Ikan mas (Cyrinus carpio) merupakan salah satu jenis ikan yang pertama kali dibudidayakan di dunia dan merupakan salah satu komoditas ikan pangan strategis, pemasok protein hewani bagi jutaan rakyat Indonesia, baik di perdesaan maupun di perkotaan. Di Indonesia ikan mas merupakan komoditas yang sangat populer terutama di Provinsi Jawa Barat. Target produksi ikan mas Indonesia tahun 2013 sebesar 325.000 ton, sedangkan target tahun 2014 ditargetkan akan mencapai 350.000 ton atau terjadi peningkatan produksi sebesar 7 persen (www.djpb.kkp.go.id).
Beberapa hal yang mempengaruhi produksi ikan mas di Indonesia di antaranya adalah serangan KHV. Hingga saat ini belum ada varietas ikan mas yang tahan terhadap serangan infeksi KHV. Hal lain yang juga sangat mempengaruhi produksi ikan mas adalah adanya indikasi penurunan kualitas genetik ikan mas yang mengakibatkan laju pertumbuhan semakin menurun (Ariyanto et al. 2006). Kualitas induk yang baik atau unggul dapat memberikan turunan yang berdampak positif pada peningkatan produksi, daya tahan terhadap penyakit serta efisiensi pemanfaatan pakan. Hingga saat ini ikan mas yang unggul dalam pertumbuhan dan tahan terhadap serangan KHV belum tersedia. Ikan mas yang dapat tumbuh dengan cepat dan tahan terhadap serangan KHV diharapkan dapat menjadi salah satu solusi untuk meningkatkan produksi ikan mas
Selama ini perbaikan mutu genetik ikan mas dilakukan dengan cara penangkaran selektif secara tradisional seperti seleksi, persilangan dan hibridisasi untuk mendapatkan induk mas unggul. Dengan memperhatikan karakter unggul tertentu seperti tumbuh cepat, tahan penyakit, daging tebal ataupun tampilan indah, saat ini ada pendekatan baru untuk memperbaiki pertumbuhan yaitu manipulasi kromosom, produksi induk seks reversal dan transgenetik (Tave 1995). Penggunaan metoda seleksi dan hibridisasi membutuhkan waktu yang cukup lama. Program seleksi dengan menggunakan seleksi individu atau seleksi famili mampu meningkatkan pertumbuhan sekitar 11-15% per generasi (Dunham
et al. 2001). Pada ikan salmon Atlantik, penerapan program pemuliaan melalui
seleksi mampu memperbaiki pertumbuhan sekitar 100% setelah enam generasi. Dengan demikian jika perbaikan kualitas genetik yang dapat dicapai dari setiap generasi hasil seleksi sekitar 15%, dan jika untuk mendapatkan satu generasi ikan mas membutuhkan waktu dua tahun, maka baru setelah 12 tahun diperoleh efek perbaikan kualitas yang nyata. Selain itu seleksi untuk mendapatkan dua karakter unggul yang berbeda dalam satu individu pada waktu yang bersamaan umumnya sulit dilakukan. Beberapa peneliti menyatakan bahwa ikan yang tahan terhadap penyakit umumnya memiliki pertumbuhan yang lebih rendah daripada yang tidak tahan penyakit.
Berkembangnya metode seleksi dengan bantuan marka molekuler (marker
assisted selection/MAS) merupakan salah satu solusi untuk mempercepat proses
seleksi mendapatkan individu dengan karakter yang diinginkan dalam waktu yang singkat. MAS atau seleksi dengan bantuan marka DNA adalah suatu proses seleksi yang dilakukan berdasarkan pemilihan genotipe dengan menggunakan marka molekuler yang berasosiasi dengan karakter yang diinginkan. Penggunaan MAS untuk mendapatkan ikan unggul masih belum banyak digunakan dibandingkan untuk tanaman dan ternak.
35 Pada penelitian ini dengan menggunakan MAS dilakukan pemilihan dua karakter unggul yaitu tumbuh cepat dan tahan terhadap KHV pada individu induk ikan mas. Karakter tumbuh cepat dapat dicirikan dengan keberadaan marka Cca- 08. Penetapan penggunaan marka Cca-08 untuk penciri tumbuh cepat berdasarkan hasil penelitian Maskur (2010) yang menindaklanjuti penelitian Aliah (2000). Analisis keberadaan Cca-08 dilakukan dengan menggunakan mikrosatelit. Dari penelitian Alimuddin et al. (2011) diketahui bahwa keberadaan marka CycaDAB1*05 dapat menjadi penanda ikan mas yang tahan terhadap serangan KHV dan analisisnya menggunakan PCR dengan primer spesifik.
