PERBEDAAN GREEN FLUORESCENT PROTEIN IKAN SIDAT PADA FASE GLASS EEL ACHMAD CHOERUL ANAM

(1)

PERBEDAAN GREEN FLUORESCENT PROTEIN

IKAN SIDAT PADA FASE GLASS EEL

ACHMAD CHOERUL ANAM

DEPARTEMEN PEMANFAATAN SUMBERDAYA PERIKANAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

BOGOR

(2)

(3)

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi dengan judul “Perbedaan Green Fluorescent Protein Ikan Sidat pada Fase Glass Eel” adalah benar karya saya dengan arahan dari dosen pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor.

Bogor, Juni 2021 Achmad Choerul Anam NIM C44160037

(4)

(5)

ABSTRAK

ACHMAD CHOERUL ANAM. Perbedaan Green Fluorescent Protein Ikan Sidat pada Fase Glass Eel. Dibimbing oleh MOCHAMMAD RIYANTO dan WAZIR MAWARDI.

Green Fluorescent Protein (GFP) merupakan protein yang dapat berpendar pada makhluk hidup. GFP yang berikatan dengan bilirubin dapat membuat tubuh sidat berpendar hijau apabila diberi cahaya biru. Dasar pengetahuan ini dapat dimanfaatkan sebagai salah satu solusi alternatif dalam penyortiran, penghitungan dan identifikasi spesies glass eel. Tujuan penelitian ini adalah menentukan metode konversi data yang tepat dalam pengolahan data GFP pada glass eel dan mengidentifikasi perkembangan warna pendar GFP pada glass eel. Penelitian dilakukan di laboratorium dengan metode eksperimental. Analisis data yang digunakan adalah analisis deskriptif dan analisis statistik dengan uji H Kruskal Wallis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa fitur Plot profle pada perangkat lunak ImageJ merupakan metode konversi data yang tepat dalam pengolahan data GFP glass eel. Fitur ini menghasilkan nilai deviasi standar dan kesalahan standar dalam rentang 2,83 - 19,43 dan 1,27-8,69 kedua nilai tersebut lebih kecil dari nilai yang dihasilkan fitur Measure dan fitur Histogram. Terdapat perbedaan yang nyata antar data GFP pada ketiga fitur Measure, Plot profile dan Histogram dalam kurun waktu 30 hari (P < 0,05, uji H Kruskal-Wallis). Pergerakan perkembangan data GFP ketiga fitur tersebut berfluktuasi dengan kecenderungan meningkat seiring bertambahnya waktu pemeliharaan glass eel.

(6)

ABSTRACT

ACHMAD CHOERUL ANAM. The difference of Eel’s Green Fluorescent Protein in Glass Eel Phase. Supervised by MOCHAMMAD RIYANTO and WAZIR MAWARDI.

Green Fluorescent Protein (GFP) is a protein that can glow in living things. GFP which binds to bilirubin can make the body of the eel glows green when given the blue light. This knowledge base can be used as an alternative solution for sorting, counting, identifying species of glass eels. This study aims to determine the appropriate data conversion method in the processing of GFP data and to identify the development of GFP glow color on glass eels. The study was conducted in the laboratory using experimental methods. Data analysis was performed using descriptive analysis and Kruskal-Wallis H test analysis. The results showed that the Plot Profile feature in ImageJ software was an appropriate data conversion method for processing GFP glass eel data. This feature generates standard deviation and standard error values in the ranges 2.83-19.43 and 1.27-8.69. Both are smaller than values generated by the Measure and Histogram feature. There were significant differences between GFP data on three processing Measure, Plot profile and Histogram features within 30 days (P<0.05, Kruskal-Wallis H test). The movement of the GFP data development for these three features fluctuated with a tendency to increase as the accruing upkeeping time of glass eels.

(7)

© Hak Cipta milik IPB, tahun 2021

Hak Cipta dilindungi Undang-Undang

Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah, dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan IPB.

Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB.

(8)

(9)

PERBEDAAN GREEN FLUORESCENT PROTEIN

IKAN SIDAT PADA FASE GLASS EEL

ACHMAD CHOERUL ANAM

Skripsi

Sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Sarjana Perikanan

pada

Departemen Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan

DEPARTEMEN PEMANFAATAN SUMBERDAYA PERIKANAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2021

(10)

Tim Penguji pada Ujian Skripsi:

1 Prihatin Ika Wahyuningrum, S.Pi. M.Si. 2 Dr. Iin Solihin, S.Pi. M.Si.

(11)

(12)

(13)

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah subhanahu wa ta’ala yang telah memberikan rahmat serta karunia-Nya sehingga karya ilmiah yang berjudul “Perbedaan Green Fluorescent Protein Ikan Sidat pada Fase Glass Eel” berhasil diselesaikan.

