Karakterisasi dan kuantifikasi keragaman genetik sudah lama menjadi tujuan utama dalam program pemuliaan tanaman kelapa sawit. Informasi akan keragaman genetik di dalam dan di antara varitas kelapa sawit yang berkerabat dekat perlu dimanfaatkan sebagai sumber informasi genetik. Analisis keragaman genetik di dalam dan di antara bahan tanaman elit menjadi perhatian utama bagi pemulia tanaman. Informasi tersebut akan memberi kontribisi dalam pengelolaan plasma nutfah yang potensial dan informasi itu dapat juga digunakan untuk menduga nilai potensial genetik dalam pengembangan program pemuliaan. (Asmono 1998).
Beberapa pendekatan dapat dilakukan untuk menggali keragaman genetik pada tanaman yaitu melalui informasi berdasarkan marka morfologi, sitologi dan molekuler. Penggunaan marka berbasis protein (enzim) meskipun relatif cepat, murah dan mudah namun masih memiliki tingkat polimorfisme yang terbatas (Meunier 1992) sedangkan marka molekular berbasis DNA mampu menawarkan alternatif keragamaan genetik yang lebih baik terutama untuk mengkarakterisasi suatu populasi tanaman karena mampu menyediakan polimorfisme pita DNA dalam jumlah tidak terbatas, konsisten dan tidak dipengaruhi faktor lingkungan (Rafalski et al. 1994; Wickneswari 1996).
Dari berbagai macam marka molekuler yang tersedia, mikrosatelit, yang juga dikenal dengan simple sequence repeats atau SSR merupakan susunan berurutan dari 1-6 pasangan basa nukleotida berulang yang ditemukan secara luas pada genom eukariot. Mikrosatelit merupakan marka DNA yang memiliki keunggulan dibanding marka-marka yang lain karena sangat polimorfis, melimpah, pewarisannya bersifat kodominan, analisisnya sederhana dan mudah ditranfer antar laboratorium. Marka SSR ini juga telah digunakan di dalam analisis genetik pada tanaman kelapa sawit. (Saghai-Maroof et al. 1994; Smith et al. 1997; Bilotte et al. 2001; Singh et al. 2007).
Pisifera merupakan tetua jantan penghasil serbuk sari yang berperan penting dalam membentuk turunan yang unggul dan berkualitas. Pisifera Nigeria berasal dari tetua pisifera GHA 608 yang dihasilkan secara generatif melalui
persilangan tenera (GHA 608) x pisifera (GHA 608) dengan nisbah pisifera Nigeria sebesar 50% dan secara vegetatif melalui teknik kultur jaringan yang melibatkan tetua pisifera GHA 608 sebagai sumber regenerasi (ortet) untuk menghasilkan klonal-klonal pisifera Nigeria (ramet) yang seragam (BSM 2007).
Penelitian yang telah dilakukan di ASD Costa Rica menunjukkan bahwa kinerja pisifera Nigeria (GHA 608) cukup baik berkenaan dengan pertambahan meninggi yang lambat dan produksi tandan serta ekstraksi minyak yang tinggi dibanding materi genetik dengan sumber serbuk sari dari pisifera Nigeria lainnya. Penelitian lanjutan yang dilakukan di Indonesia juga menunjukkan bahwa uji progeny DxP test cross di lahan S3 (kurang subur) di Sumatera Selatan menggunakan pisifera Nigeria (GHA 608) memperlihatkan hasil yang cukup baik dengan rerata produksi minyak 7,3 ton pertahun dengan rendemen 26,3% serta kecepatan meninggi 56 cm/tahun pada tanaman menghasilkan (TM) 3-7. Hal ini menjadi dasar penetapan penggunaan Pisifera Nigeria menjadi sumber tetua jantan penghasil serbuk sari yang digunakan untuk produksi benih kelapa sawit DxP unggul untuk skala komersial (BSM 2007).
Untuk melihat sejauh mana keragaman genetik intra dan interpopulasi pisifera Nigeria baik klon dan TxP famili yang digunakan sebagai sumber serbuk sari dalam memproduksi benih kelapa sawit secara komersial maka dilakukanlah analisis berdasarkan marka SSR ini. Diharapkan dari hasil penelitian ini akan diperoleh informasi molekuler menyangkut tingkat kekerabatan genetik pisifera Nigerai dan informasi tersebut dapat dimanfaatkan bagi kepentingan penetapan aktivitas program pemuliaan di masa datang dan upaya melakukan konservasi sumber daya genetik.
Keragaman Genetik Intrapopulasi Pisifera Klon Nigeria. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengevaluasi keragaman genetik intrapopulasi pisifera klon Nigeria dan untuk mendapatkan informasi mengenai tingkat kekerabatan genetiknya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 12 pasang primer SSR yang digunakan untuk menganalisis keragaman genetik intrapopulasi pisifera Nigeria tersebut memperlihatkan bahwa populasi klon 22, 24 dan 33 tidak menunjukkan adanya keragaman antar individu dalam populasinya (seluruh
individu dalam populasi seragam), sedangkan populasi klon 14, 23 dan 33 memperlihatkan keragaman 1 hingga 2 individu dalam populasinya.
