UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION-
RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM
DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS
TESIS
Oleh
NOVA ZAIRINA LUBIS NIM 087105003
PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER SPESIALIS DEPARTEMEN ILMU KESEHATAN KULIT & KELAMIN FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SUMATERA UTARA
RUMAH SAKIT UMUM PUSAT H. ADAM MALIK MEDAN 2014
UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION-
RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM
DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS
TESIS
Diajukan sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Dokter Spesialis dalam Program Pendidikan Dokter Spesialis bidang
Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Oleh
NOVA ZAIRINA LUBIS NIM 087105003
HALAMAN PERSETUJUAN
Judul Tesis : Uji Diagnostik Polymerase Chain Reaction –Restriction
Fragment Length Polymorphism Dalam Menegakkan
Diagnosis Onikomikosis.
Nama : Nova Zairina Lubis
Nomor Induk : 087105003
Program Studi : Pendidikan Dokter Spesialis Bidang : Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
Menyetujui :
Pembimbing I
(dr. Kamaliah Muis, SpKK)
Ketua Program Studi
(dr. Chairiyah TanjungSpKK(K))
Tanggal lulus : 25 Juli 2014
Pembimbing II
(dr. Lukmanul Hakim Nasution SpKK,M.Kes)
Ketua Departemen
HALAMAN PERNYATAAN ORISINILITAS
Tesis ini adalah hasil karya penulis sendiri, dan semua sumber baik yang dikutip maupun dirujuk
telah penulis nyatakan dengan benar
Nama : Nova Zairina Lubis
NIM : 087105003
UJI DIAGNOSTIK POLYMERASE CHAIN REACTION-
RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM
DALAM MENEGAKKAN DIAGNOSIS ONIKOMIKOSIS
Nova Zairina Lubis
Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
, Kamaliah Muis, Lukmanul Hakim Nasution
Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara RSUP. Haji Adam Malik Medan- Indonesia
Latar Belakang: Onikomikosis adalah infeksi jamur pada satu atau lebih unit
kuku yang disebabkan oleh dermatofita, nondermatofita atau mold dan yeast. Pemeriksaan penunjang sangat diperlukan untuk menegakkan diagnosis onikomikosis sebelum memulai pengobatan. Beberapa metode pemeriksaan penunjang untuk mendiagnosis onikomikosis seperti pemeriksaan mikroskopis dengan KOH 20%, kultur jamur, pemeriksaan histopatologi dengan pewarnaan PAS (Periodic acid schiff) dan pemeriksaan PCR (Polymerase Chain Reaction) , untuk metode kultur membutuhkan waktu yang cukup lama sekitar 4 minggu untuk mengidentifikasi jamur penyebab onikomikosis. Teknologi molekuler seperti PCR merupakan tes yang sensitif dan spesifik untuk diagnosis berbagai mikroorganisme termasuk jamur patogen. Polymerase Chain Reaction-Restriction
Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) merupakan metode PCR dengan
penambahan enzim setelah amplifikasi sehingga memungkinkan hasil yang lebih spesifik.
Tujuan : Mengetahui nilai diagnostik Polymerase Chain Reaction-Restriction
Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) dalam menegakkan diagnosis
onikomikosis dengan menggunakan kultur jamur sebagai baku emas dan mengetahui spesies jamur yang paling banyak menyebabkan onikomikosis.
Metode : Penelitian ini merupakan suatu uji diagnostik untuk mendiagnosis
onikomikosis dengan menggunakan kultur sebagai baku emas.
Subjek : Tiga puluh lima pasien yang diduga menderita onikomikosis dari
anamnesis dan pemeriksaan dermatologi.
Hasil : Pemeriksaan PCR-RFLP dalam mendiagnosis onikomikosis memiliki nilai
sensitivitas sebesar 85,71%, nilai spesifisitas sebesar 28,57%, nilai duga positif (PPV) sebesar 82,76% dan nilai duga negatif (NPV) sebesar 33,33%. nilai RKP 1,20 dan nilai RKN 0,5 dan akurasi sebesar 74,29%. Spesies jamur penyebab onikomikosis yang paling banyak adalah Candida albicans 42,8%
Kesimpulan : PCR-RFLP dapat dipertimbangkan untuk pemeriksaan alternatif
yang lebih cepat dan akurat dalam menegakkan diagnosis onikomikosis.
