BOGOR
2009
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis Keragaman Genetik Intra dan Interpopulasi Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Pisifera Asal Nigeria Berdasarkan Analisis Marka Simple Sequence Repeats (SSR) adalah karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Bogor, Juli 2009
Zulhermana
ZULHERMANA. 2009. Intra and Interpopulation Genetic Diversity Based on Simple Sequence Repeats (SSR) Markers Analysis of Oil Palm (Elaeis
guineensis Jacq.) Pisiferas Originated from Nigeria. Under direction of
SUDARSONO and DWI ASMONO.
The objectives of this experiment were to determine intra and inter population genetic diversity of TxP family and tissue culture clones of pisifera palm collections originated from Nigeria that have been used as pollen sources for producing oil palm’s DxP commercial.
Intra and interpopulation genetic diversity of Nigeria’s pisifera analisis in this experiment was assessed using 12 loci of oil palm’s specific SSR markers. Results of the experiment indicated out of 12 SSR marker loci evaluated, two loci were monomorphic in all pisifera palms evaluated while 10 loci were polymorphic. The average alele numbers of the marker in the pisifera populations were 3.7 aleles per locus.
The result showed that out of six different clonal populations of pisiferas palm analyze, intrapopulation of clone 22, 24 and 32 showed uniform alele profiles in almost all SSR marker loci tested, indicating the clonal nature of the population members. However, intrapopulation of clone 14, 23 and 33 showed diversity among individuals within population, indicating possibilities of either existance of somaclonal variation or mislabelled individuals. The results also showed that intrapopulation of four population of Nigeria pisifera’s TxP family were all on genetically diverse.
Interpopulation analysis showed that all of Nigeria’s pisiferas both clones and TxP family were band together as a cluster at 0,50 coefficient similarity value. However, interpopulation of Nigeria’s pisifera showed interrelated among population of clone and TxP family. Based on 12 loci of SSR markers data the pisifera clones were shown to have high similarity to a number of individual of the TxP pisifera population. The interrelation among Nigeria’s pisifera population indicating that there are genetic relationship among Nigeria’s pisiferas family.
Based on general combining ability analysis in the traits have been observed, result showed that TxP family 320 from family 24 of Nigeria’s pisifera have been selected as pollen sources for producing commercial DxP oil palm. All the Nigeria’s pisiferas palm have been selected by family and individual palm selection’s method and result showed that all the individual palm selected evenly distributed throughout the population group of TxP family 320 on the dendogram of UPGMA analysis.
Genetic diversity analysis based on SSR marker can be used to give an accurate information of genetic relatedness of oil palm germplasm and the molecular information can also be used as a tool for selection in order to maintain genetic variability to determine breeding activity for the future.
Key words : Molecular marker, Pisifera TxP family, Pisifera clone, Marker polymorphism, Genetic distance, UPGMA.
RINGKASAN
ZULHERMANA. 2009. Keragaman Genetik Intra dan Interpopulasi Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Pisifera Asal Nigeria Berdasarkan Analisis Marka Simple Sequence Repeats (SSR). Dibawah bimbingan SUDARSONO dan DWI ASMONO.
Perkebunan kelapa sawit di Indonesia terus mengalami peningkatan, jika pada tahun 1970 hanya 133.000 ha, pada tahun 2008 telah mencapai 7,16 juta ha dan diperkirakan pada tahun 2009 luas areal pengembangan akan terus mengalami peningkatan yang ditunjukkan dengan permintaan benih untuk tanam baru dan tanam ulang mencapai hingga 150 juta benih di tahun 2009. Untuk memenuhi benih tersebut, kelapa sawit pisifera sebagai tetua jantan penghasil serbuk sari merupakan sumber genetik yang berperan penting dalam membentuk turunan yang unggul dan berkualitas.
