Transmisi

BAB II TINJAUAN PUSTAKA

2.2 SARS-2-CoV

2.2.2 Transmisi

SARS-CoV-2 dapat ditularkan dari manusia ke manusia (human-human transmission) meskipun sebagian besar awal kasus memiliki riwayat kontak dengan pasar Seafood Huanan. Analisis 425 pasien dengan COVID-19 yang dikonfirmasi menunjukkan bahwa masa inkubasi adalah 3 hingga 7 hari. Rata-rata adalah 5,2 hari (95% CI: 4,1 hingga 7,0), dan persentil ke - 95 dari distribusi adalah 12,5 hari (95% CI: 9,2 hingga 18). Khususnya, dilaporkan bahwa masa inkubasi bisa selama 24 hari dalam kasus yang jarang terjadi (Zheng, 2020).

Nomor reproduksi dasar/basic reproductive number (R 0) hingga periode 4 Jan 2020 perkiraan berdasarkan studi pada 425 pasien menjadi 2,2 (artinya satu pasien telah menyebarkan infeksi ke 2,2 orang lain), sedikit lebih kecil dari nilai 2,68 oleh pemodelan di lainnya. Namun, penyelidikan berikutnya berdasarkan analisis real-time pada human travel dan infeksi data resolusi tinggi diperkirakan bahwa R 0 jauh lebih besar, mulai 4,7-6,6 sebelum dilakukannya langkah-langkah

pengendalian, menyiratkan bahwa SARS-CoV-2 sangat menular dan lebih menular dari perkiraan semula (Zheng, 2020).

Kesimpulan ini konsisten dengan penyebaran luas SARS-CoV-2 dalam waktu singkat dan juga digemakan oleh temuan bahwa protein SARS-CoV-2 Spike (S) memiliki 10 - 20 kali lipat afinitas yang lebih tinggi terhadap angiotensin manusia.

Dapat mengubah reseptor enzim 2 (ACE2) daripada reseptor SARS-CoV berdasarkan analisis struktur Cryo-EM dari protein S. Mirip dengan SARS-CoV, masuknya SARS-CoV-2 ke dalam sel inang tergantung pada pengakuan dan pengikatan protein S ke reseptor ACE2 dari sel inang. Afinitas protein S yang tinggi terhadap reseptor ACE2 kemungkinan berkontribusi pada penyebaran virus dengan cepat. Temuan ACE2 sebagai reseptor SARS-CoV-2 juga menunjukkan bahwa organ manusia dengan tingkat ekspresi ACE2 yang tinggi, seperti sel epitel alveolar paru dan enterosit dari usus kecil, berpotensi menjadi target SARS-CoV-2 (Zheng, 2020).

Sebagai coronavirus baru, belum diketahui tentang bagaimana secara pasti SARS-CoV-2 menyebar. Pengetahuan terkini untuk transmisi SARS-CoV-2 sebagian besar didasarkan pada apa yang diketahui dari coronavirus yang serupa, khususnya SARS-CoV dan MERS-CoV, di mana penularan dari manusia ke manusia terjadi melalui tetesan, kontak, dan fomites. SARS-CoV sebagian besar ditularkan melalui kontak tidak langsung atau langsung dengan selaput lendir di mulut, mata, atau hidung. Telah ditunjukkan bahwa mata yang tidak terlindungi dan selaput lendir yang terbuka rentan terhadap transmisi SARS-CoV.

Diketahui seorang anggota panel pakar nasional tentang pneumonia terinfeksi oleh SARS-CoV-2 setelah melakukan pemeriksaan di Wuhan. Ketika ia mengenakan masker N95 tetapi tidak memiliki pelindung mata, dan mengalami gejala mata merah sebelum timbulnya pneumonia, maka diduga bahwa terdapat paparan mata yang tidak terlindungi pada SARS-CoV-2 mungkin merupakan jalur transmisi lain. Namun, SARS-CoV-2 tidak terdeteksi dari sampel swab konjungtiva dalam paten COVID-19 yang dikonfirmasi dengan konjungtivitis, menunjukkan bahwa lebih banyak bukti diperlukan sebelum menyimpulkan rute konjungtiva sebagai jalur transmisi SARS-CoV-2. Mode penularan oleh MERS-CoV tidak

dipahami dengan baik tetapi diyakini menyebar sebagian besar melalui rute kontak dekat pernapasan (Zheng, 2020).

