VARIASI INTRA POPULASI Oleh : Nama : Romdoni NIM : B1J013097 Rombongan : II Kelompok : 4
Asisten : Dewi Saroh
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA HEWAN I
KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI PURWOKERTO
I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Pengelompokan individu yang diperoleh dari suatu lokasi berdasarkan persamaan dan perbedaan morfologi yang dimiliki masing-masing individu tersebut dinamakan taksonomi klasik yang tergolong dalam metode tradisional. Beberapa phena yang berbeda yang berasal dari populasi suatu hewan, sebagai hasil dari beberapa proses seperti variasi umur, variasi seksual, variasi musiman, polimorfisme dan sebagainya. Variasi yang tidak mengalami keberhasilan akan berakibat pada kesalahan dalam penentuan suatu species dan kategori tertentu. Oleh karena itu, pemahaman mengenai variasi yang terjadi pada populasi hewan sangat penting dalam taksonomim (Djuhanda, 1982).
Penyebab terjadinya variasi terbagi menjadi dua macam yaitu variasi non genetik dan variasi genetik. Variasi non genetik dapat terjadi karena adanya variasi umur, variasi musiman pada suatu individu, variasi musiman pada beberapa keturunan, variasi sosial, variasi habitat, variasi karena induksi kondisi iklim temporer, variasi yang ditentukan oleh inang, variasi tergantung kepadatan, variasi alometrik, variasi neurogenik, variasi traumatik dan variasi induksi parasit serta perubahan pasca kematian yang tidak tergantung pada genetik suatu individu. Variasi genetik terjadi karena adanya seksual dimorfisme seperti nperbedaan sek primer dan sek sekunder, gynadromorfi dan intersek, strain seksual dan uniparental serta variasi diskontinyu dan variasi kontinyu. Variasi ini dapat terjadi pada bermacam hewan sebagai contoh pada katak maupun kadal (Djuhanda, 1982).
Menurut Mahardono (1980), katak merupakan hewan peralihan antara hewan air dan hewan darat. Oleh karena itu, awal dari kehidupannya dimulai di perairan kemudian pindah ke daratan. Habitat katak sangat bervariasi dari rawa sampai ke pegunungan. Kebanyakan hidup di daerah yang berhutan karena katak membutuhkan tempat yang lembab untuk melindungi diri dari kekeringan. Tingkatan taksonomi pada katak dapat dikertahiui dengan memperlihatkan karakter morfologinya sebagai acuan untuk identifikasi dan determinasi (Mayr, 1982). Tubuh katak sawah (Fejervarya cancrivora) terdiri dari tiga bagian yaitu caput (kepala), truncus (tubuh) dan anggota gerak (ekstrimitas). (Mahardono, 1980).
B. Tujuan
Tujuan praktikum variasi intra populasi kali ini, antara lain :
1. Mengenali berbagai variasi (umur, seksual, musiman, polimorfisme, dsb) pada suatu populasi hewan.
2. Menentukan spesies hewan berdasarkan berbagai variasi yang terdapat pada suatu populasi hewan.
3. Menggunakan software aplikasi komputer dalam penelitian tentang variasi intra atau inter populasi.
II. TINJAUAN PUSTAKA
Variasi intra populasi merupakan variasi yang dapat terjadi dalam suatu populasi, terjadi pada spesies yang sama, tetapi memiliki phena yang berbeda. Macam- macam variasi intra populasi terdiri atas dua macam yaitu variasi genetik dan non genetik. Variasi non genetik dapat terjadi karena adanya variasi umur, variasi musiman pada suatu individu, variasi musiman pada beberapa keturunan, variasi sosial, variasi habitat, variasi karena induksi kondisi iklim temporer, variasi yang ditentukan oleh inang, variasi tergantung kepadatan, variasi alometrik, variasi neurogenik, variasi traumatik dan variasi induksi parasit serta perubahan pasca kematian. Variasi genetik terjadi karena adanya seksual dimorfisme seperti perbedaan sek primer dan sek sekunder, gynandromorfi dan intersek, strain seksual dan uniparental serta variasi diskontinyu dan variasi kontinyu (Brotowidjoyo, 1990).
