PENUTUP - Laporan Praktikum Instrumentasi Sumber Daya Ikan

3. Haplotype network adalah proses analisa dari sekelompok alel dalam suatu organisme yang diwariskan dari induk atau nenek moyang terdahulu kepada keturunannya, dengan menganalisis dan memvisualisasikan hubungan antara urutan sekuen DNA di dalam suatu spesies atau populasi.

Analisis menggunakan 3 software MEGA, DNA SP, dan popART dimana didapati hasil perbedaan basa nukleotida dalam setiap haplotype. Analisis menunjukkan bahwa 4 haplotype memiliki hubungan yang selinear, dengan percabangan antar haplotype menunjukkan jumlah mutasi antara mereka.

5.2 Saran

Pada praktikum Instrumentasi Sumber Daya Ikan 2024 ini informasi yang disampaikan kurang begitu jelas dan untuk informasi asistensi juga sempat mendadak. Akibatnya para praktikan belum siap dan asistensi yang dilakukan kurang efektif. Saran untuk kedepannya informasi yang diberikan tidak mendadak dan informasi yang penting sebaiknya disampaikan langsung kepada seluruh praktikan karena terkadang informasi hanya diberikan kepada co kelompok, sehingga terkadang anggota kelompok masih bingung dengan informasi yang disampaikan.

DAFTAR PUSTAKA

Akbar, N. N., Pertiwi, D., Zamani, N. P., Subhan, B., & Madduppa, H. H. (2020).

Studi pendahuluan genetika populasi ikan tuna sirip kuning (Thunnus albacares) dari dua populasi di laut Kepulauan Maluku, Indonesia. Depik, 9(1), 95-106.

Ariyanto, D., Carman, O., Soelistyowati, D. T., Zairin Jr, M., & Syukur, M. (2018).

Karakteristik fenotipe dan genotipe lima strain ikan mas di Jawa Barat dan Banten. Jurnal Riset Akuakultur, 13(2), 93-103.

Bashir, A., Kumar, R., Bisht, B., Patiyal, R., Mir, J., & Singh, A. (2015). Molecular characterization of Cyprinus carpio var. communis and Carassius carassius from kashmir. SKUAST Journal of Research, 17, 1-7.

Carrizo García, C., Barfuss, M. H., Sehr, E. M., Barboza, G. E., Samuel, R., Moscone, E. A., & Ehrendorfer, F. (2016). Phylogenetic relationships, diversification and expansion of chili peppers (Capsicum, Solanaceae).

Annals of botany, 118(1), 35-51.

Damayanti, P., Bhagawati, D., & Setyaningrum, N. (2022). Identifikasi dan kekerabatan fenotipe ikan familia Cyprinidae asal Waduk Sempor, Jawa Tengah. EKOTONIA: Jurnal Penelitian Biologi, Botani, Zoologi dan Mikrobiologi, 7(1), 1-14.

Dewi, E. R. S., Widyastuti, D. A., & Nurwahyunani, A. (2021). Buku ajar bioteknologi. Universitas PGRI Semarang Press

Fietri, W. A., Rasak, A., & Ahda, Y. (2021). Analisis filogenetik Ikan Tuna (Thunnus spp) di Perairan Maluku Utara cenggunakan COI (Cytocrome Oxydase I).

BIOMA: Jurnal Biologi Makassar, 6(2), 31-39.

Halimah, P., & Nursia, N. (2023). Studi morfologi dan fenetik ikan sidat (Anguilla sp.) di Kabupaten Malinau, Provinsi Kalimantan Utara. Borneo Journal of Biology Education (BJBE), 5(1), 60-70.

Hamsir, W., & Lamadi, A. (2024). Pengaruh penambahan ekstrak buah pepaya muda terhadap tingkat pertumbuhan dan kelangsungan hidup ikan mas (Cyprinus carpio). Research Review: Jurnal Ilmiah Multidisiplin, 3(1), 12- 19.

