HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis 63 Lokus AFLP (lokus ke 49-111 )
Perbedaan analisis gerombol dan hasil Analisis Komponen Utama antara 111 lokus AFLP dengan 48 lokus AFLP hanya menunjukkan bahwa aksesi VCOL, VCOS dan AHULr memiliki perbedaan pola amplifikasi pada lokus yang lebih besar dari 255 pb, namun tidak dapat menunjukkan lokus-lokus yang dapat membedakan aksesi-aksesi tersebut. Analisis 63 lokus AFLP yang dimulai dari lokus ke 49-111 dengan ukuran 255-565 pb dilakukan untuk mengetahui lokus pembeda antara aksesi VCOL, VCOS dan AHULr.
Analisis Kemiripan 63 Lokus AFLP
Hasil matriks koefisien kemiripan 63 lokus AFLP antara lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris dengan menggunakan primer M-CAC, M-CAG dan M- CAT rentang nilainya berkisar 0.507-0.910 (Lampiran 8). Nilai koefisien terendah ditemukan antara aksesi AHIL dengan VCOS, sedangkan nilai koefisien tertinggi ditemukan antara aksesi AUNL dan AHIL. Hal ini berarti bahwa jarak genetik antara aksesi AHIL dengan VCOS tidak terlalu jauh, karena mempunyai kemiripan 50.7%. Aksesi AUNL dan AHIL memiliki jarak genetik yang sangat dekat karena mempunyai kemiripan sampai 91%, sebab semakin besar koefisien kemiripan diantara dua aksesi maka semakin dekat jarak genetik diantara keduanya.
35
Analisis Gerombol 63 Lokus AFLP
Analisis gerombol berdasarkan 63 lokus AFLP membentuk dendogram dengan koefisien kemiripan berkisar 0.58-0.90 (Gambar 14). Pada koefisien kemiripan 0.66 terbentuk dua kelompok yaitu kelompok I terdiri atas aksesi VCOS dan kelompok II terdiri atas aksesi VCOL, AHUL, AUNL, AHIL, AHUS dan AHULr. Analisis gerombol pada 63 lokus AFLP sama dengan analisis gerombol pada 111 lokus AFLP.
Gambar 14 Dendogram dari lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan 63 lokus AFLP.
Analisis Komponen Utama 63 Lokus AFLP
Analisis Komponen Utama berdasarkan 63 lokus AFLP menunjukkan bahwa nilai keragaman 100% diperoleh pada karakter ke 6 (Tabel 6). Berdasarkan analisis ini terdapat 57 karakter yang diasumsikan tidak berpengaruh terhadap keragaman lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris.
Tabel 6 Analisis komponen utama lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan 63 lokus AFLP.
Komponen Utama Nilai Ciri Persentase Keragaman Persentase Akumulasi Keragaman 1 31.042 49 49 2 13.759 22 71 3 9.109 15 86 4 3.867 6 92 5 3.271 5 97 6 1.952 3 100
Plot dua dimensi berdasarkan Analisis Komponen Utama dapat menjelaskan keragaman pada tujuh aksesi Artemisia sebanyak 71% (Gambar 15). Plot dua dimensi menunjukkan bahwa lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris dapat dikelompokkan menjadi dua kelompok, yaitu kelompok aksesi VCOL, AHUL, AUNL, AHIL, AHUS dan AHULr yang terpisah dari aksesi VCOS. Pola pengelompokan berdasarkan Analisis Komponen Utama serupa dengan pola pengelompokan berdasarkan dendogram dengan koefisien kemiripan 0.66.
Gambar 15 Plot dua dimensi lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan 63 lokus AFLP.