Variasi intra populasi menurut Walbot (1987) dapat digolongkan sebagai berikut :
1. Variasi umur
Suatu spesies hewan dapat memiliki variasi dalam proses perkembangannya dan berbeda dengan dewasanya. Hewan akan melewati fase juvenil atau larva yang sangat berbeda dari fase dewasa. Contoh variasi ini pada katak yang mengalami perubahan morfologi dan fisiologi selama metamorfosis.
2. Variasi musiman pada satu individu
Hewan yang hidupnya melalui beberapa musim dapat memperlihatkan variasi individu. Contoh pada burung akan memiliki warna yang lebih cerah pada musim kawin dan pucat, pada beberapa spesies perubahan warna bulu hanya terjadi pada individu jantan. Contoh lain pada Daphnia yang dapat memiliki bentuk kepala mancung yang berubah menjadi membulat pada setiap pergantian musim kemarau dan penghujan, atau karena pengaruh faktor ekologi yang dikenal sebagai siklomorfosis. Daphnia sering digunakan sebagai pakan hidup untuk kultur larva ikan air tawar (beberapa spesis ikan carp), juga beberapa jenis ikan hias (guppy, sword tail, black molly, platy, koi carp, dsb.) (Pangkey, 2009).
3. Variasi seksual
Variasi ini dikenali dengan adanya perubahan pada organ seks primer, sekunder, gynandromorfi, dan interseksnya. Contohnya pada spesies kadal yang
mempunyai perbedaan morfologi pada organ seksualnya antara jantan dan betina (Walbot, 1987).
Contoh jenis-jenis variasi intra populasi non genetik adalah variasi umur, variasi kepadatan, variasi musiman pada suatu individu, variasi musiman pada beberapa keturunan, variasi traumatik, variasi sosial, variasi neurogenik, variasi habitat, variasi allometrik, variasi inang, dan variasi iklim temporer. Variasi umur adalah variasi dalam satu populasi yang menyebabkan perbedaan morfologi akibat umur yang berbeda, contoh siklus hidup katak sawah (Fejervarya cancrivora). Variasi kepadatan adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh kepadatan pada suatu habitat, contoh ikan yang berada di akuarium. Variasi musiman pada suatu individu adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh musim yang berbeda dan hanya terjadi pada satu individu, contoh burung cenderawasih saat musim kawin. Variasi musiman pada beberapa keturunan adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh musim yang berbeda dan terjadi pada beberapa keturunan, contoh kupu-kupu. Variasi traumatik adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh induksi parasit, contoh lebah Andrena sp. yang terserang parasit Stylops sp..Variasi sosial adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh perbedaan aktivitas karena adanya perbedaan kasta, contoh koloni lebah. Variasi neurogenik adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh adanya perintah dari syaraf, contoh perubahan warna pada bunglon. Variasi habitat adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh perbedaan habitat, contoh warna kulit manusia pada habitat yang berbeda. Variasi inang adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh perbedaan inang yang ditempati, contoh tungau Lacomium cornii. Variasi iklim temporer adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh perbedaan iklim, contoh warna kulit manusia pada iklim yang berbeda (Stearns and Hoekstra, 2003).
