ada Bab 1 sudah saya singgung tentang PyPLIF HIPPOS ini. PyPLIF HIPPOS merupakan versi upgraded dari PyPLIF,28 sebuah software untuk identifikasi sidik jari interaksi protein-ligan (PLIF). PyPLIF HIPPOS sendiri merupakan singkatan dari PyPLIF HIPPOS is PyPLIF on Steroids.30 Beberapa fitur yang membuat PyPLIF HIPPOS klaim bahwa ini merupakan versi upgraded dari PyPLIF adalah: (i) Perubahan algoritma yang membuat PyPLIF HIPPOS 10 kali lebih cepat daripada PyPLIF; (ii) PyPLIF HIPPOS membaca luaran dari AutoDock Vina selain dari PLANTS, sementara PyPLIF hanya membaca luaran dari PLANTS; (iii) PyPLIF HIPPOS memisahkan antara identifikasi PLIF referensi dan identifikasi PLIF pose-pose hasil penambatan molekul. Sehingga bisa jauh lebih cepat jika identifikasi PLIF tidak membutuhkan referensi; (iv) PyPLIF HIPPOS menyediakan fitur pengabaian interaksi dengan atom-atom backbone, yaitu fitur
“nobb”, yang memungkinkan pengguna fokus pada residu asam amino;
dan (v) Skor kesesuaian (similarity score) disediakan 2 macam, yaitu Tanimoto dan McConnaughey, yang juga disediakan fitur untuk menggunakan skor kesesuaian favorit pengguna.
Peluncuran PyPLIF, dan sekarang PyPLIF HIPPOS, ke ranah publik sebagai software open source dan gratis merupakan tonggak sejarah bagi saya di dunia kimia medisinal komputasi. Saya sungguh berharap bahwa PyPLIF HIPPOS dapat lebih berdaya guna dibandingkan
P
dengan PyPLIF di waktu-waktu mendatang. Artikel yang merilis PyPLIF pada tahun 2013,28 saat ini sudah disitasi 63 kali menurut catatan Google Scholar (https://scholar.google.com/; diakses 15 Juli 2021). Berikut beberapa grup riset yang merujuk ke PyPLIF: (i) Departemen Biokimia, University of Cambridge; (ii) Departemen Kimia, Columbia University; (iii) Biotechnology Center (BIOTEC), TU Dresden;
(iv) National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, Maryland; dan (v) Department of Basic Sciences, St. Louis College of Pharmacy, St.
Louis, Missouri. Saya berharap, delapan tahun ke depan PyPLIF HIPPOS berdampak lebih baik dan lebih luas dibandingkan dengan PyPLIF.
Gambar 4.1. Gambaran skematis contoh penggunaan PyPLIF HIPPOS.
PyPLIF HIPPOS mengubah pose-pose hasil penambatan molekul dari AutoDock Vina atau PLANTS menjadi bitstring interaksi-interaksi antara residu-residu asam amino kantung ikatan protein dengan ligan. Saya agak kesulitan menerjemahkan “bitstring” dalam Bahasa Indonesia. Dalam konteks luaran PyPLIF HIPPOS, bitstring merupakan teks biner yang menjelaskan ada tidaknya interaksi tertentu dari asam amino tertentu dengan ligan. Jika teridentifikasi ada interaksi, maka akan muncul bitstring “1” dan jika tidak teridentifikasi ada ikatan
maka akan muncul bitstring “0”. Secara sederhana, proses ini disampaikan dalam skema pada Gambar 4.1.