Berdasarkan mode transmisi SARS-CoV dan MERS-CoV, serangkaian tindakan pencegahan telah direkomendasikan, termasuk menghindari kontak dekat dengan orang yang menderita infeksi pernapasan akut dan sering mencuci tangan.

Virus SARS-CoV-2 juga terdeteksi dalam sampel tinja pada beberapa pasien tetapi tidak semua menunjukkan bahwa kemungkinan penularan tinja-oral terjadi. Sebuah studi yang sistematis menunjukkan bahwa virus dapat dideteksi pada usapan mulut, penyeka anal dan sampel darah dari pasien, dan penyeka anal dan darah dapat menguji positif ketika swab mulut diuji negatif. Lebih lanjut, sebuah tren pergeseran dari lebih banyak oral positif dalam sampel yang dikumpulkan selama periode awal infeksi pasien ke lebih anal positif selama periode infeksi selanjutnya juga ditemukan. Oleh karena itu, beberapa rute penumpahan SARS-CoV-2 mungkin ada (Zheng, 2020).

Salah satu tantangan untuk kontrol pencegahan penyebaran SARS-CoV-2 adalah virus kemungkinan ditularkan melalui kontak dengan orang tanpa gejala.

Seorang pengusaha Jerman ditemukan terinfeksi oleh SARS-CoV-2 setelah menghadiri konferensi bersama dengan seorang rekan, yang tidak memiliki tanda-tanda atau gejala infeksi tetapi kemudian menjadi sakit karena infeksi SARS-CoV-2 (Zheng Jun, SARS-CoV-20SARS-CoV-20).

Pengamatan ini menunjukkan bahwa pasien yang terinfeksi cenderung mulai menumpahkan virus sebelum timbulnya gejala apa pun, yang tidak diragukan lagi akan membawa tantangan besar pada praktik pengendalian preventif saat ini dengan mengukur suhu tubuh. Meskipun klaim penularan melalui kontak tanpa gejala telah ditentang, pembawa asimptomatik lain juga diamati untuk menularkan virus SARS-CoV-2. Secara konsisten, sebuah penelitian menemukan bahwa pasien tanpa gejala memiliki jumlah botol yang sama dalam sampel usapan hidung dan tenggorokan dengan pasien simptomatik (Zheng Jun, 2020).

2.3 SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME 2.3.1 SEJARAH

Severe Acute Respiratory Syndrome atau dikenal sebagai SARS merupakan penyakit yang mewabah pada Nopember 2002 sampai dengan akhir tahun 2003.

Pada 16 Nopember 2002 dilaporkan terdapat kasus pertama dari pneumonia atipikal di Provinsi Guandong Selatan China. Kemudian pada 12 Maret 2003 WHO mengeluarkan peringatan terhadap adanya bentuk baru pneumonia yang penyebabnya belum diketahui berasal dari orang-orang China, Vietnam, dan Hong kong. Pada 14 Maret 2003 CDC mengaktifkan EOC (Emergency Operation Center). Pada 15 Maret 2003 pneumonia atipikal tersebut diberi nama SARS atau Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS). 24 Maret 2003 Analis Laboratorium CDC menduga bahwa coronavirus barus merupakan agen penyebab SARS. 4 April 2003 terdapat 115 kasus suspect SARS dilaporkan di 29 negara bagian di Amerika Serikat. 14 April 2003 CDC mempublikasikan sekuensi dari virus yang dipercaya sebagai agen penyebab dari epidemi global SARS. 31 Desember 2003 WHO mendapat laporan kasus SARS dari 29 Negara dan wilayah dengan rincian 8,096 orang probable SARS dengan terdapat 774 kematian (CDC, 2013).

2.3.2 KLASIFIKASI

Severe Acute Respiratory Syndrome atau SARS disebabkan oleh SARS-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus) atau SARSr-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrome-related Coronavirus). Coronavirus (CoV) merupakan kelompok virus yang termasuk kedalam ordo Nidovirales. Ordo Nidovirales meliputi keluarga Coronaviridae, Arteriviridae, Mesoniviridae, dan Roniviridae.

