. chattoni E. polecki KBT 100715
KBT 120715 KBT 010715 KBT 140715
E. polecki E. equi
E. hartmanni
E. terrapinae E. insolita
E. bovis
E. moshkovskii
E. ecuadoriensis E. dispar
E. dispar E. dispar
E. histolytica E. histolytica
E. histolytica E. histolytica
E.nuttalli Kanagawa AB720830 E. nuttalli Nepal AB282657
E. nuttalli 90
88 95
97 60
60 99 99
88 99
99
99
85 98
99 99
30 60
23 99
93
96 66
73
54
99 65
77
96
99
0.02
Pohon filogeny Entamoeba
Berdasarkan gambar pohon filogeni diatas dapat diketahui Berdasarkan gambar pohon filogeni diatas dapat diketahui bahwa E.suis yang teridentifikasi pada babi di Bali memiliki kedekatan genetik dengan E.suis yang ditemukan di Denmark, Inggris, UK dengan kedekatan genetik 0-0.075. Sedangkan Inggris, UK dengan kedekatan genetik 0-0.075. Sedangkan E.polecki yang ditemukan pada babi di Bali memiliki kedekatan genetik dengan E.polecki yang ditemukan di USA, UK, Denmark dan England dengan kedekatan genetik 0.01-0.046.
genetik dengan E.polecki yang ditemukan di USA, UK, Denmark dan England dengan kedekatan genetik 0.01-0.046.
KBT 010713
KBT 010715
KBT 020715
KBT 030715
KBT 040715
KBT 100715
KBT 110715
KBT 120715
KBT 140715
KBT 160715
KBT 150715
KBT 170715
E. gingivalis 0.090 0.319 0.136 0.094 0.092 0.340 0.173 0.324 0.306 0.090 0.090 0.090
E. bovis 0.198 0.366 0.245 0.198 0.197 0.357 0.272 0.338 0.343 0.198 0.198 0.198
E. bovis 0.198 0.366 0.245 0.198 0.197 0.357 0.272 0.338 0.343 0.198 0.198 0.198
E. dispar 0.202 0.384 0.249 0.202 0.200 0.391 0.274 0.378 0.359 0.202 0.202 0.202
E. hartmanni 0.250 0.503 0.275 0.250 0.250 0.511 0.326 0.466 0.438 0.250 0.250 0.250
E. histolytica 0.162 0.365 0.208 0.163 0.161 0.374 0.235 0.359 0.343 0.162 0.162 0.162
E. moshkovskii 0.1990.199 0.3740.374 0.2460.246 0.1990.199 0.1970.197 0.3750.375 0.2760.276 0.3560.356 0.3560.356 0.1990.199 0.1990.199 0.1990.199 E. nuttalli 0.203 0.381 0.250 0.203 0.201 0.387 0.275 0.374 0.356 0.203 0.203 0.203
E. polecki 0.291 0.046 0.339 0.292 0.291 0.051 0.330 0.027 0.010 0.291 0.291 0.291
E. suis 0.000 0.303 0.043 0.004 0.000 0.320 0.075 0.297 0.291 0.000 0.000 0.000 E. chattoni 0.291 0.047 0.339 0.291 0.291 0.071 0.337 0.047 0.035 0.291 0.291 0.291
E.
ecuadoriensis 0.198 0.394 0.244 0.198 0.196 0.401 0.270 0.387 0.381 0.198 0.198 0.198 ecuadoriensis
E. coli 0.239 0.317 0.277 0.239 0.238 0.310 0.303 0.293 0.293 0.239 0.239 0.239
E. insolita 0.213 0.351 0.260 0.213 0.206 0.364 0.292 0.339 0.351 0.213 0.213 0.213
E. terrapinae 0.200 0.353 0.241 0.199 0.193 0.353 0.270 0.335 0.347 0.200 0.200 0.200
E. equi 0.159 0.362 0.204 0.155 0.157 0.369 0.233 0.350 0.332 0.159 0.159 0.159
SIMPULAN
Teridentifikasi dua jenis Entamoeba pada babi di Bali yaitu E.suis dengan karekteristik genetik serupa dengan E.suis yang
i
E.suis dengan karekteristik genetik serupa dengan E.suis yang ditemukan di Denmark, Inggris, UK dengan kedekatan genetik 0-0.075. E.polecki memiliki karakteristik yang serupa dengan genetik dengan E. polecki yang ditemukan di USA, UK, Denmark dan i
i
dengan E. polecki yang ditemukan di USA, UK, Denmark dan England dengan kedekatan genetik 0.01-0.046
