Agilent Technologies. 2003. Agilent 2100 Bioanalyzer 2100 expert user’s guide. Deutchland (US): Agilent Technologies Inc.
Azrai M. 2004. Penampilan Varietas Jagung Unggul Baru Bermutu Protein Tinggi di Jawa dan Bali. Buletin Plasma Nutfah. 10:49-50.
Badan Pusat Statistik. 2013. Produksi Padi, Jagung dan Kedelai (Angka Ramalan I Tahun 2013). No. 45/07/ Th. XVI
Bintang M. 2010. Teknik Penelitian Biokimia. Jakarta: Erlangga.
Brown TA. 2007. Gene Cloning and DNA Analysis : An Introduction. Sixth Edition.New York: John Wiley and Sons.
CABI. 2004. Crop protection compendium. 2004 edition
Clark W, Chistopher K. 2008. An Introduction to DNA: Spectrophotometry, Degradation, and the 'Frankengel' Experiment. Tested studies for laboratory teaching (22): 81-99.
Commins et al. 2011. Computational biology methods and their application to the comparative genomics of endocellular symbiotic bacteria of insect.
Biological Procedures Online 11(1): 52-78.
Covaris. 2012. DNA-RNA shearing for Nex-Gen Sequencing.
http://covarisinc.com/applications/dnarna-shearing-for-NGS[I [Internet]. Akses 01 Juli 2014.
Doyle J.J. and J.L. Doyle. 1987. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem. Bull. 19: 11-15
Franca Lilian TC, Carrilho Emanuel, Kist Tarso BL. 2002. A review of DNA sequencing techniques. Quaterly Reviews of Biophysics 35(2) : 169-200. Illumina. 2009. Sequencing Analysis Software : User Guide. San Diego : Illumina
Inc.
Illumina. 2010a. HiSeq Sequencing Systems. San Diego : Illumina Inc. Illumina. 2010b. cBot Quick Reference Guide. San Diego : Illumina Inc.
Illumina. 2010c. TruSeq DNA-Sample Preparation Low Throughput (LT Protocol). San Diego (US) : Illumina Inc.
26
Illumina. 2012. Using PhiX Control for HiSeq® Sequencing Runs. San Diego (US) : Illumina Inc.
Invitrogen. 2010. Qubit 2.0 Fluorometer-Catalog no. Q32866. California (US): Invitrogen Life Technologies.
Kircher M, Heyn P, Kelso J. 2011. Addressing challanges in the production and analysis of illumina sequencing data. BMCGenomics 12: 382-396.
Kosasih A. 2012. Konstruksi Dan Analisis Kualitas Pustaka Genom Kedelai (Glycine Max (L.) Merr.) untuk Sekuensing Genom Total [Skripsi]. Bogor (ID), Institut Pertanian Bogor.
Mardis ER. 2008. Next generation DNA sequencing methods. The Annual Review of Genomics and Human Genetics 9 :387- 402.
Margulies M, Egholm M, Altman WE et al.2005. Genome sequencing in open microfabricated high density picoliter reactors. Nature 437(7057) : 376-380.
Metzker ML. 2010. Sequencing technologies the next generation. Nature Review
11. 31- 46.
Michiels AN, Ende WVD, Tucker M, Riet L, Laere V. 2003. Extraction of high quality genomic DNA from latex containing plants. Analytical Biochemistry 315 : 85-89.
Poirel L. Naas T. Nordmann P. 2006. Pyrosequencing as a rapid tool for identification of GES-Type Extended-Spectrum lactamase. J.Clin Microbiol 44(8) :3008-3011.
Prasanna B. M., S. K. Vasal. B. Kassahun dan N. N. Singh. 2001. Quality Protein Maize. Current Science. 81: 1308-1319.
Sambrook J, Russel DW. 2001. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Edisi ke-3. New York: Cold-Spring Harbor Laboratory Pr.
Schuster Stephan C. 2008. Next generation sequencing transform today’s biology.
Nature Method 5(1) : 16-18.
Sigma. 2008. qPCR Technical Guide. St. Louis (US): Sigma-aldrich, Inc.
Subandiyah S. 2006. Polymerase Chain Reaction untuk Deteksi atau Identifikasi
Patogen Tumbuhan. Beberapa Metode Ekstraksi DNA. Pelatihan dan
Workshop Identifikasi DNA dengan Aplikasi PCR. Malang. hlm. 43-50.
