Ekstraksi dan Amplifikasi DNA

(1)

# _{Ko r e sp o nd en si: Balai Rise t Bu d id aya Ikan Hias.}

Jl. Per ikan an No . 1 3 , Pan co ran Mas, De p o k, Jawa Bar at 1 6 4 36 , In d o n e s ia.

Te l. + (0 2 1 ) 7 5 2 0 4 8 2

E-m ail: mel t ar i ni .fahmi @ kk p.go.i d

Tersedia online di: ht t p://ej ournal-balit bang.kkp.go.id/index.php/j ra

DNA BARCODING IKAN HIAS INTRODUKSI

M elta Rini Fahmi, Ruby Vidia Kusumah, Idil Ardi, Shofihar Sinansari, dan Eni Kusrini

Balai Riset Bud idaya Ikan Hias

(Naskah dit erima: 1 M ar et 2017; Revisi final: 20 M aret 2017; Diset uj ui publikasi: 3 April 2017)

ABSTRAK

Identifikasi spesies menjadi tantangan dalam pengelolaan ikan hias introduksi baik untuk tujuan budidaya maupun konservasi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi molekuler ikan hias introduksi yang beredar di pembudidaya dan pasar ikan hias Indonesia dengan menggunakan barcode DNA gen COI. Sampel ikan diperoleh dari pembudidaya dan importir ikan hias di kawasan Bandung dan Jakarta. Total DNA d iekstraksi dari jaringan sirip e kor de ngan me nggunakan me tod e ko lom . Amplifikasi ge n t arget dilakukan dengan menggunakan primer FishF1, FishF2, FishR1, dan FishR2. Hasil pembacaan untai DNA disejajarkan dengan sekuen yang terdapat pada genbank melalui program BLAST. Identifikasi dilakukan melalui kekerabatan pohon filogenetik dan presentasi indeks kesamaan dengan sekuen genbank. Hasil identifikasi menunjukkan sampel yang diuji terbagi menjadi lima grup, yaitu: Synodont is terdiri atas lima spesies, Corydoras: empat spesies, Phseudoplat yst oma: tiga spesies, Bot ia: tiga spesies, dan Leporinus: tiga spesies dengan nilai boostrap 99-100. Indeks kesamaan sekuen menunjukkan sebanyak 11 spesies memiliki indeks kesamaan 99%-100% dengan data genbank yaitu Synodont is decorus, Synodont is eupt erus, Synodont is greshoffi, Bot ia kubot ai, Bot ia lohachat a, Rasbora eryt hromicron, Corydoras aeneus, Gyrinocheilus aymonieri, Eigenmannia virescens, Leporinus affinis, Phract ocephalus hemioliopt erus. Dua spesies teridentifikasi sebagai hasil hibridisasi (kawin silang) yaitu Leopard catfish (100% identik dengan Pseudoplat yst oma faciat um) dan Synodontis leopard (100% identik dengan Synodont is not at us). Hasil analisis nukleotida penciri diperoleh tujuh nukleotida untuk Synodont is decora, 10 nukleotida untuk Synodont is t anganyicae, 13 nukleotida untuk Synodont is eut erus, empatnukleotida untuk Synodont is not at us, dan 14untuk Synodont is grashoffi. Kejelasan identifikasi spesies ikan men jadi kunci utama dalam bud idaya, perdagan gan, manajemen, konse rvasi, dan pengemban gan ilmu pengetahuan.

KATA KUNCI: ikan introduksi; DNA barcoding; BLAST; invasivealien species (IAS)

ABSTRACT: DNA barcoding of exotic ornamental fish. By: M elta Rini Fahmi, Ruby Vidia Kusumah, Shofihar Sinansari, and Eni Kusrini

Species ident ificat ion becomes a new challenge in t he management of ornament al fish eit her for cult ivat ion, or for conservat ion proposes. The object ive of t his st udy was t o ident ify current ly exist ing int roduced ornament al fish in Indonesian farmers and market s using DNA barcodes COI gene. Fish samples were collect ed from farmers and import ers of ornament al fish in Bandung and Jakart a. Tot al genome was ext ract ed from caudal fin t issue using t he column met hod. Amplificat ion of t he t arget gene was done by using FishF1, FishF2, FishR1, and FishR2 primers. DNA sequence was aligned wit h t he sequences from genbank by BLAST program. Species ident ificat ion was decided t hrough t he phylogenet ic t ree and similarit y index wit h genbank sequences. The result s showed t hat all of t est ed samples fall int o five groups; Synodontis consist ed of five species, Corydoras four species, Phseudoplatystoma four species, Botia t hree species, and Leporinus t hree species wit h 99-100 boost rap value. Sequence similarit y index showed around 11 species have 99%-100% similarit y index wit h sequence dat a on genbank which are Synodontis decorus, Synodontis eupterus,

(2)

and t he leopard Synodont is (100% ident ical wit h Synodontis notatus). Analysis of nucleot ide diagnost ic showed

Synodontis decora has seven nucleot ides diagnost ic, Synodontis tanganyicae 10 nucleot ides, Synodontis euterus 13 nucleot ides, Synodontis notatus four nucleot ides, and Synodontis grashoffi 14 nucleot ides. The correct ident ificat ion of fish species is a useful t ool for aquacult ure, global market ing, management or conservat ion, and academic/scient ific purpose.