Ribuan rasa terima kasih penulis ucapkan kepada:

1) Dr. Mochammad Riyanto, S.Pi. M.Si. dan Dr. Ir. Wazir Mawardi, M.Si. selaku dosen pembimbing yang sangat membantu dalam proses penulisan skripsi ini.

2) Dr. Iin Solihin, S.Pi. M.Si. selaku Komisi Pendidikan.

3) Prihatin Ika Wahyuningrum, S.Pi. M.Si. selaku dosen penguji luar.

4) Seluruh dosen tenaga pendidik PSP IPB, staff Tata Usaha, staff kebersihan dan staff konsumsi yang berperan dalam mendukung, menjembatani penulis dalam menyelesaikan skripsi ini.

5) Ibu Suparmi dan Bapak Kasmin selaku kedua orang tua saya, yang sangat berjasa dalam mendukung saya baik secara materil maupun immateril.

6) Rustamaji, Suliono, Vriyanti dan Lukman Rojawi selaku saudara saya, yang selalu memberikan semangat dalam keputusasaan saya.

7) Rahmatul Ummah yang senantiasa menemani saya dalam suka maupun duka. 8) Rekan-rekan grup Ganbatte yang tidak mengenal lelah dalam memberi saran

dan masukan.

9) Rekan-rekan PSP IPB yang sangat luar biasa.

Saya selaku peneliti menyadari bahwa dalam penulisan skripsi ini masih terdapat banyak kekurangan, karena itu peneliti sangat mengharapkan kritik dan saran dari berbagai pihak. Semoga skripsi ini dapat memberi manfaat dan menginspirasi bagi para pembaca.

Bogor, Juni 2021 Achmad Choerul Anam NM. C44160037

(14)

(15)

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL x DAFTAR GAMBAR x DAFTAR LAMPIRAN x I PENDAHULUAN 1 1.1 Latar Belakang 1 1.2 Tujuan Penelitian 2 1.3 Manfaat Penelitian 2 II METODE PENELITIAN 3

2.1 Waktu dan Tempat 3

2.2 Alat dan Bahan 3

2.3 Metode Pengumpulan Data 3

2.4 Analisis Data 6

III HASIL 10

3.1 Metode Konversi Data GFP pada Glass Eel 10

3.2 Perkembangan Warna Pendar GFP pada Glass Eel 14

IV PEMBAHASAN 16

V SIMPULAN DAN SARAN 19

5.1 Simpulan 19

5.2 Saran 20

DAFTAR PUSTAKA 20

LAMPIRAN 22

(16)

DAFTAR TABEL

1 Peralatan yang digunakan dalam penelitian 3

2 Data penelitian dan metode pengumpulan data 5

3 Beberapa contoh data angka fitur Measure 8

4 Rata-rata GFP glass eel pada fitur Measure 11 5 Rata-rata GFP glass eel pada fitur Plot profile 12 6 Rata-rata GFP glass eel pada fitur Histogram 13 7 Perbandingan hasil ketiga metode pengolahan data GFP glass eel 14 8 Analisis Kruskal-Wallis pada data GFP glass eel fitur Measure 15 9 Analisis Kruskal-Wallis pada data GFP glass eel fitur Plot profile 15 10 Analisis Kruskal-Wallis pada data GFP glass eel fitur Histogram 16

DAFTAR GAMBAR

1 Desain sistem percobaan (tampak samping) 4

2 Desain sistem percobaan (tampak atas) 4

3 Diagram alir pengumpulan data 6

4 Diagram alir konversi foto menjadi data angka 7

5 Beberapa contoh foto GFP pada glass eel 8

6 Desain Pembuatan transek kuadran pada fitur ROI Manager 8 7 Beberapa contoh data grafik fitur Histogram 9 8 Beberapa contoh data grafik fitur Plot profile 9 9 Perkembangan GFP glass eel pada fitur Measure 14 10 Perkembangan GFP glass eel pada fitur Plot profile 15 11 Perkembangan GFP glass eel pada fitur Histogram 16

DAFTAR LAMPIRAN

1 Dokumentasi pengambilan data 22

2 Panjang tubuh sampel glass eel 23

3 Kualitas air wadah pemeliharaan glass eel 23 4 Uji Kruskal-Wallis pada data GFP glass eel fitur Measure 24 5 Uji Kruskal-Wallis pada data GFP glass eel fitur Plot profile 25 6 Uji Kruskal-Wallis pada data GFP glass eel fitur Histogram 26