IDENTIFIKASI EMPAT STRAIN Osphronemus gouramy lac.
BERDASARKAN KARAKTER MORFOLOGI DAN MOLEKULER
DNA MITOKONDRIA GEN Cyt-b
DELLA NURYULIAWATI
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR
PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi berjudul Identifikasi Empat
Strain Osphronemus Gouramy Lac. Berdasarkan Karakter Morfologi dan Molekuler DNA Mitokondria Cyt-b adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut Pertanian Bogor.
Bogor, Maret 2015
Della nuryuliawati
ii
ABSTRAK
DELLA NURYULIAWATI. Identifikasi Empat Strain Osphronemus Gouramy Lac. Berdasarkan Karakter Morfologi dan Molekuler DNA Mitokondria Gen Cyt-b. Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan NURLISA ALIAS BUTET.
Gurami (Osphronemus gouramy lac.) merupakan spesies ikan air tawar yang bernilai ekonomis tinggi. Gurami menjadi komoditas budidaya perikanan hampir di seluruh wilayah Indonesia, khususnya Pulau Jawa, Sumatera dan Kalimantan. Berdasarkan variasi morfologinya gurami terdiri dari delapan strain.
Strain - strain ikan gurami mudah dibedakan pada stadia dewasa, namun sulit dibedakan saat stadia muda. Pendekatan morfologi dan molekuler dipercaya mampu memberikan informasi akurat mengenai karakter spesifik dari masing-masing strain. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi karakter spesifik dari keempat strain gurami berdasarkan karakter morfologi dan molekuler. Sebanyak tiga dari 21 karakter morfometrik yakni panjang sebelum sirip dorsal, panjang kepala dan tinggi badan setelah sirip dorsal merupakan karakter yang paling berpengaruh dalam membedakan keempat strain. Sedangkan pada karakter meristik terdapat tiga karakter dari 6 karakter yang paling berpengaruh dalam membedakan keempat strain yakni jumlah sirip dorsal, linea lateralis dan warna data hasil analisis molekuler menunjukkan empat strain
gurami (soang, bastar, jepun, porselin) terbagi menjadi tiga kelompok. Jarak genetik diantara seluruh strain gurami berkisar antara 0,0018 – 0,0063 dimana
strain gurami asal Indonesia secara molekuler terpisah dari gurami asal Spanyol, data didapat dari GenBank.
iii
ABSTRACT
DELLA NURYULIAWATI. Identification of Four StrainOsphronemus Gouramy Lac. Based on Morphological and Molecular Character with DNA Mitokondria Gen Cyt-b. Dibimbing oleh DEDY DURYADI SOLIHIN dan NURLISA ALIAS BUTET.
Gouramy (Osphronemus gouramy lac) is an economical important freshwater species. It has been a culture commodity throughout Indonesia, especially in Java Island, Borneo Island and Sumatera Island. It consists of eight
strains based on morphological variation. Those strains are easily distinguished at adult stage; while at younger stage they’re dificult to be identified. Morphological and molecular approaches are expected to provide acurate information on spesific character of each strain. The objective of this study was to identify spesific character of 4 strains gouramy based on morphological and molecular characters. Three out of 21 morphometric character, i.e., length to dorsal fin, head length, and body height, were accounted for strain variation. In addition, three of six meristic characters, i.e., number of dorsal fin, linea lateralis, and color, were significantly diferent in each strain. Data analysis based morphology indicated that four strain
of gouramy (soang, bastar, porselin dan jepun) could be clustered into three groups. Genetic distance between those were 0,0018 – 0,0063 local indonesian gouramy was molecularly diferent from spanish gouramy, data acquired from GenBank.
v
Skripsi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Sains
pada
Departemen Biologi
IDENTIFIKASI EMPAT STRAIN Osphronemus gouramy lac.
BERDASARKAN KARAKTER MORFOLOGI DAN
MOLEKULER DNA MITOKONDRIA GEN Cyt-b
DEPARTEMEN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR 2014
viii
PRAKATA
Puji dan syukur penulis panjatkan kepada kehadirat Allah subhanahu wa ta’ala atas curahan nikmat-Nya sehingga skripsi dengan judul Identifikasi Empat
Strain Ophronemus Gouramy (Soang, Bastar, Jepun, Porselin) Berdasarkan Karakter Morfologi dan Molekuler DNA Mitokondria Gen Cyt-b berhasil diselesaikan. Penelitian dimulai dari bulan Februari 2014 hingga Desember 2014.
Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Ir Dedy Duryadi Solihin, DEA dan Ibu Dr Ir Nurlisa A. Butet, MSc selaku pembimbing, yang telah memberikan ilmu, pengarahan dan bimbingannya yang tulus kepada penulis. Penelitian ini tidak akan pernah terselesaikan tanpa bantuan dana dari dana penelitian BOPTN – Penelitian Unggulan Perguruan Tinggi atas nama Dr. Dedy Duryadi Solihin, DEA. Ungkapan terimakasih juga penulis ucapkan pada kedua orangtua penulis yakni Bapak Muhammad Darussalam dan Ibu Endah Farida atas segala do’a dan dukungannya yang tiada terkira. Ucapan terimakasih juga penulis sampaikan kepada Bapak Herry yang telah banyak memberi bimbingan teknis dalam melaksanakan penelitian di Laboratorium Molekuler Hewan PPSHB, serta kepada Bapak Jusmaldi, Bapak Harri, Ibu Catur, Bapak Alfred, Bapak Tedjo yang senantiasa memberikan masukan dalam melakukan penelitian ini. Ucapan terimakasih penulis sampaikan kepada sahabat seperjuangan (Yuli, Ledy, Syipa, Ismi, Rastya, dan Suri), serta kepada rekan – rekan laboratorium biomolekuler PPSHB dan Fakultas Perikanan, serta kepada teman-teman jurusan biologi angkatan 47, serta kepada keluarga besar Ikatan Santri Mahasiswa Al-Ihya atas segala dukungan, bantuan, dan nasehat yang telah diberikan selama penelitian. Ungkapan terima kasih juga disampaikan kepada seluruh keluarga danteman-temanatas segala doa dan kasih sayangnya.
Semoga skripsi ini bermanfaat dan menambah khasanah ilmu pengetahuan bagi kita semua.
Bogor, Maret 2015
Della Nuryuliawati
ix
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL vi
DAFTAR GAMBAR vi
DAFTAR LAMPIRAN vi
PENDAHULUAN 1
LatarBelakang 1
Tujuan Penelitian 2
METODE 2
Bahan 2
Alat 2
Prosedur Pelaksanaan Penelitian 2
HASIL DAN PEMBAHASAN 5
SIMPULAN 10
SARAN 10
x
DAFTAR TABEL
1 Karakter meristik untuk identifikasi Ikan Gurami (Saanin 1984) 3
2 Karakter morfometrik yang diukur 4
3 Matriks jarak morfometrik 7 4 Hasil penghitungan 6 karakter meristik gurami 8 5 Matriks jarak genetik p-distance gen cyt-b Osphronemus gouramy 9
DAFTAR GAMBAR
1 Skema pengukuran 21 karakter morfometrik gurami 3 2 Hierarchichal Component Analysis berdasarkan data morfometrik ukuran
tubuh relatif. 6
3 Hasil analisis diskriminan pada morfometrik. 7
4 Kontruksi pohon filogeni Osphronemus gouramy lac.dengan metode
p-distance 9
DAFTAR LAMPIRAN
1 Gambar sampel ikan gurami (Osphronemus gouramy lac.) 12
2 Data hasil pengukuran morfometrik gurami 13
3 Data hasil penghitungan meristic gurami 14
4 Data nilai rata-rata 21 ukuran relative 4 strain Osphronemus gouramy
lac. 15
1
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Gurami merupakan salah satu komoditas utama budidaya ikan air tawar di Indonesia. Menurut data Dinas Perikanan dan Kelautan Indonesia, jumlah produksi ikan gurami per tahunnya menempati urutan ke - 10 terbesar untuk kategori perikanan budidaya setelah rumput laut, udang, kerapu, kakap, bandeng, mas, nila, lele dan patin. Angka tersebut masih terus menerus meningkat setiap tahunnya seiring dengan permintaan konsumen yang semakin meningkat (KKP 2011). Harga gurami yang relatif mahal di pasaran tidak membuat permintaan akan ikan gurami semakin surut. Gurami pada umumnya disukai konsumen karena memiliki rasa yang gurih, tekstur daging yang kompak, jumlah duri yang sedikit dan dagingnya rendah lemak (Sendjaja & Rizki 2002).