Tahapan penelitian untuk mendapatkan ikan mas tumbuh cepat dan tahan terhadap serangan KHV menggunakan marka molekuler dimulai dari memverifikasi keberadaan marka terkait pertumbuhan cepat dan tahan terhadap KHV pada stok induk ikan mas. Stok induk yang dipilih adalah stok induk dari BPBIAT Wanayasa dan BBPBAT Sukabumi. Pemilihan stok induk dari BPBIAT Wanayasa mempertimbangkan bahwa institusi ini memfokuskan kegiatannya pada dua komoditas ikan yang salah satunya adalah ikan mas, sehingga stok induk ikan mas tersedia dalam jumlah yang banyak. Pemilihan stok induk dari BBPBAT Sukabumi terutama adalah untuk mendapatkan induk yang memiliki marka CycaDAB1*05 karena di BBPBAT Sukabumi telah berjalan kegiatan seleksi untuk mendapatkan ikan yang memiliki marka Cyca-DAB1*05. Sebanyak 71 induk ikan mas yang berasal dari BPBIAT Wanayasa (53 ekor) dan 18 ekor dari BBPBAT Sukabumi diverifikasi keberadaan kedua marka.
Hasil verifikasi keberadaan marka pada stok induk dari BPBIAT Wanayasa memperlihatkan bahwa 92.4% populasinya memiliki marka Cca-08, hal ini memberikan informasi bahwa sebagian besar induk di BPBIAT Wanayasa memiliki potensi untuk tumbuh cepat. Kondisi ini juga dapat memberi gambaran bahwa kegiatan seleksi massa untuk ikan mas yang telah berjalan sekitar tujuh tahun di BPBIAT Wanayasa telah mengarah kepada perbaikan pertumbuhan. Keberadaan marka Cyca-DAB1*05 pada populasi induk BPBIAT Wanayasa sebesar 9.4%, memberikan informasi bahwa populasi induk ikan mas belum banyak yang memiliki ketahanan terhadap KHV. Hasil verifikasi keberadaan marka pada stok induk dari BBPBAT Sukabumi memperlihatkan 94.4% populasinya memiliki marka yang berkorelasi dengan ketahanan terhadap KHV sekaligus mengindikasikan keberadaan marka tersebut sejalan dengan program seleksi individu untuk mendapatkan induk yang memiliki ketahanan terhadap KHV. Berdasarkan analisis variasi genetik secara umum stok induk dari BPBIAT Wanayasa mempunyai variasi genetik lebih tinggi dibandingkan dengan keberadaan marka Cca-08 dibandingkan dengan stok induk dari BBPBAT Sukabumi. Pemilihan dan penetapan sumber calon induk yang akan dianalisis terkait dengan target yang ingin diperoleh menjadi penting karena akan mempengaruhi kombinasi persilangan yang dapat diperoleh dan mempunyai konsekuensi juga terhadap biaya.
Induk-induk yang telah dianalisis keberadaan markanya, diseleksi berdasarkan keberadaan marka penentu pertumbuhan cepat dan ketahanan terhadap serangan KHV dan keberadaannya pada individu betina dan jantan untuk menyusun kombinasi persilangan. Marka DNA mikrosatelit sangat berguna sebagai langkah awal dalam menentukan individu ikan untuk kegiatan MAS (Liu dan Cordes 2004). Kombinasi persilangan disusun dengan harapan dapat
36
menangkap semua peluang kombinasi yang memungkinkan dari stok induk yang sudah dianalisis. Berdasarkan keberadaan marka maka disusun sepuluh kombinasi persilangan. Keberdaan marka pada hasil persilangan memperlihatkan bahwa kedua marka yaitu Cca-08 dan Cyca-DAB1*05 diwariskan pada turunannya. Secara umum untuk marka Cca-08 frekuensi penurunannya cukup tinggi dari 65% hingga 100%. Pada penelitian ini belum cukup data untuk menjelaskan pola penurunan yang sesuai dengan hukum Mendel. Beberapa hal yang dapat mempengaruhi hal tersebut adalah karena tidak seluruh populasi dianalisis keberadaan markanya serta tidak diamatinya keberadaan marka pada ikan yang mati selama pemeliharaan. Selain itu pada analisis menggunakan mikrosatelit kemungkinan tidak terdeteksinya keberadaan marka sering terjadi, kemungkinan dapat disebabkan oleh primer yang digunakan tidak menempel pada daerah komplemennya sehingga DNA mikrosatelit yang diapitnya tidak dapat diamplifikasi (Selvamani 2002, Liu dan Cordes 2004). .
Keberadaan marka Cyca-DAB1*05 terdeteksi diwariskan pada turunannya dengan frekuensi yang berbeda. Persilangan yang induknya tidak ada yang membawa marka Cyca-DAB1*05, tidak ditemukan keberadaan marka tersebut pada turunannya. Pola penurunan marka CycaDAB1*05 juga belum dapat diperlihatkan sesuai dengan hukum Mendel dikarenakan tidak seluruh populasi dianalisis keberadaan markanya serta tidak diamatinya keberadaan marka pada ikan yang mati selama pemeliharaan. Persilangan yang kedua induknya membawa marka Cyca-DAB1*05 harapannya akan memberikan keturunan yang paling banyak membawa marka dimaksud, namun pada penelitian ini memberikan hasil keberadaan marka yang paling sedikit, hal ini diduga karena viabilitas benihnya rendah sehingga kelangsungan hidupnya paling rendah, kondisi ini sejalan dengan hasil kelangsungan hidup persilangan ini pada tahapan penelitian berikutnya. Mikrosatelit merupakan metode yang informatif untuk menduga keragaman genetik. Polimorfisme populasi ikan mas kombinasi persilangan memperlihatkan bahwa keragaman populasi bervariasi dari 0.00 hingga 0.645. Keseragaman populasi merupakan salah satu hal yang diperlukan dalam kegiatan budidaya, keseragaman populasi akan berdampak pada produk hasil budidaya.
