DAFTAR LAMPIRAN
VIII. SIMPULAN DAN SARAN UMUM
Keragaman ChiVMV yang berasal dari sentra produksi cabai di Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Kalimantan Selatan, Sumatera Barat, dan Aceh Tengah ditunjukkan oleh tingkat virulensinya yang berbeda. Strain ChiVMV CKB tergolong strain yang sangat virulen, strain ChiVMV NI tergolong strain moderat, sedangkan ChiVMV BL, KR, GB, dan TD tergolong strain ringan.
Analisis gen CP membuktikan bahwa variabilitas diantara strain-strain ChiVMV tersebut tergolong rendah (0,02% sampai 0,48%). Walaupun demikian analisis asam amino gen CP menunjukkan adanya mutasi pada ChiVMV CKB yang ditunjukkan oleh berubahnya motif CK2 phosphorylation site dan octapeptide.
Kombinasi perlakuan kultur in vitro dan mutagen kimia EMS menghasilkan 20 tanaman mutan somaklon asal C. annuum var. Gelora yang tahan terhadap infeksi ChiVMV. Tanaman somaklon ini berpotensi untuk digunakan sebagai tetua dalam perakitan varietas tahan ChiVMV.
Prioritas utama pengembangan varietas tahan perlu diarahkan pada pengendalian strain yang paling dominan di Indonesia agar dapat menurunkan kehilangan hasil cabai yang lebih signifikan. Guna mengantisipasi terjadinya pergeseran atau perubahan strain, pengembangan varietas cabai sebaiknya diarahkan pada pengembangan sifat ketahanan horizontal atau durable resistant. Hal tersebut dapat dilakukan dengan mengintroduksi beberapa gen ketahanan ke dalam satu varietas.
Dengan telah diketahui adanya genotipe yang tahan dan rentan terhadap beberapa strain ChiVMV yang berasal dari daerah yang berbeda, maka pemantauan terhadap strain lainnya dan penanaman genotipe cabai spesifik strain atau spesifik lokasi sangat disarankan.
CHIVMVBL AACATGGAAAAAGTGATATCAGCCTATATCTGAGAGCACTTATTGAAGGAGCTAGGAGGG 60 CHIVMVKR AACATGGAAAAAGTGATATCAGCCTATATCTGAGAGCACTTATTGAAGGAGCTAGGAGGG 60 DQ854961PATARUMAN AACATGGAAAAAGTGATATCAGCCTATATCTGAGAGCACTTATTGAAGGAGCTAGGAGGG 60 DQ854960CIKABAYAN2 AACATGGAGAAAGTGATATCAGCCCATATCTGAGAGCACTTATTGAAGGAGCTAGGAGGG 60 CHIVMVCKB AACATGGAGAAAGTGATATCAGCCCATATCTGAGAGCACTTATTGAAGGAGCTAGGAGGG 60 CHIVMVCHINA AGCATGGAGAGAGTGACATTAGTCCATACTTGAGAGCACTCATTGAAGGGGCCAAAGAGG 60 CHIVMVINDIA AACATGGAGAAAGTGACATTAGCCCATATCTAAGAGCACTTATTGAGGGAGCCAAGAAGG 60 DQ854948TAIWAN AGCATGGAGATAGTGACATTAGTCCATATTTGAGAGCACTCATTGAAGGGGCAAAGGAAG 60 CHIVMVNI AGCATGGAGATAGTGACATTAGTCCATATTTGAGAGCACTCATTGAAGGGGCAAAGGAAG 60 CHIVMVTD AGCATGGAGATAGTGACATTAGTCCATATTTGAGAGCACTCATTGAAGGGGCAAAGGAAG 60 CHIVMVGB AGCATGGAGATAGTGACATTAGTCCATATTTGAGAGCACTCATTGAAGGGGCAAAGGAAG 60 CHIVMVVIETNAM AGCATGGAGAGAGTGACATCAGTCTATATTTGAGAGCACTCATTAAAGGGGCCAAGGAAG 60 CONSENSUS AGCATGGAGA.AGTGACATTAGTCCATATTTGAGAGCACTCATTGAAGGGGC.AAGGAGG 60 * ****** * ***** ** ** * *** * ******** *** * ** ** * *
CHIVMVBL AAGAATTAGATGATGAGGGTGGAGAAGTTACCCATCAGTCGGGAGAGAGTGTTGATGCTG 120 CHIVMVKR AAGAATTAGATGATGAGGGTGGAGAAGTTACCCATCAGTCGGGAGAGAGTGTTGATGCTG 120 DQ854961PATARUMAN AAGAATTAGATGATGAGGGTGGAGAAGTTACCCATCAGTCGGGAGAGAGTGTTGATGCTG 120 DQ854960CIKABAYAN2 AAGAATTAAATGATGAGGGTGGAGAAGTTACCCATCAGTCGGGAGAGAGTGTTGATGCTG 120 CHIVMVCKB AAGAATTAAATGATGAGGGTGGAGAAGTTACCCATCAGTCGGGAGAGAGTGTTGATGCTG 120 CHIVMVCHINA AAGAATTAGATGACGAGGGTGGGGAGGTTGCCCATCAGTCGGGAGAGAGCGTTGATGCTG 120 CHIVMVINDIA AAGAGTTAGATGATGAGGGCGGAGAAGTCGCCCATCAGGCGGGAGAGAGTGTTGATGCTG 120 DQ854948TAIWAN AAGGATTAGATGATGAGGGTGGGGAGGTTGCCCATCAGTCGGGAGAGAGCGTTGATGCTG 120 CHIVMVNI AAGGATTAGATGATGAGGGTGGGGAGGTTGCCCATCAGTCGGGAGAGAGCGTTGATGCTG 120 CHIVMVTD AAGGATTTCAACTAGAGGGTGGGGAGGTTGCCCATCAGTCGGGAGAGAGCGTTGATGCTG 120 CHIVMVGB AAGGATTTCAACTAGAGGGTGGGGAGGTTGCCCATCAGTCGGGAGAGAGCGTTGATGCTG 120 CHIVMVVIETNAM AAGGATTAGATGACGAGGGTGGGGAGGTCGCCCATCAGTCAGGGGAAAGTGTTGATGCTG 120 CONSENSUS AAGAATTAGATGATGAGGGTGGGGAGGTTGCCCATCAGTCGGGAGAGAGTGTTGATGCTG 120 *** ** * ***** ** ** ** ******** * ** ** ** **********
