Tahap 2: Analisis kemiripan16
2 TINJAUAN PUSTAKA
Taksonomi dan Botani Tanaman Jarak Pagar (Jatropha curcas L.)
Jarak pagar (Jatropha curcas L.) adalah tanaman asli Amerika Latin yang menyebar luas di berbagai daerah kering, semi kering, sub-tropik dan tropik di seluruh dunia (Heller 1996). Jarak pagar termasuk ke dalam famili
Euphorbiaceae, satu famili dengan karet dan ubi kayu. Taksonomi tanaman jarak pagar menurut Hambali et al. (2006) sebagai berikut:
Divisi : Spermatophyta Subdivisi : Angiospermae Kelas : Dicotyledone Ordo : Euphorbiales Famili : Euphorbiaceae Genus : Jatropha
Spesies : Jatropha curcas L.
Nama genus Jatropha berasal dari bahasa Yunani jatrós (dokter) dan
trophé (makanan), yang menyatakan kegunaan dalam pengobatan. Dalam genus Jatropha, terdapat sekitar 170 spesies yang dikenal (Heller 1996). Jarak pagar diperkenalkan oleh bangsa Jepang pada tahun 1942-an sebagai bahan bakar kendaraan perang. Tanaman jarak pagar banyak ditanam masyarakat sebagai pagar pekarangan dan cocok untuk reboisasi hutan. Di Indonesia terdapat berbagai jenis tanaman jarak antara lain jarak kepyar (Ricinus communis), jarak bali (Jatropha podagrica), jarak ulung (Jatropha gossypifolia L.) dan jarak pagar (Jatropha curcas). Diantara jenis tanaman jarak tersebut yang memiliki potensi sebagai penghasil bahan bakar nabati (biofuel) adalah jarak pagar (Jatropha curcas L.). Tanaman ini dilaporkan dapat menghasilkan biji dan minyak berkualitas tinggi yang dapat dimanfaatkan sebagai biofuel, baik untuk biodiesel (Heller 1996), maupun biokarosene (Prastowo 2008; Mahmud et al. 2008). Pemanfaatan lain dari tanaman jarak pagar adalah digunakan pada pembuatan pupuk, pembuatan sabun dan biogas. Biji jarak pagar mengandung bahan kimia
curcin, yang merupakan racun untuk serangga, hewan peliharaan, ikan, dan peternakan, tetapi di bidang kedokteran, curcin dapat dimanfaatkan sebagai bahan baku anti tumor/kanker (Tukimin dan Soetopo 2011).
Jarak pagar dapat ditemukan hampir di seluruh wilayah Indonesia. Nama jarak pagar di masing-masing daerah berbeda sebutannya. Di daerah Jawa Barat disebut jarak kosta, jarak budeg, di daerah Jawa Tengah dan Jawa Timur disebut jarak gundul, jarak pager, di daerah Madura disebut kalekhe paghar, di Bali disebut jarak pager, di daerah Nusa Tenggara disebut lulu mau, paku kase, jarak pageh, di Alor disebut kuman nema, di daerah Sulawesi disebut jarak kosta, jarak wolanda, bindalo, bintalo, tondo utomene, dan di deaerah Maluku disebut ai huwa kamala, balacai, kadoto (Hariyadi 2005).
Jarak pagar dapat tumbuh baik di dataran rendah sampai ketinggian sekitar 500 m dpl. Curah hujan yang sesuai untuk tanaman jarak adalah 625 mm tahun-1 . Namun, tanaman ini dapat tumbuh pada daerah dengan curah hujan antara
300-6
2380 mm tahun-1. Kisaran suhu yang sesuai untuk bertanam jarak adalah 20-26 °C. Pada daerah dengan suhu terlalu tinggi (di atas 35 °C) atau terlalu rendah (di bawah 15 °C) akan menghambat pertumbuhan serta mengurangi kadar minyak dalam biji dan mengubah komposisinya (Hambali et al. 2006). Jarak pagar dapat tumbuh pada lahan-lahan marjinal yang miskin hara dengan drainase dan aerasi yang baik, namun produksi terbaik akan diperoleh pada lahan dengan lingkungan optimal. Pertumbuhannya cukup baik pada tanah-tanah ringan (terbaik mengandung pasir 60-90%), berbatu, berlereng pada perbukitan atau sepanjang saluran air dan batas-batas kebun.
