fWarta
B
IOGEN
Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian
Vol. 6, No. 3, Desember 2010
ISSN 0216-9045
B
ERITA
U
TAMA
anggal 3 Desember 2010 meru-pakan hari bersejarah bagi tim situs BB-Biogen. Di sela-sela acara Rapat Kerja Badan Litbang Pertani-an di Jakarta, situs Biogen terpilih sebagai juara 2 dalam lomba Situs Website lingkup Badan Litbang Per-tanian. Tim situs BB-Biogen (Biogen online) terpilih sebagai juara di antara 13 situs Balai Besar/Puslit Litbang Pertanian. Merupakan se-buah kebanggaan tersendiri semen-jak situs Biogen online ini di-launching untuk pertama kalinya pada tahun 2004.
Sejarah Situs Biogen Online
Awal pembuatan situs web di BB-Biogen merupakan tindak lanjut dari kebijakan pemerintah melalui Inpres No. 3 Tahun 2003, 9/6/2003 mengenai Kebijakan dan Strategi Nasional Pengembangan E-govern-ment merupakan penyelenggaraan pemerintahan yang berbasis (meng-gunakan) elektronik untuk mening-katkan kualitas layanan publik secara efektif dan efisien. Jaringan informasi Badan Litbang Pertanian memiliki tujuan: menyebarluaskan informasi litbang, meningkatkan efi-siensi dalam komunikasi, mening-katkan kinerja manajemen dan meningkatkan kompetensi SDM. Penyampaian informasi melalui media internet diawali dengan pembuatan situs web BB-Biogen
pada tahun 2004 dengan meng-gunakan sistem PHP (Hypertext Preprocessor) dan seiring dengan kemajuan teknologi informasi yang sangat pesat, sistem tersebut di-ubah menjadi sistem CMS.
Situs web BB-Biogen mulai mentargetkan untuk memperbaha-rui websitenya ke sistem berbasis CMS (Content Management Sys-tem) pada tahun 2007, sebagai tindak lanjut dari pertemuan “Workshop Pengembangan Web-site Berbasis CMS dalam Rangka Penyebaran Teknologi Informasi Pertanian” yang diselenggarakan oleh Badan Litbang Pertanian pada tanggal 5-9 Desember 2006 di Cibogo-Bogor. Migrasi dilakukan langkah demi langkah dari tahun tersebut dan peluncuran perdana menggunakan sistem ini
dilaksana-http://biogen.litbang.deptan.go.id
: Juara Dua
Situs Terbaik Tingkat Litbang Pertanian
T
Warta
Biogen
Penanggung Jawab
Kepala BB-Biogen Karden Mulya
Redaksi
Widiati H. Adil Joko Prasetiyono
Tri Puji Priyatno Ida N. Orbani
Alamat Redaksi
Seksi Pendayagunaan Hasil Penelitian BB-Biogen Jl. Tentara Pelajar 3A
Bogor 16111
kan pada kegiatan seminar rutin BB-Biogen pada Rabu, 15 Juni 2009. Pembukaan dan peresmiannya di-lakukan oleh Kepala Balai saat itu, Dr. Sutrisno dan penyampaian serta penjelasan tentang situs web BB-Biogen yang diberi nama “BB-Biogen Online” oleh Dani Satyawan, MSc.
CMS adalah sistem manajemen konten, merupakan sebuah aplikasi berbasis web yang memiliki sistem sedemikian rupa sehingga mem-berikan kemudahan kepada para pengguna sekaligus juga pengelola-nya. CMS telah disepakati bersama sebagai basis sistem website UK/ UPT lingkup Badan Litbang Pertani-an yPertani-ang telah dirumuskPertani-an bersama dalam bentuk Pedoman dan Stan-darisasi Website UK/UPT Lingkup Badan Litbang Pertanian. Ketentu-an-ketentuan yang lainnya terkait dengan pedoman dan standarisasi website tersebut di antaranya adalah: tata cara pencantuman logo Deptan (sekarang Kementan), for-mat standar banner, style, konten minimum yang harus ada, dan sebagainya. Meskipun hingga kini pedoman tersebut belum dikukuh-kan secara formal dalam bentuk Surat Keputusan, namun BB-Biogen telah memulai mengambil langkah untuk melakukan pembaharuan dan disain ulang website yang mengarah pada ketentuan standar website Badan Litbang Pertanian. Website Biogen Online hasil pem-baharuan dan disain ulang ini nantinya diharapkan telah sebagian besar memenuhi standar website UK/UPT lingkup Badan Litbang Pertanian.
CMS yang dipilih sebagai basis website Biogen Online adalah program Joomla v1.1.0. Joomla adalah sebuah sebuah sistem ma-najemen konten open source yang handal dan telah banyak digunakan di dunia, sangat mudah diinstall, gampang dalam pengelolaannya serta memiliki kapabilitas yang ting-gi untuk keperluan website dari yang paling sederhana hingga apli-kasi website yang kompleks. Bebe-rapa kelebihan penggunaan CMS sebagai basis website di antaranya:
1. Fasilitas modul dan komponen yang disediakan sangat banyak dan beragam. Modul-modul ter-sebut tinggal diaktifkan (diinstall) jika memang diperlu-kan sebagai salah satu kompo-nen website. Hal ini tentu saja sangat menghemat waktu dan tenaga, dibandingkan dengan apabila kita harus membuat sen-diri modul atau komponen ter-sebut.
2. Pengelola website dapat lebih berkonsentrasi dalam pengelola-an konten, porsi pekerjapengelola-an da-lam pemrograman akan berku-rang sangat jauh. Aplikasi CMS telah menyediakan antarmuka (front end) yang sangat komuni-katif, baik dalam pengelolaan konten maupun dalam modifi-kasi template dan style website. 3. Banyak pihak dapat dilibatkan
dalam kontribusi konten yang akan ditampilkan melalui penge-lolaan profil user yang beragam, handal dan aman.
4. CMS Joomla bersifat open source (public domain), penggu-na tidak akan terbebani dengan biaya sebagaimana aplikasi lain-nya yang bersifat licensed. 5. Pengembangan ke depan
terha-dap aplikasi CMS bersifat dina-mis. Telah tersedia forum peng-guna Joomla di Indonesia seba-gai ajang komunikasi dan dis-kusi terkait dengan penggunaan dan pengembangan Joomla.
Sebagai salah satu tindak lanjut dari upaya standardisasi situs web yang dikoordinasi oleh Badan Litbang Pertanian, maka mulai bulan Juni 2007 situs Biogen Online telah menginduk pada domain Badan Litbang Pertanian, dengan demikian alamat Biogen Online yang baru adalah www.biogen. litbang.deptan.go.id. Alamat situs web yang baru ini telah diaktifkan sejak 24 Mei 2007 dan masih akan disosialisasikan mengingat masih banyak pengunjung website Biogen Online yang belum mengetahui perubahan ini. Oleh karena itu,
un-tuk waktu beberapa bulan menda-tang website Biogen Online memi-liki dua alamat situs, yaitu www. indobiogen.or.id (alamat situs yang lama) dan www.biogen.litbang. deptan.go.id (alamat situs yang menginduk ke domain Badan Litbang Pertanian). Secara berta-hap, nantinya alamat situs Biogen Online akan beralih sepenuhnya ke www.biogen.litbang.deptan.go.id.