CHIVMVBL GAAGAGTAAA AGGTGAAGATTCTTCAAACAAGTCAGCTGATAAACAAGCCACAGATAAG 179 CHIVMVKR GAAGAGTAAA AGGTGAAGATTCTTCAAACAAGTCAGCTGATAAACAAGCCACAGATAAG 179 DQ854961PATARUMAN GAAGAGTAAA AGGTGAAGATTCTTCAAACAAGTCAGCTGATAAACAAGCCACAGATAAG 179 DQ854960CIKABAYAN2 GGAGAGTAAA AGGTGAAGATTCTTCAAATAAGTCAGCTGATAAACAAGCCACAGATAAG 179 CHIVMVCKB GGAGAGTAAA AGGTGAAGATTCTTCAAATAAGTCAGCTGATAAACAAGCCACAGATAAG 179 CHIVMVCHINA GGAGAGCTAA GGGTGAAGATTCATCGAGTAAACCAGCTGACAAACAAGCCACAGAGAAA 179
CHIVMVINDIA GAAGAGTTAA AGGCGAAGATTCATCAAGCAAACCAGCTGATAAACAAGCCACAGAGAAG 179 DQ854948TAIWAN GAAGAGTTAA GGGTGAAGACTCATCGAGTAAACCAGCTGACAAACAAACAACAGAGAAG 179 CHIVMVNI GAAGAGTTAA GGGTGAAGACTCATCGAGTAAACCAGCTGACAAACAAACAACAGAGAAG 179 CHIVMVTD GAAGAGTTAAAGGGTGAAGACTCATCGAGTAAACCAGCTGACAAACAAACAACAGAGAAG 179 CHIVMVGB GAAGAGTTAA GGGTGAAGATTCATCGAGTAAACCAGCTGACAAACAAGCTACAGAGAAG 179 CHIVMVVIETNAM GAAGAGTTAA GGGTGAAGATTCATCGAGTAAACCAGCTGACAAACAAGCTACAGAGAAG 179 CONSENSUS GAAGAGTTAA GGGTGAAGATTCATCGAGTAAACCAGCTGACAAACAAGCCACAGAGAAG 179 * **** ** ** ***** ** ** * ** ******* ****** * ***** **
CHIVMVBL AAGAGCAAGGTA---CAAGCTCAACCACAAACTCGTCAGAGCGAAATGGAAGTACCT 233
CHIVMVKR AAGAGCAAGGTA---CAAGCTCAACCACAAACTCGTCAGAGCGAAATGGAAGTACCT 233
DQ854961PATARUMAN AAGAGCAAGGTA---CAAGCTCAACCACAAACTCGTCAGAGCGAAATGGAAGTACCT 233
DQ854960CIKABAYAN2 AAGAACAAGGTAAGTGGACAAGTTCAGCCACAATCTCGTCAGAGCGAAATGGAAGTACCT 239
CHIVMVCKB AAGAACTTGCTAAGTGGACAAGTTCAGCCACAATCTCGTCAGAGCGAAATGGAAGTACCT 239
CHIVMVCHINA AAGAGCAAGGTGAGTGGACAAGCTCAGCCACAGTCTCGTCAGAGTGAAATGGAAATACCC 239
CHIVMVINDIA AAGAACAAGGTGAGTGAACAAGCTCAGCCACAGTCTCGTCAGAGTGAAATGGAAGTACCC 239
DQ854948TAIWAN AAGAGTAAGATGGGTGGACAAGCTCAGCCACATGTTCGCCAAAGTGAGATGGAAGTACCC 239
CHIVMVNI AAGAGTAAGATGGGTGGACAAGCTCAGCCACATGTTCGCCAAAGTGAGATGGAAGTACCC 239
CHIVMVTD AAGAGTAA ATGGGTGGACAAGCTCAGCCACATGTTCGCCAAAGTGAGATGGAAGTACCC 239
CHIVMVGB AAGAATAAGATGGGTGGACAAGCTCAGCCTGATGTTCGCCAAAGTGAGATGGAAGTACCC 239
CHIVMVVIETNAM AAGAATAAGACGGGTGGGCAAGCTCAGCCACATACTCGTCAAAGTGAGATGGAAGTACCC 239
CONSENSUS AAGAACAAGGTG.GTGGACAAGCTCAGCCACA..CTCGTCAGAGTGAAATGGAAGTACCC 239
**** **** *** ** * *** ** ** ** ****** ****
Lampiran 1. Perunutan DNA yang berasal dari 12 isolat ChiVMV Indonesia dan Asia (Gene Bank) menunjukkan nukleotida yang identik
Lampiran 1. Lanjutan
CHIVMVBL CAAGTTCGGGACAGAGATGTTAATGTTGGAACCTCAGGGACATTCACAATACCGCGTCTC 293
CHIVMVKR CAAGTTCGGGACAGAGATGTTAATGTTGGAACCTCAGGGACATTCACAATACCGCGTCTC 293
DQ854961PATARUMAN CAAGTTCGGGACAGAGATGTTAATGTTGGAACCTCAGGGACATTCACAATACCGCGTCTC 293
DQ854960CIKABAYAN2 CAAGTTCGAGACAGAGATGTTAATGTTGGGACCTCAGGGACATTCACAATACCGCGTCTT 299
CHIVMVCKB CAAGTTCGAGACAGAGATGTTAATGTTGGGACCTCAGGGACATTCACAATACCGCGTCTT 299
CHIVMVCHINA CAAGTTCGGGACAGAGATGTTAATGTTGGGACCTCAGGGACATTCACAATACCACGTCTC 299
CHIVMVINDIA CAAGTTCGAGACAGAGACGTTAATGTTGGGACCTCAGGTACATTCACAATACCGCGTCTC 299
DQ854948TAIWAN CAAGTTCGAGACAGAGACGTTAATGTTGGAACCTCGGGAACATTCACAATACCACGTCTT 299
CHIVMVNI CAAGTTCGAGACAGAGACGTTAATGTTGGAACCTCGGTTTCATTCACAATACCACGTCTT 299
CHIVMVTD CAAGTTCGAGACAGAGACGTTAATGTTGGAACCTCGGGAACATTCACAATACCACGTCTT 299
CHIVMVGB CAAGTTCGAGACAGAGACGTTAATGTTGGAACCTCGGGAACATTCACAATACCACGTCTT 299
CHIVMVVIETNAM CAAGTTCGAGACAGAGACGTTAATGTTGGAACCTCGGGAACATTCACAATACCGCGTCTT 299
CONSENSUS CAAGTTCGAGACAGAGACGTTAATGTTGGAACCTCAGG.ACATTCACAATACCGCGTCTT 299
******** ******** *********** ***** * ************* *****
CHIVMVBL AAGGGTATTTCTTCGAAGTTAACAATACCAAAGATTAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 353 CHIVMVKR AAGGGTATTTCTTCGAAGTTAACAATACCAAAGATTAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 353 DQ854961PATARUMAN AAGGGTATTTCTTCGAAGTTAACAATACCAAAGATTAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 353 DQ854960CIKABAYAN2 AAGGGTATTTCTTCAAAGTTAACAATACCAAAGATTAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 359 CHIVMVCKB AAGGGTATTTCTTCAAAGTTAACAATACCACAGATTAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 359 CHIVMVCHINA