Tanaman jarak pagar (Jatropha curcas L.) termasuk tanaman dikotil (2n = 2x = 22). Pohonnya berupa perdu dengan tinggi tanaman 1–7 m (Heller 1996), bercabang tidak teratur. Batangnya berkayu, silindris, bila terluka mengeluarkan getah. Daunnya berupa daun tunggal, berlekuk, bersudut 3 atau 5, tulang daun menjari dengan 5–7 tulang utama, warna daun hijau (permukaan bagian bawah lebih pucat dibanding bagian atas). Panjang tangkai daun antara 4-15 cm.
Pembungaan Jarak Pagar
Jarak pagar adalah tanaman monoecius, memiliki bunga betina dan jantan terpisah tetapi masih di dalam satu infloresen (Raju dan Ezradanam 2002). Bunga jarak pagar berwarna kuning kehijauan, berupa bunga majemuk berbentuk malai biasanya terdiri atas 100 bunga atau lebih dengan persentase bunga betina 5-10% (Hasnam 2006). Bunga jantan dan bunga betina tersusun dalam rangkaian berbentuk cawan, muncul di ujung batang atau ketiak daun.
Pembungaan pada jarak pagar cukup unik. Hasil pengamatan pada pertanaman di areal kebun induk jarak pagar di KP Pakuwon Balittri Sukabumi menunjukkan munculnya bunga pada tanaman jarak pagar dapat bermacam-macam tergantung genotipe dan kondisi lingkungan (Hartati 2007).
Hasil penelitian Raju dan Ezradanam di India (2002) menunjukkan bahwa rata-rata perbandingan bunga jantan dan betina adalah 29:1 dan bunga betina jarak pagar memasuki masa reseptif ketika telah mekar sempurna. Stigma jarak pagar memiliki masa reseptif tiga hari. Semua bunga dalam infloresensia mekar dalam 11 hari, dengan bunga jantan yang terlebih dahulu mekar dan bunga akan mekar harian hingga semua kuncup mekar dan akhirnya rontok. Biasanya bunga yang tidak terserbuki akan rontok dalam empat hari. Ketika bunga mekar maka di dasar bunga akan muncul nektar yang mengundang serangga. Pengetahuan mengenai masa reseptif stigma jarak pagar merupakan informasi penting, salah satunya untuk program pemuliaan jarak pagar.
Hartati (2007) melaporkan rasio jumlah bunga betina dengan bunga jantan sebesar 1:15-30, didukung oleh penelitian Utomo (2008) dengan rasio bunga betina dengan bunga jantan sebesar 1:12. Rasio bunga betina dengan jantan berkorelasi dengan jumlah buah yang dihasilkan tiap malai.
Utomo (2008) melaporkan, perkembangan kuncup bunga memerlukan waktu 16-21 hari, diikuti dengan periode bunga mekar sekitar 14-21 hari. Menurut Hartati (2007), adakalanya bunga jantan mekar terlebih dahulu dari bunga betina (protandri). Pada kondisi lain, bunga betina mekar terlebih dahulu dari bunga jantan (protogini).
7
Hartati (2007) menyebutkan, meskipun jarak pagar diketahui sebagai tanaman yang menyerbuk silang, tanaman jarak juga berpotensi untuk mengalami
selfing akibat adanya serangga terutama semut. Menurut Raju dan Ezradanam (2002), dengan bantuan serangga, pada jarak pagar dapat terjadi penyerbukan silang (xenogamy) sekaligus penyerbukan sendiri (geitonogamy). Adanya penyerbukan silang pada tanaman jarak pagar dapat menyebabkan terjadinya keragaman genetik karena setiap tanaman adalah satu genotipe yang berbeda (Hartati 2008a).