Gambar 4.1 menjelaskan secara ringkas penggunaan PyPLIF HIPPOS untuk menganalisis identifikasi sidik jari interaksi antara CC27 dengan MMP9 dari kompleks 4h3x.pdb yang diunduh dari https://www.rcsb.org/structure/4H3X (diakses 16 Juli 2021). Karena PyPLIF HIPPOS hanya membaca luaran AutoDock Vina ataupun PLANTS, maka perlu dicari solusi supaya kompleks ini menjadi luaran AutoDock Vina ataupun PLANTS. Solusi yang saya pikirkan dan coba saat ini adalah menggunakan SPORES66 untuk preparasi berkas input penambatan molekul di PLANTS35 tanpa mengubah koordinat atom-atom. Penambatan molekul dilakukan dengan mode “rescore” supaya tidak mengubah koordinat atom-atom. Hasil penambatan ini siap menjadi berkas input untuk PyPLIF HIPPOS. Analisis hasil PyPLIF HIPPOS mode “nobb” diperoleh bahwa selain interaksi hidrofobik (hyd; bitstring ke-1 dari 7 bitstring PyPLIF), ada ikatan aromatik face-to-face (bitstring ke-2 dari 7 bitstring PyPLIF) antara ligan dengan residu His226 dan ada ikatan ionik dengan residu Gl227 sebagai anion (bitstring ke-7 dari 7 bitstring PyPLIF). Gambar 4.1 hanya menampilkan ikatan selain ikatan hidrofobik demi alasan kejelasan visualisasi di gambar. Jenis-jenis interaksi yang dapat diidentifikasi oleh PyPLIF HIPPOS dipaparkan di Tabel 4.1.
PyPLIF HIPPOS dirancang untuk siap untuk dijalankan di sistem operasi Linux, dan sudah diujicobakan di distro Ubuntu 12.0430 dan CentOS 7.4.1708.31 Oleh karena itu untuk mengadopsi penggunaan PyPLIF HIPPOS di PC atau laptop dengan sistem operasi Windows perlu dibuatkan solusi khusus. Laptop yang saya gunakan untuk menjalankan simulasi yang dipaparkan di Bab 4 ini berkekuatan Intel® Pentium® Silver N5000 CPU @ 1,10 GHz dengan RAM 4 GB dan sistem operasi yang terinstal adalah Windows 10 Home. Sungguh beruntung bahwa sistem operasi ini sudah menyediakan fasilitas Windows Subsystem for Linux (WSL) yang memungkinkan dan memudahkan instalasi beberapa distro Linux untuk diinstal sebagai aplikasi pada Windows (https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/; diakses 28 Juli 2021). Saat ini ada dua pilihan, yaitu WSL1 dan WSL2. Saya memilih WSL1 karena memberikan opsi menjalankan aplikasi-aplikasi
Windows dari jendela Linux, dan sebaliknya (https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/compare-versions; diakses 28 Juli 2021). Instalasi WSL dapat dipelajari di tautan berikut: https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/install-win10 (diakses 28 Juli 2021) dan setelahnya instalasi distro Linux dapat dilakukan dengan mudah melalui Microsoft Store. Saya sudah menginstal Ubuntu 16.04, Ubuntu 18.04 dan Ubuntu 20.04. Informasi yang ditampilkan di Gambar 4.1 diperoleh dari menjalankan PyPLIF HIPPOS di Ubuntu 20.04 di laptop saya.
Tabel 4.1. Interaksi-interaksi Pada PyPLIF HIPPOS
Bitstring ke- Tipe Interaksi Kode Keterangan 1 hidrofobik hyd Ikatan antara dua atom non
polar yang berjarak 4,5 Å 2 aromatik
face-to-face
f2f Ikatan antara 2 gugus aromatik, dengan jarak antar pusat aromatik 4,0 Å dan sudut yang dibentuk oleh garis tegak lurus dari sisi datar aromatik 150-210.
3 aromatik edge-to-face
e2f Ikatan antara 2 gugus aromatik, dengan jarak antar pusat aromatik 4,0 Å dan sudut yang dibentuk oleh garis tegak lurus dari sisi datar aromatik 30-150.
4 hidrogen; protein sebagai donor
don Ikatan antara donor ikatan hidrogen (D-H; D = O atau N) dengan akseptor ikatan hidrogen (A; A = atom dipol negatif atau anion) dengan jarak antara D dengan A 3,5 Å dan sudut D-H---A antara 135-225.