AAGGGTATTTCTTCGAAGTTAACAATACCAAAGATCAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 359 CHIVMVINDIA AAGGGTATCTCTTCAAAGCTAACAATACCAAAGATCAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 359 DQ854948TAIWAN AAAGGTATTTCTTCAAAGTTAACAATACCAAAGATCAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 359 CHIVMVNI AAAGGTATTTCTTCAAAGTTAACAATACCAAAGATCAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 359 CHIVMVTD AAAGGTATTTCTTCAAAGTTAACAATACCAAAGATCAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 359 CHIVMVGB AAAGGTATTTCTTCAAAGTTAACAATACCAAAGATCAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 359 CHIVMVVIETNAM AAGGGTATTTCTTCAAAGTTAACAATACCAAAAATCAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTC 359
CONSENSUS AAGGGTATTTCTTCAAAGTTAACAATACCAAAGATCAAAACAAAGGCTGTTGTTAACCTT 359 ** ***** ***** *** *********** * ** ***********************
CHIVMVBL GAACACCTTCTTGATTATGCTCCTGAGCAAATACATTTGAGTAATACAAGGGCATTACAA 413 CHIVMVKR GAACACCTTCTTGATTATGCTCCTGAGCAAATACATTTGAGTAATACAAGGGCATTACAA 413 DQ854961PATARUMAN GAACACCTTCTTGATTATGCTCCTGAGCAAATACATTTGAGTAATACAAGGGCATTACAA 413 DQ854960CIKABAYAN2 GAACACCTTCTTGATTATGCCCCTGAGCAAATACATTTGAGTAATACAAGGGCATTACAA 419 CHIVMVCKB GAACACCTTCTTGATTATGCCCCTGAGCAAATACATTTGAGTAATACAAGGGCATTACAA 419 CHIVMVCHINA GAACACCTTCTTGATTATGCTCCTGAGCAAATACATTTGAGTAATACAAGAGCACTACAA 419 CHIVMVINDIA GAACACCTTCTTGATTATGCCCCTGAACAAATACATTTGAGTAACACAAGGGCATTACAA 419 DQ854948TAIWAN GAACACCTTCTTGATTATGCCCCTGAACAAATACATTTGAGTAACACAAGGGCATTACAA 419 CHIVMVNI GAACACCTTCTTGATTATGCCCCTGAACAAATACATTTGAGTAACACAAGGGCATTACAA 419 CHIVMVTD GAACACCTTCTTGATTATGCCCCTGAACAAATACATTTGAGTAACACAAGGGCATTACAA 419 CHIVMVGB GAACACCTTCTTGATTATGCCCCTGAACAAATACATTTGAGTAACACAAGGGCATTACAA 419 CHIVMVVIETNAM GAACACCTTCTTGATTATGCCCCTGAACAGATACATTTGAGTAACACAAGGGCATTACAA 419 CONSENSUS GAACACCTTCTTGATTATGCCCCTGAACAAATACATTTGAGTAACACAAGGGCATTACAA 419 ******************** ***** ** ************** ***** *** *****
CHIVMVBL TCACAATTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTTAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 473 CHIVMVKR TCACAATTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTTAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 473 DQ854961PATARUMAN TCACAATTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTTAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 473 DQ854960CIKABAYAN2 TCACAATTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTTAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 479 CHIVMVCKB TCACAATTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTTAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 479 CHIVMVCHINA TCACAATTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTTAAGAATGATTACGATATCACAGATGAACAG 479 CHIVMVINDIA TCACAATTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTCAAGAATGACTATGACGTCACAGATGAACAG 479 DQ854948TAIWAN TCACAGTTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTCAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 479 CHIVMVNI TCACAGTTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTCAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 479 CHIVMVTD ACACAGTTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTCAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 479 CHIVMVGB ACACAGTTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTCAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 479 CHIVMVVIETNAM TCACAGTTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTCAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 479 CONSENSUS TCACAATTTGCATCCTGGTATGAAGGTGTCAAGAATGACTATGATGTCACAGATGAACAG 479 **** *********************** ******** ** ** **************
Lampiran 1. Lanjutan
