Biotropika: Journal of Tropical Biology (2)

(1)

(2)

Biotropika: Journal of Tropical Biology. 2020. 8(2)

E-ISSN: 2549-8703

Biotropika: Journal of Tropical Biology

Biotropika: Journal of Tropical Biology is a scientific journal published by Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya established since 2013. Biotropika: Journal of Tropical Biology is a peer-reviewed journal that strives to provide scientific information on the research results which focused on biological science in tropical regions including biotechnology, biodiversity, microbiology and environmental sciences. Biotropika: Journal of Tropical Biology publishes three issues each year.

(Biotropika: Journal of Tropical Biology adalah jurnal ilmiah yang diterbitkan oleh Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Brawijaya sejak 2013. Biotropika: Journal of Tropical Biology adalah jurnal yang ditelaah oleh mitra bestari yang menyediakan informasi ilmiah tentang hasil-hasil penelitian yang fokus pada kajian biologi di wilayah tropis meliputi bioteknologi, biodiversitas, mikrobiologi dan ilmu lingkungan. Biotropika: Journal of Tropical Biology menerbitkan tiga isu/nomor setiap tahun).

EDITORIAL TEAM Editor in Chief

Yoga Dwi Jatmiko, M.App.Sc., Ph.D (Scopus ID: 57192984241)

Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Managing Editor

Eko Suyanto, M.Sc (Scopus ID: 57218242359)

Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Muhammad Yusuf, M.Si

Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya Editorial Board

Prof. Sutiman Bambang Sumitro, DSc (Scopus ID: 55218596400)

Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Brawijaya

Prof. Widodo, PhD. Med.Sc (Scopus ID: 57190247745)

Prof. Muhaimin Rifa’i, PhD. Med.Sc (Scopus ID: 8269391600)

Luchman Hakim, M.Agr.Sc., Ph.D (Scopus ID: 55293349000)

Rodiyati Azrianingsih, M.Sc., PhD (Scopus ID: 56560101900)

Amin Setyo Leksono, M.Si., Ph.D (Scopus ID: 12445990300)

Zulfaidah Penata Gama, M.Si., Ph.D (Scopus ID: 55573337700)

Sugiono Saputra, Ph.D (Scopus ID: 57076979100)

Mikrobiologi Division, Research Center for Biology, Indonesian Institute of Sciences, Indonesia

Dr. Sundari, M.Pd

(Scopus ID: 57204425264)

Biology Education, Faculty of Education, University of Khairun, Ternate, Indonesia

(3)

Editorial Team would like to thank to peer reviewer who has been invited by Biotropika: Journal of Tropical Biology Volume 8 Number 2, 2020

Dr. Sentot Raharjo

Akademi Farmasi Putra Indonesia Malang, Indonesia Galuh Wening Permatasari, M.Sc.

INBIO Indonesia Sutomo, Ph.D.

Pusat Penelitian Konservasi Tumbuhan dan Kebun Raya 'Eka Karya Bali', Indonesia Brian Rahardi, M.Sc.

Biology Department, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia Bagus Priambodo, M.Sc

Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Negeri Malang

Nur Rohmatin Isnaningsih

Bidang Zoologi, Puslit Biologi - Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia Dr. Dra. Catur Retnaningdyah, M.Si.

Biology Department, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia Bayu Agung Prahardika, M.Si.

Biology Department, UIN Maulana Malik Ibrahim, Malang, Indonesia Dr. Kurniasih Sukenti

Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Mataram, Indonesia Novita Kartika Indah, M.Si.

Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Negeri Surabaya

Sugiyono, Ph.D

Microbiology Division, Research Center for Biology, Indonesian Institute of Sciences Dr. Siska Aditya

Veterinary Medicine, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia Viky Vidayanti, M.Si.

Biology Department, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia Dr. Retno Wimbaningrum

Biology Department, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Jember Prof. Amin Setyo Leksono, Ph.D.