5 hidrogen; protein sebagai akseptor
acc
6 ionik; protein sebagai kation
cat Ikatan antara atom bermuatan positif (kation) dan atom bermuatan negatif (anion) dengan jarak 4,0 Å 7 ionik; protein
sebagai anion
ani
Saat ini ditulis pada 28 Juli 2021, saya tinggal di Yogyakarta yang sejak awal bulan mengalami Pemberlakuan Pembatasan Kegiatan Masyarakat (PPKM) darurat sehungga saya terpaksa bekerja di rumah.
Saya jadi tahu bahwa ubuntu.com tidak bisa diakses dengan penyedia layanan internet yang menjangkau rumah saya. Hal ini berdampak tidak dapat dilakukan update maupun upgrade sistem operasi Ubuntu maupun aplikasi-aplikasi di dalamnya. Oleh karena itu, saya memutuskan untuk mencoba Debian untuk simulasi selanjutnya di Bab 4 ini.
Instalasi Debian pada tahap ini sudah cukup mudah, tinggal unduh dan instal dari Microsoft Store. Setelah sampai pada tayangan seperti Gambar 4.2 kemudian diklik “Launch”, akan muncul jendela Debian dan meminta memasukkan “username” dan “password”. Sistem operasi Debian pun siap difungsikan. Perintah pertama yang saya masukkan, seperti biasa saya lakukan setelah instalasi sistem operasi Linux distro Debian maupun turunannya, adalah “sudo apt-get update”
untuk meng-update sistem operasi ini. Perintah ini akan menanyakan password sebagai administrator (super user). Lalu saya juga melanjutkan dengan perintah “sudo apt-get install screenfetch” dan ketuk “y” ketika dikonfirmasi apakah lanjut instalasi setelah diketahui kebutuhan ruang diska. Setelah “screenfetch” selesai diinstal, diketikkan perintah
“screenfetch” untuk menunjukkan spesifikasi sistem operasi ini (Gambar 4.3). Perintah berikutnya dapat dilihat pada boks berikut:
Baris Perintah 1 mkdir programs 2 cd programs
3 sudo apt-get install wget 4 Wget
https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3- latest-Linux-x86_64.sh
5 chmod u+x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 6 ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
7 exit
Sampai tahap ini diikuti proses instalasi Miniconda dengan ketik
“Yes” pada setiap pertanyaan dan setelah selesai Debian ditutup dengan menutup jendela Debian (baris ke-7). Boks ini membuat folder baru
“programs” (baris ke-1) dan masuk ke folder baru tersebut (baris ke-2).
Kemudian pada baris ke-3 dilakukan instalasi program “wget” yang dibutuhkan untuk mengunduh berkas-berkas dari internet, yang kemudian digunakan pada baris ke-4 untuk mengunduh berkas penginstal Miniconda. Setelah berkas penginstal Miniconda, diubah menjadi berkas executable pada baris ke-5 dan dieksekusi pada baris ke-6.
Miniconda pun terinstal.
Gambar 4.2. Tampilan Micorsoft Store setelah instalasi Debian selesai.
Gambar 4.3. Tampilan Debian dengan perintah “screenfetch”.
Miniconda berperan penting untuk mempermudah instalasi PyPLIF HIPPOS. Miniconda juga berperan penting untuk mengubah environment untuk menjalankan software tertentu yang membutuhkan software pendukung yang beda versi. Sebagai contoh software yang hanya bisa jalan di python versi 2 sementara sistem operasi secara default menjalankan python versi 3. Proses selanjutnya adalah instalasi PyPLIF HIPPOS dan aplikasi-aplikasi pendukung. Sebelum melakukan ini, laptop perlu d-restart terlebih dahulu. Setelah laptop sudah berfungsi dan sudah masuk sistem operasi Windows, jendela Debian dibuka lagi dan kemudian diketikkan perintah-perintah seperti pada boks berikut:
Baris Perintah
(base)1 conda config --set auto_activate_base false (base)2 conda deactivate
3 conda create -n hippos python=3.6 4 conda activate hippos
(hippos)5 conda install -c conda-forge pyplif-hippos (hippos)6 conda deactivate
7 cd programs
8 wget
http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/PLANTS1.2 _64bit
Baris Perintah
9 wget
http://www.tcd.uni-konstanz.de/plants_download/download/SPORES_64 bit
10 chmod u+x PLANTS1.2_64bit SPORES_64bit 11 exit
Saat jendela Debian dibuka, nampak tulisan “(base)” di sebelah kiri prompt string, seperti pada baris pertama dan kedua pada perintah di boks di atas. Hal ini menunjukkan lingkungan conda yang sedang aktif. Perintah pada baris pertama berfungsi untuk menon-aktifkan aktivasi otomatis conda saat Debian di-restart lagi nanti. Baris ke-2 untuk mendeaktivasi lingkungan conda yang sedang aktif. Baris ke-3 dan ke-4 untuk menginstal lingkungan conda dengan python versi 3.6 bernama “hippos”, dilanjutkan dengan mengaktivasi lingkungan tersebut. Pada lingkungan “hippos”, seperti terlihat pada tambahan
“(hippos)” di prompt string, dilakukan instalasi PyPLIF HIPPOS pada perintah baris ke-5. Setelah selesai instalasi PyPLIF HIPPOS dan segala dependensinya, lingkungan conda “hippos” dideaktivasi pada perintah baris ke-6. Perintah baris ke-7 hingga ke-10 merupakan baris-baris perintah untuk instalasi PLANTS dan SPORES pada folder “program”.