KEYW ORDS: introduction fish; DNA barcoding; BLAST; invasive alien species (IAS)

PENDAHULUAN

Indust ri ikan hias merupakan sekt o r usaha yang melakukan perdagangan dan t ranspo rt asi ikan hidup ant arnegara di seluruh dun ia, sehingga ind ust ri ini diduga sebagai pint u penyebaran berbagai jenis ikan dari suat u negara ke negara lain. Ikan yang masuk ke suatu wilayah yang bukan habitat aslinya sebagai akibat d ari akt ivit as man usia dike n al d e ngan ist ilah ikan in t r o d u ksi at au b e b e rap a ist ilah yan g d igu n akan sepert i int roduced, alien, exot ic, non-indigenous, atau non-nat ive species (Kumar, 2000). Tidak t erkecuali di Indo -nesia, pro duksi ikan hias nasio nal juga dipero leh dari budidaya ikan int ro duksi selain ikan-ikan asli perairan Indo nesia (endogenous species) yang diperoleh dari hasil tangkapan di alam. Bahkan pro duksi budidaya ikan hias nasio n al dido min asi o le h ikan-ikan hias int ro duksi t ersebut . Int ro duksi dan penyebaran ikan-ikan alien species ke dalam suat u wilayah dianggap menjadi salah satu penyebab ut ama ancaman keragaman ikan di alam (Lee, 200 2; Semm ens et al., 20 04; Dudgeo n et al., 20 06 ) t e ru t ama ikan-ikan yang m en diam i pe rairan t awar sepert i eko sist em danau (Cano nico et al., 2005). Lalu lint as perdagangan ikan hias dianggap menjadi salah satu pintu masuknya ikan exot ic t ersebut ke suatu perairan at au wilayah. Negara Aust ralia menyat akan s e la m a 2 0 -3 0 t a h u n t e r a k h ir s e ir in g d e n g a n meningkat nya perdagangan ikan hias maka kehadiran ikan int ro duksi juga mengalami peningkat an. Dari 40 spesies ikan int ro duksi yang dit emukan di perairan Aut ralia 30 spesies di ant aranya merupakan ikan yang m a s u k m e la lu i p in t u p e r d a g a n g a n ik a n h ia s (Lint ermans, 2004; Ko ehn & Mackenzie, 2004).

Se lain p e n garu h d an an cam an ikan in t ro d u ksi t e r h a d a p k e r a g a m a n s u m b e r d a ya h a ya t i (bio diversit as), keberadaan ikan int ro duksi ini juga me mbe rikan nilai e ko n o mis yan g cukup signifikan dalam meningkat kan pendapat an pembudidaya ikan hias di Indo nesia. Sekit ar 80% pro duksi budidaya ikan hias nasional berasal dari budidaya ikan hias int ro duksi (Satyani & Subamia, 2014). Oleh karenanya pengat uran, pered aran, dan pengelo laan sumber daya ikan hias in t ro d u ksi in i se rin g m e n jad i b ag ian d isku s i d an p e r d e b a t a n a n t a r a p e m b u d id a ya ik a n m a u p u n pemerhat i lingkungan (ecologist). Dhar & Gho sh (2015) menjelaskan beberapa kendala dan t ant angan dalam pengelo laan sumber daya ikan hias di ant aranya sistem

perdagangan ikan hias belum mampu membedakan asal usul ikan yang diperdagangkan apakah berasal dari hasil t angkapan alam at au hasil budidaya, t ingginya angka inbreeding yang memengaruhi kualit as ikan, t ingginya angka hibridisasi sehingga spesies asli semakin sulit dit emukan, no menklat ur ikan yang diperdagangkan umumnya masih mengacu pada nama dagang (common name), s e h in gg a ke lo m p o k -k e lo m p o k ik an yan g m e m ilik i k e s a m a a n k a r a k t e r c e n d e r u n g d ik la s ifik a s ik a n s e b a g a i h e w a n s a t u je n is d a n t ant angan t erakhir yait u lalu lint as perdagangan ikan hias int ro duksi yang berdampak pada feno mena invasif (alien species).

Organisasi ikan hias dunia, Ornament al Fish Int er-nat ional (OFI) merilis sebanyak 5.325 spesies ikan hias t elah diperdagangkan di dunia. Umumnya ikan hias t e rs e b u t d ik o le ks i o le h p e n gh o b i d ari a lam d an selanjut nya diperdagangkan sebagai ikan hias dengan menggunakan nama dagang (common name). Ko ndisi ini t erjadi karena pemberian nama ilmiah suatu spesies membut uhkan wakt u yang cukup lama, sert a lembaga d a n p e r s o n a l ya n g m e m ilik i k o m p e t e n s i u n t u k m e la k u k a n id e n t ifik a s i t a k s o n o m i ik a n s a n g a t t erbat as. Sit uasi t ersebut yang melat arbelakangi OFI mempublikasi st andar nama dagang (common names) ikan hias di seluruh dunia (Hensen et al., 2010).

(3)

Penggunaan barcode DNA dalam ident ifikasi ikan h ias in t ro d uksi t elah d ilakukan p ert am a kali o le h Co llin s et al. (2 0 1 2 ), yait u t e rh ad ap 1 7 2 sp e s ie s Cyprinid. Ikan hias yang berasal dari famili Cyprinid umumnya adalah jenis-jenis ikan hias yang digemari o leh masyarakat dan beredar sangat luas di pasar ikan hias int ernasio nal, sepert i jenis danio , rasbo ra, barb, puntius, dan lain-lain. Sebagian ikan-ikan tersebut sulit d iid e n t ifik a s i d e n g a n m e n g g u n a k a n k a r a k t e r mo rfo lo gi karena feno mena crypt ic spesies, sehingga ident ifikasi ikan t ersebut sulit dilakukan (Co llins et al., 2012). Di Indo nesia beberapa ikan hias int ro duksi t elah banyak dikembangkan sepert i jenis Syno do nt is, Cor ydoras, Tiger Catfish, dan lain-lain bahkan sebagian d i a n t a r a n ya d it e m u k a n d e n g a n st a t u s h ib r id a . Penelit ian ini bert ujuan unt uk melakukan ident ifikasi m o le ku le r ik a n h ia s in t r o d u k si ya n g b e r e d a r d i pembudidaya dan pasar ikan hias Indo nesia dengan m e n g gu n ak a n bar code DNA ge n COI. Da t a yan g d ip e ro le h sangat b e rgu na dalam p en ge lo laan dan manajemen ikan int ro duksi di perairan Indo nesia.

