PROGRAM STUDI MAGISTER BIOLOG
(MAB 6002) BIODIVERSITAS W 3(3K-0)SKS Deskripsi singkat :
Biologi Molekuler Sel membahas mekanisme dan konsep organisasi molekuler dalam pemahaman sistem kehidupan pada level seluler.
Tujuan :
Setelah mengikuti matakuliah ini mahasiswa dapat menjelaskan proses-proses biologi molekuler dalam sistem kehidupan.
Pokok bahasan :
Organisasi molekuler sel dibahas pada tingkat supra molekuler. Konsep dasar fisikokimiawi dalam biologi sel: dijelaskan dalam bahasan mengenai biosintesis &kemikalia dalam sel. Metode eksperimen dalam biologi sel: bahasan ini dijelaskan tentang visualisasi struktur sel dan molekul dalam sel hidup. Molecular ecology: dibahas pemahaman adaptasi dan toleransi ekologis dari sudut biomolekuler. Struktur dan fungsi membran: dibahas molekuler struktur yang mendukung fungsi membran. Regulasi siklus sel: dibahas konsep dasar mekanisme protein regulator dalam siklus sel.Sitoskeleton: dijelaskan tentang ultrastruktur, regulasi, dan behavior dari sitoskeleton. Mekanismeekspresi molekul dalam sel dibahas meliputi bahasan dasar mekanisme genetic molekuler: gen & kromosom, replikasi, repair dan rekombinasi; serta didukung biomekanisme regulasi ekspresi: konsep dasar genom dalam sel.
Pustaka :
1. Lodish, H., Berk, A., Matsudaira, P., Kaiser, C.A., Krieger, M., Scott, M.P., Zipursky, S.L. dan Darnell J. 2004. Molecular Cell Biology. 5th Ed. WH Freeman and Co., NY. 2. Weaver, R.F. 2003. Molecular Biology. 2nd Ed. Mc Graw Hill, NY.
3. Clark, D.P. 2005. Molecular Biology: Understanding the Genetic Revolution. Elsevier Academic Press.
(MAB 6002) BIODIVERSITAS W 3(3K-0)SKS Deskripsi singkat :
Mata kuliah ini membahas ruang lingkup peran dan permasalahan biodiversitas (genetik, spesies, ekosistem) perairan dan daratan di daerah tropika. Teknik analisis dan evaluasi kualitas biodiversitas.
Tujuan :
Setelah mengikuti mata kuliah ini mahasiswa dapat mengidentifikasi peran dan permasalahan biodiversitas. Mahasiswa dapat melakukan analisis dan evaluasi kualitas biodiversitas dengan metode yang tepat. Mahasiswa dapat menyusun rekomendasi untuk konservasi biodiversitas.
Pokok bahasan :
Pendahuluan: lingkup, level, bioprospekting dan nilai-nilai dari biodiversitas, Biodiversitas dan integritas/kesehatan ekosistem: tantangan terhadap biodiversitas, dampak dari alien
spesies terhadap komunitas dan ekosistem, peran spesies kunci, isu-isu hot spots. Assessment biodiversitas dari gen sampai biosfer: analisis diversitas spesies tumbuhan, akuatik, invertebrata dan vertebrata. Biodiversitas terapan untuk pembangunan berkelanjutan: bioindikator, biomonitor, bioakumulator, bioremediasi, bioterapi dll. Dasar-dasar molekuler dan evolusioner untuk biodiversitas. Pengukuran analisis diversitas genetik: pendekatan, teknik dan analisis. Ekologi molekuler: GMO, aliran gen. Pengukuran diversitas ekosistem: teknik, analisis, indeks kualitas biodiversitas, carbon sequestration ecological services.
68 Pustaka :
1. D. Hill, M. Fashaw, G. Tucker, M. Shewry & P. Shaw (Eds). 2007. Handbook of Biodiversity Methods. Survey, Evaluation & Monitoring. Cambridge University Press. Cambridge.
(MAB 6265) IMUNOKIMIA P 2(2K-0)SKS
Deskripsi singkat:
Mata kuliah ini mencakup tentang pengertian dasar respon imun dan reaksi kimia yang terjadi pada sistem imunitas. Materi yang dibahas meliputi sel dan organ yang berperan dalam sistem imun, imunitas innate dan adaptive, respon imun seluler dan humoral, imunogenesitas dan antigen, imunoglobulin (struktur dan interaksi multivalen), prosesing dan presentasi antigen, sitokin dan imunoregulasi, sintesis imunoglobulin, interaksi antigen:antibodi, isolasi antibodi, teknik presipitasi, imunohistokimia, genetic immunity, teknologi imunoterapi dan flowcytometri.
Tujuan :
Setelah mengikuti mata kuliah ini mahasiswa dapat menjelaskan mengenai berbagai respon imun serta sistem imunitas dalam kaitannya untuk mencegah penyakit serta mendeskripsikan teknik-teknik terkini untuk analisis immunokimia.