Phena merupakan suatu penggambaran dari berbagai karakter yang dimiliki spesies yang masih sama atau suatu istilah untuk menunjuk perbedaan bentuk atau fenotip yang terjadi dalam satu populasi (morfologi berbeda namun masih dalam satu spesies). Spesies sibling merupakan spesies yang memiliki morfologi sama namun karena terisolasi reproduktif menjadi spesies yang berbeda. Contoh jenis-jenis variasi intra populasi genetik adalah seksual dimorfisme, gynandromorfi, interseks, uniparental, strain seksual, variasi kontinyu, variasi diskontinyu, dan polimorfisme. Seksual dimorfisme merupakan suatu individu yang memiliki kelamin yang berbeda
seperti perbedaan sek primer dan sekunder (yang merupakan perbedaan paling nyata), contoh perbedaan morfologi kadal jantan dan betina. Gynandromorfi ialah suatu penampakan morfologi genetik pada satu individu memiliki sebagian karakter jantan dan sebagian lagi karakter betina, contoh pada sayap kupu–kupu tertentu terdapat karakter jantan pada sayap bagian anterior sementara pada sayap bagian posterior memiliki karakter betina. Interseks merupakan suatu individu yang memiliki alat reproduksi campuran baik jantan maupun betina sehingga tidak dapat diketahui (dilihat), contoh penderita sindrom klinefelter. Uniparental adalah individu yang merupakan keturunan dari satu parental dan memiliki karakter yang identik dengan parentalnya, contoh cacing pita (Abbott, 2011). Strain seksual adalah suatu galur atau varietas yang berbeda pada suatu spesies, contoh lalat buah (Drosophila sp.). Variasi kontinyu adalah kemiripan antar spesies yang terjadi karena perubahan evolusi. Variasi diskontinyu adalah variasi yang disebabkan oleh satu morfologi yang diatur oleh satu genotip, contoh perbedaan warna itik jantan dan betina. Polimorfisme adalah variasi morfologi yang bermacam-macam yang terdapat pada satu spesies, contoh ikan mas koki (Carassius auratus auratus) (Buwono, 2011). Spesies allopatrik adalah spesies yang terbentuk karena terjadinnya isolasi secara geografis dari seluruh karakter sehingga dapat menghalangi pertukaran gen antara spesies simpatrik. Populasi yang terpisah secara geografis dapat terisolasi oleh kemandulan atau perbedaan perilaku dibandingkan dengan populasi yang berdekatan. Populasi yang terisolasi mungkin tidak dapat melakukan interbreeding jika mereka bertemu, karena bentuknya sangat menyimpang (divergent) dan kemudian masuk ke dalam simpatrik tetapi tidak terjadi interbreeding. Spesiasi alopatrik merupakan mekanisme isolasi yang terjadi gradual (Stearns and Hoekstra, 2003).
Spesies simpatrik merupakan spesies yang terbentuk karena adanya suatu polimorfisme seimbang bersama dengan perkawinan asortatif dan terpisah secara geografik namun masih ke dalam habitat yang sama. Spesiasi simpatrik meliputi spesiasi gradual dan spontan. Jika bastar antara dua spesies diploid membentuk tetraploid akan dapat memperbesar isolasi reproduktif dari tetua yang diploid. Keturunan triploid akibat backcross mempunyai proporsi aneuploidi yang tinggi, karena gamet membawa cacat bawaan. Pembatasan interbreeding diantara bentuk diploid dan tetraploid dapat muncul, tetapi tidak pada poliploidi (Campbell et al., 2000).
Arlequin ver 3.0 adalah sebuah paket software yang mengintegrasi beberapa metode dasar dan lanjut untuk analisis data populasi genetik, seperti komputasi dari diversitas genetik indices standar, estimasi dari frekuensi alel dan halotipe, tes untuk penyimpangan dari hubungan keseimbangan, penyimpangan dari keadaan netral yang selektif dan keseimbangan demografik, estimasi atau parameter dari ekspansi populasi yang lalu, dan melalui analisis dari populasi subdivisi didalam struktur AMOVA (Excoffier, 2005).
DnaSP adalah sebuah paket software untuk analisis polimorfism data DNA. Versi terkini mengenalkan beberapa modul baru dan fitur, yang diantaranya opsi membolehkan: (1) menangani set data yang besar (~5 Mb per sequens); (2) melaksanakan tes yang berdasarkan penggabungan dalam jumlah yang besar oleh simulasi komputer Monte Carlo; (3) analisis yang luas dari diferensiasi genetik dan aliran gen ditengah-tengah populasi; (4) menganalisis pola evolusioner dari codon yang diinginkan dan tidak diinginkan; (5) menghasilkan keluaran grapikal untuk visualisasi yang mudah dari hasil (Rozas, 2003). DnaSP versi 5 digunakan untuk mengkalkulasikan polimorfisme yang dibagi dan perbedaan yang tetap, dan Arlequin versi 3.11 digunakan untuk mengkalkulasikan nilai fixation index (FST) (Bennett et. al., 2012).
III. MATERI DAN METODE
A. Materi
Alat-alat yang digunakan dalam acara praktikum ini adalah gloves, bak preparat, pinset, kaca pembesar, mikroskop, kamera, software Arlequin 3.5, software dnaSP, komputer, dan alat tulis.