BAHAN DAN M ETODE

Koleksi Sam pel

Sampel ikan yang digunakan pada penelit ian ini dipero leh dari pembudidaya dan impo rt ir ikan hias di k a w a s a n Ba n d u n g d a n Ja k a r t a d e n g a n k r it e r ia pembenihan ikan dilakukan secara kawin sunt ik ( in-duced breeding). Sampel ikan dibawa ke Balai Penelit ian d a n Pe n ge m b an gan Bu d id aya Ikan Hias (BPPBIH) De p o k, se lan ju t n ya d ila k u k a n d o k u m e n t a si d a n pengambilan sampel DNA. Sampel DNA diambil dari sirip anal dan disim pan dalam alko ho l 96 % h ingga kegiatan mo lekuler dilakukan. Ident ifikasi ikan dengan me nggu nakan karakt er m o rfo lo gi dilaku kan sesu ai dengan kunci ident ifikasi Nelso n (2006) dan publikasi ilmiah t erkait , sedangkan informasi asal ikan dipero leh dari sit us www.fishbase .o rg.

Ekstraksi dan Amplifikasi DNA

Iso las i DNA d ila ku k an d e n ga n m e n g g u n a ka n met o de spin-column mengacu pada pro sedur kerja Kit gSYNC DNA Ext rasion yang dikeluarkan o leh perusahaan Geneaid. DNA hasil ekst raksi dim igrasikan pada gel agaro se 1,2% dalam larut an 1× TAE dengan pewarna DNA berupa cyber safe (t uliskan pro dusennya). DNA t o t al divisualisasi dengan bant uan blue light t ransillu-minat or (= 2 5 0 n m ). DNA t o t a l h a sil p u rifika si d ig u n a k a n s e b a g a i DNA c e t a k a n u n t u k p r o s e s amplifikasi dengan teknik PCR. Primer yang digunakan adalah FishF1: 5’-TCA-ACC-AAC-CAC- AAA- GAC- ATT GGC- AC-3’ d an FishF2: 5 ’-TCG-ACT-AAT-CAT-AAA-GAT-ATC-GGC-AC-3 ’ u nt uk forw ard, dan FishR1: 5’-TAG- ACT- TCT- GGG- TGG- CCA- AAG AAT- CA-3 ’

dan FishR2: 5’-AC-TCA-GGG-TGA-CCG-AAG-AAT-CAG-AA-3’ unt uk reverse dengan t arget pro duk PCR masing-masing sepanjang 707 pb dan 650 bp (Ward et al., 2005). Ko ndisi PCR yang digunakan adalah pra-PCR (94°C selama lima menit ), denat urasi (94°C selama 30 det ik), annealing at au penempelan (52°C selama 30 det ik), ekst ensi at au pemanjangan (72°C selama 30 detik) dan post -PCR (72°C selama lima menit ) sebanyak 35 siklus. Runut an nukleo t ida hasil PCR selanjut nya dibaca dengan menggunakan Applied Biosyst ems melalui M acrogen Korea.

Analisis Dat a

Hasil ru n u t an n u kle o t id a ge n COI d ise su aikan dengan dat abase at au library yang t ersimpan dalam genbank yait u Nat ional Cent re for Biot echnology Infor-mat ion (NCBI) (h t t p ://www.n cb i.n lm .n ih .g o v/b la st ) m e la lu i p ro g r a m BLAST, u n t u k m e n d a p a t ka n persent ase kesamaan dengan dat a base. Sisi ho mo lo g runu t an nukleo t ida gen COI DNA mit o ko ndria dari spesies yang dipero leh dan hasil penelusuran melalui p ro gran BLAST se lan ju t n ya d is e jaja rkan (mult iple alligment) dengan menggunakan Clust alW. Identifikasi s p e s im e n d ila k u k a n m e la lu i k o n s t r u k s i p o h o n kekerabat an dan persent ase indeks kesamaan. Analisis penanda genet ik, keragaman genet ik, jarak genet ik d a r i r u n u t a n n u k le o t id a g e n p a r s ia l CO I DNA mit o ko ndria dilakukan mengunakan pro gram MEGA versi 5 (Tamura et al., 2011). Silurifo rmes, dan Percifo rmes (Tabel 1). Kurang lebih 500 spesies ikan int ro duksi t elah dikembangkan dan beredar di wilayah Indo nesia (data eksportir unpublish). Namun pada penelit ian ini sampel yang diambil lebih difo kuskan pada beberapa kriteria di ant aranya adalah ik an -ika n ya n g p e m ija h a n n ya d ila ku k a n d e n g a n menggunakan met o de kawin sunt ik.

(4)

Tabel 1. Daft ar ikan ko leksi yang digunakan pada penelit ian ini

Table 1. List of fish collect ion used in t his st udy

Ordo

Order

Famili

Family

Nama ilmiah

Scientific name

Nama dagang

Common name

Negara asal

Origin

Characiforme s Anostomidae Abramit es hypselonot us

Marble d he adst ande r Sungai Amazon, Ame rika Se lat an

Amazon Ri ver, Sout h Ameri ca

Characiforme s Anostomidae Leporinus affinis Black-bande d le porinus Sungai Amazon, Ame rika Se lat an

Characiforme s Anostomidae Leporinus st riat us Striped le porinus Sungai Amazon, Ame rika Se lat an

Characiforme s Characidae Parachei rodon axelrodi

Cardinal te t ra Sungai Ne gro, Ame rika Se lat an

Negro River, Sout h Ameri ca

Cypriniforme s Cobitidae Ambast aia sidt himunki

Dwarf bot ia Sungai Me kong

Mekong Ri ver

Cypriniforme s Cobitidae Bot ia kubot ai Polka-dot loach Myanmar Cypriniforme s Cobitidae Botia lohachata Re ticulate loach Myanmar Cypriniforme s Cyprinidae Dani o margarit at us Galaxy rasbora India, Myanmar Cypriniforme s Cyprinidae Danio erythromicron Eme rald Dwarf Rasbora Myanmar Cypriniforme s Cyprinidae Gyrinochei lus

aymonieri

Siamese algae -e ate r Sungai Me kong

Mekong Ri ver

Gymnot iforme s Ste rnopygidae Eigenmanni a vi rescens Glass knife fish Ame rika Se lat an

Sout h Ameri ca

Pe rciforme s Cichlidae Cyphot il apia front osa Humphe ad Cichlid Afrika (Africa) Pe rciforme s Cichlidae Pterophyllum altum Alt um ange lfish Sungai Amazon,

