Isolasi dan Seleksi Kapang Ligninolitik dari Tanah Gambut di
Desa Rimbo Panjang Kabupaten Kampar Propinsi Riau
Atria Martina, Bernadeta L. Fibriarti., Rodesia M. Roza, Delita Zul, Eka P. Sari
Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau Email: tria_mt05@yahoo.com
Abstrak. Lignin merupakan polimer fenilpropanoid yang kompleks sehingga sulit terurai. Lahan gambut di desa Rimbo Panjang sebagian besar telah mengalami alihfungsi lahan yang dapat mengancam keanekaragaman kapang khususnya kapang ligninolitik yang potensial. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan menyeleksi kapang ligninolitik dari tanah gambut Desa Rimbo Panjang. Sampel tanah diambil dengan metode purposive sampling. Seleksi kapang ligninolitik dilakukan pada medium basal mengandung guaiacol. Aktivitas ligninolitik secara kualitatif ditentukan melalui rasio antara zona bening dengan diameter koloni. Total populasi kapang ligninolitik dari 5 lokasi tanah gambut berkisar antara 6,9x103 hingga 1,2x104 cfu/g tanah. Seratus dua isolat kapang memperlihatkan aktivitas ligninolitik. Rasio aktivitas ligninolitik tertinggi dihasilkan isolat Aphyllophorales RPL-33 yaitu 2,75. Sebanyak 24,50% isolat merupakan kriteria tinggi. Dua puluh lima isolat kriteria tinggi terdiri dari genus Penicillium, Aspergillus, Trichoderma dan1 isolat dari ordo Aphyllophorales.
Kata kunci: kapang ligninolitik, lignin, , tanah gambut. seleksi, isolasi PENDAHULUAN
Lignin merupakan polimer organik alami yang tersebar luas, tidak larut dalam air, komponen penyusun utama pada tumbuhan berpembuluh yang memberikan kekuatan dan kekakuan pada tumbuhan. Lignin terutama berikatan pada humat tanah dan kompos. Kandungan lignin pada bahan organik tanah dan heterogenesitasnya mempengaruhi komposisi substansi humat tanah. Dekomposisi lignin berlangsung sangat lambat di lingkungan karena struktur kimianya yang komplek, heterogen, tidak larut dalam air dan aromatik.
Struktur senyawa lignin yang kompleks dan bersifat kaku, maka secara alamiah lignin sukar didekomposisi dan hanya
sedikit mikroorganisme yang mampu
mendegradasinya. Beberapa mikroba seperti jamur, bakteri dan aktinomisetes
umumnya bekerjasama menguraikan,
melarutkan dan mengkatabolisme lignin. Mikroba yang paling efektif mendegradsi lignin adalah jamur pelapuk putih, namun
jamur Fusarium, Penicillium,
Phanerochaete flavidoalba, Coriolus versicolor, Aspergillus niger dan
Schizophyllum commune juga efisien. Enzim pendegradasi lignin merupakan enzim oksidatif atau enzim non-spesifik yang bekerja melalui mediator bukan protein. Enzim ini secara umum terdiri dari dua kelompok utama yaitu Lakase (Lac)
dan Peroksidase. Peroksidase terdiri dari lignin peroksidase (LiP) dan mangan peroksidase (MnP) (Perez et al. 2002). Enzim ligninolitik Lakase diikuti MnP merupakan enzim predominan di tanah hutan sedangkan LiP jarang ditemukan.
Mikroba ligninolitik yang efisien mampu mendegradasi molekul organik rekalsitran dan komplek seperti senyawa senobiotik. Enzim ligninolitik yang dihasilkan oleh kapang ligninolitik mempunyai potensi besar untuk dimanfaatkan dan diaplikasikan di bidang pertanian salah satunya dalam pembuatan kompos. Enzim ligninolitik juga mempunyai peluang untuk diaplikasikan di industri-industri, seperti misalnya untuk degradasi polutan, biokonversi lignin,
kayu (wood chip), dan desulfurisasi minyak bumi dan batu bara. Proses degradasi lignin oleh kapang pelapuk putih juga membuka
prospek baru untuk perkembangan
bioteknologi dalam bidang bioremediasi lingkungan yang bertujuan pada degradasi polimer kompleks.
