• Tidak ada hasil yang ditemukan

Penapisan Bakteri Probiotik asal Terumbu Karang untuk Pengendalian Vibriosis pada Larva Udang Windu (Penaeus monodon)

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2017

Membagikan "Penapisan Bakteri Probiotik asal Terumbu Karang untuk Pengendalian Vibriosis pada Larva Udang Windu (Penaeus monodon)"

Copied!
98
0
0

Teks penuh

(1)

TERUMBU KARANG UNTUK PENGENDALIAN

VIBRIOSIS PADA LARVA UDANG WINDU

(Penaeus monodon)

ADE DWI SASANTI

SEKOLAH PASCASARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(2)

i

PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN

SUMBER INFORMASI

Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis Penapisan Bakteri Probiotik Asal Terumbu Karang Untuk Pengendalian Vibriosis Pada Larva Udang Windu (Penaeus monodon) adalah benar hasil karya saya sendiri dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada Perguruan Tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.

Bogor, Januari 2008

(3)

ii

Pengendalian Vibriosis pada Larva Udang Windu (Penaeus monodon). Dibimbing oleh WIDANARNI dan SUKENDA.

Vibrio patogen, khususnya Vibrio harveyi berpendar, dapat menyebabkan kematian massal pada budidaya udang windu. Salah satu alternatif untuk menghambat Vibrio harveyi berpendar adalah dengan menggunakan bakteri probiotik yang dapat menekan pertumbuhan Vibrio tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan isolat bakteri dari terumbu karang yang potensial menghambat pertumbuhan V. harveyi. Total 110 isolat diisolasi dari Acropora sp, Merulina sp., Hystrix sp., Poecillophora sp., Porites sp. dan Haliophora sp., dan dilakukan penapisan untuk melihat aktivitas kemampuannya melawan V. harveyi MR 5339 RfR dalam uji in vitro dan uji in vivo. Dua isolat (13G1, 13B) diisolasi dari Poecillophora sp. dan dua isolat lainnya (8A, 1C) diisolasi dari Acropora sp., memiliki aktivitas probiotik melawan V. harveyi MR 5339 RfR pada uji in vitro dan in vivo. Isolat 13G1 merupakan isolat yang paling efektif menghambat pertumbuhan V. harveyi MR 5339 RfR dan secara signifikan mengurangi kematian larva pada uji in vivo. Sekuensing sebagian gen 16S-rRNA isolat 13G1 menunjukkan bahwa 13G1 memiliki kemiripan dengan V. alginolyticus.

(4)

iii ABSTRACT

ADE DWI SASANTI. Screening of Probiotic Bacteria from Coral Reef for Controlling Vibriosis in Tiger Shrimp Penaeus monodon. Under the direction of WIDANARNI and SUKENDA.

Pathogenic species of Vibrio genus, especially luminous Vibrio harveyi, could cause mass mortality in tiger shrimp culture. One of the technique to work against luminous Vibrioharveyi is, using probiotic bacteria to inhibit the luminous Vibrio growth. This study was carried out to obtain bacteria isolates from coral reef which potentially inhibit V. harveyi MR 5339 RfR growth. A total of 110 isolates were isolated from Acropora sp., Merulina sp., Hystrix sp., Poecillophora sp., Porites sp. and Haliophora sp., and were screened for their antagonistic activity against V. harveyi MR 5339 RfRin in vitro and in vivo test. Two isolates (13G1, 13B) isolated from Poecillophora sp. and two other isolates (8A, 1C) isolated from Acropora sp., have probiotic activity against V. harveyi MR 5339 RfR in in vitro and in vivo test. 13G1 isolate was the most effective isolate in inhibiting growth of V. harveyi MR 5339 RfR and significantly reduced larval mortality in in vivo test. Partial sequencing of 16S-rRNA gen of 13G1 isolate showed that 13G1 similarity to V. alginolyticus.

(5)

iv

VIBRIOSIS PADA LARVA UDANG WINDU

(

Penaeus monodon

)

ADE DWI SASANTI

Tesis

sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Magister Sains pada

Program Studi Ilmu Perairan

SEKOLAH PASCA SARJANA

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

(6)

v

Judul Tesis : Penapisan Bakteri Probiotik asal Terumbu Karang untuk Pengendalian Vibriosis pada Larva Udang Windu (Penaeus monodon)

Nama : Ade Dwi Sasanti NIM : C151050041

Disetujui

Komisi Pembimbing

Dr. Widanarni Dr. Sukenda Ketua Anggota

Diketahui

Ketua Program Studi Dekan Sekolah Pascasarjana Ilmu Perairan

Prof. Dr. Enang Harris,M.S. Prof. Dr. Ir. Khairil Anwar Notodiputro, M.S.

(7)

vi

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Alloh SWT atas segala

karuniaNya sehingga karya ilmiah ini dapat diselesaikan. Tema yang dipilih

dalam penelitian yang dilaksanakan sejak Agustus 2006 ini adalah probiotik

dengan judul Penapisan Bakteri Probiotik asal Terumbu Karang untuk

Pengendalian Vibriosis pada Larva Udang Windu (Penaeus monodon).

Sebagian dari penelitian ini didanai melalui Proyek Hibah Bersaing Tahun

2007 atas nama Dr. Widanarni dengan judul Bakteri Probiotik dalam Budidaya

Udang : Seleksi, Mekanisme Aksi, Karakterisasi dan Aplikasinya sebagai Agen

Biokontrol.

Ucapan terima kasih yang sebesar-besarnya penulis sampaikan kepada Ibu

Dr. Widanarni dan Bapak Dr. Sukenda selaku pembimbing, Bapak Dr. Chairul

Muluk dan Bapak Dr. Murjani yang telah banyak memberikan masukan dan

referensi, Staff di Laboratorium Kesehatan Ikan, Laboratorium Genetika dan

Pengembangbiakan Ikan serta Laboratorium Lingkungan yang telah membantu

selama proses penelitian. Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada suami,

ananda Adzkia, ayah, ibu dan seluruh keluarga atas doa, dukungan dan kasih

sayangnya serta rekan-rekan mahasiswa AIR 2005 dan adik-adik mahasiswa BDP

39, 40 atas kerja samanya.

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, Januari 2008

(8)

vii

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Serang pada tanggal 30 Desember 1976, merupakan

anak ke dua dari ayah H. Abu Sairi, dan ibu Enung Hayati. Penulis merupakan

putri kedua dari dua bersaudara.

Tahun 1995 penulis lulus dari SMA Negeri 1 Serang dan pada tahun yang

sama lulus seleksi masuk IPB melalui jalur Undangan Seleksi Masuk IPB. Penulis

memilih Program Studi Budidaya Perairan, Jurusan Budidaya Perairan, Fakultas

Perikanan dan Ilmu Kelautan. Tahun 2000 penulis berhasil menyelesaikan studi

S-1 dan mendapatlan gelar Sarjana Perikanan (S.Pi). Mulai tahun 2001 hingga

kini penulis bekerja sebagai staf dosen di Program Studi Budidaya Perairan,

Fakultas Pertanian, Universitas Sriwijaya. Kesempatan untuk melanjutkan studi

ke Program Magister diperoleh pada tahun 2005 dengan beasiswa dari Dirjen

(9)

viii

Manfaat Penelitian ... 2

TINJAUAN PUSTAKA ... 3

Vibrio harveyi dan Vibriosis pada Udang ... 3

Udang Windu Penaeus monodon ... 4

Probiotik Akuakultur ... 5

Mekanisme Kerja dan Seleksi Bakteri Probiotik ... 5

Resistensi Antibiotik ... 9

Identifikasi Bakteri dengan Teknik Molekuler ... 9

Terumbu Karang ... 10

BAHAN DAN METODE ... 12

Waktu dan Tempat ... 12

Media, Antibiotik dan Bahan Kimia ... 12

Isolasi Bakteri Probiotik dari Terumbu Karang ... 12

Uji in vitro Bakteri Kandidat Probiotik ... 13

Uji Patogenisitas Bakteri Kandidat Probiotik ... 13

Pembuatan Mutan Bakteri Kandidat Probiotik ... 14

Uji in vivo Bakteri Kandidat Probiotik ... 14

Identifikasi Bakteri Probiotik Terpilih ... 15

Rancangan Penelitian dan Teknik Analisa ... 17

Parameter yang Diamati ... 17

HASIL DAN PEMBAHASAN ... 19

Isolasi Bakteri Kandidat Probiotik ... 19

Uji in vitro Bakteri Kandidat Probiotik ... 20

Uji Patogenisitas Bakteri Kandidat Probiotik ... 26

Ciri Fisik Isolat Terpilih ... 27

Mutan Resisten Rifampisin ... 28

Uji in vivo Bakteri Kandidat Probiotik ... 29

Identifikasi Bakteri Terpilih ... 46

KESIMPULAN DAN SARAN ... 47

Kesimpulan ... 47

Saran ... 47

DAFTAR PUSTAKA ... 48

(10)

ix

DAFTAR TABEL

No. Teks Halaman

(11)

x

1. Diagram seleksi bakteri probiotik untuk pemeliharaan larva hewan akuatik (Gomez-Gill dan Roque, 1998) ... 8

2. Terumbu karang yang diisolasi bakterinya ... 19

3. Penampilan V. harveyi MR5339 RfR pada media TCBS-agar (A) dan SWC-agar (B) ……… 20

4. Penampilan V. harveyi MR5339 RfR pada media TCBS-agar yang diamati pada kondisi terang (A) dan gelap (B) ... 20

5. Zona hambat yang dihasilkan bakteri kandidat probiotik terhadap V. harveyi MR5339 RfR ... 21

6. Penghambatan V. harveyi MR5339 RfR oleh bakteri kandidat probiotik pada media SWC-agar + rifampisin 50 µg/ml ... 24

7. Penghambatan V. harveyi MR5339 RfR oleh bakteri kandidat probiotik pada uji in vitro metode kultur bersama ... 25

8. Kelangsungan hidup larva udang windu pada uji patogenisitas ... 26

9. Penampilan isolat 13G1 pada media SWC-agar (A) dan TCBS-agar (B) ... 27

10. Penampilan isolat 13B pada media SWC-agar (A) dan TCBS-agar (B)... 27

11. Penampilan isolat 8A pada media SWC-agar (A) dan TCBS-agar (B).. 28

12. Penampilan isolat 1C pada media SWC-agar (A) dan TCBS-agar (B).. 28

13. Perbandingan pertumbuhan bakteri kandidat probiotik resisten rifampisin dengan tipe liarnya ... 29

14. Kelangsungan hidup larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar pada uji in vivo ... 31

15. Kelangsungan hidup larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan pada uji in vivo ... 31

(12)

xi

17. Populasi total bakteri, jumlah bakteri probiotik dan V. harveyi MR5339 RfR pada air media pemeliharaan larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan ... 34