Coronavirinae terdiri dari satu dari dua subfamili dalam Coronaviridae, dengan yang lainnya adalaha Torovirinae. Coronaviridae kemudian dibali lagi menjadi empat genera yakni alpha (Alphacoronavirus), beta (betacoronavirus), gamma (gammacoronavirus), dan delta (deltacoronavirus). Pada awalnya penyortitan kedalam genera berdasarkan pemeriksaan serologi tetapi sekarang berdasarkan pengelompokan filogenetik (Woo et al., 2010; Fehr dan Perlman, 2015).

Semua virus yang termasuk kedalam ordo Nidovirales merupakan virus yang memiliki envelope dengan materi genetik RNA Positif-Strand yang tidak

tersegmentasi dan termasuk kedalam virus RNA dengan genom yang besar, dan beberapa virus yang telah teridentifikasi mengandung genome hingga 33,5 kilobase (Kb). Beberapa fitur umum yang terdapat didalam ordo Nidovirales meliputi:

terdapat ekspresi gen non-struktural oleh frameshifting ribosom, beberapa aktivitas enzimatik yang unik atau tidak biasa dikodekan dalam replicase–transcriptase polyprotein, ekspresi gen hilir dengan sintesis 3’ mRNA sub-genom yang seperti memiliki sarang. Nama ordo Nidovirales berasal dari 3’ mRNA bersarang karena dalam bahasa latin nido berrti “sarang”. Perbedaan utama dalam keluarga Nidovirus adalah dalam jumlah, jenis, dan ukuran protein struktural yang akan menyebabkan terdapatnya perubahan yang signifikan terhadap struktur dan morfologi nukleokapsid dan virion (Woo et al., 2010; Fehr dan Perlman, 2015).

Tabel 2. 5 Klasifikasi SARS-CoV

(Sumber: Coronavirus Genomics and Bioinformatics Analysis, 2010)

Realm Riboviria

Kingdom Orthornavirae

Phylum Pisuviricota

Class Pisoniviricetes

Order Nidovirales

Family Coronaviridae

Genus Betacoronavirus

Subgenus Sarbecovirus

Species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus

Strain SARS-CoV

SARS-CoV-2

Bat SARS-like coronavirus WIV1

2.3.3 STRUKTUR

SARSr-CoV memiliki bentuk spherical dan cukup pleomorfik dengan diameter rata-rata 80-120 nm dengan terdapatnya ukuran ektrim sebesar 50 nm dan 200 nm dan tersusun atas nukleokapsid heliks didalam amplop atau memiliki envelope. Virion juga memili fitur ultrastuktural berupa vesikel dengan membran ganda, inklusi nukleokapsid dan terdapat granul besar di area sitoplasma. Selain itu spikes atau peplomer virus digambarkan memiliki bentuk club-like, pear-shaped, or petal-shaped dengan ukuran 17-20 nm dari permukaan virion. Beberapa coronavirus memiliki spike kedua dengan panjang 5-10 nm yang berada dibawah spike utama. Struktur spikes kedua ini dikenal sebagai protein Hemagglutinin-esterase (HE) yang dominan ditemukan pada group 2 coronavirus (Woo et al., 2010; Fehr dan Perlman, 2015).

2.3.3.1 SPIKE (S) PROTEIN

S Glycoprotein atau dulu dikenal sebagai E2 merupakan bagian yang menonjil dari permukaan membran virion. Bagian ini berfungsi memediasi perlekatan binding reseptor dan fusi membran sel virus dengan sel host (Collins et al., 1982). Untuk membentuk spikes yang memonol dari permukaan sel atau membentuk protein s diperlukan protein transmembran M-exo, C-endo yang sangat besar yang kemudian membentuk trimer (Woo et al., 2010).

2.3.3.2 MEMBRANE (M) PROTEIN

M Glycoprotein sebelumnya dikenal sebagai E1 adalah konstituen paling banyak dari coronavirus dan memberikan virion bentuk envelopenya dan memiliki ukuran dari 25 hingga 30 kDa (Woo et al., 2010).

2.3.3.3 ENVELOPE (E) PROTEIN

E protein dahulunnya dikenal sebagai sM merupakan polipeptida kecil dengan ukuran 8,4 hingga 12 kDa yang merupakan konstituen minor virion selain dari M protein (Woo et al., 2010).

