Terbentuknya harajaon atau pemerintahan dalam masyarakat Batak Toba tradisional melalui proses tersendiri. Pada awalnya didirikan satu “pemerintahan” yang disebut Huta. Huta didirikan dan diatur oleh marga pendiri Huta tersebut. Satu Huta kemudian berkembang menjadi banyak Huta. Untuk itu dibutuhkan pengaturan baru agar tercipta harmoni. Untuk itu sejumlah Huta membentuk satu pemerintahan baru yang disebut Harajaon Horja. Dengan demikian, tiap Harajaon
Horja membawahi sejumlah Huta. Harajaon Horja adalah satu bentuk
pemerintahan konfederasi dari sejumlah Harajaon Huta. Adapun batas-batas wilayah pemerintahan Horja sama dengan batas wilayah Harajaon Huta yang menjadi bagian dari Horja.
Jumlah Horja juga semakin bertambah dan tiap horja memiliki kepentingan yang mungkin sama atau mungkin berbeda dengan Harajaon Horja lain sehingga dirasakan memerlukan pengaturan bersama. Untuk itu sejumlah Harajaon Horja membentuk satu pemerintahan yang lebih besar yang disebut Harajaon Bius. Ini berarti tiap Harajaon Bius terdiri dari sejumlah Harajaon Horja dan Harajaon Bius merupakan pemerintahan konfederasi dari sejumlah Harajaon Horja. Adapun batas wilayah dari setiap pemerintahan atau Harajaon Bius adalah sama dengan batas wilayah dari setiap Harajaon Huta yang berada di golat Bius.
Seperti halnya dengan pemerintahan Huta dan Horja, maka pemerintahan Bius juga bertambah dengan berbagai kepentingan. Untuk meningkatkan kesejahtreraan masyarakat serta pertahanan dan keamanan dari Harajaon Bius maka ada Harajaon Bius yang merasa perlu bergabung dengan Harajaon Bius lain. Untuk itu sejumlah “pemerintahan” Bius kemudian menyatakan bergabung dengan satu Harajaon Bius Bakkara yaitu Kerajaan Dinasti Singa Mangaraja. Itu sebabnya di Bakkara ada dua kerajaan yaitu Harajaon Bius Bakkara atau Bius Sionom Ompu dan Kerajan Dinasi Singa Mangaraja. Walaupun Harajaon Huta telah berkonnfederasi menjadi Horja, Harajaon Horja menjadi Bius dan Harajaon Bius masuk dalam Dinasti Singamangaraja, tiap Harajaon Huta tetap menjadi daerah yang memiliki otonomi.
Pemerintahan konfederasi dalam bentuk harajaon (Huta, Horja, Bius dan Dinasti) sekaligus melukiskan skema pembentukan struktur harajaon dalam masyarakat Batak Toba tradisional yang dinyatakan dalam ungkapan Batak Toba berikut: Marga do mula ni harajaon Huta (marga membentuk/berasal dari pemerintahan/kerajaan Huta),
Huta do mula ni harajaon Horja (pemerintahan/kerajaan Horja bermula/berasal
dari Huta), Horja do mula ni harajaon Bius (pemerintahan/kerajaan Bius bermula/ terbentuk dari Horja), Bius do mula ni harajaon Toba (pemerintahan/kerajaan Batak Toba Bius bermula/terbentuk dari Bius).
Dengan demikian dari perspektif sejarah geopolitik dan pemerintahan telah ada “Kerajaan Toba-Tua” di pedalaman Sumatera Utara16. Kerajaan terkecil adalah Harajaon Huta. Huta terus berkembang dan bertambah secara kuantitas maupun kualitas baik jumlah penduduk, luas wilayah dan kegiatan. Karena itu ada hal-hal yang harus dilakukan bersama oleh beberapa huta yang berdekatan, sehingga mereka kemudian membentuk satu Harajaon yang lebih besar yang disebut Harajaon Horja. Harajaon Horja juga semakin bertambah seiring bertambahnya harajaon huta sehingga kebutuhan dan kepentingan setiap Harajaon Horja semakin luas. Untuk itu beberapa Horja membentuk satu harajaon yang lebih besar lagi yang disebut Harajaon Bius. Situmorang menyebut Bius sebagai negara mini17. Akhirnya, Bius menjadi semakin besar dan banyak, sehingga sejumlah bius menyatakan dirinya menjadi “konfederasi” dalam Harajaon atau pemerintahan Dinasti Singa Mangaraja. Datuk Endang mengemukakan tentang dasar-dasar kerajaan di tanah Batak sebagai berikut:
Pada umumnya, kerajaan di tanah Batak bersifat otonom yang terbagi dalam 3 jenis badan-badan pemerintahan: huta (kampung), horja, dan bius. Huta, dipimpin oleh Raja Huta. Dia berasal dari keturunan pembuka (stichter) perkampungan. Horja, dipimpin oleh Raja Doli. Horja terjadi karena penggabungan dari beberapa huta. Wakil-wakil yang duduk di dalam horja dipilih oleh raja-raja huta. Bius, dikepalai oleh Raja Oloan. Bius terjadi dari
penggabungan beberapa horja. wakil-wakil yang duduk di dalam bius adalah raja-raja horja18.