Bunga jarak pagar menyerbuk dengan bantuan serangga, bunga menghasilkan nectar yang mudah terlihat (exposed) dan harum hingga dapat di akses oleh serangga-serangga. Beberapa jenis serangga yang sering hinggap pada bunga jarak pagar adalah semut, kupu, ngengat dan kumbang (Hasnam 2006). Bunga jarak pagar yang telah mengalami penyerbukan akan membentuk buah yang disebut sebagai kapsul. Buah berisi 3-4 biji berwarna hitam.
Malai buah jarak pagar terdapat pada cabang terminal. Pada tanaman yang terawat malai buah pada cabang terminal berjumlah 3-4 tandan, terdiri dari malai dengan buah yang sudah mulai kuning, buah yang masih hijau tapi besarnya sudah sempurna, buah masih hijau dengan ukuran buah masih kecil. Hasil penelitian Santoso (2009) menunjukkan bahwa persentase bunga jadi buah pada jarak pagar sangat beragam di antara masing-masing tanaman maupun masing-masing malai dalam satu tanaman. Buah sudah terbentuk berupa buah sangat muda pada 10 hari setelah antesis. Biji mulai berkembang 20 hari setelah antesis. Buah terus berkembang dan mencapai fase matang pada sekitar 40-45 hari setelah antesis, kemudian mencapai fase masak pada 55 hari setelah antesis dan akhirnya memasuki fase senesen pada 60-65 hari setelah antesis. Pertumbuhan dan perkembangan buah memerlukan waktu 60-65 hari sejak antesis sedangkan perkembangan bunga sejak terbentuk sampai antesis memerlukan waktu sekitar 15-20 hari. Perkembangan organ generatif dari sejak mulai berbunga hingga buah masak memerlukan waktu sekitar 75-85 hari.
Heritabilitas
Heritabilitas adalah perbandingan antara besaran ragam genotipe dengan besaran total ragam fenotipe dari suatu karakter (Baihaki 2000; Syukur et al.
2012). Sesuai dengan komponen ragam genetiknya, heritabilitas dibedakan menjadi heritabilitas dalam arti luas (broad sense heritability)(h²bs) dan heritabilitas dalam arti sempit (narrow sense heritability) (h²ns). Heritabilitas dalam arti luas merupakan perbandingan antara ragam genetik total dan ragam fenotipe (h²bs = σ2
g / σ2
p), dimana ragam genetik terdiri dari ragam genetik aditif (σ2
A), ragam genetik dominan (σ2
D) dan ragam genetik epistasis (σ2
I). Heritabilitas dalam arti sempit merupakan perbandingan antara ragam aditif dan ragam fenotipe (h²ns = σ2
A/σ2 p).
Syukur et al. (2012) menyatakan, heritabilitas dapat diduga dengan cara tidak langsung dari pendugaan komponen ragam, diantaranya adalah perhitungan ragam turunan dan perhitungan komponen ragam dari analisis ragam, atau dengan cara langsung dari pendugaan koefisien regresi (b) dan korelasi antar kelas (t).
8
Metode yang dipergunakan untuk menduga nilai tersebut tergantung dari populasi yang dimiliki oleh pemulia dan tujuan yang ingin dicapai.