18. Populasi total bakteri, jumlah sel Vibrio sp dan V. harveyi MR5339 RfR pada larva hidup yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar...

36

19. Populasi total bakteri, jumlah bakteri probiotik dan V. harveyi MR5339 RfR pada larva hidup yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan ...

38

20. Populasi total bakteri, jumlah sel Vibrio sp dan V. harveyi MR5339 RfR pada larva mati yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar...

40

21. Populasi total bakteri, jumlah bakteri probiotik dan V. harveyi MR5339 RfR pada larva mati yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan ...

41

22. Pertumbuhan panjang larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar ... 44

23. Pertumbuhan panjang larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan ... 44

24. Pertumbuhan bobot larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar ... 45

25. Pertumbuhan bobot larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan... 45

26. DNA hasil PCR yang akan dipotong (A) dan (B) agarose gel yang sudah dipotong ... 55

(13)

xii

(Thiosulphate Citrate Bile sucrose)-agar ... 54

2. Proses gene clean ... 55

3. Asal dan kode isolat bakteri kandidat probiotik yang digunakan dalam penelitian ini ... 56

4. Kelangsungan hidup larva udang windu pada uji patogenisitas... 57

5. Kelangsungan hidup larva udang windu pada uji in vivo bakteri kandidat probiotik tipe liar ... 58

6. Kelangsungan hidup larva udang windu pada uji in vivo bakteri kandidat probiotik tipe mutan ... 59

7. Populasi V. harveyi MR5339 RfR dan bakteri kandidat probiotik pada air media pemeliharaan ... 60

8. Populasi V. harveyi MR5339 RfR dan bakteri kandidat probiotik pada larva hidup ... 61

9. Populasi V. harveyi MR5339 RfR dan bakteri kandidat probiotik pada larva mati ... 62

10. Populasi total bakteri pada air media pemeliharaan ... 63

11. Populasi total bakteri pada larva hidup ... 64

12. Populasi total bakteri pada larva mati ... 65

13. Pertumbuhan panjang larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar ... 66 14. Pertumbuhan panjang larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan ... 67 15. Pertumbuhan bobot larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar ... 68 16. Pertumbuhan bobot larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan ... 69 17. Hasil elektropherogram 63f dari gen 16S-rRNA isolat 13G1 ... 70

(14)
(15)

Latar Belakang

Vibriosis merupakan salah satu penyakit pada udang yang dapat

menyebabkan kematian massal (Karunasagar et al. 1994; Lightner 1996).

Vibriosis dapat menyerang udang pada berbagai stadia mulai dari nauplius, zoea,

mysis dan post larva di hatchery hingga udang dewasa di tambak pembesaran

(Goarant et al. 1998; Saulnier et al. 2000). Penyakit ini disebabkan oleh infeksi

bakteri Vibrio berpendar (luminescent Vibrio), yang diidentifikasi sebagai Vibrio

harveyi patogen (Abraham & Palaniappan, 2004).

V. harveyi dapat diisolasi dari udang sakit maupun sehat (Lavilla-Pitogo et

al. 1990; Vandenberghe et al. 2003), air laut sekitar lokasi budidaya udang

(Abraham & Palaniappan, 2004) dan sedimen (Vandenberghe et al. 2003).

Berdasarkan hal tersebut V. harveyi merupakan bakteri yang dapat hidup bebas

atau berasosiasi dengan organisme laut seperti ikan dan udang. Namun dalam

kondisi tertentu yaitu bila populasinya > 104 CFU/ml dapat bersifat patogen bagi

udang (Saulnier et al. 2000) sehingga menyebabkan vibriosis.

Salah satu alternatif pencegahan vibriosis adalah dengan menghambat

pertumbuhan V. harveyi patogen di tubuh udang. Gullian et al. (2004) menyatakan

bahwa populasi V. harveyi di udang dapat ditekan dengan cara mengintroduksikan

bakteri tertentu yang diisolasi dari hepatopankreas udang sehat. Populasi V.

harveyi patogen digantikan oleh populasi bakteri lain yang menguntungkan bagi

udang (Moriarty 1999). Dalam hal ini bakteri probiotik dapat mensubstitusi

keberadaan bakteri patogen melalui competitive exclusion (Fuller 1992;

Verschuere et al. 2000) atau dengan memproduksi senyawa antimikrob yang

dapat menghambat pertumbuhan bakteri lain (Vijayan et al. 2006; Lategan et al.

2006).

Bakteri yang digunakan sebagai probiotik dapat diisolasi dari air laut

(Chytanya et al. 2002), sedimen laut (Muliani 2002) atau invertebrata laut seperti

sponge (Suryati et al. 2004). Sumberdaya laut lainnya yang diduga menyimpan

potensi sebagai sumber bakteri probiotik adalah terumbu karang. Terumbu karang

(16)

2

tinggi dibandingkan air laut maupun sedimen laut (Rheinheimer 1991). Terumbu

karang juga merupakan habitat asli bagi beberapa jenis udang (Dahuri, 2003).

Dengan mengisolasi bakteri asal terumbu karang diharapkan dapat ditemukan

bakteri yang mampu menghambat kolonisasi dan pertumbuhan V. harveyi patogen

pada larva udang windu.

Tujuan

Penelitian ini bertujuan untuk :

1. Mendapatkan bakteri asal terumbu karang yang potensial menghambat

pertumbuhan V. harveyi patogen.

2. Mempelajari efektifitas isolat potensial asal terumbu karang dalam

menghambat pertumbuhan V. harveyi patogen pada larva udang windu.

Manfaat Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai potensi

isolat asal terumbu karang dalam menghambat pertumbuhan V. harveyi patogen

(17)

Vibrio harveyi dan Vibriosis pada Udang

V. harveyi adalah bakteri gram negatif, berluminesen, dapat hidup bebas

atau berasosiasi dengan organisme laut seperti ikan dan udang (Aguirre-Guzman

et al. 2001). V. harveyi pada umumnya bersifat patogen oportunistik pada infeksi

sekunder atau dapat juga bersifat patogen sejati penyebab penyakit (Goarant et al.

1998; Saulnier et al. 2000). Pada sistem budidaya udang, V. harveyi sering

ditemukan di hatchery (Sung et al. 1999) dan dapat diisolasi dari air laut yang

masuk (Vandenberghe et al. 2003), induk, larva dan air tanki pembesaran larva

(Sung et al. 2001). V. harveyi juga dapat diisolasi dari tambak pembesaran udang

(Karunasagar et al. 1994; Alapide-Tendencia & Dureza, 1997). Karunasagar et al.

(1996) menyatakan bahwa, V. harveyi dapat bertahan di lingkungan hatchery

dengan membentuk semacam lapisan biofilm pada berbagai permukaan.

Larva udang yang terserang V. harveyi pada kondisi gelap tampak

berpendar, sedangkan udang yang dipelihara di tambak seperti ada cahaya jika

tambak ditiup angin. Udang yang terserang V. harveyi sering ditemukan berenang

di tepi pematang, dengan tanda-tanda kulit badan rusak dan berwarna gelap atau

merah, bagian ekor dan kaki renangnya berwarna merah, insang berwarna coklat,

otot atau dagingnya berwarna suram dan ususnya kosong, gerakannya lemah dan

menyentak-nyentak (Rukyani 1993; Jiravanichpaisal et al. 1994).

V. harveyi dapat menyebabkan vibriosis dikarenakan sifat

patogenisitasnya. Sifat patogenisitas ini berkaitan erat dengan fenomena

kemampuan berluminesensi yang dikontrol oleh suatu sistem quorum sensing.

Apabila quorum tercapai, maka V. harveyi dapat mengeluarkan faktor-faktor

virulensinya (Karunasagar et al. 1994). V. harveyi mengeluarkan suatu senyawa

ke dalam medium selama masa pertumbuhan, senyawa ini berfungsi sebagai

autoinduser yang akan menginduksi terjadinya luminescens (Manefield et al.

2000).

Berdasarkan Pizutto & Hirst (1995), beberapa strain V. harveyi mampu

menghasilkan protein ekstraseluler yang dikenal sebagai toksin T1 dengan berat

(18)

4

menyatakan bahwa beberapa strain V. harveyi menghasilkan semacam protein

yang bersifat toksin yang dapat menyebabkan kematian pada tikus dan P.

monodon pada dosis 3.1 dan 2.2 µg/g bobot tubuh.