CHIVMVBL ATGCAAATAATACTGAATGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGAACGTCACCAAAC 533 CHIVMVKR ATGCAAATAATACTGAATGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGAACGTCACCAAAC 533 DQ854961PATARUMAN ATGCAAATAATACTGAATGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGAACGTCACCAAAC 533 DQ854960CIKABAYAN2 ATGCAAATAATACTGAACGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGAGCGTCACCAAAC 539 CHIVMVCKB ATGCAAATAATACTGAACGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGAGCGTCACCAAAC 539 CHIVMVCHINA ATGCAAATAATACTGAATGGATTGATGGTTTGGTGCATTGAGAATGGAACGTCACCAAAT 539
CHIVMVINDIA ATGCAAATAATATTAAATGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGGACGTCACCAAAC 539 DQ854948TAIWAN ATGCAAATAATATTAAATGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGGACGTCACCAAAC 539 CHIVMVNI ATGCAAATAATATTAAATGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGGACGTCACCAAAC 539 CHIVMVTD ATGCAAATAATATTAAATGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGGACGTCACCAAAC 539 CHIVMVGB ATGCAAATAATATTAAATGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGGACGTCACCAAAC 539 CHIVMVVIETNAM ATGCAAATAATATTAAATGGATTGATGGTTTGGTGCATTGAGAATGGAACGTCACCAAAC 539 CONSENSUS ATGCAAATAATATTAAATGGATTGATGGTTTGGTGTATTGAGAATGGAACGTCACCAAAC 539 ************ * ** ***************** *********** **********
CHIVMVBL ATAAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAACAAGTTGAATATCCAATAAAGCCA 593 CHIVMVKR ATAAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAACAAGTTGAATATCCAATAAAGCCA 593 DQ854961PATARUMAN ATAAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAACAAGTTGAATATCCAATAAAGCCA 593 DQ854960CIKABAYAN2 ATCAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAACAAGTTGAATATCCAATAAAGCCA 599 CHIVMVCKB ATCAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAACAAGTTGAATATCCAATAAAGCCA 599 CHIVMVCHINA ATCAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAACAAGTTGAATATCCAATAAAACCA 599 CHIVMVINDIA ATTAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAACAAGTTGAATACCCAATAAAGCCA 599 DQ854948TAIWAN ATTAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAGCAAGTTGAGTATCCGATAAAACCA 599 CHIVMVNI ATTAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAGCAAGTTGAGTATCCGATAAAACCA 599 CHIVMVTD ATTAATGGTTATTGGGTTAACATGGATGGAGATGAGCAAGTTGAGTATCCGATAAAACCA 599 CHIVMVGB ATTAATGGTTATTGGGTTAACATGGATGGAGATGAGCAAGTTGAGTATCCGATAAAACCA 599 CHIVMVVIETNAM ATTAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAGCAAGTTGAGTATCCGATAAAACCA 599 CONSENSUS ATTAATGGTTATTGGGTTATGATGGATGGAGATGAACAAGTTGAATATCCAATAAAACCA 599 ** **************** ************** ******** ** ** ***** ***
CHIVMVBL TTGATTGATCATGCCAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCGCATTTTAGCAATCTTGCT 653 CHIVMVKR TTGATTGATCATGCCAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCGCATTTTAGCAATCTTGCT 653 DQ854961PATARUMAN TTGATTGATCATGCCAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCGCATTTTAGCAATCTTGCT 653 DQ854960CIKABAYAN2 TTGATTGACCATGCCAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCGCATTTTAGCAATCTTGCT 659 CHIVMVCKB TTGATTGACCATGCCAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCGCATTTTAGCAATCTTGCT 659 CHIVMVCHINA TTGGTTGATCATGCCAAACCATCATTCAGACAAATCATGGCGCATTTTAGCAATCTTGCT 659 CHIVMVINDIA TTAATTGATCATGCCAAGCCTTCATTTAGACAAATCATGGCGCACTTTAGCAATCTTGCT 659 DQ854948TAIWAN TTAATTGATCATGCTAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCACACTTTAGCAACCTTGCT 659 CHIVMVNI TTAATTGATCATGCTAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCACACTTTAGCAACCTTGCT 659 CHIVMVTD TTAATTGATCATGCTAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCACACTTTAGCAACCTTGCT 659 CHIVMVGB TTAATTGATCATGCTAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCACACTTTAGCAACCTTGCT 659 CHIVMVVIETNAM TTGATTGACCATGCTAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCACACTTTAGCAATCTTGCT 659 CONSENSUS TTGATTGATCATGCCAAACCATCATTTAGACAAATCATGGCGCACTTTAGCAATCTTGCT ** **** ***** ** ** ***** ************** ** ******** ******