Perbanyakan Jarak Pagar dengan Teknik Ex Vitro
Tanaman jarak pagar dapat diperbanyak secara generatif dan vegetatif. Perbanyakan tanaman secara generatif menggunakan biji dan vegetatif umumya menggunakan setek batang. Cara lain perbanyakan vegetatif adalah melalui kultur jaringan (in vitro). Selain menggunakan setek batang, Balai Pengkajian Bioteknologi, BPPT telah mengembangkan teknik perbanyakan tanaman jarak menggunakan setek pucuk dengan perlakuan seperti perbanyakan tanaman dengan teknik in vitro. Teknik perbanyakan bibit menggunakan setek pucuk ini dikenal dengan nama teknik ex vitro (Tajuddin et al. 2007). Teknik ex vitro merupakan salah satu teknik perbanyakan tanaman secara vegetatif menggunakan setek pucuk tanaman yang relatif sederhana, lebih mudah dan murah, dengan kualitas bibit tanaman yang dihasilkan identik dengan tanaman induknya. Pada teknik ini faktor lingkungan sebagai penentu kualitas bibit tanaman menjadi target optimasi utama sehingga memberikan kontribusi positif pada ekspresi genotipik tanaman.
Hasil penelitian di India menunjukkan jumlah ideal cabang tanaman jarak pagar per pohon sebanyak 40 cabang, dengan jumlah buah 10-15 buah per tandan (Mahmud et al. 2008). Jika jumlah cabang melebihi 40 per pohon, maka akan mengurangi jumlah dan ukuran buah per tandan, sehingga akan mempengaruhi mutu biji yang dihasilkan. Bila setiap hektar terdiri atas 2.500 tanaman jarak pagar unggul yang sudah dewasa (umur 4 tahun setelah tanam) dengan memenuhi syarat tumbuh (tanah dan iklim) dan pemeliharaan yang optimal, maka setiap pohon jarak pagar memiliki 40 cabang, setiap cabang memiliki 3 tandan buah per tahun, setiap tandan menghasilkan 10-15 buah, dengan jumlah biji per buah sebanyak 3 butir, maka jumlah biji yang dihasilkan dalam satu hektar selama satu tahun mencapai 9.000.000-13.500.000 biji. Jika 1 kg terdiri dari 2.000 biji kering, maka produksi jarak pagar per hektar per tahun adalah 4.5-6.75 ton. Produktivitas jarak pagar di Indonesia masih terus diteliti dan diperkirakan produktivitasnya dapat menghasilkan 4-12 ton biji/ha per tahun dengan kadar minyak 40% dalam lima tahun. Kandungan asam lemak biji jarak pagar adalah asam miristat (14:1) 0-0.1%, asam palmitat (16:0) 14.1-15.3%, asam stearat (18:0) 3.7-9.8%, asam
arachidic (20:0) 0-0,3%, asam behedic (22:0) 0.2%, asam palmitoleat (16:1) 0-1.3%, asam oleat (18:1) 34.3-45.8%, asam linoleat (18:2) 29.0-44.2%, dan asam linolenat (18:3) 0-0.3% (Hambali et al. 2006).
Analisis Biplot
Dalam analisis multivariate terdapat banyak metode yang dapat digunakan untuk menyelesaikan masalah atau mengolah data yang melibatkan banyak variabel (Mattjik dan Sumertajaya 2011). Semakin banyak peubah yang diukur dan semakin banyak objek yang diamati, maka ukuran tabel yang dimiliki akan semakin besar dan semakin sulit untuk menginterpretasikannya. Untuk
9
mempermudah interpretasi data yang dimiliki, metode multivariat yang dapat dipergunakan salah satunya adalah analisis biplot.
Analisis biplot adalah salah satu teknik statistika deskriptif dengan dimensi dua yang dapat menyajikan secara visual segugus objek dan variabel dalam satu grafik. Grafik yang dihasilkan dari biplot ini merupakan grafik yang berbentuk bidang datar disarikan oleh Mattjik dan Sumertajaya (2011). Tiga hal penting yang bisa didapatkan dari tampilan biplot adalah:
1. Kedekatan antar objek yang diamati
Informasi ini dapat dijadikan panduan untuk mengetahui objek yang memiliki kemiripan karakteristik dengan objek lain. Dua objek yang memiliki karakteristik sama akan digambarkan sebagai dua titik dengan posisi yang berdekatan.
