SEKOLAH PASCASARJANA INSTITUT PERTANIAN BOGOR
RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM
(T-RFLP) adalah karya saya sendiri dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Bogor, Januari 2009
Roni Ridwan NRP. P052060051
ABSTRACT
RONI RIDWAN. Effectivity of Silage and Probiotic on Rumen Ecology of Peranakan Ongole Cattle by Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP) Analysis. Under direction of SRI BUDIARTI and ACHMAD DINOTO.
Silages and Probiotics additives were used for improvement of cattle productivity. Key of effectivity of silage and probiotics was changed observation direct or indirect roles on rumen ecology. The objective of this study was to examine the effects of silage and probiotics on ruminal ecosystems in vivo using molecular approach. Terminal-restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis was used to detect changes of ecology communities based on 16S ribosomal deoxyribonucleic acid (16S rDNA).
Two rumen canulated PO cattle were fed several diet ie; (R0) basal diet dry matter basis (Pennisetu m purpureum 70% and commercial concentrate 30%), (R1) silage (basal diet fermented using Lactobacillus plantarum BTCC570), (R2) silage + probiotics (Leuconostoc sp. BTCC531), (R3) Basal diet + probiotics (Leuconostoc sp. BTCC531). Digesta samples were colected 3 h after feeding for cellulolytic activities (DNS method), pH, parsial volatile fatty acids measurements (Gas Chromatography method), and T-RFLP analysis. T-RFLP analysis was performed using the 16S rDNA amplified from each sample. The lengths of the terminal restriction fragments were analysed after digestion with HhaI, HaeIII and MspI.
Result showed that effectivities of silage and probiotics given together of index Smith and Wilson evenness applied to T-RFLP ecology data (Evar) 0.89±0.04 was the highest. It was significantly (p <0.05) increased rumen metabolism product (%mM) such propionic acid (19.44), valeric acid (0.76), isobutyric acid (2.21), isovaleric acid (1.77) compared with basal diet. T-RFLP analysis has a potency to be used for comparisons of complex bacterial communities, especialy to detect changes in community structure in respons to diferent variabels and showed rumen bacteria diversity in the rumen.
Key words: Silage, probiotic, rum en ecolog y, Evar, T-RFLP, met a b olis m product, 16S rDNA
RINGKASAN
RONI RIDWAN. Efektivitas Pemberian Silase dan Probiotik terhadap Ekologi Rumen Sapi Ongol menggunakan Analisis Terminal Restriction
Fragment Length Polymorphism (T-RFLP). Dibimbing oleh SRI BUDIARTI
dan ACHMAD DINOTO.
Pemberian silase dan probiotik digunakan untuk meningkatkan produktivitas ternak sapi. Efektivitas silase dan probiotik dapat diketahui dengan mengamati perubahan yang terjadi di ekosistem rumen baik secara langsung maupun tidak langsung setelah pemberian silase dan probiotik. Teknik terminal-restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) digunakan untuk melihat perubahan ekologi suatu komunitas pada habitat tertentu dengan menggunakan metode berbasis 16S
ribosomal deoxyribonucleic acid (16S rDNA).
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui 1) efektifitas pemberian silase dan probiotik pada sapi peranakan ongol terhadap ekosistem rumen, 2) profil populasi bakteri rumen, dan 3) aktivitas rumen meliputi pH, aktivitas selulolitik, dan VFA parsial. Penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat untuk memberikan gambaran efisiensi pakan dan probiotik pada ekosistem rumen yang selanjutnya dapat digunakan sebagai salah satu metode skrining pemberian probiotik tahap kedua secara in vivo.
Penelitian ini menggunakan dua ekor sapi peranakan ongol fistula pada bagian rumen. Sebanyak empat perlakukan pemberian pakan dilakukan secara serial pada kedua sapi tersebut meliputi: 20kg bahan segar (BK 31,65%) pakan dasar mengandung (90% Pennisetum purpureu m
dan 10% konsentrat pakan produksi PT. Indofeed (R0), 20kg bahan segar silase (pakan dasar yang difermentasikan dengan Lactobacillus plantarum
BTCC570 (BK 32,72%) (R1), 20kg silase ditambah 1 butir kapsul probiotik (Leuconostoc sp. BTCC531)/ekor/hari (R2) dan 20kg pakan dasar ditambah 1 butir kapsul probiotik (Leuconostoc sp. BTCC531)/ekor/hari (R3). Waktu setiap perlakuan pemberian pakan adalah dua minggu dan waktu pencucian rumen setiap perlakuan adalah 10 hari menggunakan pakan dasar (R0). Sampel isi rumen diambil dari setiap perlakuan melalui lubang fistula sebanyak 3 kali, yaitu pada hari ke-5, ke-10 dan ke-14. Pengambilan sampel dilakukan 3 jam setelah pemberian pakan. Sampel isi rumen dianalisis meliputi pengukuran; nilai pH dengan pH meter, VFA parsial dengan metode kromatografi gas, aktivitas enzim karboksimetilselulase dengan metode DNS dan analisis populasi mikroba rumen dengan metode
T-RFLP. Enzim restriksi yang digunakan dalam analisis T-RFLP adalah HhaI, HaeIII dan MspI.
Data yang diperoleh pada parameter pH, VFA, dan aktivitas enzim selulase dari substrat rumen dianalisis dengan menggunakan sidik ragam berdasarkan rancangan percobaan tukar ganti dan dilanjutkan dengan uji Tukey pada taraf nyata 5% untuk melihat perbedaan yang nyata diantara perlakuan. Analisis indeks keragaman Evar dihitung dengan merata- ratakan data gabungan kedua sapi dari periode pengambilan sampel setiap perlakuan.
Hasil penelitian ini menunjukan bahwa pemberian silase dan probiotik efektif diberikan secara bersamaan dengan memperlihatkan indeks diversitas Smith and Wilson evenness (Evar 0,89±0,04) paling tinggi diantara perlakuan lainnya. Sinergisme antara perlakuan dengan peningkatan keragaman bakteri rumen dalam profil aktivitas rumen, secara nyata (p<0,05) meningkatkan produksi (%mM) asam propionat (19,44), asam isobutirat (2,21), asam valerat (0,76) dan asam isovalerat (1,77) dibandingkan dengan pakan dasar. Pemberian silase dan probiotik secara terpisah memberikan pengaruh terhadap penurunan keragaman bakteri rumen. Profil aktivitas rumen dari pemberian silase secara nyata (p<0,05) meningkatkan pH (7,36), asam isobutirat (1,66%mM), dan penurunan asam butirat (5,34%mM), sedangkan pemberian probiotik memberikan pengaruh nyata (p<0,05) terhadap penurunan pH (6,30) dan ada kecenderungan dapat meningkatkan produksi (%mM) asam propionat (17,58), asam isobutirat (1,50), dan asam valerat (0,33).
Analisis T-RFLP dapat digunakan dalam membandingkan komunitas bakteri yang komplek, terutama untuk melihat perubahan struktur komunitas pada variabel yang berbeda dan dapat memperlihatkan keragaman bakteri rumen.
© Hak Cipta milik Institut Pertanian Bog or, tahun 2009
Hak Cipta dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan atau menyebutkan sum ber. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik atau tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB
Dilarang mengu mumkan dan me mperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini dalam bentuk apapun tanpa izin Institut Pertanian Bogor.