Terdapat delapan strain gurami yang dibudidayakan di Indonesia yakni soang, bastar, jepun, porselin, padang, bluesafir, paris dan batu. Gurami yang memiliki keunggulan dibanding gurami lainnya adalah strain soang, blue safir dan paris (Sendjaja & Rizki 2002). Keunggulan gurami soang, blue safir dan paris adalah jumlah telur yang dihasilkan sangat banyak yakni sekitar 5000 butir setiap kali pemijahan. Banyaknya petani yang membudidayakan gurami soang, blue safir dan paris membuat ketiga strain gurami ini mudah sekali ditemui di pasaran.
Strain gurami unggul lainnya adalah gurami bastar. Gurami bastar memiliki ukuran tubuh paling besar, daya tahan tubuhnya kuat dan waktu pertumbuhan yang paling cepat. Jumlah telur gurami bastar lebih sediikit dibandingkan strain
lainnya, yaitu berkisar 2000 – 3000 butir per pemijahan. Selain gurami dengan karakter unggul, terdapat strain gurami yang memiliki karakter yang kurang menguntungkan seperti gurami batu. Gurami batu memiliki waktu pertumbuhan yang lambat dan ukuran maksimum yang kecil sehingga jarang dibudidayakan (Khairuman & Amri 2002). Adanya karakter yang unggul dan karakter yang kurang unggul dari strain gurami tertentu menuntut pembudidaya gurami untuk dapat membedakan gurami strain satu dengan yang lainnya secara tepat. Namun untuk dapat membedakan antara strain gurami satu dengan yang lainnya bukanlah hal yang mudah. Karakter fisik yang mirip terutama pada stadia muda dan persilangan antar strain secara tidak terkendali menyulitkan petani untuk membedakan strain asli gurami satu dengan yang lainnya. Terlebih lagi, karakter fisik gurami pada tahap pembenihan menunjukan penampilan fenotipik yang tidak jauh berbeda sehingga strain– strain gurami terlihat secara fisik sama. Salah satu upaya untuk dapat membedakan strain–strain ikan gurami adalah dengan metode DNA barcoding.
DNA barcoding adalah identifikasi spesies berdasarkan urutan pendek ruas DNA pada suatu organisme secara cepat dan akurat (Herbert et al. 2004). Ruas DNA yang sering digunakan dalam metode DNA barcoding adalah DNA yang berasal dari mitokondria (mtDNA) yakni CO1 (cytochrome oxydase subunit I) dan
2
sebagai pembeda individu pada level interspesies maupun level subspecies.
Cytochrome-b umum digunakan dalam identifikasi intraspesies ikan (Teletchea 2009). Gen cytochrome-b telah berhasil mengidentifikasi ikan tuna pada level intraspesies (Mei et al. 2012).
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi karakter spesifik empat strain
gurami yaitu soang, bastar, jepun dan porselin berdasarkan pendekatan morfologi dan molekuler.
METODE
Penelitian dilakukan di laboratorium molekuler - Gedung Pusat Penelitian Keanekaragaman Hayati dan Bioteknologi (PPSHB) serta laboratorium terpadu Departemen Biologi – FMIPA IPB. Karakterisasi strain gurami dilakukan melalui dua jenis pendekatan yakni identifikasi morfologi dan DNA barcoding. Identifikasi morfologi mencakup pengukuran morfometrik dan penghitungan meristik. Metode DNA barcoding menggunakan gen cyt-b dilakukan untuk mendapatkan keakuratan identitas keaslian genetik ikan gurami.
Bahan
Bahan utama yang digunakan sebagai sampel adalah gurami jenis soang, jepun, bastar dan porselin yang didapatkan dari Unit Pelaksana Teknis Ciseeng (UPT Ciseeng) Bogor (lampiran 1). Sampel dikumpulkan pada bulan Februari hingga Desember tahun 2014 secara bertahap. Jumlah ikan gurami yang dikumpulkan berjumlah 100 ekor dengan jumlah gurami masing – masing strain
sebanyak 25 ekor.
Bahan penelitian yang digunakan adalah Qiagen DNA kit, etanol absolut, etanol 70%, buffer PCR mix, primer ogoCB-F (5’-AACCACCGTTGTTATTCAA CTACAA-3’) dan primer ogoCB-R (5’-ACCTTCGACGTCCGGTTTACAAGA CCG-3’), nuclease free water, gel agarose, bufer 1x TAE, ladder, loading dye
dan etidium bromida.