Ciri-ciri morfologi dan fisiologi V. harveyi pada medium Nutrien Agar

dengan NaCl 1,5% dan Seawater complete-agar (SWC-agar) adalah : bentuk

koloni bulat dengan elevasi cembung, berwarna krem, berdiameter 2-3 mm

setelah inkubasi 24 jam pada suhu 280C. Pada medium selektif untuk genus

Vibrio, yaitu TCBS-agar (Tiosulfate Citrate Bile Sucrose), koloni V. harveyi

berwarna hijau dan berpendar bila diamati di ruang gelap. Demikian pula halnya

koloni V. harveyi yang ditumbuhkan di medium Nutrien Agar dengan NaCl 1,5%

dan SWC-agar akan berpendar jika diamati di ruang gelap (Lavilla-Pitogo et al.

1990). V. harveyi berupa sel tunggal berbentuk batang pendek, motil, oksidase

positif, tidak membentuk gas dari fermentasi terhadap D-glukosa, tidak

memproduksi H2S dan memiliki flagela pada salah satu kutub selnya (Baumann et

al. 1994).

Udang Windu Penaeus monodon

Morfologi udang windu dicirikan oleh warna karapas dan bagian tubuh

bergaris-garis tebal melintang berwarna coklat keabuan, kaki jalan (periopod) dan

kaki renang (pleiopod) berwarna coklat dan setae berwarna merah di bagian

pinggirnya. Tubuh udang terdiri dari cephalothorax (bagian kepala dan dada) dan

bagian abdomen (perut). Bagian cephalothorax diselaputi oleh kulit kitin yang

tebal atau karapas. Cephalothorax dan abdomen terdiri dari segmen-segmen atau

ruas-ruas yang umumnya berjumlah 20 buah (Martosoedarmo dan Ranoemihardjo

1980).

Selama masa stadia larva, udang windu mengalami beberapa kali

perubahan bentuk atau pergantian stadia. Dimulai dengan menetasnya telur

menjadi larva dan melalui stadia nauplius yang mempunyai 6 substadia, zoea dan

mysis masing-masing 3 substadia. Telur menetas setelah 10-12 jam, nauplius (2

hari), zoea (3-5 hari). Stadia mysis akan berkembang menjadi postlarva dan

seterusnya menjadi juvenil dan akhirnya tumbuh menjadi dewasa (Martosoedarmo

(19)

Probiotik Akuakultur

Berdasarkan Fuller (1992) probiotik adalah mikrob hidup yang

ditambahkan ke dalam pakan yang dapat memberikan pengaruh menguntungkan

bagi hewan inang dengan memperbaiki keseimbangan mikrob ususnya. Tetapi

bagi hewan-hewan akuatik selain saluran pencernaan, air di sekelilingnya juga

memegang peranan penting. Dengan demikian probiotik untuk hewan akuatik

adalah agen mikrob hidup yang memberikan pengaruh menguntungkan pada

inang dengan memodifikasi komunitas mikrob atau berasosiasi dengan inang,

menjamin perbaikan dalam penggunaan pakan atau memperbaiki nutrisinya,

memperbaiki respon inang terhadap penyakit atau memperbaiki kualitas

lingkungannya (Verschuere et al. 2000).

Penggunaan bakteri probiotik sebagai biokontrol terhadap V. harveyi telah

banyak dilakukan (Chythanya et al. 2002; Gullian et al. 2004; Vijayan et al.

2006). Bakteri yang digunakan sebagai biokontrol dapat diisolasi dari perairan

laut di sekitar tambak atau pembenihan udang (Haryanti et al. 2000; Chytanya et

al. 2002), lumpur dan air tambak (Rengpipat et al. 1998), air pemeliharaan larva

(Rosa et al. 1997; Li et al. 2006) dan dari larva udang sehat (Rengpipat et al.

2000; Widanarni et al. 2003). Menurut Verschuere et al. (2000) probiotik dapat

diaplikasikan di lapangan dengan cara : (1) ditambahkan pada pakan buatan; (2)

ditambahkan pada media kultur; (3) perendaman; (4) diberikan melalui pakan

hidup.

Mekanisme Kerja dan Seleksi Bakteri Probiotik

Berdasarkan Verschuere et al. (2000) mekanisme kerja probiotik dapat

dibagi menjadi beberapa cara yaitu : (1) produksi senyawa inhibitor seperti

siderophores, lysozymes, protease, antibiotik; (2) kompetisi terhadap senyawa

kimia atau sumber energi seperti besi atau nutrien yang diambil dari inang; (3)

kompetisi terhadap tempat pelekatan; (4) peningkatan respon imun (kekebalan);

(5) perbaikan kualitas air dan (6) interaksi dengan fitoplankton.

Vine et al. (2004) menyatakan bahwa probiotik yang bekerja di dalam

mukosa usus inang harus mampu bertahan hidup dan berkembangbiak dengan

cepat. Dengan demikian probiotik tersebut tidak terbawa keluar bersama sisa

(20)

6

menghambat pertumbuhan bakteri patogen, tetapi bila tidak dapat bertahan hidup

dalam mukosa usus kemungkinan besar probiotik yang menghambat pertumbuhan

patogen tidak ditemukan pada uji in vivo.

Chytanya et al. (2002) menunjukkan, Pseudomonas I-2 menghasilkan

senyawa penghambat berberat molekul rendah, stabil terhadap panas, terlarut

dalam klorofom dan resisten enzim proteolitik. Senyawa ini berhasil menghambat

pertumbuhan Vibrio patogen. Vine et al. (2004) melaporkan lima kandidat

probiotik (AP1 – AP5) yang diisolasi dari ikan badut Amphiprion percula

(Lacepede) berhasil melekat dan berkolonisasi pada mukus ikan. Sehingga dapat

mengurangi populasi bakteri patogen Aeromonas hydrophila dan Vibrio

alginolyticus. Gullian et al. (2004) berhasil mengisolasi tiga isolat potensial

probiotik (Vibrio P62, Vibrio P63 dan Bacillus P64) asal udang sehat yang

mampu berkolonisasi hingga 83% pada hepatopankreas udang uji.

Gullian et al. (2004), juga menyatakan bahwa bakteri probiotik yang

diisolasi dari hepatopankreas udang sehat mampu meningkatkan respon

immunitas udang. Hal yang sama juga dilaporkan oleh Rengpipat et al. (1998)

mengenai penggunaan Bacillus S11 pada udang windu (Penaeus monodon).

Udang yang mendapat perlakuan Bacilus S11 tingkat kelangsungan hidupnya

mencapai 100% saat diinfeksi denganVibrio harveyi sedangkan kontrol hanya 26

%. Hasil serupa juga ditunjukkan oleh Vaseeharan & Ramasamy (2003) yang

menyatakan bahwa larva udang windu yang diberi Bacilus subtilis BT23 tingkat

kelangsungan hidupnya mencapai 100% saat diinfeksi dengan V. harveyi

dibandingkan dengan kontrol positif yang hanya 50% tingkat kelangsungan

hidupnya. Bakteri probiotik juga dapat memperbaiki kualitas air. Berdasarkan Li

et al. (2006), bakteri Arthrobacter XE-7 memiliki efek antagonis terhadap V.

parahaemolyticus, V. anguillarum dan V. nereis. Arthrobacter XE-7 juga mampu

mengoksidasi ammonia menjadi nitrit.

Tahapan seleksi bakteri probiotik untuk kegiatan pemeliharaan larva

hewan akuatik mencakup beberapa tahap berikut : (1) pengumpulan informasi

dasar yang didapat dari studi pustaka maupun di lapangan; (2) pengumpulan

probiotik potensial meliputi kelangsungan hidup bakteri probiotik dan

(21)

potensial berkompetisi dengan galur patogen meliputi kemampuan hidup

probiotik pada inang atau lingkungannya, kemampuan melekat pada permukaan

tubuh inang, kemampuan membentuk koloni dan mencegah perkembangan bakteri

patogen baik dengan memproduksi senyawa inhibitor maupun berkompetisi

tempat perlekatan dan nutrien; (4) pendugaan patogenisitas probiotik potensial

yang meliputi probiotik tidak boleh patogen pada inang; (5) evaluasi pengaruh

probiotik potensial pada larva dengan hasil terbaik yang dilihat dari nilai

kelangsungan hidup tertinggi, penambahan bobot terbesar, peningkatan daya

tahan tubuh inang terhadap stress dan serangan patogen terendah; dan (6) analisis

ekonomi biaya laba (Gomez-Gill dan Roque, 1998). Diagram seleksi bakteri

probiotik disajikan pada Gambar 1.

Evaluasi kemampuan probiotik potensial berkompetisi dengan galur

patogen dapat dilakukan melalui tes antagonis secara in vitro. Uji in vitro dapat

berupa uji tantang antara bakteri kandidat probiotik dengan bakteri patogen dalam

media cair maupun padat. Pada media padat dapat berupa disk difussion method

untuk melihat kemampuan kandidat probiotik dalam menghasilkan senyawa

antibakterial. Zona bening yang dihasilkan menunjukkan bahwa bakteri tersebut

mampu mensekresikan suatu senyawa antimikrob (Chytanya et al. 2002).