Biology Department, Universitas Brawijaya, Malang, Indonesia Dr. Barlah Rumhayati

(4)

All of our gratitude goes to Almighty God because of His blessed, Biotropika: Journal of Tropical Biology publishes scientific writing which are the research results from researchers and academicians.

In this edition, Biotropika: Journal of Tropical Biology presents various research in tropical biology perspective. One of the articles presented in English that give a report about virtual inhibition analysis of progesterone receptor and lonaprisan by brazilin from secang (Caesalpinia sappan L) in breast cancer proliferation. The utilization of DNA barcoding to identify gastropod has reported in the study of analysis of growth patterns and DNA barcoding using COI gene to identify Turbo stenogyrus P. Fischer, 1873 which is DNA sequence is 650bp. Biodiversity of benthos also reported in the study of macrozoobenthos diversities in Ciwulan river, Tasikmalaya regency, West Java. The results showed that the biodiversity of macrozoobenthos have a moderate level with relatively stable environmental conditions and also found 21 species of gastropod, 2 species of bivalve and 1 species of crustacean. Biodiversity study also reported in the study of epilithic diatom diversity and its potential as bioindicator of river quality in Coban Tarzan, Malang regency that found 8 genera of diatom with moderate level of diversity. Exploration of plant in ethnobotany perspective was interesting to study of plants diversity and socio-cultural value associated with local wisdom. Totally, 17 species of food plants were found at Kondang Merak forest and 20 species of food plants were found on home gardens as additional foodstuffs including tubers, vegetables, fruits, spices and beverage ingredients. Other research result reported about effect of CSN1S2 protein from milk and yogurt of ethawah crossbreed goat against microbiota composition in fecal RA rat model based on 16S rRNA gene analysis. The growth of invasive species Acacia decurrens Willd. on the mount Merapi national park was interested to study because it can disrupt the growth of restoration core plants so that the research was conducted to determine the growth characteristics of trees A. decurrens after eruption and the effect of the shade of canopy A. decurrens on the growth rate of restoration plants. Last, the research result was reported about effect of riparian zone disturbance on ecosystem services on the upper Brantas river which is analyzed by using Prati index, naturalness index and hemeroby index.

The publication of this edition is also a hard work and the attention of many parties, therefore the Editorial team thank to the reviewers who willing to provide inputs and criticisms for improving the writing quality. The members of the editors who have spent their time to let this issue can be published properly. May the articles in this journal can be beneficial to the readers and be a reference for future studies.

Regards, Editorial Team

(5)

Segala puji syukur kita panjatkan kepada Tuhan YME karena atas karunia-Nya, Biotropika: Journal of Tropical Biology kembali menerbitkan berbagai tulisan ilmiah yang merupakan hasil penelitian dari para peneliti dan akademisi.