Isi Biogen Online
Kalau anda membuka halaman depan situs Biogen Online maka anda akan disuguhkan dengan nuansa warna hijau. Warna hijau ini merupakan warna khas dari fitur-fitur Badan Litbang Pertanian. Tam-pilan Biogen Online sekarang juga sebagian juga sudah dalam Bahasa Inggris sehingga semakin mudah di-akses oleh orang luar. Tampilan si-tus Biogen Online ini telah meng-ikuti standar/peraturan yang dite-tapkan dari Badan Litbang Pertani-an seperti kenyamPertani-anPertani-an pengunjung situs, besarnya beban pemakaian bandwidth server, perlunya gaya (style) yang senada untuk web ling-kup Badan Litbang Pertanian untuk membentuk citra institusi dan pro-mosi keberadaan Badan Litbang Pertanian ‘brand’.
dibagi menjadi Peneliti Utama, Peneliti Madya, Peneliti Muda, dan Peneliti Pertama) serta Peneliti Nonkelas. Sedangkan web terkait (link) memberikan informasi ten-tang alamat-alamat situs pada ling-kup Kementerian Pertanian, di luar lingkup Kementerian Pertanian dan institusi/lembaga di luar negeri yang masih berhubungan dengan kegiat-an bioteknologi tkegiat-anamkegiat-an.
Biogen Online juga menampil-kan kalender kegiatan BB-Biogen, seminar rutin, berita seputar biotek-nologi, artikel biotekbiotek-nologi, event internasional, dan informasi web mengenai ketersediaan beasiswa untuk studi dan training.
Publikasi yang merupakan ba-gian dari pengembangan perpusta-kaan elektronik UK/UPT Kemen-terian Pertanian adalah fitur wajib untuk website Badan Litbang Per-tanian. Fitur ini diletakkan pada bagian “Informasi” berisi hasil-hasil penelitian BB-Biogen yang disam-paikan dalam jurnal maupun se-minar. Publikasi juga berisi artikel-artikel dari jurnal dan warta milik BB-Biogen.
Keanggotaan tim situs BB-Biogen terdiri dari pembina, ketua, sekretaris, dan anggota. Tim situs BB-Biogen tidak menggunakan te-naga dari luar (outsourcing) untuk membangun situs webnya, tetapi memanfaatkan pegawai BB-Biogen sendiri. Pada periode kali ini, anggota tim terdiri dari Dr. Karden Mulya (Pembina); Ir. Widiati H. Adil MSc (Ketua); Dr. Saptowo J. Pardal, Hakim Kurniawan, SP., MP; Surya Diantina, SP (Sekretaris), Habib Rijzaani, MSc; Dani Satyawan, MSc; Dr. Toto Hadiarto; Ir. Faizal Abidin; Dra. Evy Juliantini; dan Ir. Ida N. Orbani. Format keanggotaan yang cukup ‘ramping’ ini menyebabkan seluruh anggota tim harus bekerja secara efektif. Rapat diadakan secara rutin paling tidak satu kali dalam satu bulan dengan agenda utama perbaikan situs BB-Biogen.
Kegiatan perbaikan situs BB-Biogen terus dilakukan untuk me-ningkatkan mutu pelayanan serta penyediaan informasi bagi penggu-na. Kegiatan rutin yang dilakukan oleh tim situs yang paling menonjol adalah selalu meng’update’ isi dari berita dan artikel setiap bulannya. Tim situs juga berusaha terus me-nerus untuk memperbaiki tampilan. Salah satu cara yang dilakukan adalah dengan survei terhadap pengguna internal (pegawai BB-Biogen) untuk memberikan saran terhadap tampilan yang paling me-narik dari pilihan tampilan yang di-sodorkan kepada pengguna. Keter-libatan pengguna situs BB-Biogen juga diharapkan melalui masukan-masukan lewat e-mail yang disam-paikan melalui administrator situs (tertera pada halaman situs). Peng-guna dapat turut menyebarkan informasi baik berupa berita mau-pun artikel ilmiah bioteknologi me-lalui situs ini dengan ikut menjadi ‘member’ dari situs BB-Biogen. Per-baikan situs BB-Biogen juga dilaku-kan dengan memberidilaku-kan informasi-informasi baru seperti ketersediaan beasiswa dan seminar.
Salah satu cara untuk memper-baiki kualitas situs BB-Biogen adalah dengan membekali anggota tim dengan keterampilan mengolah situs, teruma penggunaan sistem CMS yang merupakan hal yang ba-ru. Untuk anggota tim situs BB-Biogen, pembekalan ini dilakukan dengan mengikuti kursus penge-lolaan situs internet mulai dari mempelajari Joomla dari cara instalasi perangkat lunak sampai dengan cara mengoperasikan sis-tem ini. Secara periodik, telah dila-kukan pembekalan dan pendalam-an materi mengenai Joomla kepa-da tim website BB-Biogen dengan mengundang nara sumber. Seiring dengan hal tersebut, dilakukan upa-ya transformasi website BB-Biogen ke sistem berbasis CMS. Keteram-pilan mengolah situs ini diperlukan agar situs BB-Biogen lebih ‘user
friendly’ dengan tampilan yang me-narik dan informatif. Selain itu, ang-gota tim situs juga diajak untuk mengikuti seminar-seminar yang terkait dengan pengelolaan situs dan perbaikan sistem dan teknologi informasi.
Peremajaan (update) situs di-harapkan bisa dilakukan minimal setiap bulan. Target ini dapat dica-pai karena situs Biogen Online selalu dievaluasi dari waktu ke waktu. Untuk meningkatkan kuali-tas situs web BB-Biogen, target ke depan adalah meremajakan fitur-fitur situs web paling tidak setiap minggu sekali. Untuk hal ini, tim situs memerlukan dukungan dari pengguna, terutama pegawai BB-Biogen untuk turut serta mengirim-kan berita maupun artikel seputar bioteknologi dan sumber daya genetik pertanian.
Bagaimana Cara Mengirim Artikel?
Semenjak situs web BB-Biogen dibuat pada tahun 2004 tercatat sudah dikunjungi sebanyak 77.000 kali. Kalau dirata-rata tiap tahun situs Biogen Online telah dikunjungi sebanyak 11.000 kali, atau rata-rata per harinya sebanyak 30 kali kun-jungan. Jumlah ini cukup lumayan. Situs Biogen juga terbuka untuk umum di dalam penyebarluasan informasi bioteknologi. Kalau anda, teman anda, atau kenalan anda yang tertarik ingin mengirimkan artikel tentang bioteknologi/sumber daya genetik dapat dilakukan dengan menghubungi administrator lewat website itu juga. Administra-tor website akan melakukan verifi-kasi melalui email, kemudian calon pengirim artikel akan diberi User ID, dan password. Setelah itu artikel tinggal dikirim ke administrator dan setelah dilakukan beberapa kali editing artikel sudah bisa dilihat di dalam website Biogen Online.
nd National Focal Point Meeting
of NISM-GPA, International Treaty on PGRFA Workshop dise-lenggarakan di Chiang Mai pada 6 September 2010. Delegasi Indone-sia terdiri atas (1) Kepala BB-Biogen selaku National Focal Point NISM dan wakil Indonesia pada CGRFA, (2) pelaksana/database manager NISM, (3) wakil tetap Indonesia pada FAO di Roma, dan (4) Kepala Bagian Kerja Sama dan Humas/ Sekretariat Panitia Pelaksana ITPGRFA-Governing Body Meeting ke-4. Jumlah peserta yang hadir adalah 39 peserta yang terdiri dari 29 orang delegasi dari 18 negara Asia-Pasific (Bangladesh, Bhutan, Kamboja, Cina, India, Indonesia, Jepang, Laos, Malaysia, Mongolia, Myanmar, Nepal, Pakistan, Filipina, Korea Selatan, Srilanka, Thailand, Vietnam) dan 10 orang dari CGIAR, Global Crop Diversity Trust, Kedu-bes Jepang, FAO HQ, dan FAO-RAP.
