4 HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Deteksi dan Identifikasi Sampel Mentimun Terinfeksi Begomovirus
Gejala dan Insidensi Penyakit
Survei pada pertanaman mentimun di Jawa Barat dan Bali menunjukkan adanya variasi gejala penyakit yang disebabkan oleh Begomovirus. Gejala yang umum ditemukan antara lain mosaik kuning kehijauan pada lamina daun dan penebalan tulang daun (vein banding) (Gambar 4). Adanya variasi gejala infeksi
Begomovirus di lapangan dipengaruhi oleh kultivar mentimun yang berbeda pada saat pengamatan. Kultivar Sabana yang ditanam di Sumedang menunjukkan gejala mosaik kuning dan vein banding (Gambar 4f), sedangkan mentimun kultivar Bandana di Karawang didominasi oleh gejala klorosis, mosaik kuning, dan vein banding (Gambar 4b). Mentimun kultivar Vanessa di Sukabumi menunjukkan gejala mosaik hijau muda, dan tepian daun yang menggulung ke atas (cupping) (Gambar 4h).
Gambar 4 Variasi gejala penyakit kuning yang ditemukan di Jawa Barat (a-d) dan Bali (e-h). (a) mosaik hijau, (b) klorosis, (c) vein banding, (d)
rugose, (e) kuning, (f) mosaik kuning, (g) kerdil, (h) cupping.
Gejala pada pertanaman mentimun di Bali berbeda dengan yang ditemukan di Jawa Barat. Daun mosaik kuning banyak ditemukan pada lahan mentimun di Bali. Wiratama et al. (2015) menyatakan bahwa gejala tersebut berasosiasi dengan infeksi SLCCNV. Gejala paling parah ditemukan di Tabanan, yaitu tanaman menjadi kerdil dan tidak menghasilkan buah sama sekali (Gambar 4g).
Berdasarkan hasil deteksi DIBA menunjukkan bahwa tidak ada gejala spesifik terhadap kelompok virus tertentu. ToLCNDV dominan menginfeksi pertanaman mentimun di Jawa Barat dan Bali dibandingkan SLCV (Tabel 3). Insidensi penyakit yang disebabkan oleh ToLCNDV berkisar 28% sampai dengan 100%. Infeksi SLCV ditemukan di semua pertanaman mentimun di Bali. Insidensi penyakit paling tinggi ditemukan di Kabupaten Tabanan (80%), sedangkan paling rendah ditemukan di Gianyar (42%). SLCV juga terdeteksi pada lahan mentimun di Sumedang dan Karawang dengan insidensi penyakit masing-masing sebesar
a b c d
18
56% dan 30%. Sebanyak 7 dari total 11 lahan pengambilan sampel terdeteksi lebih dari satu spesies Begomovirus. Insidensi ganda ToLCNDV dan SLCV berkisar antara 0-64%. Berdasarkan insidensi penyakit di lapangan, ToLCNDV merupakan virus yang mendominasi pertanaman mentimun di Jawa Barat dan Bali dibandingkan SLCV.
Tabel 3 Insidensi penyakit kuning oleh ToLCNDV dan SLCV berdasarkan deteksi serologi dengan menggunakan DIBA
Lokasia Kultivar Insidensi penyakit (%) b ToLCNDV SLCV ToLCNDV + SLCV Karawang- 1 Bandana 82 0 0 2 Bandana 80 56 52 Sumedang- 1 Sabana 96 30 28 2 Sabana 78 0 0 Sukabumi- 1 Vanessa 50 0 0 2 Bandana/ Wulan 28 0 0 Klungkung- 1 Lokal 68 46 32 2 Lokal 100 64 64 Tabanan - 1 Spring Swallow 70 74 56 2 Roberto 70 80 54 Gianyar Sema 86 42 42 Total 73.3 35.6 29.8 a
Karawang-1= lahan 1 di Kecamatan Karawang Barat, Karawang-2= lahan 2 di Kecamatan Karawang Barat; Sumedang-1 = lahan 1 di Kecamatan Ujung Jaya, Sumedang-2= lahan 2 di Kecamatan Ujung Jaya; Sukabumi-1= lahan 1 di Kecamatan Cibadak, Sukabumi-2= lahan 2 di Kecamatan Parung Kuda; Klungkung-1=lahan 1 di Kecamatan Klungkung, Klungkung-2=lahan 2 di Kecamatan Klungkung, Tabanan-1=lahan 1 di Kecamatan Baturiti, Tabanan-2=lahan 2 di Kecamatan Baturiti; Gianyar= lahan di Kecamatan Puyangan.
b Insidensi penyakit = n/N × 100%, n = jumlah tanaman positif terdeteksi virus, N= total tanaman yang diuji. Angka dalam kurung menyatakan persentase insidensi penyakit.