Sumber genetik ini perlu mendapat perhatian, tidak hanya dalam bentuk mengumpulkan dan memelihara, tetapi juga mengkarakterisasi keragaman genetik, mengevaluasi sifat-sifat yang dikehendaki dan memanfaatkannya untuk pemuliaan tanaman. Bertitik tolak dari hal itu maka penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk menganalisis keragaman genetik intra dan interpopulasi kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) pisifera yang berasal dari Nigeria. Kelapa sawit pisifera tersebut digunakan sebagai sumber serbuk sari untuk menghasilkan benih Dura x Pisifera komersial.
Salah satu penelitian dilakukan untuk membandingkan penggunaan dua marka molekular, RAPD dan SSR untuk menganalisis keragaman genetik pisifera kelapa sawit yang berasal dari Nigeria. Hasil analisis UPGMA menunjukkan bahwa marka RAPD dan SSR mampu memisahkan individu pisifera Nigeria yang berasal dari TxP famili dan klon. Marka RAPD mengelompokan seluruh pisifera Nigeria pada tingkat kesamaan 0,83 sedangkan marka SSR pada koefisien 0,68. Ketika analisis dilakukan menggunakan marka RAPD dan SSR, seluruh pisifera klon membentuk satu kelompok pada tingkat kesamaan 1,00 hal ini mengindikasikan bahwa seluruh klon yang dianalisis benar-benar seragam
Berdasarkan keunggulan dari marka SSR yang bersifat kodominan, tingkat polimorfisme yang tinggi, penafsiran hasil yang sederhana dan reprodusibilitas yang tinggi maka marka SSR ini lebih lanjut digunakan untuk menganalisis keragaman genetik kelapa sawit pisifera Nigeria.
Penelitian analisis keragaman genetik intra dan interpopulasi kelapa sawit pisifera Nigeria ini dilakukan menggunakan 12 marka SSR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 12 marka yang digunakan, 10 marka bersifat polimorfis dan 2 marka yang lain bersifat monomorfis. Jumlah alel yang dihasilkan adalah 3,7 alel perlokus.
Dari enam populasi pisifera klon Nigeria yang dianalisis, individu-individu di dalam populasi klon 22, 24 dan 32 berdasarkan marka SSR, secara genetik seragam. Sebaliknya, terdapat masing-masing satu individu di dalam populasi
klon 14 dan 23 yang secara genetik berbeda dengan yang lain, dengan perbedaan satu lokus dari 12 lokus yang dianalisis. Adanya keragaman ini kemungkinan disebabkan oleh terjadinya variasi somaklonal. Sedangkan pada populasi klon 23 dan 33 juga terdapat masing-masing satu individu yang berbeda dengan yang lain, dengan perbedaan lima dan sepuluh lokus dari 12 lokus yang dianalisis. Hal ini kemungkinan disebabkan oleh mislabelling pada saat kultur.
Analisis intrapopulasi empat pisifera Nigeria TxP famili yang dilakukan juga menunjukkan adanya keragaman pada seluruh populasi. Populasi TxP 317 membentuk satu kelompok pada tingkat kesamaan 0,72 sedangkan populasi TxP 318 membentuk kelompok pada koefisien 0,50. Populasi TxP 319 membentuk kelompok pada koefisien 0,85 dan populasi TxP 320 membentuk kelompok pada koefisien 0,78.
Analisis interpopulasi pisifera Nigeria secara umum menunjukkan bahwa seluruh kelapa sawit pisifera asal Nigeria membentuk satu kelompok pada tingkat kesamaan 0,65. interpopulasi pisifera Nigeria dapat dibedakan atas empat kelompok yaitu kelompok pisifera TxP famili 319, kelompok pisifera TxP famili 318, kelompok pisifera TxP 320 dan kelompok Klon 33 dan14. Serta terdapat kelompok lain yang sangat berbeda yaitu kelompok klon 23 dan TxP 318/56.
