BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.2. Interpretasi dan Analisis Data
Data keragaman genetik Jati rakyat (Tectona grandis Linn. f.) antar propinsi didasarkan oleh nilai parameter keragaman genetik seperti disajikan pada Tabel 8. Parameter keragaman genetik yang diukur adalah jumlah alel yang diamati (na), jumlah alel yang efektif (ne), jumlah lokus polimorfik, persen lokus polimorfik (PLP) dan heterozigitas harapan (He). Hasil perhitungan semua parameter diatas
dengan softwere POPGENE 32 disajikan pada Lampiran 2. Tabel 8 Pengukuran Variasi Genetik antar propinsi (Nei’s 1972)
Populasi Jati Rakyat N na ne He PLP Jati Rakyat Jawa Barat-Banten (Pop 1) 7 1.6364 1.1755 0.1311 63.64 % Jati Rakyat Jawa Timur (Pop 2) 12 1.9091 1.4124 0.2478 90.91 % Jati Rakyat Jawa Tengah (Pop 3) 10 1.9091 1.6616 0.2896 90.91 % Rata-Rata 10 1.8182 1.4165 0.2228 81.82 %
Keterangan :
N : Jumlah Populasi na : Jumlah alel yang diamati
ne : Jumlah alel yang efektif [Kimura dan Crow (1964)] He : Heterozigitas harapan = keragaman gen
PLP : Persentase Lokus Polimorfik
Pada Tabel 8 dapat dilihat bahwa populasi Jati Rakyat Jawa Tengah (Populasi 3) memiliki nilai rata-rata na = 1.9091, ne = 1.6616, PLP = 90.91 % dan He = 0.2896, nilai ini merupakan nilai yang paling besar diantara 2 populasi
yang lain, sedangkan populasi Jati Rakyat Jawa Barat-Banten (Populasi 1) memiliki nilai rata-rata na, ne, PLP dan He yang paling kecil (na = 1.6364,ne =
1.1755, PLP = 63.64 %dan He = 0.1311) bila dibandingkan nilai rata-rata 2
populasi yang lain. Nilaina dan PLP populasi Jati Rakyat Jawa Tengah (Populasi 3) sama dengan nilaina dan PLP pada populasi Jati Rakyat Jawa Timur (Populasi 2) (na = 1.9091 dan PLP = 90.91 %), hal tersebut disebabkan oleh jumlah lokus polimorfik yang sama. Akan tetapi nilai ne dan He populasi Jati Rakyat Jawa
Tengah (Populasi 3) paling besar (ne = 1.6616dan He= 0.2978) dibandingkan
nilai ne dan He pada populasi Jati Rakyat Jawa Timur (Populasi 2) dan populasi
31
perbedaan alel pada lokus yang polimorfik. Berdasarkan penelitian sebelumnya nilai rata-rata keragaman genetik antar populasi Jati Muna berdasarkan RAPD adalah He = 0.2782 (Lengkana, 2007). Nilai ini tidak berbeda jauh dengan nilai rata-rata keragaman pada Jati Rakyat yaitu (He = 0.2228). Pada umumnya nilai rata-rata keragaman genetik (He) untuk Jati berkisar antara 0.1-0.3 (Siregar, 2008). Nilai keragaman genetik dari Jati Rakyat Jawa Barat-Banten (Populasi 1) berada pada tingkat terendah dari 3 populasi yang ada, yaitu sebesar (He = 0.1311). Hal ini menunjukkan bahwa tingkat keragaman genetik dalam populasi Jati Rakyat Jawa Barat-Banten (Populasi 1) rendah.
Berdasarkan data parameter keragaman genetik pada Tabel 8, dapat dikatakan populasi Jati Rakyat Jawa Tengah (Populasi 3) memiliki keragaman genetik yang paling tinggi diantara 2 populasi Jati Rakyat dari populasi lainnya. Pengelompokan genetik didasarkan pada jarak genetik. Jarak genetik digunakan untuk mengukur perbedaan struktur genetik antar dua atau lebih populasi. Semakin kecil jarak genetik, semakin dekat kekerabatan genetiknya. Sebaliknya, semakin besar jarak genetik, maka semakin jauh kekerabatan genetiknya. Dari pengamatan scoring lokus dari Gambar 11 dengan menggunakan program POPGENE 32, didapatkan analisis gerombol (cluster analysis) dan nilai jarak genetik (Gambar 12).
