Diversitas Mikroorganisme Pengoksidasi Amonia di Lahan Pertanian
Nitrifikasi adalah suatu proses yang penting untuk menjaga kestabilan ekosistem karena nitrifikasi menyediakan sumber nitrogen yang dapat dikonsumsi oleh tumbuh-tumbuhan dalam bentuk nitrat. Nitrifikasi adalah proses dua tahap yang diawali oleh oksidasi amonia. Tanpa oksidasi amonia, nitrifikasi tidak dapat terjadi. Oksidasi amonia dilakukan oleh dua kelompok mikroorganisme pengoksidasi amonia, yang disebut archaea pengoksidasi amonia (APA) dan bakteri pengoksidasi amonia (BPA). Keragaman dan struktur mikroorganisme pengoksidasi amonia pada tanah telah lama dipertimbangkan sebagai faktor-faktor yang menentukan laju nitrifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman dan struktur dari APA dan BPA untuk mengetahui peran dari kelompok-kelompok ini dalam nitrifikasi di lahan pertanian Gintungan. Dalam penelitian ini, sampel DNA diekstraksi dari delapan seresah daun tanaman hortikultura yang berbeda yang didapatkan dari lahan pertanian Gintungan. Sampel DNA diamplifikasi menggunakan tiga set primer yang berbeda dan diprofilkan menggunakan Denaturant Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Keragaman mikroorganisme dihitung menggunakan Shannon-Weiner index. Hasil menunjukkan bahwa spesies tanaman menentukan keragaman dari APA dan BPA. APA lebih melimpah dan lebih beragam dibandingkan BPA, maka APA diindikasikan sebagai pemeran utama dalam nitrifikasi di lahan pertanian Gintungan.
Abstract
Nitrification is an important process to maintain the ecosystem stabillity because it provides nitrogen supply which can consumed by plants in nitrate form. Nitrification is a two step process which initiated by ammonia oxidation. Without ammonia oxidation, nitrification cannot occured. Ammonia oxidation performed by two groups ammonia-oxidizing microorganisms, namely ammonia-oxidizing archaea (AOA) and ammonia oxidizing bacteria (AOB). Diversity and structure of ammonia-oxidizing microorganisms in soil are long considered as factors that determine nitrification rate.This research aimed to study diversity and structure of AOA and AOB to know the role of these groups on nitrification in Gintungan agricultural land. In this study, DNA samples were extracted from eight different horticulture plant leave litters collected from Gintungan agricultural land. DNA samples were amplified using three different primer sets and were profiled using Denaturant Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Microorganism diversity were calculated using Shannon-Weiner index. Result showed that plant species seems determine diversity of AOA and AOB. AOA are more abundance and more diverse than AOB, therefore AOA is indicated as the main player on nitrification in Gintungan agricultural land.
