1. Hasil uji fenotipe pada galur Sta8-S15-TB16, Si41-S15-TB16 dan Sk-60-S15-TB16, ketiga galur tersebut telah memiliki kesamaan karakter agronomi dengan tetua pemulihnya Situ Patenggang. Adapun karakter yang diuji diantaranya panjang malai, jumlah gabah hampa, jumlah gabah isi, jumlah gabah total, tinggi tanaman fase vegetatif, tinggi tanaman fase generatif, jumlah anakan fase vegetatif, dan jumlah anakan fase vegetatif.
2. Berdasarkan uji genotipe menggunakan primer SNAP agronomi, semua individu tanaman pada ketiga galur uji telah memiliki gen terkait karakter agronomi yang sama dengan Situ Patenggang. Adapun rumpun yang memiliki karakter paling mendekati dengan Situ Patenggang yaitu rumpun 1.
3. Uji asosiasi fenotipe dan genotipe masing-masing galur menunjukan terdapat lima primer yang paling signifikan menandai karakter agronomi yaitu primer JAT1 dan SNAP RS31 terkait karakter jumlah anakan; SNAP RS12 terkait karakter panjang malai; dan TT1, TT3 terkait karakter tinggi tanaman.
5.2 Saran
Perlu dilakukan analisis yang lebih lanjut terkait beberapa rumpun yang dapat dijadikan sebagai sumber benih calon varietas turunan essensial Situ Patenggang lahan sawah dan marka yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi karakter fenotipe padi.
34 DAFTAR PUSTAKA
Afiah, M. (2017). Evaluasi Marka Molekuler untuk seleksi mutu beras pada galur-galur harapan padi (oriza sativa) tahan penyakit blas (Pyricularia grisea). Tesis. Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Alberts, B., Lewis, J., Morgan, D., Raff, M., Roberts, K., et al. (2008). Moleculer Biology of the cell Sixth Edition. New York: Garland Science.
Alberts, B., Bray, D., Hopkins, K., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., et al. (2014). Essential Cell Biology. New York: Garland Science.
Allen, G., Flores-Vergara, M., Krasnyanski, S., Kumar, S., & Thompson, W. (2006). A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissues using cetyl trimethyl ammonium bromide. Nature Protocols , 2320-2325. Anonim. (2012). Pengembangan marka SNAP berbasis RGA dan DGA untuk
ketahanan terhadap layu fusarium pada tanaman pisang. Jurnal Holtikultura. 107-128.
Arif, M. (2012). Profil SDS-Page outer membrane protein Porphyromonas gingivalis. Skripsi. Universitas Jember, Jember.
Azrai, M. (2005). Pemanfaatan Marka Molekuler dalam proses seleksi pemuliaan tanaman. Jurnal Agrobiogen , 26-37.
Badan Pusat Statistik. (2017) Produksi padi nasional. Badan Pusat Statistik. https://www.bps.go.id/linkTableDinamis/view/id/866/ Tanggal akses 12 April 2017.
Badan Pusat Statistik. (2017). Jumlah Penduduk Tahun 2015. Badan Pusat Statistik. https://www.bps.go.id/linkTableDinamis/view/id/866/ Tanggal akses 12 April 2017.
Badan Pusat Statistik. (2017). Impor Bahan Pangan. Badan Pusat Statistik. https://www.bps.go.id/linkTableDinamis/view/id/866/ Tanggal akses 12 April 2017.
Balitbangtan. (1994). Pembuatan Varietas turunan essensial. Balitbangtan. http://.litbang.pertanian.go.id/index.php/Pembuatan Varietas turunan essensial. Tanggal Akses 15 April 2017.
Balitbangtan. (2011). Penyakit Blas Pada Tanaman Padi Dan Cara Pengendaliannya. Balitbangtan. http://bbpadi.litbang.pertanian.go.id/ . Tanggal Akses 12 April 2017.
35 Borse, T., Joshi, P., Chaphalkar, S. (2011). Biochemical Role for Ascorbic acid during the extraction of nucleic acids in Polyphenol Rich Medicinal Plant Tissues. J Plant Mol Biol Biotechnol. 2:(2), 1-7.
Barnita, K. (2010). Identifikasi variasi nukleotida gen ketahanan penyakit blas Pi33 pada galur padi terseleksi. Tesis. Institut Pertanian Bogor, Bogor. Cheul, S. L., & Hwan, Y. L. (1998). Calcium/Calmodulin-dependent Signaling for
Appressorium Formation in the Plant Pathogenic Fungus Magnaporthe grisea. Molecules and Cells , 698-704.
Chrisnawati, L. (2016). Identifikasi Marka STS dan SNP yang berasosiasi dengan karakter bronzing pada padi haploid ganda. Tesis. Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Direktorat Jenderal Tanaman Pangan. (2016). Pekan Peramalan OPT. http://www.ditjentan.go.id/ . Tanggal Akses 23 Juli 2017.
Darajat, A. A., Silitonga, S., & Nafisah. (2008). Ketersediaan Plasma Nutfah Untuk Perbaikan Varietas Padi. Padi , 1-28.