Alat
Alat yang digunakan untuk pengukuran morfometrik adalah kaliper dengan ketelitian 0.01 mm, pinset, pisau, dan plastik sampel. Alat-alat seperti inkubator, tabung ependorf, mesin PCR, elektroforator, sentrifuser, pipet mikro, vortex, gel doc, UV ilumination, tabung mikro, tabung mikro 1.5 ml dan tabung mikro PCR.
Prosedur Pelaksanaan Penelitian Identifikasi karakter meristik empat jenis ikan gurami.
3
Tabel 1 Karakter meristik untuk identifikasi Ikan Gurami (Saanin 1984).
Karakter meristik Keterangan 1 Jumlah sirip dorsal (JD) Banyaknya jari-jari pada sirip dorsal. 2 Jumlah sirip ventral (JV) Banyaknya jari-jari pada sirip ventral. 3 Jumlah sirip anal (JA) Banyaknya jari-jari pada sirip anal. 4 Jumlah sirip pektoral (JP) Banyaknya jari-jari pada sirip anal.
5 Linea lateralis (LL) Banyaknya sisik di sepanjang linea lateralis. 6 Warna (W) Warna sisik ikan.
Sampel yang telah ditentukan karakternya kemudian dikelompokan berdasarkan kemiripan morfologi. Anggota pada setiap kelompok tidak ditentukan batas minimumnya. Hal ini diterapkan karena sampel yang dikoleksi jumlahnya terbatas yang memungkinkan jumlah anggota pada setiap kelompok berbeda-beda.
Pengukuran karakter morfometrik
Selain dilakukan pengukuran meristik pada sampel dilakukan pula pengukuran karakter morfometrik. Pengukuran karakter morfometrik meliputi 16 karakter. Karakter yang diukur terinci pada Tabel 2 sedangkan skema pengukuran terhadap sampel diperlihatkan oleh Gambar 1 dan hasil pengukuran meristik dapat dilihat pada lampiran 3.
Keterangan: panjang total (PT), panjang baku (PB), panjang kepala (PK), lebar kepala (LK), tinggi kepala (TK), lebar badan (LB), panjang sirip dorsal (PSD), panjang sebelum sirip dorsal (PSSD), panjang sebelum sirip ventral (PSSV), panjang sebelum sirip anal (PSSA), panjang moncong (PM), diameter mata (DM), tinggi badan sebelum sirip dorsal (TSBD), tinggi badan setelah sirip dorsal (TSTD), panjang dasar sirip ekor (PDSE), panjang dasar sirip dorsal (PDSD), panjang dasar sirip ventral (PDSV), panjang sirip ventral (PSV), panjang sirip pectoral (PSP), lebar mata orbital (MO), panjang rahang (PR).
4
Tabel 2 Karakter morfometrik yang diukur
No Karakter morfometrik Keterangan
1 Panjang total (PT) Ukuran tubuh terpanjang, diukur dari mulai moncong terdepan hingga ujung sirip ekor paling belakang.
2 Panjangbaku (PB) Jarak antara moncong terdepan hingga pangkal sirip ekor.
3 Panjangkepala (PK) Jarak antara moncong terdepan hingga bagian paling belakang operculum.
4 Lebarkepala (LK) Jarak paling lebar antara kedua operculum. 5
10 Panjangmoncong (PM) Jarak antara ujung moncong terdepan hingga sisi terdepan diameter mata.
11 Diameter mata (DM) Ukuran diameter bola mata.
12 Panjang dasar sirip dorsal (PDSD) Panjang sisi sirip dorsal yang menempel pada badan.
13 Panjang dasar sirip pectoral (PDSP)
Panjang sisi sirip pectoral yang menempel pada badan.
14 Panjang sirip ventral (PSV) Total panjang sirip ventral. 15
Setelah didapatkan hasil pengukuran morfometrik dari 16 karakter
Osphronemus gouramy lac. selanjutnya dihitung nilai rata-ratanya per kelompok. Data morfometrik rata-rata selanjutnya dibuat ke dalam bentuk ukuran tubuh relatif mengacu pada Soewardi et al. (1995). Data ukuran tubuh relatif digunakan untuk pengolahan data dengan menggunakan analisis gerombol dan analisis diskriminan (Matjik dan Sumertajaya 2011). Hasil penghitungan ukuran tubuh rekatif dapat dilihat pada lampiran 4.
