DAFTAR PUSTAKA
HASIL DAN PEMBAHASAN
VI. PEMBAHASAN UMUM
Hasil survei lapang yang telah dilakukan membuktikan penyebaran ChiVMV sangat luas di lapangan. Diagnosis dengan DAS-ELISA menunjukkan bahwa ChiVMV hampir selalu berada di pertanaman yang diamati meskipun dengan persentase infeksi penyakit yang berbeda-beda. Sebanyak 135 sampel bergejala yang dikumpulkan dari 22 lokasi survei menunjukkan 28,88 % sampel terinfeksi ChiVMV. Distribusi infeksi penyakit pada setiap lokasi survei menunjukkan hasil yang beragam. Hal tersebut ditunjukkan oleh jumlah sampel yang bereaksi positif dengan antiserum ChiVMV. Persentase sampel yang memberikan reaksi positif pada masing-masing lokasi survei yaitu: Sumatera Barat, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur dan Kalimantan Selatan secara berturut-turut adalah 100%, 0%, 60%, 53,33%, dan 50%. Selain ChiVMV berhasil juga dideteksi beberapa jenis virus lainnya, yaitu PVY, TMV, CMV dan PMMV. Hal tersebut menunjukkan bahwa permasalahan gangguan OPTK, khususnya infeksi virus, pada tanaman cabai cukup kompleks.
Sebanyak 135 sampel yang berhasil dikumpulkan dari 22 lokasi survei selanjutnya didiagnosis dengan metode DAS ELISA. Sampel-sampel yang memberikan reaksi positif terhadap ChiVMV secara tunggal kemudian diperbanyak di rumah kaca. Terdapat 13 isolat ChiVMV yang berhasil diperbanyak di rumah kaca pada tanaman paprika C. annuum var. Grossum. Dari ketigabelas isolat tersebut selanjutnya dipilih 5 isolat dengan karakterisasi gejala berbeda yang mewakili masing-masing daerah lokasi survei yaitu isolat CKB (Cikabayan, Jawa Barat), KRD (Keradenan, Jawa Tengah), TD (Tanah Datar, Sumatera Barat), BL (Belung, Jawa Timur), PANG (Panggong, Kalimantan Selatan). Perbedaan gejala yang ditunjukkan oleh kelima isolat tersebut merupakan suatu tanda adanya keragaman diantara isolat-isolat ChiVMV. Dalam penelitian ini tidak dilakukan kajian keragaman isolat-isolat ChiVMV tersebut. Walaupun demikian dari penampakan gejala pada tanaman paprika dan respon genotipe cabai terhadap infeksi dua isolat ChiVMV (CKB dan BL) tampaknya menunjukkan bahwa isolat ChiVMV asal Cikabayan (CKB) dapat digolongkan sebagai isolat yang cukup virulen.
Untuk mendeteksi keberadaan virus pada suatu tanaman dapat dilakukan melalui metode serologi seperti enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) dan dot immunobinding assay (DIBA). Selain menggunakan metode serologi, deteksi virus tanaman dapat juga dilakukan melalui teknik molekular misalnya dengan RT-PCR (Rizos et al. 1992; Choi et al. 1999; Nakahara et al. 1999). Tiga metode deteksi (I-ELISA, DIBA, RT-PCR) yang dievaluasi dalam penelitian ini memberikan dasar untuk pemilihan metode deteksi ChiVMV yang akan digunakan.
Serologi merupakan metode yang umum digunakan untuk mendeteksi bakteri dan virus. Prinsip pengujian tersebut adalah reaksi in vitro antara antigen dan antibodi. Pengujian cara ini sangat tergantung kepada ketersediaan sejumlah antibodi yang spesifik untuk patogen sasaran. ELISA sebagai salah satu metode serologi untuk mendeteksi virus tumbuhan sering digunakan karena memiliki beberapa kelebihan, diantaranya dapat diandalkan sebagai teknik untuk mendeteksi sampel dari lapangan, mudah dilakukan, sensitif, akurat, hasil dapat dikuantifikasikan, dapat dibakukan dengan kit, dan dapat digunakan untuk menguji sampel dalam jumlah besar. Namun metode ini juga memiliki kelemahan antara lain: membutuhkan antiserum yang banyak, tidak dapat digunakan untuk mendeteksi langsung sampel di lapangan, dan tidak mampu untuk mendeteksi adanya variasi strain patogen yang ada di lapang yang berkembang dengan sangat cepat dan bersifat spesifik lokasi (Rochapen and Lee 1991).
Selain ELISA, deteksi serologi yang sering digunakan adalah dengan metode dot blot immunobinding assay (DIBA). Metode DIBA lebih mudah dan cepat untuk dilakukan serta memerlukan biaya yang relatif lebih murah dibandingkan dengan metode I-ELISA. Selain memiliki tingkat sensivitas yang tinggi, metode ini mudah diaplikasikan di lapangan dengan peralatan yang sederhana. Menurut Somowiyarjo et al. (1997) metode DIBA dapat dimanfaatkan sebagai sarana diagnosis penyakit tumbuhan yang efektif, karena ekstrak sampel tanaman dapat bertahan pada membran nitroselulosa dalam jangka waktu 42 hari pada suhu ruang.
