Analisis Pola Pita Andaliman (Zanthoxylum Acanthopodium D.C) Berdasarkan Primer OPC-07, OPD-03, OPD-20, OPM-20, OPN-09

Lampiran 2. Pembuatan Larutan Stok dan Buffer

A. Pembuatan Larutan Stok



CTAB 5 % (100 ml): Timbang NaCl sebanyak 2.0 gram dan CTAB sebanyak

5.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 100 ml

aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian

diletakkan diatas hote plate.



Tris HCl 1 M pH 8.0 (100 ml): Timbang Tris sebanyak 12.114 gram.

Masukkan Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk

campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote

plate. Selanjutnya, ditambahkan 4.2 ml HCl pekat sedikit demi sedikit sampai pH

mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan

dengan aquades hingga volume larutan menjadi 100 ml.



Tris HCl 1 M pH 7.4 (50 m): Timbang Tris sebanyak 6.057 gram. Masukkan

Tris ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan 30 ml aquades. Aduk campuran

larutan dengan menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate.

Selanjutnya, ditambahkan NaOH 2.5 M sedikit demi sedikit sampai pH mencapai

7.4. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian volume ditepatkan dengan

aquades hingga volume larutan menjadi 50 ml.



EDTA O.5 M pH 8.0 (100 ml): Timbang EDTA sebanyak 18.612 gram dan

NaOH 2.0 gram. Masukkan bahan kimia ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan

80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan menggunakan stirrer kemudian

diletakkan diatas hote plate. Selanjutnya, ditambahkan HCl pekat sedikit demi

sedikit sampai pH mencapai 8. Masukkan ke dalam gelas ukur, kemudian



NaCl 5 M (l00 ml): Timbang NaCl sebanyak 29.22 gram. Masukkan ke dalam

erlenmeyer dan ditambahkan 80 ml aquades. Aduk campuran larutan dengan

menggunakan stirrer kemudian diletakkan diatas hote plate. Masukkan ke dalam



Kloroform Isoamilalkohol 24 : 1 (50 ml): Campurkan 48 ml Kloroform dan 2

ml Isoamilalkohol.

Lampiran 3 : Alur penelitian

UJI KUALITAS DNA

ISOLASI DNA ANDALIMAN

UJI KUANTITAS DNA

AMPLIFIKASI DAN GENOTYPING

ELEKTROFORESIS

Lampiran 5 : Amlplifikasi dan Genotyping

Komposisi Master Mix volume 25 µl :

Go Taq PCR 12.5 µl

Nuclease free water 9.5 µl

Primer 1 µl

DNA sampel 2 µl

Running PCR sebanyak 45 siklus :

Denaturasi awal 94

0

C 2 menit

Denaturai 94

0

C 1 menit

Annealing 36

0

C 1 menit

Extension 72

0

C 2 menit

Post extension 72

0

C 10 menit

Kondisi akhir PCR 4

0

C tak terbatas

Lampiran 6 : Proses Elektroforesis

Agar rose 2.6 gram ditambahkan dengan 130 ml buffer TAE 1 x

Campuran dipanaskan dengan hot plate

Campuran ditambahkan 1.5 µl EtBr

Larutan gel dituang kedalam cetakan yang telah dipasang sisir

Gel yang telah mengeras dipindahkan ke dalam chamber berisi buffer TAE 1 x

Sampel hasil PCR, marker dan loading dye dimasukkan ke dalam sumur gel dengan

perbandingan (8:5:2)

Alat elektroforesis dihubungkan dengan power supply 80 volt

OPN 09

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

1786 1786 1786 1786 1786 1786 491 1786 1786 1786 491 875 1044 1044 1044 1044 1044 1786 1044 1786 1786 1786 491 1786 1786

1044 1044 1044 875 1044 1044 875 491 1044 1044

491 491 875 491

OPM 20

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 863 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 1082 863 863 863 863 863 863 863 863 863 863 863 648 863 863 863 863 863 863 863 863 863 863 863 863 863 863 863 863 648 648 648 648 648 648 648 648 648 648 648 500 648 648 648 648 648 648 648 648 648 648 648 648 648 648 648 648 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500 500

OPD 20

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 2223 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 1217 798.843 1217 799 799 799 799 799 615 615 799 799 799 799 799 799 799 799 799 799 799 799 799 799 799 799 799 615 799

615 615 615 615 615 615 615 615 615 615 615 615 615 615 615 615 615 418 418

418 418 418 418 418 418 418 418 418 418 418 418 418

OPD 03

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 2277 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1704 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1857 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704 1704

OPC 07

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30

2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2500 2098 2098 900 586 2098 2098 900 2098 2098 2098 2098 2098 2098 2098 2098 2098

Lampiran 10. Hasil elektroforesis

OPC 07

OPD 03

OPD 20