Haygood, A., & Jha, R. (2018). Strategies to modulate the intestinal microbiota of Tilapia (Oreochromis sp.) in aquaculture: a review. Reviews in Aquaculture, 10, 320-333. https://doi.org/10.1111/RAQ.12162.

Hidayat, T., & Pancoro, A. (2016). Ulasan kajian filogenetika molekuler dan peranannya dalam menyediakan informasi dasar untuk meningkatkan kualitas sumber genetik anggrek. Jurnal AgroBiogen, 4(1), 35-40.

Ibáñez, A. L., & Jawad, L. A. (2018). Morphometric variation of fish scales among some species of rattail fish from New Zealand waters. Journal of the Marine Biological Association of the United Kingdom, 98(8), 1991-1998.

Kapli, P., Yang, Z., & Telford, M. J. (2020). Phylogenetic tree building in the genomic age. Nature Reviews Genetics, 21(7), 428-444.

K., Wulansari, P., & Dewi, N. (2018). The host preference and impact of Argulus japonicus ectoparasite on cyprinids in Central Java, Indonesia. IOP Conference Series: Earth and Environmental

Laimeheriwa, B. M. (2017). Phenetic relationship study of gold ring cowry, Cypraea annulus (gastropods: cypraeidae) in Mollucas Islands based on shell morphological. Fisheries and Aquaculture Journal, 8(3), 1000215.

Lamichhaney, S., Berglund, J., Almén, M. S., Maqbool, K., Grabherr, M., Martinez- Barrio, A., ... & Andersson, L. (2015). Evolution of Darwin’s finches and their beaks revealed by genome sequencing. Nature, 518(7539), 371-375.

Maisa, B. A. (2019). Penggunaan workflows dalam aplikasi bioinformatika geneious untuk menganalisis data genomik. Jurnal Kesehatan Andalas, 8(1S), 47-50.

Naz, S. (2021). Molecular analysis revealed genetic decline in hatchery-produced Cyprinus carpio. Pakistan Journal of Agricultural Sciences.

Nugroho, E., Widiyati, A., Imron, I., & Kadarini, T. (2017). Keragaman genetik ikan nila GIFT berdasarkan polimorfisme mitokondria DNA d-loop. Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia, 8(3), 1-6.

Paradhiba, A., Suhermansyah, S., & Mukti, R. (2023). Enlargement of tilapia (Oreochromis niloticus) in swift water ponds at the Bedegung Fish Seed Center, Muara Enim, South Sumatera. Acta Aquatica: Aquatic Sciences Journal.

Paradis, E. (2018). Analysis of haplotype networks: the randomized minimum spanning tree method. Methods in Ecology and Evolution, 9(5), 1308-1317.

Putra, E., Razak, A., & Sumarmin, R. (2021). Analisis Filogenetik Cyprinus carpio ruang lingkup Asia Timur dan Eropa berdasarkan genom mitokondria., 8, 166.

Rana, K. M. S., Ahammad, K., & Salam, M. A. (2020). Bioinformatics: scope and challenges in aquaculture research of Bangladesh-a review. International Journal of Agricultural Research, Innovation and Technology (IJARIT), 10(2), 137-145.

Saputry, A. M., & Latuconsina, H. (2022). Evaluasi pembenihan ikan nila (Oreochromis niloticus) di Instalasi Perikanan Budidaya, Kepanjen- Kabupaten Malang. JUSTE (Journal of Science and Technology), 3(1), 80- 89.

Savitri, L., Setiawan, A., Kasimo, E., Juwita, S., Antoro, E., & Wulansari, I. (2022).

Poliploidi pada Ikan Mas (Cyprinus carpio L.) dengan Induksi Kejutan Panas Melalui Metode Perhitungan Jumlah Nukleolus. Jurnal Veteriner.

Schwamborn, R., Mildenberger, T. K., & Taylor, M. H. (2019). Assessing sources of uncertainty in length-based estimates of body growth in populations of fishes and macroinvertebrates with bootstrapped ELEFAN. Ecological Modelling, 393, 37-51.