2.3.3.4 NUCLEOCAPSID (N) PROTEIN

Protein N yang memiliki ukuran berkisar 43 hingga 50 kDa. N protein merupakan komponen protein dari mukleokapsid heliks yang dianggap mengikat genom RNA dalam bentuk beads-on-a-string. Aktivitas utama dari Protein N untuk

mengkita RNA virus sebagai virus positif-strand RNA, berbeda dengan nukleokapid dari virus RNA negatif-strand yang tidak diregulasi denga kompleks ribonucleoprotein pada coronavirus yang cuckup sensitif terhadap aksi ribonukleas (Woo et al., 2010).

2.3.4 SIKLUS HIDUP 2.3.4.1 PERLEKATAN

Pada fase perlekatan atau fase binding antara virion dengan sel target akan terjadi interaksi antara S protein dan reseptornya (Fehr dan Perlman, 2015).

Coronavirus memiliki beragam reseptor seperti pada genus Alphacoronavirus HCoV-229E, TGEV, PEDV, FIPV, CCoV yang memiliki reseptor APN (Aminopeptidase N) dan HCoV-NL63 yang memiliki reseptor ACE2 (Angiotensin coverting enzyme 2) dan pada genus Betacoronavirus MHV memiliki reseptor Mceacam (murine carcinoembryonic antigen-related adhesion molecule 1), BCoV memiiki reseptor N-acetyl-9-O-acetylneuraminic acid. SARS-CoV dan SARS-2-CoV memiliki reseptor ACE2 (Angiotensin coverting enzyme 2) dan MERS-CoV memiliki reseptor DPP4 (dioeotidyl peptidase 4). Dengan adanya reseptor ini virion memiliki akses masuk kedalam sitosol dari sel host (Fehr dan Perlman, 2015).

Gambar 2. 17 Proses Masuknya Virion Ke Sel Host.

(Sumber: Proteolytic activation of the SARS-coronavirus spike protein: Cutting enzymes at the cutting edge of antiviral research, 2013)

Setelah proses perlekatan virus akan masuk keadalam sel, terdapat 2 cara virus masuk kedalam sel yakni melalui proses endositosis dan membentuk endosome. Pada tahapan ini virus akan mengaktifkan Cysteine protease cathepsin L yang selanjutkan akan mempengaruhi keadaan pH pada sitosol dan selanjutnya akan terjadi fusi antara envelope virus dengan lapisan phospolipid sel yang akan memicu proses terjadinya endositosis dan membentuk endosome (Simmons et al., 2013). Dan yang kedua virus dapat masuk dengan menyebabkan pembelahan akibat adanya proteolitik (Heurich et al., 2014).

2.3.4.2 TRANSLASI GENOM

Setelah masuk virus akan melakukan translasi dari gen replikasi yang terdapat didalam genom RNA virus. Gen replikasi ini mengkodekan dua ORF besar, rep1a dan rep1b yang mengekpresikan dua poliprotein co-terminal pp1a dan pp1b. Untuk menghasilkan lingkungan yang cocok dalam melakukan replikasi RNA virus akan mengontrol rasio yang tepat untuk mengekspresi protein rep1b dan rep1a atau menunda produksi produk rep1b sampai rep1a (Fehr dan Perlman, 2015).

Poliprotein pp1a dan pp1b masing-masing mengandung nsps1-11 dan 1-16.

Selanjutnya, banyak nsps berkumpul di dalam kompleks replicase-transcriptase (RTC) untuk menciptakan lingkungan yang cocok untuk sintesis RNA, dan akhirnya bertanggung jawab untuk replikasi RNA dan transkripsi RNA sub-genomik (Fehr dan Perlman, 2015).

Tabel 2. 6. Nsps (Nonstructural Protein) Dan Fungsinya.