Hasil Pertemuan
Pertemuan dibuka oleh Dr. Duncan Vaughan (Chief Technical Adviser GCP/RAS/240/JPN) yang atas nama DG FAO menyampaikan ucapan selamat datang dan men-jelaskan agenda pertemuan serta mengarisbawahi perlunya pertukar-an pengalampertukar-an dalam membpertukar-angun NISM-GPA, seperti pertukaran peng-alaman dengan Pakistan dalam membangun kapasitas petani da-lam restorasi sumber daya genetik pascabencana. Dalam pertemuan tersebut:
1. Mr Masaaki Hirosawa (Sekretaris I Kedutaan Besar Jepang di Thailand) menegaskan kembali bencana alam di samping peru-bahan iklim merupakan masa-lah penting yang perlu ditangani dalam kaitannya dengan keta-hanan pangan oleh sebab itu dalam memutakhirkan rencana tindak global hendaknya masa-lah tersebut dipertimbangkan. 2. Dr. Leocadio Sebastian
(Region-al Director, Bioversity Inter-national) dalam makalah
kunci-nya, A Perspective on the Future Global and Asian PGRFA Activities, menyampaikan bah-wa pusat penelitian pertanian internasional dan nasional me-miliki visi yang sama dalam menempatkan sumber daya ge-netik untuk kesejahteraan ma-nusia. Asia, merupakan regional yang mencakup negara-negara sebagai pusat keanekaragaman tanaman dan ternak penting di dunia, harus memanfaatkan po-sisi tersebut dalam skenario un-tuk memegang peran penting dalam pembangunan pertanian baik dikaitkan dengan ketahan-an pketahan-angketahan-an maupun ketahan-antisipasi perubahan iklim.
3. Bioversity International (BI) me-nyampaikan kerangka kerjanya yang menggabungkan konser-vasi ex situ dan in situ dengan ekosistem produktif sebagai pondasi pertanian di masa yang akan datang. Topik kegiatan BI saat ini mencakup tiga hal, yaitu (1) strategi dan teknologi untuk memperkuat konservasi dan pe-manfaatan sumber daya genetik, (2) sistem informasi global dan perangkat untuk pertukaran data, dan (3) kebijakan dan regulasi yang mendukung dan secara global mengkoordinasi strategi dalam konservasi dan pemanfaatan sumber daya genetik.
4. Dari laporan status pelaksanaan proyek NISM di masing-masing negara tercatat bahwa:
a. Peserta proyek GCP/RAS/240/ JPN terbagi atas dua kelom-pok, yaitu:
i. Negara yang telah ikut ser-ta sejak fase I (2006), yaitu India, Pakistan, Malaysia, Thailand, Filipina;
ii. Negara yang telah ikut ser-ta sejak fase I (2006), yaitu
India, Pakistan, Malaysia, Thailand, Filipina;
iii. Negara yang langsung ikut pada fase II (2009), yaitu Laos, Indonesia.
b. Status masing-masing negara bervariasi.
5. Dr. Chikelu Mba dalam presen-tasinya The PGRFA continu: Towards strategies and plans for national plant breeding capacity building dan GIPB: An introduc-tion, memperkenalkan Global Partnership Initiative for Plant Breeding Capacity Building (GIPB) yang merupakan suatu upaya untuk membangun kapa-sitas program pre-breeding da-lam bentuk kerja sama lintas sektoral. Lima poin yang men-jadi dasar gerak GIPB adalah kebijakan, pendidikan dan pela-tihan, akses terhadap teknologi, pertukaran SDGTPP, dan berbagi informasi. Untuk mewujudkan hal tersebut, strategi yang di-adopsi GIPB adalah menentukan baseline melalui kapasitas survei nasional, menentukan pendekat-an ypendekat-ang sesuai, menyusun ren-cana aksi nasional untuk pe-manfaatan terbaik bagi SDGTPP-nya, dan pembangunan kapasi-tas untuk meningkatkan efekti-vitas. Business plan dari GIPB ini telah didistribusikan ke lebih dari 90 negara. GIPB juga telah
membentuk Knowlegde
Research Centre (KRC) yang pat diakses online sehingga da-pat memfasilitasi training pre-breeding, selain itu juga ada beberapa dana kompetitif untuk kegiatan pre-breeding, sehingga pengelolaan sumber daya gene-tik lebih difokuskan kepada ko-moditas tertentu dan dikaitkan dengan program pemuliaan, oleh karena itu program ini mengharapkan sumber-sumber
2
ndNational Focal Point Meeting of
NISM-GPA
, International Treaty on
PGRFA
Workshop
dana yang ada mendukung jalannya program tersebut.
4. Pada Minutes of the Steering
Committee Meeting
didiskusi-kan beberapa hal, yaitu:
a. Keberlanjutan NISM setelah proyek berakhir (September 2011)
Negara-negara yang telah ter-libat dalam fase pertama pro-yek menyampaikan bahwa informasi cara sukses meng-implementasikan NISM dapat diakses dari web NISM ma-sing-masing negara, misal-kan:
1. Malaysia memasukkan NISM ke dalam salah satu program nasional SDGTPP sehingga memiliki du-kungan kuat baik secara institusional maupun pen-danaannya atau;
2. Thailand mengubah pola perekrutan stakeholder, dari perekrutan masal me-lalui seminar/workshop menjadi perekrutan orang per orang.
3. Bioversity International menawarkan untuk mem-fasilitasi pemberitaan dari masing-masing negara un-tuk berbagi informasi mengenai implementasi
NISM di negara masing-masing dalam APO letter atau SAARC letter, dan APAARI news-letter.
b. Laporan kemajuan proyek Hambatan keterbatasan SDM harus dapat diatasi dengan perekrutan tenaga honorer khusus yang menangani data tersebut, karena memang membutuhkan waktu yang cukup lama dan ketelatenan untuk meningkatkan kualitas data.
b. Evaluasi proyek
Disarankan untuk ada eva-luasi terhadap proyek, na-mun yang dapat diakukan bukan evaluasi formal dalam bentuk meeting, tapi evaluasi secara online.
Pembelajaran yang Diperoleh
1. Perlu upaya mengarusutamakan nilai-nilai SDGTPP dalam men-capai tujuan milenium 21, keta-hanan pangan, pengentasan kemiskinan, dan menghadapi dampak perubahan iklim global. 2. Beranjak dari pengalaman nega-ra yang telah ikut dalam fase I dan berhasil terus mengelola SDGTPP pada tahap nasional, Indonesia perlu segera
memper-kuat komitmen di tingkat nasio-nal atas upaya pengelolaan sum-ber daya genetik lintas sektoral dan kementerian.