Instalasi berbagai software yang dibutuhkan untuk transformasi kompleks protein-ligan menjadi bitstring interaksi berbantuan PyPLIF HIPPOS sudah selesai. Perintah baris ke-11 menutup jendela Debian di sistem operasi Windows.
Perlengkapan untuk identikasi interaksi pada kompleks protein-ligan sudah terinstal dengan lengkap dan baik. Saatnya saya mencoba untuk mereproduksi hasil yang dipaparkan pada Gambar 4.1. Jendela Debian dibuka kembali dan kemudian perintah-perintah pada boks di bawah ini diketikkan:
Baris Perintah
1 mkdir mmp9.pdb2plif 2 cd mmp9.pdb2plif/
3 wget https://files.rcsb.org/download/4H3X.pdb 4 ~/programs/SPORES_64bit --mode splitpdb
4H3X.pdb
5 cp ligand_10B306_0.mol2 ligand.mol2
Baris Perintah
6 ~/programs/PLANTS1.2_64bit --mode bind ligand.mol2 5 protein.mol2
7 echo "scoring_function chemplp" > plantsconfig 8 echo "search_speed speed4" >> plantsconfig 9 echo "protein_file protein.mol2" >>
plantsconfig
10 echo "ligand_file ligand.mol2" >> plantsconfig 11 echo "output_dir results" >> plantsconfig 12 echo "write_multi_mol2 0" >> plantsconfig 13 cat bindingsite.def >> plantsconfig
14 echo "rescore_mode no_simplex" >> plantsconfig 15 echo "write_rescored_structures 1" >>
plantsconfig
16 ~/programs/PLANTS1.2_64bit --mode rescore plantsconfig
17 echo "docking_method plants" > config.hippos 18 echo "docking_conf plantsconfig" >>
config.hippos
19 echo "output_mode full full_nobb" >>
config.hippos
20 echo "full_outfile plif_full.txt" >>
config.hippos
21 echo "full_nobb_outfile plif_nobb.txt" >>
config.hippos
22 echo "logfile hippos.log" >> config.hippos 23 echo "residue_number `grep CA
PLANTSactiveSiteResidues.mol2 | grep BACKBONE | awk '{print $7}' | paste -s -d" "`" >>
config.hippos
24 echo "residue_name `grep CA
PLANTSactiveSiteResidues.mol2 | grep BACKBONE | awk '{print $8}' | paste -s -d" "`" >>
config.hippos
25 conda activate hippos (hippos)26 hippos config.hippos (hippos)27 conda deactivate
Baris pertama pada boks di atas adalah untuk membuat folder baru “mmp9.pdb2plif” untuk isolasi pekerjaan konversi ini. Lalu baris ke-2 untuk masuk ke folder tersebut. Baris ke-3 untuk mengunduh langsung berkas 4H3X.pdb dari situs RCSB PDB (diakses tanggal 6 Agustus 2021). Baris ke-4 merupakan langkah penting preparasi menggunakan SPORES untuk penambatan molekul dengan PLANTS.