(Sumber: Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis, 2015 dan Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2): An overview of viral structure and

host response, 2020)

Protein Fungsi

Nsp1 Memromosikan degradasi mRNA seluler dan menghambat terjadinya translasi pada sel inang dan menghambat respon imun bawaan Nsp2 Berikatan dengan prohibition protein

Nsp3 • Mempromosikan ekspresi sitokin, membelah poliprotein virus dan menghambat respon imun sel inang

• Memromosikan degradasi mRNA seluler dan menghambat terjadinya translasi pada sel inang dan menghambat respon imun bawaan

Nsp4 Berkontribusi pada struktur DMV sebagai protein perancah transmembran (pembentukan DMV)

Nsp5 • Membelah poliprotein virus

• Mempromosikan ekspresi sitokin dan pembelahan polyprotein virus

Nsp6 Potential transmembrane scaffold protein Nsp7 Bentuk kompleks hexadecameric dengan nsp8,

dapat bertindak sebagai penjepit prosesivitas untuk RNA polimerase

Nsp8 Bentuk kompleks hexadecameric dengan nsp7, dapat bertindak sebagai penjepit prosesivitas untuk RNA polimerase; dapat bertindak sebagai primase

Nsp9 Protein yang mengikat RNA

Nsp10 Cofactor untuk nsp16 dan nsp14, membentuk heterodimer dengan keduanya dan merangsang aktivitas ExoN dan 2-O-MT

Nsp12 • RdRp

• Enzim replikasi (RNA-dependent RNA polimerase)

Nsp13 RNA helicase, 5’ triphospatase

Nsp14 • N7 MTase dan 3′-5 ′ exoribonuclease, ExoN; N7 MTase menambahkan 5 ′ kap pada viral RNA, aktivitas ExoN penting untuk proofreading genom virus

• Stimulasi aktivitas ExoN dan 2- O -MT

• Proofreading genom virus Nsp15 • Viral endoribonuklease

• Virus endoribonuklease dan protease yang mirip chymotrypsin

Nsp16 • 2′-O-MT; melindungi viral load dari pengakuan MDA5

• Stimulasi aktivitas ExoN dan 2- O -MT

• menghambat regulasi kekebalan bawaan

Gambar 2. 18 Siklus Virus.

(Sumber: Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2): An overview of viral structure and host response, 2020)

Sintesis RNA virus mengikuti terjemahan dan perakitan kompleks replikasi virus. Sintesis RNA virus menghasilkan RNA genomik dan sub-genomik. RNA sub-genom berfungsi sebagai mRNA untuk gen struktural dan aksesori yang berada di hilir polyprotein yang direproduksi. Semua RNA sub-genomik positif-sense adalah 3 ′ ko-terminal dengan genom virus berdurasi penuh dan dengan demikian membentuk seperangkat RNA bersarang (nido), properti khas ordo Nidovirales.

RNA genomik dan sub-genomik diproduksi melalui intermediet untai negatif.

Intermediate untai negatif ini hanya sekitar 1% lebih banyak daripada rekan-rekan

mereka yang beruntai positif dan mengandung urutan poli-uridilat dan anti-leader (Fehr dan Perlman, 2015).

Model saat ini mengusulkan bahwa RdRp berhenti pada salah satu dari urutan TRS tubuh (TRS-B); mengikuti jeda ini, RdRp melanjutkan perpanjangan ke TRS berikutnya atau beralih ke memperkuat urutan leader di ujung 5 gen genom dipandu oleh saling melengkapi TRS-B ke TRS pemimpin (TRS-L). Banyak bukti saat ini mendukung model ini, termasuk keberadaan urutan anti-pemimpin pada ujung 3 of dari RNA sub-genomik untai negatif (Fehr dan Perlman, 2015).

Coronavirus juga dikenal karena kemampuannya untuk bergabung kembali menggunakan rekombinasi homolog dan nonhomolog Kemampuan virus-virus ini untuk bergabung kembali terikat dengan kemampuan untai switching dari RdRp.

Rekombinasi kemungkinan memainkan peran penting dalam evolusi virus dan merupakan dasar untuk rekombinasi RNA yang ditargetkan, alat genetika terbalik yang digunakan untuk merekayasa rekombinan virus pada ujung 3 of genom (Fehr dan Perlman, 2015).

2.3.4.3 PERAKITAN DAN PELEPASAN

Setelah terjadinya replikasi dan sintesis RNA sub-genomik, protein struktural virus, S, E, dan M diterjemahkan dan dimasukkan ke dalam retikulum endoplasma (ER). Protein-protein ini bergerak di sepanjang jalur sekretoris ke ER-Golgi intermediate compartment (ERGIC). Di sana, genom virus yang diringkas oleh tunas protein N ke dalam membran ERGIC yang mengandung protein struktural virus, membentuk virion dewasa (Fehr dan Perlman, 2015).