2. Keragaman peubah
Informasi ini digunakan untuk melihat apakah ada variabel yang mempunyai nilai keragaman yang hampir sama untuk setiap objek. Dalam biplot, variabel yang mempunyai nilai keragaman yang kecil digambarkan sebagai vektor pendek sedangkan variabel dengan nilai keragaman yang besar digambarkan sebagai vektor yang panjang.
3. Korelasi antar peubah
Dari informasi ini bisa diketahui bagaimana suatu variabel mempengaruhi ataupun dipengaruhi variabel yang lain. Pada biplot, variabel akan digambarkan sebagai garis berarah. Dua variabel yang memiliki nilai korelasi positif akan digambarkan sebagai dua buah garis dengan arah yang sama atau membentuk sudut sempit. Sementara itu, dua variabel yang memiliki nilai korelasi negatif akan digambarkan dalam bentuk dua garis dengan arah yang berlawanan atau membentuk sudut lebar (tumpul). Sedangkan dua variabel yang tidak berkorelasi akan digambarkan dalam bentuk dua garis dengan sudut yang mendekati 90º (siku-siku).
4. Nilai peubah pada suatu objek
Dalam informasi ini digunakan untuk melihat keunggulan dari setiap objek. Objek yang terletak searah dengan arah vektor variabel dikatakan bahwa objek tersebut mempunyai nilai di atas rat-rata. Namun jika objek terletak berlawanan dengan arah dari vektor variabel tersebut, maka objek tersebut memiliki nilai di bawah rata-rata.
Penanda/ Marka Molekuler
Penanda molekuler digunakan untuk menunjukkan polimorfisme pada tingkat DNA. Penanda molekuler yang diharapkan adalah sebagai berikut: (1) polimorfik yang tinggi, (2) kodominan untuk dapat membedakan homozigot dan heterozigot pada tanaman diploid, (3) pemunculan di seluruh genom, (4) selektif terhadap perilaku alami, (5) pendugaan mudah, cepat dan murah untuk dideteksi, dan (6) reproducibility tinggi (Kumar et al. 2009).
Azrai (2006) menyatakan, terdapat beberapa penanda molekuler yang saat ini digunakan untuk mendeteksi keragaman genetik pada tingkat DNA yaitu: 1)
marka yang berdasarkan pada hibridisasi DNA, seperti restriction fragment length
10
yaitu polymerase chain reaction (PCR) dengan menggunakan sekuen-sekuen
nukleotida sebagai primer, seperti randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)
dan amplified fragment length polymorphism (AFLP), 3) marka yang berdasarkan pada PCR dengan menggunakan primer yang menggabungkan sekuen
komplementer spesifik dalam DNA target, seperti sequence tagged sites (STS),
sequence characterized amplified regions (SCARs), simple sequence repeats
(SSRs) atau mikrosatelit, dan single nucleotide polymorphisms (SNPs).
Random Amplified Polimorphic DNA (RAPD)
Teknik RAPD merupakan cara untuk menganalisis variabilitas genetik melalui amplifikasi DNA genom suatu tanaman menggunakan primer acak tunggal. Variabilitas genetik tanaman dilihat berdasarkan polimorfisme pita DNA yang berhasil diamplifikasi. Prinsip dasar RAPD adalah komplementasi urutan basa primer dengan urutan basa DNA cetakan. Apabila terdapat komplementasi urutan basa primer dengan urutan basa DNA cetakan, maka primer akan menempel pada kedua ujung 3’OH utas DNA cetakan. Jika kedua situs penempelan primer berada pada jarak yang dapat diamplifikasi, maka produk PCR akan diperoleh berupa fragmen atau pita DNA (Tingey et al. 1992).