Kultivar Bandana banyak ditanam oleh petani di Jawa Barat, yaitu Sukabumi, Karawang, Bogor, dan Subang (Septariani et al. 2014; Laili 2015). Insidensi penyakit kuning oleh ToLCNDV di Karawang sangat tinggi mencapai 96%, sedangkan di Sukabumi sebesar 28%. Meskipun kedua daerah tersebut ditanami oleh kultivar yang sama, namun umur tanaman pada saat pengamatan berbeda. Tanaman mentimun di Karawang berumur 80 hari setelah tanam (HST) sedangkan di Sukabumi 30 HST. Gejala penyakit di Karawang didominasi daun mosaik, menguning disertai penebalan tulang daun, sedangkan di Sukabumi daun mengalami klorosis, mosaik kehijauan disertai penebalan tulang daun. Septariani (2014) melaporkan bahwa ToLCNDV yang ditularkan oleh 10 ekor kutukebul pada tanaman mentimun kultivar Sabana dan Bandana menyebabkan insidensi penyakit sebesar 90% dan 70%, dengan masa inkubasi 16 sampai 20 hari.
Lahan pertanaman di Tabanan dan Gianyar lebih banyak ditanami oleh mentimun Jepang dibandingkan dengan mentimun lokal yang umum dijumpai sebagai lalapan karena sesuai dengan permintaan pasar. Mentimun Jepang yang sudah dipanen didistribusikan ke hotel-hotel di daerah tersebut. Selain itu, lahan mentimun di Tabanan dan Gianyar berada di ketinggian 550-900 m dpl (Lampiran 5), sehingga lebih cocok dengan budidaya mentimun Jepang. Sedangkan, lahan mentimun di Klungkung yang berada pada ketinggian 250 m dpl ditanami oleh
jenis mentimun lokal. Penyakit kuning pada mentimun Jepang diidentifikasi sebagai SLCCNV berdasarkan runutan nukleotida gen Rep dan TrAP. Wiratama et al. (2015) melaporkan insidensi penyakit oleh SLCCNV mencapai 80% di Tabanan pada tahun 2014. Gejala yang muncul didominasi daun menguning disertai penebalan tulang daun.
Insidensi infeksi ganda ToLCNDV dan SLCV pada pertanaman mentimun sebesar 29.8% dari semua lokasi pengambilan sampel. Variasi gejala yang diamati di lapangan dapat disebabkan adanya infeksi campuran dua atau lebih spesies virus yang berbeda. Infeksi ganda akan menghasilkan penyakit yang lebih kompleks, salah satunya ditunjukkan dengan gejala yang lebih parah dibandingkan infeksi tunggal.
Deteksi Begomovirus melalui teknik PCR
Hasil deteksi serologi terhadap ToLCNDV dan SLCV dikonfirmasi kembali dengan deteksi molekuler untuk memastikan penyebab penyakit kuning pada tanaman mentimun. Hasil amplifikasi menunjukkan sampel yang mewakili lokasi pengambilan sampel positif terinfeksi Begomovirus yang ditunjukkan dengan terbentuknya pita DNA berukuran ± 550 pb dengan menggunakan primer universal Begomovirus (Gambar 5).
Gambar 5 Hasil amplifikasi gen CP Begomovirus menggunakan primer universal pAv494 dan pAc1048. Lajur M = penanda DNA 1kb; SM= isolat asal Sumedang; SK= isolat asal Sukabumi; KR= isolat asal Karawang; KA= isolat asal Klungkung; TA= isolat asal Tabanan; G= isolat asal Gianyar.
Analisis runutan nukleotida Begomovirus
Hasil BLAST runutan nukleotida gen protein selubung terhadap isolat
Begomovirus pada tanaman mentimun di Jawa Barat dan Bali menunjukkan terdapat tiga spesies Begomovirus yang berhasil teridentifikasi, yaitu ToLCNDV, SLCCNV, dan Ageratum yellows vein virus (AYVV).
Berdasarkan hasil BLAST pada GenBank, isolat Klungkung, Karawang, Sukabumi, dan Sumedang termasuk ke dalam spesies ToLCNDV (Tabel 4).