Ame rika Se lat an

Pe rciforme s Cichlidae Tropheus moorii Blunthead cichlid Afrika, e nde mik Danau Tanganyika

Africa, Lake Tanganyika endem ic

Siluriforme s Mochokidae Synodont is l eopard - Cross breedi ng

Siluriforme s Mochokidae Synodont is grashoffi - Danau Tanganyika, Afrika

Lake Tanganyika, Africa

Siluriforme s Pimelodidae P. fasci at um x

P. hemioliopt erus

Leopard Sungai Amazon,

Ame rika Se lat an

Siluriforme s Pimelodidae Phract ocephal us hemi ol iopt erus

Re dt ail catfish Sungai Amazon, Ame rika Se lat an

(5)

po t ensi sebagai invasive alien species. Namun dari 26 s p e s ie s ya n g m e w a k ili o r d o Pe r c ifo r m e s , Silurifo rme s, dan Cyprinifo rme s h asil ko leksi pada penelit ian ini, t idak ada dilapo rkan sebagai spesies yang bersifat menginfasi lingkungan at au invasive alien species.

Da ri 5 .3 2 5 s p e s ie s ik a n h ia s air t aw a r t e la h diperdagangkan secara int ernasio nal (Hensen et al., 2 01 0) d id u ga keb eradaan ya m e njad i fakt o r ut am a dalam penyebaran ikan int ro duksi dari sat u lo kasi ke lo kasi lainnya bahkan sebagian dari ikan-ikan t ersebut t elah t ercat at sebagai invasive alien species (Co rfield et al., 2008). Hampir sama dengan negara Aust ralia, di In d o n e s ia ik a n -ik a n d a ri Fa m ili Po e ciliid ae d a n Cic h lid a e m e n d o m in a s i k o m p o s is i ik a n h ia s in t r o d u ksi yan g d ip ro d u ksi d a n d ip e r d agan g kan . Arthingt o n (1991) menyebut kan kedua famili tersebut bersifat eur yt ermic yaitu ikan yang mampu hidup pada rent ang suhu yang lebih b esar. Fakt o r suh u diduga se b ag ai ku n ci u t am a ke s u kse san ikan in t ro d u ksi b e rad ap t asi d e ngan lin gku ngan b aru (Art h in gt o n , 1991).

DNA Barcoding

Sebanyak 73 sampel DNA ikan hias int roduksi yang m ewakili 23 sp e sie s dari 2 6 sp e sie s h asil ko le ksi b e r h a s il d ie k s t r a s i d a n d ia m p lifik a s i d e n g a n menggunakan barcode DNA primer FishF1 dan FishF2 (Gambar 1). Kemurnian hasil ekst rasi DNA ditunjukkan

d e ngan ad an ya p it a (band) gen o m d i at as m arke r dengan nilai absorbance berkisar ant ara 1.046 hingga 2.450, dan ko nsent rasi DNA berkisar ant ara 148-315

ng/µL.

Hasil pembacaan dan p enco co kan runut an DNA barcoding dengan dat abase genbank NCBI disajikan p a d a La m p ir a n 1 . Ha s il p e n co c o k a n t e r s e b u t s e la n ju t n ya d ik o n fir m a s i d e n g a n s it u s w w w. fis h b a s e . o r g a t a u w w w.it is . g o v, u n t u k m e n e n t u k a n n a m a s p e s ie s n ya . Me n g a c u h a s il penco co kan sekuen pada Tabel Lampiran t erdapat 12 spesies yang memiliki kesamaan nama ilmiah dengan dat abase genbank NCBI yaitu; Synodontis decorus dengan nilai kesamaan sekuen sebesar 99%, Synodontis eupterus (99%), Synodont is greshoffi (99%), Bot ia kubot ai (100%), Bot ia lohachat a (99 %), Rasbor a eryt hr omicr on (9 9 %), Corydoras aeneus (93%), Gyrinocheilus aymonieri (99%), Eigenmannia vir escens (9 5%), Leporinus affinis (9 8 %), Phract ocephalus hemioliopt erus (98%).

Di s a m p in g it u , t e r d a p a t lim a s p e s ie s ya n g memiliki perbedaan nama ant ara dat abase NCBI dan nama ilmiah yang digunakan pada penelit ian ini, namun t in gkat keco co kan se kuen nya berkisar ant ara 9 9%-1 0 0 %. Di an t aran ya a d ala h (9%-1 ) Synodont i s l eopar d t erident ifikasi 99% ident ik dengan S. not at us, hal ini sesuai dengan hasil wawancara dengan pembudidaya diket ahui bahwa S. leopard merupakan hasil persilangan ant ara S. not at us dan S. mult ipunct at us; (2) S. pet ricola t erident ifikasi 99% ident ik dengan S. aff. t anganyicae, Tabel 1. Lanjut an

Siluriformes Callichthyidae Corydoras mat ae Masked corydoras Amerika Selat an

Sout h Ameri ca

Siluriformes Callichthyidae Corydoras rabaut i Rust corydoras Amerika Selat an

Sout h Ameri ca

Siluriformes Callichthyidae Corydoras simulat us Olga cory Amerika Selat an

Sout h Ameri ca

Siluriformes Callichthyidae Corydoras sp. Amerika Selat an

Sout h Ameri ca

Siluriformes Callichthyidae Corydoras weit zmani Twosaddle corydoras Amerika Selat an

Sout h Ameri ca

Siluriformes Mochokidae Synodont is pet ricol a Pygme le opard catfish Danau Tanganyika, Afrika

Lake Tanganyika, Africa

Siluriformes Mochokidae Synodont is eut erus Fe athe rfin synodontis Danau Tanganyika, Afrika

(6)

namun dat a yang t erdapat pada Fishbase menunjukkan kedua nama spesies t ersebut t idak t ermasuk syno nim t api dua spesies yang berbeda; (3) Bot ia sidt himunki t erident ifikasi sebesar 99% ident ik dengan Ambast aia si d t h i m u n ki. Ha l t e r s e b u t s e s u a i d e n g a n h a s il penelusuran Fishbase yang menunjukkan kedua nama spesies t ersebut adalah synonym; (4) Pseudoplat yst oma faciat um t erident ifikasi sebesar 100% ident ik dengan Pseudoplat yst oma cor r uscans, p e n e lu su ran Fishbase menunjukkan kedua nama spesies t ersebut bukan syn-onym; (5) Rasbora galaxy t erident ifikasi sebesar 99% ident ik dengan Danio margarit at us, hasil penelusuran dat a Fishbase juga menunjukkan kedua nama spesies t ersebut bukan synonym.