Populasi klon yang seragam dengan nilai tingkat kesamaan 1,00 menunjukkan bahwa klon tersebut merupakan bagian dari populasi tanaman dimana ortet berasal (true to type). Sedangkan beberapa individu klon yang berbeda dalam populasinya mengindikasikan bahwa kemungkinan terjadi variasi somaklonal yang menyebabkan perbedaan profil DNA melalui mutasi titik (yang merubah sekuen binding primer), insersi, delesi atau inversi (yang dapat merubah ukuran target DNA atau mencegah amplifikasi). Fenomena ini memang dapat terjadi, sesuai penelitian yang dilakukan Matthes et al. (2001) yang menjelaskan bahwa fenomena keragaman somaklonal merupakan hal yang umum terjadi pada tanaman kelapa sawit dan menyebabkan profil sidik jari klon tersebut berbeda dari profil sidik jari ortet yang terkait, namun data menunjukkan bahwa tanaman yang menyimpang tersebut menghasilkan pembungaan dan tandan buah yang normal. Sedangkan individu yang jauh berbeda dari populasinya yang ditunjukkan dengan profil sidik jari yang jauh berbeda dengan ortet yang terkait, Singh et al. (2007) menjelaskan bahwa hampir bisa dipastikan hal tersebut dapat terjadi karena tercampurnya kultur akibat kelalaian operator disebabkan banyaknya kultur yang ditangani sehari-hari.
Keragaman Genetik Intrapopulasi Pisifera TxP Nigeria. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengevaluasi keragaman genetik intrapopulasi pisifer TxP famili Nigeria dan untuk mendapatkan informasi mengenai tingkat kekerabatan genetiknya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 12 pasang primer SSR yang digunakan memperlihatkan pengelompokan masing-masing populasi pisifera TxP famili pada tingkat kesamaan antara 0,72 – 0,85.
Dibandingkan dengan populasi pisifera klon, populasi pisifera TxP famili menunjukkan keragaman yang lebih tinggi karena masing-masing tetua, baik pisifera sebagai tetua jantan yang disilangkan dengan tenera (TxP) sebagai induk betina memberikan kontribusi genetiknya pada turunan sehingga variasi genetik akan semakin besar, disamping itu sifat penyerbukan silang tanaman kelapa sawit juga diyakini berpengaruh besar menimbulkan keragaman genetik pada turunannya. Pada persilangan yang terkendali (controlled pollination) keragaman
genetik yang terbentuk merupakan kontribusi genetik dari kedua tetua. Semakin jauh kekerabatan genetik kedua tetua akan menghasilkan keragaman genetik yang semakin tinggi. Pada tanaman yang dilakukan penyerbukan sendiri (selfing) dengan sumber serbuk sari dari pohon yang sama tidak akan meningkatkan keragaman genetik.
Keragaman Genetik Interpopulasi Pisifera Nigeria. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengevaluasi keragaman genetik interpopulasi pisifera Nigeria dan untuk mendapatkan informasi mengenai tingkat kekerabatan genetiknya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 12 pasang primer SSR yang digunakan untuk menganalisi keragaman genetik interpopulasi pisifera Nigeria memperlihatkan pengelompokan populasi pisifera pada famili yang sama. Secara umum seluruh populasi pisifera Nigeria membentuk satu kelompok pada tingkat kesamaan 0,51. Namun secara khusus terlihat adanya beberapa aksesi dari TxP famili yang mengelompok dengan kelompok populasi klon. Hal ini mengindikasikan bahwa antara aksesi yang membentuk kelompok masih terdapat hubungan kekerabatan. Bila dibandingkan dengan asal tetua dari masing- masing populasi ternyata menunjukkan hubungan yang cukup erat, hal ini menunjukkan bahwa aksesi yang membentuk satu kelompok masih memiliki kedekatan genetik dengan salah satu tetuanya, masing-masing tetua berperan menyumbangkan sebahagian materi genetiknya pada turunan.
Pengelompokan yang terbentuk pada dendogram menunjukkan seberapa eratnya hubungan genetik individu di dalam dan antar kelompok. Tanaman yang memiliki nilai tingkat kesamaan yang tinggi menunjukkan bahwa kelompok tanaman tersebut memiliki hubungan yang secara genetik lebih dekat dan bermanfaat dalam upaya pelestarian plasma nutfah, sedangkan tanaman dengan nilai tingkat kesamaan yang rendah menunjukkan bahwa tanaman tersebut secara genetik relatif berbeda dan dimanfaatkan menjadi tetua untuk meningkatkan keragaman genetik. Informasi molekuler ini penting sebagai salah satu perangkat seleksi dan pedoman dalam pengembangan program pemuliaan masa depan.