Menurut Verschuere et al. (2000), uji in vitro pada media cair dapat dilakukan

dengan metode kultur bersama. Melalui metode ini dapat diuji kemampuan

kandidat probiotik bersaing dengan bakteri patogen dalam memanfaatkan nutrien

yang sama. Kompetisi terhadap bahan kimia atau sumber energi yang sama dapat

menunjukkan bagaimana populasi mikrob yang berbeda dapat hidup dalam relung

(22)

8

Gambar 1. Diagram seleksi bakteri probiotik untuk pemeliharaan larva hewan akuatik (Gomez-Gill dan Roque, 1998)

Praktek di hatchery

Literatur Seleksi awal Penelaahan

literatur

Probiont potensial

Penapisan dari strain yang sama

Uji kemampuan menghambat patogen pada media padat/cair

Uji patogenisitas

Efek di laboratorium

Pertumbuhan dalam media cair

(23)

Resistensi Antibiotik

Menurut Chytanya et al. (1999) beberapa organisme secara alami resisten

terhadap beberapa antibiotik. Hal ini disebabkan oleh beberapa faktor, antara lain

karena (1) organisme tersebut tidak memiliki dinding sel sehingga menjadi

resisten terhadap antibiotik yang bekerja dengan cara merusak dinding sel, (2)

organisme mungkin tidak permeabel terhadap beberapa jenis antibiotik, (3)

mikroorganisme mempunyai kemampuan untuk menginaktifkan

komponen-komponen dalam antibiotik, (4) mikroorganisme memiliki sistem metabolisme

yang dapat memblokir antibiotik tertentu sehingga resisten terhadap antibiotik

tersebut, (5) mikroorganisme memiliki kemampuan untuk memompa antibiotik

tertentu keluar dari dinding sel sehingga resisten terhadap antibiotik tersebut.

Penanda resisten terhadap antibiotik digunakan untuk membedakan antara

bakteri kandidat probiotik dengan bakteri alami yang telah ada pada tubuh udang.

Pada umumnya kelompok Vibrio bersifat sensitif terhadap antibiotik rifampisin

(Tendencia & de la Pena 2001). Dengan penanda molekuler tersebut, bakteri

kandidat probiotik dapat dibedakan dengan bakteri alami yang sebelumnya telah

ada pada tubuh udang, sehingga penghambatan V. harveyi dapat diamati.

Identifikasi Bakteri dengan Teknik Molekuler

Identifikasi bakteri dapat dilakukan menggunakan analisis fenotipik

dengan mempelajari sifat fisiologis atau biokimianya (Hadioetomo 1993) maupun

analisis genotipik secara molekuler. Seringkali hasil uji biokimia atau fisiologi

tersebut berbeda karena perbedaan ekspresi gen. Untuk karakterisasi galur-galur

dalam satu spesies perlu dilihat sifat yang paling mendasar dan relatif stabil yaitu

dengan analisis genotipik (Singleton, 1995).

Sudeesh et al. (2002) menggunakan 16S-rRNA sebagai gen target untuk

menganalisa keragaman genom di antara V. parahaemolyticus dan V. alginolyticus

yang diisolasi dari tambak udang, sedangkan Schulze et al. (2006) menggunakan

16S-rRNA untuk identifikasi keragaman bakteri di lingkungan hatchery.

Digunakannya 16S-rRNA sebagai gen target karena (1) bersifat universal : protein

synthesis machinery; (2) sekuen basa-basanya bersifat konservatif; (3) jumlahnya

melimpah dalam sel; (4) memenuhi ukuran untuk perhitungan secara statistika

(24)

10

bank/database di GenBank) (Madigan et al. 1997). Proses amplifikasi 16S-rRNA

dapat dilakukan melalui teknik PCR.

Teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah suatu teknik biologi

molekuler untuk memperbanyak sekuen DNA tertentu (lebih dari 100 juta kopian)

dalam waktu hanya beberapa jam, oleh karena itu teknik ini disebut pula

amplifikasi DNA. Dengan PCR, molekul DNA dapat diperbanyak sampai jutaan

kopi dalam tabung reaksi. Teknik ini terdiri dari beberapa siklus yang setiap

siklusnya terdiri atas 3 tahap yaitu tahap denaturasi, pelekatan primer (primer

anealling) dan pemanjangan (elongasi) (Griffin and Griffin, 1993).

Berdasarkan Marchesi et al. (1998) tersedia beberapa primer yang dapat

digunakan untuk mengamplifikasi gen 16S-rRNA. Diantaranya adalah 27f dan

149r. Namun kedua primer tersebut belum dapat mengamplifikasi sampel bakteri

yang berasal dari beragam sumber seperti sedimen laut dalam, bakteri rongga

mulut, dan bakteri yang diisolasi deri epilithon (bakteri yang berasosiasi dengan

batu pada habitat air mengalir). Selain itu ada pula primer 63f dan 1387r yang

telah diuji coba berhasil mengamplifikasi gen 16S-rRNA dari berbagai sumber

diantaranya sedimen laut dalam.

Terumbu Karang

Ekosistem terumbu karang atau coral reefs adalah suatu sistem habitat

kehidupan biota laut yang hangat, jernih, tidak dalam dan kaya dengan

keanekaragaman hayati. Daerah habitat karang memiliki produktivitas dan

keanekaragaman jenis fauna yang tinggi. Ekosistem terumbu karang juga

merupakan tempat hidup, mencari makan (feeding ground), daerah asuhan

(nursery ground), pelindung (shelter) dan tempat memijah (spawning ground)

untuk berbagai organisme laut (Murdiyanto, 2003). Terumbu karang juga

merupakan habitat asli bagi beberapa jenis udang dan ikan (Dahuri, 2003).

Organisme yang hidup di terumbu karang tidak hanya makroorganisme,

tetapi juga mikroorganisme. Terumbu karang merupakan suatu ekosistem yang

memiliki keragaman mikroorganisme lebih tinggi dibandingkan air laut maupun

sedimen laut. Hal ini disebabkan permukaan karang dilapisi oleh semacam

(25)

bagi pertumbuhan bakteri sehingga tercipta lapisan komunitas bakteri pada

permukaan karang (Rheinheimer, 1991).

Individu karang pada dasarnya adalah hewan yang hidup di laut.

Hewan-hewan ini dapat berasosiasi dengan tanaman maupun Hewan-hewan laut lainnya.

Termasuk dalam kelompok hewan karang adalah hewan dari filum Porifera dan

filum Coelenterata (Sugiri, 2000). Beberapa penelitian menunjukkan bahwa

hewan karang juga memiliki bahan aktif anti bakteri. Proksch (2000) menyatakan

sponge dari jenis Oceanapia sp. dan Aplysina aerophoba mampu menghasilkan

senyawa antimikrob. Sutedja et al. (2000) melaporkan bahwa sponge jenis

Petrosia contignata mampu menghasilkan senyawa antimikroba yang mampu

menghambat Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis dan Escherichia coli.

Radjasa et al. (2004) berhasil mengisolasi senyawa antimikrob dari Acropora sp.

yang dapat menghambat V. harveyi. Suryati et al. (2004) menyatakan ada tiga

spesies sponge yang aktif menghambat pertumbuhan bakteri yaitu Halichondria

sp., Auletta sp., dan Callyspongia pseudoreticulata yang mengandung bahan aktif

sterol, steroid dan asam fenolat.

Mikroorganisme yang hidup berasosiasi dengan hewan karang, juga dapat

menghasilkan bahan aktif anti bakteri. Berdasarkan Webster et al. (2001)

diketahui bahwa bakteri yang berasosiasi dengan sponge menghasilkan komponen

bahan aktif anti bakteri. Lee et al. (2001) menyatakan bahwa Micrococcus sp.

yang hidup pada sponge jenis Tedania ignis menghasilkan komponen

diketopiperazin, sedangkan Vibrio sp. pada hewan karang jenis Dysidea

memproduksi bifenil eter bromina dan Vibrio sp. yang berasosiasi dengan

(26)

BAHAN DAN METODE

Waktu dan Tempat

Penelitian berlangsung dari bulan Agustus 2006 sampai dengan Juli 2007.

Sampel terumbu karang berasal dari perairan di sekitar Pulau Jukung, Kepulauan

Seribu. Isolasi bakteri, uji in vitro dan uji in vivo dilaksanakan di Laboratorium

Kesehatan Ikan, Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan, Institut Pertanian Bogor. Tahap sekuensing untuk identifikasi bakteri

dilakukan di Laboratorium Bioteknologi PUSPIPTEK Serpong.

Media, Antibiotik dan Bahan Kimia

Media yang digunakan untuk mengisolasi bakteri adalah SWC-agar (Sea

Water Complete agar) (Lampiran 1). Selain itu digunakan juga media selektif

TCBS-agar (Thiosulphate Citrate Bile Sucrose agar) untuk menumbuhkan Vibrio

sp. (Lampiran 1).

Antibiotik yang digunakan adalah Rifampisin. Bahan kimia yang

digunakan untuk ekstraksi DNA terdiri dari : 1X TE buffer (10 mM Tris-HCl pH

8.0 dan 1 mM EDTA pH 8.0), lysozyme 50 mg/ml (50 mg lysozyme, 30 µl NaCl

5M, 200 µl EDTA 0.5 M, 770 µl ddH2O), 10% SDS (Sodium Dodecyl Sulfate), 10

mg/ml Proteinase-K, 5 M NaCl, 10% CTAB/NaCl, phenol:chloroform:

isoamylalcohol (25:24:1,v/v), chloroform:isoamylalcohol (24:1, v/v), isopropanol

absolute, 70% ethanol dan aquabidest steril. Proses elektroforesis menggunakan

bahan kimia sebagai berikut : 1% agarose, 1X TBE buffer dan loading dye (0.25%

Bromphenol blue, 0.25% xylene cyanol, 50% glycerol, 6 mM EDTA pH 8).