Propinsi Riau merupakan daerah yang memiliki lahan gambut terluas di Sumatera. Umumnya gambut tropika didominasi oleh
jenis kayu-kayuan yang kaya akan
ligninsenyawa organik utama yang terdapat dalam tanah gambut daerah tropika yaitu lignin sebesar 60%, serta selulosa, hemiselulosa dan protein yang kadarnya tidak lebih dari 11%.
Peningkatan alih fungsi lahan menjadi pemukiman di Desa Rimbo Panjang dapat mengancam keanekaragaman kapang di
tanah gambut, khususnya kapang
ligninolitik potensial. Penelitian ini dilakukan sebagai langkah awal untuk memperoleh isolat kapang ligninolitik indigenus yang mampu mendegradasi senyawa lignin dan turunannya dengan mengisolasi dan menyeleksi kapang yang berasal dari tanah gambut di Desa Rimbo Panjang Kabupaten Kampar Propinsi Riau.
METODE PENELITIAN
Pengambilan Sampel
Sampel tanah gambut dikoleksi di daerah perkebunan karet Desa Rimbo Panjang Kec. Tambang Kab. Kampar. Pengambilan
sampel tanah menggunakan metode
purposive random sampling dengan cara menarik dua garis silang sepanjang 20 m dipetakan dilokasi pengambilan sampel. Subsampel tanah diambil sebanyak 9 pada setiap jarak 5 m di sepanjang garis, lalu dikompositkan menjadi 1 sampel tanah, dilakukan dengan cara yang sama untuk 4 titik sampel lainnya. Sampel tanah diambil pada lapisan permukaan antara 0-15 cm setelah serasah pada lapisan atas dibuang. Sampel tanah diambil sekitar 250 gram dan
dilakukan dengan 3 kali pengambilan untuk setiap titik subsampel. Sampel yang telah diambil dimasukkan kedalam kantong plastik bersih yang diberi label kemudian disimpan dalam refrigerator sebelum isolasi dikerjakan
Isolasi Kapang Ligninolitik Dari Tanah Gambut
Isolasi dan penghitungan total isolat kapang ligninolitik menggunakan metode
pour plate pada medium basal dengan komposisi (g/l) : 0,2 ekstrak yeast, 2 KH2PO4, 0,5 MgSO4.7H20 dan 0,1 CaCl2.
Medium ditambahkan 0,4 ml guaiacol dan 0,3 g congo red. pH medium diatur menjadi 5,5.
Sebanyak 10 g sampel tanah dimasukkan dalam tabung erlenmeyer yang berisi 90 ml
larutan NaCl 0,85% kemudian
dihomogenkan dan dilakukan pengenceran. Kultur dituangkan medium isolasi dan diinkubasi pada suhu ruang selama 4 hari. Isolat kapang yang mampu membentuk zona bening di sekitar koloni pada medium
basal, dihitung total populasi dan
dimurnikan pada medium Potato Dekstrosa Agar (PDA).
Seleksi Kapang Ligninolitik
Isolat yang telah murni diseleksi dengan
menginokulasikan 1 potongan agar
HASIL DAN PEMBAHASAN
Total Populasi Kapang Ligninolitik.
Gambar 1. Total populasi kapang ligninolitik dari tanah gambut Desa Rimbo
Panjang Kabupaten Kampar
Propinsi Riau.
Gambar diatas menjelaskan tentang total populasi kapang ligninolitik yang mampu tumbuh pada medium basal mengandung lignin berkisar antara 6,9x103 CFU/g tanah hingga 1,2x104 CFU/g tanah (Gambar 1). Total populasi kapang ligninolitik tertinggi diperoleh di lokasi 4 yaitu 1,2x104 CFU/g tanah dan total populasi kapang ligninolitik terendah diperoleh di lokasi 2 yaitu 6,9x103 CFU/g tanah.