12.5 10.0 7.5 5.0 2.5 0.0 - 2.5 - 5.0 7.5 5.0 2.5 0.0 - 2.5 - 5.0
komponen pert ama
k o m p o n e n k e d u a A HULr VCOS A HUS A HI L A UNL AHUL VCOL
37
Karakter yang paling berpengaruh terhadap keragaman ditentukan berdasarkan nilai mutlak yang paling tinggi pada masing-masing komponen utama. Analisis Komponen Utama dari matriks peragam data biner berdasarkan 63 lokus AFLP pada lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berhasil mengidentifikasi delapan lokus yang mempunyai nilai mutlak Komponen Utama terbesar pada komponen I, II, III, IV, V, dan VI (Tabel 7). Nilai terbesar pada Komponen Utama I terdapat pada lokus ke -71. Nilai terbesar pada Komponen Utama II terdapat pada lokus ke -101, - 103 dan -109. Nilai terbesar pada Komponen Utama III terdapat pada lokus ke -98. Nilai terbesar pada Komponen Utama IV terdapat pada lokus ke -50. Nilai terbesar pada Komponen Utama V terdapat pada lokus ke -97 dan nilai terbesar pada Komponen Utama VI terdapat lokus ke -66.
Tabel 7 Nilai mutlak komponen utama (KU) terbesar pada 63 lokus AFLP dari lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris
No Lokus Ke KU I (49%) KU II (22%) KU III (15%) KU IV (6%) KU V (5%) KU VI (3%) 1 50 0.099 0.135 0.023 0.334 0.042 0.046 2 66 0.025 0.164 0.128 0.122 0.152 0.409 3 71 0.174 0.027 0.011 0.100 0.040 0.038 4 97 0.050 0.034 0.008 0.216 0.456 0.149 5 98 0.045 0.048 0.313 0.034 0.045 0.003 6 101 0.024 0.246 0.127 0.001 0.006 0.045 7 103 0.024 0.246 0.127 0.001 0.006 0.045 8 109 0.024 0.246 0.127 0.001 0.006 0.045
Masing-masing lokus teramplifikasi secara beragam pada ketiga primer. Lokus ke -50 teramplifikasi pada aksesi AUNL, AHIL, VCOS, dan VCOL. Lokus ke -66 teramplifikasi pada aksesi AUNL dan AHULr. Lokus ke -71 teramplifikasi pada aksesi VCOS, AHULr dan VCOL. Lokus ke -97 menjadi penciri aksesi AHUL. Lokus ke -98 menjadi penciri aksesi VCOL dan Lokus ke -101, -103 dan -109 menjadi penciri aksesi AHULr.
Hasil Analisis Komponen Utama pada 63 lokus AFLP yang dimulai dari lokus ke 49-111 lokus AFLP dengan ukuran 255-565 pb dapat menjelaskan perbedaan hasil
Analisis Komponen Utama pada 111 lokus AFLP dan 48 lokus AFLP. Hasil Analisis Komponen Utama pada 63 lokus AFLP menunjukkan bahwa Lokus ke -101, -103 dan -109 merupakan lokus penciri aksesi AHULr. Lokus-lokus inilah yang memisahkan aksesi AHULr dari empat aksesi A. annua lainnya pada analisis 111 lokus. Lokus ke -98 menjadi penciri aksesi VCOL, sehingga ketika lokus tersebut tidak dianalisis (analisis 48 lokus) VCOL menjadi lebih mengelompok ke aksesi VCOS.
Analisis Karakter Morfologi dan 48 Lokus AFLP
Analisis gabungan antara karakter morfologi dan data AFLP dilakukan untuk melihat kontribusi karakter morfologi terhadap keragaman lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris. Analisis gabungan karakter morfologi dan 111 lokus AFLP tidak menunjukkan perbedaan dengan hasil analisis pada 111 lokus AFLP saja (Lampiran 9). Demikian juga dengan analisis gabungan karakter morfologi dengan 63 lokus AFLP (Lampiran 10). Hal ini dikarenakan jumlah karakter ciri morfologi yang dianalisis sangat sedikit dibandingkan dengan jumlah lokus AFLP. Jumlah karakter ciri morfologi yang dianalisis adalah delapan karakter, sehingga ketika digabungkan dengan 111 lokus AFLP atau 48 lokus AFLP tidak terlihat kontribusinya terhadap keragaman. Analisis gabungan delapan karakter ciri morfologi dengan jumlah lokus yang lebih sedikit namun tetap mewakili keragaman lokus AFLP diharapkan dapat menunjukkan kontribusi karakter morfologi terhadap keragaman lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris.
