HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis 48 Lokus AFLP(lokus 1-48)
Analisis berdasarkan 48 lokus AFLP yang terdiri atas fragmen yang berukuran 100-255 pb, perlu dilakukan karena dari 657 fragmen total yang teramplifikasi dari 100-565 pb lebih separuhnya, 372 fragmen, berada pada daerah yang berukuran 100- 255 pb (Lampiran 5). Selain itu sebaran amplifikasi pada masing-masing aksesi hampir merata. Pada daerah 100-255 pb semua aksesi mempunyai hasil amplifikasi yang baik sehingga dilakukan analisis untuk daerah ini. Hasil analisis diharapkan dapat lebih menggambarkan keragaman antara A. annua dengan A. vulgaris dan keragaman diantara spesies A. annua sendiri.
Analisis Kemiripan 48 Lokus AFLP
Hasil matriks koefisien kemiripan penanda AFLP antara lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan 48 lokus yang teramplifikasi dengan menggunakan primer M-CAC, M-CAG dan M-CAT, rentang nilainya berkisar 0.542- 0.764 (Lampiran 7). Nilai koefisien terendah ditemukan antara aksesi AHIL dengan VCOS, sedangkan nilai koefisien tertinggi ditemukan antara aksesi AHUL dengan AHUS dan VCOL dan AHUS. Hal ini berarti bahwa jarak genetik antara aksesi AHIL dengan VCOS tidak terlalu jauh, karena mempunyai kemiripan 54.2%. Aksesi AHUL dengan AHUS dan VCOL dan AHUS memiliki jarak genetik yang dekat, karena mempunyai kemiripan 76.4%.
Analisis Gerombol 48 Lokus AFLP
Analisis gerombol berdasarkan data AFLP membentuk dendogram dengan koefisien kemiripan berkisar 0.65-0.76 (Gambar 12). Pada koefisien kemiripan 0.68 dapat dibentuk dua kelompok. Kelompok I terdiri atas aksesi VCOS dan AHULr. Kelompok II terdiri atas aksesi VCOL, AHUS, AHUL, AUNL dan AHIL.
Gambar 12 Dendogram lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan data 48 lokus AFLP
Analisis menggunakan 48 lokus AFLP memberikan hasil yang berbeda dengan hasil analisis 111 lokus AFLP. Perbedaan paling jelas terlihat pada aksesi VCOS dan AHULr yang mengelompok pada koefisien kemiripan 68% terpisah dari lima aksesi lainnya. Analisis 111 lokus menunjukkan bahwa aksesi VCOS tidak mengelompok ke spesies A. vulgaris ataupun ke spesies A. annua. Diduga hal ini terjadi karena aksesi VCOS teramplifikasi lebih baik pada lokus yang berukuran 100-565 pb daripada aksesi AHULr, sedangkan empat aksesi lainnya kecuali aksesi VCOL hanya teramplifikasi dengan baik pada lokus yang berukuran 100-255 pb. Analisis 48 lokus AFLP menunjukkan bahwa dugaan tersebut benar. Tidak dianalisisnya lokus-lokus yang lebih besar dari 255 pb pada analisis 48 lokus AFLP menyebabkan aksesi VCOS mengelompok ke aksesi AHULr.
31
Secara taksonomis VCOS dan AHULr berasal dari spesies yang berbeda dan karakter morfologinya berbeda. Secara molekuler, dengan menggunakan 48 lokus AFLP hasil penelitian ini, aksesi VCOS memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan aksesi AHULr dibandingkan dengan lima aksesi lainnya dengan keragaman sebesar 32%.
Analisis Komponen Utama 48 Lokus AFLP
Analisis Komponen Utama berdasarkan 48 lokus AFLP menunjukkan bahwa karakter yang diamati memiliki nilai keragaman 100% pada karakter ke 6 (Tabel 4). Berdasarkan analisis ini terdapat 42 karakter yang diasumsikan tidak berpengaruh terhadap keragaman 5 aksesi A. annua dan 2 aksesi A. vulgaris.
Tabel 4 Analisis komponen utama lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan data 48 lokus AFLP
Karakter Nilai Ciri Persentase Keragaman Persentase Akumulasi Keragaman 1 20.778 43 43 2 9.623 20 63 3 5.900 12 76 4 4.567 10 85 5 3.814 8 93 6 3.319 7 100
Hasil plot dua dimensi hanya dapat menggambarkan keragaman Artemisia berdasarkan 48 lokus AFLP sampai 63%. Plot dua dimensi menunjukkan bahwa lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris dapat dikelompokkan menjadi tiga kelompok. Kelompok I terdiri atas aksesi AHUS, VCOS dan VCOL. Kelompok II terdiri atas aksesi AUNL, AHUL dan AHULr. Kedua kelompok ini terpisah jauh dari aksesi AHIL. Pola pengelompokan berdasarkan Analisis Komponen Utama (Gambar 13) berbeda dengan pola pengelompokan berdasarkan dendogram pada koefisien kemiripan 0.68. Perbedaan dapat dilihat pada aksesi VCOS yang lebih mengelompok ke aksesi VCOL, dibandingkan ke aksesi AHULr sedangkan pada dendogram aksesi
VCOS mengelompok ke aksesi AHULr pada koefisien 0.68. Tetapi pengelompokan AUNL dan AHIL kedalam satu kelompok dan tetap terpisahnya aksesi AHIL dari aksesi A. annua lainnya mirip dengan pola pengelompokan berdasarkan dendogram pada koefisien kemiripan 0.68.