Pada edisi ini, Biotropika: Journal of Tropical Biology menyajikan berbagai hasil penelitian di bidang biologi tropika. Salah satu artikel ilmiah disajikan dalam bahasa Inggris mengenai analisis penghambatan virtual antara brazilin yang merupakan senyawa aktif pada secang (Caesalpinia sappan L) dengan reseptor progesteron atau lonaprisan pada proliferasi sel kanker payudara. Pendekatan analisis DNA barcoding dalam identifikasi gastropoda juga dilaporkan dalam penelitian analisa pola pertumbuhan dan pendekatan DNA barcoding menggunakan gen COI untuk identifikasi Turbo stenogyrus yang menghasilkan panjang sekuen DNA yaitu 650bp. Keanekaragaman benthos dilaporkan pada penelitian diversitas makrozoobenthos di sungai Ciwulan, Kabupaten Tasikmalaya Jawa Barat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keanekaragaman makrozoobenthos memiliki kategori sedang dengan kondisi lingkungan yang relatif stabil serta ditemukan 21 spesies gastropoda, 2 spesies bivalvia dan 1 spesies crustacea. Kajian diversitas juga dilaporkan dalam studi keanekaragaman diatom epilitik serta potensinya sebagai bioindikator kualitas perairan sungai di Coban Tarzan Kabupaten Malang yang menemukan 8 genus diatom dengan tingkat keanekaragaman sedang. Eksplorasi tanaman dari sudut pandang etnobotani sangat menarik untuk mengkaji diversitas tanaman dan nilai-nilai sosio-kultural yang berkaitan dengan kearifan lokal. Total ditemukan sebanyak 17 spesies tanaman pangan dari hutan Kondang Merak dan 20 spesies tanaman pangan dari pekarangan rumah yang termasuk umbi-umbian, sayuran, buah-buahan, bumbu dan aroma masakan serta bahan minuman. Hasil penelitian yang lain melaporkan pengaruh protein CSN1S2 dari susu dan yogurt kambing peranakan ethawah terhadap komposisi mikrobiota pada feses tikus model penyakit rheumatoid arthritis (RA) berdasarkan analisis gen 16S rRNA. Pertumbuhan jenis tanaman invasif Acacia decurrens Willd pada area restorasi di taman nasional gunung Merapi menjadi perhatian serius karena mengganggu pertumbuhan tanaman inti restorasi sehingga penelitian dilakukan untuk mengetahui karakteristik pertumbuhan riap pohon A. decurrens pasca erupsi dan pengaruh naungan tajuk A. decurrens terhadap laju pertumbuhan tanaman restorasi. Laporan hasil penelitan yang terakhir pada terbitan ini melaporkan tentang pengaruh gangguan pada zona riparian terhadap jasa layanan ekosistem hulu sungai Brantas yang dianalisis menggunakan indeks Prati, indeks naturalness dan indeks hemeroby.

Penerbitan edisi ini juga atas kerja keras dan perhatian banyak pihak, oleh karena itu redaksi Biotropika: Journal of Tropical Biology mengucapkan terima kasih kepada para mitra bestari yang berkenan memberikan masukan dan kritik untuk peningkatan kualitas tulisan. Para anggota redaksi yang telah meluangkan waktunya agar edisi ini dapat terbit dengan baik. Semoga tulisan hasil penelitian dalam jurnal ini dapat bermanfaat bagi pembaca dan menjadi rujukan untuk penelitian-penelitian berikutnya.

Hormat kami, Dewan redaksi

(6)

Editorial Team . ... i Preface ... iii Table of Contents ... iv Analisis Penghambatan Virtual Antara Senyawa Bioaktif Brazilin Secang (Caesalpinia sappan L) dengan Reseptor Progesteron atau Lonaprisan pada Proliferasi Sel Kanker Payudara ... 62 Pertumbuhan Jenis Invasif Acacia decurrens Wild. dan Pengaruh Naungannya Terhadap Tanaman Restorasi ... 71 Analisis Pola Pertumbuhan dan Pendekatan DNA Barcoding untuk Identifikasi Turbo stenogyrus P. Fischer, 1873 (Mollusca : Gastropoda) ... 79 Diversitas Makrozoobenthos di Sungai Ciwulan, Kabupaten Tasikmalaya, Jawa Barat ... 89 Etnobotani Tanaman Pangan dari Hutan dan Pekarangan Rumah pada Masyarakat di Pemukiman Kondang Merak, Malang Selatan ... 98 Pengaruh Protein CSN1S2 dari Susu dan Yogurt Kambing Peranakan Ethawah Terhadap Komposisi Mikrobiota pada Feses Tikus RA-CFA ... 106 Studi Keanekaragaman Diatom Epilitik Serta Potensinya Sebagai Bioindikator Kualitas Perairan Sungai di Coban Tarzan, Kabupaten Malang ... 116 Pengaruh Gangguan pada Zona Riparian Terhadap Jasa Layanan Ekosistem Hulu Sungai Brantas ... 125 Author guideline ………App 1