Keempat isolat tersebut memiliki homologi nukleotida tertinggi dengan isolat ToLCNDV asal Klaten, Indonesia (AB613825), dengan persentase masing- masing sebesar 97.3%, 97.0%, 96.3%, dan 97.2%. Begitu pula dengan homologi asam amino tertinggi yaitu sebesar 99.4%, 99.4%, 97.9%, dan 99.4% dengan isolat ToLCNDV asal Klaten, Indonesia. Tomato leaf curl Kanchanaburi virus
(TLCKV) dan Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) merupakan kelompok Begomovirus yang menginfeksi tanaman Solanaceae dan dijadikan sebagai pembanding diluar grup dalam matriks homologi. Menurut Brown et al.
M SM SK KR KA TA G
500 pb 250 pb 750 pb 1000 pb
20
(2012), suatu isolat virus dinyatakan satu spesies Begomovirus yang sama apabila memiliki homologi nukleotida lebih dari 89%.
Tabel 4 Homologi isolat Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV) dengan isolat ToLCNDV yang terdapat di GenBank
Isolata
Homologi (%)b
Nomor aksesi
Klungkung Karawang Sukabumi Sumedang
nt aa nt aa nt aa nt aa
ToLCNDV - IDN 97.3 99.4 97.0 99.4 96.3 97.9 97.2 99.4 AB613825
THA1 94.2 98.9 94.7 98.9 94.0 97.3 94.9 98.9 AB368448 THA2 94.2 98.9 94.7 98.9 94.0 97.3 94.9 98.9 AB330079 IND1 94.2 98.9 94.4 98.9 93.7 97.3 94.4 98.9 KM269350 IND2 94.0 98.9 94.0 98.9 93.3 96.8 94.2 98.9 KJ744258 IND3 93.8 98.9 93.8 98.9 93.1 97.3 94.0 98.9 FN645905 IND4 93.5 98.4 93.8 98.4 93.1 96.8 94.0 98.4 AM286433 IND5 93.1 98.9 93.5 98.9 92.8 97.3 93.7 98.9 KC207815 PAK1 94.4 98.9 94.4 98.9 93.7 97.3 94.5 98.9 KC914896 PAK2 94.0 97.9 94.0 97.9 93.3 96.3 94.2 97.9 DQ116885 TAI 93.3 98.4 93.7 98.4 93.1 96.8 93.7 98.4 GU180095 TLCKV 68.4 78.0 68.5 78.0 67.5 75.9 68.7 78.0 KF446675 PYLCIV 71.0 78.5 71.2 78.5 70.5 76.9 71.3 78.5 NC008283 a
ToLCNDV-IDN, ToLCNDV asal Indonesia yang menginfeksi C. sativus; ToLCNDV-THA1, isolat ToLCNDVasal Thailand yang menginfeksi C. melo;ToLCNDV-THA2, isolat ToLCNDVasal Thailand yang menginfeksi C. sativus; ToLCNDV-IND1, isolat ToLCNDV asal India yang menginfeksi Citrullus lanatus; ToLCNDV-IND2, isolat ToLCNDV asal India yang menginfeksi Momordica charantia; ToLCNDV-IND3, isolat ToLCNDV asal India yang menginfeksi Lagenaria siceraria; ToLCNDV-IND4, isolat ToLCNDV asal India yang menginfeksi C. moschata; ToLCNDV-IND5, isolat ToLCNDV asal India yang menginfeksi Luffa cylindrical; ToLCNDV-PAK1, isolat ToLCNDV asal Pakistan yang menginfeksi Chenopodium album; ToLCNDV-PAK2, isolat ToLCNDV asal Pakistan yang menginfeksi tomat; ToLCNDV-TAI, isolat ToLCNDVasal Taiwan yang menginfeksi C. melo var. makuwa; TLCKV, isolat Tomato leaf curl Kanchanaburi virus asal Indonesia yang menginfeksi C. annum; PYLCIV, isolat Pepper yellow leaf curl Indonesia virus asal Indonesia yang menginfeksi C. annum.
b
Persentase tingkat kesamaan isolat virus didapatkan dari perhitungan menggunakan BioEdit v7.0.5. nt=nukleotida, aa=asam amino.
