Keragaman Genetika Bakteri Tanah dari Rizosfer Kapas Transgenik dan Nontransgenik di Soppeng, Sulawesi Selatan

(1)

Mikrobiologi Indonesia, September 2002, 39-43

Keragaman Genetika Bakteri

dari Rizosfer Kapas

Transgenik dan Nontransgenik di Soppeng, Sulawesi Selatan

Soil Bacterial Genetic Diversity from

of Transgenic and

Non transgenic Cotton Plantation in Soppeng, South Sula wesi

MUHAMMAD WSUF', YUSMINAH HALA2

'Seameo-Biotrop, Tajur, 16001

Biologi, FMIPA, Universitas Makassar, Makassar 90224

Biologi, FMIPA, 16144

Techniques based on amplification o f genes for comparing bacterial communities are now widely used i n microbial ecology. I n this study, we compared bacterial genetic diversity o f transgenic and nontransgenic cotton plantation soil samples to examine the effect of transgenic cotton on soil bacterial The 6 3 f and specific for bacteria were used to amplify D N A extracted from two soil samples. T h e P C R products were cloned into

Easy and transformed into Escherichia Total transformants o f transgenic and nontransgenic obtained from cotton plantation soil samples were 138 and 123 respectively. Twenty containing

genes were selected from each library to reveal their amplified ribosomal D N A restriction analysis (ARDRA) patterns employing restriction enzymes and The results indicated that there were and 14 different A R D R A profiles derived from transgenic and nontransgenic cotton plantation, respectively.

Key words: bacterial diversity, ARDRA, transgenic and nontransgenic cotton

Pada umumnya untuk bentuk morfologi, struktur sel, dan sifat biokimia bakteri yang berasal dari lingkungan dilakukan dengan cara isolasi dan karakterisasi melalui (Reeve 1994). yang dihadapi ialah tidak semua jenis mikrob dapat dikulturkan. Hanya 1% mikrob dari sampel diperkirakan dapat dikulturkan (Suwanto 1994). Kegagalan teknik kultivasi, terutama disebabkan karena kebutuhan nutrisi dan kondisi bakteri

dan intrinsik dari

(Felske et 1998). jenis yang dapat dikulturkan juga merupakan komponen dari komunitas mikrob secara Oleh karena itu, teknik kultivasi tidak dapat dijadikan standar untuk mempelajari

keragaman et al. 1996).

Aplikasi teknik molekuler untuk menganalisis keragaman rnikrob, seperti gen dengan polymerase chain reaction (PCR) keragaman genetika mikrob, baik yang dapat dikulturkan tidak. Gen

merupakan pilihan karena gen ini terdapat pada semua prokariota dan memiliki bagian atau sekuen konservatif dan sekuen yang bervariasi et al. 1997).

* _{untuk korespondensi, Tel.} Fax. 15107, E-mail:

keragaman genetika yang cepat, sederhana, dan dapat dilakukan dengan teknik amplified ribosomal

DNA restriction analysis (ARDRA) atau restriction fragment length polymorphism (RFLP). ARDRA dapat digunakan

populasi bakteri dan perkiraan perubahan genetika dalam waktu tertentu di antara dua lokasi dengan kondisi lingkungan yang berbeda (Deya et al. 1995). ini

dilakukan dengan gen dengan

menggunakan primer yang disesuaikan dengan sampel DNA yang akan diamplifikasi (Borneman et al. 1996). Marchesi et al. (1 998) mendesain primer 63f 13 87r untuk

gen yang untuk menduga keragaman

bakteri yang berasal dari lingkungan.

Hasil kemudian dipotong dengan

enzim restriksi. Pola pemotongan dengan enzim restriksi

dapat digunakan untuk bakteri yang

ada. ini didasarkan pada prinsip pemotongan enzim yang pada bagian tertentu dari gen

dapat pola yang

berbeda untuk setiap jenis prokariota (Deya et al. 1995). Dari penelitian Moyer et al. (1996) yang menggunakan 10 enzim restriksi tetramerik pada RFLP gen bakteri, diperoleh tiga enzim yang paling untuk

(2)

(3)

(4)

(5)

(6)

Jurnal Mikrobiologi Indonesia, September 2002, hlm. 39-43 Vol. 7, No. 2 ISSN 0853-358X