Protein M mengarahkan sebagian besar interaksi protein-protein yang diperlukan untuk perakitan virus corona. Namun, protein M tidak cukup untuk pembentukan virion, karena virus-like particle (VLP) tidak dapat dibentuk oleh ekspresi protein M saja. Ketika protein M diekspresikan bersama dengan vesicular-tubular cluster VLP protein E terbentuk, menunjukkan kedua protein ini berfungsi bersama untuk menghasilkan amplop coronavirus. Protein N meningkatkan pembentukan VLP, menunjukkan bahwa penggabungan genom yang dienkapsulasi ke dalam ERGIC meningkatkan pembungkus virus. Protein S dimasukkan ke virion pada langkah ini, tetapi tidak diperlukan untuk perakitan. Kemampuan protein S untuk lalu lintas ke ERGIC dan berinteraksi dengan protein M sangat penting untuk dimasukkan ke dalam virion (Fehr dan Perlman, 2015).

Sementara protein M relatif melimpah, protein E hanya hadir dalam jumlah kecil di virion. Dengan demikian, ada kemungkinan bahwa interaksi protein M memberikan dorongan untuk pematangan amplop. Tidak diketahui bagaimana protein E membantu protein M dalam perakitan virion, dan beberapa kemungkinan telah disarankan. Beberapa pekerjaan telah menunjukkan peran untuk protein E dalam mendorong kelengkungan membran, meskipun orang lain telah menyarankan bahwa E protein mencegah agregasi protein M. Protein E juga mungkin memiliki peran terpisah dalam mempromosikan pelepasan virus dengan mengubah jalur sekretori inang (Fehr dan Perlman, 2015).

Protein M juga berikatan dengan nukleokapsid, dan interaksi ini mempromosikan penyelesaian perakitan virion. Interaksi ini telah dipetakan ke terminal-C dari endodomain M dengan CTD dari N-protein . Namun, tidak jelas bagaimana nukleokapsid kompleks dengan lalu lintas RNA virion ke ERGIC untuk

berinteraksi dengan protein M dan menjadi dimasukkan ke dalam amplop virus (Fehr dan Perlman, 2015).

Pengemasan untuk MHV telah diidentifikasi dalam urutan pengkodean nsp15, tetapi mutasi dari sinyal ini tampaknya tidak mempengaruhi produksi virus, dan mekanisme untuk bagaimana sinyal pengemasan ini bekerja belum ditentukan . Lebih lanjut, kebanyakan coronavirus tidak mengandung urutan yang sama di lokus ini, menunjukkan bahwa pengemasan mungkin spesifik virus (Fehr dan Perlman, 2015).

Setelah perakitan, virion diangkut ke permukaan sel dalam vesikel dan dilepaskan oleh eksositosis. Tidak diketahui apakah virion menggunakan jalur tradisional untuk mengangkut kargo besar dari Golgi atau jika virus telah mengalihkan jalur unik dan terpisah untuk keluar sendiri. Dalam beberapa coronavirus, protein S yang tidak dirakit menjadi virion transit ke permukaan sel di mana ia memediasi fusi sel-sel antara sel yang terinfeksi dan sel yang berdekatan, yang tidak terinfeksi. Ini mengarah pada pembentukan sel raksasa berinti banyak, yang memungkinkan virus menyebar dalam organisme yang terinfeksi tanpa terdeteksi atau dinetralkan oleh antibodi spesifik virus (Fehr dan Perlman, 2015).

2.3.5 PATOGENESIS

Sebelum wabah SARS-CoV, coronavirus hanya dianggap menyebabkan infeksi pernapasan ringan dan akan sembuh sendiri pada manusia. Dua dari coronavirus manusia ini adalah α-coronavirus, HCoV-229E dan HCoV-NL63, sedangkan dua lainnya adalah virus β-corona, HCoV-OC43 dan HCoV-HKU1.

HCoV-229E dan HCoV-OC43 diisolasi pada hampir 50 tahun yang lalu, sementara HCoV-NL63 dan HCoV-HKU1 baru saja diidentifikasi setelah wabah SARS-CoV Virus-virus ini endemik pada populasi manusia, menyebabkan 15–30% infeksi saluran pernapasan setiap tahun. Mereka menyebabkan penyakit yang lebih parah pada neonatus, lansia, dan pada individu dengan penyakit yang mendasarinya, dengan insiden lebih besar infeksi saluran pernapasan bawah pada populasi saat ini.

