Lembaga-lembaga penyelenggara pemerintahan tingkat pusat adalah : Berdasarkan UU 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara, Kementerian berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden. Setiap Menteri membidangi urusan tertentu dalam pemerintahan. Urusan tertentu dalam pemerintahan sebagaimana terdiri atas:
1. urusan pemerintahan yang nomenklatur Kementeriannya secara tegas disebutkan dalam Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945;
2. urusan pemerintahan yang ruang lingkupnya disebutkan dalam Undang- Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945; dan
3. urusan pemerintahan dalam rangka penajaman, koordinasi, dan sinkronisasi program pemerintah.
Adapun Kesekretariatan yang membantu Presiden; Kejaksaan Agung, Perwakilan RI di Luar Negeri, Tentara Nasional Indonesia (TNI), Kepolisian Negara RI (Polri), Badan/Lembaga Ekstra Struktural, dan Badan Independen.
a. Kementerian
Pasal 7 UU 39 Tahun 2008, Kementerian mempunyai tugas menyelenggarakan urusan tertentu dalam pemerintahan untuk membantu Presiden dalam menyelenggarakan pemerintahan negara.
Kementerian menyelenggarakan fungsi:
1) perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan di bidangnya; 2) pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung
jawabnya;
3) pengawasan atas pelaksanaan tugas di bidangnya; dan 4) pelaksanaan kegiatan teknis dari pusat sampai ke daerah.
Susunan organisasi Kementerian terdiri atas unsur: 1) pemimpin, yaitu Menteri;
2) pembantu pemimpin, yaitu sekretariat jenderal; 3) pelaksana tugas pokok, yaitu direktorat jenderal; 4) pengawas, yaitu inspektorat jenderal;
5) pendukung, yaitu badan dan/atau pusat; dan
6) pelaksana tugas pokok di daerah dan/atau perwakilan luar negeri sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
Dengan Peraturan Presiden Nomor 47 Tahun 2009 dibentuk Kementerian Negara, yang selanjutnya disebut dengan Kementerian sebagai berikut:
1) Kementerian Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan; 2) Kementerian Koordinator Bidang Perekonomian;
3) Kementerian Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat; 4) Kementerian Sekretariat Negara;
5) Kementerian Dalam Negeri; 6) Kementerian Luar Negeri; 7) Kementerian Pertahanan;
8) Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia; 9) Kementerian Keuangan;
10) Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral; 11) Kementerian Perindustrian;
12) Kementerian Perdagangan; 13) Kementerian Pertanian; 14) Kementerian Kehutanan; 15) Kementerian Perhubungan;
16) Kementerian Kelautan dan Perikanan;
17) Kementerian Tenaga Kerja dan Transmigrasi; 18) Kementerian Pekerjaan Umum;
19) Kementerian Kesehatan;
20) Kementerian Pendidikan Nasional; 21) Kementerian Sosial;
22) Kementerian Agama;
23) Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata; 24) Kementerian Komunikasi dan Informatika; 25) Kementerian Riset dan Teknologi;
26) Kementerian Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah; 27) Kementerian Lingkungan Hidup;
28) Kementerian Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak; 29) Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi
Birokrasi;
31) Kementerian Perencanaan Pembangunan Nasional; 32) Kementerian Badan Usaha Milik Negara;
33) Kementerian Perumahan Rakyat; dan 34) Kementerian Pemuda dan Olah Raga.
b. Kementerian Koordinator
Berdasarkan Peraturan Presiden (Perpres) 47 Tahun 2009 tentang Kementerian Koordinator berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden.
Kementerian Koordinator mempunyai tugas membantu Presiden dalam menyinkronkan dan mengkoordinasikan perencanaan, penyusunan, dan pelaksanaan kebijakan di bidangnya. Dalam melaksanakan tugas, Kementerian Koordinator menyelenggarakan fungsi :
1) sinkronisasi perencanaan, penyusunan, dan pelaksanaan kebijakan di bidangnya;
2) koordinasi perencanaan, penyusunan, dan pelaksanaan kebijakan di bidangnya;
3) pengendalian penyelenggaraan urusan kementerian sebagaimana dimaksud pada huruf a dan huruf b;
4) pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggungjawabnya;
5) pengawasan atas pelaksanaan tugasnya;
6) dan pelaksanaan tugas tertentu yang diberikan oleh Presiden.