Setiawan, A., & Wibisono, S. (2018). Case Based Reasoning Untuk Mendiagnosa Penyakit dan Hama Pada Tanaman Mangga Menggunakan Algoritma Similaritas Sorgenfrei. Dinamik, 23(1), 1-10.

Subekti, R., Syafril, M., & , F. (2016). Prospek pengembangan usaha pembenihan ikan mas (Cyprinus carpio L) dalam kolam di Desa Ponoragan Kecamatan Loa Kulu Kabupaten Kutai Kartanegara. Jurnal Pembangunan Perikanan dan Agribisnis.

Tindi, M., Mamangkey, N. G. F., & Wullur, S. (2017). DNA Barcode dan analisis filogenetik molekuler beberapa jenis bivalvia asal perairan Sulawesi Utara berdasarkan gen COI. Jurnal Pesisir dan Laut Tropis, 5(2), 32-38.

Vajargah, M. (2021). A review of the physiology and biology of Nile tilapia (Oreochromis niloticus). Journal of Aquaculture & Marine Biology.

Valkiunas, G., Ilgunas, M., Bukauskaite, D., Duc, M., & Iezhova, T. A. (2021).

Description of Haemoproteus asymmetricus n. sp.(Haemoproteidae), with remarks on predictability of the DNA haplotype networks in haemosporidian parasite taxonomy research. Acta Tropica, 2(18), 105905.

Wirdateti, W., & Kuswandi, P. C. (2015). Penanda genetik tarsius (Tarsius Spp.) dengan menggunakan gen Cytochrome Oxidase I (COI) DNA mitokondria (MtDNA) melalui metode sekuensing. Jurnal Biologi Indonesia, 11(2), 275- 284.

Xu, J., Jiang, Y., Zhao, Z., Zhang, H., Peng, W., Feng, J., Dong, C., Chen, B., Tai, R., & Xu, P. (2019). Patterns of geographical and potential adaptive divergence in the genome of the Common Carp (Cyprinus carpio). Frontiers in Genetics, 10.

LAMPIRAN

Lampiran 1. Dokumentasi Pengukuran Ikan

CPD (Tinggi pangkal ekor ) CPL (Panjang pangkal ekor )

DBL (Panjang dasar sirip dorsal) TL (Panjang total)

ABL (Panjang dasar sirip anal) BD (Tinggi badan)

BW (Lebar badan) DFH (Tinggi sirip dorsal)

SLN (Panjang moncong) HD (Tinggi kepala)

HL (Panjang kepala ) HW (Lebar kepala)

IW (Jarak antar mata ) ICLL (Panjang sirip ekor bagian bawah)

45 LMCL (Panjang sirip ekor bagian

tengah )

LUCL (Panjang sirip ekor bagian atas)

PAL (Panjang sebelum sirip anal) PCL (Panjang sirip dada )

PDL (Panjang sebelum sirip dorsal) PPL (Panjang sebelum sirip perut)

PVL (Panjang sirip perut) SL (Panjang standar)

SNBL (Panjang sungut moncong) ED (Diameter mata)

Lampiran 2. Data Hasil Pengukuran Morfometrik

Lampiran 3. Komputasi Fenogram

Lampiran 4. Pencarian sekuen di konsorsium bank DNA

48 Lampiran 5. Data sekuens yang dipakai (txt) Cyprinus carpio voucher NF695

JX983283 India

1 cctttatctt gtatttggtg cctgagccgg aatagtagga accgccttaa gcctcctcat 61 tcgggccgaa cttagccaac ccgggtcgct tctaggtgat gaccaaattt ataacgttat 121 cgtcactgcc cacgcctttg taataatttt ctttatagta atgcctatcc ttattggagg 181 atttggaaac tgacttgtac cactaataat cggagcccca gacatagcat tcccacgaat 241 aaataacata agcttctgac tactgccccc atcattcctt ctactcctag cttcttctgg