Pokok bahasan :
Imunologi dari aspek kimiawi, meliputi karakter antigen, antibodi, sistem imun, sel imun, imunoglobulin (struktur protein, dan kelas imunoglobulin), teknik hibridoma (imunisasi, fusi, screening, dan cloning), immuno-electronmicroscopy, preparasi antibodi poliklonal pada hewan coba , teknik-teknik imunisasi, teknik-teknik imunoblotting, penentuan kualitas dan kuantitas antigen, diversitas antibodi secara genetik, teknik purifikasi antibodi monoklonal (dengan kromatografi afinitas, koncanafalin antibodi pada supernatant sel, protein A, protein G), imunopresipitasi dan imunodifusi, aplikasi imunokimia dalam analisis protein, dan imunoelektroforesis. Pada kuliah ini juga dipelajari cara membedakan sel-sel hematopietik dengan staining antibodi monoklonal menggunakan flow cytometry sebagai alat analisis. Pustaka :
1. Murphy, K, Travers, P., Walport, M. 2008. Imumunobiology. Garland Science.
2. Shetty, N.,2005, “Immunology, Introductory Textbook”, New Age International (P) Ltd Publishers, New Delhi.
3. Burns, R., 2005, “Imunnochemichal Protocols; 3rd edition, Humana Press, New Jersey. 4. Fuller GM and Shields D. 1998. Molecular Basis of Medical Cell Biology. Prentice Hall
Internatiopnal, Inc. New York.
5. Charles A.J. and Paul Travers, Mark Walport, and Mark Shlomchik. 2000 Immunobiology
fifth edition.
6. Goldsby, Kindt, and Osborne. 2000. Kuby Immunology, 4th Edition, W.H. Freeman Publisher.
7. Narin, B. Microbiology and Immunology. Thomson Gale group., Inc. USA.
8. Paul, W.E. 2003. Fundametal Immunology. 5th Ed. Lippincott Williams & Wilkin Publisher.
9. Virella, G. 2001. Medical Immunology. Fith ed.Marcell Dekker Inc., New York.
69 Deskripsi singkat:
Mata kuliah ini memberikan pemahaman mengenai hukum-hukum dasar dan fenomena dalam sistem biologi serta pendekatan dari sudut pandang lain (science) dalam sebuah sistem yang kompleks
Tujuan :
Setelah mengikuti mata kuliah ini mahasiswa dapat memahami dan menjelaskan hukum- hukum dasar dan fenomena system Biologi dalam perspective Complexity Science. Pada dasarnya pengetahuan manusia selalu memiliki limit yang mengharuskan adanya pendekatan dengan satu atau dua sudut pandang yang sering disertai kandungan ketidak hati-hatian ataupun pengabaian. Untuk inilah pendekatan kompleksitas yang merupakan realita di alam nyata perlu dilakukan agar kita tidak terperangkap pada kesalahan tafsir atau simpulan. Mahasiswa diharapkan memiliki kesadaran betapa kehidupan selalu memiliki tujuan baik, sifatnya yang “unpredictable” dalam bentuk varian maupun kemungkinan munculnya bentuk-bentuk baru menunjukkan bahwa kehidupan adalah sebuah hal yang memiliki cara berfikirnya sendiri yang tidak pernah kita duga sebelumnya. Jaman globalisasi dengan berbagai tidakan pengembangan keilmuan secara reduksionisme maupun upaya standarisasi untuk setiap entitas kehidupan jelas merupakan hal yang perlu dikoreksi karena hal itu disadari sebagai akibat keterbatasan kemampuan kemanusiaan. Sain kompleksitas adalah pandangan sekaligus cara untuk menghindari agar Sain jangan sampai menjadi perusak kemanusiaan.
Pokok bahasan :
Konsep dan Perspektif Sain Kompleksitas, Pemahaman Sistem, Filosofi, epistemologi dan implikasi metodologi Sains Kompleksitas, Sains Kompleksitas versus reduksionis : daya manfaat reduksionis dalam memahami fenomena komplek, Nature of Life, Science and Information sebagai sumber kompleksitas, Complexity, Society and Everday Life, Nonlinear modelling, New Paradigm: Globalization, complexity and human dignity.
Pustaka :
1. Capra, F., Juarrero, A., Sotolongo., P., and J van Uden., (eds.) 2007. Reframing Complexity, Perspectives from the North and South. ISCE Publishing, MA 02048., USA. 2. Johnson, Neil., 2007.Simply Complexity, a clear guide to complexity theory. Oxford OX2
7AR., En.
(MAB 6266) TEKNIK ANALISIS & FORENSIK DAN BARCODING P 3(1K-2P)SKS Deskripsi singkat:
Mata kuliah ini mempelajari tentang teknik-teknik analisis terkait DNA yang diperlukan dalam bidang forensik serta barcoding pada organisme tingkat rendah (mikroba) sampai tingkat tinggi (hewan dan tanaman).
Tujuan :
Setelah mengikuti mata kuliah ini mahasiswa dapat memahami teknik-teknik analisis forensik dan barcoding berbasis DNA serta melakukan preparasi data yang diperlukan.
Pokok bahasan :
dalam perkuliahan ini meliputi Overview tentang DNA fingerprinting dan DNA typing dalam biologi forensik, asar genetik dari DNA typing(genomic atau mtDNA), sistem typing dari DNA forensik(CODIS, Y-chromosome, SNP, STR, SSP, DDGE), koleksi sampel, ekstraksi, purifikasi dan penyimpanan DNA, preparasi dan sekuensing DNA, analisis bioinformatik, analisis sekuens DNA, alignment, pohon phylogenetic, molecular data intepretation (UPGM,
70
statistic analysis, Clad), biomarker untuk analisis DNA barcoding hewan, analisis molekuler biodiversitas dan taksonomi DNA barcoding pada hewan, biomarker untuk analisis DNA barcoding pada mikroba, analisis DNA barcoding pada biodiversitas dan taksonomi molekuler mikroba, biomarker untuk analisis DNS fingertyping dan barcoding pada tanaman. Pustaka :
(MAB 6234) PERKEMBANGAN ARSITEKTURAL TANAMAN P 2(2K-0)SKS