DETEKSI GEN P16 PADA KARSINOMA SEL SKUAMOSA RONGGA MULUT DARI SAMPEL BLOK PARAFIN LIDAH PENDERITA KARSINOMA SEL
SKUAMOSA LIDAH DI RSUD DR. MOEWARDI
SKRIPSI
Untuk Memenuhi Persyaratan Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran
CORAEGA GENA ERNESTINE G.0010046
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET
Surakarta 2013 commit to user
ii
PENGESAHAN SKRIPSI
Skripsi dengan judul: Deteksi Gen P16 pada Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut dari Sampel Blok Parafin Lidah Penderita Karsinoma Sel
Skuamosa Lidah di RSUD Dr. Moewardi.
Coraega Gena Ernestine, NIM: G.0010046, Tahun: 2013
Telah diuji dan sudah disahkan di hadapan Dewan Penguji Skripsi Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta
Pada Hari Selasa, Tanggal 1 Oktober 2013
Pembimbing Utama
Nama : Dr. Pradipto Subiyantoro, drg., SpBM
NIP : 19570629 198403 1 003 (...) Pembimbing Pendamping
Nama : Vita Nirmala A, drg., SpPros., SpKG
NIP : 19660827 199403 2 003 (...)
Penguji Utama
Nama : Dr. Risya Cilmiaty AR, drg., M.Si., SpKG
NIP : 19580710 198610 2 001 (...) Penguji Pendamping
Nama : Widia Susanti, drg., M.Kes
NIP : 19690216 200401 2 002 (...)
Surakarta, ……….…………..
Ketua Tim Skripsi Dekan FK UNS
Ari Natalia Probandari, dr., MPH, PhD Prof. Dr. Zainal Arifin Adnan, dr., SpPD-KR-FINASIM
NIP 19751221 200501 2 001 NIP 19510601 197903 1 002
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
iii
PERNYATAAN
Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi dan sepanjang pengetahuan penulis juga tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu dalam naskah dan disebutkan dalam daftar pustaka.
Surakarta, 24 September 2013
Coraega Gena Ernestine NIM. G.0010046
commit to user
i
PERSETUJUAN
Skripsi dengan judul : Deteksi Gen P16 Pada Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut dari Sampel Blok Parafin Lidah Penderita Karsinoma Sel
Skuamosa Lidah di RSUD Dr. Moewardi.
Coraega Gena Ernestine, NIM: G0010046, Tahun 2013
Telah disetujui untuk diuji di hadapan Tim Ujian Skripsi Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta
Pada Hari , Tanggal 2013
Pembimbing Utama Penguji Utama
Dr. Pradipto Subiyantoro, drg.,SpBM.
NIP. 19570629 198403 1 003
Dr. Risya Cilmiaty AR, drg,M.Si.,SpKG.
NIP. 19580710 198610 2 001
Pembimbing Pendamping Anggota Penguji
Vita Nirmala A., drg.,SpPros.,SpKG.
NIP. 19660827 199403 2 003
Widia Susanti, drg.,M.Kes.
NIP. 19690216 200401 2 002
Tim Skripsi
Ari Natalia Probandari, dr.,MPH,PhD.
NIP. 19751221 200501 2 001
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
iv ABSTRAK
Coraega Gena Ernestine, G0010046, 2013, Deteksi Gen P16 pada Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut dari Sampel Blok Parafin Lidah Penderita Karsinoma Sel Skuamosa Lidah di RSUD Dr. Moewardi. Skripsi, Fakultas Kedokteran, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
Latar Belakang: Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut (KSSRM) merupakan bagian dari kanker di daerah kepala dan leher yang menempati peringkat ke-10 kanker terbanyak di dunia dengan distribusi geografis yang luas. Kasus karsinoma sel skuamosa rongga mulut selalu ditemukan dalam stadium lanjut. Gen p16 (CDKN2a/INK4a) adalah tumor suppressor gene yang penting dalam proses karsinogenesis. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi ekspresi gen p16 pada karsinoma sel squamosa rongga mulut dari sampel Blok Parafin lidah penderita karsinoma sel skuamosa lidah di RSUD Dr. Moewardi dan peran gen p16 dalam menghambat terjadinya tumor.
