VARIASI GENETIK. ,MON YKT EKOR PA3 JANC (.Macaca fascicularis) DI BEBERAPA LOKASI DI BALI OLEH: I NENGAH WANDIA

VARIASI

GENETIK

,MON

YKT

EKOR

P A 3

JANC

(.Macaca

fascicularis)

DI

BEBERAPA

LOKASI

D I

BALI

OLEH:

GENETIC VARIATION

OF

LONG-TAILED MACAQUES (Mucaca foscicularis) AT SOME LOCALITIES

lN

BALI

ABSTRACT

Genetic Variation of Bali long-tailed macaques (Macaca fasciculnris) was examined using microsatellite markers. Five Iacal populations, totaling seventy-five DNA samples, were genotyped using eight pairs of human microsatellite primers

(D

1 S533, D l S548, D l S550, DZS367, D3S1768, DSS820, D12S67, and D19S210). The result showed that dl populations, in general, were regarded as k i n g in Hardy- Weinkrg equilibrium. The average heterozygosity (8) per individual was 0.534, and there were no significant differences in population level. Low level of genetic differentiation between local populations (& = 0.1266) indicates that Bali macaques split recently. UPGMA clustering based

on

Nei's standard genetic distance depicted that Ubud population closed to Alas Kedaton population and

Sangeh

population closed to Pulaki population. The genetic clusterings of Bali macaque populations are not congruent with geographically position of localities.

WAND1 A. Variasi Genet ik Mony et Ekor Panjang (Mucaca fmcicuIaris) di Beberapa Lokasi di Bali (di bawah bimbingan BAMBANG SURYOBROT~, d g a i ketua, dan SRI SUPRAPTIN1 MANSJOER, sebagai anggota).

Variabilitas genetik populasi monyet ekor panjang Bali dikaji dengan

menggunakan penanda molekuler rnikrosatelit Lima populasi lokal monyet ekor panjang, dengan total 75 contoh DNA (Uluwatu 14, Ubud 13, Alas Kedaton 17, Pdaki 13, dan Sangeh 18), digunakm dalam penelitian ini. Delapan lokus rnikrosatelit (DlS533, Dl S548, DlS550, D2S367, D3S1768, D5S820, Dl2S67, dan D19S210) digunakan s e w penanda molekder. Ampli fikasi wing-masing lokus milsosatelit meialui teknik PCR dengan menggunakan sepasang primer mikmsatelit manusia Produk PCR yang rnerupakm suatu ale] dipisahkan melalui eiektroforesis gel poliakrilamid 6% dan dimunculkan dengan pewarnaan perak.

Hasil penelitian menunj ukkan bahwa lokus rnikrosatelit Dl S533, Dl $548, Dl $550, D2S367, D3S1768, dan IKS820 bersifat polimorfik dm masing-masing teridenti fikasi empat alel. Lokus D12S67 bersifat polimorfi k dan teridenti fikasi lima alel, sedangkan lokus D19S210 bersifat monomorfik, satu ale1 (hornmigot), di semua populasi lokal. Penyebmn ale1 rnikrosatelit tidak memta di semua populasi lokd. Dari keseluruhan populasi monyet, diidentifikasi 30 ale1 mikrosatelit. Sejumlah 25 alel (83,3%) ditemuketn pada popdasi lokal Uluwatu, Ubud, Pulaki, dan Sangeh, sedangkan pa& populasi Alas Kedaton ditemukan 26 alel (86,7%). Rendahnya frekuensi sejumlah ale1 sangat terkait dengan efek random genetic dr# a&u prduk mutasi terkini.

Kecuali lokus Dl 9S210, heterosigositas per lokus di semua populasi lokal berkisar 0,0774,779. Rataan Merosigositas (H) lima populasi lokal di Mi sebesar

0,534. Rataan heterosigositas (H) populasi Uluwatu 0,559, Ubud 0,550, Alas Kedaton

0,519, Pulaki 0,507, dm Sangeh 0,532. Sscara statistik, rataan heterosigositas antar populasi lokal sama. Masing-masing populasi lokal, secara umwn, masih berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg (kawin secara acak).

Di ferensiasi genetik antar populasi lokal relatif rendah (Gsr = 0,1266). Hal in1 berarti bahwa sebesar 12,66% variabilitas genetik total &sumbang oleh variabilitas genetik antar popdasi lokal, dan sisanya, 87,34%, disumbang oleh variabilitas dalarn populasi

.