Isolat Karawang (KR) dan Sumedang (SM) positif terdeteksi SLCV secara serologi, namun berdasarkan perunutan nukleotida kedua isolat tersebut adalah ToLCNDV. Hal ini menunjukkan adanya reaksi silang antara antiserum SLCV yang mampu mendeteksi sampel ToLCNDV. Reaksi silang dapat terjadi karena kedekatan homologi gen protein selubung antar spesies Begomovirus sehingga menghasilkan keberadaan epitope yang sama (Kushawa et al. 2010). Oleh karena itu, sulit membedakan spesies dan strain Begomovirus melalui deteksi serologi.
Persentase homologi nukleotida gen protein selubung isolat Karawang dengan Sumedang sebesar 99.8%, isolat Karawang dengan Sukabumi sebesar 98.7%, isolat Klungkung dengan Sumedang sebesar 98%, dan antara isolat Karawang dengan Klungkung sebesar 97.9%. Homologi nukleotida terendah ditunjukkan oleh isolat Klungkung dengan Sukabumi sebesar 96%. Keempat isolat yang dirunut memiliki homologi asam amino yang sangat tinggi. Homologi asam amino tertinggi mencapai 100% antara isolat Klungkung, isolat Karawang, dan isolat Sumedang. Ketiga isolat tersebut memiliki perbedaan asam amino dengan isolat Sukabumi sebesar 2.1%. Hal ini menunjukkan bahwa isolat ToLCNDV Jawa Barat dan Bali memiliki variasi genetik yang rendah dan mengindikasikan
variasi gejala di lapangan banyak dipengaruhi oleh pola bercocok tanam, populasi serangga vektor, serta faktor lingkungan seperti cuaca dan ketersediaan air. Keempat ToLCNDV isolat Jawa Barat dan Bali memiliki homologi nukleotida paling rendah dengan Begomovirus yang menginfeksi tanaman Solanaceae yaitu isolat TLCKV (KF446675) sebesar 68.4-78.0% dan PYLCIV (NC008283) sebesar 70-78.5%.
Isolat Tabanan, Bali memiliki persentase homologi nukleotida tertinggi dengan isolat SLCCNV asal Malaysia sebesar 94.5%, diikuti oleh SLCCNV asal Vietnam, Filipina, Cina, Thailand, India, dan Pakistan secara berturut-turut sebesar 93.0%, 92.4%, 92.1%, 91.9%, 89.8%, dan 89.5% (Tabel 5). Analisis homologi nukleotida ini sesuai dengan laporan Wiratama et al. (2015), bahwa isolat SLCCNV Indonesia memiliki kedekatan dengan isolat SLCCNV asal Malaysia berdasarkan hasil amplifikasi gen Rep dan TrAP sebesar 91%.
Tabel 5 Homologi Squash leaf curl China virus isolat Bali-Tabanan dengan isolat yang terdapat di GenBank
Isolata Homologi (%)
b
Tanaman inang Nomor aksesi
Nukleotida Asam amino
SLCCNV- MAL 94.5 95.8 Cucumis sativus EF197940
PHI 92.4 94.2 Sechium edule EU487031
THA 91.9 94.7 Benincasa hispida EU543562
VIE 93.0 96.3 Cucurbita moschata KC857509
CHN 92.1 94.7 C. moschata KC171648
PAK 89.5 95.8 C. pepo AM286794
IND 89.8 96.8 C. moschata DQ026296
TLCKV 76.9 76.9 Capsicum annum KF446675
PYLCIV 77.4 77.4 C. annum NC008283
a
SLCCNV-MAS, isolat Malaysia yang menginfeksi mentimun; SLCCNV-PHI, isolat Filipina yang menginfeksi labu siam; SLCCNV-THA, isolat Thailand yang menginfeksi beligo; SLCCNV-VIE, isolat Vietnam yang menginfeksi labu kuning; SLCCNV-CHN, isolat Cina yang menginfeksi labu kuning; SLCCNV-PAK, isolat Pakistan yang menginfeksi waluh; SLCCNV-IND, isolat India yang menginfeksi labu kuning; TLCKV, isolat Tomato leaf curl Kanchanaburi virus asal Indonesia; PYLCIV, isolat Pepper yellow leaf curl Indonesia virus asal Indonesia digunakan sebagai pembanding diluar grup.
b
Persentase tingkat kesamaan iosolat virus didapatkan dari perhitungan menggunakan BioEdit v7.0.5.