Perbedaan total populasi yang cukup signifikan diperoleh pada lokasi 4, diduga hal ini dikarenakan adanya perbedaan vegetasi bawah yang menutupi permukaan tanah gambut. Vegetasi dominan yang menutupi permukaan tanah gambut pada kebun karet lokasi 4 adalah kelompok paku-pakuan dan rumput-rumputan dan sebagian telah membentuk habitus semak. Variasi vegetasi tersebut mempengaruhi
variasi jenis dan jumlah kapang
didalamnya.
Jumlah jamur di dalam tanah dapat dipengaruhi oleh kandungan bahan organik didalamnya. Rumput-rumputan dan paku-pakuan memiliki kandungan lignin cukup
tinggi yang berkisar antara 10-30%. Hal tersebut dapat meningkatkan akumulasi kandungan lignin pada tanah dan secara tidak langsung mempengaruhi keberadaan kapang ligninolitik didalamnya. Bahan organik tersebut mampu berfungsi sebagai
sumber energi dan makanan bagi
mikroorganisme tanah, sehingga semakin banyak bahan organik yang terdapat pada lahan maka semakin tinggi jumlah kapang yang terkandung didalamnya.
Isolasi dan Seleksi Kapang Ligninolitik.
Sebanyak 102 isolat kapang ligninolitik berhasil diisolasi dari sampel tanah gambut di perkebunan karet Desa Rimbo Panjang Kabupaten Kampar Propinsi Riau. Isolat yang diisolasi merupakan isolat yang mampu membentuk zona bening pada medium basal (Gambar 2). Zona bening yang terbentuk merupakan petunjuk awal bahwa isolat tersebut mempunyai potensi sebagai kapang pendegradasi senyawa lignin. Hasil seleksi setelah diinkubasi selama 4 hari, diperoleh rasio aktivitas tertinggi yaitu 2,75 yang dihasilkan oleh isolat dari ordo Aphyllophorales (RPL3-3)
dengan diameter zona bening 8,00 cm dan diameter koloni 2,90 cm (Gambar 2). Rasio
aktivitas terendah yaitu 1,10 yang
dihasilkan oleh isolat RPL4-15. dengan
diameter zona bening 2,74 cm dan diameter koloni 2,46 cm.
Gambar 2. Seleksi isolat ligninolitik RPL-33
Hasil rasio aktivitas tertinggi yang didapat lebih baik dari penelitian yang mendapatkan Pleurotus sajor-caju sebagai isolat terbaik dengan rasio 2,59 setelah 6 hari inkubasi. Bila dibandingkan dengan
Phanerochaete chrysosporium yang telah banyak diketahui dan diteliti mempunyai kemampuan ligninolitik yang baik, kemampuan isolat RPL3-3 lebih baik.
Berdasarkan Phanerochaete chrysosporium
mempunyai aktivitas sebesar 118% atau 1,18.
Isolat RPL3-3 juga mempunyai diameter
zona bening yang terbesar yaitu 7,1 cm dalam waktu 4 hari. Pembentukan zona bening pada koloni ini sudah diperlihatkan pada hari pertama inkubasi Diameter ini lebih besar dari yang didapat Ang et al.
Pleurotus sajor-caju yaitu 7,0 cm pada hari ke 6 dengan menggunakan guaiacol dan RBBR sebagai reagen skrining. Artiningsih
dengan menggunakan Poly R-478
mendapatkan bahwa Phanerochaete
chrysosporium membentuk zona bening 2,4 cm pada hari ke 4.