Selain itu analisis gerombol dengan menggunakan data 48 lokus AFLP pada lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris menunjukkan pola pengelompokan yang berbeda dengan Analisis Komponen Utamanya. Sehingga analisis ini belum cukup untuk menjelaskan keragaman pada lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris.
Analisis dengan menggunakan 48 lokus AFLP dan ditambahkan dengan delapan karakter ciri morfologi dilakukan untuk melihat pola keragaman pada lima aksesi A. annua dan A. vulgaris yang belum bisa dijelaskan pada analisis dengan
39
menggunakan 48 lokus AFLP saja serta melihat kontribusi karakter morfologi pada keragaman Artemisia.
Analisis Kemiripan Karakter Morfologi dan 48 Lokus AFLP
Hasil matriks koefisien kemiripan berdasarkan gabungan karakter morfologi dan 48 lokus AFLP antara lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris dengan menggunakan primer M-CAC, M-CAG dan M-CAT rentang nilainya berkisar 0.536- 0.768 (Lampiran 11). Nilai koefisien terendah ditemukan antara aksesi AHIL dengan VCOS, sedangkan nilai koefisien tertinggi ditemukan antara aksesi AHUL dan AHUS. Hal ini berarti bahwa jarak genetik antara aksesi AHIL dengan VCOS tidak terlalu jauh, karena mempunyai kemiripan 53.6%. Aksesi AHUL dengan AUNL memiliki jarak genetik yang dekat karena mempunyai kemiripan 76.8%. Semakin besar koefisien kemiripan diantara dua aksesi maka semakin dekat jarak genetik diantara keduanya.
Analisis Gerombol Karakter Morfologi dan 48 Lokus AFLP
Analisis gerombol berdasarkan karakter morfologi dan 48 lokus AFLP membentuk dendogram dengan koefisien kemiripan berkisar 0.64-0.77 (Gambar 16). Pada koefisien kemiripan 0.65 terbentuk dua kelompok yaitu kelompok I terdiri atas aksesi AHULr dan kelompok II terdiri atas aksesi VCOS, VCOL AHUL, AHUS, AUNL, AHIL, dan AHULr. Kelompok II terbagi menjadi dua sub kelompok pada koefisien kemiripan 0.71. Sub kelompok yang pertama terdiri dari aksesi VCOL dan VCOS yang berasal dari spesies A. vulgaris dan sub kelompok yang kedua terdiri dari aksesi AHUL, AHUS, AUNL, dan AHIL yang berasal dari spesies A. annua. Oleh karena itu keragaman antara spesies A. annua dengan A. vulgaris adalah 29%. Aksesi AHIL memisah dari sub kelompok A. annua pada keofisien kemiripan 0.7, dengan demikian keragaman di dalam spesies A. annua hanya 27%.
Gambar 16 Dendogram dari lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan karakter morfologi dan 48 lokus AFLP.
Analisis karakter morfologi mengelompokkan aksesi AHULr kedalam kelompok A. annua. Analisis 111 lokus AFLP tidak dapat menunjukkan pola pengelompokan aksesi AHULr kespesies A. annua atau A. vulgaris, namun Analisis Komponen Utama yang dilakukan pada 111 lokus AFLP menunjukkan bahwa aksesi AHULr lebih mengelompok dengan aksesi VCOL. Sebaliknya analisis 48 lokus AFLP menunjukkan bahwa aksesi AHULr lebih dekat dengan aksesi VCOS, sedangkan Analisis Komponen Utama yang dilakukan pada 48 lokus AFLP mengelompokkan aksesi VCOS dan VCOL kedalam satu kelompok bersama-sama dengan aksesi AHUS. Analisis gabungan karakter morfologi dan 48 lokus AFLP tidak mengelompokkan aksesi AHULr kedalam spesies A. annua maupun A. vulgaris. Hal ini menunjukkan bahwa aksesi AHULr tidak mirip dengan keduanya. Berdasarkan hasil penelitian ini diduga aksesi AHULr adalah bentuk mutasi dari spesies A. annua.