Hasil uji keturunan (progeny test) dari lima famili DxP test cross terbaik dari masing-masing famili pisifera Nigeria menunjukkan bahwa pisifera Nigeria famili 24 menunjukkan keragaaan yang terbaik untuk karakter, pertambahan
tinggi (HI) sebesar 45 cm/tahun, tandan buah segar (FFB) sebesar 202 kg/pokok/tahun, total produk ekonomi (TEP) sebesar 54,30% dan
peningkatan total produk ekonomi seluruh pisifera (%TEP-all) sebesar 127,08%. Nilai daya gabung umum (GCA) tertinggi untuk karakter-karakter komponen minyak menyebar merata pada seluruh famili pisifera Nigeria. Pisifera Nigeria famili 14 menunjukkan rasio minyak per tandan (O/B) yang tertinggi dengan nilai 27,84%, famili 22 menunjukkan rasio buah pertandan (F/B) yang tertinggi dengan nilai 66,40%, famili 23 menunjukkan rasio kernel pertandan (K/B) yang tertinggi dengan nilai 5,23%, famili 24 menunjukkan rasio minyak per mesokarp segar (O/WM) yang tertinggi dengan nilai 53,47% dan famili 32 menunjukkan rasio mesokarp perbuah (M/F) yang tertinggi dengan nilai 81,20%. Sedangkan nilai GCA untuk karakter tandan buah segar (FFB), pertumbuhan meninggi (HI) dan total ekonomi produk (TEP) yang tertinggi terdapat pada pisifera Nigeria famili 24 dengan nilai masing-masing sebesar 172 kg/pokok/tahun, 52 cm/tahun dan 46,42%.
Berdasarkan nilai GCA dari karakter-karakter yang dianalisis maka pisifera Nigeria TxP famili 320 terpilih sebagai tetua pisifera Nigeria terseleksi untuk produksi benih DxP komersial. Dari 53 pokok pisifera Nigeria terseleksi melalui metode family and individual palm selection sebanyak 40 pokok pisifera Nigeria (75%) yang secara konsisten terpilih sebagai pokok terseleksi pada tiap periode seleksi. Secara umum pisifera Nigeria terseleksi tersebut terlihat menyebar secara merata ke seluruh kelompok (sub populasi) TxP famili 320. Namun demikian ada beberapa pokok pisifera Nigeria terseleksi yang masuk dalam populasi TxP 318. Individu tersebut adalah TxP 320/11, 320/23,320/70, 320/68, 320/80 dan 320/102. Individu yang masuk ke dalam anggota populasi TxP 318 ini bukan merupakan anggota dari populasi TxP 320.
Dari serangkaian penelitian yang telah dilakukan dalam pengkajian keragaman genetik berdasarkan marka molekuler terhadap sumber plasma nutfah kelapa sawit pisifera Nigeria ini, disarankan analisis marka molekuler dapat diikutsertakan sebagai salah satu perangkat seleksi dalam menyusun program pemuliaan kelapa sawit di masa depan. Informasi marka molekular berupa keragaman dan jarak genetik juga dapat membantu dalam pengkayaan basis genetik. Analisis keragaman genetik kelapa sawit menggunakan marker SSR ini dapat digunakan sebagai salah satu perangkat seleksi dalam pemeliharaan keragaman genetik yang tersedia, memberikan informasi yang akurat mengenai tingkat kekerabatan genetik, monitoring keseragaman di antara dan di dalam populasi klon serta pendeteksian kultur yang tercampur (mislabelling).
Kata kunci : Marka molekuler, Famili TxP pisifera, Klon pisifera, Polimorfisme marka, Jarak genetik, UPGMA.