Berdasarkan rasio produksi enzim
ligninolitik (Z/K), isolat-isolat ini dapat dibagi atas 3 kriteria yaitu tinggi (>2,24), sedang (1,20 – 2,24) dan rendah (<1,20) (Tabel 1). Isolat dengan kriteria tinggi hanya 3,08% sedangkan isolat dengan kriteria sedang cukup banyak yaitu 76,9%.
Tabel 1. Kriteria aktivitas kapang ligninolitik dari 102 isolat berdasarkan uji nilai
Sebagian besar isolat kapang ligninolitik yang diperoleh dalam penelitian ini mempunyai aktivitas ligninolitik yang tergolong dalam kriteria sedang dalam
menghasilkan enzim ligninolitik.
Kemampuan aktivitas ligninolitik setiap isolat yang berbeda dapat disebabkan kemampuan isolat dalam memproduksi enzim atau jenis enzim ligninolitik yang dihasilkan juga berbeda. Proses degradasi lignin terjadi akibat peranan enzim lignin peroksidase (LiP), mangan peroksidase (MnP), dan lakase. Trametes versicolor
mampu menghasilkan MnP dan Lac
sedangkan Ganoderma carnosum hanya
menghasilkan MnP saja. Produksi
kombinasi enzim yang berbeda
menunjukkan perbedeaan kemampuan
jamur dalam mendegradasi media
mengandung lignin meskipun dalam genera yang sama.
Sebanyak 25 isolat yang tergolong dalam kriteria tinggi dilakukan karakterisasi secara morfologi. Hasil karakterisasi diperoleh 17
isolat yang termasuk dalam genus
Berdasarkan hasil penelitian yang
dilakukan mengenai isolasi dan seleksi kapang ligninolitik dari tanah gambut di Desa Rimbo Panjang Kabupaten Kampar Propinsi Riau dapat diambil kesimpulan bahwa total populasi isolat kapang yang diperoleh dari lima sampel tanah gambut di perkebunan karet Desa Rimbo Panjang Kabupaten Kampar Propinsi Riau berkisar antara 6,9x103 hingga 1,2x104 CFU/g tanah. Jumlah Kapang ligninolitik yang diperoleh sebanyak 102 isolat dengan rasio aktivitas tertinggi dihasilkan oleh 1 isolat dari Aphyllophorales (RPL-33) sebesar
yang diseleksi, 17 isolat termasuk dalam
Ucapan terimakasih kepada Lembaga Penelitian Universitas Riau yang telah mendanai penelitian ini melalui Penelitian Berbasis Laboratorium.
DAFTAR PUSTAKA
Arora A., L. Nain dan J.K. Gupta. (2005).
Solid-state fermentation of wood
residues by Streptomyces griseus B1, a soil isolate,and solubilization of lignins.
World Journal of Microbiology & Biotechnology. 21: 303–308.
Ang T.N., G.C. Ngoh dan A.S.M. Chua. (2011). A quantitative method for fungal ligninolytic enzyme screening studies. Asia-Pacific J.Chem. Eng. 6(4):589–595.
Artiningsih T. (2006). Aktivitas
Ligninolitik Jenis Ganoderma pada
Berbagai Sumber Karbon. Biodiversitas. 7:307-311
Bandounas L., N.JP Wierckx, J.H de Winde dan H.J Ruijssenaars.(2011). Isolation and characterization of novel bacterial strains exhibiting ligninolytic potential.
BMC Biotechnol. 11: 94.
Chahal D.S., D. Kluepfel, R. Morosoli, F. Shareck, S. Laplante, D. Rouleau. 1995. Uses of dyes in solid medium for screening ligninolytic activity of selective actinomycetes. Appl. Biochem. and Biotechnol. 51/52: 137-144
Chen Y., Chefetz B., Hadar Y. (1996) Formation and properties of humic substance originating from compost. In: Bertoldi M., Sequi P., Lemmes B., Papi
T. (eds.) European Commission
International Symposium. The Science of
Composting. Blackie Academic & Professional, England, pp. 382-393
Crawford D.L., Sutherland J.B. (1980)
Isolation and characterization of
lignocelluloses decomposing
1993. Overproduction of lignin
peroxidase by Phanerochaete
chrysosporium BKM-F1767. Applied and Environmetal Microbiology, 59 (6) : 1919-1926.