Amplifikasi gen 16S-rRNA dengan PCR (Polymerase Chain Reaction)

menggunakan bahan-bahan sebagai berikut : aquabidest steril 15.1 µl, primer 63f

1 µl, primer 1387r µl, dNTP 2.5 µl, Taq DNA polymerase 0.4 µl, polymerase

buffer 2.5 µl, MgCl2 2.0 µl dan template DNA 0.5 µl. Untuk gene clean

digunakan Gel/PCR DNA Fragments Extraction Kit Geneaid.

Isolasi Bakteri Kandidat Probiotik dari Terumbu Karang

Sampel terumbu karang dikemas dalam kantong plastik steril yang telah

diberi air laut dan oksigen. Kantong plastik disusun di dalam wadah stereofoam

(27)

ditimbang sebanyak 1 gram kemudian dibilas dengan air laut steril sebanyak 1-2

kali untuk mencegah kontaminan. Sampel selanjutnya dihaluskan dan disebar

sebanyak 100 µl pada media Sea Water Complete agar (SWC-agar) lalu

diinkubasi pada suhu ruang (28-310C) selama 24 jam. Koloni yang tumbuh

kemudian digunakan dalam uji in vitro.

Uji in vitroBakteri Kandidat Probiotik

a. Metode Zona Hambat

Isolat V. harveyi MR5339 RfR dan bakteri kandidat probiotik berumur 24

jam diencerkan hingga memiliki tingkat kekeruhan yang sama dengan konsentrasi

biakan dalam suspensi sekitar 109 sel/ml. Selanjutnya V. harveyi MR5339 RfR

disebar pada media SWC-agar sebanyak 50µl. Kertas cakram (Whatman antibiotic

assay paper) berdiameter 6 mm ditetesi suspensi bakteri kandidat probiotik

sebanyak 10 µl, kemudian ditaruh di atas media SWC-agar yang telah diberi V.

harveyi MR5339 RfR. Sebagai kontrol digunakan larutan garam fisiologis. Setelah

diinkubasi selama 24 jam pada suhu ruang, diameter zona bening yang dihasilkan

diukur menggunakan penggaris pada 3 posisi dari setiap kertas cakram, kemudian

dirata-ratakan.

b. Metode Kultur Bersama

Isolat-isolat yang tidak menghasilkan zona hambat diuji kemampuannya

melawan V. harveyi MR5339 RfR dengan metode kultur bersama. Isolat–isolat

tersebut ditumbuhkan pada media SWC-cair dengan kepadatan 102 CFU/ml. Pada

tabung yang sama ditambahkan 102 CFU/ml V. harveyi MR5339 RfR kemudian

diinkubasi semalam pada inkubator bergoyang dengan suhu 280C. Kultur

selanjutnya disebar pada media SWC+Rf sehingga hanya V. harveyi MR5339 RfR

yang tumbuh. Apabila V. harveyi MR5339 RfR pada tabung kontrol (tanpa isolat

bakteri kandidat probiotik) tumbuh jauh lebih banyak dibandingkan dengan kultur

campuran (V. harveyi MR5339 RfR dicampur dengan isolat bakteri kandidat

probiotik), berarti bakteri kandidat probiotik mampu menghambat pertumbuhan V.

harveyi MR5339 RfR.

Uji Patogenisitas Bakteri Kandidat Probiotik

Sebelum dilakukan uji in vivo pada udang, sepuluh isolat masing-masing

(28)

14

diuji patogenisitasnya pada udang. Satu lup dari masing-masing isolat

ditumbuhkan dalam media SWC-cair secara terpisah. Kultur ditempatkan pada

inkubator bergoyang selama 10 jam pada suhu ruang. Selanjutnya disentrifugasi

dengan kecepatan 3000 rpm pada suhu ruang. Pellet sel yang terbentuk kemudian

diresuspensikan dalam larutan fisiologis dan ditambahkan pada media

pemeliharaan larva udang hingga mencapai konsentrasi akhir 106 CFU/ml. Larva

udang dipelihara dalam toples yang diisi air laut steril 2 liter dengan kepadatan 10

ekor/l dan diberi pakan Artemia 3-5 individu/ml. Patogenisitas bakteri kandidat

probiotik diamati melalui kematian larva selama 5 hari pemeliharaan. Pada akhir

percobaan dihitung kelangsungan hidup (SR) larva udang dan dibandingkan

dengan kontrol, yakni perlakuan tanpa penambahan bakteri kandidat probiotik.

Pembuatan Mutan Bakteri Kandidat Probiotik

Isolat-isolat yang menghasilkan kelangsungan hidup terbaik pada uji

patogenisitas, sebelum uji in vivo pada larva udang diberi penanda resisten

rifampisin (RfR) terlebih dahulu. Pemberian penanda RfR pada bakteri kandidat

probiotik dilakukan melalui mutasi spontan dengan menumbuhkan bakteri

tersebut pada media SWC-agar yang telah mengandung rifampisin 50 µg/ml

(SWC+Rf). Pemberian penanda RfR pada bakteri probiotik dimaksudkan agar

keberadaan bakteri tersebut pada larva udang dan lingkungan pemeliharaannya

dapat dimonitor.

Uji in vivo Bakteri Kandidat Probiotik

Isolat-isolat bakteri kandidat probiotik yang paling potensial dan tidak

bersifat patogen diuji efektifitasnya dalam menghambat serangan V. harveyi

MR5339 RfR pada larva udang. Isolat bakteri kandidat probiotik diinokulasikan ke

dalam wadah pemeliharaan udang hingga mencapai konsentrasi akhir 106 CFU/ml

sehari setelah larva udang dimasukkan. Setelah kokultivasi dengan larva udang

selama 6 jam, V. harveyi MR5339 RfR diinokulasikan ke dalam wadah

pemeliharaan udang hingga mencapai konsentrasi akhir 106 CFU/ml. Percobaan

dilakukan dengan tiga ulangan termasuk kontrol (kontrol positif : hanya

diinokulasi V. harveyi MR5339 RfR, kontrol negatif : tanpa penambahan V.

harveyi MR5339 RfR maupun bakteri kandidat probiotik). Pengamatan dilakukan

(29)

bakteri baik dari larva udang maupun dari media airnya setiap tiga hari. Selama

percobaan larva udang diberi pakan Artemia sebanyak 3-5 individu/ml.

Identifikasi Bakteri Probiotik Terpilih

Identifikasi isolat terpilih dilakukan berdasarkan hasil sekuensing gen 16S

r RNA (Marchesi et al., 1998). Sekuensing gen 16S-rRNA terdiri dari tahapan

ekstraksi DNA, amplifikasi gen 16S-rRNA dengan PCR (Suwanto, 2002), gene

clean menggunakan Gel/PCR DNA Fragments Extraction KIT Geneaid dan

sekuensing dengan mesin Sequenser.

a. Ekstraksi DNA

Bakteri kandidat probiotik ditumbuhkan dalam media SWC-cair. Kultur

diinkubasi dalam shaker water bath pada suhu 28-290C, 130 rpm selama 24 jam.

Sel bakteri dipanen dengan mengambil 1.5 ml suspensi biakan bakteri lalu

dimasukkan ke dalam eppendorf dan disentrifugasi dengan kecepatan 6000 rpm

selama 2 menit. Selanjutnya supernatan dibuang. Tahap ini diulang sebanyak tiga

kali. Pellet bakteri yang terbentuk diresuspensi dengan 1 ml buffer TE 1X dan

disentrifugasi 6000 rpm 2 menit. Setelah disentrifugasi, supernatan yang ada

dibuang.

Pellet yang tertinggal diresuspensi dengan 500 µl buffer TE 1X,

selanjutnya ditambahkan 100 µl lysozyme 50 mg/ml lalu diinkubasi selama 1 jam

pada suhu 37 0C. Setelah diinkubasi ditambahkan 100 µl SDS 10% dan 10 µl

proteinase-K lalu dibolak-balik perlahan-lahan hingga tercampur. Selanjutnya

diinkubasi kembali pada suhu 37 0C selama 1 jam. Selanjutnya ditambahkan 100

µl 5 M NaCl dan 100 µl 10% CTAB/NaCl yang telah dihangatkan terlebih dahulu

(65 0C) selanjutnya diinkubasi selama 20 menit pada suhu 65 0C. Kemudian

ditambahkan 500 µl campuran phenol:chloroform:isoamylalcohol (25:24:1) lalu

divortex hingga tercampur. Selanjutnya disentrifugasi selama 10 menit dengan

kecepatan 10.000 rpm.