Rendahny a dl ferensiasi genetik antar populasi lokd rnengndhsikan Wwa

monyet Bali terpisah menjadi populasi lokal belum begitu lama

Andisis jarak genetik baku Nei menunjukkan bahwa jarak genetik terbesar

(0,39 1 7) terjadi antara populasi Uluwatu dm Pulaki. Sehdiknya, jarak genetik terkeci1 (0,1148) terjadi antara ppulasi Obud dan Alas Kedaton. Pengelompob berdasarkan jarak genetik dengan metode unweighted pair-group method with arithmetic average (UPGMA) menggambarkan adanya dua kelompok besar yaitu kelompk Uluwatu dan kelompk Ubud- Alas Kedaton-Puiaki-Sangeh. Kelompok kedua terpisahkan lagi menjadi kelompok Ubud- Alas Kedaton dan Pulaki-Sangeh. Tampknya, pengelompokan ini tidak kongruen dengan posisi populasi secara geografi.

VARIASI GENETIK

MONYET

EKOR

PANJANG (Macaca

fascictrlaris)

DI

BEBERAPA

LOKASI

DI BALI

Oleh:

I NENGAH WANDLA

Tesis

Sebagai salah satu syarat antuk memperoleh gelar Magister Sain

pada Program Pasasarjana, Institut Pertanian Bogor

PROGRAM

PASCASARJANA

INSTITUT PERTANiAN BOGOR

2001

Judul : VARIASI GENETK MONYET EKOR PANJANG

(Macaca fascicularis) DI BEBERAPA LOKASI DI BALI

Nama : I NENGAH WANDIA

NRP : 98421

Program Stud : PRIMATOLOGI

Menyetujui Komisi Pembimbing

-bang Survobroto) Ketua

(Dr. Ir. Sri Suprautini

Afiggota

Ketua Program Studi Pnmatolog,

(Prof. drh. Tonnv Ungerer, MSc.. PhD.)

I NENGAfI WAND& anak kedua dari pangan suami istn Ketut Singra dan Ni Nengah Wengsi, lahir tanggal 1 Oktober 1966 di Yehmekecir, Jembrana, Bali. Meny elesaikan pendidikan sekolah dasar Q SD 2 Dangintukaday a, Negara tahun

1979,

SMP

1 N e w tahun 1982, dm SMA 1 Negara tahun 1985. Selanjutnya, mengikuti pendidikan kedoktem hewan di Program Studi Kedokteran Hewan Universitas Udayana &n mernperolah gelar SarJana Kedokteran Hewan (Drs. Med. Vet.) tahun 1989. Di tempt yang ma, pendis rneraih gelar Dokter Hewan tahun

1991.

Sejak

tahun

1994, pendis menjadi staf pengajar di Program Studi Kedokteran Hewan Universitas Udayana. Bulan September 1998, melanjutkan pendidikm di Program Studi Primatologi, Program Pascasajana PB, Bogor. Pada bulan Oktober 1 999, penulis men&patkan kesempatan mengikuti pelatihan dan seminar

Asian Science Seminar on Biodiversity selama dua minggu

di

Primate Research Institute, Kyoto University, Inuyama, Aichi, Jepang.

Menikah dengan

Ni

Wayan Deani pada tanggal 19 September 1997, dan

sampai saat ini telah dikaruniai dua orang putm, Yayang Putra Dewanta (dua tahun tiga bulan) dm Rewangga Putra Dewanta (dua bulan).

UCAPAN T E W A KASIH

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Mahaesa, karena atas rahmatNya tesis ini dapat diselesaikan. Disadari pula bahwa tanpa dukungan berbagai pihak, penelitian dan penul isan tesis tidak bisa dilaksanakan sebagaimana semestiny a. Untuk itu, dalam kesernpatan ini penulis mengucapkan terima kasih yang tak terhingga kepada mereka semua.

Kepada Bapak Dr. Barnbang Suryobroto, selaku ketua komisi pernbimbing, penulis ucapkan banyak terima kasih atas segala dukungan moral dan material mulai dari perenmaan penelitian sampai akhir penulisan karya ilmiah. Selalu berpi kiran terbuka, sederhana, kritas, b e h berkreasi namun bertanggung jawab, dan be jiwa ikhlas adalah teladan mulia yang penulis dapatkan dmi Bapak. Kepada Ibu

Dr. Ir. Sri Supraptini Mansjoer, selaku komisi pembimbing, penulis ucapkan terirna kasih yang sebesar-besamyya atas segala bimbingan dan koreksi yang tajam selama penulisstn tugas akhir. Selalu berpikiran luas ke depm adalah nilai yang didapahn dari Tbu dan telah membuka cakrawala pikiran penulis.