Bahan yang digunakan dalam acara praktikum ini adalah spesimen pada setiap tahapan hidup katak sawah (Fejervarya cancrivora), kadal (Mabouya multifasciata) jantan dan betina, jangkrik (Gryllus sp.) jantan dan betina, koloni lebah (Apis sp.), ikan mas koki (Carrasius auratus auratus), sequens nukleotida beberapa spesimen hewan, dan chloroform.
B. Metode
Metode yang dilakukan dalam praktikum antara lain:
1. Tahapan hidup katak digambar, difoto, dan didefinisikan jenis variasi yang terjadi.
2. Jangkrik jantan dan betina serta organ reproduksi kadal jantan dan betina digambar, difoto, dan didefinisikan jenis variasi yang terjadi.
3. Awetan koloni lebah diamati dan didefinisikan jenis variasi yang terjadi.
4. Polimorfisme dari ikan mas koki diamati dan didefinisikan jenis variasi yang terjadi.
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Hasil
Tabel 1. Deskripsi Karakter Morfologi Ikan Mas Koki No
.
Jenis Ikan Deskripsi Karakter
1 Mutiara Memiliki kepala yang bulat, badan yang membulat, mata yang rata dan memiliki warna tubuh putih dengan bercak oranye di sekitar kepala.
2 Tiger Memiliki kepala yang bulat, badan yang bulat, mata yang rata, tonjolan pada kepala, warna tubuh putih dengan bercak oranye kemerahan dan sirip dorsal yang besar.
3 Komet Memiliki kepala yang lonjong, badan yang pipih, mata yang rata, warna tubuh putih dengan bercak oranye atau merah muda dan sirip ekor yang indah seperti kipas.
4 Penser Memiliki kepala yang bulat, badan yang membulat, mata yang rata, tonjolan pada kepala, warna tubuh oranye dan sirip ekor yang indah seperti kipas.
5 Tosa Memiliki kepala yang bulat, badan yang membulat, mata yang rata, dan warna tubuh oranye dengan hitam di bagian dorsalnya.
6 Lowo Memiliki kepala yang bulat, badan yang membulat, mata yang menonjol, dan warna tubuh hitam.
Tabel 2. Perbedaan Karakter Morfologi Ikan Mas Koki No
.
Karakter Jenis Ikan
Mutiara Tiger Komet Penser Tosa Lowo
1 Kepala lonjong - - √ - - -2 Kepala bulat √ √ - √ √ √ 3 Badan membulat √ √ - √ √ √ 4 Badan pipih - - √ - - -5 Mata menonjol - - - √ 6 Mata rata √ √ √ √ √ -7 Tonjolan kepala - √ - √ - -8 Warna tubuh √ √ √ √ √ -9 Sirip dorsal - √ - √ - -10 Sirip ekor - - √ √ -
-B. Pembahasan
Hasil pengamatan pada katak, terjadi perubahan morfologi sesuai perkembangan usia. Tiap fase hidup katak ini mengalami perubahan baik morfologi maupun fisiologi yang disebut dengan metamorfosis. Metamorfosis ini dimulai dari telur hingga menjadi katak dewasa. Saat masih telur berbentuk bulat layaknya telur dan berukuran kecil kemudian berkembang menjadi berudu yang bernapas dengan insang dan memiliki usus melingkar serta bersifat herbivora. Selanjutnya tumbuh kaki (ekstrimitas) belakang dan menjadi berudu berkaki yang masih tetap bernafas dengan insang dan bersifat herbivora kemudian tumbuh kaki depan menjadi katak berekor. Setelah itu ekor mulai memendek dan berubah menjadi katak muda sampai berkembang menjadi dewasa, pada saat itu katak bernapas dengan paru-paru dan ususnya memendek serta berubah menjadi bersifat karnivora karena jenis makanan berubah menjadi serangga yang tadinya tumbuhan. Katak dewasa memiliki ukuran tubuh yang lebih besar dibandingkan katak muda dan sistem metabolisme tubuh sudah terbentuk dengan baik. Pernafasan kadal dewasa selain dengan menggunakan paru–paru juga dapat bernafas melalui kult yang lembab. Ketika dalam tahap larva dalam kitaran hidup, seekor berudu bernafas melaui insang. Berudu mempunyai ekor bersirip yang digunakan untuk berenang melalui alunan sisian atau aliran air, seperti kebanyakan ikan. Selama berkembang, berudu bermetamorfosis dengan menumbuhkan kaki perlahan-lahan, kemudian menyerap ekornya melalui proses apoptosis. Paru-paru terbentuk serentak dengan perkembangan katak, dan pada perkembangan lebih lanjut berudu akan berenang ke permukaan air untuk mengambil udara. Tingkat akhir proses metamorfosis ini, mulut berudu berubah dari bentuk bulat kecil di depan kepala menjadi mulut yang ukurannya lebih besar yang sama lebarnya dengan kepalanya, ususnya pun ikut menyesuaikan untuk dapat menampung makanan yang dimakan oleh katak tersebut menjadi lebih pendek karena bersifat karnivora. Metamorfosis katak ini termasuk ke dalam variasi umur yang tergolong dalam variasi non genetik.