Hasil pe n co co kan ju ga m e m pe rlih at kan e mp at spesies lainnya hanya memiliki tingkat kesamaan yang cukup rendah dengan sekuen yang t erdapat pada da-t abase NCBI yait u Cor ydor as w eit zm ani, Cor ydor as mat ae, Leporinus st riat us, dan Leporinus hypselonot us. Hal ini menunjukkan bahwa sekue n DNA barcoding keempat spesies tersebut belum cocok dengan sekuen yang tersimpan dalam database NCBI. Pemberian nama s p e s ie s t e la h m e n ja d i p e r m a s a la h a n p a r a a h li t akso n o m i d ari t ahu n ke t ah un . Be rb agai me t o d e ide nt ifikasipun dike mban gkan unt u k validasi n ama s p e s ie s s e p e r t i id e n t ifik a s i s p e s ie s d e n g a n menggunakan fo t o digit al (image) melalui Image Rec-ognit ion Syst em (IRS) dan Int egrat ed Phot o-based Online Fish-Ident ificat ion Syst em (IPOFIS), ident ifikasi dengan menggunakan karakt er genet ik melalui Single nucle-ot ide polymorphisms (SNPs) dan DNA barcoding (Fischer, 2013).

Pe n e n t u a n n a m a s p e s ie s ik a n h ia s s e r in g dihadapkan pada berbagai kendala di ant aranya adalah pert ama; laju pemberian nama dagang ikan hias jauh lebih cepat dibandingkan dengan nama ilmiah o leh ahli t a kso n o m i (He n se n et al., 2 0 1 0 ). Ke d u a; ad an ya perdebat an definisi spesies baik dari ko nsep bio lo gi

ko n ve n sio n al, b io lo gi m o le ku le r m au p u n e vo lu si hingga saat ini (Frankham, 2002). Ket iga adalah adanya fe n o m e n a kaw in silan g (cr oss br eedi ng), re kayasa g e n e t ik , p r o se s s e le k s i (select i ve br eedi ng) ya n g b e r d a m p a k p a d a p e r u b a h a n k a r a k t e r -k a r a k t e r mo rfo lo gi, sehingga menyulit kan ident ifikasi secara mo rfo lo gi. Keempat adalah met o de ident ifikasi yang t erus berkemban g mulai dari penggunaan karakt er mo rfologi, phot ograph (image) recognition process hingga penggunaan karakt er genetik (molecular ident ificat ion), sehingga beberapa jenis ikan secara genet ik memiliki urut an seku en yan g b erb eda de ngan t et u anya d an d ik e lo m p o k ka n s e b a g ai ika n je n is b a ru , n a m u n s e b a g ia n a h li t a k s o m o n i b e lu m m e n ye p a k a t i t erbent uknya spesies-spesies baru t ersebut (Fischer, 2013).

Ko nstruksi pohon kekerabatan unt uk semua hewan uji disajikan p ad a Gam bar 2. Se cara um um sem ua klaster spesies menunjukkan kekerabatan yang sangat t inggi ant ara seku en hewan uji dan dat abase NCBI, h al in i d it an d ai d e n gan n ilai boost r ap d i at as 9 0 . Demikian juga klaster genus yang mengelo mpo k dalam sat u cabang po ho n kekerabat an denga nilai boost rap 9 9 -1 0 0 , se p e rt i Synodont is yan g t e rd iri at a s lim a spesies, Corydoras empat spesies, Phseudoplat yst oma t iga sp e sies, Bot ia t iga sp esie s, dan Lepor inus t iga spesies. S. leopard memiliki kekerabat an sangat dekat dengan S. not at us, hal ini mendukung info rmasi yang d ib e r ik a n o le h p e m b u d id a ya b a h w a S. l eopa r d merupakan hasil kawin silang ant ara S. mult ipunct at us dan S. not at us (Gambar 3).

Kawin silang (cross breeding) t idak hanya dit emukan p a d a g e n u s Synod on t i s, t a p i ju g a p a d a g e n u s Phseu dop l a t yst om a. Ha s il w a w a n c a r a d e n g a n pembudidaya menyebutkan bahwa pro ses kawin silang pada Synodont is umumnya dilakukan karena kelangkaan jumlah ikan jant an dalam sat u po pulasi, sehingga sat u ja n t a n ik a n Synodont i s s e r in g d ig u n a k a n u n t u k Gambar 1. To t al DNA hasil ekst rasi (a) dan amplifikasi gen COI menggunakan primer FishF1

dan FishR1 dengan pro duk PCR sebesar 707 bp

(7)

Gambar 2. Dendro gram gen COI ikan-ikan int ro duksi po t ensial (

•

) sequence dari genbank

(8)

membuahi t elur Synodont is dari jenis lainnya. Kawin silang pada genus Phseudoplat yst oma lebih dit ujukan unt uk mendapat kan st rain Leo pard, karena st rain ini memiliki harga yang lebih t inggi dibandingkan dengan kedua jenis indukannya.