Drekard, E., Richter, B. G., Rozen, S., Stutius, L. M., Angell, N. A., Mindrinos, M., et al. (2000). A Simple procedure for the analysis of single nucleotide polymorphysms faicilitates Map-based cloning in Arabidopsis. Plant Physiology , 1483-1492.
Ebbole DJ. (2007). Magnaporthe as a model for understanding host-pathogen interaction. Annual Review ofPhytopathology 45:437-456.
Enggarini, W. (2012). Introgresi gen tahan blas dari Orizica llanos-5 pada populasi silang balik lanjut way rarem x Orizica llanos-5. Disertasi. Institut Pertanian Bogor, Bogor.
Fatchiyah, Arumimngtyas, E. L., Sriwidyarti, & Rahayu, S. (2011). Biologi Molekuler Prinsip Dasar Analisis. Jakarta: Penerbit Erlangga.
Faatih, M. (2009). Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurnal Penelitian Sains dan teknologi Vol. 10 , 61-67.
Gilbert, R. D,., Jhonson, A., & Dean, R. (1996). Chemical signals responsible for appressorium formation in the rice blast fungus Magnaporthe grisea. Physiological and Molecular Plant Pathology , 335-346.
Grist D.H., 1960. Rice. Formerly Agricultural Economist, Colonial Agricultural Service, Malaya. Longmans, Green and Co Ltd. London.
36 Handoyo, D., & Rudiretna, A. (2001). Prinsip umum dan Pelaksanaan PCR.
Unitas Vol.9 , 17-29.
Hanum, C. (2008). Teknik Budidaya Tanaman Jilid 2. Jakarta: Direktorat Pembinaan Sekolah Menengah Kejuruan.
Harahap, A. S. (2017). Uji Kualitas dan Kuantitas DNA beberapa populasi pohon kapur sumatera. Journal of animal science and agronomi panca budi, 1-6 Healey, A., Furtado, A., Cooper, T., Henry, R. J. (2014). Protocol : Sample
Method for extracting next-generation sequencing quality genomic DNA from recaltricant plant species. Plant Methods. 10(21), 1-8
Ichsan, C. N., Bakhtiar, Efendi, & Sabaruddin. (2017). Karakteristik Hasil Varietas/Genotipe Padi (Oriza Sativa L.) Terpilih Di Lahan Tadah Hujan. Prosiding Seminar Nasional Biotik 2017 , 336-346.
Indrayani, S., Nasution, A., & Mulyaningsih, E. S. (2013). Analisis Ketahanan Padi Gogo Dan Padi Sawah (Oryza Sativa L) Terhadap Empat Ras Penyakit Blas (Pyricularia Grisea Sacc). Jurnal Agricola , 53-62.
Kim. M. Y., Van. K., Lestari. P., Moon. J. K., Lee. S. H. (2005). SNP identification and SNAP marker development for a GmNARK gene supernodulation in soybean. Theor Appl Genet, 110: 1003-1010.
Langga, I. F., Restu, M., & Kuswinanti, T. (2012). Optimalisasi suhu dan lama inkubasi dalam ekstraksi DNA tanaman bitti (vitex cofassus reinw) serta analisis keragaman genetik dengan teknik RAPD-PCR. Jurnal Sains & Teknologi. 12 (3), 265-276.
Lestari, P dan Koh, H. J. 2013. Development of new CAPS/dCAPS and SNAP markers for rice eating quality. Hayati J Biosci. 20(1):15-23.
Lestari, P., Lee, G., Ham, T.-H., Reflinur, Woo, M.-O., Piao, R., et al. (2011). Single Nucleotide Polymorphisms and Haplotype Diversit y in Rice Sucrose Synthase 3. Journal of Heredity , 735-746.
Makarim, A. K., Suhartatik, E., & Kartohardjono, A. (2007). Silikon : Hara Penting pada sistem produksi padi. Iptek tanaman pangan , 195-204. Makarim, A. K., Suhartatik, E. (2009). Morfologi dan Fisiologi Tanaman Padi.
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi. 295- 330
Marcel, S., Sawers, R., Oakeley, E., Angliker, H., & Paszkowskia, U. (2010). Tissue-Adapted Invasion Strategies of the Rice Blast Fungus Magnaporthe oryzae. The Plant Cell , 3177–3187.
37 Mulsanti, I. W., Surahman, M., Wahyuni, S., & Utami, D. W. (2013). Identifikasi Galur Tetua Padi Hibrida dengan Marka SSR Spesifik dan Pemanfaatannya dalam Uji Kemurnian Benih. Penelitian Pertanian Tanaman Pangan Vol.32 No. 1 , 1-8.
Neff, M. M., Neff, J. D., Chory, J., & Pepper, A. E. (1998). dCAPS, a simple technique for genetic analysis of single nucleotide polymorhisms: experimental applications in Arabidopsis thaliana genetics. The Plant Journal , 387-392.