3. Perlu adanya kajian strategis atas posisi Indonesia dalam me-manfaatkan anggaran nasional dan internasional untuk kepen-tingan pengelolaan sumber daya genetik secara lebih efektif. 4. Berangkat dari poin utama
pem-belajaran di atas, kiranya Indo-nesia perlu:
a. Menyusun rencana aksi nasi-onal sumber daya gentik untuk pangan dan pertanian dan memperkuat komitmen antarsektor dalam pengelola-an sumber daya genetik. Untuk itu, Komisi Nasional Sumber Daya Genetik perlu segera membuat persiapan penyusunan tersebut.
b. Dalam menjaga kelestarian NISM pascaproyek, perlu kira-nya disiapkan upaya untuk mengkonsolidasikan sistem yang sudah dibentuk kepada program nasional pengelola-an sumber daya genetik ypengelola-ang sudah ada.
Andari Risliawati dan Karden Mulya
nternational Symposium on Sustainable Agricultural Develop-ment and Use of Agrobiodiversity in the Asia Pacific Region diseleng-garakan pada tanggal 13-15 Oktober 2010, diikuti oleh 86 peserta yang berasal dari seluruh region Asia Pasifik dan Oceania terdiri dari perwakilan: Asia-Pacific Association of Agricultural Research Institutions (APAARI) dan anggota APAARI, Bioversity International, FAO dan sekretariat Treaty, lembaga peneliti-an internasional (IRRI, ICRISAT, ICARDA, CIMMIT, CIAT, ICRAF, ILRI), perwakilan dari jejaring kerja PGR se-Asia Pasifik, NGOs, dan
Lembaga donor/yayasan. Kegiatan ini disponsori oleh APAARI, Bio-versity International dan Rural Development Administration (RDA), dan co-sponsor dari lembaga-lembaga internasional dan Global Forum on Agricultural Research (GFAR).
Sebelum simposium diadakan, para anggota Asia-Pacific Associ-ation of Agricultural Research
Institutions (APAARI) (19 anggota), 7 anggota asosiasi, 6 anggota afi-liasi, dan 8 anggota resiprokal, yang merupakan asosiasi regional meng-adakan rapat yang bertujuan untuk memajukan pengembangan NARS dalam region Asia-Pacific melalui kerja sama regional dan inter-institutional. APAARI bekerjasama dengan stakeholders terutama pu-sat CGIAR, ARIs, GFAR, dan NARS mereview peranan dan arah
pene-International Symposium on Sustainable
Agricultural Development and Use of
Agrobiodiversity in the Asia Pacific Region
litian dan pengembangan pertanian. Indonesia belum termasuk anggota asosiasi ini, sehingga dalam diskusi diharapkan agar lembaga penelitian lainnya termasuk dalam hal ini Pemerintah Indonesia dihimbau agar ikut andil dalam asosiasi ini.
Setelah rapat APAARI, Simpo-sium Pengembangan Pertanian Ber-kelanjutan dan Pemanfaatan Agro-biodiversity di seluruh Regional Asia Pasifik dibuka oleh Administrator Rural Development Administration (RDA) Dr. Seung-Kyu Min. Pada kesempatan ini dinyatakan bahwa simposium ini juga sebagai ajang perayaan “Tahun Biodiversity” di mana expert di dunia berbagi ilmu dan pengalaman untuk mendapat-kan cara yang lebih baik dalam pemanfaatan biodiversity untuk pengembangan pertanian. Juga disampaikan bahwa RDA yang telah membangun Bank Gen mampu menampung dan melestarikan 500.000 aksesi untuk jangka pan-jang 100 tahun dan telah menanda-tangani MoU dengan GCDT dan Bioversity International sebagai “World Seed Vault” dan “Center of Excellence” untuk kerja sama internasional dan training sumber daya genetik.
Dr. Raj Paroda sebagai sekreta-ris eksekutif APAARI menyampai-kan bahwa regional Asia Pasifik yang terbentang dari subregion Asia Selatan, Asia Tenggara, Asia Timur, dan Asia Pasifik merupakan supplier terbesar untuk hasil per-tanian dan pangan, dan mencapai hampir 58% dari populasi dunia, namun hanya mempunyai 38% dari daerah pertanian dunia. Namun, Asia Pasifik masih mempunyai ke-untungan karena merupakan pusat keanekaragaman dari banyak spe-sies tanaman, ternak, dan pohon hutan. Keragaman genetik ini me-rupakan bahan penting dalam per-baikan tanaman dan ternak baik dengan pemuliaan konvensional maupun bioteknologi. Ditandaskan bahwa simposium internasional akan memberikan kesempatan bagi stakeholders dalam region Asia Pasifik untuk mereview, identifikasi,
dan menyusun kembali peranan dan arah penelitian dan pengem-bangan terutama dalam konteks konservasi melalui pemanfaatan agrobiodiversity yang sangat ber-manfaat bagi pengembangan per-tanian berkelanjutan. Dalam pen-capaian Millennium Development Goals (MDGs), terutama dalam pengentasan kemiskinan, penja-minan keberlanjutan ketahanan pa-ngan dan lingkupa-ngan, mencegah berkurangnya atau terjadinya erosi sumber daya alam bersamaan de-ngan adanya skenario perubahan iklim, merupakan tantangan besar bagi para perencana dan ahli per-tanian.
Director General, Bioversity International, Dr. Emile Frison me-nandaskan pentingnya peranan agrobiodiversity dalam pencapaian pengembangan berkelanjutan pada region Asia Pasifik.
Dalam simposium diusulkan beberapa penelitian agrobiodiver-sity, kerangka kerja pengembangan dan pengelolaan pada region Asia Pasifik bertujuan memberikan tun-tunan untuk negara yang berbeda dalam hal kemungkinan pendekat-an strategis, area penelitipendekat-an, pe-ngembangan dan pengelolaan, dan kerja sama regional sehingga agro-biodiversity akan dapat mendukung pengembangan pertanian berkelan-jutan bagi region. Kontribusi dari agrobiodiversity dalam menjamin pertanian yang produktif dan ber-kelanjutan tetap merupakan hal vital bagi ketahanan pangan. Terse-dianya sumber daya genetik meru-pakan hal paling penting dalam pe-ningkatan produktivitas. Sebagai-mana pentingnya biodiversity untuk meningkatkan hasil dalam meng-amankan ketahanan pangan, de-mikian juga sama pentingnya untuk meningkatkan kualitas ketersediaan dalam hal produksi yang berkelan-jutan, nutrisi, kualitas hasil, diversifi-kasi produk, dan keamanan pa-ngan.
Dalam menghadapi tantangan perubahan iklim akan memerlukan akses yang lebih besar dari varietas
yang beragam sehingga dapat membantu para petani dalam me-milih varietas berkenaan dengan kekeringan dan banjir pada iklim yang tidak bersahabat. Untuk men-dapatkan sumber gen yang bera-gam, memerlukan peralatan de-ngan inovasi baru seperti Geographic Information System (GIS), teknologi dan pendekatan-pendekatan untuk konservasi dan pemanfaatannya.