Suharsono. 2002. Konstruksi Pustaka Genom Kedelai Kultivar Slamet. Hayati 9 (2): 67-70.
Telle S., R.G. Shivas, M.J. Ryley, and M. Thines. 2011. Molecular phylogenetic analysis of Peronosclerospora (Oomycetes) reveals cryptic species and genetically distinct species parasitic to maize. Eur. J. Plant Pathol. 130:521-528.
Voelkerding KV, Dames SH, Durtschi JD. 2009. Next generation sequencing : from basic research to diagnostics. Clinicalchemistry 55: 41-47.
27 Wahyudi AT. 2001. Perpustakaan gen : Bagaimana mengontruksinya? [ulasan].
Hayati 8: 27-30.
Wakman W. dan A. Hasanuddin. 2003. Penyakit bulai (Peronosclerospora sorghi) pada jagung di dataran tinggi Karo Sumatera Utara. Makalah disajikan pada Seminar Nasional Perhimpunan Fitopatologi Indonesia (PFI) di Bandung.
Wakman W. 2004. Penyakit bulai pada tanaman jagung di Indonesia: masalah, penelitian dan cara mengatasinya. Prosiding Seminar Tahunan PFI Komda Sulsel.
Walker JM, Wilson K. 2000. Principles and Techniques of Practical Biochemistry.UK: Cambridge University Press.
Westermeier. 2004. Electrophoresis in Practice: A Guide to Theory and Practice. New Jersey: John Wiley & Sons inc.
Wulandari YRE. 2009. Konstruksi pustaka genom Tibouchina langsdorffiana
Baill [Tesis]. Bogor : Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor. Yen TTO, BM Prasanna, TAS Setty dan R.S. Rathore. 2004. Genetic variability
for resistance to sorghum downy mildew (Peronosclerospora sorghi) and Rajasthan downy mildew (P.heteropogoni) in the tropical/sub-tropical Asian maizegermplasm. Euphytica 138:23-31.
28
Lampiran 1 Strategi penelitian
Isolasi DNA Jagung
Konstruksi genom jagung
(covaris, fragmentasi DNA, preparasi fragmen DNA cetakan, modifikasi ujung fragmen DNA, adenilasi ujung 3’ DNA, penempelan adaptor, amplifikasi fragmen
DNA, Analisis pustaka genom)
Klaterisasi DNA
Sekuensing DNA
29
Lampiran 2 Hasil Analisis pustaka genom secara kuantitatif dengan qPCR
Genotipe Ct
Qty
[Ukuran [Stok Pustaka
StdDev Rerata StdDev Faktor Ukuran Kesesuaian] tanpa [Stok Ct Qty Qty Pengenceran fragmen (pM) pengenceran] rerata]
(nM) (nM)
JagungSp010-R1 15.58 0.062 7.63E-01 7.87E-01 3.35E-02 1000 658 0.39 0.39
0.39 JagungSp010-R1 15.49 0.062 8.10E-01 7.87E-01 3.35E-02
JagungSp010-R2 16.38 0.102 4.41E-01 4.21E-01 2.94E-02 2000 658 0.21 0.42 JagungSp010-R2 16.53 0.102 4.00E-01 4.21E-01 2.94E-02
JagungSp010-R3 17.82 0.139 1.66E-01 1.78E-01 1.68E-02 4000 658 0.09 0.35 JagungSp010-R3 17.62 0.139 1.89E-01 1.78E-01 1.68E-02
JagungLK2-45-R1 15.3 0.077 9.21E-01 9.57E-01 4.99E-02 1000 638 0.46 0.46
0.45 JagungLK2-45-R1 15.2 0.077 9.92E-01 9.57E-01 4.99E-02
JagungLK2-45-R2 16.12 0.135 5.27E-01 4.80E-01 4.45E-02 2000 638 0.23 0.46 JagungLK2-45-R2 16.27 0.135 4.75E-01 4.80E-01 4.45E-02
JagungLK2-45-R2 16.39 0.135 4.38E-01 4.80E-01 4.45E-02
JagungLK2-45-R3 17.44 0.026 2.14E-01 2.18E-01 3.87E-03 4000 638 0.1 0.42 JagungLK2-45-R3 17.42 0.026 2.18E-01 2.18E-01 3.87E-03
JagungLK2-45-R3 17.39 0.026 2.22E-01 2.18E-01 3.87E-03
JagungPSG-R1 12.21 0.269 7.6 9.24 1.69 1000 970 4.31 4.31 4.12 JagungPSG-R1 11.67 0.269 10.98 9.24 1.69 JagungPSG-R1 11.94 0.269 9.14 9.24 1.69 JagungPSG-R2 12.94 0.103 4.62 4.34 3.04E-01 2000 970 2.02 4.04 JagungPSG-R2 13.02 0.103 4.38 4.34 3.04E-01 JagungPSG-R2 13.14 0.103 4.02 4.34 3.04E-01 29