301 tgttgaagct ggagctggaa caggatgaac cgtataccca cctcttgcag ggaacttagc 361 ccacgcagga gcatcagtag acctaacaat tttctcactt cacctagcag gtgtttcatc 421 aattctaggg gcaatcaact ttattactac aaccatcaac atgaaacccc cagccatctc 481 ccaataccaa acacccctgt tcgtctgatc cgtgcttgta accgccgtat tgctccttct 541 atcattacct gttttagccg caggaattac aatgctccta acagaccgaa accttaatac 601 cacattcttt gacccggcag gaggaggaga cccaatcctt tatcaacact ta

Cyprinus carpio voucher PHK7 OR148071

India

1 ttggtgcctg agccggaata gtaggaaccg ccttaagcct cctcattcgg gccgaactta 61 gccaacccgg gtcgcttcta ggtgatgacc aaatttataa cgttatcgtc actgcccacg 121 cctttgtaat aattttcttt atagtaatgc ctatccttat tggaggattt ggaaactgac 181 ttgtaccact aataatcgga gccccagaca tagcattccc acgaataaat aacataagct 241 tctgactact gcccccatca ttccttctac tcctagcttc ttctggtgtt gaagctggag

301 ctggaacagg atgaaccgta tacccacctc ttgcagggaa cttagcccac gcaggagcat 361 cagtagacct aacaattttc tcacttcacc tagcaggtgt ttcatcaatt ctaggggcaa 421 tcaactttat tactacaacc atcaacatga aacccccagc catctcccaa taccaaacac 481 ccctgttcgt ctgatccgtg cttgtaaccg ccgtattgct ccttctatca ttacctgttt

541 tagccgcagg aattacaatg ctcctaacag accgaaacct taataccaca ttctttgacc 601 cggcaggagg aggagaccca atcctttatc aacacttatt ctgattcttt ggccacca

Cyprinus carpio voucher PUL-HMA-Fish-716 OP575589

Pakistan

241 aaataacata agcttctgac tactgccccc atcattcctt ctactcctag cttcttctgg 301 tgttgaagct ggagctggaa caggatgaac cgtataccca cctcttgcag ggaacttagc 361 ccacgcagga gcatcagtag acctaacaat tttctcactt cacctagcag gtgtttcatc 421 aattctaggg gcaatcaact ttattactac aaccatcaac atgaaacccc cagccatctc 481 ccaataccaa acacccctgt tcgtctgatc cgtgcttgta accgccgtat tgctccttct 541 atcattacct gttttagccg caggaattac aatgctccta acagaccgaa accttaatac 601 cacattcttt gacccggcag gaggaggaga cccaatcctt tatcaacact ta

Cyprinus carpio isolate SN_008 MZ870717

China

1 tccattggcc ttagccaatc gcttctaggt gatgaccaaa tttataacgt tatcgtcact 61 gcccacgcct ttgtaataat tttctttata gtaatgccta tccttattgg aggatttgga

121 aactgacttg taccactaat aatcggagcc ccagacatag cattcccacg aataaataac 181 ataagcttct gactactacc cccatcattc cttctactcc tagcttcttc tggtgttgaa

241 gctggagctg gaacaggatg aaccgtatac ccacctcttg cagggaactt agcccacgca 301 ggagcatcag tagacctaac aattttctca cttcacctag caggtgtttc atcaattcta 361 ggggcaatca actttattac tacaaccatc aacatgaaac ccccagccat ctctcaatac 421 caaacacccc tgttcgtctg atccgtgctt gtaaccgccg tattgctcct tctatcatta 481 cctgttttag ccgcaggaat tacaatgctc ctaacagacc gaaaccttaa taccacattc 541 tttgacccgg cgggacccaa tcctttatca acatattgat tcttt

Cyprinus carpio isolate YY_005 MZ870714

China

1 tccattggcc ttagccaatc gcttctaggt gatgaccaaa tttataacgt tatcgtcact 61 gcccacgcct ttgtaataat tttctttata gtaatgccta tccttattgg aggatttgga

121 aactgacttg taccactaat aatcggagcc ccagacatag cattcccacg aataaataac 181 ataagcttct gactactacc cccatcattc cttctactcc tagcttcttc tggtgttgaa