Oleh karena itu status “Kerajaan Batak Toba-Tua” sebagai kerajaan dari masyarakat Toba tradisional yang merdeka dengan sejarahnya sendiri dan karakteristiknya sendiri tidak dapat diragukan lagi. Sebuah “Kerajaan Toba-Tua” yang memiliki sistem pemerintahan khas, memiliki wilayah pasti dengan perbatasan yang pasti, mempunyai penduduk yang mendiaminya sebagai negeri leluhurnya, memiliki hukum dan peraturan dalam adat-istiadat dan hak ulayat, dan memiliki bahasa dan kebudayaan yang sama dan menjalani proses pelembagaan (institusionalisasi) sebagai gagasan sosial-ekonomi dan politik yang diwarisi dan dianut bersama. Masyarakat Batak-Toba tradisional telah memiliki pemerintahan sendiri dalam bentuk “kerajaan” tidak dapat disangkal. Itu terutama tampak jelas dalam Kerajaan Singa Mangaraja I-XII. Hanya setelah Sumatera masuk ke dalam pengaruh kolonialisme Belanda, dan daerah Toba ada di dalamnya, maka status Toba sebagai negeri dan kerajaan berakhir19.
Keliru jika dikatakan bahwa masyarakat Batak Toba tidak pernah memiliki negara dan pemerintahan20. Kesatuan hidup masyarakat Batak Toba tradisional telah memenuhi unsur-unsur untuk disebut sebagai suatu negara21 dan pemerintah. Unsur yang dimaksud ialah ada wilayah yang pasti, penduduk yang pasti yang hidup teratur, pemerintah yang pasti dan berdaulat sehingga merupakan sebuah nation (bangsa). Wilayah dan pemerintahan dalam masyarakat Batak Toba tradisional terdiri dari wilayah dan pemerintahan Huta, wilayah dan pemerintahan Horja, dan wilayah dan pemerintahan Bius dan Pemerintahan Dinasti Singa Mangaraja.
Baik harajaon bius maupun Dinasti Singa Mangaraja, keduanya telah menyelenggarakan fungsi-fungsi pemerintah seperti membuat peraturan (regeling), mengadili (rechtspraak), melaksanakan dan mengusahakan ketertiban dan keamanan pertahanan (politie), serta mengusahakan kemakmuran dan kesejahteraan bagi rakyat. Bahkan Heine-Geldern mengumpulkan berbagai bukti bahwa Dinasti Singamangaraja memungut pajak, bertindak sebagai panglima perang, dan hakim dalam memutuskan perkara dalam masyarakat Batak22. Memang harus diakui,
bilamana penelitian tentang kekuasaan dan wibawa Si Singamangaraja kita dasarkan hanya pada data-data yang terdapat di Tapanuli Utara, tanpa juga memperhitungkan keadaan di habinsaran, Pardembanan, Simalungun, dairi, Pakpak dan Tanah Karo, ya bahkan di Deli Serdang (semua ini adalah daerah-daerah di Sumatera Utara, penulis) maka orang akan mengatakan bahwa kekuasaan dan wibawaSi Singamangaraja …selaku raja duniawi … tidak melebihi kekuasaan raja-raja yang lain, dalam arti terbatas pada daerahnya saja, yaitu Bakara. Tetapi dari data-data… ditambah lagi dengan hasil
wawancara dengan berbagai orang-orang tua di Simalungun, Tapanuli Selatan, Pahae, Samosir, Barus, dairi Karo, Aceh Tenggara Habinsaran, Penang dan Pardembanan, ternyata bahwa Si Singamangaraja bukan saja dihormati selaku raja di Bakkara, melainkan selaku raja ni halak Batak (raja dari orang Batak)23.
Jadi, Raja Singa Mangaraja diakui kewenangannya atas semua “Negeri Batak”, bukan hanya oleh Toba, tetapi juga oleh kerajaan sekitarnya. Raja Singamangaraja bukan saja dihormati selaku raja di Bakara, melainkan sebagai
raja ni halak Batak (raja dari orang Batak).24 Ia adalah Koning aller Bataks (raja dari segala orang Batak).25 Raja Singa Mangaraja diakui sebagai maharaja Batak Toba dan tinggal di Bakara sebagai pusat Harajaon Toba yang terletak di tepi teluk Bakara Danau Toba. Di Bakara terdapat ruma, rumah dan bale, balai kerajaan, masing-masing di Lumban Raja (tempat di mana istana raja dibangun) dan Onan Bale dan dilengkapi dengan benteng-benteng alam. Rumah-rumah kerajaan terdiri atas Rumah Bolon, Ruma Santi/Ruma Parsantian, Sopo Bolon,
Sopo Godang. Balai kerajaan meliputi Bale Pasogit, Bale Partonggoan, Patene, Bale Adat Paruhuman, dan Bale Bius yang dilengkapi dengan pardebataan
(tempat menyembah kepada Debata) dan partungkoan (tempat bermusyawarah) yang merupakan sebuah pelataran. Singkatnya, pusat wilayah kerajaan Batak Toba adalah Bakara dan tempat di mana istana raja didirikan sebagai tempat tinggal raja disebut Huta Raja. Huta dari kata kuta (sanskerta) berarti kota, tembok istana, benteng, puri. Dalam hal ini Huta Raja atau Kota Raja berarti tempat tinggal raja dan istananya dan sebagai pusat pemerintahan.