i
EKSPLORASI, ISOLASI DAN KUANTIFIKASI
β
-KAROTEN PADA BAKTERI SIMBION KARANG
Acropora
sp.
Tesis
Diajukan kepada
Program Pascasarjana Magister Biologi
Untuk Memperoleh Gelar Magister Sains (M.Si.)
Oleh:
Naely Kurnia Wusqy
NPM : 422008009
Progam Pascasarjana
Universitas Kristen Satya Wacana
Salatiga
ii
LEMBAR PENGESAHAN
Judul Tesis : Eksplorasi, Isolasi dan Kuantifikasi β-karoten pada
Bakteri Simbion Karang Acropora sp.
Nama Mahasiswa : Naely Kurnia Wusqy
NPM : 422008009
Program Studi : Magister Biologi
Menyetujui,
Dr. Leenawaty Limantara, M.Sc.
Pembimbing I
Ir. Ferry F Karwur, M.Sc. Ph.D.
Pembimbing II
Mengesahkan,
Ketua Program Studi Magister Biologi
Ir. Ferry F Karwur, M.Sc. Ph.D.
iii
SURAT PERNYATAAN
Yang bertanda tangan dibawah ini:
Nama : Naely Kurnia Wusqy
NPM : 422008009
Progdi : Magister Biologi
Alamat : Perum Batujajar Regency N-7 Padalarang Kab.Bandung Barat
Dengan ini menyatakan dengan sesungguhnya dan dengan penuh kesadaran bahwa dalam menulis tesis dengan judul: Eksplorasi, Isolasi dan Kuantifikasi β karoten pada Bakteri Simbion Karang Acropora sp., saya tidak melakukan tindakan plagiasi atau mengambil alih seluruh atau sebagian besar karya tulis orang lain tanpa menyebutkan sumbernya. Jika saya terbukti melakukan tindakan plagiasi, bersedia dicabut kembali gelar yang sudah diberikan dan akibat hukum lainnya.
Bandung,
Yang memberi pernyataan,
iv
ABSTRAK
Dalam penelitian ini telah dilakukan proses eksplorasi, isolasi dan identifikasi terhadap bakteri beserta kuantifikasi kandungan β-karotennya. Bakteri diisolasi dari karang lunak Acropora nasuta yang berasal dari Taka Cemara, Karimunjawa, Jawa Tengah. Proses isolasi bakteri dilakukan pada media ZoBell, sedangkan ekstraksi β-karoten dari bakteri simbion dilakukan menggunakan pelarut aseton. Selanjutnya dilakukanidentifikasi
β-karoten dengan kromatografi cair kinerja tinggi (KCKT) menggunakan fase diam ODS RP-C18 dan fase gerak metanol:asetonitril:ammonium
asetat, dengan kecepatan alir1 ml.menit-1.
β-karoten murni diperoleh dengan menampung hasil KCKT dan selanjutnya dianalisa dengan UV-Tampak pada panjang gelombang 300-500 nm dengan beberapa pelarut yang berbeda (aseton, metanol dan n-heksana). Hasil analisa menunjukkan keberadaan β-karoten yang muncul pada menit ke 60,24 dengan puncak serapan 427,449,477nm. Kandungan
β-karoten dihitung dengan persamaan linear sehingga didapat berat kering sebesar 56,78 µg/ml.
v
Prakata
Alhamdulillahirabbil’alamin, puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah S.W.T karena atas kebesaran-Nya lah tesis ini dapat terselesaikan. Pada kesempatan ini perkenankanlah penulis mengucapkan terima kasih kepada pihak-pihak yang telah membantu hingga terselesaikannya tesis ini:
1. Biro Perencanaan dan Kerjasama Luar Negeri atas kesempatan beasiswa yang diberikan kepada penulis
2. Dr. Leenawaty Limantara, M.Sc., selaku pembimbing yang telah membimbing dan mengarahkan penelitian sampai penulisan tesis ini terselesaikan
3. Ir. Ferry F. Karwur M.Sc. Ph.D., selaku Kaprogdi serta pembimbing atas bimbingan, motivasi, saran dan masukannya selama proses belajar di Magister Biologi UKSW.