Hasil pengamatan terhadap anatomi kadal menunjukan bahwa adanya perbedaan organ urogenital pada kadal jantan dan betina. Kadal jantan memiliki hemipenis, vas defferens, dan sepasang testis, sedangkan pada kadal betina tidak memiliki sepasang hemipenis namun memiliki organ ovarium, oviduct, kandung
kemih, dan kloaka. Sistem urogenital kadal terdiri dari sepasang ginjal, dari ginjal keluar ureter yang bermuara di kloaka. Pangkal ureter terdapat vesica urinaria. Ginjal bertipe metanephros, berwarna merah coklat, masing-masing terdiri atas lobus anterior dan lobus posterior. Kedua ureter pada jantan sebelum bermuara di kloaka bersatu dulu dengan vas defferens, tetapi betina bermuara lansung ke dalam kloaka. Organ urogenital jantan terdiri atas sepasang testis (berbentuk oval, kecil agak keputih-putihan), epidermis, vas deferens, dan sepasang hemipenis. Hemipenis merupakan alat kopulasi yaitu untuk memasukkan sperma dalam tubuh kadal betina, sehingga kadal jantan mengadakan fertilisasi internal. Variasi pada kedua kadal baik jantan maupun betina termasuk dalam variasi genetik karena adanya seksual dimorfisme.
Variasi pada populasi hewan kadal dapat terjadi karena adanya seksual dimorfisme seperti perbedaan sek primer dan sek sekunder yang dimilikinya. Ciri sek primer sendiri adalah merupakan organ yang berhubungan langsung dengan reproduksi yaitu testis dan salurannya pada kadal jantan dan ovarium dan salurannya pada kadal betina. Sementara sek sekunder berguna untuk membedakan jenis kadal berdasarkan tanda-tanda dari luar tubuh kadal, ciri sek sekunder terdiri dari dua jenis yaitu pertama yang tidak mempunyai hubungan dengan kegiatan reproduksi secara keseluruhan, misalnya bentuk morfologi dari organ reprodusinya yaitu testis lebih kecil di bandingkan ovarium. Ciri yang kedua merupakan alat bantu atau organ tambahan waktu reproduksi.
Selain pengamatan terhadap anatomi reproduksi kadal jantan dan kadal betina juga dilakukan pengamatan terhadap morfologi kedua kadal. Jika dilihat dari warna sisik, bentuk warna sisik pada tubuhnya tergantung dari umur, jenis kelamin, dan keadaan fisiologis tubuhnya. Kadal jantan memiliki pola warna sisik atau permukaan luar bagian dorsal yang berwarna hijau agak tua dan bercorak monoton (kurang memiliki ciri khas) sedangkan pada kadal betina memiliki corak kulit bagian dorsal yang khas atau berpola tertentu sehingga warna yang terdapat pada kulitnya tidak hanya satu macam warna namun adanya kombinasi warna–warna tertentu dan membentuk corak tertentu. Ukuran tubuh kadal jantan lebih kecil dibandingkan dengan kadal betina. Selain itu, jika kadal betina sedang memiliki telur dalam perutnya maka ukuran perut atau abdomennya dapat dua kali lebih besar dibanding
kadal jantan. Ekor kedua kadal secara khas mirip cambuk dan bentuknya bulat dan panjang meruncing ke ujungnya dan mudah putus.