©Hak Cipta Milik IPB, tahun 2009
Hak Cipta dilindungi Undang-Undang
1. Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sumbernya.
a. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian,
penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau tinjauan suatu masalah.
b. Pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB. 2. Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis
ASAL NIGERIA BERDASARKAN ANALISIS MARKA
Simple Sequence Repeats (SSR)
ZULHERMANA
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada Sekolah Pascasarjana Institut Pertanian Bogor
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2009
Asal Nigeria Berdasarkan Analisis Marka Simple Sequence Repeats (SSR)
Nama : Zulhermana NRP : A151060101 Program Studi : Agronomi
Disetujui Komisi Pembimbing
Prof. Dr. Ir. Sudarsono, MSc Dr. Ir. Dwi Asmono, MS, APU Ketua Anggota
Diketahui
Ketua Program Studi Agronomi Dekan Sekolah Pascasarjana
Dr. Ir. Munif Ghulamahdi, MS Prof. Dr. Ir. Khairil A. Notodipuro, MS
Puji beriring syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT atas segala karunia-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian ini dengan judul ”Keragaman Genetik Intra dan Interpopulasi Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Pisifera Asal Nigeria Berdasarkan Analisis Marka Simple Sequence Repeats (SSR)” sesuai dengan waktu yang telah ditetapkan. Pendidikan dan penelitian ini merupakan program pengembangan riset berkelanjutan dari PT Bina Sawit Makmur, PT Sampoerna Agro Tbk. dan seluruh pembiayaannya didanai sepenuhnya oleh PT bina Sawit Makmur, PT Sampoerna Agro Tbk.
Penulis mengawali penelitian ini dengan tanpa dasar pengetahuan akan teknis dan analisis molekuler. Namun Alhamdulillah penelitian ini dapat diselesaikan dengan baik. Untuk itu penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya kepada Bapak Prof. Dr. Ir. Sudarsono, MSc dan Bapak Dr. Ir. Dwi Asmono, MS, APU selaku pembimbing yang telah banyak memberikan masukan dan arahan mulai dari pemahaman tentang teknik dan analisis molekuler, perencanaan, pelaksanaan hingga terselesaikannya penelitian ini dengan sangat baik.
Ucapan terima kasih yang tidak berhingga secara khusus penulis sampaikan
kepada Bapak Dr. Ir. Dwi Asmono, MS, APU selaku Direktur Riset PT Sampoerna Agro Tbk. yang peduli terhadap peningkatan sumber daya manusia
Indonesia, penulis bersyukur menjadi salah seorang yang diberi kesempatan untuk meningkatkan potensi diri melalui jenjang akademik. Terima kasih secara khusus juga penulis haturkan kepada Bapak Allan Goh yang telah memberikan kesempatan dan motivasi kepada penulis sehingga kesempatan yang tidak terduga ini dapat dijalani.
Kepada segenap jajaran Direksi PT Sampoerna Agro Tbk. penulis ucapkan terima kasih yang tidak terhingga atas motivasi serta dukungan dana dan fasilitas dalam menjalani pendidikan pasca sarjana ini. Kepada Staf dan Karyawan PT Bina Sawit Makmur, PT Sampoerna Agro Tbk, penulis juga mengucapkan terima kasih yang sebesar-besarnya atas pemikiran, sumbang saran dan bantuan tenaga sehingga penelitian ini dapat diselesaikan dengan baik.
Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian IPB yang dikordinir oleh Bapak Prof. Dr. Ir. Sudarsono, MSc dan seluruh staf tehnisi di laboratorium, untuk ini penulis haturkan terima kasih. Kepada seluruh teman-teman di Laboratorium Biologi Molekuler Tanaman, saya ucapkan terima kasih atas bantuan saran, tenaga dan motivasinya. Kepada seluruh team di statistical unit dan breeding unit kebun Surya Adi, PT Bina Sawit Makmur, terima kasih atas bantuan data dan pengiriman sampel daunnya. Semoga tetap menjadi team yang solid dan sukses selalu. Tak lupa kepada seluruh team purchasing department dan payroll department PT Sampoerna Agro Tbk. yang membantu penyediaan bahan-bahan penelitian dan pengaturan pembiayaan penelitian ini, penulis ucapkan terima kasih karena tanpa bantuan teman-teman penelitian ini tidak akan dapat berjalan dengan baik.