Baris ke-4 ini memerintahkan SPORES untuk mengidentifikasi struktur protein, ligan dan air serta men-split menjadi berkas-berkas bertipe mol2 yang terpisah. Struktur protein, termasuk kofaktor yang dalam ini atom Zn, menjadi satu dalam berkas protein.mol2, sementara senyawa-senyawa nonprotein diberi nama sesuai nama residu dalam berkas 4H3X.pdb. Ligan kokristal sebenarnya sebagai luaran SPORES adalah ligand_10B306_0.mol2. Pada baris ke-5, berkas ligan kokristal diperjelas dengan dikopi menjadi ligand.mol2. Baris ke-6 menggunakan modul
“bind” dari PLANTS untuk identifikasi residu-residu kantung ikatan yang didefiniskan sebagai asam amino-asam amino berjarak 5 Å dari radius terluar ligan. Luaran penting dari perintah baris ke-6 ini adalah berkas bindingsite.def dan berkas PLANTSactiveSiteResidues.mol2 yang nanti akan sangat berguna pada preparasi konfigurasi PyPLIF HIPPOS serta analis luaran dari PyPLIF HIPPOS. Baris ke-7 hingga ke-15 merupakan pembuatan berkas konfigurasi untuk penambatan molekul menggunakan PLANTS. Baris ke-16 menggunakan PLANTS untuk melakukan penambatan molekul mode “rescore” supaya tidak ada perubahan koordinat struktur ligan yang ditambatkan. Tahap ini penting karena dalam konteks ini saya memanfaatkan PLANTS bukan untuk mencari pose yang akurat atau dominan dari ligan kokristal melainkan untuk identifikasi interakasi protein-ligan menggunakan PyPLIF HIPPOS. Luaran dari baris ke-16 merupakan input bagi PyPLIF HIPPOS. Baris ke-17 hingga ke-24 merupakan pembuatan berkas konfigurasi untuk PyPLIF HIPPOS, sementara baris ke-25 hingga ke-27 merupakan eksekusi software PyPLIF HIPPOS berdasarkan konfigurasi yang sudah dibuat. Sampai tahap ini sebenarnya sudah selesai jika akan dianalisis lebih lanjut sebagai input pada studi machine learning atau analisis biner yang lain. Namun, guna mempermudah pembacaan bitstring dari sekedar “0” dan “1” untuk menjadi lebih mudah dipahami manusia (more human readable), luaran dari skrip pada boks di atas perlu dilanjutkan dengan perintah-perintah baris seperti pada boks berikut:
Baris Perintah
1 grep "residue_name" config.hippos | sed
's/residue_name //g' | tr " " "\n" > .tmp.res.lst 2 echo "hydrophobic" > .tmp.plif.txt
Baris Perintah
3 echo "aromatic_face-to-face" >> .tmp.plif.txt 4 echo "aromatic_edge-to-face" >> .tmp.plif.txt 5 echo "H-bond_donor" >> .tmp.plif.txt
6 echo "H-bond_acceptor" >> .tmp.plif.txt 7 echo "ionic_as_the_cation" >> .tmp.plif.txt 8 echo "ionic_as_the_anion" >> .tmp.plif.txt 9 for i in $(cat .tmp.res.lst); do for j in $(cat
.tmp.plif.txt); do echo "$i $j"; done; done >
.tmp.res.lst.type
10 for j in $(seq 1 `cat .tmp.res.lst.type | wc -l`); do awk -v j="$j" '{print substr($3,j,1)}' plif_nobb.txt;
done > .tmp.nobb.human
11 for j in $(seq 1 `cat .tmp.res.lst.type | wc -l`); do awk -v j="$j" '{print substr($3,j,1)}' plif_full.txt;
done > .tmp.full.human
12 paste -d, .tmp.res.lst.type .tmp.nobb.human | grep
",1" | sed "s/,1//g" > nobb.plif-h.txt
13 paste -d, .tmp.res.lst.type .tmp.full.human | grep
",1" | sed "s/,1//g" > full.plif-h.txt
14 rm .tmp.full.human .tmp.nobb.human .tmp.plif.txt .tmp.res.lst .tmp.res.lst.type
Saya pikir tahapan-tahapan pada boks di atas ini tidak perlu dijelaskan. Sama seperti pembuatan berkas-berkas konfigurasi pada boks sebelumnya, tahap-tahap ini terlalu teknikal untuk dijelaskan.