Nurazizah. S. (2015). Seleksi galur BC3F2 turunan varietas Situ Patenggang dengan IRBLkp-k60 dan IRBLta-Re2 tahan penyakit blas menggunakan marka molekuler. Skripsi. Universitas Sultan Ageng Tirtayasa, Serang. Norsalis, E. (2011). Padi Gogo dan Sawah. 1-13.
Oktaviana, T. (2016). Keragaman Fenotipe, Genotipe, Dan Heritabilitas Karakter Agronomi Kedelai (Glycine Max [L.] Merrill) Generasi F7 Hasil Persilangan Wilis X Mlg2521. Skripsi. Universitas Negeri Lampung, Bandar Lampung.
Patay, A. L. (2017). Analisis molekuler pada galur-galur padi (Oryza sativa L.) BC3F5 turunan varietas Situ Patenggang tahan penyakit blas. Skripsi. Universitas Sultan Ageng Tirtayasa, Serang.
Pazuki, A., & Sohani, M. M. (2013). Phenotypic evaluation of scutellum-derived calluses in „Indica‟ rice cultivars. Acta Agriculture Slovenica , 239-247. Reflinur dan Lestari, P. (2015). Penentuan lokus gen dalam kromosom tanaman
dengan bantuan marka molekuler. Jurnal Litbang. 34 (4) : 177-186.
Ribot C, Hirsch J, Balzergue S, Tharreau D, Notteghem J, Lebrun M, Morel J. (2008). Susceptibility of rice to the blast fungus, Magnaporthe grisea. Journal of Plant Physiology 165:114-124.
Rossman AY, Howard RJ, Valent B. (1990). Pyricularia grisea, the correct name for the rice blast disease fungus. Mycologia 82:509-512.
Santoso, & Nasution, A. (2009). Pengendalian Penyakit blas dan penyakit cendawan lainnya. Balai Besar Penelitian Tanaman Padi , 531-564.
Saputra, F. R. (2014). Aplikasi Metode SDS-Page (Sodium Sulphate Poly Acrylamide Gel Electrophoresis) untuk mengidentifikasi sumber gelatin pada kapsul keras. Skripsi. Univesitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah, Jakarta.
38 Sijabat, O. N. (2007). Edidemi Penyakit Blas (Pyricularia oryzae Cav.) pada Beberapa Penyakit Varietas Padi Sawah (Oriza sativa L) dengan Jarak Tanam Berbeda di Lapangan. Tesis. Universitas Sumatra Utara, Medan. Sudir, A. N., Santoso, & Nuryanto, B. (2014). Penyakit Blas Pyricularia grisea
pada Tanaman Padi dan strategi pengendaliannya. Iptek Tanaman Pangan , 85-96.
Tasliah, Reflinur, & Bustaman, M. (2008). Keragaman Genetik Isolat Cendawan Pyricularia oryzae Menggunakan Primer Pot-2 (Rep-PCR). Jurnal Agrobiogen , 70-76.
Utami, D. W., Ambarwati, A. D., Apriana, A., & Sisharmini, A. (2010). Keragaman Sifat Tahan Penyakit Blas dan Agronomi Populasi Silang Balik dan Haploid Ganda Turunan IR64 dan Oryza rufipogon. Buletin Plasma Nutfah Vol. 16 No. 2 , 90-95.
Utami, D. W., Moeljopawiro, S., Aswidinnoor, H., Setiawan, A., & Hanarida, I. (2005). Gen Pengendali Sifat Ketahanan Penyakit Blas (Pyricularia grisea Sacc.) pada Spesies Padi Liar Oryza rufipogon Griff. dan Padi Budi Daya IR64. Jurnal Agrobiogen , 1-6.
Vibhuti, M. J., Mandaliya, B. V., & Thaker, T. V. (2015). Simple and Efficient Protocol for RNA and DNA extraction from Rice (Oryza sativa L.) for Downstream Applications. International Research Journal of Biological Sciences , 62-67.
Wilson RA, Talbot NJ. (2009). Under pressure: investigating the biology of plant infection by Magnaporthe oryzae. Nature Reviews Microbiology 7:185-195.
Wirnas, D., Trikoesoemaningtyas, Sutjahjo, S. H., Sopandie, D., Rohaeni, W. R., Marwiyah, S., et al. (2012). Keragaman Karakter Komponen Hasil dan Hasil pada Genotipe Kedelai Hitam. Jurnal Argon Indonesia , 184-189. Yuliani, D., & Maryana, Y. E. (2014). Integrasi Teknologi Pengendalian Penyakit
Blas pada Tanaman Padi di Lahan Sub-Optimal. Buletin Plasma Nutfah , 835-845.
Yuriyah, S., Utami, D. W., Nurani, S., Supartopo, Santoso, Nasution, A., et al. (2015). Perakitan galur unggul tahan penyakit blas (Pyricularia grisea) berdasarkan seleksi berbasis marka molekuler. Jornal Agrobiogen, 19-27. Yusuf, Z. K. (2010). Polymerase Chain Reaction (PCR). Saintek. 5(6), 1-5.
39 Lampiran 1. Skema Alur Penelitian