Setelah Muktamar Krapyak Yogyakarta, Gus Dur kelihatan mulai mengambil posisi kritis dengan pemerintah. Sikap kritisnya ini, menimbulkan persepsi di kalangan sementara orang dirinya dipengaruhi dan didalangi Benny Moerdani. Persepsi semacam ini seolah-olah bisa menjelaskan mengapa ia berbuat demikian pada saat Benny Moerdani semakin kritis terhadap Suharto. Benny Moerdani, jelas mendukung sikap kritis Gus Dur karena sikap kritis itu bisa mengganggu Soeharto juga. Di samping persepsi seperti itu, di kalangan orang ICMI, Gus Dur dianggap dekat dengan orang-orang Katolik. Jelas ini satu gambaran sederhana yang tidak benar. Gus Dur dekat Katolik, juga dengan agama lainnya. Tapi itu saya kira lebih dikarenakan dimensi humanismenya Gus Dur. Sebagai seorang humanis, ia memang sangat prihatin dengan munculnya konflik besar di Indonesia apalagi konflik antar umat. Konflik antar umat ini memang bahaya yang nyata, bukan khayali di negeri ini. Sebagai orang yang selalu menekankan toleransi antar agama, satu hal yang paling ditentang adalah kecenderungan menghadapi umat lain seperti tercermin pada kasus Monitor. Sikap yang ditunjukkan Gus Dur pada peristiwa Monitor ini membuat orang banyak marah. Banyak pemimpin Islam yang marah ikut arus massa. Dan dikalangan Islam, hanya Gus Dur yang kritis terhadap umatnya sendiri. Sebagai Muslim, ia memang tersinggung dengan apa yang diekspose oleh Monitor, tapi kemarahannya tidak membuatnya kehilangan daya kritisnya. Ia menulis, "sebagai orang Islam saya menangis. Mana Islam yang saya cintai, mana Islam yang berarti cinta terhadap sesama manusia. Kemana pada kasus Monitor ini ditunjukkan, Islam yang tidak membenci. Hati saya sebagai muslim menangis melihat peristiwa itu."
Dengan argumentasinya itu ia dapat meyakinkan banyak orang bahwa kemarahan yang begitu cepat itu keliru. Dari kasus Monitor ini, pada sisi lain menunjukkan bahwa konflik setiap saat bisa meletus antara dua umat atau lebih. Pada kasus Monitor (5 ini memang
seorang pemimpin agama dihadapkan pada pilihan yang sulit, tetap menjalankan tugas dan fungsinya memimpin atau mengikuti arus massa yang marah. Lebih-lebih bila kasus itu mengarah pada suatu yang sangat berbahaya. Sikap dan tindakan Gus Dur dalam menyikapi kasus Monitor ini, memiliki keberanian yang saya kagumi. Pada titik yang sangat kritis, ia lulus ujian di mana banyak pemimpin lainnya gagal. Sikap seperti itu mencerminkan kesadaran dan karena kesadarannya itu ia memiliki penglihatan yang mencerminkan kapasitas dirinya sebagai seorang negarawan. Jelas, yang dipikirkan Gus Dur bukan hanya kepentingan satu kelompok saja tetapi kepentingan seluruh bangsa. Sikap, tindakan dan pikiran yang demikian itu, tidak dikarenakan pengaruh dan didalangi Benny Moerdani. Sikapnya yang demikian, didukung lagi dengan Rois Aamnya, KH Achmad Siddiq yang memiliki cakrawala yang luas. Kiai Achmad Siddiq, di antara para kiai, merupakan sosok yang bisa mengambil jarak dari kelompoknya sendiri dan bisa melihat kepentingan yang lebih luas. Kiai Achmad Siddiq mengungkapkan masalah ini dengan ungkapan yang sedikit lebih tradisional. Ia berbicara tentang perlunya ukhuwah Islamiyah, persaudaraan sesama Muslim. Kemudian dia menambah lagi dua ukhuwah lain, yaitu ukhuwah wathaniyah (persaudaraan antar orang sebangsa, setanah air) dan ukhuwah basyariyah yang mencakup persaudaraan seluruh manusia. Tentang Kiai Achmad Siddiq ini, Gus Dur pernah mengatakan kepada saya, bahwa Kiai Achmad Siddiq mempunyai cakrawala yang dapat melihat bahwa kelompok NU memang berposisi terbelakang dalam negeri ini. Masyarakat seluruh dunia sedang berubah cepat, jadi dia bisa mengaitkan antara visinya terhadap kepentingan orang NU, kepentingan seluruh umat Islam Indonesia dan Indonesia sebagai dunia ketiga. Tampak di sini, Kiai Achmad Siddiq bisa mengungkapkan dan mendefinisikan permasalahan yang dihadapi umat, suatu agenda pembicaraan yang selalu diungkapkan Gus Dur juga, hanya dalam hal ini Gus Dur mengungkapkan de- ngan cara yang lebih canggih. Banyak orang di daerah tidak bisa mengikuti dan memahai pemikiran Gus Dur. Meskipun begitu ada kesadaran di kalangan Orang yang tidak bisa mengikuti pemikiran ini yang kurang lebih begini: NU memang membutuhkan pemimpin yang memiliki visi yang luas. Oleh orang-orang ini, Gus Dur memang selalu kritik tetapi kritiknya hanya menyangkut beberapa hal saja tidak mencakup orang secara keseluruhan dan hanya terfokus pada perilakunya yang dianggap nyleneh. Ada kesadaran umum, bahwa Gus Dur memang dibutuhkan NU untuk bisa membawa warga NU kepada masa depan yang lebih baik. Lebih-lebih setelah orang- orang daerah ini melihat dan menyadari, realitas orang-orang NU yang banyak disingkirkan dari posisi strategis, terbelakang secara pendidikan, sosial dan ekonomi, sehingga membutuhkan pemimpin yang bisa membawa NU yang memiliki budaya sendiri untuk berhubungan dengan kelompok lain.