DIAGNOSTIC TEST-POLYMERASE CHAIN REACTION RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM IN ESTABLISHING THE DIAGNOSIS OF ONYCHOMYCOSIS
Department of Dermatovenereology
Nova Zairina Lubis, Kamaliah Muis, Lukmanul Hakim Nasution
Faculty of Medicine, University of Sumatera Utara Haji Adam Malik Hospital Medan-Indonesia
Background: Onychomycosis is a fungal infection of one or more units of the
nail caused by dermatophytes, or mold and nondermatophytes yeast. Investigations are needed to establish the diagnosis of onychomycosis before starting treatment. Several investigations methods for diagnosing onychomycosis such as microscopic examination with 20% KOH, fungal culture, histopathology examination with PAS staining (Periodic acid Schiff) and PCR (Polymerase Chain Reaction), for culture methods require a long time about 4 weeks to identify fungal that cause onychomycosis. A molecular technology such as PCR is a sensitive and specific test for the diagnosis of a variety of microorganisms including fungal pathogens. Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) is a method with the addition of the enzyme after PCR amplification allowing more specific results.
Objective: To determine the diagnostic value of Polymerase Chain
Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) in the diagnosis of onychomycosis using fungal culture as the gold standard and to find out the majority fungal species that cause onychomycosis.
Methods: This study is a diagnostic test for the diagnosis of onychomycosis by
using culture as the gold standard.
Subjects: Thirty-five patients suspected of having onychomycosis from history
and dermatological examination.
Results: PCR-RFLP in the diagnosis of onychomycosis has a sensitivity of
85.71%, specificity of 28.57%, positive predictive value (PPV) of 82.76% and negative predictive value (NPV) of 33.33%. RKP value of 1.20 and 0.5 RKN value and accuracy of 74.29%. The majority fungal species that cause onychomycosis is Candida albicans 42,8%.
Conclusions: PCR-RFLP may be considered for a faster and more accurate
alternative examination in the diagnosis of onychomycosis.
KATA PENGANTAR
Segala puji dan syukur saya panjatkan kehadirat Allah SWT karena hanya atas rahmat dan hidayahNya saya dapat menyelesaikan tesis ini yang merupakan persyaratan untuk memperoleh gelar keahlian dalam bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin.
Dalam menjalani pendidikan spesialis ini, berbagai pihak yang telah turut berperan serta sehingga terlaksana seluruh rangkaian kegiatan pendidikan ini. Pada kesempatan yang berbahagia ini, saya sampaikan penghargaan dan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada yang terhormat :
1. dr. Kamaliah Muis, SpKK, selaku pembimbing utama tesis ini, yang telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan dan koreksi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
2. dr. Lukmanul Hakim Nasution SpKK,M.Kes selaku pembimbing kedua tesis ini yang telah bersedia meluangkan waktu, pikiran dan tenaga serta dengan penuh kesabaran selalu membimbing, memberikan nasehat, masukan dan koreksi kepada saya selama proses penyusunan tesis ini.
3. Prof. Dr. dr. Irma D.Roesyanto-Mahadi, SpKK(K), sebagai Ketua Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti pendidikan spesialis di bidang Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
4. dr. Chairiyah Tanjung, SpKK(K) sebagai Ketua Program Studi Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang telah membimbing, memberikan nasehat, masukan dan motivasi kepada saya selama menjalani pendidikan sehari-hari.
5. Prof. DR. Syahril Pasaribu, SpA(K), DTM&H, Bapak Rektor Universitas Sumatera Utara, dan Prof. Dr. Chairuddin P. Lubis, SpA(K), DTM&H, Bapak Rektor Universitas Sumatera Utara pada saat saya diterima sebagai peserta program pendidikan dokter spesialis yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk dapat melaksanakan studi pada Universitas yang Bapak pimpin.
6. Prof. dr. Gontar A. Siregar, SpPD-KGEH, Bapak Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara, yang telah memberikan kesempatan kepada saya untuk mengikuti Program Pendidikan Dokter Spesialis di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara.
7. Prof dr Mansur A Nasution SpKK(K), DR dr Nelva K Jusuf SpKK(K) dan dr. Mila Darmi, SpKK, sebagai anggota tim penguji, yang telah memberikan bimbingan dan koreksi untuk penyempurnaan tesis ini.
8. Para guru besar serta seluruh staf pengajar di Departemen Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin FK USU, RSUP H.Adam Malik Medan dan RSUD Dr Pirngadi Medan yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu, yang telah membantu dan membimbing saya selama mengikuti pendidikan ini.