CHIVMVBL GAAGCGTATATTGAGAAGCGCAATTCTGAGAAGCCTTATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 713 CHIVMVKR GAAGCGTATATTGAGAAGCGCAATTCTGAGAAGCCTTATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 713 DQ854961PATARUMAN GAAGCGTATATTGAGAAGCGCAATTCTGAGAAGCCTTATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 713 DQ854960CIKABAYAN2 GAAGCGTATATTGAGAAGCGCAATTCTGAGAAGCCTTATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 CHIVMVCKB GAAGCGTATATTGAGAAGCGCAATTCTGAGAAGCCTTATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 CHIVMVCHINA GAAGCGTACATTGAGAAGCGCAATTCTGAGAAGCCTTATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 CHIVMVINDIA GAAGCGTACATTGAGAAGCGCAATTCTGAGAAGCCTTATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 DQ854948TAIWAN GAAGCGTACATTGAGAAGCGCAACTCTGAGAAGCCATATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 CHIVMVNI GAAGCGTACATTGAGAAGCGCAACTCTGAGAAGCCATATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 CHIVMVTD GAAGCGTACATTGAGAAGCGCAACTCTCTCTAGCCATATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 CHIVMVGB GAAGCGTACATTGAGAAGCGCAACTCTCTCTAGCCATATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 CHIVMVVIETNAM GAAGCGTACATTGAGAAGCGCAATTCTGAGAAGCCATATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 CONSENSUS GAAGCGTACATTGAGAAGCGCAATTCTGAGAAGCCTTATATGCCAAGATATGGGCTTCAA 719 ******** ************** *** **** ************************
Lampiran 1. Lanjutan CHIVMVBL CGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 773 CHIVMVKR CGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 773 DQ854961PATARUMAN CGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 773 DQ854960CIKABAYAN2 CGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 779 CHIVMVCKB CGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 779 CHIVMVCHINA CGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 779 CHIVMVINDIA CGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 779 DQ854948TAIWAN AGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 779 CHIVMVNI AGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 779 CHIVMVTD AGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 779 CHIVMVGB AGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 779 CHIVMVVIETNAM AGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATAACATCG 779 CONSENSUS CGAAACCTTACCGATATGTCATTAGCGCGATATGCTTTCGATTTCTATGAAATGACATCG 779 **************************************************** ******
CHIVMVBL AAAACTCCCGTCCGAGCTCGTGAGGCACACATTCAAATGAAGGCAGCTGCATTACGTGGC 833
CHIVMVKR AAAACTCCCGTCCGAGCTCGTGAGGCACACATTCAAATGAAGGCAGCTGCATTACGTGGC 833
DQ854961PATARUMAN AAAACTCCCGTCCGAGCTCGTGAGGCACACATTCAAATGAAGGCAGCTGCATTACGTGGC 833
DQ854960CIKABAYAN2 AAAACTCCCGTCCGAGCTCGTGAGGCACACATTCAAATGAAGGCAGCTGCATTACGTGGC 839
CHIVMVCKB AAAACTCCCGTCCGAGCTCGTGAGGCACACATTCAAATGAAGGCAGCTGCATTACGTGGC 839
CHIVMVCHINA AAAACTCCCGTCCGAGCTCGTGAGGCACACATTCAAATGAAGGCAGCTGCATTACGTGGC 839
CHIVMVINDIA AAAACTCCCGTCCGAGCTCGTGAGGCACACATTCAAATGAAGGCAGCTGCATTACGTGGC 839
DQ854948TAIWAN AAAACTCCCGTTCGAGCTCGAGAAGCACACATTCAGATGAAGGCAGCCGCATTACGTGGT 839
CHIVMVNI AAAACTCCCGTTCGAGCTCGAGAAGCACACATTCAGATGAAGGCAGCCGCATTACGTGGT 839
CHIVMVTD AAAACTCCCGTTCGAGCTCGAGAAGCACACATTCAGATGAAGGCAGCCGCATTACGTGGT 839
CHIVMVGB AAAACTCCCGTTCGAGCTCGAGAAGCACACATTCAGATGAAGGCAGCCGCATTACGTGGT 839
CHIVMVVIETNAM AAAACTCCCGTTCGAGCTCGAGAAGCGCACATTCAAATGAAGGCAGCCGCTTTACGTGGT 839
CONSENSUS AAAACTCCCGTCCGAGCTCGTGAGGCACACATTCAAATGAAGGCAGCTGCATTACGTGGC 839