Luaran penting dari menjalankan perintah-perintah pada boks di atas ini adalah berkas nobb.plif-h.txt, yang berisi asam amino dan tipe ikatan hasil identifikasi PyPLIF HIPPOS dengan mengabaikan atom-atom backbone, dan full.plif-h.txt, yang berisi asam amino dan tipe ikatan hasil identifikasi PyPLIF HIPPOS tanpa mengabaikan atom-atom backbone. Dalam konteks mereproduksi luran-luaran yang dipaparkan pada Gambar 4.1, maka isi berkas nobb.plif-h.txt relevan untuk dipaparkan pada Tabel 4.2. Pada Tabel 4.2 tersebut tampak bahwa interaksi hidrofobik cukup dominan pada kompleks protein-ligan di 4H3X.pdb dan mereproduksi hasil yang dipaparkan pada Gambar 4.1, interaksi lain yang teridentifikasi adalah interaksi aromatik face-to-face dengan His226 dan interaksi ionik dengan Glu227. Nalar kimia saya menerima teridentifikasinya interaksi aromatik face-to-face dengan His226, namun merasa ada yang janggal dengan teridentifikasinya interaksi ionik dengan Glu227. Nampaknya ada yang kurang tepat saat preparasi ligan dengan menggunakan SPORES. Hal ini perlu saya
klarifikasi menggunakan bantuan YASARA-Structure. Selain itu, juga ditemukan ikatan yang identik pada 2 asam amino yang sama (lihat baris 5-6 dan 8-9 pada Tabel 4.2). Sepertinya ada asam amino pada chain B dari 4H3X.pdb yang terikut menjadi bagan dari kantung ikatan.
Tabel 4.2. Interaksi-interaksi Hasil Identifikasi PyPLIF HIPPOS Pada 4H3X.pdb dengan Mengabaikan Atom-atom Backbone No. Residu Asam Amino Tipe Interaksi
1. Leu188 hidrofobik
2. His226 aromatik face-to-face 3. Glu227 ionik; protein sebagai anion
4. Tyr245 hidrofobik
5. Pro246 hidrofobik
6. Met247 hidrofobik
7. Tyr245 hidrofobik
8. Pro246 hidrofobik
9. Met247 hidrofobik
Pada ligan kokristal CC27 nampak ada N terprotonasi di Gambar 4.1. Hal ini yang membuat teridentifikasinya interaksi ionik dengan Glu227. Hasil inspeksi visual menggunakan YASARA-Structure memberikan konfirmasi bahwa tidak ada N terprotonasi pada CC27 dengan pH yang diatur pada nilai 7,4 (Gambar 4.4). Pada Bab 4 ini, YASARA-Structure yang digunakan adalah versi 20.12.24. Hal ini mengindikasikan kekeliruan pada Gambar 4.1 dan Tabel 4.2. Oleh karena itu, perlu dibenahi proses identifikasi interaksi protein-ligan ini sejak dari preparasi untuk penambatan molekul.
Berkas macro prep4H3X.mcr (Boks 8 pada Lampiran) disiapkan untuk preparasi pada YASARA-Structure sebelum dipreparasi menggunakan SPORES. Working directory kali ini adalah
“D:\tmp_PD2021_mmp9\”. Berkas 4H3X.pdb unduhan dari situs RCSB PDB ditempatkan pada folder ini bersama dengan berkas macro prep4H3X.mcr. Berkas macro prep4H3X.mcr dijalankan pada GUI YASARA-Structure dengan cara seperti sudah saya contohkan di Bab 3 dan menghasilkan luaran berupa berkas-berkas 4H3X_rec.pdb dan 4H3X_lig.mol2, yang siap dipreparasi lagi dengan SPORES. Berkas
4H3X_lig.mol2 ini yang kemudian dibuka pada software PyMOL untuk menghasilkan Gambar 4.4.