Cyprinus carpio voucher Cy.ca0006 OQ992031

Israel

1 tttatcttgt atttggtgcc tgagccggaa tagtaggaac cgccttaagc ctcctcattc 61 gggccgaact tagccaaccc gggtcgcttc taggtgatga ccaaatttat aacgttatcg 121 tcactgccca cgcctttgta ataattttct ttatagtaat gcctatcctt attggaggat 181 ttggaaactg acttgtacca ctaataatcg gagccccaga catagcattc ccacgaataa 241 ataacataag cttctgacta ctacccccat cattccttct actcctagct tcttctggtg 301 ttgaagctgg agctggaaca ggatgaaccg tatacccccc tcttgcaggg aacttagccc 361 acgcaggagc atcagtagac ctaacaattt tctcacttca cctagcaggt gtttcatcaa 421 ttctaggggc aatcaacttt attactacaa ccatcaacat gaaaccccca gccatctctc 481 aataccaaac acccctgttc gtctgatccg tgcttgtaac cgccgtattg ctccttctat 541 cattacctgt tttagccgca ggaattacaa tgctcctaac ag

Cyprinus carpio voucher Cy.ca0001 OQ992033

Israel

1 aagcctcctc attcgggccg aacttagcca acccgggtcg cttctaggtg atgaccaaat 61 ttataacgtt atcgtcactg cccacgcctt tgtaataatt ttctttatag taatgcctat 121 ccttattgga ggatttggaa actgacttgt accactaata atcggagccc cagacatagc 181 attcccacga ataaataaca taagcttctg actactaccc ccatcattcc ttctactcct 241 agcttcttct ggtgttgaag ctggagccgg aacaggatga accgtatacc cacctcttgc

301 agggaactta gcccacgcag gagcatcagt agacctaaca attttctcac ttcacctagc 361 aggtgtttca tcaattctag gggcaatcaa ctttattact acaaccatca acatgaaacc 421 cccagccatc tctcaatacc aaacacccct gttcgtctga tccgtgcttg taaccgccgt 481 attgctcctt ctatcattac ctgttttagc cgcaggaatt acaatgctcc taacagaccg

Cyprinus carpio isolate HAM22B-CARP-26D-COI OR081641

Canada

1 tgagccggaa tagtaggaac cgccttaagc ctcctcattc gggccgaact tagccaaccc 61 gggtcgcttc taggtgatga ccaaatttat aacgttatcg tcactgccca cgcctttgta 121 ataattttct ttatagtaat gcctatcctt attggaggat ttggaaactg acttgtacca 181 ctaataatcg gagccccaga catagcattc ccacgaataa ataacataag cttctgacta 241 ctacccccat cattccttct actcctagct tcttctggtg ttgaagctgg agccggaaca 301 ggatgaaccg tatacccacc tcttgcaggg aacttagccc acgcaggagc atcagtagac 361 ctaacaattt tctcacttca cctagcaggt gtttcatcaa ttctaggggc aatcaacttt 421 attactacaa ccatcaacat gaaaccccca gccatctctc aataccaaac acccctgttc 481 gtctgatccg tgcttgtaac cgccgtattg ctccttctat cattacctgt tttagccgca 541 ggaattacaa tgctcctaac agaccgaaac cttaatacca cattctttga cccggcagga 601 ggaggagacc caatccttta tcaacactta ttctgatt

Cyprinus carpio isolate HAM22B-CARP-26C-COI OR081640

Canada

1 ggcacccttt atcttgtatt tggtgcctga gccggaatag taggaaccgc cttaagcctc 61 ctcattcggg ccgaacttag ccaacccggg tcgcttctag gtgatgacca aatttataac 121 gttatcgtca ctgcccacgc ctttgtaata attttcttta tagtaatgcc tatccttatt

181 ggaggatttg gaaactgact tgtaccacta ataatcggag ccccagacat agcattccca 241 cgaataaata acataagctt ctgactacta cccccatcat tccttctact cctagcttct 301 tctggtgttg aagctggagc cggaacagga tgaaccgtat acccacctct tgcagggaac