Perbedaan morfologi karena adanya seksual dimorfisme juga terdapat pada jangkrik (Gryllus sp.). Jangkrik jantan memiliki sayap punggung yang bermotif bergelombang, kasar, dan tidak rata. Jangkrik jantan juga berbunyi lebih nyaring dari jangkrik betina. Jangkrik betina memiliki sayap punggung bermotif lurus dan bunyinya kurang nyaring bila dibandingkan dengan jangkrik betina. Perbedaan yang paling jelas adalah adanya ovipositor pada jangkrik betina yang tempatnya ada dibawah ekor, sedangkan jangkrik jantan tidak memiliki ovipositor. Ovipositor ini berfungsi untuk mengeluarkan telur.
Perbedaan morfologi karena adanya variasi sosial bisa dilihat pada koloni lebah (Apis sp.). Variasi sosial adalah variasi dalam satu populasi yang disebabkan oleh perbedaan aktivitas karena adanya perbedaan kasta. Terdapat tiga kasta pada koloni lebah yaitu ratu, pejantan, dan pekerja. Ratu memiliki tubuh yang paling besar jika dibandingkan dengan kasta lain. Ratu adalah betina fertil yang berperan untuk bertelur dan menghasilkan keturunan. Ratu dapat hidup selama 3-5 tahun. Pejantan berperan untuk membuahi ratu dan dapat hidup selama 2 bulan. Pejantan akan dibunuh oleh pekerja setelah membuahi betina karena dapat dianggap merugikan bagi koloni. Pekerja memiliki tubuh yang paling kecil dibandingkan dengan kasta lain. Pekerja adalah betina fertil yang berperan untuk mencari makan, membangun sarang, dan menjaga koloni lebah. Pekerja dapat hidup selama 1,5 bulan. Pekerja merupakan betina fertil karena adanya pengaruh dari hormon feromon yang dikeluarkan ratu.
Perbedaan morfologi karena adanya polimorfisme bisa dilihat pada ikan mas koki (Carassius auratus auratus). Ikan mas koki jenis mutiara memiliki morfologi sebagai berikut memiliki kepala yang bulat, badan yang membulat, mata yang rata, dan memiliki warna tubuh putih dengan bercak oranye disekitar kepala. Ikan mas koki jenis komet memiliki morfologi sebagai berikut memiliki kepala yang lonjong, badan yang memanjang, mata yang rata, warna tubuh putih dengan bercak oranye atau merah muda dan memiliki sirip ekor yang indah seperti kipas. Ikan mas koki jenis tiger memiliki morfologi sebagai berikut memiliki kepala yang bulat, badan yang membulat, mata yang rata, tonjolan pada kepala, warna tubuh putih dengan bercak oranye kemerahan dan sirip dorsal yang besar. Ikan mas koki jenis penser memiliki morfologi sebagai berikut memiliki kepala bulat, badan yang membulat,
mata rata, ada wen, memiliki sisik, sirip caudal, dan sirip dorsal. Ikan mas koki jenis tosa memiliki morfologi sebagai berikut memiliki kepala bulat, badan yang membulat, mata rata, tidak ada wen, memiliki sisik, sirip caudal, dan sirip dorsal. Ikan mas koki jenis lowo memiliki morfologi sebagai berikut memiliki kepala bulat, badan yang membulat, mata menonjol, tidak ada wen, memiliki sisik, sirip caudal, dan sirip dorsal.
Arlequin digunakan untuk analisis data variasi populasi genetik. Prosedur yang digunakan pada acara praktikum ini adalah:
1. Open project, file yang digunakan adalah t_crocea-struktur.arp. file tersebut adalah hasil analisis project peneliti lain.
2. Buka Stucture Editor, di jendela sebelah kiri, semua sample populasi yang ditemukan pada project didaftarkan pada jendela sebelah kanan. Bila tidak ada Genetic Struucture maka akan tampak “0” pada jendela. Disini kita dapat menambahkan populasi baru.
3. Analisi yang berbeda dapat diatur pada bagian setting. Tergantung kebutuhan yang digunakan dalam project. Lalu tekan save.