*********** ******** ** ** ******** *********** ** ********
CHIVMVBL GTCAGCAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAAGCACACAGGAAGAGGACACTGAA 893 CHIVMVKR GTCAGCAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAAGCACACAGGAAGAGGACACTGAA 893 DQ854961PATARUMAN GTCAGCAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAAGCACACAGGAAGAGGACACTGAA 893 DQ854960CIKABAYAN2 GTCAGCAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGCACACAGGAAGAGGACACTGAA 899 CHIVMVCKB GTCAGCAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGCACACAGGAAGAGGACACTGAA 899 CHIVMVCHINA GTCAGCAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGCACACAGGAAGAGGATACTGAA 899 CHIVMVINDIA GTCAGCAACAGAATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGCACACAGGAAGAGGACACCGAA 899 DQ854948TAIWAN GTCAACAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGACCACAGGAGGAGGACACCGAA 899 CHIVMVNI GTCAACAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGACCACAGGAGGAGGACACCGAA 899 CHIVMVTD GTCAACAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGACCACAGGAGGAGGACACCGAA 899 CHIVMVGB GTCAACAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGACCACAGGAGGAGGACACCGAA 899 CHIVMVVIETNAM GTCAGCAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGCACACAGGAGGAGGACACCGAA 899 CONSENSUS GTCAGCAACAGGATGTTCGGACTGGACGGTAGGGTAGGCACACAGGAAGAGGACACCGAA 899 **** ****** ************************ * ******* ***** ** ***
CHIVMVBL CGACATACAGCAGAGGATGTAAATAGAAATATGCACAACCTGTTGGGCGTTCGGGGATTG 953 CHIVMVKR CGACATACAGCAGAGGATGTAAATAGAAATATGCACAACCTGTTGGGCGTTCGGGGATTG 953 DQ854961PATARUMAN CGACATACAGCAGAGGATGTAAATAGAAATATGCACAACCTGTTGGGCGTTCGGGGATTG 953 DQ854960CIKABAYAN2 CGACATACAGCAGAGGATGTGAATAGAAATATGCACAACCTGTTGGGCGTTCGGGGATTG 959 CHIVMVCKB CGACATACAGCAGAGGATGTGAATAGAAATATGCACAACCTGTTGGGCGTTCGGGGATTG 959 CHIVMVCHINA CGACATACAGCAGAGGATGTAAATAGAAATATGCACAACCCGTTGGGCGTTCGGGGATTG 959 CHIVMVINDIA CGGCACACAGCAGAGGATGTGAATAGAAACATGCATAACCTGCTGGGCGTTCGAGGATTG 959 DQ854948TAIWAN CGCCACACAGCAGAGGATGTGAACAGAAATATGCACAACTTGCTGGGTGTTCGTGGATTG 959 CHIVMVNI CGCCACACAGCAGAGGATGTGAACAGAAATATGCACAACTTGCTGGGTGTTCGTGGATTG 959 CHIVMVTD CGCCACACAGCAGAGGATGTGAACAGAAATATGCACAACTTGCTGGGTGTTCGTGGATTG 959 CHIVMVGB CGCCACACAGCAGAGGATGTGAACAGAAATATGCACAACTTGCTGGGTGTTCGTGGATTG 959 CHIVMVVIETNAM CGCCACACAGCAGAGGATGTGAACAGAAATATGCACAACTTGCTGGGTGTTCGTGGATTG 959 CONSENSUS CG.CACACAGCAGAGGATGTGAATAGAAATATGCACAACCTGCTGGGCGTTCG.GGATTG 959 ** ** ************** ** ***** ***** *** * **** ***** ******
ABSTRACT
IFA MANZILA Chilli Veinal Mottle Potyvirus (ChiVMV) the causal agent of mottle diseases on Chilli Pepper (Capsicum annuum L.): Isolates diversity and its control strategy through induction of somaclonal variation. Supervised by SRI HENDRASTUTI HIDAYAT, IKA MARISKA, SRIANI SUJIPRIHATI
Chilli veinal mottle potyvirus (ChiVMV) is one of important viruses infecting chilli pepper plant. It was reported that ChiVMV infection may cause 50% to 100% yield losses. The virus has a very wide host range and strain diversity. The aim of this research are to characterize biological variation of ChiVMV and to obtain plant resistance source via somaclonal variation through induced mutation. Six isolates of ChiVMV was collected from different geographical region of chilli pepper production area. Based on their infection on 10 genotypes of chilli pepper, it was indicated that they have differences in virulence level and symptom type. Isolate collected from Cikabayan, Bogor, Jawa Barat (ChiVMV CKB) was able to infect all 10 genotypes with severe symptoms showing mottle, vein banding, leaf cramping and malformation. Analysis of coat protein gene indicated that ChiVMV isolates collected in this study can be differentiated into 3 groups although they have close relationship with other strains of ChiVMV published earlier in GeneBank. However, further analysis of amino acid revealed that ChiVMV CKB has different motif of octapeptide compared to other strains. The most virulent strain, ChiVMV CKB, was used for evaluation of somaclonal plants produced by in vitro propagation combined with induced mutation using EMS. Twenty somaclonal plants showed resistant response to ChiVMV infection and potential to be used as genetic resources to develop resistant plant.