Prinsip kerja marka RAPD adalah berdasarkan perbedaan amplifikasi PCR pada sampel DNA dari sekuen oligonukleotida pendek yang secara genetik merupakan marka dominan (Williams et al. 1990; Welsh and McClelland 1990). Primer RAPD bersifat random dengan ukuran panjang basanya 10 nukleotida. Jumlah produk amplifikasi PCR berhubungan langsung dengan jumlah dan orientasi sekuen yang komplementer terhadap primer di dalam genom tanaman (Azrai 2005). Macam primer yang digunakan pada teknik RAPD berkaitan dengan suhu penempelan primer dalam reaksi amplifikasi. Primer yang biasanya digunakan mengandung basa G+C antara 60%-70%, karena semakin banyak kandungan basa Guanin dan Cytosin, maka ikatan antara primer dengan DNA cetakan semakin kuat dan stabil. Basa Guanin dan Cytosin mempunyai tiga ikatan hidrogen, lebih banyak daripada basa Timin dan Adenin yang hanya mempunyai dua ikatan hidrogen.
Analisis variabilitas genetik melalui teknik RAPD menggunakan primer acak telah banyak digunakan karena memiliki keunggulan-keunggulan diantaranya adalah (1) kuantitas DNA yang dibutuhkan sedikit, (2) hemat biaya, (3) mudah dipelajari, dan (4) primer yang diperlukan sudah banyak dikomersialisasikan sehingga mudah diperoleh. Kelemahan teknik ini antara lain (1) tingkat reproduksibilitas pola marka dari laboratorium ke laboratorium berbeda dan antara hasil percobaan dalam laboratorium itu sendiri yang sama, (2) sangat sensintif terhadap variasi dalam konsentrasi DNA, dan (3) memerlukan konsentrasi primer dan kondisi siklus suhu yang optimal pada saat pengujian. Selain itu, marka RAPD dominan dan tidak menampilkan perbedaan sekuen DNA yang homolog, diantara fragmen-fragmen yang ukurannya hampir sama (Riedy et al. 1992). Selanjutnya Riedy et al. (1992) mengemukakan bahwa kelemahan ini dapat diatasi dengan membuat reaksi dan kondisinya sehomogen mungkin, skrining primer, memilah pita-pita fragmen DNA yang jelas, menggunakan suhu annealing yang optimal, dan penambahan 1-2 basa pada primer untuk mempertinggi spesifikasi penempelan DNA.
11
Pemakaian teknik RAPD memiliki resolusi yang sebanding dengan RFLP dalam hal analisis kekerabatan antar genotipe dan mampu menghasilkan jumlah karakter yang tidak terbatas sehingga sangat membantu dalam analisis keragaman genetik tanaman yang tidak diketahui latar belakang genomnya.
Penggunaan marka DNA pada tanaman jarak pagar telah banyak dilaporkan oleh para peneliti (Agustian 2008; Dewi KP 2008; Maftuchah et al. 2008; Saptadi et al. 2008; Susantidiana et al. 2009; Surahman et al. 2009; Totikonda et al. 2009; Susantidiana 2011).
Penelitian menggunakan teknik RAPD telah banyak dilakukan pada jarak pagar. Susantidiana et al. (2009) melaporkan hasil analisis klaster berdasarkan derajat kemiripan dari 14 aksesi jarak pagar menggunakan penanda RAPD dan morfologi sama-sama menghasilkan lima klaster, tetapi secara morfologi memiliki tingkat kemiripan yang lebih tinggi yaitu 72 %, sedangkan analisis RAPD memiliki tingkat kemiripan yang rendah yaitu 22 %. Teknik RAPD menggunakan primer acak maupun spesifik telah terbukti dapat digunakan sebagai penanda molekuler untuk berbagai karakter agronomi penting. Surahman et al. (2009) juga melaporkan bahwa berdasarkan karakter agronomi koleksi plasma nutfah jarak pagar SBRC memiliki karakter yang cukup besar untuk dimanfaatkan selanjutnya sebagai bahan pemuliaan perakitan varietas unggul jarak pagar.