Tabel 6 Homologi Ageratum yellows vein virus isolat Bali dengan isolat yang terdapat di GenBank
Isolata Homologi (%)
b
Tanaman inang Nomor aksesi
Nukleotida Asam amino
AYVCV-PHI 92.7 95.2 Synedrella nodiflora KC577539
AYVV- IND 93.2 95.2 Nicotiana benthamiana AB100305
CHN 92.0 95.2 Sonchus oleraceus AM940137
USA 92.2 95.8 Solanum lycopersicum KR094067
THA 91.3 94.7 Sauropus androgynus JN809820
TAI 90.8 95.2 N. tabacum EF458639
CHN 90.6 95.2 Ageratum conyzoides KJ016235
TLCKV 74.5 80.6 Capsicum annum KF446675
PYLCIV 72.4 79.5 C. annum NC008283
a
AYVCV-PHI, Ageratum yellow vein China virus isolat Filipina yang menginfeksi jotang kuda; AYVV-IND, isolat Indonesia yang menginfeksi tembakau; AYVV-CHN, isolat Cina yang menginfeksi tempuyung; AYVV-USA, isolat Amerika serikat yang menginfeksi tomat; AYVV-THA, isolat Thailand yang menginfeksi katuk; AYVV-TAI, isolat Taiwan yang menginfeksi tembakau; AYVV-THA, isolat Thailand yang menginfeksi katuk; AYVV-CHN, isolat Cina yang menginfeksi babadotan; TLCKV, isolat Tomato leaf curl Kanchanaburi virus asal Indonesia; PYLCIV, isolat Pepper yellow leaf curl Indonesia virus asal Indonesia digunakan sebagai outgroup.
b
22
Analisis nukleotida menunjukkan bahwa isolat Gianyar, Bali memiliki homologi nukleotida tertinggi dengan AYVV asal Indonesia yang menginfeksi tanaman N. benthamiana sebesar 92.1% dan memiliki homologi nukleotida terendah dengan isolat AYVV asal Taiwan sebesar 89.5% yang menginfeksi tanaman N. tabacum. Sementara, isolat AYVV Gianyar, Bali memiliki homologi asam amino tertinggi dengan isolat AYVV Amerika serikat sebesar 95.8% sedangkan terendah dengan isolat asal Thailand sebesar 94.7% (Tabel 6).
Pada saat pengamatan di lapangan, banyak dijumpai A. conyzoides pada lahan pertanaman mentimun di Bali. Diduga, AYVV yang ada pada gulma A. conyzoides diakuisisi oleh B. tabaci kemudian terbawa secara alami pada saat serangga makan pada tanaman mentimun. AYVV merupakan salah satu spesies
Begomovirus yang memiliki genom monopartit dan banyak dilaporkan menginfeksi gulma, salah satunya A. conyzoides (Tan et al. 1995). Gulma ini banyak ditemukan pada pertanaman hortikultura di Indonesia dan berpotensi sumber inokulum Begomovirus. Kon et al. (2007) melaporkan, A. conyzoides
yang tumbuh pada pertanaman tomat berpotensi menjadi sumber inokulum
Tomato leaf curl Java virus. Infeksi ToLCJV dan AYVV dapat menyebabkan penyakit daun keriting pada tanaman tomat.
Analisis Filogenetika Begomovirus pada Tanaman Mentimun
Analisis filogenetika menunjukkan bahwa isolat Karawang, Klungkung, Sumedang, dan Sukabumi berada dalam satu grup yang sama dengan isolat ToLCNDV asal Klaten, Indonesia pada kelompok pertama, dan terpisah dengan isolat ToLCNDV yang menginfeksi tanaman cucurbit di Negara Asia lainnya (Gambar 6). Mizutani et al. (2011), menyatakan bahwa DNA-A ToLCNDV asal Klaten diklasifikasikan sebagai salah satu strain ToLCNDV, disebut ToLCNDV- Indonesia.