Cairan yang terbentuk yang berada pada lapisan teratas dipindahkan ke

dalam eppendroff baru lalu ditambahkan 0.6 volum isopropanol dingin. Tabung

eppendorf dibolak-balik secara perlahan supaya tercampur selanjutnya selama 20

menit disimpan di suhu -20 0C. Kemudian disentrifugasi pada kecepatan

(30)

16

Selanjutnya ditambahkan 1 ml etanol 70% dingin lalu disentrifugasi lagi pada

kecepatan maksimum selama 2 menit. Supernatan dibuang kembali, lalu disimpan

di suhu ruang hingga etanol menguap habis. Sebelum disimpan DNA ditambah

dengan elution buffer atau aquabidest steril serta dilakukan pengecekan dengan

elektroforesis.

b. Amplifikasi gen 16S-rRNA dengan PCR

Primer yang digunakan adalah primer universal untuk domain bakteri

berupa forward primer 63f (5’-CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC-3’) dan

reverse primer 1387r (5’-GGG CGG WGT GTA CAA GGC-3’) (Marchesi et al.,

1998). Semua komponen reaksi dicampur dalam microtube dan dimasukkan

dalam mesin PCR. Tahapan PCR terdiri dari pre start 94 0C, 2 menit; tahap

denaturasi 92 0C, 30 detik; tahap annealing 55 0C, 30 detik, tahap elongasi 72 0C

selama 1 menit. Proses PCR terdiri dari 30 siklus. Selanjutnya post PCR pada

suhu 75 0C 20 menit dan tahap stop PCR pada suhu 4 0C. Kemudian hasil PCR

disimpan pada suhu -20 0C.

c. Gene clean

DNA produk PCR dimurnikan menggunakan Gel/PCR DNA Fragments

Extraction Kit, Geneaid. Sebanyak 300 mg agarose (hasil pemotongan pada

elektroforesis) dimasukkan dalam eppendorf. Kemudian ditambahkan 500 µl DF

buffer dan divortex. Selanjutnya diinkubasi pada suhu 55-60 0C selama 15 menit

hingga agarose terlarut sempurna. Kemudian 800 µl sampel dimasukkan ke dalam

DFcolumn dan disentrifugasi 13000 rpm selama 30 detik dan supernatan dibuang.

Selanjutnya ditambahkan 600 µl wash buffer yang telah ditambahkan etanol ke

dalamnya, lalu disentrifugasi 13000 rpm selama 30 detik. Supernatan yang ada

dibuang lalu disentrifugasi kembali selama 3 menit pada kecepatan penuh. DF

column dipindahkan pada eppendorf baru dan ditambahkan 15-50 µl aquabidest

steril pada bagian tengahnya. Selanjutnya didiamkan selama 2 menit lalu

disentrifugasi pada kecepatan penuh selama 2 menit. Kemudian DNA yang

terbentuk disimpan pada suhu -20 0C. Untuk pengecekan dapat dilakukan running

(31)

Rancangan Penelitian dan Teknik Analisa

Penelitian dirancang menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL),

sebelas perlakuan dengan tiga ulangan pada saat uji patogenisitas dan dua belas

perlakuan dengan tiga ulangan pada uji in vivo. Parameter yang diamati dianalisa

keragamannya dengan ANOVA dan untuk mengetahui pengaruh perlakuan

dilakukan uji lanjut. Variabel yang dianalisa secara statistik meliputi

kelangsungan hidup larva udang baik pada uji patogenisitas maupun uji in vivo

serta laju pertumbuhannya. Sedangkan nilai zona hambat dan populasi bakteri

dianalisa secara deskriptif.

Parameter yang diamati

a. Tingkat Kelangsungan Hidup Larva Udang Windu

Tingkat kelangsungan hidup larva udang windu dihitung menggunakan

rumus :

SR=Nt x 100% (Effendie, 1997)

No

Keterangan :

SR : tingkat kelangsungan hidup (%)

Nt : jumlah udang yang hidup pada akhir pengamatan (ekor)

No : jumlah udang pada awal pengamatan

b. Laju Pertumbuhan Panjang dan Bobot Harian Larva Udang Windu

Pertumbuhan panjang dan bobot total diamati pada awal dan akhir

penelitian. Pertumbuhan larva udang windu dihitung berdasarkan pertambahan

bobot dan panjang berdasarkan rumus berikut :

⎪⎭

α (Effendie, 1997)

Keterangan :

α : Laju pertumbuhan harian udang (%) t : Lama waktu pemeliharaan udang (hari)

Wt : Bobot rata-rata akhir udang (mg)

Wo : Bobot rata-rata awal udang (mg)

Lt : Panjang rata-rata akhir udang (mm)

(32)

18

c. Populasi Bakteri

Populasi bakteri yang dihitung pada uji in vitro metode kultur bersama

adalah jumlah V. harveyi MR5339 RfR pada tabung kontrol dan kultur campuran

probiotik. Pada uji in vivo populasi bakteri yang dihitung meliputi total bakteri,

jumlah bakteri probiotik, jumlah V. harveyi MR5339 RFR, baik pada media

pemeliharaan, larva udang mati dan udang hidup. Jumlah bakteri dihitung

berdasarkan rata-rata jumlah koloni yang tumbuh dan dikalikan dengan faktor

(33)

Isolasi Bakteri Kandidat Probiotik

Terumbu karang yang diisolasi bakterinya terdiri dari 6 jenis yaitu

Acropora sp., Merulina sp., Hystrix sp., Poecillophora sp., Porites sp. dan

Haliophora sp. (Gambar 2). Identifikasi terumbu berdasarkan Veron (1986).

Bakteri kandidat probiotik yang berhasil diisolasi dari terumbu karang ada 110

isolat (Lampiran 3). Dari jumlah tersebut 43 isolat berasal dari Acropora sp., 9

isolat dari Merulina sp., 12 isolat dari Hystrix sp., 14 isolat dari Poecillophora sp.,

22 isolat dari Porites sp. dan 10 isolat dari Haliophora sp.. Dari total 110 isolat,

82 isolat termasuk golongan Vibrio sp dan 28 isolat dari golongan non Vibrio.

Koloni 82 isolat Vibrio berwarna kuning pada media TCBS-agar, tidak berpendar

dan bersifat menyebar pada media SWC-agar. Sedangkan 17 isolat non Vibrio

menghasilkan koloni berwarna krem dan 11 isolat menghasilkan koloni berwarna

putih pada media SWC-agar.

V. harveyi yang digunakan dalam penelitian ini adalah V. harveyi MR5339

RfR, merupakan koleksi Balai Penelitian Perikanan Pantai (Balitkanta) Maros,

Sulawesi Selatan. Bakteri tersebut telah diuji bersifat patogen pada larva udang

windu. Koloni V. harveyi MR5339 RfR berwarna hijau pada media TCBS-agar

dan putih kekuningan pada media SWC-agar (Gambar 3) serta berpendar bila

diamati pada ruang gelap (Gambar 4).

Acropora sp. Merulina sp. Hystrix sp.

Poecillophora sp. Porites sp. Haliophora sp.

(34)

20

A B

Gambar 3. Penampilan V. harveyi MR5339 RfR pada media TCBS-agar (A) dan SWC-agar (B)

A B

Gambar 4. Penampilan bakteri V. harveyi MR5339 RfR pada media TCBS-agar yang diamati pada kondisi terang (A) dan gelap (B)

Uji In Vitro Bakteri Kandidat Probiotik a. Metode Zona hambat

Bakteri yang memiliki kemampuan menghambat V. harveyi MR5339 RfR

menghasilkan zona bening disekitar kertas cakram (Gambar 5). Bakteri yang tidak

menghasilkan zona bening diuji kemampuannya menghambat V. harveyi MR5339

RfR dengan metode kultur bersama.

Dari 110 isolat hanya 54 isolat yang mampu menghasilkan zona hambat.

Zona hambat yang dihasilkan berkisar antara 8 – 15 mm (Tabel 1). Ada lima isolat

yang menghasilkan zona hambat terbesar, yaitu yang diisolasi dari Acropora sp.

(isolat 1C dan 8A), Hystrix sp. (isolat 11D dan 11K)dan Poecillophora sp. (isolat

13I). Radjasa et al. (2004) berhasil mengisolasi TAB4.2 dari Acropora sp yang

menghasilkan zona bening 11,75 mm saat uji in vitro dengan V. harveyi. TAB4.2

diidentifikasi sebagai Pseudoalteromonas dan menghasilkan metabolit sekunder

(35)

Kontrol

A1

A2

A3

Kontrol

Kontrol

B3

C3

B2

B1

C2

(36)

22

Keterangan :

A : isolat 1C C : isolat 13I E : isolat 11K B : isolat 8A D : isolat 11D

Gambar 5. Zona hambat yang dihasilkan bakteri kandidat probiotik terhadap V. harveyi MR5339 RfR

Kontrol Kontrol

D3

E2

D2

D1

E3

(37)

Tabel 1. Zona hambat yang dihasilkan oleh bakteri kandidat probiotik

No Kode isolat Zona hambat (mm) No Kode isolat Zona hambat (mm)

1 Acp 1C 13.8 28 Lam 4I 9

Zona bening yang timbul di sekitar kertas cakram menunjukkan adanya

kemampun bakteri kandidat probiotik dalam menghambat pertumbuhan V. harveyi

MR5339 RfR. Berdasarkan Verschuere et al. (2000) populasi mikroba dapat

melepaskan substansi kimia yang memiliki kemampuan bakterisidal atau

bakteriostasis yang dapat mempengaruhi populasi mikroba lain. Secara umum

kemampuan menghambat pertumbuhan bakteri lain dikarenakan satu atau

kombinasi dari beberapa faktor seperti: produksi antibiotik, bakteriosin,

siderophores, lysozymes, protease dan atau hidrogen peroksida atau

mempengaruhi pH media dengan menghasilkan asam organik tertentu.

(38)

24

Hasil uji penghambatan in vitro dari 56 isolat bakteri kandidat probiotik

terhadap V. harveyi MR5339 RfR disajikan pada Gambar 6 dan 7. Uji in vitro

bakteri kandidat probiotik dengan metode kultur bersama dilakukan dengan

membandingkan jumlah koloni V. harveyi MR5339 RfR yang tumbuh di tabung

kontrol dengan kultur campurannya (Gambar 6). Lima isolat kandidat probiotik

yaitu isolat 5H1 diisolasi dari Acropora sp., isolat 11I dan 11G diisolasi dari

Hystrix sp. serta isolat 13B dan 13G1 yang diisolasi dari Poecillophora sp.,

mampu menekan pertumbuhan V. harveyi MR5339 RfR hingga 101 – 102 CFU/ml

sedangkan pada tabung kontrol populasi V. harveyi mencapai 7 x 108 CFU/ml.