361 ttagcccacg caggagcatc agtagaccta acaattttct cacttcacct agcaggtgtt 421 tcatcaattc taggggcaat caactttatt actacaacca tcaacatgaa acccccagcc 481 atctctcaat accaaacacc cctgttcgtc tgatccgtgc ttgtaaccgc cgtattgctc 541 cttctatcat tacctgtttt agccgcagga attacaatgc tcctaacaga ccgaaacctt 601 aataccacat tctttgaccc ggcaggagga ggagacccaa tcctttatca acacttattc 661 tgatt

Cyprinus carpio isolate YY_001 MZ870710

China

1 tccattggcc ttagccaatc gcttctaggt gatgaccaaa tttataacgt tatcgtcact 61 gcccacgcct ttgtaataat tttctttata gtaatgccta tccttattgg aggatttgga

121 aactgacttg taccactaat aatcggagcc ccagacatag cattcccacg aataaataac 181 ataagcttct gactactacc cccatcattc cttctactcc tagcttcttc tggtgttgaa

Tetraonchus monenteron ITS1 (partial) and 18S rRNA (partial) AJ490159

FRANCE

1 ctaacctgct aaatagtatg gctgtatttt tgtgcggacc accgttcttc gggctcatgt 61 ctgttgaatg gtaccgcata agcagtcaag acttcttaga gggacaggtg gataataaaa 121 accacacgag aaagagcaat aacaggtctg taatgcccta agatgttcgg ggccgcacgc 181 gtgctacaat gacggtgcta gagagaatga cattctggct cgaaagagtt ggacaaactt 241 gtcaatcacc gtcgtgactg ggattggggt ttgtaattat cccccatgaa cgaggaattc

301 ctagtaagta caagtcataa gcttgtgctg attacgtccc tgccctttgt acacaccgcc 361 cgtcgctgct accgactgag tggtttagcg aggtcgttgg attgatgccc gtgtggtgaa 421 agctgctggg tgtcgagaag acgaccaaac tgcacctctt gaaggaagca caagtcgtaa 481 caaggtttcc gtaggtgaac ctgcggaagg atcattatgt tagttccawt tccaattgct 541 ggctcttcag tgggcgcgcg tggagtgcgg tctatacggc ccaatgcact ccacaaatac 601 tgaattcctt atgtgtgtcg gggtttacct gtcgactggt gcacttctct cgcttgttgt

661 ggcaatggcg ttgagtacgg tctgtgcatc ggtccctgtt tttatgtaca ggcccttcac 721 tatttgccac taacccaatt gttgttcatc ttcgtatact agaaacctac attaaacaac 781 cccgcctcga aggcattgcg cccgattggc aactcgcccg gactgtacgg ttctgggtgg 841 gaataggcga agtgacccgt aaaaaggttg ccttgtctct attg

Lampiran 6. Hasil Pensejajaran pada software mega (Screenshot)

55 Lampiran 7. Hasil Pohon Filogenetik

Lampiran 8. Komposisi basa nukleotida dan jarak genetik

Komposisi Basa Nukleotida

Jarak Genetik

Lampiran 9. Analisis Haplotype Network pada software Popart

Lampiran 10. Lembar Kontribusi

Nama Pengerjaan

Akmal Rijal Rizqullah Bab I, 1.1 Latar belakang Bab III, 3.2.1 Analisis fenetik menggunakan software Bab IV, 3.2.2 Komposisi basa nukleotida dan jarak genetik

Lampiran 2, Data hasil pengukuran morfometrik

Lampiran 7, Hasil pohon filogenetik

Adinda Fitria Bab I, 1.2 Tujuan

Bab II, 2.2.2 Metode filogenetik Bab III, 3.2.3 Analisis Haplotype Network menggunakan software Bab IV, 4.3 Hasil analisis Haplotype Network

Lampiran 3, Komputasi fenogram Lampiran 8, Komposisi basa nukleotida dan jarak genetik Formatting

Nurul Fitriyaningsih Bab I, 1.3 Manfaat

Dalam dokumen Laporan Praktikum Instrumentasi Sumber Daya Ikan (Halaman 45-66)