4. Prof. Ocky Karna Radjasa, dosen Fakultas Ilmu Kelautan Universitas Diponegoro atas bimbingan dan komunikasi pribadinya. 5. Suami, Anak, Bapak, Ibu dan seluruh keluarga tercinta, atas do’a
restu dan pengorbanan yang tak terbatas.
6. Kepala Laboratorium dan Laboran UKSW, Kepala Laboratorium MRCPP, Sdr. Indriatmoko, dan Sdri. Lia Kusmita atas ijin, kesediaan dan bantuan yang diberikan untuk menggunakan laboratorium serta fasilitasnya demi kelancaran penelitian.
Selain itu, terima kasih pula kepada teman-teman Magister Biologi 2008, teman-teman di Matsuda Laboratory KGU Japan serta rekan-rekan kerja di PT.Ultrajaya Milk Industry dan teman-teman yang tidak bisa disebutkan satu-persatu atas do’a dan motivasi tulus. Semoga tesis ini dapat memberikan informasi yang berguna untuk perkembangan khasanah ilmu yang bermafaat bagi semuanya.
vi
Daftar Isi
Abstrak …………..……….……… i
Prakata……….….…….. ii
Daftar isi……….……….………… iii
Daftar Tabel... v
Daftar Gambar... vi
I. Pengantar A. Latar Belakang……….………….….. 1
B. Tujuan Penelitian……….. 3
II. Tinjauan Pustaka A. Acropora... 4
B. Bakteri yang berasosiasi dengan organisme laut 5 C. Pigmen β-karoten... 6
D. Polymerase Chain Reaction (PCR)….………..…. 8
E. Identifikasi Bakteri secara Molekuler..……..……. 8
III. Bahan dan Metode A. Bahan………..……….…….. 10
B. Metode Sampling Acropora nasuta... 10
Pembuatan Media dan Isolasi Bakteri.... 10
Reaksi Berantai Polimerase (PCR)... 11
Sekuensing... 14
BLAST………..……..… 15
Analisis filogenetik ... 15
IV. Hasil dan Pembahasan A. Sampling dan Isolasi Bakteri……….…….. 19
B. C D. E. Polymerase Chain Reaction(PCR)………..………….. Analisis BLAST Homologi……… Seleksi bakteri dengan ekstraksi………….…….… Analisis β-karoten dengan Kromatografi Cair Kinerja Tinggi (KCKT) dan Photo Diode Array V Kesimpulan dan Saran A. Kesimpulan……….………..….…. 30
B. Saran……….………. 30
vii
Daftar Tabel
Tabel 1
Tabel 2
Tabel 3
.
Hasil penelusuran BLAST isolat bakteri isolat KJ5...
Perbandingan panjang gelombang maksimum β -karoten pada beberapa pelarut...
Luas puncak, yield dan berat kering β
-karoten……….
18
24
viii
Daftar Gambar
Gambar 1 Struktur kimia β-karoten……….…….……… 7
Gambar 2 Acropora nasuta hasil sampling di Taka
Cemara, Karimunjawa, Jepara……… 16
Gambar 3 Koloni bakteri hasil kultur pada Media Zobell 2216E Agar dan Zobell 2216E cair…………..…
16
Gambar 4 Hasil pengamatan koloni bakteri
menggunakan mikroskop binokuler……… 17
Gambar 5 Elektroforesis PCR 16s rDNA... 18
Gambar 6 Pohon filogenetik antara isolat dengan bakteri laut lainnya...
19
Gambar 7 Pigmen bakteri berwarna kuning hasil ekstraksi dengan aseton...
21
Gambar 8 Kromatogram KCKT ekstrak pigmen Erb. flavus pada panjang gelombang 450 nm, gambar dimensi ekstrak pigmen Erb. flavus dan spektrum serapan dari puncak pada
waktu tambat 60,24 min ………..…
22