Isolat-isolat yang lain juga mampu menghambat pertumbuhan V. harveyi MR5339

RfR meskipun dengan daya hambat yang berbeda-beda (Gambar 7). Hal ini

terlihat dari jumlah koloni V. harveyi MR5339 RfR yang tumbuh pada biakan

yang dicampur dengan bakteri kandidat probiotik lebih rendah dibanding kontrol.

Hal tersebut menunjukkan bahwa ke-56 isolat yang ada, sebenarnya potensial

menghambat pertumbuhan V. harveyi MR5339 RfR.

Penghambatan pertumbuhan bakteri tidak selalu dapat diamati dengan

melihat adanya zona bening pada media padat. Komposisi media yang digunakan

mungkin mempengaruhi jumlah senyawa antimikrob yang dihasilkan atau

dilepaskan ke media. Selain itu, penghambatan pertumbuhan tidak selalu

berkaitan dengan produksi senyawa antimikrob tetapi dapat juga karena adanya

kompetisi terhadap bahan kimia atau energi yang tersedia. Hal ini

menggambarkan bagaimana populasi bakteri yang berbeda menempati ekosistem

yang sama (Verschuere et al. 2000).

Hasil penelitian Riquelme et al. (1997) menunjukkan bahwa dari 57 isolat

bakteri yang diisolasi dari air laut, 3 diantaranya (5%) potensial menghambat

pertumbuhan V. anguillarum. Isolat SV1 yang tidak memperlihatkan adanya zona

penghambatan pada uji in vitro ternyata juga dapat meningkatkan kelangsungan

(39)

Gambar 6. Penghambatan V. harveyi MR5339 RfR oleh bakteri kandidat probiotik pada media SWC-agar + rifampisin 50 µg/ml

Kontrol (V. harveyi)

Kultur campuran (V. harveyi + isolat 11I)

Kontrol

(V. harveyi) (V. harveyi)Kontrol

Kontrol

(V. harveyi) (V. harveyi)Kontrol

Kultur campuran

(V. harveyi + isolat 5H1) Kultur campuran

(V. harveyi + isolat 13B)

Kultur campuran (V. harveyi + isolat 11G)

(40)

25

Gambar 7. Penghambatan V. harveyi MR5339 RfR oleh isolat bakteri kandidat probiotik pada uji in vitro metode kultur bersama

0 1 2 3 4 5 6 7 8 9

Isolat kandidat probiotik

Lo

g C

F

U

/m

l s

el V.

harv

ey

(41)

Uji Patogenisitas Bakteri Kandidat Probiotik

Sebelum dilakukan uji in vivo pada larva udang, sepuluh isolat yang

potensial sebagai kandidat probiotik, masing-masing lima isolat dari metode zona

hambat dan lima isolat dari metode kultur bersama, diuji patogenisitasnya

terhadap larva udang windu. Isolat-isolat terpilih merupakan isolat yang

memberikan hasil terbaik pada uji in vitro metode zona hambat dan kultur

bersama. Hasil uji patogenisitas isolat-isolat kandidat probiotik disajikan pada

Gambar 8 dan Lampiran 4. Hasil yang ada memperlihatkan semua bakteri

kandidat probiotik yang diuji tergolong tidak patogen. Hal ini dapat diketahui

dengan melihat nilai kelangsungan hidup pada semua perlakuan tidak berbeda

nyata dengan kontrol setelah dianalisa secara statistik. Isolat 13G1 yang mampu

menekan pertumbuhan V. harveyi MR5339 RfR paling baik pada uji in vitro

metode kultur bersama menghasilkan kelangsungan hidup paling tinggi (88,33%).

Hal ini menunjukkan isolat tersebut, diduga selain memiliki kemampuan menekan

pertumbuhan V. harveyi MR5339 RfR juga dapat meningkatkan kebugaran udang.

Gambar 8. Kelangsungan hidup larva udang windu pada uji patogenisitas

(42)

27

Ciri Fisik Isolat Terpilih

Dari hasil seleksi pada uji in vitro dihasilkan empat isolat potensial yang

mampu menghambat pertumbuhan V. harveyi, tidak bersifat patogen pada larva

udang serta menghasilkan kelangsungan hidup yang lebih baik dibanding kontrol

pada uji patogenisitas. Keempat isolat tersebut adalah 13G1, 13B, 1C dan 8A.

Isolat pertama, 13G1 diisolasi dari Poecillopohora sp., berwarna krem keputihan

dan menyebar pada media SWC (Gambar 9A), bentuk koloni bulat cembung.

Pada media selektif TCBS isolat 13G1 dapat tumbuh dan berwarna kuning

(Gambar 9B), tidak berpendar sehingga isolat ini termasuk kelompok Vibrio.

A B

Gambar 9. Penampilan isolat 13G1 pada media SWC-agar (A) dan TCBS-agar (B).

Isolat kedua, 13B juga diisolasi dari Poecillopohora sp., berwarna putih

kekuningan dan menyebar pada media SWC (Gambar 10A), bentuk koloni bulat

datar. Pada media selektif TCBS isolat 13B dapat tumbuh dan berwarna kuning

(43)

A B

Gambar 10. Penampilan isolat 13B pada media SWC-agar (A) dan TCBS-agar (B).

Isolat ketiga, 8A diisolasi dari Acropora sp., berwarna putih kekuningan

dan menyebar pada media SWC (Gambar 11A), koloni berbentuk bulat kecil-kecil

Gambar 8. Pada media selektif TCBS isolat 8A dapat tumbuh dan berwarna

kuning (Gambar 11B), tidak berpendar sehingga isolat ini termasuk kelompok

Vibrio.

A B

Gambar 11. Penampilan isolat 8A pada media SWC-agar (A) dan TCBS-agar (B).

Isolat keempat, 1C juga diisolasi dari Acropora sp., berwarna putih

kekuningan pada media SWC (Gambar 12A), bentuk koloni bulat cembung. Pada

media selektif TCBS isolat 1C dapat tumbuh dan berwarna kuning (Gambar 12B),

(44)

29

Gambar 12. Penampilan isolat 1C pada media SWC-agar (A) dan TCBS-agar (B).

Mutan Resisten Rifampisin

Empat isolat terbaik hasil uji patogenisitas yaitu 13G1, 13B, 1C dan 8A

dibuat mutan resisten rifampisin dengan cara menumbuhkan isolat-isolat tersebut

pada media SWC-agar yang mengandung rifampisin 50 µg/ml. Morfologi koloni

mutan maupun pola pertumbuhannya sama dengan tipe liarnya (Gambar 13),

sehingga mutan tersebut dapat digunakan untuk mengamati penghambatan

pertumbuhan V. harveyi oleh bakteri kandidat probiotik. Pemberian penanda RfR

pada bakteri probiotik bertujuan untuk membedakan antara bakteri probiotik

dengan bakteri alami yang telah ada pada tubuh udang, sehingga dapat dimonitor

(45)

Gambar 13. Perbandingan pertumbuhan bakteri kandidat probiotik resisten rifampisin dengan tipe liarnya.

Uji in vivo Bakteri Kandidat Probiotik

Empat isolat bakteri kandidat probiotik yang paling potensial berdasarkan

uji in vitro metode zona hambat dan kultur bersama serta tidak bersifat patogen

terhadap larva udang diuji efektivitasnya dalam menghambat pertumbuhan

V. harveyi MR5339 RfR pada larva udang windu. Pengamatan dilakukan terhadap

kelangsungan hidup larva, total bakteri, populasi V. harveyi MR5339 RfR dan

bakteri kandidat probiotik baik pada air media pemeliharaan, larva hidup maupun

larva mati. Penanda RfR pada V. harveyi dan probiotik yang digunakan bertujuan

untuk mengamati perbandingan populasi keduanya

Hasil pengujian menunjukkan keempat isolat tersebut, baik tipe liar

(Gambar 14, Lampiran 5) maupun tipe mutannya (Gambar 15, Lampiran 6),

secara signifikan (p<0.05) dapat meningkatkan kelangsungan hidup larva udang.

Isolat-isolat tersebut diduga dapat menghambat pertumbuhan V. harveyi MR5339

RfR. Hal ini terlihat dari nilai kelangsungan hidup larva pada kontrol positif

(hanya diinokulasi V. harveyi MR5339 RfR) lebih rendah (61,67% dan 68,33%)

dibanding perlakuan dengan penambahan isolat probiotik (83,33% - 88,33%).

Selain itu isolat-isolat tersebut juga diduga dapat meningkatkan kebugaran larva

udang.

Berdasarkan Verschuere et al. 2000, bakteri probiotik dapat menjamin

perbaikan dalam penggunaan pakan atau memperbaiki nutrisinya juga

memperbaiki respon inang terhadap penyakit. Kedua hal tersebut diduga menjadi

penyebab meningkatnya kebugaran larva udang. Hal ini terlihat dari nilai

kelangsungan hidup larva pada kontrol negatif (tanpa inokulasi bakteri probiotik

maupun V. harveyi) lebih rendah (80,00%) dibanding perlakuan dengan

(46)

31

Hasil penelitian Gullian et al. (2004), menunjukkan bahwa bakteri

probiotik yang diisolasi dari hepatopankreas udang sehat mampu meningkatkan

respon immunitas udang. Hasil serupa juga ditunjukkan oleh Vaseeharan &

Ramasamy (2003) yang menyatakan bahwa larva udang windu yang diberi

Bacilus subtilis BT23 tingkat kelangsungan hidupnya mencapai 100% saat

diinfeksi dengan V. harveyi dibandingkan dengan kontrol positif yang hanya 50%

tingkat kelangsungan hidupnya.

