0.40
0.60
0.80
1.00
P1 P2 F2-1 F2-7 F2-12 F2-18 F2-31 F2-34 F2-52 F2-66 F2-82 F2-11 F2-3 F2-50 F2-72 F2-38 F2-51 F2-67 F2-62 F1 F2-2 F2-42 F2-44 F2-8340 Tabel 4.2 Hasil skoring pada tujuh turunan F2 dan tetua P1, P2 dan F1 dengan menggunakan 7 marka SSR
Marka P1 P2 F1 F2 F1→F2 P1→F1 P2→F1 1 50 38 51 62 2 83 IPS14 0-0 1-1 1-2 1-1 1-1 1-1 1-2 1-2 1-2 1-2 √ x √ PeGBMS466 1-1 1-2 1-2 1-1 1-2 1-1 1-1 1-1 1-2 1-2 √ √ √ PeGBMS343 0-0 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 √ x √ PeGBMS478 1-1 1-2 1-2 1-2 1-2 2-2 1-2 2-2 1-2 2-2 √ √ √ IPS51 0-0 1-1 1-2 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 √ x X IPS52 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 √ √ √ PGVB11 0-0 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 1-1 √ x √
Pada persilangan yang terkendali keragaman genetik yang terbentuk merupakan kontribusi genetik dari kedua tetua. Semakin jauh kekerabatan genetik kedua tetua akan menghasilkan keragaman genetik yang tinggi, demikian juga sebaliknya. Prabha et al. (2011) mengatakan untuk analisis parental, dibutuhkan
jumlah lokus yang banyak dengan marka yang tingkat polimorfiknya tinggi, sehingga menghasilkan alel lebih banyak. Jumlah alel yang lebih banyak berfungsi untuk mengurangi kemungkinan lebih dari satu calon tetua membawa satu set alel yang sesuai dengan progeni pada setiap lokus.
Tujuh lokus yang digunakan dalam analisis keragaman genetik anggrek
Phalaenopsis menunjukkan tiga lokus yang polimorfis, dengan tingkat
polimorfisme yang dihasilkan rendah. Populasi yang terbatas yang digunakan dalam penelitian ini diduga menjadi salah satu penyebab polimorfisme yang rendah, disamping itu juga tingkat kekerabatan genetik progeni F2 juga sangat dekat karena dihasilkan dari penyerbukan sendiri. Semakin tinggi nilai polimorfis maka akan semakin tinggi pula tingkat keragaman genetik aksesi anggrek
Phalaenopsis yang diamati. Marka molekuler dapat memberikan gambaran yang
cukup tinggi tentang perbedaan genetik, baik pada tingkat spesies maupun pada kerabat jauhnya. Penanda molekuler dapat mendeteksi variasi genetik pada tingkat jaringan atau seluler dan polimorfisnya tidak dipengaruhi oleh lingkungan. Semakin jauh jarak genetik suatu tanaman maka tingkat keragaman genetiknya semakin tinggi pula.
Simpulan
Tiga puluh enam marka SSR yang digunakan untuk evaluasi kekerabatan dan keragaman genetik dapat mengetahui identitas dari tetua P1, P2, F1 dan keragaman genetik dua puluh satu progeni F2. Individu P1 tidak memiliki hubungan genetik dengan individu F1 dan teridentifikasi tujuh genotipe F2 anggrek Phalaenopsis pada dua puluh satu progeni F2 yang dianalisis
menggunakan NTSYS.
DAFTAR PUSTAKA
Asgedom S, Vosman B, Esselink D, Struik PC. 2011. Diversity between and within farmers varietis of tomato from eritrea. African J Biotech. 10:
2193-2200.
Asiedu R, Kuile N, Mujeeb-Kazi A. 1989. Diagnostic markers in Wheat wide crosses. Review of Advances in Plant Biotechnology. Mexico
Azmat MA and Khan AA. 2010. Assessment of genetic diversity among the varieties of Gossypium arboreum and Gossypium hirsutum through
RAPD and SSR markers. Pak. J. Bot. 42:3173-3181.
Azrai M. 2006. Sinergi teknologi marka molekuler dalam pemuliaan tanaman jagung. J Litbang Pertanian. 25:81-89.
Boer D. 2007. Keragaman dan Struktur Genetik Populasi Jati Sulawesi Tenggara Berdasarkan Marka Mikrosatelit. Disertasi. Bogor (ID): Institut Pertanian Bogor.
Boonsrangsom T, Pongtongkam P, Masuthon S, Peyachoknagul S. 2008. Development of microsatellite markers for Dendrobium orchids. Thai J
Genec. 1:47-56.
Brody JR, Kern, SE. 2004. Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis. Bio Tech. 36:214-216.
Burstin J, Deniot GJ, Potier C, Weinachter G, Aubert A, Baranger. 2001. Microsatelite polymorphism in Pisum sativum. Plant Breed. 120:311-
317.
Chakravarthi BK, Naravaneni R. 2006. SSR marker based DNA fingerprinting and diversity study in Rice (Oryza sativa L.). African J Biotech. 5:684-
688.
Creste S, Neto AT, Figueira A. 2001. Detection of single sequence repeat polymorphisms in denaturing polyacrylamide sequencing gels by silver staining. Plant Mol Biol Rep. 19:299–306.