4. Tekan tombol start pada pojok kanan atas untuk memulai analisis.
5. Akan keluar jendela baru yang menampilkan hasil analisis. Nama project akan berekstensi *.res.
AMOVA (Analysis of Molecular Variance) design result adalah hasil analisis yang menggunakan aplikasi Arlequin untuk mengevaluasi jumlah struktur genetik dalam populasi dan tugasnya menyajikan data berdasarkan metode yang digunakan dalam analisis. Biasanya hasil data AMOVA menggunakan ekstensi *.res. Fixation indices dan significance indices adalah ukuran pasti dari variasi dalam populasi karena struktur genetik. Hal ini dihasilkan dengan gabungan data polimorfisme genetik, seperti SNP atau mikrosatelit. Populasi Tridacna crocea pada project menunjukan polimorfisme pada daerah-daerah yang dikunjungi. Hewan-hewan ini tetap dalam satu spesies namun variasinya polimorfisme. Dengan bantuan DnaSP untuk memasukan sequens DNAnya dapat diperkirakan seberapa besar variasi genetiknya.
V. KESIMPULAN
A. Kesimpulan
Berdasarkan hasil dan pembahasan dapat disimpulan bahwa :
1. Metamorfosis katak sawah (Fejervarya cancrivora) termasuk variasi non genetik yaitu variasi umur.
2. Perbedaan morfologi pada kadal (Mabouya multifasciata) jantan dan betina termasuk ke dalam variasi genetik karena adanya seksual dimorfisme dengan perbedaan seks primer dan seks sekunder.
3. Perbedaan morfologi pada jangkrik (Gryllus sp.) jantan dan betina termasuk ke dalam variasi genetik karena adanya seksual dimorfisme dengan perbedaan seks primer dan seks sekunder.
4. Perbedaan morfologi pada koloni lebah (Apis sp.) termasuk variasi non genetik yaitu variasi sosial karena adanya perbedaan kasta.
5. Perbedaan morfologi pada ikan mas koki (Carassius auratus auratus) termasuk variasi genetik karena adanya polimorfisme.
B. Saran Saran untuk praktikum kali ini yakni :
1. Penjelasan menggunakan software Arlequin 3.5 dan dnaSP sebaiknya jangan terlalu cepat agar praktikan mampu memahaminya dengan baik.
DAFTAR REFERENSI
Abbott, J.K. 2011. Intra-locus Sexual Conflict and Sexually Antagonistic Genetic Variation in Hermaphroditic animals. Proc. R. Soc. B. Vol 278: 161–169. Bennett, Julia S., Keith A. Jolley, Sarah G. Earle, Craig Corton, Stephen D. Bentley,
Julian Parkhill dan Martin C. J. Maiden. 2012. A Genomic Approach to Bacterial Taxonomy: An Examination and Proposed Reclassification of Species within The Genus Neisseria. Microbiology. 158: 1570-1580.
Brotowidjoyo. 1990. Zoologi Dasar. Erlangga, Jakarta.
Buwono, I.D. 2011. Potensi Genetik Induk Belut Sawah (Monopterus albus) Berdasar Uji Polimorfisme Menggunakan Marker RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Jurnal UNPAD. Vol 2 (2): 1-12.
Campbell, Neil A., Jane B. Reece dan Lawrence G. Mitchell. 2000. Biologi Edisi Kelima Jilid 2. Penerbit Erlangga, Jakarta.
Djuhanda, T. 1982. Anatomi dari Empat Spesies Hewan Vertebrata. Armico, Bandung.
Excoffier, L., Guillaume Laval, dan Stefan Schneider. 2005. Arlequin (Version 3.0): An Integrated Software Package for Population Genetics Data Analysis. Evolutionary Bioinformatics Online. 47-50.
Mahardono, A. 1980. Anatomi Katak. PT Intermasa, Jakarta.
Mayr, Ernest. 1962. Principles Of Systematic Zoologi. New Delhi, Tata McGraw-Hill Publishing Company Radiopoetro. 1986. Zoologi. Erlangga, Jakarta.
Pangkey, H. 2009. Daphnia dan penggunaannya. Jurnal Perikanan dan Kelautan. Vol 5 (3): 33-36.
Stearns, Stephen dan Hoekstra Rolf. 2003. Evolution an introduction. Oxford, New York.