Identifikasi karakter molekuler
5
swing, dan diinkubasi pada suhu 56°C selama 10 menit. Kemudian kedalam tabung sampel ditambahkan 200µl ethanol absolut, disentrifugasi pada kecepatan 13000 RPM selama 1 menit. Supernatan yang terbentuk dipindahkan ke spin kolom lalu disentrifugasi pada kecepatan 8000 RPM selama 1 menit, larutan pada wadah penampung dibuang. Kemudian ditambahkan 100µl AW1, disentrifugasi 8000 RPM selama 1 menit, larutan pada penampung dibuang. Selanjutnya ditambahkan 500µl AW2, disentrifugasi pada 14.000 RPM selama 3 menit, larutan pada penampung dibuang, lalu disentrifugasi pada 14.000 RPM selama 1 menit. Selanjutnya larutan dipindahkan ke tube baru 2,5 ml, kemudian ditambahkan 100µl buffer AL. Inkubasi larutan pada suhu ruang selama 15 menit, lalu disentrifugasi pada 8000 RPM selama 1 menit. Kemudian DNA disimpan dalam freezer hingga tahap berikutnya.
2. Amplifikasi DNA. Amplifikasi ruas gen cyt-b dilakukan dengan menggunakan primer ogoCB-F (5’AACCACCGTTGTTATTCAACTAC AA-3’) dan primer ogoCB-R (5’-ACCTTCGACGTCCGGTTTACAAGA CCG-3’) koleksi Dr. Dedy Duryadi Solihin, DEA. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan kit Qiagen. Total volume untuk pereaksi PCR yaitu 25µl, mengandung 1µl 10x taq buffer, 1µl dNTPs mix, 0,05 µl taq polimerase, 1 µl DNA template, 1µl primer forward, 1µl primer reverse dan nuclease free water. Proses PCR dilakukan sebanyak 35 siklus. Proses PCR mencakup beberapa tahapan yakni pra PCR pada suhu 94°C selama 5 menit, denaturasi pada suhu 94°C selama 30 detik, annealing pada suhu 59°C selama 30 detik, ekstensi pada suhu 72°C selama 30 detik dan pasca sintesis pada suhu 52°C selama 5 menit.
3. Visualisasi DNA hasil amplifikasi. DNA hasil amplifikasi kemudian dianalisis dengan elektroforesis pada gel agarosa 1.2%. Proses elektroforesis menggunakan tegangan konstan 80 volt selama 60 menit. Hasil elektroforesis selanjutnya divisualisasi menggunakan Gel Doc UV.
Hasil positif memperlihatkan pita DNA yang teramplifikasi sebesar 1320 bp.
4. Sekuensing DNA hasil amplifikasi. Hasil PCR dari DNA masing – masing sampel yang telah berhasil diamplifikasi kemudian disekuensi. Proses sequencing DNA dilakukan oleh perusahaan penyediakan jasa
sequencing DNA yakni Integrated DNA Technology (IDT) – Singapura yang dikirim melalui PT. Genetika Science, Indonesia.
Analisis data morfometrik
Setelah didapatkan data morfometrik dari setiap kelompok ikan gurami selanjutnya data tersebut digunakan untuk menjelaskan identitas, keragaman, dan pola kekerabatan empat strain ikan gurami. Data dianalisis menggunakan program SPSS dan XLSTAT. Tipe analisis yang digunakan adalah analisis gerombol dan analisis diskriminan (Matjik dan Sumertajaya 2011).
Analisis data molekuler
6
nukleotida yang telah diedit dibandingkan dengan runutan nukleotida ikan gurami yang terdapat pada GenBank menggunakan BLASTn. Sekuen pembanding yang digunakan adalah sekuen DNA ikan gurami dari GenBank dengan kode akses AY7676. Selanjutnya runutan – runutan nukleotida disejajarkan dengan menggunakan program Clustal IV menggunakan software MEGA 5. Kontruksi pohon filogeni dilakukan dengan program MEGA 5 menggunakan jarak genetik
p-distance dan metode bootstrap neighbor-joining (NJ) 1000 kali pengulangan (Tamura et al. 2014).