Metode: Produk DNA yang digunakan adalah hasil isolasi DNA dari 14 sampel Blok Parafin karsinoma sel skuamosa lidah di RSUD Dr. Moewardi. Produk isolasi DNA kemudian digunakan sebagai cetakan untuk amplifikasi PCR gen p16 menggunakan primer yang didesain dengan urutan basa yang disimpan di GeneBank. Hasil amplifikasi PCR selanjutnya dielektroforesis dengan gel agarose dan divisualisasi untuk mendeteksi ada tidaknya gen p16. Selanjutnya hasil yang diperoleh dianalisis dan disajikan dalam bentuk deskriptif.
Hasil: Berdasarkan hasil identifikasi sampel hanya 6 sampel dari 14 sampel yang terdiagnosis karsinoma sel skuamosa rongga mulut. Dari ke-6 sampel hanya satu sampel yang positif terdeteksi gen p16. Pola pita DNA terdeteksi pada gel agarose 3% saat divisualisi setelah dilakukan elektroforesis. Pola pita DNA tervisualisasi dengan intensitas yang rendah dan terdapat smear. Pada ke-5 sampel lainnya pola pita DNA terdeteksi di bawah marker, sehingga menunjukkan hasil yang negatif tidak terdeteksi gen p16.
Simpulan: Dari ke-6 sampel yang terdiagnosis karsinoma sel skuamosa rongga mulut hanya satu sampel yang positif terdapat ekspresi gen p16. Kesalahan dalam analisis molekuler dan tingkat diferensiasi tumor dapat menjadi penyebab hasil negatif pada penelitian. Oleh karena itu perlu penelitian lebih lanjut untuk mendeteksi adanya ekspresi gen p16 pada karsinoma sel skuamosa rongga mulut.
Kata kunci: Gen p16, Sampel Blok Parafin, Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut.
commit to user
v ABSTRACT
Coraega Gena Ernestine, G0010046, 2013, Detection of P16 Gene on Oral Squamous Cell Carcinoma from Paraffin Block of Tangue Squamous Cell Carcinoma Patients in RSUD Dr. Moewardi. Mini Thesis, Faculty of Medicine, Sebelas Maret University, Surakarta.
Background: Oral squamous cell carcinoma are part of the cancer in the head and neck which ranks 10th most cancers in the world with a wide geographical distribution. Oral squamous cell carcinoma is found in the late stage. P16 gene (CDKN2a/INK4a) is an important tumor suppressor gene in carcinogenesis. This study aims to detect expression of p16 gene on oral squamous cell carcinoma from Paraffin Block of tangue squamous cell carcinoma in RSUD Dr. Moewardi.
Methods: DNA product was used in this study is isolated from 14 samples of Paraffin Block of tangue squamous cell carcinoma patients in RSUD Dr.
Moewardi. DNA isolation products then used as a template for PCR amplification of the p16 gene using primers were designed with the base sequences deposited in GeneBank. PCR amplification products electrophoresed by agarose gel electrophoresis and visualized to detect the presence of the p16 gene. The results was obtained are analyzed and presented in descriptive.
Results: Based on samples identification only 6 samples of 14 samples were diagnosed with oral squamous cell carcinoma. From 6 samples only one are positive detected expression of p16 gene. DNA bands was detected in 3% agarose gel after electrophoresis. DNA bands visualized with low intensity and there was a smear. On the 5th other samples, DNA bands was detected under the marker, thus indicating a negative result or not detectable expression of p16 gene.