Ehtemam MH, Rahiminejad MR, Saeidi H, Tabatabaei BES, Krattinger SG, Keller B. 2010. Relationships among the a genomes of Triticum L.
species as evidenced by SSR Markers, in Iran. Int. J Mol Sci. 11:4309-
4325.
de Vicente MC, Fulton T. 2003. Using molecular marker technique in studies on plant genetic diversity. tanggal 7 Februari 2012.
Doyle JJ, Doyle JL. 1991. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12:13-
15.
Draheim H, Cui M, Dick CW. 2009. Characterization of 14 microsatellite DNA markers for the tropical forest tree Virola surinamensis (Rol.) Warb.
(Myristicaceae). Mol Ecol Res. 12:1386-1388.
Fatimah, Sukma D. 2011. Development of sequence-based microsatellite marker
Hemmila S, Kumara M, Ravikanth G, Guftasson S, Vasudeva R, Ganeshaiah KN, Shaanker RU, Lascoux M. 2010. Development of eleven microsatellite markers in the red-listed tree species Myristica malabarica. Conservation
Genet Resour. 2:305-307.
Hildebrand CE, Torney DC, Wagner RP. 1992. Informativeness of polymorphic DNA markers. Los Alamos Sci. 20: 100-102.
Hsu CC, Chung YL, Chen TC, Lee YL, Kuo YT, Tsai WC, Hsiao YY, Chen YW, Wu WL, Chen HH. 2011. An overview of the Phalaenopsis orchid
genome through BAC and sequence analysis. BMC Plant Biology. 11.33-
38.
Jonah PM, Bello LL, Lucky O, Midau A, Moruppa A. 2011. Review: The
importance of molecular markers in plant breeding programmes. Global
J Sci Frontier R. 11:5-12.
Juejen N, Chunwongse C, Chunwongse J. 2013. Development of EST-derived markers in Dendrobium from EST of related taxa. J Sci Technol. 35:149-
158.
Kumar P, Gupta VK, Misra AK, Modi DR and Pandey BK. 2009. Potential of molecular markers in plant biotechnology. Plant Omics J. 2:141-162.
Marshall TC, Slate J, Kruuk LEB, Pemberton JM. 1998. Statistical confidence for likelihood-based paternity inference in natural populations. Mol Ecol. 7:
639-655.
Molla MR, Islam MN, Rohman MM., Rahman L. 2010. Microsatelilite allele size profiling to determine varietal identity and genetic diversity among Groundnut varieties in Bangladesh. Nat Sci. 8:123-127.
2004. Microsatellite DNA
marker inheritance indicates preferential pairing between two highly homologous genomes in polyploid and hemisexual dog-roses, Rosa L. Sect. Caninae DC. Swedish University of Agricultural Sciences.
92:139-50.Phuekvilai P, Pongtongkam P, Peyachoknagul S. 2009. Development of microsatellite markers for Vanda orchid. Nat Sci. 43:497-506.
Prabha SS, Indira EP, Nair PN. 2011. Contemporary gene flow and mating system analysis in natural teak forest using microsatellite markers. Curr Sci.
101:1213-1219.
Rahman MS, Sohag MKH, Rahmn L. 2010. Microsatellite based DNA fingerprinting of 28 local rice (Oryza sativaL.) varieties of Bangladesh. J
RiberioFE, Luc B, Patricia L, Lazaro JC, Claudio B, Maria IZ, Roland V. 2010. Population structure of Brazilian tall coconut (Cocos nucifera L.) by
microsatellite markers. Genet Mol Biol. 33:696-702.
Rohlf FJ. 1998. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. Version
2.02. User Guide. Applied Biostatistics. New York (US): Heritage Lane,
Setauket Pr.
Sajib AM, Hossain MM, Mosnaz ATMJ, Hossain H, Islam MM, Ali MS, Prodhan SH. 2012. SSR marker-based molecular characterization and genetic diversity analysis of aromatic landreces of rice (Oryza sativa L). J Biosci
Biotechnol. 1:107-116.
Sardou MA, Baghizadeh A, Tavasoli A, Babaei S. 2011. The use of microsatellite markers for genetic diversity assessment of genus
Hordeum L. in Kerman province (Iran). African J Biotech. 10:1516-
1521.
Schulman AH. 2007. Molecular markers to assess genetic diversity. Euphytica.
158:313–321.
Semagn K, Bjørnstad Å, Ndjiondjop MN. 2006. An overview of molecular marker methods for plants. African J Biotech. 5:2540-2568.
Wang JM, Yang JM, Zhu JH, Jia QJ, Tao YZ. 2010. Assessment of genetic diversity by simple sequence repeat markers among forty elite varieties in the germplasm for malting barley breeding. J. Zhejiang Univ-Sci. B
Biomed Biotech. 11:792-800.
Varshney R, Graner, Sorrells E. 2005. Genic microsatellite markers in plant: features and applications. Trend Biotech. 23:48-55.
Yu JK, Mangor J, Thompson L, Edwards KJ, Slabaugh MB, Knapp SJ. 2002. Allelic diversity of simple sequence repeats among elite inbred lines of