25 Lampiran 1. Skema Kerja Penelitian
Pengambilan sampel tanah dari lahan tambang timah di Belitung
Isolasi bakteri pengoksidasi besi dan sulfur
Pemurnian isolat bakteri
Karakteriasi isolat bakteri pengoksidasi besi dan sulfur
Pengamatan
Seleksi Bakteri Pengoksidasi Besi dan Sulfur Berdasarkan Kemampuan Tumbuh pada Medium
Yang Mengandung Fe dan S
Identifikasi Isolat Bakteri Terpilih Secara Molekuler
Sekuensing
26 Lampiran 2. Spesifikasi Alat dan Bahan
No. Nama Alat Merk/Type Kegunaan Tempat
1. Autoklaf HL36AE (Hirayama
Manufacturing Corp.)
Sterilisasi alat dan bahan Lab. Mikrobiologi
2. pH meter Thermo Electron
Corporation (RL060P)
Mengukur pH medium Lab. Mikrobiologi 3. Shaker Inkucator Lab Companion SI-600 Menginkubasi biakan bakteri Lab. Mikrobiologi 4. Alat elektroforesis CBS Scientific EPS 300X Memisahkan DNA
berdasarkan berat molekul
Lab. Genetika dan Molekuler
5. Nanophotometer Implen Mengukur kemurnian DNA Lab. Riset 6. Alat PCR Thermal Cycler Techne
(TC-5000)
Perbanyakan DNA tempat Lab. Riset
7. Gel Doc UVP MultiDoc-It Visualisasi DNA Lab. Genetika dan Molekuler
8. Mikroskop Olympus CO11 Mengamati sel bakteri Lab. Mikrobiologi 9. UV-Vis
Spektrophotometer
Shimadzu UV mini 1240 Mengukur nilai OD Lab. Lingkungan
10. Sentrifuge Eppendorf Centrifuge 5415R
Memisahkan supernatan Lab. Genetika dan Molekuler
No. Nama Bahan Spesifikasi Kegunaan
1. Alkohol 70% Sterilisasi permukaan
2. SDS 10% Lisis sel bakteri
3. Tenderizer 30% Lisis sel bakteri
4. Alkohol absolut 99% Pencuci DNA
5. TE 1x Larutan Buffer
6. TAE 1x Larutan Buffer
7. Primer 27F dan 1540R 100 pm Templat replikasi DNA genom 8. Agarose 1,5% Running DNA saat elektroforesis
27
Lampiran 3. Gambar Hasil Isolasi dan Pemurnian Isolat Bakteri Pengoksidasi Besi dan Sulfur
Hasil isolasi bakteri pengoksidasi besi dan sulfur
29
Lampiran 5. Komposisi dan Pembuatan Medium Pertumbuhan Bakteri
a. Medium Cair dari Dunger and Fielder (1989) dengan garam ferro Komposisi :
K2HPO4 0,05 gram
(NH4)2SO4 0,15 gram
Ca(NO3)2 0,01 gram
MgSO4. 7H2O 0,50 gram
KCl 0,05 gram
FeSO4. 7H2O 1,00 gram
Akuades 1000 ml
pH 3,5
Cara Pembuatan Medium :
Semua bahan tersebut dicampurkan ke dalam akuades sebanyak 800 ml kecuali FeSO4.7H2O, diaduk dan disterilkan pada suhu 121 C dan didinginkan. FeSO4. 7H2O,
30
b. Medium Padat 9K (Silverman and Lundgreen, 1959) Komposisi :
K2HPO4 0,05 gram
(NH4)2SO4 0,15 gram
Ca(NO3)2 0,01 gram
MgSO4. 7H2O 0,50 gram
KCl 0,05 gram
FeSO4. 7H2O 1,00 gram
Agar 15 gram
H2SO41 N 10 ml
Akuades 1000 ml
pH 3,5
Cara Pembuatan Medium :
Semua bahan tersebut dicampurkan ke dalam akuades sebanyak 800 ml kecuali FeSO4.7H2O, diaduk dan disterilkan pada suhu 121 C kemudian didinginkan. FeSO4.
7H2O dilarutkan dalam 200 ml akuades yang telah steril dan telah ditetapkan pHnya sebesar 3,5 dengan H2SO4 1 N, dan dipanaskan sampai suhu 50 C, lalu didinginkan.
31 Lampiran 6. Kromatogram Urutan Basa Gen 16S rRNA a. Isolat L2K5
33
Lampiran 7. Hasil Alignment Sekuen Forward dan Reverse Urutan Basa Gen 16S rRNA dengan Program BioEdit
a. Isolat L2K5
AATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAG
b. Isolat L2K3
34
GTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTTAGGAGCTAGCCGTCGAAGGTGGGACAAATGA T
c. Isolat L1K1
35
Lampiran 8. Hasil Analisis Sekuen 16S rRNA dengan Program BLASTN NCBI
a. Isolat L2K5
