Secara teori, berdasarkan UUD 1945, Indonesia menganut sistem pemerintahan presidensiil. Namun dalam prakteknya banyak bagian-bagian dari sistem pemerintahan parlementer yang masuk ke dalam sistem pemerintahan di Indonesia. Sehingga secara singkat bisa dikatakan bahwa sistem pemerintahan yang berjalan di
Indonesia adalah sistem pemerintahan yang merupakan gabungan atau perpaduan antara sistem pemerintahan presidensiil dengan sistem pemerintahan parlementer. Apalagi bila dirunut dari
sejarahnya, Indonesia mengalami beberapa kali perubahan sistem pemerintahan.
i) Tahun 1945 – 1949 Pemerintahan yang diterapkan saat itu adalah sistem parlementer.
Terjadi penyimpangan dari ketentuan UUD 1945 antara lain: a. Berubah fungsi komite nasional Indonesia pusat dari pembantu presiden menjadi badan yang diserahi kekuasaan legislatif dan ikut menetapkan GBHN yang merupakan wewenang MPR.
b. Terjadinya perubahan sistem kabinet presidensial menjadi kabinet parlementer berdasarkan usul BP – KNIP.
ii) Tahun 1949 – 1950 Didasarkan pada konstitusi RIS. Pemerintahan yang diterapkan saat itu adalah sistem parlementer kabinet semu (Quasy Parlementary). Sistem pemerintahan yang dianut pada masa konstitusi RIS bukan kabinet parlementer murni karena dalam sistem parlementer murni, parlemen mempunyai kedudukan yang sangat menentukan terhadap kekuasaan
pemerintah.
iii) Tahun 1950 – 1959 Landasannya adalah UUD 1950 pengganti konstitusi RIS 1949. Sistem Pemerintahan yang dianut adalah parlementer kabinet dengan demokrasi liberal yang masih bersifat semu. Adapun ciri-cirinya ialah sebagai berikut:
a. Presiden dan wakil presiden tidak dapat diganggu gugat. b. Menteri bertanggung jawab atas kebijakan pemerintahan. c. Presiden berhak membubarkan DPR.
d. Perdana Menteri diangkat oleh Presiden.
iv) Tahun 1959 – 1966 Pada masa ini Indonesia menganut sistem pemerintahan demokrasi terpimpin. Era “Demokrasi
Terpimpin”, yaitu kolaborasi antara kepemimpinan PKI dan kaum borjuis nasional dalam menekan pergerakan-pergerakan independen kaum buruh dan petani, gagal memecahkan masalah-masalah politis dan ekonomi yang mendesak. Pendapatan ekspor menurun,
cadangan devisa menurun, inflasi terus menaik dan korupsi birokrat dan militer menjadi wabah. Presiden mempunyai kekuasaan mutlak dan dijadikannya alat untuk melenyapkan kekuasaan-kekuasaan yang menghalanginya sehingga nasib parpol (10 parpol yang diakui) ditentukan oleh presiden. Tidak ada kebebasan mengeluarkan
pendapat.
v) Tahun 1966 – 1998 Pada 27 Maret 1968, MPR secara resmi melantik Soeharto untuk masa jabatan 5 tahun sebagai
presiden, dan dia kemudian dilantik kembali secara berturut-turut pada tahun 1973, 1978, 1983, 1988, 1993, dan 1998. Presiden Soeharto memulai “Orde Baru” dalam dunia politik Indonesia dan secara dramatis mengubah kebijakan luar negeri dan dalam negeri dari jalan yang ditempuh Soekarno pada akhir masa jabatannya. Orde Baru berlangsung selama 30 tahun. Dalam jangka waktu tersebut, ekonomi Indonesia berkembang pesat meski hal ini dibarengi praktek korupsi yang merajalela di negara ini. Lama kelamaan banyak terjadi penyimpangan- penyimpangan.
Kesenjangan antara rakyat yang kaya dan miskin juga semakin melebar.