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hierarchichal Component Analysis terhadap 16 karakter pengukuran morfometrik gurami.
Pengelompokan strain gurami berdasarkan data morfometrik dilakukan dengan menggunakan Hierarchical Component Analysis dan menghasilkan pohon fenetik (Gambar 2). Ketidaksamaan tertinggi dijumpai antara strain jepun dan bastar, sedangkan ketidaksamaan terendah dijumpai antara strain porselin dengan
strain jepun.
Gambar 2 Hierarchichal Component Analysis berdasarkan data morfometrik ukuran tubuh relatif.
7
Analisis diskriminan terhadap 16 karakter pengukuran morfometrik gurami Analisis diskriminan terhadap 16 ukuran karakter morfometrik empat strain
gurami menggambarkan penyebaran hasil analisis morfometrik empat strain
gurami. Hasil analisis diskriminan pada Gambar 3 menunjukan bahwa keempat strain gurami saling beririsan satu sama lain. Irisan yang terbentuk antar strain gurami menunjukkan adanya karakter umum antar strain. Khusunya strain
porselin memiliki karakteristik umum yang juga dimiliki oleh ketiga strain
lainnya.
Gambar 3 Hasil analisis diskriminan pada morfometrik.
Hierarchichal Component Analysis terhadap karakter penghitungan meristik gurami.
Hasil penghitungan meristik gurami dianalisis menggunakan Hierarchical Component Analysis dan menghasilkan pohon fenetik yang mengelompokan keempat strain gurami (Gambar 4). Hasil Hierarchichal Component Analysis
memperlihatkan strain gurami terbagi menjadi dua kelompok, yakni kelompok satu terdiri dari strain soang, jepun dan bastar, dan kelompok dua hanya terdiri dari strain porselin. Jarak kesamaan meristik antara kelompok satu dengan kelompok dua sebesar 99,79. Jarak kesamaan meristik antara kelompok 1a dengan kelompok 1b sebesar 99,96. Sedangkan jarak kesamaan meristik antara strain
8
Gambar 4 Hierarchichal Component Analysis berdasarkan data meristik ukuran tubuh relatif.
Analisis diskriminan terhadap 7 karakter pengukuran meristik gurami Analisis diskriminan terhadap 7 ukuran karakter meristik empat strain
gurami menggambarkan penyebaran hasil analisis meristik empat strain gurami. Hasil analisis diskriminan pada Gambar 5 menunjukan bahwa keempat strain gurami saling beririsan satu sama lain dan terdapat beberapa hasil pengukuran yang saling bertumpuk. Irisan yang terbentuk antar strain gurami menunjukkan adanya karakter umum yang dimiliki antar strain. Adanya penumpukan antara hasil pengukuran meristik dari organisme yang berbeda menunjukkan kesamaan hasil pengukuran meristik. Hasil penghitungan meristik strain jepun menyebar ditengah ketiga strain lainnya dan strain jepun memiliki karakteristik umum yang juga dimiliki oleh ketiga strain lainnya. Penyebaran karakter meristik strain
porselin memiliki cakupan penyebaran yang luas dan beririsan dengan ketiga strain lainnya.
9
Analisis molekuler empat strain gurami
Hasil sekuen dari empat strain gurami dianalisis dengan membandingkannya dengan sekuen gurami yang telah dipublikasikan sebelumnya di Gen Bank. Sekuen yang digunakan sebagai perbandingan terhadap empat strain
gurami yakni gurami yang berasal dari Spanyol dengan kode AY76376. Hasil analisis molekuler ditunjukkan oleh jarak genetik pada Tabel 7 dan pohon filogeni pada Gambar empat yang menggambarkan hubungan kekerabatan diantara empat
strain gurami. Jarak genetik dan pohon filogeni dianalisis melalui model pairwise distance atau p-distance. Jarak genetik dihitung berdasarkan jumlah perbedaan nukleotida pada total nukleotida yang disejajarkan. Semakin besar persentase jarak genetic maka semakin besar perbedaan susunan basa nukleotida pada sampel mtDNA (Nei dan Kumar 2000).