Keberadaan marka Cca-08 pada ikan mas diharapkan memberikan korelasi yang positif terhadap pertumbuhan. Uji performa untuk melihat pertumbuhan dilakukan selama 90 hari di kolam. Hasil pemeliharaan memperlihatkan pertumbuhan yang bervariasi. Berdasarkan data yang diperoleh terlihat bahwa pertumbuhan tertinggi terjadi pada persilangan antara betina Cca-08 heterosigot tanpa Cyca-DAB1*05 dengan jantan Cca-08 heterosigot membawa Cyca- DAB1*05 (Tn x Tp). Kelangsungan hidup dan total biomassa serta laju pertumbuhan harian tertinggi juga diperoleh pada persilangan Tn x Tp. Produksi dalam kegiatan budidaya merupakan fungsi dari kelangsungan hidup dan bobot, dengan demikian dapat diasumsikan persilangan Tn x Tp akan memberikan hasil yang lebih tinggi dibandingkan dengan persilangan lainnya. Produk persilangan Tn x Tp pada umur satu tahun tujuh bulan memperlihatkan bobot rata-rata 2.7 kg dengan individu terbesar seberat 4.9 kg (data tidak dipublikasi).
Uji tantang keturunan ikan mas terhadap serangan KHV dilakukan untuk melihat korelasi keberadaan marka ketahanan terhadap KHV pada populasi hasil persilangan. Secara umum terlihat bahwa kelangsungan hidup ikan mas dari persilangan yang induknya membawa Cyca-DAB1*05 pada umumnya memiliki
37 nilai yang kelangsungan hidup yang cukup tinggi, di atas 50 %. Hal tersebut selaras dengan keberadaan marka Cyca-DAB1*05 (berukuran 300 bp) pada individu yang hidup setelah uji tantang yang menunjukkan individu yang hidup membawa Cyca-DAB1*05 dengan kisaran 70-100%. Berdasarkan hasil uji tantang dapat dilihat korelasi keberadaan marka ketahanan terhadap KHV dengan kelangsungan hidup ikan yang terserang KHV. Namun pada persilangan Tn x 0n dan Tn x Mn di mana kedua induknya tidak membawa marka ketahanan terhadap KHV memberikan informasi bahwa pada ikan mas terdapat jalur imunitas lain dalam menghadapi serangan KHV.
Berdasarkan seluruh data yang diperoleh maka persilangan antara betina membawa Cca-08 heterosigot tanpa Cyca-DAB1*05 dengan jantan membawa Cca-08 heterosigot dan Cyca-DAB1*05 (Tn x Tp) dapat disimpulkan sebagai persilangan yang memberikan hasil terbaik. Laporan tahunan BPBIAT Wanayasa untuk Tahun 2013 menyatakan bahwa rata-rata bobot ikan mas berumur dua tahun yang dibudidayakan di Wanayasa sebesar 1.87 kg. Memperhatikan obot rata-rata individu hasil persilangan Tn x Tp pada umur satu tahun tujuh bulan maka terlihat adanya peningkatan yang (genetic gain) sebesar 30%. Selanjutnya, KH hasil persilangan Tn x Tp juga baik pada saat pemeliharaan di dalam hapa dan uji tantang terhadap KHV, maka secara kumulatif persilangan ini memberikan hasil terbaik. Hal ini dapat menjadi indikasi bahwa kombinasi persilangan Tn x Tp dapat menjadi sumber untuk mendapatkan ikan mas dengan pertumbuhan yang cepat dan tahan serangan KHV. Evaluasi performa benih pada generasi selanjutnya perlu dilakukan untuk memastikan stabilitas perwarisan sifat induk Tn x Tp.
Penggunaan MAS dalam menentukan individu yang akan digunakan untuk mendapatkan ikan dengan karakter unggul dapat diimplementasikan dalam kegiatan budidaya ikan lainnya di Indonesia. Metode yang dilaksanakan pada penelitian ini dapat menjadi tahapan implementasinya. Namun demikian, sebelum kegiatan MAS dilaksanakan, hal penting yang perlu diketahui terlebih dahulu adalah marka yang terkait dengan karakter unggul yang diinginkan.
Dengan memperhatikan tahapan kegiatan dalam melaksanakan MAS, maka kegiatan ini akan sulit dilakukan oleh para pembudidaya secara mandiri. Unit Pelaksana Teknis milik pemerintah dapat didorong untuk melaksanakan kegiatan seleksi dengan menggunakan MAS, sehingga kegiatan seleksi dapat memberikan perbaikan yang nyata dalam waktu yang lebih singkat. Selain itu penggunaan fasilitas untuk kegiatan seleksi pun menjadi dapat lebih sedikit.
38