Berdasarkan pengalaman yang lalu, kerja sama yang diinginkan an-tara lembaga CGIAR, NARS, regio-nal fora dan seluruh stakeholders adalah sebagai berikut:
1. Pendekatan yang terintegrasi se-perti farming system akan se-cara nyata lebih berhasil dalam jangka panjang karena menyer-takan tanaman pertanian, mikro-ba, ternak, ikan, dan kehutanan, dan menggabungkan penelitian pada genetik, agronomi, biologi, sosio-kultural, dan aspek eko-nomi.
2. Pendekatan yang terintegrasi akan mendukung pengembang-an rencpengembang-ana-rencpengembang-ana nasional dan jejaring regional yang tidak hanya pada komoditas utama yang berperan pada ketahanan pangan, tetapi juga pada tanam-an-tanaman lain, ternak, dan sumber-sumber kelautan yang sama pentingnya untuk me-ningkatkan pangan, keamanan nutrisi, perbaikan kualitas, dan adaptasi terhadap perubahan iklim.
dokumen-tasi; peningkatan kapabilitas, ke-pedulian masyarakat; analisis
ekonomi; pengetahuan tradisio-nal (traditiotradisio-nal knowledge) dan
kebijakan yang didasarkan pada ilmu pengetahuan.
Tiur S. Silitonga
entang merupakan tanaman sayuran penting di India, Banglades, dan Indonesia. Penyakit busuk atau hawar daun (late blight) yang disebabkan oleh cendawan Phytophthora infestans merupakan salah satu penyakit utama yang menyerang pertanaman kentang di seluruh dunia termasuk Amerika Serikat, Banglades, India, dan Indonesia. Di samping itu, keragam-an genetik ykeragam-ang tinggi dari P. infestans menyebabkan ketahanan varietas menjadi cepat terpatahkan. Kerugian yang ditimbulkan akibat penyakit ini dapat mencapai 100% gagal panen pada tanaman kentang yang peka, terutama pada musim penghujan dengan kelembaban yang tinggi.
Gen ketahanan cendawan patogen terhadap penyakit hawar daun (P. infestans), berhasil diiso-lasi dari Solanum bulbocastanum oleh tim peneliti dari University of Wisconsin, Amerika Serikat. Perakit-an kentPerakit-ang produk rekayasa gene-tik (PRG) tahan P. infestans meng-gunakan gen RB berhasil dilakukan melalui teknik rekayasa genetik de-ngan Agrobacterium tumefaciens, juga oleh tim peneliti dari University of Wisconsin. Varietas kentang yang digunakan adalah Katahdin, yang telah diuji ketahanannya di labora-torium dan menunjukkan tahan ter-hadap P. infestans. Di samping itu, diuji ketahanannya di lapangan terbatas selama dua tahun di Minnesota, Wisconsin, dan di International Potato Late Blight Testing Program Toluca, Mexico, (PICTIPAPA). Pada tahun 2004 ken-tang PRG tersebut juga diuji di ne-gara bagian Washington. Hasil pengujian di berbagai daerah dari berbagai negara bagian tersebut menunjukkan bahwa gen RB yang berada di dalam kentang PRG varie-tas Katahdin dapat mengendalikan
penyakit hawar daun (P. infestans) pada awal musim (early-season), tetapi tidak mengendalikan P. infestans pada akhir musim (late-season).
Di Indonesia, perakitan kentang transgenik dilakukan di Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Sumber Genetik Pertanian (BB-Biogen) dan Balai Penelitian Tanaman Sayuran (Balitsa). BB-Biogen melakukan transformasi gen RB melalui A. tumefaciens pada kentang varietas Granola. Sedangkan persilangan kentang Katahdin transgenik SP951 dan SP904 dengan kentang varietas Granola dan Atlantic dilakukan oleh BB-Biogen dan Balitsa. Klon hasil persilangan dan transformasi telah diuji secara molekuler dengan PCR untuk menunjukkan keberadaan gen RB. Klon-klon yang positif PCR diuji ketahanannya terhadap penya-kit hawar daun (P. infestans) di la-pangan uji terbatas (LUT) pada tahun 2008 di Pasirsaronge dan 2009 di Balitsa, Lembang. Hasil pengujian menunjukkan ada bebe-rapa klon hasil persilangan dan transformasi yang tahan terhadap P. infestans.
Dalam rangka menindaklanjuti perkembangan dan status peneliti-an perakitpeneliti-an kentpeneliti-ang trpeneliti-ansgenik tahan penyakit hawar daun (P. infestans) di tiga negara, ABSPII India meyelenggarakan the ABSPII– LBR Potato Partners Meeting pada tanggal 2-4 November 2010 di Hotel Radison, Dhaka, Banglades. Perte-muan dihadiri oleh perwakilan dari lima negara, yaitu Amerika Serikat yang diwakili oleh Cornell University dan University of Minnesota, Bang-lades dari BangBang-ladesh Agricultural Research Institute (BARI), Filipina diwakili oleh University of
Philiippiines at Los Banos (UPLB), India diwakili oleh Center of Potato Research Institute (CPRI) dan Sath Guru, dan Indonesia diwakili oleh BB-Biogen. Tujuan pertemuan adalah untuk membahas perkem-bangan penelitian perakitan ken-tang transgenik tahan penyakit ha-war daun (P. infestans) di Bang-lades, India, dan Indonesia.
Topik yang dipresentasikan dan dibahas dalam pertemuan adalah LBR potato project progress report by CPRI, India; LBR potato project progress report by ICABIOGRAD, Indonesia; LBR potato development progress at University of Minnesota; LBR potato project progress report in BARI, Bangladesh; integrated dis-ease management (IDM) with focus on LBR potato; strategic discussions on Integrated disease management (IDM), durable resistance manage-ment and gene stacking for second generation product; discussion on trait performance monitoring and biosafety dossier development and compilation; recommendations dan penutupan pertemuan. Pertemuan menghasilkan rekomendasi bagi Banglades, India, dan Indonesia. Rekemondasi tersebut tercantum dalam uraian di bawah ini.
Recommendations for ABSPII Late Blight Resistant Potato
Project
A. Product Definition
1. The chosen event across the ABSPII region is SP951.
2. The transgenic product should possess at least 10% late season disease suscepti-bility that will require at least 1 fungicide application under natural late blight infestation.
The
ABSPII–LBR
Potato Partners Meeting
3. The transgenic product under late blight pressure should provide at least 40% reduce-tion in fungicide applicareduce-tion. 4. The transgenic product
should provide a substantial yield increase under natural late blight pressure.