Key words: Capsicum annuum, Chilli veinal mottle potyvirus, Somaclonal variation.
IFA MANZILA. Chilli Veinal Mottle Potyvirus (ChiVMV) Penyebab Penyakit Belang Pada Cabai (Capsicum annum L.): Keragaman Isolat dan Strategi Pengendaliannya Melalui Induksi Variasi Somaklonal. Dibimbing oleh SRI HENDRASTUTI HIDAYAT, IKA MARISKA, SRIANI SUJIPRIHATI.
Chilli veinal mottle potyvirus adalah salah satu virus utama yang menyerang tanaman cabai. Walaupun keberadaannya di Indonesia tergolong baru, namun penyebarannya dapat ditemukan hampir disetiap pertanaman cabai. Infeksi ChiVMV dapat mengakibatkan penurunan hasil 50% hingga 100%. Untuk mengatasi terjadinya ledakan penyakit, menggunakan varietas yang tahan terhadap virus merupakan salah satu alternatif. Namun sampai saat ini belum diperoleh varietas cabai tahan ChiVMV. Bila sumber gen ketahanan terhadap virus masih terbatas, maka salah satu upaya peningkatan sumber gen ketahanan tersebut dapat dilakukan melalui induksi keragaman somaklonal yang dikombinasi dengan induksi mutasi.
Penelitian dilakukan pada Juli 2007 sampai Desember 2009 dengan tujuan : 1) mendapatkan informasi mengenai keragaman isolat ChiVMV yang menginfeksi tanaman cabai (Capsicum annuum) pada sentra produksi cabai di Indonesia berdasarkan variasi biologi dan molekuler, 2) mendapatkan informasi tingkat virulensi ChiVMV dan respon beberapa galur cabai terhadap infeksi ChiVMV, 3) mendapatkan varian somaklonal tanaman cabai melalui induksi dengan ethyl methane sulfonate (EMS), 4) mendapatkan tanaman varian somaklonal tanaman cabai yang tahan terhadap ChiVMV. Penelitian di lakukan di laboratorium Biologi Sel dan Jaringan Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian, Cimanggu Bogor dan Laboratorium Virologi Tumbuhan serta rumah kaca Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat ChiVMV yang diperoleh dari beberapa daerah di Indonesia memiliki tingkat virulensi dan menimbulkan gejala yang berbeda. Isolat Cikabayan dan Nusa Indah mampu menginfeksi semua genotipe cabai uji dengan masa inkubasi tercepat 3 hari pada genotipe Jatilaba, Titsuper dan Beauty Bell; sementara isolat Karadenan dan Tanah Datar hanya mampu menginfeksi berturut-turut 4 dan 5 genotipe cabai uji. Walaupun ada perbedaan kisaran inang, tetapi variasi gejala yang muncul diantara keempat isolat didominasi gejala belang hijau gelap, penebalan tulang daun, daun berkerut, dan malformasi. Enam isolat ChiVMV (Belung, Karadenan, Cikabayan, Nusa Indah, Tanah Datar dan Gayo Barat) yang menimbulkan gejala berbeda selanjutnya dipilih untuk mempelajari variasi molekuler yang ada berdasarkan gen selubung protein (CP). Hasil perunutan nukleotida CP-ChiVMV menunjukkan bahwa isolat-isolat tersebut mempunyai tingkat kesamaan sekuen CP-ChiVMV berkisar antara 87% sampai 99% dengan ChiVMV lainnya (GeneBank) dengan variabilitas diantara strain-strain ChiVMV berkisar antara 0,02% sampai 0,48%. Hal ini menunjukkan bahwa isolat-isolat tersebut merupakan strain virus yang sama. Analisis kekerabatan berdasarkan gen CP menunjukkan bahwa ChiVMV dapat dibedakan menjadi tiga kelompok. Kelompok yang pertama terdiri dari ChiVMV Karadenan (KR), ChiVMV Belung (BL) dan ChiVMV Pataruman (GeneBank
DQ854961). Kelompok kedua adalah ChiVMV Cikabayan (CKB), dan Cikabayan2 (GeneBank DQ854960), sedangkan kelompok ketiga adalah ChiVMV Tanah Datar (TD), ChiVMV Nusa Indah (NI), ChiVMV Gayo Barat (GB), dan ChiVMV Taiwan (GeneBank DQ854948). Ketiga kelompok tersebut memiliki jarak genetik terdekat berturut-turut yaitu (0,05 sampai 0,06), (0,05) dan (0,02 sampai 0,48). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa perbedaan gejala yang tidak terlalu nyata diantara isolat-isolat ChiVMV berhubungan dengan tingkat variabilitas gen selubung protein yang rendah. Berdasarkan analisis asam amino isolat ChiVMV CKB memiliki susunan asam amino yang sangat berbeda dengan isolat ChiVMV lainnya. Asam amino pada isolat ChiVMV CKB, motif octapeptide-nya telah termutasi secara total menjadi motif EMETEVPQ; sedangkan pada CP ChiVMV BL dan KR hanya termutasi menjadi TQEEDTER. Apakah mutasi motif octapeptide pada CP ChiVMV CKB menyebabkan isolat ChiVMV CKB menjadi virulen, masih perlu dikaji secara mendalam.