Ken dala d alam m e ngid en t ifikasi ikan -ikan hasil h ib rid isasi p ad a ikan h ias ju ga d isam p aikan o le h penelit i lain sepert i Kumar (2000). Pada penelit ian ini t erlihat DNA barco ding mampu mengident ifikasi ikan hasil hibridisasi berdasarkan indeks kesamaan (index si mi lar it y) d e n ga n se k u e n yan g t e r sim p a n d alam genbank melalui pro gram BLAST. Tent u kemampuan DNA barcoding dalam mengident ifikasi spesies sangat t ergant ung pada jumlah dat a yang t ersimpan dalam library genbank (Fahmi et al., 2016). Penggunaan DNA barcoding saat ini t elah menjadi so lusi pada identifikasi ik a n , t e r u t a m a s a m p e l-s a m p e l ya n g t id a k b is a diident ifikasi secara mo rfo lo gi sepert i ikan pada saat fase larva, poto ngan bagian badan ikan yang tidak utuh, ikan-ikan yang memiliki kesamaan mo rfo lo gi namun se cara g e n e t ik m e r u p aka n sp e sie s yan g b e rb e d a (crypt ic species) dan ikan-ikan hasil hibridisasi (Lleonart et al., 2006).

Mengacu pada keragaman antar dan int er grup yang dihit ung berdasarkan M aximum Composit e Likelihood, maka nilai keragaman genetik intra-grup adalah 0,089% dan ant ar-grup 5,277%. Hal ini menunjukkan bahwa keragaman int ra-grup sangat rendah at au kurang dari 2%. Nilai keragaman yang lebih dari 2%, menunjukkan bahwa terdapat spesies yang berbeda dengan anggo t a grup lainnya, sebaliknya nilai keragaman yang kurang dari 3% menunjukkan grup at au klast er berasal dari spesies yang sama (Ribeiro et al., 2012).

Nukleotida Penciri

Analisis nukleo t ida pe nciri (nucleot ide diagnost ic) m erup akan t ah ap awal d alam pe ne n t u an pe nand a mo lekuler (molecular marker) single nucleot ide polymor-phisms (SNPs). Saat in i SNPs m e ru p akan p e n an d a mo lekuler yang banyak digunakan unt uk ident ifikasi karena memiliki t ingkat sensit ivit as dan akurasi yang sangat t inggi u nt u k m asing-masing spe sie s kare na didasarkan apada mut asi single nukleo tida (Kalinowski et al., 2010; Eugene et al., 2009). Analisis nukleo t ida penciri pada penelit ian ini dilakukan t erhadap genus Synodont is. Hasil an alisis n u kle o t id a p e n ciri lim a spesies Synodont is disajikan pada Tabel 2. Synodont is decora memiliki t ujuh nukleo t ida penciri, Synodont is t anganyicae 1 0 n u kle o t id a, SyEnodont is eut er us 1 3 n u k le o t id a , Synodont i s not at u s m e m ilik i e m p a t n u kle o t id a , d a n Synodont i s gr ashoffi m e m ilik i 1 4 nu kleo t ida p en ciri. Ke be radaan nu kleo t id a pe nciri merupakan prasyarat dalam ident ifikasi spesies dengan me nggun akan met o d e DNA barcoding (Ward et al., 2005).

Synodont is merupakan kelo mpo k ikan hias cat fish yang banyak diminat i di pasar ikan hias int ernasio nal, s e k it a r 1 3 1 s p e s ie s g e n u s Synod on t i s t e la h t e rid e n t ifikas i (ww w.fish b a se .o rg), 6 8 s p e sie s d i ant aranya diperdagangakan sebagai ikan hias menurut d a t a OFI (He n s e n et al., 2 0 1 0 ). Me n g a cu h a s il wawancara dengan pembudidaya ikan hias, saat ini k u r a n g le b ih 1 6 sp e s ie s ge n u s Synodont is t e la h dibudidayakan di Indonesia dan menghasilkan beberapa va r ie t a s h ib r id a . Me n g a cu p ad a in fo r m a si ya n g dipero leh dari pembudidaya bahwa Synodont is Leopard memiliki t ingkat agresifit as lebih t inggi dibandingkan Gambar 3. Persilangan (a) Synodont is not atus (ht t p://www.fishbase.se) dan (b) Synodont is

mult ipunct at us (ht t p://www.fishbase.se) yang menghasilkan (c) Synodont is leopard

Figure 3. Hybridizat ion of (a) Synodontis notatus (ht t p://www.fish base.se) and (b) Synodontis multipunctatus(ht tp://www.fishbase.se) that produce (c) Synodontis leopard

a

c

(9)

dengan ikan Synodont is lainnya dan umumnya o rgan repro duksi ikan t ersebut t idak berkembang (st eril).

KESIM PULAN

Penggunaan DNA barcoding gen COI pada penelitian ini mampu membedakan 26 spesies ikan int ro duksi yang diko leksi dari pembudidaya dan dua spesies di ant aranya merupakan hasil persilangan yait u dari ge-nus Synodont is dan Phseudoplat yst oma. Hasil analisis nukleo t ida penciri spesies anggo t a genus Synodont is diharapkan menjadi info rmasi awal dalam penent uan marka iden t ifikasi d an keragaman sp esies anggo t a genus Synodont is.

UCAPAN TERIM A KASIH

Terima kasih disampaikan kepada Bapak Ir. Mulyadi yang t elah membant u mendapat kan sampel ikan hias int ro du ksi h asil bu did aya. Dr. Nico las Hub e rt at as bim bingan dalam me ngakses www. Bo ldSyt em.o rg. Penelitian ini dibiayai dari APBN melalui DIPA Balit bang budidaya ikan hias t ahun 2015.

Tabel 2. Nukleo t ida penciri unt uk lima spesies Synodont is Table 2. Nucleot ide diagnost ic of five species of Synodontis

DAFTAR ACUAN

Art hingt o n, A.H. (1991). Eco lo gical and genet ic im-pact s o f int ro duced and t ranslo cat ed freshwat er fishes in Aust ralia. Canadian Journal of Fisheries and Aquat ic Sciences, 48, 33-43.

Ca n o n ico , G.C., Ar t h in g t o n , A., McCr a y, J.K., & Thieme, M.L. (2005 ). Th e effect s o f in t ro du ced t ilap ias o n n at ive bio diversit y. Aquat ic Conser va-t ion: M arine and Freshwater Ecosystems, 15, 463-483. Co llin s, R.A., Arm st ro n g, K.F., Me ie r, R., Yi, Y., & Br o w n , S.D.J. (2 0 1 2 ). Ba r co d in g a n d b o r d e r b io se cu rit y: Id e n t ifyin g Cyp rin id fish e s in t h e a q u a r iu m t r a d e . PLoS ON E, 7 (1 ): e 2 8 3 8 1 . doi:10.1371/jo urnal.po ne.0028381.

