commit to user
KEANEKARAGAMAN GENETIK IKAN WADER (FAMILI Cyprinidae)
DI KABUPATEN BANTUL, DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA
Skripsi
Untuk memenuhi sebagian persyaratan
guna memperoleh gelar Sarjana Sains
Disusun oleh :
Santosa Pradana Putra Setya Negara
NIM. M0410056
JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS SEBELAS MARET
SURAKARTA
2015
commit to user
commit to user d
commit to user
HALAMAN PERNYATAAN
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi ini adalah hasil penelitian saya
sendiri dan tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar
kesarjanaan di suatu perguruan tinggi, serta tidak terdapat karya atau pendapat
yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali secara tertulis diacu
dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Apabila di kemudian hari dapat ditemukan adanya unsur penjiplakan maka
gelar kesarjanaan yang telah diperoleh dapat ditinjau dan/atau dicabut.
Surakarta, 07 Januari 2015
Santosa Pradana Putra Setya Negara NIM. M0410056
commit to user
KEANEKARAGAMAN GENETIK IKAN WADER (FAMILI Cyprinidae)
DI KABUPATEN BANTUL, DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA
Santosa Pradana Putra Setya Negara
Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Sebelas Maret
ABSTRAK
Indonesia merupakan wilayah yang memiliki beranekaragam jenis ikan air tawar. Ikan wader merupakan nama lokal sekelompok ikan yang terdiri dari beberapa jenis ikan yang memiliki nilai ekonomi tinggi. Masih kurangnya informasi tentang ikan wader di Kabupaten Bantul, sehingga perlu dilakukan pengumpulan data tentang keanekaragaman genetik ikan wader di Kabupaten Bantul. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman genetik ikan
wader di wilayah Kabupaten Bantul menggunakan Polymerase Chain
Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP).
Pengambilan sampel ikan wader dilakukan pada 5 kecamatan di Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta yaitu Bantul, Banguntapan, Piyungan, Pajangan dan Srandakan. Ikan wader diambil 5 ekor dari masing-masing kecamatan. DNA ikan diambil dari seluruh dagingnya, ekstraksi DNA
menggunakan Genomic DNA Mini Kit (Tissue) (Genaid), Polymerase Chain
Reaction dengan gen target cytochrome c oxydase subunit I (COI), Restriction Fragment Length Polimorphism menggunakan unit enzim restriksi AluI, Mspl (Hpall) dan RsaI. Selanjutnya gen yang teramplifikasi disekuen dan dianalisis secara bioinformatika untuk mengetahui keanekaragaman genetik ikan wader yang teridentifikasi.
Berdasar hasil pemotongan oleh enzim restriksi ditemukan 4 tipe sampel yang berbeda. Hasil analisis sekuen gen COI masing-masing memiliki kemiripan
dengan Barbonymus schwanenfeldii voucher MNHN 2012-0084, Puntius
binotatus voucher BiMS6, Mystacoleucus marginatus voucher CBM ZF-11404, dan Labiobarbus sp. CTOL3977.
Kata kunci: ikan wader, Kabupaten Bantul, PCR, RFLP, keanekaragaman genetik
commit to user
GENETIC DIVERSITY OF WADER FISH (FAMILY Cyprinidae)
IN BANTUL DISTRICT, YOGYAKARTA SPECIAL REGION
Santosa Pradana Putra Setya Negara
Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Science
Sebelas Maret University
ABSTRACT
Indonesia is a region that has a wide diversity of freshwater fishes. Wader is a local name of a group of fishes that contain some different spesies. They have highly economic value. Information about wader fish in Bantul Regency is still lack. It is necessary to collect their genetic diversity data. This study aims to determine the genetic diversity of wader fish in Bantul Regency using Polymerase
Chain Reaction-Restriction Fragment LengthPolymorphism (PCR-RFLP).
