Substansi inti manajemen sekolah meliputi manajemen: kurikulum dan pembelajaran; peserta didik; pendidik dan tenaga kependidikan; keuangan; sarana dan prasarana; hubungan sekolah dan masyarakat; serta budaya dan lingkungan sekolah. Manajemen layanan khusus di sekolah ditetapkan dan diorganisasikan untuk mempermudah atau memperlancar pembelajaran, serta dapat memenuhi kebutuhan khusus peserta didik di sekolah. Berdasarkan uraian tersebut maka manajemen layanan khusus adalah suatu proses kegiatan memberikan pelayanan kebutuhan kepada peserta didik untuk menunjang kegiatan pembelajaran agar tujuan pendidikan bisa tercapai secara efektif dan efisien.
Layanan khusus yang diberikan sekolah kepada peserta didik tersebut pada umumnya sama, akan tetapi proses pengelolan dan pemanfaatannya yang berbeda. Tujuan utama perpustakaan sekolah harus memungkinkan para tenaga pendidik, kependidikan, dan peserta didik memperoleh kesempatan untuk memperluas dan memperdalam pengetahuan dengan membaca bahan pustaka yang mengandung ilmu pengetahuan yang diperlukan dalam proses belajar-mengajar di sekolah. Laboratorium dalam pelaksanaan kegiatan pembelajaran di sekolah merupakan salah satu faktor untuk memfasilitasi peserta didik dalam menerapkan teori yang telah diajarkan oleh guru di dalam kelas.
Kegiatan ekstrakurikuler sebagai pendamping kurikuler di sekolah, memberikan kesempatan kepada peserta didik untuk dapat mengembangkan potensi, minat, bakat,. Sedangkan secara khusus tujuan UKS adalah untuk memupuk kebiasaan hidup sehat dan mempertinggi derajat kesehatan peserta didik. Disamping itu diperlukan juga kerjasama dengan orang tua dan masyarakat, karena sebagian besar waktu peserta didik bukanlah di sekolah tetapi di lingkungan keluarga dan lingkungan masyarakat.
Koperasi sekolah sebagai langkah awal untuk menumbuhkan budaya koperasi dan bisadijadikan sebagai wadah untuk memperlihatkan atau bahkan menjual hasil karya atau usaha peserta didik pada saat mengikuti mata pelajaran kewirausahaan di sekolah.
Layanan Khusus Transportasi Sekolah
Secara organisasi, OSIS merupakan satu-satunya wadah organisasi siswa yang sah di sekolah dan tidak mempunyai hubungan organisatoris dengan OSIS di sekolah lain serta tidak menjadi bagian/alat dari organisasi lain yang ada di luar sekolah. Sedangkan secara fungsional, OSIS merupakan organisasi yang dibentuk dalam rangka pelaksanaan kebijaksanaan pendidikan, khususnya di bidang pembinaan kesiswaan. Jalur pembinaan kesiswaan secara nasional terkenal dengan nama “empat jalur pembinaan kesiswaan” yaitu jalur: organisasi kesiswaan, latihan kepemimpinan, kegiatan ekstrakurikuler, dan kegiatan wawasan wiyatamandala.
Jika OSIS dipandang sebagai suatu sistem, maka berarti OSIS sebagai tempat kehidupan berkelompok siswa yang bekerja sama untuk mencapai tujuan bersama, dimana terdapat sekumpulan siswa mengadakan koordinasi dalam upaya menciptakan suatu organisasi yang mampu mencapai tujuan. Oleh karena itu menurut Asmani (2012) OSIS sebagai suatu sistem ditandai beberapa ciri pokok yaitu: berorientasi pada tujuan, memiliki susunan kehidupan kelompok dan sejumlah peranan, terkoordinasi, serta berkelanjutan dalam waktu tertentu. Jadi OSIS yang dinamis akan menyusun program jangka pendek, menengah, dan panjang dengan pembiayaan terjangkau, serta dengan melibatkan seluruh komponen terkait secara transparan dalam rangka mencapai tujuannya secara efektif dan efisien.
Dampak dari adanya layanan transportasi sekolah dapat dirasakan oleh siswa, orang tua siswa, dan juga sekolah. Adanya transportasi sekolah dapat membantu siswa untuk lebih disiplin karena bisa datang dan pulang tepat pada waktunya. Sedangkan sekolah bisa meminimalisir keterlambatan siswa datang ke sekolah dan secara tidak langsung juga bisa mempromosikan sekolah kepada masyarakat agar masyarakat tertarik menyekolahkan anaknya di sekolah tersebut.