Orde Baru memilih perbaikan dan perkembangan ekonomi sebagai tujuan utamanya dan menempuh kebijakannya melalui struktur administratif yang didominasi militer namun dengan nasehat dari ahli ekonomi didikan Barat. DPR dan MPR tidak berfungsi secara efektif. Anggotanya bahkan seringkali dipilih dari kalangan militer, khususnya mereka yang dekat dengan Cendana. Hal ini mengakibatkan aspirasi rakyat sering kurang didengar oleh pusat. Pembagian PAD juga kurang adil karena 70% dari PAD tiap provinsi tiap tahunnya harus disetor kepada Jakarta, sehingga melebarkan jurang pembangunan antara pusat dan daerah. Dikarenakan sistem pemerintahan yang sangat terpusat dan krisis finansial Asia yang menyebabkan ekonomi Indonesia melemah, maka terjadi
demonstrasi besar-besaran yang dilakukan berbagai organ aksi mahasiswa di berbagai wilayah Indonesia. Pemerintahan Soeharto semakin disorot setelah Tragedi Trisakti pada 12 Mei 1998 yang kemudian memicu Kerusuhan Mei 1998 sehari setelahnya. Gerakan mahasiswa pun meluas hampir diseluruh Indonesia. Di bawah tekanan yang besar dari dalam maupun luar negeri, Soeharto
akhirnya memilih untuk mengundurkan diri dari jabatannya pada 21 Mei 1998. vi) Tahun 1998 – Sekarang Pelaksanaan demokrasi
pancasila pada era reformasi telah banyak memberikan ruang gerak pada partai politik maupun DPR untuk mengawasi pemerintah secara kritis dan dibenarkan untuk unjuk rasa.
Perubahan dalam sistem pemerintahan tidak hanya berhenti sampai di situ saja karena terjadi perbedaan pelaksanaan sistem pemerintahan menurut UUD 1945 sebelum UUD 1945 diamandemen dan setelah terjadi amandemen UUD 1945 pada tahun 1999 - 2002.
1) Sistem Pemerintahan Indonesia Menurut Konstitusi RIS Sistem Pemerintahan Indonesia menurut konstitusi RIS adalah sistem Pemerintah Parlementer yang tidak murni. Pasal 118 konstitusi RIS antara lain:
a. Presiden tidak dapat di ganggu gugat
b. Menteri-menteri bertanggung jawab atas seluruh kebijaksanaan pemerintah
2) Sistem Pemerintahan Indonesia Menurut UUDS 1950 UUDS 1950 masih tetap mempergunakan bentuk sistem
pemerintahan seperti yang diatur dalam konstitusi RIS. Di dalam pasal 83 UUDS 1950 dinyatakan sebagai berikut:
a. Presiden dan wakil presiden tidak dapat diganggu gugat b. Menteri-menteri bertanggung jawab atas seluruh
kebijaksanaan pemerintah, baik bersama-sama untuk seluruhnya maupun masing-masing untuk bagiannya sendiri-sendiri.
3) Sistem Pemerintahan Indonesia Menurut UUD 1945 Sebelum Amandemen Pokok-pokok sistem pemerintahan Indonesia berdasarkan UUD 1945 sebelum diamandemen tertuang dalam Penjelasan UUD 1945 tentang tujuh kunci pokok sistem
pemerintahan negara tersebut sebagai berikut.
a. Indonesia adalah negara yang berdasarkan atas hukum (rechtsstaat) Suatu negara dapat dikatakan sebagai negara yang didasarkan atas hukum apabila alat-alat perlengkapan yang ada di dalamnya senantiasa bertindak dengan sesuai dan terikat pada aturan-aturan yang ditentukan terlebih dahulu oleh alat-alat perlengkapan yang dikuasakan untuk mengadakan aturan-aturan tersebut. Suatu negara yang menyatakan diri sebagai negara hukum harus mengakui dan melindungi hak-hak asasi manusia. Selain itu negara hukum juga harus menjalankan peradilan yang bebas dari pengaruh suatu kekuasaan atau kekuatan lain dan tidak memihak.
b. Sistem Konstitusional Konstitusi menjadi pondasi negara yang mengatur pemerintahannya, membagi kekuasaan dan mengatur tindakan-tindakannya. Dengan sistem konstitusional dapat
memperkuat dan mempertegas terhadap sistem negara hukum seperti yang digariskan dalam sistem pemerintahan Indonesia.
c. Kekuasaan negara yang tertinggi berada di tangan MPR MPR mempunyai tugas dan kewenangan untuk mengubah,
menetapkan UUD, melantik kepala negara (presiden) dan wakil kepala negara (wakil presiden). MPR juga mempunyai kewenangan untuk memberhentikan presiden dan atau wakil presiden atas usul DPR, apabila terbukti telah melakukan pelanggaran akum berupa pengkhianatan terhadap negara, korupsi, penyuapan, tindak pidana berat lainnya, atau perbuatan tercela.
