Amrillah M.A, Widyarti.S, Kilawati Yuni, 2015. Dampak Stres Salinitas Terhadap Prevalansi White Spot Syndrom Virus (WSSV) dab Survival rate udang vannamei (Litopenaeus vannamei) Pada Kondisi Terkontrol. Journal of life science 2(2):110-123
Angus.R, Gertrude B.E, Nepomuk Z. 1991 Purine and Pyrimidine Metabolisme Structural Biochemystri Phatogenesis. Plenum press:Newyork.page:79.
Azizah, A. 2009. Perbandingan Pola Pita Amplifikasi DNA Daun, Bunga dan Buah Kelapa Sawit Normal dan Abnormal. [SKRIPSI]. Program Studi Biokimia.
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan. Institut Pertanian Bogor.
Carel J, Klein V, Daures C.M 2013 The Crustaceae Treatise on Zoology, Anatomy, Taxonomy, Biology Brill Leiden:Boston, Page:123.
Chou.Y.H, 1995. Phatogenecity of Baculovirus Infection Causing White Spot Syndrom in Cultured Penaeid Shrimp in Taiwan. Dis Aquat Org, 23(3):
165- 173.
Dirtjen Perikanan Budidaya. 2004. Kebijakan dan Program Prioritas tahun 2005.
Makalah Disampaikan dalam Rakornas departemen kelautan dan perikanan tahun 2004. Departemen Kelautan dan Perikanan. Jakarta.
Duran,S.V, lightnerD.V,Klimpel K. R, 2002. Quantitatif Real Time PCR For The Measuremen Of White Spot Syndrom Virus in Shrimp J. Fis. Dis 25, 381-400
Edison D.P. 2009. Pengaruh Suhu, pH, dan salinitas yang Berbeda Terhadap Aktifitas Biologi Immuniglobin Y Anti WSSV (Ig Y Anti WSSV).
[SKRIPSI]. Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Institut Pertanian Bogor.
Escobedo-Bonilla.C.M. 2006 Standard Dized White Spot Syndrom Virus (WSSV) Inoculation Procedures for Intramuscular or oral Routes Dis Aquat Org, 28(2): 155-164.
Fajri A, Ali M, Sulaiman J, 2015 Deteksi WSSV (White Spot Syndrom Virus) menggunakan metode Real Time-PCR. Jurnal Sains Teknologi dan Lingkungan 1(1):30-38
Fatchiyah, Estri, L.A., Sri, W., Sri R 2011. Biologi Molekuler Prinsip Dasar Analisis. Penerbitan Erlangga. Jakarta.
Feranisa A, 2016. Komparasi antara Polymerase Chain Reaction (PCR) dan LOOP EDIATED Isothermal Amplification (LAMP) dalam Diagnosis Molekuler.
Odonto Dental Journal, 1(1): 47-56.
Haliman, R. W. Dan Adijaya D.2005. Udang Vannamei Penebar Swadaya. Jakarta.
75 halaman.
Handoyo D, Ari R, 2000. Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase Chain Reaction (PCR). Unitas. 9 (1): 17-29.
Haris T. N, 1994. Development and Germination Studies of The Sugar Palm (Arenga pinata Merr) Seed. [DISERTASI]. Malaysia: Universitas Putra Malaysia.
Hidayani A. A, Maliana M. C, Tampanggalo R. B, 2015. Deteksi Distribusi White Spot Syndrom Virus Pada Berbagai Organ Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei). 4 (5):34-55.
26
Innish G, 1990. PCR Protocols a Guide to Methods and Aplication Academia Press.
Kilawati Y, dan Maimunah Y. 2015. Kualitas Lingkungan Tambak.
Iqbal M, Tasya A, Sintia K, 2012 Distribusi White Spot Syndrom Virus Pada Berbagai Organ Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei). 4 (5):34-55.
Isnati A. A. 2005. Aplifikasi Gen ND3 dari Mitokondria Empat Jenis Brung Family Plocidae dengan Teknik Polimerase Chain Reaction (PCR). [SKRIPSI]
Semarang: Universitas Negeri Semarang.
Koesharyani I, Roza D, Mahardika K, Johnny F, Zafran, Yuasa K, 2001. Iridovirus.
In. Sugama K, Ikenoue, Kawahara S (Eds.) Manual for Fish Disease Diagnosis-II. Marine Fish and Crustacean Disease in Indonesia.
Gondol Marine Research for Mariculture. Central Research Institute for Sea Exploration and Fisheries. Dep of Marine Affair and Fisheries. Japan International Cooperation Agency, pp. 5-7.
