Indonesia merupakan salah satu negara yang memiliki sumberdaya genetik ternak. Sapi merupakan salah satu jenis ternak di Indonesia yang memiliki potensi besar terutama sebagai ternak penghasil daging. Direktorat Jendral Peternakan (2008) melaporkan bahwa keberadaan sapi lokal Indonesia pada beberapa tahun terakhir ini masih kurang mendapat perhatian serius baik dari pemerintah maupun masyarakat. Dilihat dari potensi yang dimiliki, sapi lokal Indonesia mampu secara sosial dan budaya berinteraksi dengan masyarakat sejak lama.
Sumberdaya genetik ternak adalah semua yang termasuk dalam spesies, bangsa, dan strain (galur) ternak yang secara ekonomi, ilmiah, dan budaya penting bagi umat manusia baik dalam bentuk makanan maupun produksi (Food Agriculture Organization, 1999). Departemen Pertanian (2006) menyatakan bahwa sumberdaya genetik ternak adalah substansi yang terdapat dalam bentuk individu suatu populasi rumpun ternak secara genetik unik, terbentuk dalam proses domestikasi dari masing- masing spesies yang memiliki potensial serta dapat dimanfaatkan dan dikembangkan baik untuk menciptakan rumpun atau galur unggul.
Sumberdaya ternak sapi Indonesia saat ini terdiri dari tiga kelompok yaitu ternak asli, ternak impor dan ternak yang telah beradaptasi. Beberapa bangsa sapi yang menjadi sumberdaya adalah sapi Aceh, sapi Madura, sapi Pesisir, dan sapi Peranakan Ongole. Keragaman sapi di Indonesia terbentuk dari sumberdaya genetik asli dan impor. Sehubungan dengan pentingnya nilai konservasi pada kelompok ternak, maka beberapa bangsa sapi menjadi target konservasi sekaligus pemanfaatannya (Utoyo, 2002). Salah satu jenis sapi lokal Indonesia adalah sapi Bali. Sapi Bali dipercaya sebagai salah satu sapi lokal Indonesia yang diperoleh dari hasil domestikasi Banteng (Namikawa, 1980). Martojo (2003) menyatakan bahwa hasil domestikasi spesies Bos (Bibos) banteng adalah sapi Bali (Bos sundaicus) atau (Bos javanicus) yang sekarang telah menjadi bangsa ternak asli Indonesia.
Keragaman ternak sapi di Indonesia mengakibatkan keragaman karakteristik fenotipik pada bangsa sapi Indonesia. Karakteristik fenotipik pada bangsa sapi Indonesia, yaitu sapi Bali, sapi Madura, sapi Pesisir, sapi Aceh, dan sapi Katingan disajikan pada Tabel 1.
4 Tabel 1. Karakteristik Fenotipik Bangsa Sapi Indonesia
Ternak Karakteristik Literatur
Sapi Bali Warna bulu merah bata, hitam (jantan dewasa). Bobot badan 310 kg
Haryana (1989),
Adrial (2010) Warna putih pada bagian pantat, perut,
keempat kaki bawah, bagian dalam telinga hingga pinggiran bibir atas.
Hardjosubroto & Astuti (1993)
Kadar lemak rendah dan warnanya cenderung kuning
Payne dan Hodges (1997), Kirby (1979) Sapi Madura Berukuran sedang, pertulangan bagus,
berotot bagi sapi jantan, tanduk kecil ke atas atau ke samping, kaki dan teracak kuat, gumba berkembang baik pada jantan, terdapat lingkaran putih di sekitar moncong. Bobot badan 248 kg
Huitema (1986),
Adrial (2010)
Sapi Pesisir Tubuh kecil, badan pendek, kaki kecil, Memiliki lima warna bulu tunggal (merah bata, kuning, cokelat, hitam, putih), temperamen jinak, berpunuk kecil sampai sedang, bertanduk pendek mengarah ke luar, bobot badan lebih rendah dari sapi ongole. Bobot badan 160 kg
Sarbaini (2004),
Saladin (1983), Adrial (2010)
Sapi Aceh Memiliki variasi warna tubuh, gumba berukuran sedang (jantan), memiliki warna cokelat yang lebih gelap pada bagian depan dibandingkan bagian belakang tubuhnya. Bobot badan 302 kg
Namikawa. et al.
(1982), Otsuka et al.
(1980), Adrial (2010)
Sapi Katingan Ukuran tubuh jantan tidak terlalu besar dibandingkan betina, memilki gumba yang cukup jelas, tonjolan pada kepala bagian atas pada betina, tanduk melengkung ke depan
Utomo et al. (2010)
Karakterisik fenotipik pada ternak digunakan sebagai penciri atau pembeda antara jenis ternak satu dengan ternak yang lain. Karakterisitik fenotipik pada sapi dapat dilihat dari ukuran tubuh, warna bulu, bentuk tanduk, serta keberadaan gumba dan punuk. Karakteristik fenotipik bangsa sapi Indonesia yang beragam ditunjukkan pada Gambar 1.