Co rfield, J., Diggles, B., Jubb, C., McDo wall, R.M., & Mo o re, A. (2008 ). Re view o f t he impact s o f in-t ro duced o rname nin-t al fish specie s in-t hain-t have est ablishe d wild po pulaest io ns in Ausest ralia. Deparest -ment o f t he Enviro n-ment , Wat er, Herit age and t he Art s Aust ralia Go vernment .

Ke terang an (Not e): C = sito sin; G = gu anin; A = ad e nin; T = t imin (C = cyt osin; G = guanine; A = adenine; T = t imi n)

58 3 19 47 5 47 8 5 29 64 6 67 3 2 35 238 24 4 2 74 286 45 7 5 11 523 53 8 5 86

Synodont is decora C C C C G G C A A C C T C A C A C

Synodont is af f . t anganyicae T T T T A A T G C T T C T C T G G

Synodont is eupt era T T T T A A T A A C C T C A C A C

Synodont is not at us/leopard T T T T A A T A A C C T C A C A C

Synodont is greshof f i T T T T A A T A A C C T C A C A C

1 00 2 18 37 9 42 1 4 27 51 7 54 1 5 47 551 57 5 6 01 619 66 1 76 226 34 6 5 08

Synodont is decora A A C C C T C C T T A T C G A A C

Synodont is af f . t anganyicae A A C C C T C C T T A T C G A A C

Synodont is eupt era G G G A G C T A C C G C A G A A C

Synodont is not at us/leopard A A C C C T C C T T A T C C G G T

Synodont is greshof f i A A C C C T C C T T A T C G A A C

73 8 8 19 9 25 0 3 13 46 6 49 3 5 05 526 54 4 5 53 561 60 7 6 52

Synodont is decora C G G A C T C G A A A T T C

Synodont is af f . t anganyicae C G G A C T C G A A A T T C

Synodont is eupt era C G G A C T C G A A A T T C

Synodont is not at us/leopard C G G A C T C G A A A T T C

Synodont is greshof f i T A A G T C T A G G G C C T

Nukleot ida ke- (Nucleotide) Spesies

Species

Nu kleotida ke- (Nucleot ide)

(10)

Dhar, B., & Gho sh, K. (2015). Ident ifying o rnament al fishes of No rth-east India t hro ugh DNA barco ding. Science and Technology Journal, (2)2, 43-50. Du d g e o n , D., Ar h t in g t o n , A. H., Ge s s n e r, M.O.,

Kawabat a, Z.I., Kno wler, D.J., Leveque, C., Naiman, R.J., Prie u r -Rich ard s, A.H., So t o , D., St ias sn y, M.L.J., & Su lliva n , C. A. (2 0 0 6 ). Fr e s h w a t e r bio diversit y: impo rt ance, t hreat s, st at us and co n-servation challenges. Biological Review, 81, 163-182. Eugen e, H., Wo n g, K., Sh ivji, M.S., & Hann e r, R.H. (2009). Barco ding vert ebrat es ident ifying sharks wit h dna barco des: assessing the ut ility o f a nucle-o t ide diagnnucle-o st ic apprnucle-o ach. M olecular Ecology Re-sou r ces, 9 , 2 4 3 – 2 5 6 . d o i: 1 0 . 1 1 1 1 /j. 1 7 5 5 -0998.2009.02653.x.

Fa h m i, M. R., Pr a s e t io , A. B. , Ku s u m a h , R.V. , Hayuningt yas, E.P., & Ardi, I. (2016). Barcoding DNA ikan hias lahan gambut . J. Ris. Akuakult ur, 11(2), 137-145.

Fis ch e r, J. (2 0 1 3 ). Fis h id e n t ifica t io n t o o ls fo r bio diversit y and fisheries assessment s: review and guidance fo r decisio n-makers. FAO Fisheries and Aquacult ure Depart ment . Ro me, It aly, 118 pp.

Frankham, R., Ballau , J.D., & Brisco e s, D.A. (200 2). Int ro duct io n t o co nser vat io n genet ic. Cambridge Universit y Press, 607 pp.

Hebert , P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., & DeWaard, J.R. (2003). Bio logical ident ificat io ns t hro ugh DNA barco des. Proceedings of t he Royal Societ y of London Series B. Biological Sciences, 270, 313-321.

Hensen, R.R., Plo eg, A., & Fo ssa, S.A. (2010). St an-dard names fo r freshwat er fishes in t he o rnamen-t al aquarnamen-t ic indusrnamen-t r y. OFI educarnamen-t io nal publicarnamen-t io n 5. Ornament al Fish Int ernat io nal. Net herlands. Kalino wski, S.T., No vak, B.J., Drinan, D.P., Jen nings,

J.D., & Vu, N.V. (2010). Mo lecular diagno st ics and DNA t axo no my diagno st ic single nucleo t ide po ly-mo rp hisms fo r ide nt ifying we st slo pe cu t t h ro at t ro ut (Oncorhynchus clarki lewisi), Yello wst o ne cut -t hroa-t -t ro u-t (Oncorhynchusclarkiibouvieri) and rain-bo w t ro ut (Oncorhynchus mykiss). M olecular Ecol-og y Resour ces, d o i: 1 0 . 1 1 1 1 /j. 1 7 5 5 -0998.2010.02932.x

Ko ehn, J.D., & MacKenzie, R.F. (2004). Prio rit y man-agement act io ns fo r alien freshwat er fish species in Australia. New Zealand Journal of Marine and Fresh-wat er Research, 38(3), 457-472.

Kumar, A.B. (2000) Exo t ic fishes and freashwat er fish diversit y. Zoo’s Print Journal, 15(11), 363-367. Le e, C.E. (2 00 2). Evo lut io n ar y gen et ics o f invasive

species. Trends in Ecology and Evolut ion, 17, 386-391.