30 JagungPSG-R3 14.12 0.069 2.06 2.15 1.02E-01 4000 970 1 4.01 JagungPSG-R3 13.99 0.069 2.26 2.15 1.02E-01 JagungPSG-R3 14.08 0.069 2.13 2.15 1.02E-01 LPB54-R1 12.62 0.284 8.61 8.85 1.782 1000 658 6.08 6.08 5.77 LPB54-R1 12.88 0.284 7.19 8.85 1.782 LPB54-R1 12.31 0.284 10.73 8.85 1.782 LPB54-R2 13.8 0.101 3.76 3.98 2.88E-001 2000 658 2.73 5.47 LPB54-R2 13.76 0.101 3.86 3.98 2.88E-001 LPB54-R2 13.6 0.101 4.3 3.98 2.88E-001 30
31 Lampiran 3 Tahapan klasterisasi pustaka genom (Illumina 2010)
Proses klasterisasi pustaka genom yang terjadi pada permukaan flow cell: (a) Immobilisasi dan perpanjangan DNA, (b) amplifikasi DNA dengan prinsip bridge amplification, (c) liniearisasi dan hibridiasi
32 Lampiran 4 Flow cell Illumina HiSeq2000 (Swiss Federal Institute of Technology
Zurich 2012) 32
33 Lampiran 5 Regenerasi Next Generation Sequencing
34 Lampiran 6 Prinsip Sekuensing menggunakan Next Generation Sequencing
HiSeq2000 34
35 Lampiran 7 Grafik jumlah densitas klaster setiap lajur
Keterangan:
: Densitas klaster
: Klaster PF (passing filter)
36
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Bekasi pada tanggal 27 Juli 1993 dari ayah Herman Kiki Ahyad dan ibu Jamilah. Penulis merupakan putri pertama dari ketiga bersaudara.
Penulis sekolah di SMA Negeri 1 Cikarang Utara dan lulus dari SMA tersebut pada tahun 2010 dan pada tahun yang sama lulus seleksi masuk IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI). Penulis memilih mayor Biokimia, Departemen Biokimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam dan minor Komunikasi, Departemen Sains dan Komunikasi Pengembangan Masyarakat, Fakultas Ekologi Manusia.
Selama mengikuti perkuliahan, penulis pernah menjadi asisten praktikum Biokimia Umum untuk mahasiswa Biologi 2013/2014 pada semester ganjil dan mahasiswa Kedokteran Hewan 2013/2014 pada semester genap. Penulis juga aktif dalam kegiatan kemahasiswaan di IPB, seperti mengikuti Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) Agriaswara sebagai anggota dan pengurus serta aktif dalam Himpunan Profesi Community of Research and Education in Biochemistry
(CREBs) sebagai staf divisi Creativity Core pada tahun 2011/2012 serta sebagai staf Biro Fundrising pada tahun 2012/2013.
Penulis juga pernah aktif dalam berbagai kegiatan di kampus, diantaranya menjadi Ketua Divisi Acara Biochemistry Champion League di Departemen Biokimia Tahun 2012. Penulis juga aktif menjadi Steering Committee di beberapa kegiatan kemahasiswaan, seperti SPIRIT pada tahun 2011, Seminar Nasional Kesehatan pada tahun 2012, Masa Perkenalan Departemen Biokimia 2012. Penulis juga beberapa kali menjadi Master of Ceremony pada Masa Perkenalan Departemen Biokimia 2012, Lomba Karya Ilmiah Pelajar pada tahun 2012 dan 2013 dan Siang Keakraban Biokimia pada tahun 2014. Penulis pernah melakukan Praktik Lapangan (PL) di Balai Besar Pasca Panen Jl. Tentara Pelajar no 12A, Cimanggu, Bogor dengan judul Pembuatan dan Karakterisasi Sifat Fisikokimia Gelatin dari Kulit Kaki Ayam.