9. Bapak Direktur RSUP H.Adam Malik Medan dan Direktur RSUD Dr. Pirngadi Medan yang telah memberikan kesempatan dan fasilitas kepada saya selama menjalani pendidikan keahlian
10. Seluruh staf/pegawai dan perawat di Bagian Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin, di RSUP H.Adam Malik Medan dan RSUD Dr. Pirngadi Medan , terima kasih atas bantuan, dukungan, dan kerjasama yang baik selama ini. 11. Seluruh staf/pegawai Laboratorium Terpadu dan Laboratorium Mikrobiologi
FK USU terima kasih atas bantuan dan kerjasamanya yang baik dalam penyelesaian tesis saya ini.
12. Kedua orangtua saya tercinta Prof. dr. Sjabaroeddin Loebis SpA(K) dan dr. Yuniar Siregar SpKK yang dengan penuh cinta kasih, keikhlasan, doa, kesabaran, dan pengorbanan yang luar biasa untuk mengasuh, mendidik, dan membesarkan saya, serta tidak bosan-bosannya memotivasi saya untuk terus melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi. Kiranya hanya Allah SWT yang dapat membalas segalanya.
13. Bapak dan Ibu mertua saya Alm Djenda Ginting dan P.Bangun terima kasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan kepada saya.
14. Suami dan anak saya tercinta dr M Yusuf Paska Ginting & M Raka Malik Safa Ginting terima kasih yang setulus-tulusnya atas segala pengorbanan, kesabaran, pengertian, dukungan, doa, semangat serta bantuan di setiap saat hingga saya dapat menyelesaikan pendidikan ini.
15. Abang ,adik saya tercinta dan saudara ipar saya, terima kasih atas doa dan dukungan yang telah diberikan kepada saya selama ini.
16. Teman seangkatan saya tersayang, dr. Wahyuni Widiyanti S, dr. Irina Damayanti, dr Cut Putri H, dr. Rini Amanda C S, Mked(KK), SpKK, dan dr. Ahmad Fajar, Mked(KK), SpKK, terima kasih untuk kerja sama, kebersamaan, waktu dan kenangan yang tidak akan pernah terlupakan selama menjalani pendidikan ini.
17. Semua teman-teman PPDS Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin Fakultas Kedokteran Universitas Sumatera Utara yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu yang telah memberikan bantuan, dukungan, dan kerjasama kepada saya selama menjalani masa pendidikan dan penyelesaian tesis ini, saya ucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya.
18. Seluruh keluarga dan handai tolan yang tidak dapat saya sebutkan satu persatu, baik secara langsung maupun tidak langsung, yang telah banyak memberikan bantuan, baik moril maupun materil, saya ucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya.
Saya menyadari bahwa tesis ini masih memiliki banyak kekurangan. Oleh karena itu saya mengharapkan kritik dan saran yang membangun demi kesempurnaan tesis ini. Kiranya tesis ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua.
Akhir kata, dengan penuh kerendahan hati, izinkanlah saya untuk menyampaikan permohonan maaf yang setulus-tulusnya atas segala kesalahan, kekhilafan dan kekurangan yang telah saya lakukan selama proses penyusunan tesis dan selama saya menjalani pendidikan. Semoga segala bantuan, dorongan dan petunjuk yang telah diberikan kepada saya selama menjalani pendidikan, kiranya mendapat balasan yang berlipat ganda dari Allah SWT.
Medan, Agustus 2014
Penulis
dr Nova Zairina Lubis
DAFTAR ISI
Halaman
ABSTRAK ... i
ABSTRACT ... ii
KATA PENGANTAR… ... iii
DAFTAR ISI ... vi
DAFTAR GAMBAR ... viii
DAFTAR TABEL ... ix DAFTAR SINGKATAN ... x DAFTAR LAMPIRAN ... xi BAB I PENDAHULUAN ... 1 1.1. Latar Belakang ... 1 1.2. Rumusan Masalah ... 5 1.3. Tujuan Penelitian ... 5 1.3.1. Tujuan Umum ... 5 1.3.2. Tujuan Khusus ... 6 1.4. Manfaat Penelitian ... 6
BAB II TINJAUAN PUSTAKA ... 7
2.1. Onikomikosis ... 7 2.1.1. Definisi ... 7 2.1.2. Epidemiologi ... 7 2.1.3. Anatomi Kuku ... 7 2.1.4. Fisiologi Kuku ... 8 2.1.5. Etiologi ... 9 2.1.6. Gambaran Klinis ... 10 2.1.7. Diagnosis ... 13 2.1.8. Pemeriksaan Penunjang ... 14 2.2. Kerangka Teori ... 23 2.3. Kerangka Konsep ... 24