Gambar 4.4. Hasil inspeksi visual yang ditampilkan pada PyMOL.
Atom karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan sulfur berturut-turut berwarna hijau, putih, merah, biru dan kuning.
Saya pikir berkas prep4H3X.mcr cukup penting dan tidak terlalu teknikal untuk dijelaskan. Baris pertama adalah mengunggah berkas 4H3X.pdb ke GUI Structure tanpa intervensi dari YASARA-Structure. Baris ke-2 sampai ke-5 menghilangkan dari sistem, senyawa-senyawa maupun atom yang tidak relevan pada identifikasi protein-ligan, termasuk chain B. Baris ke-6 hingga ke-9 untuk memisahkan objek ligan CC27 menjadi objek yang terpisah dari protein. Baris ke-10 mengatur pH sistem pada 7,4 dan memutakhirkan sistem pada pH tersebut. Pada tahap ini hidrogen ditambahkan pada posisi yang diidentifikasi dan bond order disesuaikan. Secara visual sudah nampak di sini bahwa N pada ligan CC27 tidak terprotonasi (Gambar 4.4). Baris ke-11 dan ke-12 untuk menyimpan luaran berupa protein (4H3X_rec.pdb) dan ligan (4H3X_lig.mol2) untuk digunakan sebagai input pada tahap selanjutnya di jendela Debian. Berikut adalah perintah-perintah baris pada jendela Debian yang baru dibuka:
Baris Perintah 1 mkdir 4h3x 2 cd 4h3x/
3 cp /mnt/d/tmp_PD2021_mmp9/4H3X_rec.pdb . 4 cp /mnt/d/tmp_PD2021_mmp9/4H3X_lig.mol2 . 5 ~/programs/SPORES_64bit --mode complete
4H3X_rec.pdb protein.mol2
Baris Perintah
6 ~/programs/SPORES_64bit --mode complete 4H3X_lig.mol2 ligand.mol2
7 ~/programs/PLANTS1.2_64bit --mode bind ligand.mol2 5 protein.mol2
8 echo "scoring_function chemplp" > plantsconfig 9 echo "search_speed speed4" >> plantsconfig 10 echo "protein_file protein.mol2" >> plantsconfig 11 echo "ligand_file ligand.mol2" >> plantsconfig 12 echo "output_dir results" >> plantsconfig 13 echo "write_multi_mol2 0" >> plantsconfig 14 cat bindingsite.def >> plantsconfig
15 echo "rescore_mode no_simplex" >> plantsconfig 16 echo "write_rescored_structures 1" >>
plantsconfig
17 ~/programs/PLANTS1.2_64bit --mode rescore plantsconfig
18 echo "docking_method plants" > config.hippos 19 echo "docking_conf plantsconfig" >>
config.hippos
20 echo "output_mode full full_nobb" >>
config.hippos
21 echo "full_outfile plif_full.txt" >>
config.hippos
22 echo "full_nobb_outfile plif_nobb.txt" >>
config.hippos
23 echo "logfile hippos.log" >> config.hippos 24 echo "residue_number `grep CA
PLANTSactiveSiteResidues.mol2 | grep BACKBONE | awk '{print $7}' | paste -s -d" "`" >>
config.hippos
25 echo "residue_name `grep CA
PLANTSactiveSiteResidues.mol2 | grep BACKBONE | awk '{print $8}' | paste -s -d" "`" >>
config.hippos
26 conda activate hippos; hippos config.hippos;
conda deactivate
27 grep "residue_name" config.hippos | sed 's/residue_name //g' | tr " " "\n" >
.tmp.res.lst
28 echo "hydrophobic" > .tmp.plif.txt
29 echo "aromatic_face-to-face" >> .tmp.plif.txt 30 echo "aromatic_edge-to-face" >> .tmp.plif.txt
29 echo "aromatic_face-to-face" >> .tmp.plif.txt 30 echo "aromatic_edge-to-face" >> .tmp.plif.txt