Unsur Pemimpin adalah Menteri Koordinator mempunyai tugas memimpin Kementerian Koordinator sesuai dengan bidang tugas Kementerian Koordinator. Unsur Pembantu Pemimpin adalah Sekretariat Kementerian Koordinator berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Koordinator. Sekretariat Kementerian Koordinator dipimpin oleh Sekretaris Kementerian Koordinator.
Unsur Pelaksana adalah Deputi Kementerian Koordinator berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Koordinator. Deputi Kementerian Koordinator dipimpin oleh Deputi.
Unsur Pengawas adalah Inspektorat berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Menteri Koordinator melalui Sekretaris Kementerian Koordinator. Inspektorat dipimpin oleh Inspektur.
Menteri Koordinator dibantu oleh Staf Ahli, yang merupakan satu kesatuan dalam susunan organisasi Kementerian Koordinator. Menteri Koordinator dibantu oleh paling banyak 7 (tujuh) Staf Ahli.
c. Kementerian Yang Menangani Urusan Pemerintahan Yang Nomenklatur Kementeriannya Secara Tegas Disebutkan Dalam Undang-Undang Dasar Tahun 1945 dan Yang Ruang Lingkupnya Disebutkan Dalam Undang-Undang Dasar Tahun 1945
Kementerian dimaksud ialah: 1) Kementerian Dalam Negeri; 2) Kementerian Luar Negeri; 3) Kementerian Pertahanan;
4) Kementerian Hokum dan Hak Asasi Manusia; 5) Kementerian Keuangan;
6) Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral; 7) Kementerian Perindustrian;
8) Kementerian Perdagangan; 9) Kementerian Pertanian; 10) Kementerian Kehutanan; 11) Kementerian Perhubungan;
12) Kementerian Kelautan dan Perikanan;
13) Kementerian Tenaga Kerja dan Transmigrasi; 14) Kementerian Pekerjaan Umum;
15) Kementerian Kesehatan;
16) Kementerian Pendidikan Nasional; 17) Kementerian Sosial;
18) Kementerian Agama;
19) Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata; dan 20) Kementerian Komunikasi dan Informatika.
a) Kedudukan, Tugas, dan Fungsi Kementerian
Kementerian berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden. Kementerian mempunyai tugas menyelenggarakan urusan tertentu dalam pemerintahan untuk membantu Presiden menyelenggarakan pemerintahan Negara.
Kementerian yang ruang lingkupnya disebutkan dalam Undang-Undang Dasar Tahun 1945, menyelenggarakan fungsi;
1) Perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan di bidangnya; 2) Pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung
jawabnya;
3) Pengawasan atas pelaksanaan tugas di bidangnya;
4) Pelaksanaan bimbingan teknis dan supervise atas pelaksanaan urusan kementerian di daerah; dan
5) Pelaksanaan kegiatan teknis yang berskala nasional.
b) Susunan Organisasi Kementerian
Susunan organisasi Kementerian Yang Ruang Lingkupnya Disebutkan Dalam Undang-Undang Dasar Tahun 1945, terdiri atas unsur:
1) pemimpin, yaitu Menteri;
2) pembantu pemimpin, yaitu sekretariat jenderal; 3) pelaksana, yaitu direktorat jenderal;
4) pengawas, yaitu inspektorat jenderal; dan 5) pendukung, yaitu badan dan/atau pusat.
Kementerian Agama, Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia, dan Kementerian Keuangan, selain memiliki unsur diatas, juga memiliki unsur pelaksana tugas pokok di daerah.
d. Kementerian yang Menangani Urusan Pemerintahan Dalam Rangka Penajaman, Koordinasi, dan Sinkronisasi Program Pemerintah
Kementerian yang menangani Urusan Pemerintahan Dalam Rangka Penajaman, Koordinasi, dan Sinkronisasi Program Pemerintah terdiri atas:
1) Kementerian Sekretariat Negara; 2) Kementerian Riset dan Teknologi;
3) Kementerian Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah; 4) Kementerian Lingkungan Hidup;
5) Kementerian Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak; 6) Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi
Birokrasi;
7) Kementerian Pembangunan Daerah Tertinggal; 8) Kementerian Perencanaan Pembangunan Nasional; 9) Kementerian Badan Usaha Milik Negara;
10) Kementerian Perumahan Rakyat; dan 11) Kementerian Pemuda dan Olah Raga.