Lightner.V.H 1995 DNA Diagnostic and Detection Methods for Penaeid Shirmp Viral Diases. Tucson USA:2.11.
Litopenaeus dalam Kaitannya Dengan Prevalensi Penyakit White Spot Syndrom Virus. Reaserch Jurnal Of Life Science 2 (1):50-63.
Novita H, Mufida T, dan Koesharyani i, 2009. Perbandingan penggunaan berbagai prevaransi jaringan dengan alkohol dan alkohol gilserol untuk deteksi WSSV dengan PCR. Jurnal RIS. Akuakultur. 4 (3): 377-383.
Nurbariah dan Khairurrazi, 2015. Virulensi White Spot Syndrom Virus (WSSV) Pada Udang Pisang (Penaeus sp.). Prosiding Seminar Nasional Biotik.
2(5):44-63
Mahardika K, Haryanti A, Muzaki, Miyazaki T, 2008. Histopatology and Ultrastructural Features of Enlarged Cells of Humpback Grouper Cromileptes altivelis Challenged with Megalocytivirus (Family Iridoviridae) After Vaccination. Dis Aquat Org, 79: 163-168.
Mahardika K, Miyazaki T, 2009. Electron Microscopic Features of Cultured Grunt Fin Cells Infected With Megalocytivirus. Aquaculture, 57(1): 9-18.
Muliani B, Tampanggalo R & Atmomarsono M, 2007 pemantuan White Spot Syndrom Virus (WSSV) pada Udang windu Penaeus monodon.
Agricultur Indonesia. Maros Sulsel:Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau (BRPBAP). 8 (2): 81-88.
Mulyani, Y., Purwanto, A & Nurruhwati, I. 2013. Perbandingan Beberapa Metode Isolasi DNA untuk Deteksi Koi Herpes Virus (KHV) pada Ikan Mas (Cyprinus Caprio L.) Fakultas Perikanan dan Ilmu Universitas Padjajaran Jatinangor.
OIE] Office International des Epizooties, 2012. Manual of Diagnostic Tests for Aquatic Animals Chapter 2.3.11.
Pranawaty N, Buwono p, Liviawaty E, 2012. Aplikasi Polymerase Chain Reaction (PCR) konvensional dan Real Time PCR Untuk Deteksi White Spot Syndrom Virus. Jurnal Perikanan dan Kelautan 3(2):61-74.
Rahma N. H, Prayitno B. S, Haditomo C. H, 2014. Infeksi White Spot Syndrom Virus Pada Berbagai Organ Udang Windu (Penaeus Monodon Yang Dipelihara Pada Salinitas Media Yang Berbeda. Journal of Aquaculture Management and Technology. 2 (3):25-34.
Rychlik, W.R, 2005 selection of primers for polymerase chain reaction. Molecular biotechnology, 3 (1):129-134
27
Sambrook J, Russell DW, 2001.Molecular Cloning: A laboratory manual 3rd ed.ColdSpring Harbor Laboratory Press.New York.
Sangamaheswaran A.P. 2001 White Spot Syndrom Virus in Penaeid Shirmp Dis Aquat Org, 24(5): 165-167.
Simatupang, Y.R 2015. Analisis Keanekaragman Genetik Markisa (Passiflora spp.) di Sumatera Utara Berdasarkan Penanda RAPD (Random Amplified Polimofric DNA). [SKRIPSI]. Departemen Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Universitas Sumatera Utara. Medan.
SNI 7305:2009 Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Identifikasi White Spot Syndrom Virus (WSSV) dan Infeksi Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus (IHHNV).
Sudha, P. M., C. V. Mohan, K. M. Shankar & A. Hedge. 1998. Relationship between white spot syndrome virus infection 167: 95-1001.
Sukenda, S.H. Dwinanti & M. Yuhana. 2009. Keberadaan white spot syndrome virus (WSSV), taura syndrome virus (TSV) dan infectious hypodermal haematopoitic necrosis virus (IHHNV) di tambak intensif udang vaname Litopenaeus vannamei di Bakauheni, Lampung Selatan. Jurnal Akuakultur Indonesia, 8 (2) : 1 – 8.
Sulandari S, 2004. Karakterisasi Biologi, Serologi dan Analisis Sidik Jari DNA Virus Penyebab Penyakit Daun Keriting Kuning Cabai. [Disertasi].
Bogor: Institut Pertanian Bogor, Program Pascasarjana.
Supriatna I. Yustiati A. Iskandar P. 2014 Sekuen Asam Amino Anti White Spot Syndrom Virus (WSSV) Pada Udang windu (Penaeus Monodon).