BAB III METODE PENELITIAN ... 25
3.1. Desain Penelitian ... 25
3.2. Waktu dan Tempat Penelitian ... 25
3.7. Kriteria Inklusi dan Eksklusi ... 27
3.7.1. Kriteria Inklusi ... 27
3.7.2. Kriteria Eksklusi ... 28
3.8. Alat, Bahan dan Cara Kerja ... 28
3.8.1. Alat dan Bahan ... 28
3.8.2. Cara Kerja ... 29
3.9. Definisi Operasional ... 32
3.10. Kerangka Operasional ... 36
3.11. Rencana Pengolahan dan Analisis Data ... 37
3.12. Ethical Clearance ... 37
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ... 38
4.1. Karakteristik Subjek Penelitian ... 38
4.1.1. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Jenis Kelamin ... 38
4.1.2. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Umur 39
4.1.3. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Pekerjaan ... 40
4.1.4. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Gambaran Klinis ... 41
4.1.5. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Lokasi Kuku ... 42
4.2. Distribusi Spesies Jamur Pada Kultur dan PCR-RFLP ... 42
4.3. Sensitivitas, Spesifisitas, Positive Predictive Value, Negative Predictive Value, Rasio Kemungkinan Positif, Rasio Kemungkinan Negatif dan Akurasi ... 45
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN ... 50
5.1. Kesimpulan ... 50
5.2. Saran ... 50
DAFTAR PUSTAKA ... 51
DAFTAR GAMBAR
Nomor Judul Halaman
2.1. Anatomi Kuku ... 8
2.2. Onikomikosis Subungual Distal dan Lateral ... 10
2.3. Onikomikosis Superfisial Putih ... 11
2.4. Onikomikosis Subungal Proksimal ... 12
2.5. Onikomikosis Distrofik Total ... 12
2.6. Onikomikosis Candida ... 13
2.7. Bagan Proses Tehnik PCR ... 19
2.8. Elektroforesis Gel Agarose untuk Amplifikasi Hasil PCR dalam Menemukan Elemen Jamur pada Onikomikosis ... 20
2.9. Bentuk Elektroforesis ITS-RFLP untuk Identifikasi Jamur Dermatofita ... 21
2.10. Strategi Pemeriksaan Agen Jamur Penyebab Infeksi ... 22
2.11. Diagram Kerangka Teori ... 23
2.12. Diagram Kerangka Konsep ... 24
DAFTAR TABEL
Nomor Judul Halaman
4.1. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Jenis Kelamin ... 38
4.2. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Umur ... 39
4.3. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Pekerjaan ... 40
4.4. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Gambaran Klinis ... 41
4.5. Karakteristik Subjek Penelitian Berdasarkan Lokasi Kuku ... 42
4.6. Distribusi Frekuensi Jenis Jamur Pada Kultur Penderita Onikomikosis di Rumah Sakit H. Adam Malik Medan Tahun 2014 ... 43
4.7. Distribusi Frekuensi Jenis Jamur Pada PCR-RFLP Penderita Onikomikosis di Rumah Sakit H. Adam Malik Medan Tahun 2014………... ... 43
4.8. Distribusi Subjek Penelitian pada Pemeriksaan PCR-RFLP Dibandingkan dengan Pemeriksaan Kultur Jamur ... 45
DAFTAR SINGKATAN
dATP : Deoxyadenin triphosphates dCTP : Deoxycystein triphosphates dGTP : Deoxyguanin triphosphates DNA : Deoxyribonucleic Acid
dNTPs : Deoxynucleotide triphosphates dTTP : Deoxythymin triphosphates FDA : Food and Drug Administration ITS : Internal Transcribed Spacer NPV : Negative Predictive Value OK : Onikomikosis Kandida
OSD : Onikomikosis Subungual Distal OSP : Onikomikosis Subungual Proksimal OSPT : Onikomikosis Superfisial Putih PAS : Periodic Acid Schiff
PCR : Polymerase Chain Reaction
PCR-RFLP : Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length
Polymorphism
PDA : Potato Dextrose Agar PPV : Positive Predictive Value RKN : Rasio Kemungkinan Negatif RKP : Rasio Kemungkinan Positif SDA : Sabouraud’s Dextrose Agar TAPJ : Tidak ada pertumbuhan jamur
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1. Lembar Penjelasan kepada Calon Subjek Penelitian
Lampiran 2. Lembar Persetujuan Setelah Penjelasan (Informed Consent) Lampiran 3. Status Penelitian
Lampiran 4. Output SPSS Lampiran 5. Foto-foto Sampel Lampiran 6. Foto-foto Proses PCR Lampiran 7. Master Tabel
