DETEKSI INTEGRITAS GENOMIK PISANG HASIL IRADIASI IN VITRO
BERDASARKAN PENANDA MIKROSATELIT
Rita Megia, Nina Ratna Djuita1) 1)
Staf Pengajar Dep. Biologi Fakultas Matematika dan IPA IPB
Abstrak
Induksi mutasi dan variasi somaklonal memegang peranan yang sangat penting dalam pemuliaan tanaman pisang yang perbanyakannya secara vegetatif. Sejauh ini informasi ilmiah untuk memahami perubahan genom mutan atau varian yang terjadi pada tanaman pisang umumnya masih sangat terbatas hanya pada tingkat sitogenetika.
Penelitian ini bertujuan mendeteksi integritas genetik pisang hasil iradiasi in vitro
berdasarkan penanda mikrosatelit. Tahapan metode penelitian antara lain (1) isolasi dan purifikasi DNA, (2) amplifikasi mikrosatelit dengan mesin PCR, (3) deteksi
kualitas hasil PCR melalui electrophoresis 1% dan deteksi alel dengan polikrilamid
6%, dan (4) analisis stabilitas genomik pisang. Digunakan pisang Mas (AA) yang terdiri d ar i 8 aksesi hasil iradiasi menggunakan sinar gamma 15 Gy, satu aksesi
varian in vitro yang telah dikonservasi selama 3 tahun (Va), satu aksesi in vitro yang
baru dikultur 3 bulan (Vb), serta satu aksesi tanaman kontrol (K). Primer yang diuji
berupa l0 (sepuluh) macam primer mikrosatelit spesifik Musa. DNA inti diisolasi dari
setiap aksesi mengikuti Dixie (1998), diamplifikasi dengan Perkin Elmer Gene Ampl PCR system 2400, dengan primer terpilih, da n dielektroforesis dengan gel agarose 1% untuk mengetahui kualitas dan kuantitas hasil PCR. Hasil penelitian menunjukan terjadi dua tipe perubahan denomik, tipe perubahan pertama selalu berupa ukuran alel tanaman iradiasi yang lebih pendek dibandingkan dengan pita K, yang mungkin diakibatkan oleh delesi yang dapat terjadi pada satu atau kedua alel lokus tertentu, dan tipe perubahan kedua yang tidak merubah zigositas selalu berupa panjang ukuran alel yang lebih besar dibanding K, yang mungkin disebabkan oleh adanya insersi dan/atau amplifikasi nukleotida.