Selain itu untuk orang tua siswa tidak perlu khawatir mengenai keselamatan anaknya karena sudah ada aturan yang telah disepakati bersama tentang adanya layanan transportasi sekolah dan secara tidak langsung juga akan meringankan beban orang tua.
Layanan Khusus Asrama Sekolah
Layanan Khusus Akselerasi
Layanan Khusus Kelas Inklusi
Layanan Khusus PSG/ Prakerin
Penyelenggaran prakerin akan membantu siswa untuk memantapkan hasil belajar yang diperoleh di sekolah serta membekali siswa dengan pengalaman nyata sesuai dengan program studi yang dipilihnya. PSG merupakan suatu bentuk layanan penyelenggaraan pendidikan keahlian profesional, yang memadukan secara sistematik dan sinkron antara program pendidikan di sekolah dan industri yang sesuai dengan bidang keahlian sekolah melalui kegiatan bekerja langsung di dunia kerja untuk mencapai suatu tingkat keahlian profesional (Sonhadji, 2012). Realisasi dari PSG adalah dilasanakannya prakerin yang bertujuan agar program pendidikan di sekolah mengacu pada pencapaian kemampuan profesional sesuai tuntutan, mengingat DU/DI memerlukan tenaga kerja yang berkualitas dan ahli di bidangnya untuk mengoperasikan peralatan dan teknologi canggih.
Sekolah menyelenggarakan layanan khusus yang dapat mengatur segala kebutuhan peserta didik untuk memenuhi tugas tanggung jawab pendidikan. Dengan demikian layanan khusus disamping diharapkan bisa mengembangkan bakat, minat, kemampuan peserta didik, juga diharapkan bisa memperlancar proses pembelajaran di sekolah. Oleh sebab itu, hendaknya layanan khusus peserta didik tersebut perlu dikelola dengan proses manajemen yang efektif agar dapat memperkuat proses manajemen pendidikan, khususnya pada level sekolah.
Asalkan tujuan pokok dari kegiatan usaha koperasi sekolah adalah untuk siswa memperoleh keterampilan dalam praktek berusaha, serta untuk memenuhi kebutuhan para siswa yang menjadi anggotanya. OSIS beranggotakan seluruh siswa yang berada pada satu sekolah tempat OSIS tersebut berada, serta diurus dan dikelola oleh para siswa yang terpilih menjadi pengurus OSIS dengan bimbingan guru. Program transportasi sekolah sepertinya sudah tidak asing lagi di dunia pendidikan, karena hal ini dilakukan untuk memperlancar peserta didik dalam mengikuti proses belajar mengajar di sekolah.
Pada prinsipnya, transportasi sekolah memberi fasilitas kepada peserta didik dan atau staf sekolah untuk menuju sekolah menggunakan kendaraan sekolah. Manajemen asrama sekolah digunakan untuk mengelola asrama sekolah agar dapat memenuhi kebutuhan para murid yang menempatinya. Selain itu juga memenuhi kebutuhan para orang tua wali yang sudah memberi kepercayaan kepada sekolah untuk menitipkan anaknya di asrama sekolah yang bertujuan membentuk anak agar dapat berfikir lebih dewasa dan juga mandiri.
Penghuni asrama adalah individu-individu siswa yang berasal dari latar belakang yang berbeda-beda, baik dari segi segi pendidikan orang tua, status sosial ekonomi, dan adat istiadat. Pendidikan yang bersifat reguler ternyata belum dapat mengakomodasi kebutuhan individual siswa yang memiliki tingkat inteligensi di atas rata-rata dengan baik, sehingga mereka tidak dapat mengembangkan potensinya secara optimal. Program ini diselenggarakan oleh sekolah guna memberikan fasilitas bagi siswa yang memiliki kecerdasan di atas rata-rata agar bisa mempergunakan kecerdasannya itu untuk mempercepat proses belajarnya di sekolah.
Melalui program akselerasi diharapkan dapat mengakomodasi kemampuan dan kecerdasan luar biasa yang dimiliki oleh peserta didik, sehingga peserta didik dapat belajar sesuai dengan yang kebutuhan. Salah satunya adalah siswa yang ikut program ini tidak memiliki waktu untuk bersosialisasi dengan teman sepermainan dan juga tidak memliki waktu untuk mengembangkan hobi atau minat yang dipunyainya. Jadi pendidikan inklusi adalah sistem penyelenggaraan pendidikan yang memberikan kesempatan kepada semua peserta didik berkelainan untuk melaksanakan pendidikan di sekolah atau kelas reguler dengan melibatkan seluruh peserta didik tanpa kecuali.
Artinya semua anak berkelainan dilayani di sekolah terdekat dalam kelas reguler bersama-sama teman seusianya.