Kepada motivator sejati, istri tercinta Zubaidah Harahap dan anak-anakku M. Aulia Khairu Rizqy Sembiring dan Rifqy Arikin Halim Sembiring, penulis
ucapkan terima kasih karena selalu memberi dorongan semangat dan doa, walau kadang terabaikan. Khusus kepada Ibunda tercinta Almh. Siti Rukiah br. Tarigan penulis haturkan doa dan terima kasih karena cita-cita beliau menjadi semangat kepada penulis untuk terus maju walaupun jenjang yang dicapai saat ini tidak pernah terbayangkan beliau. Kepada Ayahanda serta seluruh keluarga terima kasih atas dukungan dan doanya.
Penulis menyadari sepenuhnya bahwa tesis ini masih jauh dari sempurna, terutama keterbatasan informasi dan waktu penelitian. Namun demikian, penulis berharap semoga tesis ini bermanfaat kepada pembaca dan semua pihak yang membutuhkannya.
Bogor, Juli 2009
Zulhermana
ZULHERMANA SEMBIRING dilahirkan di Kabanjahe Kabupaten Karo Sumatera Utara pada tanggal 15 Pebruari 1970 sebagai putra pertama dari ayahanda Y. Heryanto Sembiring dengan ibunda Almh. Siti Rukiah Br. Tarigan. Pada tanggal 16 Pebruari 2003 penulis menikah dengan Zubaidah Harahap, dan telah dikaruniai dua orang putra bernama M. Aulia Khairu Rizqy Sembiring dan Rifqy Arikin Halim Sembiring.
Pendidikan dasar dan menengah diselesaikan di kota Medan, Sumatera Utara; yaitu Sekolah Dasar Negeri No 060448 Medan (1983), Sekolah Menengah Tingkat Pertama Negeri 8 Medan (1986), Sekolah Menengah Tingkat Atas Negeri 1 Medan (1989). Gelar sarjana pertanian (S1) diperoleh dari Fakultas Pertanian (Jurusan Budidaya Pertanian, Program Studi Pemuliaan Tanaman) Universitas Sumatera Utara di Medan (1995) dengan predikat sangat memuaskan.
Pada tanggal 3 Juli 1995 penulis diterima bekerja di PT Tania Selatan, salah satu perusahaan perkebunan di Sumatera Selatan sebagai Asisten Lapangan. Pada tahun 2003 penulis ditugaskan sebagai research officer kebun induk PT Bina Sawit Makmur, Selapan Jaya Group. Dan pada tahun 2006 penulis diberi kesempatan untuk mengikuti pendidikan Pasca Sarjana di Institut Pertanian Bogor pada program studi Agronomi. Sampai saat ini penulis bertugas sebagai
research officer kebun induk (seed garden) di PT Bina Sawit Makmur, PT Sampoerna Agro Tbk.
xi
DAFTAR ISI
Halaman
DAFTAR TABEL ... xiii
DAFTAR GAMBAR ... xiv
DAFTAR LAMPIRAN ... xvi
DAFTAR SINGKATAN ... xvii
PENDAHULUAN ... 1 Latar Belakang ... 1 Tujuan ... 5 Manfaat ... 6 TINJAUAN PUSTAKA ... 7 Kelapa Sawit ... 7
Pemuliaan Kelapa Sawit ... 13
Marka Molekuler ... 18
EFEKTIFITAS PENGGUNAAN MARKA RAPD DAN SSR DALAM ANALISIS KERAGAMAN GENETIK SEMBILAN AKSESI KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) PISIFERA ASAL NIGERIA ... 19
Abstrak… ... 19
Abstract ... 20
Pendahuluan ... 21
Bahan dan Metode ... 23
Hasil dan Pembahasan ... 26
Kesimpulan ... 35
KERAGAMAN GENETIK INTRA DAN INTERPOPULASI KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) PISIFERA KLON ASAL NIGERIA BERDASARKAN ANALISIS MARKA SSR ... 36
Abstrak… ... 36
Abstract ... 37
Pendahuluan ... 38
Bahan dan Metode ... 40
Hasil dan Pembahasan ... 42
xii
Halaman