Conclusions: From 6 samples were diagnosed with oral squamous cell carcinoma, only one are positive sample contained expression of p16 gene. Errors in the molecular analysis and tumor differentiation level can be the cause of the negative results in this study. Therefore need for further research to detect expression of p16 gene on oral squamous cell carcinoma.
Keywords : P16 gene, Paraffin Block, oral squamous cell carcinoma.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
vi PRAKATA
Puji syukur penulis haturkan ke hadirat Allah SWT karena atas karunia-Nya penulis dapat menyelesaikan skripsi dengan judul ”Deteksi Peran Gen P16 pada Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut dari Sampel Blok Parafin Lidah Penderita Karsinoma Sel Skuamosa Lidah di RSUD Dr. Moewardi.”. Penelitian dan penulisan skripsi ini dapat terlaksana dengan baik berkat bantuan, bimbingan, dan petunjuk dari berbagai pihak. Untuk itu, penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada:
1. Prof. Dr. Zainal Arifin A, dr., Sp.PD-KR-FINASIM selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret, Surakarta.
2. Ari Natalia Probandari, dr., MPH, PhD selaku Ketua Tim Skripsi FK UNS.
3. Dr. Pradipto Subiyantoro, drg., SpBM selaku Pembimbing Utama yang telah menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesainya skripsi ini.
4. Vita Nirmala A, drg., SpPros., SpKG selaku Pembimbing Pendamping yang telah menyediakan waktu untuk membimbing hingga terselesainya skripsi ini.
5. Dr. Risya Cilmiaty AR, drg., M.Si., SpKG selaku Penguji Utama yang telah memberikan bimbingan, kritik dan saran demi kesempurnaan penulisan skripsi ini.
6. Widia Susanti, drg., M.Kes selaku Penguji Pendamping yang telah memberikan bimbingan, kritik dan saran demi kesempurnaan penulisan skripsi ini.
7. Seluruh Dokter dan Staf dari SMF Gigi dan Mulut serta SMF Patologi Klinik RSUD Dr. Moewardi, Surakarta.
8. Seluruh Dosen dan Staf Laboratorium Biomedik FK UNS.
9. Bagian Skripsi FK UNS yang turut memberi kelancaran pembuatan skripsi ini.
10. Ayahanda Tri Broto Sulistyo, Ibunda Endang Nursanti serta Adik-adik Deabeata dan Alvaola yang selalu mendewasakan dan memberikan teladan yang tiada henti mendoakan dan memberikan semangat dari jauh bagi penulis.
11. Rekan-rekan Giluters: Jinan Fairuz, M Rama Anshorie dan Nabiel yang setia berjuang bersama bahu membahu hingga selesainya skripsi ini.
12. Sahabat-sahabat terdekat, Lia, Steffi, Faiz, Agil, Shofri, Wahyu, Digitiminimers, dan Maleo Asyikers atas keceriaan, semangat dan doa hingga penelitian ini terselesaikan.
13. Rekan-rekan Kementerian Sosial dan Rekan Menteri Kabinet Harmonis BEM FK UNS atas keceriaan, semangat dan doa hingga penelitian ini terselesaikan.
14. Rekan-rekan dan pihak yang tidak dapat saya sebutkan satu-persatu yang turut mendukung skripsi ini.
Penulis menyadari bahwa skripsi ini masih banyak kekurangan dan jauh dari kata sempurna. Penulis mengharapkan saran dan kritik yang membangun demi kebaikan skripsi ini. Akhir kata penulis berharap semoga skripsi ini dapat bermanfaat bagi dunia kedokteran umumnya dan pembaca khususnya.
