1 BAB I PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Ikan gurami (Osphronemus goramy) merupakan salah satu ikan asli
perairan Indonesia yang memiliki bentuk dan warna cukup beragam di berbagai
wilayah. Menurut Roese and Pauly (2008) dalam Sunarma (2008) ikan ini berasal
dari kepulauan Sumatera, Jawa, dan Kalimantan sedangkan penyebarannya sudah
meliputi Asia Tenggara, Cina dan India.
Target budidaya air tawar ditahun 2013 menurut KKP (Kementrian
Kelautan dan Perikanan) adalah berkisar 3,25 juta ton dari total 5 komoditas, dari
jumlah tersebut, gurami adalah ikan yang memiliki target ikan terendah yaitu
hanya sebesar 46.600 ton. Salah satu faktor yang mempengaruhinya adalah
rendahnya produksi pertahun, karena lambatnya pertumbuhan gurami. Untuk
memperbaiki hal tersebut ini perlu adanya upaya perbaikan produksi lebih lanjut.
Efisiensi dan perbaikan produksi dapat dilakukan dengan cara perbaikan
mutu genetik. Perbaikan dapat dilakukan dengan seleksi induk, persilangan dan
rekayasa genetika. Keragaman genetik gurami menjadi penting karena perbaikan
mutu genetik didasari dengan hasil kajian keragaman genetik gurami itu sendiri.
Ikan yang memiliki tingkat polimorfisme tinggi bisa menjadi calon induk yang
akan menghasilkan keturunan yang baik untuk kategori benih sebar.
Ada beberapa cara untuk mendapatkan informasi mengenai keragaman
genetik. Analisis mengenai keragaman genetik ini dapat dilakukan dengan
beberapa metode, diantaranya dengan RAPD (Random Amplified Polymorphism
DNA), AP-PCR (Arbitrality Primed Polymerase Chain Reaction), PCR-SSCP
(Polymerase Chain Reaction-Single Stranded Conformation Polymorphism).
RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphysm) dan Microsatelit.
Pada metode PCR-RFLP diperlukan pemotongan DNA mitokondria
dengan menggunakan enzim restriksi untuk mendapatkan hasil variasi antar
individu yang akan memberikan informasi mengenai keragaman situs pemotongan
2
mengenai keragaman genetik dari beberapa individu dalam populasi maupun luar
populasi.
Penelitian mengenai keragaman genetik ikan gurami (Osphronemus
goramy) beberapa telah dilakukan, salah satunya adalah Nugroho (2010)
berdasarkan beberapa strain gurami. Keragaman mengenai pendeskripsian pola
DNA mitokondria ikan gurami pada fragmen sitokrom b dari Jawa, Sumatera, dan
Kalimantan belum ada yang melakukan, sehingga diperlukan adanya penelitian.
1.2. Identifikasi Masalah
Berdasarkan latar belakang, maka dapat diidentifikasi masalah bagaimana
variasi genetik spesies gurami yang ada di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan
menggunakan metode PCR-RFLP
1.3. Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk melihat variasi genetik spesies gurami yang
ada di Jawa, Sumatera, dan Kalimantan menggunakan metode PCR-RFLP.
1.4. Kegunaan Penelitian
Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai
keragaman genetik ikan gurami sehingga dapat mempermudah pemilihan varietas
unggul dan program pengembangan lebih lanjut untuk perbaikan mutu.
1.5. Pendekatan Masalah
Strategi untuk memperbaiki mutu genetik suatu populasi ditentukan oleh
keragaman genetik. Informasi mengenai keragaman genetik merupakan informasi
dasar dan penting yang harus diketahui sebelum suatu program perbaikan
dilakukan.
DNA mitokondria mempunyai beberapa kelebihan sehingga dapat
digunakan untuk mendeteksi keragaman genetik. DNA mitokondria memiliki sifat
genetik khas yang membedakannya dari DNA inti (Ratnayani et al. 2009). Salah
satu contohnya adalah, mitokondria memiliki genomnya sendiri yang berbeda
dengan genom inti yang terdapat pada matriksnya (Ngili et al. 2009). DNA
3
telur yang menyumbangkan DNA mitokondria. Induk betina yang bereproduksi
menurunkan segugus lengkap data genetik, setiap turunannya harus menerima
data genetiknya dalam bentuk DNA termasuk DNA mitokondria. Beberapa jenis
ikan jika dipotong dengan enzim restriksi yang mengenali suatu gugus tertentu,
maka pada satu keturunan yang sama akan memiliki pemotongan (tipe fragmen)
yang mirip. Pemotongan fragmen DNA mitokondria yang berbeda merupakan
indikasi yang jelas adanya perbedaan urutan basa yang akhirnya dapat menjadi
indikasi adanya keragaman genetik pada populasi ikan yang diamati. Bagian
sitokrom b dalam mitokondria memiliki kelebihan dibandingkan dengan bagian
lain seperti D-loop. Kelebihannya adalah bagian ini tidak mudah bermutasi,
sehingga cocok untuk dijadikan penelitian untuk membedakan filogeni. Untuk
melakukan mendeteksi keragaman ini perlu menggunakan metode PCR-RFLP,
karena dengan metode ini akan menghasilkan banyak variasi yang terlihat.
Penelitian menggunakan DNA mitokondria telah banyak dilakukan,
beberapa diantaranya Zainah Hilwa (2004) mengamati keragaman genetik DNA
mitokondria fragmen D-loop pada ikan lele sangkuriang (Clarias sp.), kemudian
Rina (2001) yang mengamati 7 populasi ikan Pangasius di indonesia. Dewi
(2007) mengamati sidat (Anguilla bicolor). Denny (2009) mengamati
polymorphysm gen sitokrom b DNA mitokondria 9 ikan air tawar konsumsi.
Kusrini (2010) menggunakan informasi genetik dalam cytochrome b untuk
mengetahui kekerabatan beberapa populasi kerang hijau (Perna viridis) di
Indonesia. Beberapa penilitian yang telah dilakukan sebelumnya menunjukan
hasil bahwa identifikasi spesies ikan air tawar atau air laut dapat dilakukan dengan
menggunakan metode PCR-RFLP berdasarkan perbedaan fragmen DNA