Kepda staf Pusat Kajian Pnmata

(PKP)

Universitas Udayana, utamanya Bapak drh. Komang Gde Sllsrvana, PhD., terima kasih yang tak terhingga atas segala dukungan moral dan bantuan pengurusan ijin peneiitian rnonyet ekor panjang di Bali.

Ucapan terima kasih juga ditujukan untuk Bapak Ir. Achmad Farajdlah, MSi

atas diskusinya mengenai teknik molekuler dan segala fasilicas selama bekerja di Lab. Zoologi. Kepada Bapak Adi Surahman dan semua personil yang bekerja dl Lab. Zoolog, MIPA, Tajur, penulis ucapkan terima kasih atas segala dukungan dm kerja

samanya.

Untuk kolega drh. i Nyornan Suartha, drh. A.A. Artha Putra, MSi, drh. W e Soma, drh. I Gst. Ngurah Sudisma, drh. Kt. Sudarsana dan staf sikeswan

Disnak Kab. Badung, drh. Wayan Dana dm staf sikeswm Disnak Kab. Tabanan,

drh. Made Widi Ady Krama dan staf sikeswan Disnak Kab. Buleleng,

dan

Tim

PengeIola daerah pariwisata Sangeh, Alas Kedaton, Uluwatu, Ubud, clan Pulaki,

penul i s ucapkan terima kasi h atas pattisipasinya dalam menangkap monyet di lapangan.

Kepada keluargi, Putu Yasa, Nyoman Juliati, Made Rai, dm istri terkasih Ni Wayan Deani, terima kasih yang tak ternilai atas doa d m jerih payahnya yang tanpa mengenal lelah untuk selalu terlibat &lam menangkap monyet dari hari ke hari.

Terima kasih kepada Rektor clan Dekan Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Udayana abs ijin yang diberikan kepda pendis untuk rnengikuti pdtdikan S2 di IPB, Bogor. Kepada Rektor Enstitut Pertanian Bogor clan Direktur Program Pascasajana IPB, terima kasih atas kesemptan yang diberikan kepada penulis utnuk rnengikuti pendidikan pascasajana di lingkungan

PB.

Teruntuk Ketua Program Studi Primatologi, Bapak Prof. drh. Tonny Ungerer, MSc., PhD., dm staf, utamanya Bapak Dr. Dondin Sajuthi, penulis secara khusus mengucapkan banyak

terima kasih dan penghargaan atas saran, bimbingan, dan dukungannya selama rnengikuti pendidikan. Kepada Direktur Pernbinaan Sarana Akademis Depdikbud, penulis rnengucaph terima kasih atas bantuan beasiswa yang diberikan selama

1

mengkuti pendidikan di Program Studi Primatologi, Program Pascasrjana,

PB.

Akhirnya, terima kasih penulis tuj ukan kepada anggota PUNHAWACANA Bali atas segda dukungan moralnya. Semoga Tuhan memberkati kepada mereka yang

berbuat bai k.

Bogor, Januari 2 0 1

DAFTAR IS1 DAFTAR IS1 ... ... DAFTAR TABEL ... DAFTAR GAMB AR D AFTAR LAMPTRAN ... I . PENDAHULUAN ... 1.1 Latar Belakang ... 1.2 identifikasi Masalah ...

1.3 Ruang Lingkup Penelitian ... 1.4 Tujuan Penelitian ...

1

.

5 Manfaat Penelitian ...

1 -6 Hipotesis ...

I1 . TMJ AUAN PUSTAKA ...

2.1 Monyet Ekor Panjang (Macaca fascicularis)

...

2.2 Asam bksiribonukleat (DNA) ...

2.3 Organisasi Genom ...

2.4 DNA Mikrosatelit ...

2.5 Amplifi kasi Fragmen DNA

...

!

...

2.6 Kerapnan Genetik

...

111 MATERI DAN METODE PENELITIAN ...

3.1 Waktu dan Lokasi Penelitian ...

... 3.2 Primer Mikrosatelit yang Digunakan

3.3 Alat dan Bahan

...

:.

...

...