Keterangan :

A : 13B + MR5339 RfR C : 8A + MR5339 RfR E : MR5339 RfR B : 13G1 + MR5339 RfR D : 1C + MR5339 RfR F : Kontrol

Gambar 14. Kelangsungan hidup larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar pada uji in vivo

(47)

Gambar 15. Kelangsungan hidup larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan pada uji in vivo

Peningkatan nilai kelangsungan hidup larva karena adanya penghambatan

pertumbuhan V. harveyi MR5339 RfR oleh bakteri probiotik ditunjukkan dengan

menurunnya jumlah sel V. harveyi MR5339 RfR baik pada air pemeliharaan

maupun pada larva hidup bila dibandingkan dengan perlakuan kontrol positif.

Gambar 16 menunjukkan populasi total bakteri, jumlah total Vibrio sp. dan

jumlah V. harveyi MR5339 RfR pada air media pemeliharaan larva udang windu

yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar.

13B + MR5339 RfR

0

13G1 + MR5339 RfR

(48)

33

V. harveyi Total Vibrio sp Total bakteri

Gambar 16. Populasi total bakteri, jumlah sel Vibrio sp dan V. harveyi MR5339 RfR pada air media pemeliharaan larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar

(49)

Pada perlakuan pemberian bakteri kandidat probiotik tipe liar, tidak dapat

dibedakan antara Vibrio kandidat probiotik dengan Vibrio yang telah ada

sebelumnya pada tubuh udang, sehingga pada perlakuan ini yang dihitung adalah

total Vibrio sp.. Keempat isolat kandidat probiotik (13B, 13G1, 8A dan 1C)

menunjukkan pengaruh yang tidak berbeda nyata. Keempatnya dapat menekan

jumlah sel V. harveyi MR5339 RfR pada air pemeliharaan hingga 103 CFU/ml

pada hari kedua. Sedangkan total Vibrio sp pada masing-masing perlakuan

nilainya masih lebih tinggi (105 – 106 CFU/ml) dibandingkan kontrol positif

(populasi total Vibrio sp hanya 105 CFU/ml). Hal ini menunjukkan media

pemeliharaan larva udang didominasi oleh Vibrio yang bersifat menguntungkan

bagi inang yang dapat menghambat pertumbuhan V. harveyi MR5339 RfR.

Gambar 17 menunjukkan populasi total bakteri, jumlah bakteri probiotik

dan jumlah V. harveyi MR5339 RfR pada air media pemeliharaan larva udang

windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan. Bakteri kandidat

probiotik pada perlakuan ini telah dimutasi menjadi resisten rifampisin sehingga

keberadaannya di media pemeliharaan dapat dimonitor. Dari Gambar 17 terlihat

penurunan jumlah sel V. harveyi MR5339 RfR pada air pemeliharaan hingga 103

CFU/ml pada hari kedua dan sudah tidak terdeteksi lagi keberadaannya pada hari

keenam. Keempat isolat kandidat probiotik (13B RfR, 13G1 RfR, 8A RfR dan 1C

RfR) memberikan pengaruh yang tidak berbeda nyata (Gambar 17, Lampiran 7).

Jumlah sel bakteri kandidat probiotik rata-rata menurun pada hari kedua (104

CFU/ml) dan tidak terdeteksi lagi pada hari keenam. Adanya penurunan jumlah

sel V. harveyi MR5339 RfR dan lebih tingginya jumlah sel bakteri probiotik

menunjukkan adanya penghambatan pertumbuhan V. harveyi MR5339 RfR oleh

bakteri probiotik.

Sung et al. (1999) menyatakan apabila terjadi penurunan keragaman

Vibrio sp. pada air media pemeliharaan udang dan didominasi oleh komunitas

Vibrio patogen biasanya terjadi vibriosis yang diikuti oleh penurunan populasi

udang di tambak. Pada penelitian ini, perlakuan kontrol positif didominasi oleh V.

harveyi MR5339 RfR dengan jumlah larva mati lebih banyak dibanding perlakuan

penambahan probiotik baik tipe liar maupun tipe mutan. Pada perlakuan dengan

(50)
(51)

V. harveyi Probiotik Total bakteri

Gambar 17. Populasi total bakteri, jumlah bakteri probiotik dan V. harveyi MR5339 RfR pada air media pemeliharaan larva udang windu yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe mutan

13B RfR + MR5339 RfR

0

13G1 RfR + MR5339 RfR

(52)

37

Gambar 18 memperlihatkan populasi total bakteri, jumlah total Vibrio sp.

dan jumlah V. harveyi MR5339 RfR pada larva hidup yang diberi bakteri kandidat

probiotik tipe liar. Pada Gambar 18 terlihat bahwa populasi V. harveyi MR5339

RfR pada larva hidup dengan perlakuan penambahan bakteri probiotik lebih

rendah (102 CFU/larva) dibanding perlakuan tanpa probiotik (103 CFU/larva),

bahkan pada hari ke-4, V. harveyi MR5339 RfR sudah tidak terdeteksi lagi. Tidak

terdeteksinya V. harveyi MR5339 RfR pada hari keempat diduga karena telah

terjadi penurunan populasi V. harveyi MR5339 RfR di media pemeliharaan (akibat

dihambat pertumbuhannya oleh bakteri probiotik) sehingga peluang untuk

berkolonisasi di tubuh udang semakin kecil bila dibandingkan bakteri kandidat

probiotik. Pada perlakuan kontrol positif, V. harveyi MR5339 RfR masih

terdeteksi hingga hari keempat. Hal ini dimungkinkan karena tidak adanya

persaingan antara V. harveyi MR5339 RfR dengan bakteri kandidat probiotik pada

media pemeliharaan sehingga peluang untuk menempel di tubuh udang lebih

besar.

Pada Gambar 18 dapat diketahui bahwa jumlah sel Vibrio sp. yang

ditemukan pada larva hidup lebih banyak dibandingkan jumlah sel V. harveyi

MR5339 RfR. Hal ini menunjukkan larva udang didominasi oleh Vibrio sp.. Hasil

penelitian Gullian et al. (2004) menyatakan isolat Vibrio potensial probiotik asal

udang sehat mampu berkolonisasi hingga 83% pada hepatopankreas udang uji.

Karunasagar et al. (1994) dan Manefield et al. (2000) menyatakan V.

harveyi dapat menyebabkan vibriosis dikarenakan sifat patogenisitasnya. Sifat

patogenisitas ini berkaitan erat dengan fenomena kemampuan berluminesensi

yang dikontrol oleh suatu sistem quorum sensing. Apabila quorum tercapai, maka

V. harveyi dapat mengeluarkan faktor-faktor virulensinya. Pada penelitian ini,

tubuh udang didominasi oleh Vibrio sp. dan hanya sedikit V. harveyi MR5339 RfR

yang berkoloni sehinggga V. harveyi MR5339 RfR tidak dapat mencapai quorum

untuk mensekresikan faktor-faktor virulensinya. Dengan demikian V. harveyi

MR5339 RfR tidak dapat mengakibatkan kematian pada larva udang sehingga

tingkat kelangsungan hidup larva yang diberi probiotik lebih besar dibanding

(53)
(54)

39

Vibrio harveyi Total Vibrio sp Total bakteri

Gambar 18. Populasi total bakteri, jumlah sel Vibrio sp dan V. harveyi MR5339 RfR pada larva hidup yang diberi bakteri kandidat probiotik tipe liar. 13B + MR5339 RfR

0

13G1 + MR5339 RfR

Gambar

Gambar 1.  Diagram seleksi bakteri probiotik untuk pemeliharaan larva hewan
Gambar 4. Penampilan bakteri V. harveyi MR5339 RfR pada media TCBS-agar
Gambar 5. Zona hambat yang dihasilkan bakteri kandidat probiotik terhadap V.  R
Tabel 1. Zona hambat yang dihasilkan oleh bakteri kandidat probiotik
+7

Referensi

Dokumen terkait

Pembinaan kepribadian terdiri dari dua kata yaitu pembinaan dan kepribadian. Pembinaan adalah usaha yang dilakukan secara sadar, terencana, terarah, teratur untuk

Puji syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas segala rahmat dan karunia-Nya sehingga dapat menyelesaikan skripsi dengan judul “STATUS FAAL PARU DAN

Dengan demikian hipotesis penelitian ini adalah BOPO memiliki pengaruh negatif yang signifikan terhadap komposisi modal ini dan FBIR memiliki pengaruh positif yang

Penelitian ini bertujuan untuk melihat pengaruh faktor-faktor secara parsial maupun simultan dari sisi permintaan terhadap layanan keuangan yang berasal dari

Lubis dan Komis Simanjuntak, Hukum Waris Islam , (Jakarta: Sinar Grafika, 2007).. mengurus dan memanfaatkan sebahagian harta warisan suaminya dan beberapa ahli warisnya.

Penelitian ini merupakan penelitian kepustakaan ( library research) dengan pendekatan penelitian normatif. Sumber data yaitu berasal dari data sekunder dengan

(2) Dalam hal Nilai Perolehan Objek Pajak sebagaimana dimaksud dalam Pasal 69 ayat (2) huruf a sampai dengan huruf n tidak diketahui atau lebih rendah daripada NJOP