Hasil kontruksi pohon filogeni menunjukan keempat strain gurami asal Indonesia mengelompok terpisah dari gurami asal Spanyol dengan jarak genetik sebesar 0,0073. Keempat strain gurami indonesia membentuk dua kelompok, kelompok satu terdiri dari strain bastar, strain soang dan strain jepun dan kelompok dua hanya terdiri dari strain porselin. Jarak genetik antara srain porselin dengan strain bastar, jepun dan soang sebesar 0,0057. Sedangkan jarak genetik antara soang, bastar dan jepun adalah sebesar 0,0021.
Tabel 5 Matriks jarak genetik p-distance gen cyt-b Osphronemus gouramy lac. Strain AY76376 Bastar Jepun Porselin AY76376
Bastar 0,0071
Jepun 0,0054 0,0018
Porselin 0,0098 0,0063 0,0045
Soang 0,0071 0,0027 0,0018 0,0063
10
SIMPULAN
Secara umum analisis molekuler terbukti akurat dan mampu menelusuri karakter spesifik empat strain ikan gurami dengan pemisahan kelompok berdasarkan kemiripan sekuen nukleotidanya. Hasil analisis morfologi melalui penghitungan meristik menunjukan hasil yang serupa dengan hasil analisis molekuler, namun terdapat perbedaan antara hasil analisis karakter morfologi melalui pengukuran mormometrik dengan hasil analisis molekuler.
SARAN
Perlu kajian molekuler dengan marka gen lainnya untuk memperkuat keakuratan penelusuran asal usul strain ikan gurami sebagai tahapan dasar untuk budidaya dan pengelolaan ikan gurami.
DAFTAR PUSTAKA
Herbert N, Hanner R, Holm E, Taylor E, Burridge W, Watkinson D, Dumon P, Curry A, Bentzen P, Zhang, April J, Bernatchez, 2004. Identifying Canadian Fresh Water Fisher Through DNA Barcode. J Plos One. 3: 174-180.
[KKP] Kementrian Kelautan dan Perikanan. 2011. Kelautan dan Perikanan dalam Angka Edisi Tahun 2011. Jakarta : Pusat Data dan Informasi Statistik Sekertariat Jenderal Kelautan dan Perikanan.
Kochzious M, Seidel C, Antoniou A, Botla SK, Campo D, Cariani A, Vazquez EG, Hauschild J, Hervert C, Hjorleifsdottir S, et al. 2010. Identifying Fishes through DNA Barcodes and Microarrays.Doi :10.1371/journal pone 001620. Khairuman, Amri K. 2002. Pembenihan Gurame Secara Intensif. Jakarta : Penebar
swadaya.
Matjik AA, Sumertajaya IM. 2011. Sidik Peubah Ganda. Bogor (ID): Departemen Statistika Institut Pertanian Bogor.
Mei CT, Chuen TJ, Peter JS, Yin HH. 2012. Interspesific and Intraspesific Genetic Diversity Of Thunnus Species. Pingtung (RRC) : Department of Aquaculture.
Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. New York (US): OxfordUniversity Pr.
Saanin, H. 1984, Taksonomi Dan Kunci Identifikasi Ikan. Jakarta : Bina cipta. Sendaja J.T., Riski M.H., 2002. Usaha Pembenihan Gurami. Jakarta : Penebar
swadaya.
Soewardi K, Rachmawati R, Bengen DG, Affandi R. 1995. Penelusuran varietas ikan gurame, Osphronemus gouramy, Lacepede, dengan menggunakan analisis komponen utama. Jurnal Ilmu-ilmu Perairan dan Perikanan Indonesia 3: 1-15.
11
12
LAMPIRAN
Lampiran 1 Gambar sampel ikan gurami (Osphronemus gouramy lac.)