Analisis Komponen Utama Karakter Morfologi dan 48 Lokus AFLP
Analisis Komponen Utama berdasarkan gabungan karakter morfologi dan 48 lokus AFLP menunjukkan bahwa nilai keragaman 100% diperoleh pada karakter ke 6
41
(Tabel 8). Berdasarkan analisis ini terdapat 50 karakter yang diasumsikan tidak berpengaruh terhadap keragaman lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris.
Tabel 8 Analisis komponen utama lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan karakter morfologi dan 48 lokus AFLP.
Komponen Utama Nilai Ciri Persentase Keragaman Persentase Akumulasi Keragaman 1 22.435 41 41 2 11.097 20 61 3 7.575 14 75 4 5.382 10 85 5 4.543 8 93 6 3.969 7 100
Hasil plot dua dimensi berdasarkan Analisis Komponen Utama hanya dapat menjelaskan keragaman pada tujuh aksesi Artemisia sebanyak 61% (Gambar 17).
Gambar 17 Plot dua dimensi lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan karakter morfologi dan 48 lokus AFLP.
Karakter yang paling berpengaruh terhadap keragaman ditentukan berdasarkan nilai mutlak yang paling tinggi pada masing-masing komponen utama. Analisis Komponen Utama dari matriks peragam data biner berdasarkan karakter morfologi
5.0 2.5 0.0 - 2.5 - 5.0 - 7.5 - 10.0 4 3 2 1 0 - 1 - 2 - 3 - 4 - 5
komponen pert ama
ko m p o n e n k e d u a A HULr VCO S A HUS A HI L A UNL A HUL VCO L
dan 48 lokus AFLP pada lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berhasil mengidentifikasi empat lokus dan dua karakter morfologi yang mempunyai nilai mutlak Komponen Utama terbesar pada komponen I, II, III, IV, V, dan VI (Tabel 9). Nilai terbesar pada Komponen Utama I terdapat pada lokus ke -25. Nilai terbesar pada Komponen Utama II terdapat pada lokus ke -5. Nilai terbesar pada Komponen Utama III terdapat pada karakter warna batang hijau ungu. Nilai terbesar pada Komponen Utama IV terdapat pada karakter tipe susunan daun pada batang yang menyerupai roset. Nilai terbesar pada Komponen Utama V terdapat pada lokus ke -36 dan nilai terbesar pada Komponen Utama VI terdapat lokus ke -28.
Tabel 9 Nilai mutlak komponen utama (KU) terbesar pada 56 karakter lima aksesi A. annua dan dua aksesi A. vulgaris berdasarkan karakter morfologi dan AFLP No Karakter KU I (41%) KU II (20%) KU III (14%) KU IV (10%) KU V (8%) KU VI (7%) 1 Lokus ke 5 0.076 0.234 0.053 0.063 0.188 0.122 2 Lokus ke 25 0.204 0.018 0.055 0.057 0.009 0.074 3 Lokus ke 28 0.128 0.069 0.033 0.041 0.093 0.364 4 Lokus ke 36 0.026 0.106 0.090 0.209 0.347 0.063 5 Warna batang hijau ungu 0.026 0.068 0.306 0.097 0.184 0.069 6 susunan daun menyerupai roset 0.067 0.151 0.052 0.340 0.027 0.010
Masing-masing lokus teramplifikasi secara beragam pada ketiga primer. Lokus 5 teramplifikasi pada AUNL, VCOS, VCOL, AHUL dan AHULr. Lokus ke -25 teramplifikasi pada semua aksesi kecuali AHIL. Lokus ke -28 teramplifikasi pada AUNL, AHUS, AHULr dan VCOS. Lokus ke -36 menjadi penciri aksesi AHUL. Karakter warna batang hijau ungu menjadi penciri aksesi AHUL, AHUS dan AHULr. Karakter susunan daun menyerupai roset menjadi penciri aksesi AHULr.