KERAGAMAN GENETIK INTRA DAN INTERPOPULASI KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) PISIFERA TxP FAMILI ASAL
NIGERIA BERDASARKAN ANALISIS MARKA SSR ... 53
Abstrak… ... 53
Abstract ... 54
Pendahuluan ... 55
Bahan dan Metode ... 57
Hasil dan Pembahasan ... 59
Kesimpulan ... 68
KAITAN ANTARA KERAGAMAN GENETIK INTRA DAN INTERPOPULASI SAWIT (Elaeis guineensis Jacq.) PISIFERA ASAL NIGERIA DENGAN KARAKTER UTAMA SELEKSI ... 69
Abstrak… ... 69
Abstract ... 70
Pendahuluan ... 71
Bahan dan Metode ... 73
Hasil dan Pembahasan ... 76
Kesimpulan ... 83
PEMBAHASAN UMUM ... 84
KESIMPULAN DAN SARAN ... 88
DAFTAR PUSTAKA ... 89
xiii
DAFTAR TABEL
Halaman
1. Jenis primer dan urutan sekuen primer acak, jumlah marka RAPD dan ukuran marka RAPD yang dihasilkan oleh masing-masing primer ... 26 2. Nilai tingkat kemiripan antar empat individu ramet klon pisifera dan
lima individu dari famili TxP berdasarkan data marka RAPD ... 28 3. Nama primer, urutan sekuen primer, jumlah alel total dan alel
polimorfik dalam analisis marka SSR ... 30 4. Nilai tingkat kemiripan antar empat individu ramet klon pisifera dan
lima individu dari famili TxP berdasarkan data marka SSR ... 31 5. Hasil perbandingan analisis marka RAPD dan marka SSR dari
sembilan aksesi pisifera Nigeria ... 33 6. Nama lokus, urutan basa dan jumlah alel dari 12 marka SSR yang
digunakan dalam penelitian analisis keragaman genetik intra dan inter populasi kelapa sawit pisifera klon Nigeria ... 42 7. Jumlah alel dan nilai polimorfisme dari 13 primer SSR yang
digunakan dalam penelitian analisis keragaman genetik intra dan inter populasi kelapa sawit pisifera klon Nigeria . ... 43 8. Data keragaman intrapopulasi pisifera klon Nigeria yang dianalisis
menggunakan 12 marka SSR ... 46 9. Data perbedaan jumlah lokus intrapopulasi pisifera klon Nigeria dari
12 lokus yang diuji ... 47 10. Nama lokus, urutan basa dan jumlah alel dari 13 primer SSR yang
digunakan dalam penelitian analisa keragaman genetik intra dan interpopulasi kelapa sawit pisifera TxP famili ... 59 11. Jumlah alel dan nilai polimorfisme dari 13 primer SSR.yang
digunakan dalam penelitian analisa keragaman genetik intra dan interpopulasi kelapa sawit pisifera TxP famili ... 60 12. Data koefisien kemiripan masing-masing populasi TxP family yang
membentuk satu kelompok ... 61 13. Data koefisien kemiripan masing-masing populasi TxP famili yang
membentuk keragaman ... 61 14. Data performance 5 (lima) individual DxP test cross terbaik dari
6 (enam) famili pisifera origin Nigeria. ... 77 15. Data performance 5 (lima) famili DxP test cross terbaik dari 6 (enam)
famili pisifera origin Nigeria ... 78 16. Data pokok seleksi pisifera Nigeria mulai 2003 hingga 2008 ... 80
xiv
DAFTAR GAMBAR
Halaman
1. Tanaman kelapa sawit komersial yang telah berbuah, yang merupakan persilangan antara dura x pisifera (DxP) dengan tetua pisifera yang digunakan berasal dari Nigeria ... 5 2. Tipe pembungaan monoecious pada tanaman kelapa sawit. Bunga
jantan (bj) dan bunga betina (bb) dalam dua tandan yang terpisah ... 6 3. Gambar bunga jantan dan bunga betina kelapa sawit. (a) Tandan bunga