Sampling were carried out in 5 sub districts; Bantul, Banguntapan, Piyungan, Pajangan, and Srandakan. The number of sample were 5 fish from each
location. DNA were taken from the whole fish muscle tissue.
The Genomic DNA Mini Kit (Tissue) (Genaid) was used to extract DNA
and PCR was applied to obtain the target gene cytochrome c oxydase subunit I
(COI), RFLP was performed by using restriction enzymes,
i.e: AluI, Mspl (Hpall) and RsaI. Furthermore amplified genes were sequenced and analyzed to determine the genetic diversity of identified wader fish.
Based on the results of restriction enzyme cuts, there are 4 different types of samples. COI gene sequence was resulted each type of samples closely related
to Barbonymus schwanenfeldii voucher MNHN
2012-0084, Puntius binotatus voucher BiMS6, Mystacoleucus marginatus voucher
CBM ZF-11 404, and Labiobarbus sp. CTOL3977.
Key word : wader fish, Bantul, PCR, RLFP, genetic variation
commit to user MOTTO
Menuntut ilmu wajib atas tiap muslim (baik muslimin maupun muslimah.
(HR. Ibnu Majah)
Tuntutlah ilmu dan belajarlah (untuk ilmu) ketenangan dan kehormatan diri,
dan bersikaplah rendah hati kepada orang yang mengajar kamu. (HR.
Ath-Thabrani)
Sesungguhnya menuntut ilmu adalah pendekatan diri kepada Allah Azza
wajalla, dan mengajarkannya kepada orang yang tidak mengetahuinya adalah
sodaqoh. Sesungguhnya ilmu pengetahuan menempatkan orangnya, dalam
kedudukan terhormat dan mulia (tinggi). Ilmu pengetahuan adalah keindahan
bagi ahlinya di dunia dan di akhirat. (HR. Ar-Rabii’)
Barang siapa menempuh jalan untuk mencari ilmu, maka Allah akan
memudahkan baginya jalan ke Surga. (H.R Muslim)
commit to user PERSEMBAHAN
Skripsi ini kupersembahkan untuk:
Ibu, Bapak tercinta dan Adik tersayang serta keluarga besar yang selalu mendoakan dan memberikan semangat
serta kasih sayang yang tak ada habisnya.
Rengganis Widoninggar yang selalu memberi doa, semangat, kasih sayang, dan motivasi.
Sahabat terbaik, Aditya Ferdy Hendrawan yang selalu membantu dan memberikan saran dalam segala hal,
terutama dalam penelitian.
Para Pencari Wader (PPW), Muh. Fadhli Masykuri dan Wahyu Wibowo yang telah menemani, membantu, dan
berjuang bersama.
Rekan seperjuangan “SAMPAH”, Bagus, Fendy, Himmawan, Darumas, Aziz, Okky, Arief, Daniel, Ikow,
Dhimas, Ridho, Didi, Teguh, dan Jundi.
Super Bio Bros 2010, yang telah menjadi keluarga baru yang selalu memberikan motivasi, semangat, dan
menghargai kebersamaan dalam perkuliahan.
Almamater tercinta, Universitas Sebelas Maret Surakarta.
Seluruh pihak yang tidak dapat disebutkan satu persatu, terimakasih.
commit to user KATA PENGANTAR
Segala puji syukur bagi Allah SWT yang telah melimpahkan rahmat,
hidayah, dan inayah-Nya. Sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian dan
penyusunan skripsi yang berjudul “Keanekaragaman Genetik Ikan Wader (Famili
Cyprinidae) Di Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta”. Penyusunan
skripsi ini merupakan suatu syarat untuk memperoleh gelar kesarjanaan Strata 1
(S1) di Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,
Universitas Sebelas Maret Surakarta.