5. The RB gene should be used in combination with native R genes to sustain durability of RB gene?
B. Regulatory Requirements
1. Molecular Characterization
● Southern Blot
● Northen Blot
● Flanking DNA and insert DNA sequence from SP951
● Gene expression data
● Quantification of RB
protein in tissues of potato derived from transformati-on event SP951
● Chromosomal location of the transgenic locus in Event 3272 maize
2. Environmental Safety Assess-ment
● Unintended effects (non-target)
● Baseline population studies of the pathogen
● Aggressiveness and weediness studies
● Pollen flow (gene flow)
● Stability of RB gene expres-sion over multiple gener-ation in potato derived from event SP951
3. Food and Feed Safety Assess-ment
● Substansially equivalent/ Compositional analysis of transgenic potato event SP951
◊ Proximate
◊ Mineral
◊ Amino acids
◊ Fatty acids
◊ Vitamins
● Toxicity assssment:
◊ Assessment of amino acid sequence homo-logy with known toxins
◊ Acute oral toxicity study in mice
● Allergenicity assessment
◊ Assessment of amino acid sequence homo-logy with known allergens
◊ Evaluation of transgenic potato event sp951 in broiler chickens
◊ Effect of temperature on the stability of RB protein
C. RB Pure Protein Studies
1. Identify the sequence of the transcribed message
● Clone the cDNA and
sequence
● Overlapping RT-PCR of the coding region
2. Synthesizing the DNA expres-sion vector
3. Protein expression and purifi-cation (yeast or baculovirus)
D. Agronomical Performance
Studies and Variety Approval
1. Efficacy of disease resistance 2. Horticultural performance
● Tuber characterization
● Yield
● Quality
E. Integrated Disease
Manage-ment:
1. Pathogen population charac-terization
● Genotypic
● Phenotypic 2. Disease forecasting
● Timing of fungicide
application
● Quantity of fungicide use
● Complementing host resis-tance
3. Sanitation
Disease indexing for virus free material.
A. Dinar Ambarwati dan M. Herman
A
RTIKEL
edelai (Glycine max) merupa-kan tanaman berprotein tinggi yang memerlukan nitrogen lebih tinggi dibandingkan dengan tanam-an lainnya. Diperkiraktanam-an setiap ton benih kedelai memerlukan sekitar 100 kg N (nitrogen) untuk mempro-duksinya. Tanaman kedelai umum-nya memperoleh nitrogen dari tanah, pupuk, dan atmosfir melalui fiksasi nitrogen dalam asosiasi
sim-biosis dengan rhizobium. Oleh ka-rena itu mineral nitrogen, strain rhizobium, dan tanaman kedelai merupakan faktor utama yang mempengaruhi fiksasi N dalam simbiosis rhizobium-kedelai.
Pemberian pupuk N baik dari segi cara dan dosisnya dalam upaya meningkatkan produksi biji kedelai telah lama dipelajari. Pemberian
pupuk N pada konsentrasi tinggi cenderung tidak efisien lagi dalam usaha meningkatkan produktivitas kedelai. Demikian juga pemberian pupuk N dalam dosis rendah, tidak mendorong pembentukan nodul dan bahkan menurunkan fiksasi N pada tanaman kedelai. Bertitik tolak dari kesulitan tersebut, maka pemanfaatan simbiosis mutualisme antara kedelai-rhizobium dalam
pe-Kedelai Penghasil Hipernodul dan
Supernodul: Kedelai Ramah Lingkungan
ningkatan fiksasi N menjadi incaran yang lebih menjanjikan. Diketahui bahwa inokulasi rhizobium tanpa pemberian pupuk N dapat mem-berikan hasil biji kedelai lebih tinggi dibandingkan dengan aplikasi pu-puk N sebanyak 75 kg/ha. Ada pen-dapat lain mengatakan bahwa fik-sasi N pada fase pengisian polong kedelai, lebih memacu peningkatan hasil biji daripada asimilasi N itu sendiri. Beberapa peneliti sepakat bahwa pemberian pupuk N tidak penting lagi dalam usaha peningkat-an produksi kedelai dpeningkat-an efisiensi-nya. Pemanfaatan BNF (biological fixation) dipandang lebih ramah lingkungan dan menjanjikan dalam upaya meningkatan produktivitas kedelai.
Dengan adanya simbiosis kede-lai-rhizobium, menjadikan nodul sa-ngat penting dalam proses fiksasi N. Salah satu rhizobium yang bersim-biosis dengan tanaman kedelai adalah Bradyrhizobium japonicum. B. japonicum menunjukkan variasi yang tinggi dalam segi keefektifan mengikat N dalam asosiasinya de-ngan kedelai. Fiksasi N ini sering juga dikaitkan dengan kondisi “akar dan nodul kedelai yang rusak”. Keuntungan yang dapat diambil dari nodul kedelai “rusak” tersebut adalah jenis kedelai yang spesifik tersebut dapat diperoleh dengan se-ngaja melalui pembentukan varie-tas unggul baru, yaitu kedelai peng-hasil hipernodul dan supernodul. Kedelai mutan penghasil nodul “abnormal” tersebut dapat diisolasi dari populasi kedelai normal mela-lui mutagenesis baik fisik ataupun kimia. Kalau kedelai penghasil hipernodul mampu menghasilkan jumlah nodul 2-4 kali lipat dari padi kedelai normal, namun kedelai supernodul dapat menghasilkan nodul lebih dari 10 kali dari kedelai normal. Kedelai supernodul ini menghasilkan jumlah nodul lebih banyak dan terus berkembang mes-kipun ada pasokan N yang tinggi di lingkungan tumbuhnya.
Beberapa tanaman penghasil supernodul dan hipernodul juga te-lah berhasil diisolasi dari tanaman
kacang-kacangan, seperti kacang polong (Pisum sativum), kacang tanah (Phaseolus vulgaris), dan alfalfa (Medicago). Kelompok ilmu-wan sebelumnya telah berhasil menghasilkan kedelai mutan super-nodul/hipernodul dari kultivar ‘Bragg’ (Australia), kultivar ‘Williams’ (Australia), dan kultivar ‘Enrey’ (Jepang). Nodul yang diha-silkan oleh kedelai mutan super-nodul dan hipersuper-nodul tumbuh di wilayah yang luas di bagian akar. Beberapa mutan kedelai superno-dul yang dihasilkan dari kultivar Bragg mampu menghasilkan nodul dalam nitrat (NO3), yang digambar-kan sebagai supernodulator atau mutan toleran nitrat. Mutan ini bisa menghasilkan sampai 10 kali jum-lah nodul jenis liarnya dan mening-kat fiksasi N. Jenis lain kedelai supernodul menunjukkan 20 kali berat nodul dibandingkan dengan kultivar komersial, termasuk jumlah dan berat keringnya. Namun sebagi-an penelitisebagi-an dari kedelai hiperno-dul dan supernohiperno-dul memberikan hasil biji yang lebih rendah daripada kedelai normal.