d. Presiden adalah penyelenggara pemerintah negara yang tertinggi dibawah MPR Berdasarkan hasil amandemen UUD 1945, yaitu pasal 6A disebutkan bahwa presiden dan wakil presiden dipilih dalam satu pasangan secara langsung oleh rakyat. Dalam pasal 3 ayat 2 juga dinyatakan bahwa “Majelis Permusyawaratan Rakyat melantik Presiden dan Wakil Presiden.”
e. Presiden tidak bertanggung jawab kepada DPR Dalam Penjelasan UUD 1945 dinyatakan dengan jelas bahwa Presiden harus
mendapatkan persetujuan DPR untuk membentuk UU dan untuk menetapkan anggaran pendapatan dan belanja negara, akan tetapi Presiden tidak bertanggung jawab kepada Dewan.
f. Menteri negara sebagai pembantu presiden Presiden mengangkat dan memberhentikan menteri-menteri negara. Menteri- menteri negara tidak bertanggung jawab kepada Dewan Perwakilan Rakyat, melainkan kepada Presiden.
g. Kekuasaan kepala negara tidak tak terbatas Setiap negara demokrasi memiliki konstitusi untuk membatasi kekuasaan seorang kepala negara. Indonesia sebagai negara hukum (sistem
pemerintahan yang pertama) menganut sistem konstitusional (sistem pemerintahan yang kedua) dan adanya fungsi pengawasan (kontrol) DPR. Pemerintahan orde baru dengan tujuh kunci pokok diatas berjalan sangat stabil dan kuat. Pemerintah memiliki
kekuasaan yang besar. Sistem Pemerintahan Presidensial yang
dijalankan pada era ini memiliki kelemahan pengawasan yang lemah dari DPR namun juga memiliki kelebihan kondisi pemerintahan lebih stabil.
4) Sistem Pemerintahan Indonesia Menurut UUD 1945 Setelah Amandemen Di akhir era orde baru muncul pergerakan untuk mereformasi sistem yang ada menuju pemerintahan yang lebih demokratis. Untuk mewujudkan hal itu dibutuhkan sebuah pemerintahan yang konstitusional. Pemerintahan yang
konstitusional adalah yang didalamnya terdapat pembatasan kekusaaan dan jaminan hak asasi. Kemudian dilakukanlah
amandemen Undang-undang Dasar 1945 sebanyak 4 kali, tahun: 1999, 2000, 2001, 2002. Berdasarkan konstitusi yang telah diamandemen ini diharapkan sebuah sistem pemerintahan yang lebih demokratis akan terwujud.
Adapun pokok-pokok sistem pemerintahan Indonesia setelah amandemen yakni sebagai berikut:
a. Bentuk negara kesatuan dengan prinsip otonomi daerah yang luas. Wilayah negara terbagi dalam beberapa provinsi.
b. Bentuk pemerintahan adalah republik konstitusional, sedangkan sistem pemerintahan presidensial.
c. Presiden adalah kepala negara dan sekaligus kepala pemerintahan. Presiden dan wakil presiden dipilih secara langsung oleh rakyat dalam satu paket.
d. Kabinet atau menteri diangkat oleh presiden dan bertanggung jawab kepada presiden.
e. Parlemen terdiri atas dua bagian (bikameral), Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) dan Dewan Perwakilan Daerah (DPD). Para anggota dewan merupakan anggota MPR. DPR memiliki kekuasaan legislatif dan kekuasaan mengawasi jalannya pemerintahan.
f. Kekuasaan yudikatif dijalankan oleh Makamah Agung dan badan peradilan dibawahnya.
g. Sistem pemerintahan ini juga mengambil unsur-unsur dari sistem pemerintahan parlementer dan melakukan pembaharuan untuk menghilangkan kelemahan-kelemahan yang ada dalam sistem presidensial.
Beberapa variasi dari sistem pemerintahan presidensial di Indonesia adalah sebagai berikut;
a. Presiden sewaktu-waktu dapat diberhentikan oleh MPR atas usul dari DPR. Jadi, DPR tetap memiliki kekuasaan mengawasi presiden meskipun secara tidak langsung.
b. Presiden dalam mengangkat penjabat negara perlu pertimbangan atau persetujuan dari DPR.
c. Presiden dalam mengeluarkan kebijakan tertentu perlu pertimbangan atau persetujuan dari DPR. k. Parlemen diberi
kekuasaan yang lebih besar dalam hal membentuk undang- undang dan hak budget (anggaran)