Ketentuan mengenai Kementerian Sekretariat diatur tersendiri dengan Peraturan Presiden.
a) Kedudukan, Tugas, dan Fungsi Kementerian
Kementerian berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden. Kementerian mempunyai tugas menyelenggarakan urusan tertentu dalam pemerintahan untuk membantu Presiden dalam menyelenggarakan pemerintahan negara.
Dalam melaksanakan tugas menyelenggarakan fungsi : 1) perumusan dan penetapan kebijakan di bidangnya;
2) koordinasi dan sinkronisasi pelaksanaan kebijakan di bidangnya; 3) pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung
jawabnya; dan
b) Susunan Organisasi
Susunan organisasi Kementerian yang menyelenggarakan fungsi terdiri atas unsur:
1) pemimpin, yaitu Menteri;
2) pembantu pemimpin, yaitu sekretariat kementerian; 3) pelaksana, yaitu deputi kementerian; dan
4) pengawas, yaitu inspektorat kementerian.
e. Lembaga Pemerintah Non Deparetmen (LPND)
LPND adalah lembaga pemerintah pusat yang dibentuk untuk melaksanakan tugas pemerintahan tertentu dari Presiden. Kepala LPND berada di bawah dan bertanggung jawab lengsung kepada Presiden.
Berdasarkan Keppres No. 103 Tahun 2001 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Kewenangan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Pemerintah Non Departemen, yang beberapa kali diubah terakhir dengan Peraturan Presiden No. 11 Tahun 2005, LPND mempunyai tugas melaksanakan tugas pemerintahan tertentu dari Presiden sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Berdasarkan Peraturan Presiden No. 11 Tahun 2005, LPND terdiri dari :
1) Lembaga Administrasi Negara disingkat LAN; 2) Arsip Nasional Republik Indonesia disingkat ANRI; 3) Badan Kepegawaian Negara disingkat BKN;
4) Perpustakaan Nasional Republik Indonesia disingkat PERPUSNAS; 5) Badan Perencanaan Pembangunan Nasional disingkat BAPPENAS; 6) Badan Pusat Statistik disingkat BPS;
7) Badan Standardisasi Nasional disingkat BSN;
8) Badan Pengawas Tenaga Nuklir disingkat BAPETEN; 9) Badan Tenaga Nuklir Nasional disingkat BATAN; 10) Badan Intelijen Negara disingkat BIN;
11) Lembaga Sandi Negara disingkat LEMSANEG;
13) Lembaga Penerbangan Antariksa Nasional disingkat LAPAN;
14) Badan Koordinasi Survei dan Pemetaan Nasional disingkat BAKOSURTANAL;
15) Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan disingkat BPKP; 16) Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia disingkat LIPI;
17) Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi disingkat BPPT; 18) Badan Koordinasi Penanaman Modal disingkat BKPM; 19) Badan Pertanahan Nasional disingkat BPN;
20) Badan Pengawasan Obat dan Makanan disingkat BPOM; 21) Lembaga Ketahanan Nasional disingkat LEMHANNAS; 22) Badan Meteorologi dan Geofisika disingkat BMG.
Walaupun secara organisatoris, LPND berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Presiden tetapi dalam pelaksanaan tugas operasional dikoordinasikan oleh atau mendapat pembinaan teknis dari menteri tertentu.
Sebagai contoh berdasarkan Peraturan Presiden No. 11 Tahun 2005, antara lain ditetapkan :
1) Menteri Dalam Negeri bagi BPN;
2) Menteri Pertahanan bagi LEMSANEG dan LEMHANNAS; 3) Menteri Perdagangan bagi BKPM;
4) Menteri Kesehatan bagi BPOM dan BKKBN; 5) Menteri Pendidikan Nasional bagi PERPUSNAS;
6) Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara bagi LAN, BKN, BPKP, dan ANRI;
7) Menteri Negara Riset dan Teknologi bagi LIPI, LAPAN, BPPT, BATAN, BAPETEN, BAKOSURTANAL, dan BSN;
8) Menteri Negara Perencanaan dan Pembangunan bagi BAPPENAS dan BPS;
E. Kesekretariatan yang Membantu Presiden