Di Korea Selatan, kedelai peng-hasil supernodul (SS2-2) berpeng-hasil di-isolasi dari kedelai liarnya, Sinpal-dalkong 2 yang dimutasi dengan menggunakan EMS (ethyl methane sulfonate). Kedelai supernodul SS2-2 menghasilkan jumlah nodul se-kitar 20 kali lebih banyak dari ke-delai normalnya, dan tanamannya lebih pendek dengan total berat ke-ring yang tidak berbeda nyata dari kedelai liarnya. Meskipun demikian, hasil biji kedelai supernodul SS2-2 lebih rendah daripada kedelai liar-nya jika diinokulasi dengan B. japonicum. Ada indikasi bahwa
aktivitas asetilen reduksi (acetylene reduction activity) lebih tinggi dari Sinpaldalkong 2, yang berarti fiksasi N pada kedelai supernodul SS2-2 le-bih tinggi daripada kedelai normal. Yang lebih menarik lagi, nodul onto-geni kedelai supernodul SS2-2 lebih cepat daripada kedelai normal yang berimplikasi pada pertumbuhan jumlah nodul yang melebihi nor-mal. Kelebihan kedelai supernodul SS2-2 adalah jumlah massa nodul yang lebih tinggi daripada kedelai liarnya, walaupun tanpa suplemen N. Berdasarkan uji heterozigot de-ngan X2 pada progeni F
2 hasil per-silangan antara SS2-2 dengan kede-lai liarnya, perbandingan antara ga-lur normal dan supernodul adalah 3 dibanding 1 yang menunjukkan bahwa gen yang mengontrol super-nodulasi adalah gen tunggal resesif. Evaluasi mutan kedelai hiper-nodul/supernodul lain di lapang ju-ga telah dilaporkan pada studi se-belumnya, dengan melibatkan mu-tan dari kultivar kedelai Bragg dan Williams, yang menunjukkan bah-wa supernodulators dapat tumbuh baik dan vigornya sangat bagus se-bagimana kultivar liarnya, seperti supernodulators ekstrim (nts382, nts1007, mutan Bragg). Mutan ke-delai supernodul juga menunjukkan aktivitas yang lebih tinggi dalam fiksasi N dibandingkan dengan kulti-var komersial (Bragg, Centaur, Manark). Dalam percobaan dengan teknik grafting, mutan hipernodul/ supernodul dicirikan oleh jumlah nodul yang lebih besar, berat kering nodul akar, dan fiksasi nitrogen lebih tinggi dari jenis liar. Dari per-silangan kedelai supernodul, nts382 dan non nodulasi, yang menghasil-kan mutan nod49 dapat diketahui
Gambar 1. Tipe nodul pada kedelai supernodul (SS2-2) dan kedelai normal (Sinpaldalkong 2). Sinpaldalkong 2
bahwa kedua mutan diputuskan ikatannya dan bersegregasi secara independen, yang memberi petun-juk bahwa kedelai berperilaku sebagai organisme diploid sebenar-nya.
Semua kedelai mutan tersebut dapat bermanfaat untuk menganali-sis mekanisme pembentukan no-dul, dan dianggap memiliki potensi agronomi tinggi dalam kondisi per-tumbuhan tertentu. Kedelai
hiper-nodul/supernodul ini mungkin tidak hanya sebagai materi biologi yang unik untuk mempelajari kontribusi faktor tanaman inang dalam proses pembentukan nodul akar, tetapi juga dapat menjadi plasma nutfah dalam program pemuliaan untuk perbaikan nodul akar dan fiksasi nitrogen yang lebih ramah lingkung-an. Diharapkan kedelai hipernodul/ superodul dapat sebagai sumber elemen nitrogen untuk
keberhasil-an penkeberhasil-anamkeberhasil-an. Di beberapa negara maju, program pemuliaan kedelai dititkberatkan pada penghasilan ke-delai unggul baru yang mempunyai kemampuan nodulasi fiksasi N le-bih tinggi. Meskipun hasil kedelai supernodul rendah dan tidak narik secara komersial, namun me-reka berguna sebagai penyedia N dalam sistem pola tanam. Hal ter-sebut disebabkan oleh kemampuan kedelai hipernodul/supernodul yang lebih tinggi dalam fiksasi N me-mungkinkan kedelai hipernodul/ supernodul mampu menyediakan N tanah untuk pola tanam tumpang-sari atau tanaman subsekuen de-ngan tanaman serealia. Dede-ngan per-timbangan ukuran dan tanaman supernodul yang pendek dibanding-kan dengan tanaman kedelai nor-mal, melalui pola penanaman dengan kerapatan tinggi, maka hasil biji kedelainya akan melebihi hasil panen kedelai normal.
Puji Lestari
edelai merupakan sumber pro-tein nabati utama. Kebutuhan Indonesia akan kedelai sangat ting-gi mencapai 2,2 juta ton per tahun, dan 75% di antaranya masih ber-gantung pada impor, terutama dari Amerika Serikat dan negara-negara Amerika Latin. Ketergantungan akan kedelai impor sangat terkait dengan rendahnya produksi kedelai Indonesia dan preferensi masyara-kat terhadap kedelai impor. Ke-engganan masyarakat untuk mena-nam dan menggunakan kedelai lo-kal, serta kecederungannya memi-lih kedelai impor mengancam ke-lestarian kedelai lokal. Padahal plasma nutfah lokal biasanya me-miliki keunggulan tersendiri, misal-nya sebagai sumber gen terhadap suatu karakter tertentu seperti ke-tahanan terhadap hama dan penya-kit. Selain itu kedelai lokal sudah teradaptasi terhadap lingkungan agroekosistem di Indonesia sehing-ga sansehing-gat potensial untuk dikem-bangkan.
Terkait dengan hal tersebut maka plasma nutfah kedelai harus dilestarikan sebagai upaya untuk menjaga keberadaan sumber gen berbagai karakter penting yang mungkin akan sangat diperlukan untuk pengembangannya dalam lingkungan dan iklim yang terus berubah. Saat BB-Biogen memiliki koleksi sebanyak aksesi kedelai yang terdiri atas kedelai lokal, varietas unggul, varietas introduksi, dan galur-galur harapan potensial. Koleksi tersebut dikonservasi se-cara ex situ dan terhadap koleksi tersebut dilakukan serangkaian pro-ses kegiatan rejuvenasi, karak-terisasi, evaluasi, dan penyimpanan dan pemeliharaan benih dalam bank gen.
Karakterisasi dan analisis ragaman genetik merupakan
ke-giatan utama untuk mencapai efek-tifitas dalam pengelolaan sumber daya genetik. Karakterisasi yang meliputi kegiatan pencatatan ter-hadap karakter yang diwariskan memberikan deskripsi dari setiap aksesi plasma nutfah yang diko-leksi. Karakterisasi yang memadai bermanfaat dalam diskriminasi antar aksesi, deteksi duplikasi dan pemantauan integritas genetik. Se-dangkan analisis keragaman gene-tik memberikan informasi menge-nai kisaran jarak genetik dan hu-bungan kekerabatan yang ada di dalam koleksi. Pendugaan kera-gaman genetik berguna dalam mo-nitoring erosi genetik, pembentukan subset untuk menyusun koleksi inti (core collection), seleksi calon tetua dan untuk pengembangan strategi konservasi in situ dan konservasi lekat lahan (on farm).
A
B C
Gambar 2. Tahap perkembangan supernodul di kedelai mutan SS2-2 pada pengamatan
pe-nampang nodul yang dipotong secara melintang. Panah menunjukkan pekembang-an meristem primer berkembpekembang-ang pada gambar A, meristem sekunder pada gambar B (panah), dan hubungan daerah meristematik primer dan sekunder (panah) dan awal dimulainya diferensiasi nodul akar (kepala panah) di gambar C.
Melihat Keragaman Kedelai Berdasarkan
Profil DNA-nya
K
B C
Kegiatan karakterisasi terhadap plasma nutfah kedelai koleksi BB-Biogen telah secara rutin dilakukan terutama terhadap karakter morfo-logi dan agronominya. Karakterisasi sifat fenotipik merupakan karak-terisasi yang sederhana dan tidak tergantikan, akan tetapi karakter ini sangat rawan oleh terjadinya bias oleh faktor lingkungan. Karakter molekuler lebih stabil dan tidak terpengaruh lingkungan sehingga karakterisasi molekuler dipandang lebih objektif dan akurat. Peman-faatan marka molekuler sebagai pe-lengkap karakterisasi fenotipik ber-guna dalam mendukung efisiensi dalam pelestarian, pengelolaan, dan perlindungan plasma nutfah serta upaya pemanfaatannya dalam pengembangan varietas.