3 METODE
Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilaksanakan dari bulan November 2011 hingga Januari 2013, bertempat di Balai Pengkajian Bioteknologi Puspiptek, Serpong dan Departemen Agronomi dan Hortikultura, Institut Pertanian Bogor. Analisis laboratorium dilakukan di: (1) analisis kadar minyak di Laboratorium Analitik, Balai Pengkajian Bioteknologi, (2) analisis marka molekuler (RAPD) di Laboratorium Teknologi Gen, Balai Pengkajian Bioteknologi, dan Laboratorium Plant Molecular Biology 2, Institut Pertanian Bogor.
Bahan dan Alat
Materi genetik yang dipergunakan dalam penelitian ini adalah 16 genotipe jarak pagar yang meliputi 7 genotipe tetua dan 9 genotipe F1 hasil persilangan Susantidiana (2011) (Tabel 1), progeni F2 hasil persilangan Curup x Pidi (CRP x PDI). Genotipe tetua dan F1 yang dipergunakann merupakan koleksi dari Universitas Sriwijaya dan ditanam di kebun koleksi Agro Techno Park (ATP), Palembang.
Bahan-bahan yang dipergunakan untuk persiapan tanaman adalah tanah top soil, pasir, pupuk kandang, pupuk daun, fungisida, insektisida, bahan sterilan, hormon induksi perakaran (bioroot), biofertilizer (mikoriza) dan polibag berukuran 12 cm x 15 cm dan 40 cm x 40 cm.
12
Tabel 1 Materi genetik tanaman tetua dan F1 jarak pagar
No. Kode genotipe tetua Asal genotipe Kode genotipe F1 Asal genotipe (persilangan antara)
1 MDN Medan 8. PDIxMDN Pidi x Medan
2 KMR Komering 9. PDIxLMP Pidi x Lampung
3 IND Indralaya 10. LMPxPDI Lampung x Pidi
4 CRP Curup 11. CRPxMDN Curup x Medan
5 PDI Pidi 12. CRPxPDI Curup x Pidi
6 LMP Lampung 13. INDxIND Indralaya x Indralaya
7 JGY Jogyakarta 14. LMPxLMP Jogyakarta
15. KMRxKMR Komering x Komering
16. PLGxPLG Palembang x Palembang
Sumber: Susantidiana (2011).
Bahan yang digunakan untuk analisis molekuler (RAPD) dan analisis kadar minyak adalah buffer ekstraksi Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (2x CTAB dan 10% CTAB), Polyvinypyrrolidone (PVP), khloroform: isoamil-alkohol (CIAA) (24:1), buffer TAE 1x pH 8, etanol 96%, alkohol 70%, enzim 10 mg/ml RNAse A, agarose, kertas parafilm, loading dye 6x, 1 kb DNA ladder, etidium bromida, dua puluh primer RAPD, ddH2O, micro tube 1.5 ml, micro tube 2.0 ml, mikro tube 200 μl, pipet tip 10 µl, 100 µl, 1000 µl, kertas saring, kapas bebas lemak dan pelarut n-hexane.
Peralatan yang dipergunakan dalam persiapan bahan tanaman, analisis molekuler dan analisis kadar minyak adalah gunting stek, cutter, bak perendam, plastik sungkup, gunting, micro-pestle, microwave oven, mikropipet berbagai ukuran, mesin nanodrop (ND-1000 v 3.5.2), mesin PCR (Gradient PCR, Takara),
thermostat & shaking bath, mesin sentrifugasi, timbangan, vorteks, inkubator,
electrophoresis plastic tray, gel dryer, chamber elektroforesis, scanner, comb,
sharktooth comb, gel documentation (Alphaimager Mini, Alpha Innotech), labu lemak, alat soxhlet, pemanas listrik, oven, neraca analitik, gegep besi dan
desikator. Alat gelas yang digunakan adalah gelas ukur, labu erlenmeyer 250 ml, 500 ml dan peralatan gelas yang umum digunakan di laboratorium genetika.
Metode Penelitian
Tahap 1 Pendugaan Keragaman Genetik dan Heritabilitas Karakter