jantan kelapa sawit yang sedang antesis dan (b) Tandan bunga betina kelapa sawit yang siap diserbuki ... 6 4. Tenera yang merupakan persilangan tetua betina dura dengan tetua jantan pisifera ... 8 5. Keragaan DxP test cross dengan pejantan Nigeria. (a) Tanaman
dengan tipe buah virescence, (b) Tanaman dengan tipe buah nigrescence, (c) Tandan dan buah virescence, (d) Tandan dan buah nigrescence ... 10 6. Metode seleksi yang melibatkan dua heterotik group: Group A tetua
betina dura dan Group B tetua jantan pisifera ... 14 7. Dendrogram hasil analisis UPGMA pada sembilan aksesi
pisifera Nigeria menggunakan marka RAPD yang dihasilkan dari lima primer acak. ... 28 8. Contoh visualisasi marka RAPD yang dihasilkan dengan
menggunakan primer acak, OPR-11. ... 29 9. Dendrogram hasil analisis UPGMA pada sembilan aksesi
pisifera Nigeria menggunakan marka SSR yang dihasilkan dari lima primer spesifik. ... 32 10. Visualisasi DNA hasil amplifikasi plasma nutfah kelapa sawit pisifera
Nigeria menggunakan primer SSR, P-9 dan P-11. ... 32 11. Dendrogram analisis UPGMA populasi pisifera klon menggunakan
12 primer SSR. ... 45 12. Visualisasi profil pita hasil elektroforesis DNA kelapa sawit populasi
klon 33 dan klon 14 menggunakan primer SSR 1 dan 7 ... 48 13. Dendrogram analisis UPGMA populasi pisifera klon dan
keterkaitannya dengan pisifera TxP famili menggunakan 12 primer SSR ... 50 14. Dendrogram analisis UPGMA populasi pisifera TxP 318
menggunakan 12 primer SSR ... 62 15. Dendrogram analisis UPGMA populasi pisifera TxP 320
menggunakan 12 primer SSR ... 63 16. Visualisasi profil pita hasil elektroforesis DNA kelapa sawit populasi
TxP 320 (27 aksesi) menggunakan primer SSR (A). Populasi TxP 320 (27 aksesi) menggunakan primer 9. (B). Populasi TxP 320 (27 aksesi) menggunakan primer. (C). Internal control... 64
xv
17. Dendrogram analisis UPGMA populasi pisifera TxP famili dan keterkaitannya dengan pisifera seluruh pisifera Nigeria menggunakan 12 primer SSR ... 66 18. Dendrogram keterkaitan hasil analisis UPGMA dari 12 primer SSR
xvi
DAFTAR LAMPIRAN
Halaman
1. Silsilah populasi pisifera origin Nigeria (GHA 608) ... 97
2. Prosedur baku pembuatan larutan kimia dan ekstraksi DNA daun kelapa sawit ... 98
3. Prosedur baku pembuatan larutan kimia dan elektroforesis horizontal
DNA kelapa sawit ... 110
4. Prosedur baku analisis SSR kelapa sawit ... 116
5. Prosedur pengolahan data molekuler menggunakan program
NTSYSpc versi 2.02 ... 133
6. Dendogram analisis UPGMA terhadap pisifera Nigeria menggunakan
xvii
DAFTAR SINGKATAN
AFLP : amplified fragment length polymorpism
ALJ : asam lemak jenuh
ALTJ : asam lemak tak jenuh
BC : backcross
BI : Bunch index
bp : basepair
BSM : Bina Sawit Makmur
CD : crown desease
CIRAD : centre de cooperation internationale en recherche agronomiquepour le developpement
CPO : crude palm oil
CTAB : cetyl-trimethyl-ammoniumbromide
D : Dura
dATP : 2’-deoxyadenosine 5’-triphosphate
dCTP : 2’-deoxycytidine 5’-triphosphate
dGTP : 2’-deoxyguanosine 5’-triphosphate
DNA : deoxyribonucleic acid