Pemanfaatan teknik kultur in vitro yang dikombinasikan dengan induksi mutagen EMS adalah upaya untuk meningkatkan keragaman genetik tanaman dan memperoleh tanaman yang tahan terhadap ChiVMV. Upaya tersebut dilakukan karena relatif lebih aman dan murah. Hasil perlakuan EMS menunjukkan bahwa persentase kematian eksplan akan meningkat dengan semakin tingginya konsentrasi EMS dan semakin panjangnya waktu perendaman eksplan. Perlakuan EMS terhadap lima genotipe uji yaitu Jatilaba, ICPN12 no.4, PBC495, Helem dan Gelora, memperlihatkan respon yang berbeda terhadap persentase kematian jaringan. Pada perendaman 15, 30, dan 60 menit dengan konsentrasi EMS 0,25% jaringan yang mati berturut-turut berkisar antara 10% sampai 36%, 10% sampai 46%, dan 30% sampai 80%; pada konsentrasi EMS 0.5% berturut turut adalah 30% sampai 80%, 30% sampai 97% dan 49% sampai 96%; sedangkan pada konsentrasi EMS 1% dengan masa perendaman yang sama seperti di atas kematian jaringan berkisar antara 58% sampai 100%. Berdasarkan persentase jaringan tanaman yang hidup, nilai LC50 diperoleh pada konsentrasi EMS 0,5% dengan waktu perendaman 60 menit. Pada perlakuan tersebut, genotipe PBC495 dan Gelora masih memiliki kemampuan bertahan hidup sampai 40%. Eksplan tunas terminal yang diberi perlakuan EMS 0,5% selama 60 menit memperlihatkan respon yang berbeda terhadap inisiasi tunas. Waktu inisiasi tunas untuk genotipe PBC495 dan Gelora cenderung lebih cepat dengan perlakuan EMS, tetapi respon berbeda terjadi pada Jatilaba. Secara umum tidak ada perbedaan untuk rata-rata tinggi tunas antara genotipe yang diberi perlakuan EMS dengan perlakuan tanpa EMS. Rata-rata jumlah tunas cenderung lebih tinggi untuk genotipe PBC495 dan Gelora yang diberi perlakuan EMS 0,5% dengan waktu perendaman 60 menit. Pada eksplan genotipe Jatilaba, PBC 495 dan Gelora inisiasi tunas terjadi berturut-turut 10, 7 dan 6 minggu setelah tanam. Tunas yang terbentuk berdasarkan jumlah, tinggi, serta kualitas tunas yang rendah berhubungan dengan lamanya waktu yang diperlukan pada saat inisiasi tunas terjadi. Pada konsentrasi EMS 0,5% dan masa perendaman 60 menit jumlah tunas yang dihasilkan dari masing-masing eksplan Jatilaba, PBC495 dan Gelora berturut-turut 2,56±1,47; 4,93±2,62; 6,44±0,95. Hasil tersebut mengindikasikan bahwa pengaruh pemberian 0,5% EMS dengan masa perendaman 60 menit bersifat acak. Perlakuan dapat bersifat positif, yaitu waktu inisiasi tunas lebih cepat dan jumlah tunas yang dihasilkan lebih banyak dibandingkan kontrol. Perlakuan dapat pula bersifat
pada saat perlakuan induksi akar.
Tanaman yang berhasil diaklimatisasi dan dapat bertahan hidup adalah tanaman mutan somaklon dari genotipe Gelora. Tanaman mutan somaklon tersebut mampu menghasilkan buah dan benih cabai. Penampilan tanaman mutan somaklon tidak jauh berbeda dengan tanaman normal. Walaupun demikian kedua tanaman mutan somaklon cenderung memiliki tinggi tanaman dan tinggi cabang yang lebih rendah dibandingkan tanaman normal.
Evaluasi ketahanan untuk tanaman mutan somaklon dilakukan berturut-turut terhadap 245 dan 243 benih mutan somaklonl 1 (M1.1) dan mutan somaklon 2 (M1.2) yang dipilih secara acak. Setelah inokulasi ChiVMV, jumlah tanaman