HCoV-NL63 juga dikaitkan dengan laryngotracheitis acute (croup) (Fehr dan Perlman, 2015).

Salah satu aspek yang menarik dari virus ini adalah perbedaan dalam toleransi terhadap variabilitas genetik. Isolat HCoV-229E dari seluruh dunia hanya memiliki divergensi urutan minimal, sedangkan isolat HCoV-OC43 dari lokasi yang sama tetapi diisolasi pada tahun yang berbeda menunjukkan variabilitas genetik yang signifikan Ini kemungkinan menjelaskan ketidakmampuan HCoV-229E untuk melintasi penghalang spesies untuk menginfeksi tikus (Mus musculus) sedangkan HCoV-OC43 dan bovine coronavirus, BCoV, yang mampu menginfeksi tikus (Mus musculus) dan beberapa spesies ruminansia. Berdasarkan kemampuan MHV untuk menyebabkan penyakit demielinasi, telah disarankan bahwa CoV manusia mungkin terlibat dalam pengembangan multiple sclerosis (MS). Namun, tidak ada bukti sampai saat ini yang menunjukkan bahwa CoV manusia memainkan peran penting dalam MS (Fehr dan Perlman, 2015).

SARS-CoV, kelompok β-coronavirus, diidentifikasi sebagai agen penyebab dari severe acute respiratory syndrome (SARS) yang terjadi pada tahun 2002-2003 di Provinsi Guangdong China. Ini adalah penyakit pada manusia paling parah yang disebabkan oleh virus corona. Selama wabah 2002-2003 sekitar 8.098 kasus terjadi dengan 774 kematian, yang menghasilkan tingkat kematian 9%. Angka ini jauh lebih tinggi pada individu lansia, dengan angka kematian mendekati 50% pada

individu berusia di atas 60 tahun. Lebih jauh lagi, wabah mengakibatkan hilangnya hampir $ 40 miliar dolar dalam kegiatan ekonomi, karena virus hampir menutup banyak kegiatan di Asia Tenggara dan Toronto, Kanada selama beberapa bulan.

Wabah dimulai di sebuah hotel di Hong Kong dan akhirnya menyebar ke lebih dari dua lusin negara. Selama epidemi,virus terkait erat diisolasi dari beberapa hewan eksotis termasuk musang sawit Himalaya (Paguma larvata) dan anjing rakun (Nyctereutes procyonoides) . Namun, secara luas diterima bahwa SARS-CoV berasal dari kelelawar karena sejumlah besar kelelawar tapal kuda (family:

Rhinolophidae) China mengandung urutan CoV terkait SARS dan berisi bukti serologis untuk infeksi sebelumnya dengan CoV terkait. Faktanya, dua kelelawar novel CoV terkait SARS baru-baru ini diidentifikasi yang lebih mirip dengan SARS-CoV daripada virus lain yang diidentifikasi hingga saat ini. Mereka juga ditemukan menggunakan reseptor yang sama dengan virus manusia, angiotensin converting enzyme 2 (ACE2), memberikan bukti lebih lanjut bahwa SARS-CoV berasal dari kelelawar. Meskipun beberapa individu manusia di pasar hewan basah memiliki bukti serologis infeksi SARS-CoV sebelum wabah, individu-individu ini tidak memiliki gejala yang jelas Dengan demikian, ada kemungkinan bahwa virus terkait erat beredar di pasar hewan basah selama beberapa tahun sebelum serangkaian faktor memfasilitasi penyebarannya ke populasi yang lebih besar (Fehr dan Perlman, 2015).

Penularan SARS-CoV relatif tidak efisien, karena hanya menyebar melalui kontak langsung dengan orang yang terinfeksi setelah timbulnya penyakit. Dengan demikian, wabah itu sebagian besar terkandung dalam rumah tangga dan pengaturan kesehatan, kecuali dalam beberapa kasus peristiwa superspreading di

Penularan SARS-CoV relatif tidak efisien, karena hanya menyebar melalui kontak langsung dengan orang yang terinfeksi setelah timbulnya penyakit. Dengan demikian, wabah itu sebagian besar terkandung dalam rumah tangga dan pengaturan kesehatan, kecuali dalam beberapa kasus peristiwa superspreading di