Surakarta, 24 September 2013
Coraega Gena Ernestine commit to user
vii DAFTAR ISI
Halaman
PRAKATA ... vi
DAFTAR ISI ... vii
DAFTAR TABEL ... ix
DAFTAR GAMBAR ... x
DAFTAR LAMPIRAN ... xi
BAB I PENDAHULUAN A. Latar Belakang ... 1
B. Perumusan Masalah... 3
C. Tujuan Penelitian... 3
D. Manfaat Penelitian... 4
BAB II LANDASAN TEORI A. Tinjauan Pustaka ... 5
1. Rongga Mulut ... 5
a. Anatomi Rongga Mulut ... 5
b. Fungsi Rongga Mulut ... 6
2. Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut... 6
a. Etiologi... 7
b. Patogenesis ... 9
c. Aspek Molekuler pada Karsinogenesis Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut... 11
3. Karsinogenesis ... 12
4. Gen p16 ... 14
B. Kerangka Pemikiran ... 16
BAB III METODE PENELITIAN A. Jenis Penelitian ... 17
B. Lokasi Penelitian ... 17
C. Subjek Penelitian ... 17
D. Objek Penelitian ... 17
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
viii
E. Alur Penelitian... 18
F. Alat dan Bahan Penelitian ... 18
1. Alat Penelitian ... 18
2. Bahan Penelitian ... 19
G. Cara Kerja ... 20
1. Preparasi Sampel ... 20
2. Isolasi DNA ... 20
3. PCR ... 23
4. Elektroforesis ... 25
H. Analisis Data ... 27
BAB IV HASIL PENELITIAN A. Identifikasi Sampel ... 28
B. Isolasi DNA Sampel ... 28
C. Amplifikasi PCR ... 29
D. Elektroforesis ... 29
E. Analisis Hasil Visualisasi Gen p16 ... 33
F. Hasil Analisis Data ... 37
BAB V PEMBAHASAN ... 38
BAB VI PENUTUP A. Simpulan... 46
B. Saran ... 47
DAFTAR PUSTAKA ... 48
LAMPIRAN ... 53
commit to user
ix
DAFTAR TABEL
Halaman
Tabel 2.1 Clinical Staging dari Karsinoma Sel Skuamosa Rongga Mulut ... 11
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
x
DAFTAR GAMBAR
Halaman Gambar 2.1 Anatomi Rongga Mulut ... 5 Gambar 2.2 Karsinoma Sel Skumosa Rongga Mulut ... 7 Gambar 2.3 Genomic Location Gen p16 pada Kromosom 9p21 Manusia ... 14 Gambar 2.4 Kerangka Pemikiran ... 16 Gambar 3.1 Skema Alur Penelitian ... 18 Gambar 4.1 Hasil Visualisasi Elektroforesis dengan Gel Agarose 2% ... 31 Gambar 4.2 Hasil Visualisasi Elektroforesis Sampel 1 s.d 12 dengan Gel Agarose 3% ... 31 Gambar 4.3 Hasil Visualisasi Elektroforesis Sampel 13 s.d 14 dengan Gel agarose 3% ... 32
Gambar 4.4 Hasil Visualisasi Deteksi Gen p16 di Lajur S4, S7, S8, S11, S12 dan S14 dengan Gel Agarose 2% ... 32 Gambar 4.5 Hasil Visualisasi Deteksi Gen p16 di Lajur S4, S7, S8, S11, dan S12 dengan Gel Agarose 3% ... 34 Gambar 4.6 Hasil Visualisasi Deteksis Gen p16 pada Lajur S14 dengan Gel Agarose 3% ... 35
commit to user
xi
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 1. Hasil Identifikasi Rekam Medik Sampel.
Lampiran 2. Surat Izin Penelitian dari Fakultas Kedokteran UNS.
Lampiran 3. Surat Izin Peminjaman Status Pasien di SMF Rekam Medik dari SMF Gigi dan Mulut RSUD Dr. Moewardi.
Lampiran 4. Sekuens Gen p16.
Lampiran 5. Aligment Sequence Primer Gen P16 pada Sequence Gen P16.
Lampiran 6. Dokumentasi Kegiatan.
Lampiran 7. Ethical Clearance.
perpustakaan.uns.ac.id digilib.uns.ac.id
commit to user