5
(a) (b)
(c) (d)
(e) (f)
Gambar 1. Karakteristik Fenotipik Bangsa Sapi Indonesia. (a) Sapi Bali Betina (b) Sapi Bali Jantan (c) Sapi Madura (d) Sapi Pesisir (e) Sapi Aceh dan (f) Sapi Katingan.
Sumber : Republika, 2011
Penanda Molekuler
Penanda molekuler merupakan pemanfaatan dari keragaman pada tingkat
deoxyribonucleic acid (DNA). Penanda molekuler memiliki peranan penting dalam genetika ternak. Hal tersebut merupakan salah satu faktor utama yang mendasari
6 terjadinya proses seleksi (Vignal et al., 2002). Tipe dasar perubahan dalam DNA meliputi substitusi, delesi, inersi, dan inversi (Nei dan Kumar, 2000).
Single nucleotide polymorphims (SNP) merupakan penanda yang memiliki perbedaan satu nukleotida dalam sekuen DNA, dan diperkirakan bahwa satu SNP terjadi setiap 250-1000 bp. Perbedaan tersebut disebabkan oleh terjadinya proses substitusi, sehingga biasanya memiliki dua kemungkinan pada posisi yang sama dalam sekuen DNA (Vignal et al., 2002). Frekuensi mutasi dan stabilitas yang tinggi menyebabkan SNP sering digunakan sebagai penanda molekuler dalam penelitian tentang genetika populasi dan pemetaan gen untuk penyakit kompleks (Ye et al., 2001). Metode yang digunakan dalam menganalisis adanya SNP antara lain PCR- RFLP dan sequencing.
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu teknik untuk menggandakan jumlah molekul DNA scara in vitro. Proses ini berjalan dengan bantuan enzim polymerase dan primer. Primer merupakan oligonukleotida spesifik pada DNA template. Enzym polymerase merupakan enzim yang dapat mencetak urutan DNA baru. Hasil PCR dapat langsung divisualisasikan dengan elektroforesis atau dapat digunakan untuk analisis lebih lanjut (Williams, 2005).
Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP) merupakan salah satu teknik penciri genetik (genetic marker) yang dikembangkan oleh Botstein et al. (1980) yang digunakan untuk mengetahui adanya keragaman sekuens DNA. Mullis
et al. (1986) menyatakan bahwa penggunaan teknik RFLP menjadi lebih intensif setelah teknik RFLP dikombinasikan dengan teknologi PCR yang digunakan hingga saat ini.
PCR-RFLP merupakan metode analisis lanjutan dari produk PCR. Metode PCR-RFLP memanfaatkan perbedaan pola pemotongan enzim pemotong yang berbeda pada tiap-tiap mikroorganisme. Analisis RFLP sering digunakan untuk mendeteksi lokasi genetik dalam kromosom (Orita et al., 1989), ataupun untuk mendeteksi adanya keragaman pada gen yang berhubungan dengan sifat ekonomis, seperti produksi dan kualitas susu (Sumantri et al., 2007).
Gen Calpastatin
Keempukan daging(meat tenderness) merupakan faktor yang penting di dalam penentuan kualitas daging. Beberapa faktor diidentifikasi berhubungan
7 dengan proses pengempukan daging setelah pemotongan seperti lama rigormortis, pH,dan sistem enzim keempukan daging. Perubahan fisiologi struktur otot setelah pemotongan merupakan proses fisiologis yang kompleks. Dua enzim yang berperan terhadap keempukan daging adalah enzim calpastatin yang dihasilkan oleh gen CAST dan calpain yang dihasilkan oleh gen calsium-activative neural protease
(CAPN 1) (Koohmarie, 1966). Calpastatin merupakan enzim protease utama dan bersifat inhibitor spesifik terhadap fungsi µ-calpain dan m-calpain. Aktivitas
calpastatin meningkat ketika aktivitas degradasi protein pada jaringan otot hewan hidup menurun. Calpastatin berfungsi untuk menghambat proses degradasi protein sel otot. Selain itu, diduga kuat terkait dengan sifat pertumbuhan otot dan keempukan daging pada mamalia (Morgan et al., 1993).
Gen calpastatin pada ternak sapi (Bos taurus) terletak pada kromosom nomor 7 (Bishop et al., 1993) sedangkan pada domba nomor 5 (Hediger et al., 1991). Gen
calpastatin dengan simbol CAST terletak diantara dua penciri apit mikrosatelit MCM527 dan BMS1247 pada posisi lokus 5q15 – q21 antara 96,057-96,136 Mb (Gambar 2).
Gambar 2. Daerah Target Amplifikasi Gen Calpastatin Sumber : Palmer et al., 2000
Kubiak et al. (2004) melaporkan bahwa terdapat keragaman gen Calpastatin
pada Bos taurus di bagian ekson 1C, intron 1 dan ekson 1D. Hasil pemotongan produk PCR dengan enzim restriksi AluI menghasilkan dua alel, yaitu alel G dan C dengan panjang produk 474 pb dan 324 pb. Schenkel et al. (2006) mendapatkan bahwa polimorfisme pada gen CAST sangat berhubungan erat dengan keempukan daging pada sapi. Genotip CC pada gen CAST menyebabkan sapi mempunyai tingkat keempukan daging yang lebih tinggi dibandingkan sapi dengan genotip GG.
MATERI DAN METODE