Syafruddin and Santoso, T. J. 2011 Identifikasi Molekuler Hawar Daun Bakteri (Xanthomonas Oryzae pv. Oryzae) dan Uji Patogenitasnya pada Galur-Galur Padi Isogenik. Jurnal Agrobiogen. 9 (2): 49-57.
Takahashi, Y., T. Omura, K. Shohara, and T. Tsuchizaki. 1991. Comparison of four serological methods for practical detection of ten viruses of rice in plants and insects. Plant Dis. 75:458- 461.
Tendencia, E. A. Dan verreth J. A. J. 2010 Temperature Fluctation, Low Salinity Water Microflora:Risk Factors for WSSV Outbreak in Penaeus modonodon.The israeli Journal of Aquaculture. 7 Page.
Wang, Y. G., M. Shariff, P.M. Sudha, P.S. Srinivasa Rao. M.D. Hassan and L.T.
Tan. 1998. Managing white spot disease in shrimp. Info Fish International, page: 30-36.
Wongteerasupaya. C,. Vickers, J. E. Sriurairatana, S., Nash, G. L., Akarajamorn, A., Boonsaeng, V., Panyim, S., Tassanakajon, A., Withyachumnarnkul, B.
and Flegel, T . W. 1995. A non-occluded, systemic baculovirus that occurs in the cells of ectodermal and mesodermal origin.
Yanto, R.W., Adijaya D. 2006.Budidaya Udang Vannamei. Penebar Swadaya.
Jakarta. 74 hal.
Yukio .Z.T, Analisis Pengaruh Faktor Kualitas Air Terhadap Resiko Penyakit White Spot Syndrom Virus (WSSV) Pada Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei) dipeudada. Depik 5 (1):1-6.
Yusuf ZK, 2010. Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Saintek, 5(6):1-6.
Zhou B, Qu SH, Liu GF, Dolan M, Sakai H, Lu GD, Bellizzi M, Wang G. 2006.The Eight Amino-Acid Differences Within Three Leucine-Rich Repeats Between Pi2 and Piz-T Resistance Proteins Determine 19(11):1216-1228
LAMPIRAN
Lampiran 1. Daftar sampel udang vannamei yang diamati di BKIPM Medan I
No Sampel Berat
(Gram)
Tanggal Ekstrak Sampel/Organ Hasil
1. Sampel1 22,2 15 Oktober 2020 Seluruh organ Negatif
10 Sampel10 29,2 20 Desember 2020 Seluruh organ Positif
11. Sampel11 29,6 20 Desember 2020 Seluruh organ Positif
12. Sampel12 27,8 20 Desember 2020 Seluruh organ Positif
13. Sampel13 29,0 20 Desember 2020 Seluruh organ Positif
Lampiran 2. Pembuatan larutan Stok dan Buffer A. Pembuatan Larutan Stok
Pengenceran primer F1 (Voume 312 μl TE Buffer)
pengenceran primer F1 dilakukan dengan menambahkan 90 μl Nuclease free water untuk pembuatan stok primer F1 sebanyak 10 μl siap digunakan.
Pengenceran primer R1 (Voume 317 μl TE Buffer)
pengenceran primer R1 dilakukan dengan menambahkan 90 μl Nuclease free water untuk pembuatan stok primer R1 sebanyak 10 μl siap digunakan.
Pengenceran primer NF (Voume 285 μl TE Buffer)
pengenceran primer NF dilakukan dengan menambahkan 90 μl Nuclease free water untuk pembuatan stok primer NF sebanyak 10 μl siap digunakan.
29
Pengenceran primer NR (Voume 258 μl TE Buffer)
pengenceran primer NR dilakukan dengan menambahkan 90 μl Nuclease free water untuk pembuatan stok primer NR sebanyak 10 μl siap digunakan.
Pengenceran stok kontrol positif
Pengenceran stok kontrol positif dilakukan dengan menambahkan 9 μl Nuclease free water dalam 1 μl kontrol positif murni.
B. Pembuatan Larutan Buffer
DNase incubation mix (50 μl)
Yellow Core Buffer 50 μl + 0.09M MnCl2 5 μl +DNase I 5 μl, dimasukkan ke dalam membran spin basket dan diinkubasi selama 15 menit pada suhu ruang.
Buffer TAE 50x (100 ml)
Tris ditimbang sebanyak 24,2 gr kemudian ditambahkan asam asetat glasial 5,7 ml dan EDTA 0,5 M pH 8,0, selanjutnya ditambahkan 10 ml akuades hingga volume larutan 100 ml.