Penelitian dan penyusunan skripsi ini tidak lepas dari bantuan dan
dukungan dari berbagai pihak. Oleh karena itu, penulis ingin mengucapkan
terimakasih kepada:
1. Prof. Ir. Ari Handono Ramelan, M.Sc. (Hons), Ph.D. selaku Dekan Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret Surakarta
yang telah memberikan izin penelitian untuk keperluan skripsi.
2. Dr. Agung Budiharjo, M.Si. selaku Ketua Jurusan Biologi, Fakultas
Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Sebelas Maret Surakarta
sekaligus dosen penelaah I yang telah memberikan izin, saran, bimbingan, dan
dukungan dari awal penelitian hingga terselesaikannya penyusunan skripsi.
3. Dr. Tetri Widiyani, M.Si. selaku dosen pembimbing I yang telah memberikan
saran, bimbingan, dukungan dan masukan dari awal penelitian hingga
terselesaikannya penyusunan skripsi.
commit to user
4. Dr. Artini Pangastuti, M.Si. selaku dosen pembimbing II yang telah
memberikan segenap bimbingan, arahan, dan dukungan hingga selesainya
seluruh proses skripsi.
5. Dr. Wiryanto, M.Si. selaku dosen penelaah II yang telah memberikan saran
dan masukan hingga terselesaikannya penyusunan skripsi.
6. Dr. Ari Susilowati, M.Si. selaku pembimbing akademik yang telah sabar dan
senantiasa memberikan banyak masukan dan bimbingan selama perkuliahan.
7. Dosen-dosen di Jurusan Biologi FMIPA UNS, yang telah mendidik dan
memberikan dorongan baik moral maupun spiritual sehingga penulis dapat
menyelesaikan skripsi ini.
8. Kepala dan staff Laboratorium Jurusan Biologi FMIPA UNS, Dr. Ratna
Setyaningsih, M.Si., Adenan Suryani, S.Pd., Nina Astreani, M.Si., dan Atik
Dwiningsih, A.Md. yang telah memberi izin dan kemudahan penelitian beserta
9. sarana dan prasarananya.
10.Keluarga tercinta, Ibu Endang Wijiati, Bapak Joko Budisantoso, Adik
Prasetya Aditama Santosa Putra, dan keluarga besar penulis. Terimakasih
untuk dorongan semangat, kasih sayang, pengorbanan, dan semuanya yang
sangat berarti, sehingga penulis dapat menyelesaikan skripsi.
11.Keluarga besar Jurusan Biologi FMIPA UNS khususnya angkatan 2010
“Super Bio Bros 2010” atas motivasi dan dukungan selama perkuliahan.
12.MF. Susilartati, S.Pi., MMA., Ketua Bidang Budidaya dan Tangkap, Dinas
Kelautan dan Perikanan Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta dan Bapak Basri,
yang telah memberikan saran, masukan, dan informasi dalam penelitian.
commit to user
13.Bapak Ngatemin, Bapak Nardi, dan Mas Yudi yang telah membantu dalam
pengambilan sampel.
Penulis menyadari bahwa dalam melakukan penelitian dan penyusunan
skripsi ini masih belum sempurna. Oleh karena itu, masukan yang berupa saran
dan kritik yang membangun dari pembaca akan sangat membantu. Demikian
semoga skripsi ini dapat bermanfaat dan memberikan kontribusi dalam
perkembangan sains di Indonesia.