Erden, E., M. C. Ucar, T. Gezer, N.K. Pazarlioglu. (2009). Screening for
ligninolytic enzymes from
autochthonous fungi and applications for decolorization of Remazole Marine Blue. Braz. J. Microbiol. 40:2
Glazer AN, H Nikaido. 2007. Microbial Biotechnology: Fundamentals of Applied Microbiology, second edition. USA:Cambridge.
Kausik,P. dan A. Malik,( 2009). Microbial decolourization of textile dyes through isolates obtained from contaminated sites. Journal of Sci. & Industrial Research. 68:325-331
Malabadi, R.B., S. Raghvendra and S. Vijay Kumar, 2007. Production of cellulase-free xylanase from a novel yeast strain used for biobleaching in paper industry. Res. J. Microbiol., 2: 24-33.
Mabrouk A.M., Zeinab, H. Kheiralla, R.H. Eman, A.Y. Amani dan A. A. El Abeer. (2010). Screening of some marine-derived fungal isolates for lignin degrading enzymes (LDEs) production. Agric. Biol. J. N. Am.,1(4): 591-599
Manangeeswaran M.j, V. V. Ramalingam,
Degradation of indulin, a kraft pine lignin, by Serratia marcescens. Journal of Environ. Sci. and Health, Part B, 42:.
321 – 327.
Martina, A. dan S. Devi. (2005).
Kemampuan Ganoderma sp. Strain
Lokal mendegradasi lignin pada
beberapa konsentrasi lindi hitam . Prosiding seminar UNRI-UKM ke 3 . Pekanbaru.
Moreira MT, C Viacava, G Vidal. 2004. Fed-batch decolorization of poly R-478 by Trametes versicolor. Brazilian Archives of Biology and Technology
47(2), 179-183.
Morii,H. K. Nakamiya, S. Kinoshita.(1995). Isolation of a lignin-decolorizing bacterium. J. Fermentation and Bioeng.
80(3): 296-299
Osono, T.(2007). Ecology of ligninolytic fungi associated with leaf litter decomposition. Ecol Res. 22: 955–974
Perez J, J Munoz Dorado, Te de la Rubia, J Martinez. 2002. Biodegradation and biological treatments of cellulose, hemicellulose and lignin : an Overview.
International Microbiology 5: 53-63
Prasongsuk S., P. Lotrakul, T. Imai, H. Punnapayak. (2009). Decolourization
of pulp mill wastewater using
thermotolerant white rot fungi. Science Asia 35:37–41
Tuomela, M. (2002). Degradation of lignin and other 14C-labelled compounds in compost and soil with an emphasis on white-rot fungi. Dissertasion. Dept. of
Applied Chem.and Microbiology.
University of Helsinki.
Tatarko,M.,J.A. Bumpus.(1998).Biodegrad ation of Congo Red by Phanerochaete chrysosporium Water Research. 32(5): 1713-1717
Uma, L. R. Kalaiselvi, G. Subramanian, (1994). Isolation of a Lignolytic Bacterium for The Degradation And Possible Utilization of Coir Waste. Biotechnology Letters. 16: 303-308
Song, F. X. Tian, X. Fan, X. He.(2010). Decomposing ability of filamentous fungi on litter is involved in a subtropical mixed forest. Mycologia, 102(1):20-26
Sulistinah N.(2008). Potensi Melanotus Sp.
dalam mendegradasi lignin. Bidang Mikrobiologi,LIPI. Jurnal Biologi XII (1):6-8
Steffen KT. (2003). Degradation of
Recalcitrant Biopolymers and
Polycyclic. Aromatic Hydrocarbons by
Litter-Decomposing Basidiomycetous
Fungi. Dissertasion. Division of