Strain soang berjumlah 25 ekor
Strain jepun berjumlah 25 ekor Strain bastar berjumlah 25 ekor
Strain porselin berjumlah 25 Ikan Gurami Fase Bibit
Strain bastar
Strain soang Strain porselin
13
Lampiran 2. Data hasil pengukuran morfometrik gurami
16
P12 15 12 7,6 5,75 4,2 5,36 3,87 1,56 5,31 1,68 4,97 4,6 1,4 0,97 1,37 1,1 4,40
P13 15,11 12,11 7,71 5,86 4,31 5,47 3,98 1,67 5,42 1,79 5,08 4,71 1,51 1,08 1,48 1,21 4,51
P14 15,09 12,09 7,69 5,84 4,29 5,45 3,96 1,65 5,4 1,77 5,06 4,69 1,49 1,06 1,46 1,19 4,49
P15 15,21 11,24 6,11 6,21 4,17 5,46 3,71 1,39 5,07 1,61 4,34 4,26 1,4 0,91 1,28 0,91 4,10
P16 15,17 11,2 6,07 6,17 4,13 5,42 3,67 1,35 5,03 1,57 4,3 4,22 1,36 0,87 1,24 0,87 4,06
P17 15,3 11,33 6,2 6,3 4,26 5,55 3,8 1,48 5,16 1,7 4,43 4,35 1,49 1 1,37 1 4,19
P18 15,34 11,37 6,24 6,34 4,3 5,59 3,84 1,52 5,2 1,74 4,47 4,39 1,53 1,04 1,41 1,04 4,23
P19 14,46 11,56 6,66 5,86 4,36 5,36 3,73 1,26 4,96 1,56 4,76 4,26 1,15 0,86 1,36 1,01 4,07
P20 14,6 11,7 6,8 6 4,5 5,5 3,87 1,4 5,1 1,7 4,9 4,4 1,29 1 1,5 1,15 4,21
P21 14,4 11,5 6,6 5,8 4,3 5,3 3,67 1,2 4,9 1,5 4,7 4,2 1,09 0,8 1,3 0,95 4,01
P22 14,3 11,4 6,5 5,7 4,2 5,2 3,57 1,1 4,8 1,4 4,6 4,1 0,99 0,7 1,2 0,85 3,91
P23 13,2 10,23 6,3 4,7 3,9 4,7 3,68 1,29 4,46 1,5 4,3 3,9 1,26 1 1,38 1 3,83
P24 13,5 10,53 6,6 5 4,2 5 3,98 1,59 4,76 1,8 4,6 4,2 1,56 1,3 1,68 1,3 4,13
17
Lampiran 3. Data hasil penghitungan meristik
19
P14 13 11 1 5 10 21 32 putih
P15 13 12 1 5 9 20 32 putih
P16 13 11 1 5 10 21 33 putih kekuningan
P17 12 11 1 5 10 21 32 putih kekuningan
P18 13 11 1 5 10 21 32 putih
P19 13 11 1 5 10 21 32 putih kekuningan
P20 13 11 1 5 10 21 32 putih kekuningan
P21 13 11 1 5 10 21 32 putih kekuningan
P22 12 13 1 5 10 21 33 putih kekuningan
P23 13 11 1 5 10 21 32 putih kekuningan
P24 13 11 1 5 9 21 32 putih kekuningan
20
Lampiran 4 Data nilai rata-rata 21 ukuran relatif Osphronemus gouramy
Keterangan: N1 (panjang total (PT) / panjang baku (PB)), N2 (panjang kepala (PK) / panjang baku (PB)), N3(lebar kepala (LK) / panjang baku (PB)), N4(tinggi kepala (TK) / panjang baku (PB)), N5(lebar badan (LB) / panjang baku (PB)), N6(panjang sirip dorsal (PSD) / panjang baku (PB)), N7(panjang sebelum sirip dorsal (PSSD) / panjang baku (PB)), N8(panjang sebelum sirip ventral (PSSV) / panjang baku (PB)), N9(panjang moncong (PM) / panjang baku (PB)), N10(diameter mata (DM) / panjang baku (PB)), N11(panjang dasar sirip dorsal (PDSD) / panjang baku (PB)), N12(panjang sirip ventral (PSV) / panjang baku (PB)), N13(panjang sirip pectoral (PSP) / panjang baku (PB)), N14(lebar mata orbital (MO) / panjang baku (PB)), N15(panjang rahang (PR) / panjang baku (PB)).
N1 N2 N3 N4 N5 N6 N7 N8 N9 N10 N11 N12 N13 N14 N15
Soang 1,19 0,55 0,45 0,35 0,42 0,30 0,12 0,41 0,16 0,36 0,34 0,10 0,08 0,11 0,08
Jepun 1,25 0,58 0,49 0,37 0,47 0,33 0,14 0,42 0,14 0,40 0,38 0,12 0,10 0,12 0,09
Bastar 1,29 0,58 0,48 0,41 0,46 0,34 0,15 0,46 0,17 0,37 0,33 0,12 0,09 0,11 0,11