Gambar 12 Dendrogram Jati Rakyat Antar propinsi dengan teknik RAPD
(Pop 1: Jawa Barat-Banten, Pop 2: Jawa Timur, Pop 3: Jawa Tengah)
Pada Gambar 12 dapat dilihat bahwa populasi Jati Rakyat Jawa Tengah (Populasi 3) berada pada satu klaster pertama dengan Jati Rakyat Jawa Timur (Populasi 2). Sedangkan klaster selanjutnya bergabung dengan Jati Rakyat Jawa Barat-Banten (Populasi 1). Dari hasil analisis gerombol tersebut menunjukkan
32
bahwa jarak genetik terdekat adalah antara populasi Jati Rakyat Jawa Tengah (Populasi 3) dengan Jati Rakyat Jawa Timur (Populasi 2) yaitu 0.0198 (Lampiran 4). Data ini menunjukkan bahwa populasi Jati Rakyat Jawa Tengah (Populasi 3) dan populasi Jati Rakyat Jawa Timur (Populasi 2) memiliki struktur genetik yang mirip (kekerabatan yang dekat).
Berdasarkan pola pita yang dilihat dari hasil RAPD yang telah dilakukan, keragaman pola pita dalam satu populasi tidak terlalu banyak. Dari 3 populasi Jati Rakyat yang di RAPD hanya populasi Jati dari Rakyat Jawa Tengah (Populasi 3) yang memiliki keragaman pola pita yang tinggi dibandingkan dengan 2 populasi Jati lainnya. Tingkat keragaman genetik dalam populasi yang paling rendah adalah populasi Jati Rakyat Jawa Barat-Banten (Populasi 1) dibandingkan 2 populasi lainnya. Hal ini disebabkan oleh kerapatan populasi yang rendah. Kerapatan populasi yang rendah tersebut menyebabkan suatu jenis kurang bervariasi.
Dari pengamatan scoring lokus dari Gambar 11 dengan menggunakan program POPGENE 32, didapatkan analisis gerombol (cluster analysis) dan nilai jarak genetik. Analisis gerombol (Gambar 13) dan nilai jarak genetik ini menggunakan metode pemasangan kelompok aritmatika tidak berbobot (Unweighted Pair-Grouping Method with Aritmatic Averaging, UPGMA), sehingga dihasilkan dendrogram jarak genetik antar populasi. Jarak genetik untuk teknik RAPD dapat dilihat pada Lampiran 3.
33
Pada Gambar 13 dapat dilihat bahwa populasi Jati Kebonharjo dan populasi Jati Ngawi membentuk kelompok (klaster) pertama. Populasi Jati Kendal bergabung dengan kelompok pertama membentuk kelompok kedua. Kelompok ketiga terbentuk dari populasi Jati Rangkasbitung dan Populasi Jati Bogor bergabung dengan kelompok kedua, setelah itu untuk membentuk kelompok keempat populasi Jati Bojonegoro bergabung dengan kelompok ketiga. Kelompok kelima terbentuk dari kelompok keempat dengan populasi Jati Cepu, dan akhirnya kelompok kelima menyatu dengan populasi Jati Randublatung membentuk kelompok yang lebih besar yaitu sebagai kelompok keenam.
Berdasarkan pada Lampiran 3 hasil analisis gerombol menunjukkan bahwa jarak genetik terdekat adalah antara populasi Jati Kebonharjo dengan populasi Jati Ngawi yaitu 0.0124. Data ini menunjukkan bahwa populasi Jati Kebonharjo dan populasi Jati Ngawi memiliki struktur genetik yang mirip (kekerabatan yang dekat). Dari dendrogram tersebut dapat juga dilihat bahwa populasi Jati Rangkasbitung dan Populasi Jati Bogor membentuk satu kelompok (klaster). Kelompok tersebut bersatu membentuk kelompok selanjutnya dengan Jati dari kelompok kedua.
Berdasarkan penelitian sebelumnya jarak genetik untuk populasi Jati Cepu, populasi Jati Kebonharjo dan populasi Jati Bojonegoro memiliki jarak yang dekat dan berada pada satu kelompok (Lengkana, 2007). Pada penelitian kali ini dapat dilihat bahwa populasi Jati Cepu, populasi Jati Kebonharjo dan populasi Jati Bojonegoro tidak berada pada satu kelompok. Tetapi untuk populasi Jati Kebonharjo berada pada satu kelompok dengan populasi Jati Ngawi yaitu 0.0124, sedangkan jarak genetik antara populasi Jati Kebonharjo dengan populasi Jati Bojonegoro berbeda jauh dengan jarak genetik antara populasi Jati Kebonharjo dengan populasi Jati Cepu yaitu sebesar 0.2136 (Lampiran 3). Berdasarkan data tersebut maka jelaslah bahwa Jati Cepu, Jati Kebonharjo dan Jati dari Bojonegoro memiliki jarak genetik yang jauh (struktur genetik yang tidak sama).
Kemudian untuk populasi Jati Rangkasbitung dan Kendal pada penelitian sebelumnya memiliki jarak genetik yang jauh dan hasilnya sama dengan penelitian kali ini bahwa kekerabatan antara populasi Jati Rangkasbitung dengan Kendal memiliki jarak genetik yang jauh juga (struktur genetik tidak sama).
34