ANALISIS KERAGAMAN GENETIK TANAMAN AREN (Arenga pinnata Merr) DI TAPANULI SELATAN DENGAN MENGGUNAKAN MARKA
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
TESIS
Oleh
MAHYUNI KHAIRIYAH HARAHAP 107001042
PROGRAM MAGISTER AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK TANAMAN AREN (Arenga pinnata Merr) DI TAPANULI SELATAN DENGAN MENGGUNAKAN MARKA
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
TESIS
Diajukan Sebagai Salah Satu Syarat untuk Memperoleh Gelar Magister dalam Program Magister Agroekoteknologi pada Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara Medan
Oleh
MAHYUNI KHAIRIYAH HARAHAP 107001042
PROGRAM MAGISTER AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
MEDAN
Judul : Analisis Keragaman Genetik Tanaman Aren (Arenga pinnata Merr) di Tapanuli Selatan dengan Menggunakan Marka RAPD (Random Amlpified Polymorphic DNA)
Nama Mahasiswa : Mahyuni Khairiyah Harahap
NIM : 107001042
Jurusan : Agroekoteknologis
Disetujui oleh Komisi Pembimbing
(DR. Ir. Lollie Agustina P. Putri, MSi)
Ketua Anggota
(Mohammad Basyuni, S Hut. MSi. PhD)
Diketahui
Ketua Program Studi Dekan
(Prop. DR.Ir. Abdul Rauf, MS)
NIP : 195909171987011001 NIP : 195601221986011001 (Prof. DR. Ir. Darma Bakti, MS)
Telah diuji pada hari : Senin
Tanggal : 11 Pebruari 2013
Panitia Penguji Tesis :
Ketua : DR. Ir. Lollie Agustina P. Putri, MSi
Anggota : Mohammad Basyuni, S Hut. MSi. PhD
Prof. DR. Ir. Rosmayati, MS Prof. Dwi Suryanto
ABSTRACT
MAHYUNI KHAIRIYAH HARAHAP : RAPD analysis on genetic diversity of sugar palm ( Arenga pinnata Merr) in South Tapanuli population. Supervised by LOLLIE AGUSTINA P. PUTRI and MOHAMMAD BASYUNI.
The objective of this research was to analysis genetic diversity of natural sugar palm in South Tapanuli using Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD).
A total of 24 acessions palm sugar the populations originated from various regions in South Tapanuli, consists of West Angkola, South Angkola, Batangtoru and Sipirok. Results shoves the mean polymorphic of 31.57 %, mean of Polymorphic Information Content (PIC) was 85 %. Furthermore genetic dissimilarity coefficient and dendogram construction using DARwin 5.05 indicated that 24 acessions sugar palm populations was clustered into five groups, Suggested West Angkola acessions spreaded into group II-IV; Sipirok acessions
spreaded into group II-V; South Angkola acessions spreaded into group I, III and V; and Batangtoru acessions spreaded into Group II,III and V. Study suggested that the four sites studied had a high genetic diversity.
ABSTRAK
MAHYUNI KHAIRIYAH HARAHAP : Analisis Keragaman Genetik Tanaman Aren (Arenga pinnata Merr) Di Tapanuli Selatan dengan Menggunakan Marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Dibimbing oleh LOLLIE AGUSTINA P. PUTRI sebagai ketua komisi pembimbing dan MOHAMMAD BASYUNI sebagai anggota komisi pembimbing
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman genetik tanaman aren populasi alam di daerah Tapanuli Selatan berdasarkan marka Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD).
Sebanyak 24 aksesi aren di daerah Tapanuli Selatan, meliputi Angkola Barat, Angkola Selatan, Batangtoru dan Sipirok dianalisis keragaman genetiknya dengan menggunakan marka RAPD. Perhitungan koefisien keragaman genetik dan pembentukan dendogram dilakukan dengan bantuan program DARwin5.05. Rata – rata % polimorpik sebesar 31.57 % sedangkan untuk Polymorphic Information Content (PIC) yaitu 85 %. Hasil dendogram menunjukkan bahwa 24 aksesi aren terbagi dalam 5 kelompok. Aksesi asal Parsalakan menyebar pada kelompok 2-4. Aksesi asal Sipirok menyebar pada kelompok 2-5. Aksesi asal Napa menyebar pada kelompok 1, 3 dan 5. Aksesi asal Batangtoru menyebar pada kelompok 2, 3 dan 5. Studi ini menyatakan bahwa ke empat lokasi yang diteliti memiliki keragaman genetik tinggi.