Di BB-Biogen analisis sidik jari DNA sebagai bentuk dari karak-terisasi molekuler pada tanaman kedelai telah dimulai pada tahun 2004. Pada tahun tersebut sebanyak 96 aksesi kedelai dianalisis dengan 10 marka SSR, kemudian diteruskan pada tahun 2007 sebanyak 50 ak-sesi. Dari kedua penelitian tersebut diketahui adanya keragaman gene-tik yang tinggi pada plasma nutfah kedelai yang dapat dijadikan dasar perbaikan varietas. Pada tahun 2008 kegiatan analisis sidik jari DNA ke-delai dilakukan terhadap 96 aksesi plasma nutfah kedelai dengan menggunakan 10 marka SSR. Ke-96 akesi tersebut terdiri atas varietas unggul nasional, varietas lokal, va-rietas introduksi dan galur harapan (Gambar 1).
Kegiatan analisis sidik jari DNA yang dilakukan meliputi serangkai-an kegiatserangkai-an yserangkai-ang diawali dengserangkai-an ekstraksi DNA dari sampel daun dan dilanjutkan dengan proses penggandaan sekuen fragmen DNA dengan program PCR dan deteksi fragmen hasil PCR dilakukan secara multiplek pada mesin Genetic Analyzer CEQ 8000. Skoring dan ko-leksi data dilakukan dengan meng-gunakan program yang terdapat pa-da mesin tersebut, sepa-dangkan anali-sis statistik dilakukan dengan meng-gunakan piranti lunak Power
Marker untuk mengetahui besarnya keragaman genetik dan hubungan antar aksesi.
Hasil penggandaan fragmen DNA oleh primer terdeteksi oleh mesin pembaca CEQ Genetic
Analyzer tampak sebagai grafik sinyal fluorescent dengan ukuran tertentu seperti pada (Gambar 2). Pada gambar tersebut terlihat se-buah layar dengan empat puncak. Puncak-puncak tersebut adalah Gambar 1. Komposisi aksesi kedelai yang digunakan dalam analisis sidik jari DNA tahun 2008.
Gambar 2. Hasil deteksi mesin terhadap DNA salah satu aksesi kedelai yang dianalisis dengan 4 primer SSR.
Gambar 3. Hasil pengelompokan 96 Aksesi kedelai yang dianalisis dengan menggunakan 10 primer SSR.
Galur Introduksi Varietas lokal VUN Tidak
5000 10000 15000 20000 25000 30000 35000 40000
0 50 100 150 200 250 300 350
2.B01_01010200D4
Size (nt)
108 Satt177
110 Satt177
112 Satt177
114 Satt177
160 Satt009
162 Satt009
164 Satt009
168 Satt009
170 Satt009
174 Satt009
176 Satt009
178 Satt009
283 Satt294
285 Satt294
287 Satt294
289 Satt294
291 Satt294
0
IV = kedelai
III
II
merupakan representasi dari frag-men DNA hasil PCR. Setiap puncak dengan warna tertentu menggam-barkan alel yang dihasilkan oleh satu primer tertentu.
Penggandaan dengan primer SSR menghasilkan tipe lokus tung-gal dengan variasi alel. Suatu primer dapat menghasilkan alel dengan ukuran yang bervariasi dan setiap ukuran alel tersebut dianggap se-bagai sebuah marka atau karakter molekuler dari aksesi yang dianali-sis. Dengan demikian pada suatu aksesi yang dianalisis akan diper-oleh sejumlah data karakter mole-kuler sesuai dengan jumlah primer yang digunakan. Sebagaimana ka-rakter morfologi, kaka-rakter moleku-ler juga bervariasi dalam hal kisaran keragaman dan kemampuannya dalam membedakan antar aksesi. Ada primer yang mampu mengha-silkan karakter yang bisa memberi-kan penciri dan pembeda antar aksesi yang disebut sebagai primer yang polimorfis, dan adapula primer yang tidak bisa menghasilkan ka-rakter pembeda antar aksesi dalam populasi yang diteliti, yang dinama-kan sebagai primer yang monomor-fis. Berdasarkan dari kemampuan-nya membedakan antar aksesi, suatu primer dapat dikategorikan sebagai primer yang memiliki poli-morfisme yang tinggi atau rendah.
Pada penelitian ini kesepuluh primer yang digunakan mampu
menghasilkan sebanyak 153 alel. Masing-masing primer menghasil-kan alel sebanyak 5-31 alel dengan rata-rata 15,3 alel. Jumlah alel ter-banyak terdeteksi oleh primer SATT 009, yaitu sebanyak 31 alel. Sedang-kan jumlah alel paling sedikit ter-deteksi oleh primer SATT 177 dan SATT 147, yaitu sebanyak 5 alel. PIC
(polymorphism information content) yang merupakan refleksi
dari nilai frekuensi dan keragaman alel memiliki rerata sebesar 0,4594. Keragaman alel merupakan gam-baran dari keragaman genetik dari sekelompok aksesi yang dianalisis. Dengan demikian dari hasil analisis sidik jari kedelai ini telihat bahwa aksesi kedelai yang dianalisis cukup beragam. Di antara alel-alel terse-but terdapat 35 alel jarang, yaitu alel yang kemunculannya pada aksesi-aksesi kurang dari 5%. Keberadaan alel jarang ini patut diperhatikan karena bisa dijadikan sebagai pen-ciri spesifik dari aksesi yang memili-kinya dan bisa ditelusur mengenai kemungkinan keterkaitannya de-ngan suatu sifat tertentu.
Analisis gerombol (cluster analisys) yang dilakukan dengan program Power Maker mengelom-pokkan aksesi-aksesi kedelai dalam empat kelompok besar. Tiga kelom-pok di antaranya merupakan kelompok yang masing-masing di-dominasi oleh kedelai introduksi, varietas lokal, dan galur harapan. Cluster I ditandai oleh aksesi
kede-lai introduksi, cluster II didominasi oleh galur harapan, cluster III berisi varietas lokal dan galur harapan, sedangkan cluster IV berisi berbagai macam aksesi dari galur harapan, varietas introduksi, maupun varietas lokal.
Tidak ada kecenderungan pe-ngelompokan berdasarkan wilayah asal atau kelompok tanamannya. Kedekatan hubungan antar kelom-pok aksesi ini menunjukkan kede-katan hubungan genetiknya. Kede-lai diketahui sebagai tanaman yang bukan asli Indonesia, sehingga ke-dekatan hubungan genetik antara varietas introduksi, varietas lokal, dan galur harapan adalah wajar.
Secara keseluruhan dari kegiat-an kegiat-analisis DNA kedelai ini dapat dilihat bahwa dengan 10 marka SSR ke-96 aksesi kedelai menunjukkan profil genetik yang unik. Masing-masing primer SSR menghasilkan suatu karakter molekuler pada aksesi yang dianalisisnya. Setiap aksesi memiliki kombinasi alel yang unik. Kombinasi alel ini menjadi penciri atau sidik jari dari aksesi ter-sebut. Data sidik jari ini dapat digu-nakan untuk melengkapi data feno-tipik yang sudah ada sehingga akan terbentuk sebuah pangkalan data yang lebih komprehensif.