Deteksi virus tanaman yang akhir-akhir ini banyak digunakan adalah melalui teknik molekular misalnya PCR (Rizos et al. 1992; Choi et al. 1999;
Nakahara et al. 1999). Teknik deteksi RT-PCR merupakan pengembangan dari metode PCR dengan penambahan enzim reverse transcriptase yang dapat merubah RNA menjadi cDNA. PCR merupakan teknik yang memiliki kepekaan yang tinggi dan cepat, serta dapat digunakan untuk berbagai tujuan, termasuk untuk mengidentifikasi patogen tanaman. Teknik PCR merupakan teknik yang memiliki tingkat sensitifitas dan akurasi yang tinggi. Selain itu penggunaan teknik PCR untuk alat deteksi dapat memberikan hasil dengan lebih singkat (Henson dan French 1993). Namun metode deteksi dengan RT-PCR memiliki beberapa kelemahan, antara lain mahal, membutuhkan banyak peralatan, tergantung sekuen primer yang digunakan serta optimasi reaksi PCR. Disamping itu, amplifikasi DNA dengan teknik PCR sangat tergantung pada kualitas DNA hasil ekstraksi yang digunakan, sedikit kontaminasi dapat menyebabkan pita DNA tidak teramplifikasi (Moury et al. 2005).
Pengujian ketahanan tanaman berdasarkan I-ELISA menunjukkan respon yang beragam pada 29 genotipe cabai uji. Respon ketahanan yang berbeda-beda diantara genotipe diduga disebabkan interaksi spesifik antara genotipe cabai dengan virus. Menurut Agrios (1997), interaksi antara inang dan patogen dapat bersifat compatible atau incompatible. Pada tanaman inang yang tahan terjadi interaksi incompatible antara tanaman dan patogen yang menyebabkan patogen tidak mampu menginfeksi dan penyakit tidak berkembang. Sebaliknya interaksi
compatible terjadi pada tanaman inang yang rentan. Tiga genotipe cabai yang memberikan respon sangat tahan (IPB C521, IPB C1, dan IPB C10) dan 4 genotipe cabai yang memberikan respon tahan (IPB C8, IPB C17, IPB C14 dan Keriting Sumatera) pada penelitian ini berpotensi untuk digunakan sebagai tetua tahan pada perakitan varietas cabai tahan ChiVMV dalam kegiatan pemuliaan tanaman untuk mendapatkan varietas cabai yang memiliki sifat tahan ChiVMV dan berproduksi tinggi.
Pengujian respon tanaman terhadap infeksi dua isolat ChiVMV membuktikan bahwa tiap genotipe cabai memberikan respon yang berbeda terhadap isolat ChiVMV yang berbeda. Genotipe IPB C99 yang bersifat sangat rentan menunjukkan reaksi positif (signal) yang kuat meskipun diinfeksi oleh isolat ChiVMV yang kurang virulen (Isolat BL, Jawa Timur) selain itu
berdasarkan kemunculan gejala, IPB C99 menunjukkan masa inkubasi yang singkat yaitu antara 7 sampai 9 HSI. Reaksi positif pada membran terlihat jelas pada tiga posisi daun yang berbeda yang menunjukkan bahwa pada genotipe yang sangat rentan, virus melakukan replikasi dan translokasi dengan cepat sehingga dalam waktu singkat virus telah berada pada semua bagian tanaman. Sebaliknya, genotipe IPB C521 yang bersifat sangat tahan menunjukkan signal yang lemah walaupun diinfeksi oleh isolat ChiVMV yang paling virulen (isolat CKB, Jawa Barat). Hal tersebut antara lain ditandai dengan masa inkubasi virus yang lama yaitu antara 9 sampai 14 HSI. Pengujian dengan DIBA menunjukkan signal positif hanya pada daun yang diinokulasi. Hal tersebut membuktikan bahwa pada tanaman yang memiliki respon sangat tahan, virus hanya terlokalisasi pada daun yang diinokulasi dan tidak dapat melakukan replikasi dan translokasi dengan cepat seperti pada tanaman rentan. Perbedaan masa inkubasi yang terjadi berkaitan dengan sistem ketahanan yang dimiliki oleh tanaman dan tingkat virulensi virus yang menginfeksi. Respon inang yang rentan dicirikan oleh terjadinya masa inkubasi yang singkat dan adanya gejala yang jelas karena replikasi virus yang tinggi (Goodman et al. 1986). Virus yang memiliki daya virulensi tinggi, mampu melakukan replikasi dengan cepat di dalam sel tanaman (Goodman et al. 1986; Russel 1981 ). Hal tersebut ditunjukkan dengan masa inkubasi yang singkat dan keparahan gejala yang tinggi.