Kata Kunci : Arenga pinnata Merr, keragaman genetik, random amplified polymorphic DNA
DAFTAR RIWAYAT HIDUP
Mahyuni Khairiyah Harahap dilahirkan di Pargarutan pada tanggal I Juni 1985 dari Ayanda Usman Harahap dan Zaidah Miryati Hasibuan. Penulis
merupakan putri ketiga dari enam bersaudara.
Adapun pendidikan yang pernah ditempuh penulis adalah SD Negeri
142436 Padangsidimpuan lulus tahun 1998, MTs Negeri Model Padangsidimpuan
lulus tahun 2001, SMU Negeri 2 Padangsidimpuan lulus tahun 2004, S-1
Pemuliaan Tanaman, Fakultas Pertanian Universitas Sumatera Utara lulus tahun
2008. Terdaftar sebagai mahasiswa magister Agroekoteknologi Fakultas Pertanian
Universitas Sumatera Utara pada tahun 2010.
Penulis pernah menjadi asisten di Laboratorium Biokimia pada periode
2006/2008 dan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman Khusus pada periode
2007/2008, FP USU. Penulis melaksanakan Praktek Kerja Lapangan (PKL) di
perkebunan kelapa sawit PTP Nusantara IV (Persero) Kebun Laras kabupaten
Simalungun, Sumatera Utara pada bulan Juni-Juli 2007.
Pada saat ini penulis merupakan staf pengajar di Universitas Graha
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT karena atas berkat
dan rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan penulisan tesis yang berjudul
“Analisis Keragaman Genetik Aren (Arenga pinnata Merr) di Tapanuli
Selatan dengan Menggunakan Marka RAPD (Random Amplified
Polymorphic DNA)”.
Pada kesempatan ini penulis mengucapkan terimakasih yang
sebesar-besarnya kepada ibu DR. Ir. Lollie Agustina, P.Putri, MS selaku dosen ketua
komisi pembimbing dan bapak Mohammad Basyuni, S.Hut. MSi. PHd selaku
anggota komisi pembimbing yang telah banyak membimbing dan membantu
dalam menyusun dan menyelesaikan tesis ini, dan juga kepada para dosen dan staf
pengajar mata kuliah yang telah memberikan ilmu dan pengetahuan kepada
penulis selama perkuliahan.
Ucapan terimakasih yang tulus dan rasa hormat penulis sampaikan kepada
Ayahanda Usman Harahap dan Zaidah Miryati Hasibuan tercinta yang telah
membesarkan penulis dengan segenap rasa cinta, kasih sayang dan pengertian
serta pengorbanan yang tak terhingga, dan juga kepada bang Iyan, kak Ely serta
Adinda Amy (Almh), Rasyid dan Rahmat yang telah mendukung penulis selama
penulisan tesis ini.
Terima kasih juga kepada teman-teman di program magister
Agroteknologi FP USU yang telah banyak membantu dalam perkuliahan. Tidak
lupa pula penulis ucapkan terimakasih kepada semua pihak atas bantuan, saran,
dukungan baik dalam pelaksaan penelitian maupun dalam penulisan tesis ini.
demi kesempurnaan tesis ini dimasa mendatang. Semoga tesis ini bermanfaat bagi
kita semua, Amin.
Medan, Januari 2013
DAFTAR TABEL
1. Amplifikasi PCR-RAPD ... 28
2. Kuantitasdan Konsentrasi DNA Tanaman Aren dengan Uji UV-
Spectofotometer... 52
DAFTAR GAMBAR
5. Profil Pita DNA dari Ketiga Metode Modifikasi Optimasi dengan
Menggunakan Primer OPD-12 ... 32
6. Tinggi Tanaman (cm) Sampel Tanaman Aren di daerah Angkola Barat
dengan Hasil Nira 10-25 liter/hari/pohon . ... 44
7. Tinggi Tanaman (cm) Sampel Tanaman Aren di daerah Sipirok dengan Hasil Nira 20-40 liter/hari/pohon. ... 44
8. Tinggi Tanaman (cm) Sampel Tanaman Aren di daerah Angkola Selatan dengan Hasil Nira 15-25 liter/hari/pohon ... 44
18.Ketinggian Tempat (mdpl) Sampel Tanaman Aren di Daerah Angkola
Barat. ... 47
19.Ketinggian Tempat (mdpl) Sempel Tanaman Aren di daerah Sipirok. 47
20.Ketinggian Tempat (mdpl) Sampel Tanaman Aren di daerah Angkola Selatan. ... 47
39.Profil Radial Neighbour-Joining dari 24 Aksesi Aren di Daerah Tapanuli Selatan yang dianalisis berdasarkan Matrix Dissimilarity Simple Matching . ... 59
DAFTAR LAMPIRAN
1. Deskripsi Pembuatan Larutan Stok ... 70
2. Nilai Distance ... 72