Gambar 6 Pohon filogenetika ToLCNDV yang menginfeksi tanaman mentimun di Jawa Barat dan Bali. Analisis filogenetika menggunakan perangkat lunak MEGA 6.0 dengan metode Neighbour Joining dengan bootstrap 1000x. TLCKV dan PYLCIV digunakan sebagai pembanding diluar grup. ToLCNDV_IDN_Karawang ToLCNDV_IDN_Sumedang ToLCNDV_IDN_Sukabumi ToLCNDV_IDN_Klungkung ToLCNDV_IDN_Mentimun (AB613825) ToLCNDV_TAI_Melon (GU180095) ToLCNDV_THA_Melon (AB368448) ToLCNDV_THA_Mentimun (AB330079) ToLCNDV_PAK_Tomat (DQ116885) ToLCNDV_IND_Labu (AM286433) ToLCNDV_IND_Semangka (KM269350) ToLCNDV_IND_Paria (KJ744258) ToLCNDV_IND_Labu botol (FN645905) ToLCNDV_PAK_Chenopodium (KC914896) TOLCNDV_IND_Belustru (KC207815) TLCKV_IDN_Cabai (KF446675) PYLCIV_IDN_Cabai (NC008283) 100 97 94 96 95 100 70 64 81 I II V III IV VI outgroup
Gambar 7 Pohon filogenetika Squash leaf curl China virus yang menginfeksi tanaman mentimun di Bali menggunakan perangkat lunak MEGA 6.0 dengan metode Neighbour Joining dengan bootstrap 1000x. Tomato leaf curl Kanchanaburi virus (TLCKV); Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) digunakan sebagai pembanding diluar grup.
Analisis filogenetika berdasarkan runutan nukleotida gen protein selubung SLCCNV menunjukkan terdapat dua kelompok utama (Gambar 7). Kelompok pertama terdiri atas isolat SLCCCNV asal Cina, Vietnam, Thailand, Malaysia, Filipina, dan Indonesia, sedangkan kelompok kedua terdiri atas isolat SLCCNV asal India dan Pakistan. Menurut Tahir et al. (2010), SLCCNV dibedakan menjadi dua strain virus berdasarkan lokasi geografis yaitu strain “India” dan “Cina”. Pohon filogenetika menunjukkan bahwa isolat SLCCNV Tabanan mengelompok dengan grup strain “Cina”, terdiri atas isolat SLCCNV asal Malaysia, Filipina, Thailand, Vietnam, dan Cina, serta terpisah dengan grup strain “India” yaitu isolat SLCCNV asal India dan Pakistan. SLCCNV strain “India” diketahui hanya menyebar di wilayah India dan Pakistan, sedangkan strain “Cina” ditemukan di Cina dan Vietnam (Revill et al. 2003, Tahir et al. 2010). Berdasarkan demarkasi, satu spesies Begomovirus dikelompokkan satu strain yang sama apabila memiliki homologi nukleotida lebih dari 91% dan kurang dari 95% (Brown et al. 2012).
Gambar 8 Pohon filogenetika Ageratum yellows vein virus yang menginfeksi tanaman mentimun di Bali menggunakan perangkat lunak MEGA 6.0 dengan metode Neighbour Joining dengan bootstrap 1000x.
Tomato leaf curl Kanchanaburi virus (TLCKV); Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (PYLCIV) digunakan sebagai pembanding diluar grup.
SLCCNV_CHN_Labu (KC171648) SLCCNV_VIE_Labu (KC857509) SLCCNV_THA_Beligo (EU543562)) SLCCNV_MAS_Mentimun (EF197940) SLCCNV_PHI_Labu siam (EU487031)
SLCCNV_IDN_Tabanan SLCCNV_PAK_Waluh (AM286794) SLCCNV_IND_Labu (DQ026296) TLCKV_IDN_Cabai (KF446675) PYLCIV_IDN_Cabai (NC008283) 100 100 80 93 AYVCV_PHI_Jotang kuda (KC577539) AYVV_CHN_Tempuyung (AM940137) AYVV_IDN_Tembakau (AB100305) AYVV_USA_Tomat (KR094067) AYVV_THA_Katuk (JN809820) AYVV_TAI_Tembakau (EF458639) AYVV_CHN_Babadotan (KJ016235) AYVV_IDN_Gianyar TLCKV_IDN_Cabai (KF446675) PYLCIV_IDN_Cabai (NC008283) 100 99 89 I II outgroup I II outgroup
24
Isolat Gianyar memiliki kekerabatan yang sangat dekat dengan AYVV dibandingkan dengan ToLCNDV maupun SLCCNV. Berdasarkan analisis filogenetika, isolat Gianyar terpisah dari AYVV grup 1 atau grup AYVV yang terdeposit pada GenBank. AYVV memang belum pernah dilaporkan menginfeksi secara alami pada tanaman mentimun di Indonesia. Analisis filogenetika menunjukkan bahwa AYVV isolat Gianyar memiliki kekerabatan yang cukup jauh dengan AYVV yang menginfeksi A. conyzoides dan terpisah dengan isolat AYVV lainnya (Gambar 8).