Gambar 13 Plot dua dimensi lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan data 48 lokus AFLP
Hasil Analisis Komponen Utama berdasarkan data 48 lokus hasil amplifikasi AFLP terhadap lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris menunjukkan nilai ciri lebih dari 1 diperoleh pada karakter 1 sampai karakter 6 (Tabel 4). Komponen Utama I dapat menerangkan keragaman lokus hasil AFLP sebesar 43%, sedangkan Komponen Utama II, Komponen Utama III, Komponen Utama IV, Komponen Utama V, dan Komponen Utama VI dapat menerangkan keragaman lokus hasil AFLP berturut-turut sebesar 20%, 12%, 10%, 8% dan 7%.
Analisis Komponen Utama dari matriks peragam data biner hasil AFLP menggunakan lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan penanda AFLP dengan menggunakan primer M-CAC, M-CAG dan M-CAT berhasil mengidentifikasi tujuh lokus yang mempunyai nilai mutlak Komponen Utama terbesar pada Komponen Utama I, II, III, IV, V, dan VI (Tabel 5). Nilai terbesar pada
5.0 2.5 0.0 - 2.5 - 5.0 - 7.5 - 10.0 5 4 3 2 1 0 - 1 - 2 - 3 - 4
komponen pert ama
k o m p o n e n k e d u a A HULr VCO S A HUS A HI L A UNL A HUL VCO L
33
Komponen Utama I terdapat pada lokus ke -25. Nilai terbesar pada Komponen Utama II terdapat pada lokus ke -5. Nilai terbesar pada Komponen Utama III terdapat pada lokus ke -34 dan -35. Nilai terbesar pada Komponen Utama IV terdapat pada lokus ke -36. Nilai terbesar pada Komponen Utama V terdapat pada lokus ke -38. Nilai terbesar pada Komponen Utama VI terdapat pada lokus ke -7.
Tabel 5 Nilai mutlak Komponen Utama (KU) terbesar dari 48 lokus AFLP dari lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris
No Lokus Ke KU I (43%) KU II (20%) KU III (12%) KU IV (10%) KU V (8%) KU VI (7%) 1 5 0.087 0.246 0.006 0.071 0.052 0.261 2 7 0.091 0.150 0.012 0.110 0.122 0.388 3 25 0.212 0.011 0.069 0.038 0.042 0.085 4 34 0.117 0.114 0.310 0.025 0.057 0.033 5 35 0.117 0.114 0.310 0.025 0.057 0.033 6 36 0.025 0.125 0.151 0.340 0.064 0.219 7 38 0.098 0.191 0.075 0.017 0.314 0.106
Masing-masing lokus teramplifikasi secara beragam pada ketiga primer. Lokus ke -5 teramplifikasi pada sampel VCOL, AHUL, AUNL, VCOS dan AHULr. Lokus ke -7 teramplifikasi pada sampel AUNL, AHUS dan VCOS. Lokus ke -25, -34 dan - 35 terampliikasi pada semua sampel, kecuali AHIL. Lokus ke -36 spesifik untuk AHUL karena lokus ini tidak teramplifikasi pada 6 sampel lainnya. Lokus ke -38 teramplifikasi pada VCOL, AHUS dan VCOS.
Analisis Komponen Utama pada 48 lokus AFLP menunjukkan bahwa aksesi VCOL, VCOS dan AHUS mengelompok kedalam satu kelompok berdasarkan amplifikasi lokus ke -38. Selanjutnya gambaran plot dua dimensi menunjukkan bahwa aksesi VCOS lebih dekat dengan aksesi VCOL karena berada pada kuadran yang sama. Aksesi AHIL terpisah jauh dari enam aksesi lainnya karena tidak mampu mengamplifikasi lokus ke -25, -34 dan -35.
Analisis Komponen Utama 48 lokus AFLP menunjukkan pola pengelompokan yang berbeda dengan Analisis Komponen Utama 111 lokus AFLP. Hasil Analisis
Komponen Utama pada 111 lokus AFLP yang menunjukkan bahwa aksesi VCOL memiliki hubungan paling dekat dengan aksesi AHULr berdasarkan amplifikasi lokus ke -20, -101, -103 dan -109, sedangkan hasil Analisis Komponen Utama 48 lokus AFLP menunjukkan bahwa aksesi VCOL memiliki hubungan paling dekat dengan aksesi VCOS berdasarkan amplifikasi lokus ke -38. Tidak dianalisisnya lokus yang lebih besar dari lokus ke 48 (255 pb) menyebabkan aksesi VCOL yang semula mengelompok ke aksesi AHULr menjadi lebih mengelompok ke aksesi VCOS. Diduga lokus-lokus yang lebih besar dari 255 pb merupakan lokus pembeda antara aksesi VCOL dengan aksesi AHULr.