Jauh sebelom Gus Dur, NU pernah memiliki Subchan ZE. Subchan tidak berasal dari kalangan NU, pendidikannya bukan pesantren, konon suka berdansa-dansi dan kehidupannya sangat 'sekuler'. Tetapi ia memiliki loyalitas terbadap NU serta memiliki cakrawala luas dan pandangan strategis ke depan, di samping memiliki hubungan dengan berbagai kelompok masyarakat. Memiliki hubungan baik dengan militer dengan kalangan religius dan sekuler dari PSI sampai orang Masyumi. Subchan juga orang yang memiliki banyak dimensi. Orang seperti ini diperlukan. Pada waktu itu para kiai tidak senang dengan Subchan, tetapi para pengurus cabang yang bukan kiai tetap membutuhkan jembatan untuk berhubungan dengan kelompok masyarakat lain. Mereka memilih Subchan Secara terang-terangan walaupun tidak disenangi Kiai Bisri. Sama dengan Gus Dur, orang di daerah terutama pengurus cabang, merasa sevisi dengan Gus Dur. Lebih-lebih Gus Dur memiliki hubungan internasional yang luas, bisa masuk di kalangan apa saja dan memiliki hubungan baik dengan ABRI.
Yang 'lebih' dari Gus Dur adalah bahwa ia selalu kritis dengan kelompok lain. Dengan Benny Moerdani misalnya, meskipun berhubungan baik tetapi ia tetap kritis. Ia terang- terangan mengkritik Benny dalam Kata Pengantar Biografinya misalnya, ia menulis sebagai seorang yang sangat menghargai hak-hak asasi manusia, ia tidak lama ataupun yang baru, Pada sisi lain, sikap Gus Dur itu juga bisa memberikan perlindungan pada generasi muda NU yang haus akan pemikiran baru dan suka berpikir kritis baik dalam masalah agama maupun bidang politik. Saya melihat di tubuh NU, terutama di kalangan mudanya suatu suasana diskusi yang lebih bebas dibandingkan dengan suasana yang sama pada ormas Islam lainnya, maupun yang non Islam,
Suasana yang tercipta itu pada sisi lain memunculkan satu proses kreatifitas olah nalar yang sudah terlalu mengalami kemandegan dalam berpikir dan saya kira Indonesia memerlukan generasi baru yang berani berfikir kreatif. Kelak lapisan muda NU yang tengah mekar dengan situasi berfikir bebas itu akan memunculkan pemikiran besar. Pemikiran kritis dan besar itu perlu karena bangsa yang tidak memiliki pemikir-pemikir kritis maka bangsa itu tidak akan menghasilkan apa-apa
Dari sini bisa dipahami tidak mungkin bagi kita untuk mengkritik Gus Dur hanya dari segi pemikiran saja secara negatif, karena pada sisi lain banyak menimbulkan implikasi positif. Pemerintah (6 biarpun tidak senang dengan banyak hal yang dikemukakan Gus Dur, menyadari diperlukan juga orang-orang yang berfikir kritis seperti Gus Dur.7 Kalau dia bicara soal kerukunan antar penganut umat beragama, semua orang tahu hal itu dikemukakan Gus Dur secara bersungguh-sungguh. Dia berhasil meredam suasana yang hangat seperti kasus Monitor membuktikan kalau orang seperti dia dibutuhkan di negeri ini. Tokoh yang memiliki otoritas moral yang diakui sebagian besar umatnya dan loyal kepada bangsa. Gus Dur, adalah orang yang sangat loyal kepada UUD dan Pancasila, pemerintah tidak meragukan loyalitasnya itu.
Pada saat yang sama, ia orang yang oleh golongan non-Islam dianggap sebagai juru selamat mereka. Golongan ini merasa kalau tidak ada Gus Dur mereka terancam oleh suasana baru dalam Islam, terutama ketika umat Islam sedang mendapat angin. Itu sebabnya, kalau selama ini Gus Dur dianggap mengganggu pemerintah dengan kritik-kritiknya maka pemerintah tidak akan begitu saja mengabaikan posisi Gus Dur. Pada diri Gus Dur tampak memiliki kebebasan yang tidak dimiliki banyak orang Indonesia.
Walaupun begitu, dalam kapasitasnya selaku Ketua Umum Tanfidziyah NU, saya tidak pernah mengatakan Gus Dur itu seorang demokrat. Hal-hal yang mengatasnamakan NU, seperti ketika dia diwawancarai pers, apa yang dikemukakan itu seringkali bukan hasil musyawarah. Kalau ditanya tentang kesediaannya untuk menjadi ketua Umum PPP misalnya, dia menjawab akan konsultasi dulu dengan koleganya di NU. Begitu dia menjawab, itu atas nama Gus Dur pribadi, dia bicara selaku pribadi. Keikutsertaannya di Forum Demokrasi misalnya, atas nama pribadi, tidak sebagai PBNU, tetapi itu sulit dipisahkan. Sebab Gus Dur itu milik NU dan ia menjadi besar dan lebih diperhatikan karena mewakili NU.