Lint erman s, M.(2 004 ). Human-assist ed dispersal o f alien freshwat er fish in Aust ralia. New Zealand Jour-nal of M arine and Freshwat er Research, 38, 481-501. Lleo nart , J., Taco net , M., & Lambo euf, M. (2006). In-t egraIn-t ing info rmaIn-t io n o n marine species idenIn-t ifi-cat ion for fisher y purpo ses. M arine Ecology Progress Series, 316, 231-238.

Nelso n, J.S. (2006). Fishes o f t he Wo rld (4th_{ed). New}

Jersey, USA: Jo hn Wiley & So ns, 624 pp.

Rasmu ssen , R.S., Mo rrisse y, M.T., & Heb ert , P.D.N. (2009). DNA barco ding of co mmercially import ant salmo n and t ro ut species (Oncorhynchus and Salmo) unt uk ekspo r. Badan Penelitian dan Pengembangan Kelaut an dan Perikanan, 78 hlm.

Se m m e n s , B. X. , Bu h le , E. R. , Sa lo m o n , A. K. , & Pat t e n gill-Se m m en s, C.V. (2 0 04 ). A h o t sp o t o f n o n -n a t ive m a r in e fis h e s : e vid e n ce fo r t h e aquarium t rade as an invasio n pat hway. M ar. Ecol. Prog. Ser., 266, 239-244. past 8 years o f DNA barco ding. M olecular Ecology Resources, 12, 377-388.

(11)

Lampiran 1. Hasil pensejajaran sequen hasil penelit ian dengan dat a genbank melalui pro gram BLAST

Appendix 1. Alignment of sequence t hat obt ained in t his st udy and sequence from genebank dat a through BLAST program

Nam a dan kode Names and codes

Panj ang sekuen Sequences

length

Persent ase kecocokan

Per centage

similarity

identity(%)

1 0 2 Synodont is decorus 6 9 4 HF5 6 5 87 5 .1 Synodont is decora 9 9

1 0 5 Synodont is eupterus 7 2 1 HF5 6 5 87 6 .1 Synodont is euptera 9 9

1 0 8 Synodont is leopard 7 0 5 HF5 6 5 92 2 .1 Synodont is not atus 9 8

1 1 2 Synodont is greshoff i 7 1 5 HF5 6 5 89 5 .1 Synodont is greshoff i 9 8

1 1 3 Synodont is greshoff i 7 1 8 HF5 6 5 89 5 .1 Synodont is greshoff i 9 9

3 0 8 Synodont is pet ricola 7 1 5 HF5 6 5 97 5 .1 Synodont is aff . t anganyicae 9 9

2 5 8 Botia kubotai 7 0 9 KF7 3 8 17 8 .1 Bot ia kubotai 10 0

2 6 3 Botia sidt himunki 7 0 8 KP3 1 9 02 4 .1 Ambast aia sidt himunki 9 9

2 7 0 Botia lohachat a 7 2 2 KP7 2 9 18 3 .1 Botia lohachat a 9 9

2 7 3 Rasbora erythromicron 7 0 8 AP0 1 1 41 9 .1 Rasbora erythromicron 9 8

2 8 3 Corydoras weit zmani 7 1 8 JN9 8 8 81 7 .1 Corydoras f laveolus 8 6

2 8 4 Corydoras weit zmani 7 3 0 JN9 8 8 81 3 .1 Corydoras aeneus 8 6

2 8 5 Corydoras weit zmani 7 1 9 JN9 8 8 81 1 .1 Corydoras aeneus 8 6

3 1 8 Corydoras aeneus 6 9 1 JN9 8 8 81 1 .1 Corydoras aeneus 9 0

3 1 9 Corydoras aeneus 7 6 3 AB0 5 4 12 8 .1 Corydoras rabauti 9 1

3 2 0 Corydoras aeneus 7 0 3 JN9 8 8 81 1 .1 Corydoras aeneus 9 1

3 2 3 Corydoras mat ae 7 1 9 GU7 0 1 9 30 .1 Corydoras dif luviatilis 9 1

2 8 8 Gyrinocheilus aymonieri 7 2 0 JF9 1 56 1 8 .1 Gyrinocheilus aymonieri 9 9

2 9 9 Eigenmannia virescens 7 2 5 KR4 9 1 59 3 .1 Eigenmannia virescens 9 4

3 0 0 Eigenmannia virescens 7 2 4 KR4 9 1 59 3 .1 Eigenmannia virescens 9 5 Kode akses (Spesies)

(12)

Lampiran 1. Lanjut an

Appendix 1. Cont inued

Nam a dan kode Names and codes

Panj ang sekuen Sequences

length

Persent ase kecocokan

Per centage

similarity

identity(%)

3 0 7 Leporinus striatus 7 0 9 HM0 6 5 0 0 1.1 Leporinus conirost ris 9 2

3 2 8 Leporinus hypselonotus 7 1 0 KP8 6 4 70 0 .1 Laemolyt a taeniat a 8 8

3 3 3 Leporinus aff inis 7 4 9 AP0 1 1 99 4 .1 Leporinus aff inis 9 8

3 3 8 Corydoras simulat us 7 1 5 GU7 0 1 9 30 .1 Corydoras dif luviatilis 9 0

3 9 3 Pseudoplat ystoma faciatum 6 8 6 KP2 9 4 24 2 .1 Pseudoplat ystoma corruscans 10 0 3 9 4 Pseudoplat ystoma faciatum 7 0 2 KP2 9 4 24 2 .1 Pseudoplat ystoma corruscans 10 0

3 9 6 Pseudoplat ystoma faciatum 6 8 3 KP2 9 4 24 2 .1 Pseudoplat ystoma corruscans 9 7

4 0 1 Phractocephalus 7 0 1 FJ4 1 87 6 4 .1 Phractocephalus hemioliopterus 9 8

2 8 0 Rasbora galaxy 7 1 3 KT7 6 8 12 0 .1 Danio margaritatus 9 9

2 8 1 Eigenmannia virescens 7 0 7 KR4 9 1 59 3 .1 Eigenmannia virescens 9 7

2 8 2 Rasbora galaxy 7 0 6 JF9 1 55 5 4 .1 Danio margaritatus 9 9 Kode akses (Spesies)