Surakarta, 07 Januari 2015
Penulis
commit to user DAFTAR ISI
Halaman
HALAMAN JUDUL ...i
HALAMAN PENGESAHAN ...ii
HALAMAN PERNYATAAN ...iii
ABSTRAK ...iv
HALAMAN MOTTO ...vi
HALAMAN PERSEMBAHAN ...vii
KATA PENGANTAR ...viii
DAFTAR ISI ...xi
DAFTAR TABEL ...xiii
DAFTAR GAMBAR ...xiv
DAFTAR LAMPIRAN ...xv
DAFTAR SINGKATAN ...xvi
BAB I. PENDAHULUAN ...1
A. Latar Belakang Masalah ...1
B. Rumusan Masalah ...4
C. Tujuan Penelitian ...4
D. Manfaat Penelitian ...4
BAB II. LANDASAN TEORI ...5
A. Tinjauan Pustaka ...5
1. Deskripsi dan Habitat Ikan Wader (Famili Cyprinidae) ...5
2. Teknik Identifikasi Genetik ...6
3. Profil Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta...7
B. Kerangka Pemikiran ...10
BAB III. METODE PENELITIAN ...12
A. Waktu dan Tempat Penelitian ...12
B. Bahan dan Alat ...13
C. Cara Kerja ...14
1. Koleksi Sampel Ikan Wader ...14
2. Isolasi DNA ...14
commit to user
3. Polymerase Chain Reaction (PCR) ...15
4. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)...16
5. Sekuensing DNA ...16
D. Analisis Data ...16
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ...17
A. Isolasi dan Amplifikasi Gen Penyandi COI ...17
B. Analisis Gen Penyandi COI dengan RFLP ...18
C. Sekuensing DNA dan Analisis Basic Local Alignkment Search Tool (BLAST) ...22
BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN ...28
A. Kesimpulan ...28
B. Saran ...28
DAFTAR PUSTAKA ...29
commit to user DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 1. Panjang DNA dari Gen cytochrome c oxydase subunit I (COI)
yang dipotong menggunakan Enzim AluI ... 19
Tabel 2. Panjang DNA dari Gen cytochrome c oxydase subunit I (COI)
yang dipotong menggunakan Enzim Mspl (Hpall) ... 20
Tabel 3. Panjang DNA dari Gen cytochrome c oxydase subunit I (COI)
yang dipotong menggunakan Enzim RsaI ... 21
Tabel 4. Hasil analisis Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
berdasar Gen Penyandi cytochrome c oxydase subunit I (COI) ... 23
Tabel 5. Jumlah spesies ikan wader pada masing-masing lokasi... 27
commit to user DAFTAR GAMBAR
Halaman
Gambar 1. Peta Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta ... 9
Gambar 2. Skema Kerangka Pemikiran ... 11
Gambar 3. Titik Lokasi Sampling ... 12
Gambar 4. Produk Amplifikasi Gen COI ... 18
Gambar 5. Pohon filogenetik ikan wader yang diisolasi di Kabupaten Bantul, D.I. Yogyakarta ... 26
commit to user DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
Lampiran 1. Hasil pemotongan dengan Enzim AluI ... 33
Lampiran 2. Hasil pemotongan dengan Enzim Mspl (Hpall) ... 34
Lampiran 3. Hasil pemotongan dengan Enzim RsaI ... 35
Lampiran 4. Skoring dari Gen COI yang dipotong menggunakan Enzim AluI.... 36
Lampiran 5. Skoring dari Gen COI yang dipotong menggunakan Enzim Hpall .. 37
Lampiran 6. Skoring dari Gen COI yang dipotong menggunakan Enzim RsaI.... 38
Lampiran 7. Urutan nukleotida masing-masing tipe berdasarkan gen
cytochrome c oxydase subunit I (COI) ... 39
Lampiran 8. Hasil Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dari
masing-masing tipe ... 41
Lampiran 9. Titik Lokasi Sampling di 5 Kecamatan di Kabupaten Bantul, D.I.
Yogyakarta ... 43
Lampiran 10. Spesies ikan yang disekuensing ... 45
commit to user DAFTAR SINGKATAN
Singkatan Kepanjangan
µl
bp
DNA
EtBr
kb
mg
ml
nm
PCR
RFLP
TAE
Mikroliter
basepair
Deoxyribo Nucleic Acid
Ethidium bromida
Kilo basepair
miligram
mililiter
Nanometer
Polymerase Chain Reaction
Restriction Fragment Length Polymorphism
Tris Asetat EDTA
